一种制备二代测序接头的方法与流程

文档序号:16136652发布日期:2018-12-01 01:04阅读:2266来源:国知局

本发明涉及一种制备二代测序接头的方法,属于分子生物学领域。

背景技术

在illumina测序平台中,接头是二代测序建库中必要的元素,目前官方的接头包含多种类型,序列中包含了p5与p7扩增引物结合序列、read1和read2测序引物结合序列、样本标签序列、分子标签序列等,并且带有用于a/t连接的3’-dt尾。

目前常于p7端设计单链分子标签用于给建库中的目标分子添加标签,使生信分析过程可以捕获到更精细的分子信息,降低变异分析的背景噪音。

另外,也可以通过双链分子标签,结合单链分子标签,通过生信将变异分析的背景噪音降得更低,使测序分析结果更加精准可靠。

但是,目前没有较好的双链标签添加方法方便于文库构建。

1、目前接头通常不含单链分子标签、或仅含有单链分子标签二不含双链标签,生物信息分析降噪效果有限;

2、如capp-seq技术中含有双链标签,但是标签数较低,对生物信息分析的改进有限。



技术实现要素:

本发明的目的在于提供一种制备二代测序接头的方法,以解决上述问题。

本发明采用了如下技术方案:

一种制备二代测序接头的方法,其特征在于,包括:

步骤一:合成接头序列,接头序列包含第一序列和第二序列,

其中,所述第二序列包括:限制性内切酶的保护碱基和随机碱基的双链分子标签,

步骤二:接头序列退火,混匀第一序列和第二序列,在退火体系中按退火程序退火形成双链,

步骤三:补齐步骤二中所形成的双链的接头,

步骤四:酶切回收接头,

第一序列的序列如下:

5-a*a*tgatacggcgaccaccgagatctacactctttccctacacgac-gctcttccgat*c*t-3,

第二序列的序列如下:

5-nnnnannnncccagtag*a*tcggaagagcacacgtctgaactccagtcacnnnn-nnnnnnnn-atctcgtatgccgtcttctgct*t*g-3,

第二序列中,第1至4位为限制性内切酶的保护碱基,

第6位至第9位是四个随机碱基的双链分子标签,

第50位至第53位是四个随机碱基的单链分子标签,

第54位至第61位是6-8个碱基的样本标签。

进一步,本发明的制备二代测序接头的方法,还具有这样的特征:其中,所述第二序列中还具有随机碱基的单链分子标签。

进一步,本发明的制备二代测序接头的方法,还具有这样的特征:其中,所述第二序列中还具有样本标签。

进一步,本发明的制备二代测序接头的方法,还具有这样的特征:其中,所述第二序列中还具有限制性内切酶bmri的酶切位点。

进一步,本发明的制备二代测序接头的方法,还具有这样的特征:步骤三中,采用t4dna聚合酶延伸补平步骤二中的退火产物。

进一步,本发明的制备二代测序接头的方法,还具有这样的特征:步骤四中,采用限制性内切酶bmri酶切步骤三中的延伸产物,并采用上海翊圣生物科技有限公司的hieffngs™smarterdnacleanbeads纯化回收接头,去除50bp以内的残余双链小片段,保留接头。

发明的有益效果

本发明的制备二代测序接头的方法,具有以下优势:

1.接头中含有更长的双链分子标签,为生信分析提供更好的信息基础;而现有的产品通常不带双链分子标签、罗氏的带2bp的双链分子标签。

2.可以有效、较经济实惠地合成获得;

3.适用于illuminahi-seq、mi-seq等测序平台。

具体实施方式

以下通过具体实例来说明本发明的具体实施方式。

步骤一:合成接头序列。合成以下两种序列:

序列1:

5-a*a*tgatacggcgaccaccgagatctacactctttccctacacgac-gctcttccgat*c*t-3

序列2:

5-nnnn-annnncccagt-ag*a*tcggaagagc-acacgtctgaactccagtcac-nnnn-nnnnnnnn-atctcgtatgccgtcttctgct*t*g-3

序列中“*”为保护性修饰;

第1至第4位的碱基为限制性内切酶的保护碱基,在其它的实施方式中,5’端的保护性碱基,可选的碱基数为0-10个,具体碱基可变,具体根据实际案例设计而定;

第6位至第9位是四个随机碱基的双链分子标签,

第50位至第53位是四个随机碱基的单链分子标签,

第54位至第61位是6-8个碱基的样本标签。每次合成固定碱基的序列,次序列可变;

第10位至第15位的碱基为限制性内切酶bmri的酶切位点。

步骤二:接头序列退火。

步骤三:延伸补齐接头。采用t4dna聚合酶延伸补平步骤二中的退火产物。

步骤四:酶切回收3’-dt尾接头。采用限制性内切酶bmri酶切步骤三中的延伸产物,并采用上海翊圣生物科技有限公司的hieffngs™smarterdnacleanbeads纯化回收接头,去除50bp以内的残余双链小片段,保留接头。

双链分子标签接头制备示例:

1、合成接头序列:

序列1:

5-a*a*tgatacggcgaccaccgagatctacactctttccctacacgac-gctcttccgat*c*t-3

序列2:

5-tttc-annnncccagt-ag*a*tcggaagagc-acacgtctgaactccagtcac-nnnn-nnnnnnnn-atctcgtatgccgtcttctgct*t*g-3

2、接头序列退火:

1:1混匀序列1和序列2,在退火体系中按退火程序退火形成双链,形成以下结构:

3、延伸补齐接头:

利用t4dna聚合酶延伸补齐接头序列,如下:

4、酶切回收3’-dt尾接头:

利用bmri限制性内切酶酶切上述接头,并利用上海翊圣生物科技有限公司的hieffngs™smarterdnacleanbeads纯化回收接头,接头如下:

本发明所提供的接头制备方法,回收效率在40%~80%。

序列表

<110>翌圣生物科技(上海)有限公司

<120>一种制备二代测序接头的方法

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<222>(1)..(4)

<223>nisa,c,g,ort

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