1.一种方法，包含：
a)将样品与液氮溶液混合；
b)加入第一裂解溶液，所述第一裂解溶液包含去污剂和螯合剂；和
c)加入第二裂解溶液，所述第二裂解溶液包含离液剂。
2.根据权利要求1所述的方法，其中将所述样品与液氮溶液混合进一步包含研磨所述样品和所述液氮混合物。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一裂解溶液进一步包含一种或多种缓冲液、一种或多种温和去污剂和/或一种或多种蛋白酶。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一裂解溶液的所述去污剂包含sds。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述sds的浓度为约10％。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述离液剂包含乙酸锂。
7.根据权利要求6所述的方法，其中对样品、液氮、所述第一裂解溶液和所述第二裂解溶液的混合物进一步进行热冲击处理。
8.根据权利要求1所述的方法，其中对所述样品在用所述第一裂解溶液处理之前进行预处理步骤，所述预处理步骤诱导所述样品中存在的任何细菌孢子和/或真菌孢子的萌发。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述预处理步骤包含将所述样品与吐温-80混合。
10.根据权利要求1所述的方法，进一步包含引起物理裂解的机械处理步骤，所述机械处理步骤包含声处理、珠混合、珠磨均质化、加压、微流化或其组合。
11.根据权利要求1所述的方法，进一步包含对任何提取的遗传物质进行宏基因组学分析。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品从受试者的肠道获得。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述宏基因组学分析鉴定所述受试者已经消耗的一种或多种食物。
14.根据权利要求11所述的方法，其中所述宏基因组学分析鉴定所述受试者已经消耗的一种或多种常量营养素。
15.根据权利要求11所述的方法，进一步包含基于所述宏基因组学分析确定所述受试者的益生菌治疗。
16.根据权利要求11所述的方法，进一步包含基于所述宏基因组学分析确定所述受试者的膳食指导。
17.一种确定受试者的食物消耗的方法，包含：
a)从由所述受试者获得的粪便样品中提取遗传物质，所述遗传物质根据权利要求1提取；和
b)对从所述第一样品中提取的所述遗传物质进行宏基因组学分析，以确定所述受试者的所述食物消耗。
18.根据权利要求17所述的方法，进一步包含基于对食物消耗的分析，用益生菌或食品来治疗所述受试者。
19.根据权利要求17所述的方法，其中宏基因组学分析包含使用数据库，所述数据库具有可用于鉴定生物体的此类生物体的基因组数据。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述数据库可以作为完整的基因组、对于更高的次序是共同的并且对于特定的次序是唯一的不同长度的k-聚体，或者对基因组进行条形码编码以使它们与测序结果相匹配的其他手段被处理。
21.根据权利要求17所述的方法，其中宏基因组学分析包含对测序信息进行预处理，所述测序信息选自去除重复、去除衔接子测序、去除5’或3’测序以提高碱基调用的质量，仅包括特定质量(即q20或更高)的碱基调用、过滤人类读数、创建配对的读数或分离它们、以及限制读数的重叠。
22.根据权利要求19所述的方法，其中宏基因组学分析包含通过使用软件或系统将测序信息与所述数据库进行比对，其中所述测序信息可以被分成特定长度的k-聚体，用作完整片段，被支架化并与大的参考基因组进行比对，或其他方法来创建所鉴定的生物体、所鉴定的生物体的相对丰度、基因组大小、所比对的总片段、在菌株、种、属、科、目、纲、门、界或域进行比对的独特片段的报告。
23.根据权利要求17所述的方法，其中微生物组概况使得能够鉴定疾病、障碍或指示生态失调的特定特征，其中可以应用益生菌和/或膳食补充剂治疗来调节所述微生物组以改善基础概况。
24.根据权利要求23所述的方法，其中基于人口统计信息、表型信息或诊断信息以及分配给所述概况的组的条形码来创建组。
25.根据权利要求24所述的方法，其中使用统计分析来确定个体微生物组概况如何与数据库中的已知组密切相关。
26.一种监测受试者的益生菌治疗的方法，所述方法包含：
a)从由所述受试者获得的第一样品中存在的任何微生物中提取遗传物质，所述遗传物质根据权利要求1提取；
b)对从所述第一样品中提取的所述遗传物质进行宏基因组学分析；
c)用益生菌处理所述受试者，并且然后以与从所述第一样品中提取遗传物质相同的方式，从由所述受试者获得的第二样品中存在的任何微生物中提取遗传物质；
d)对从所述第二样品中提取的遗传物质进行宏基因组学分析；和
e)将所述第一样品的所述宏基因组学分析的结果与所述第二样品的所述宏基因组学分析的结果进行比较。
27.根据权利要求26所述的方法，进一步包含修改所述益生菌治疗以在所述受试者体内获得期望的微生物群体。
28.根据权利要求26所述的方法，进一步包含分析代谢组学标记物以确定合适的益生菌治疗。
29.根据权利要求26所述的方法，其中在使用抗生素、化学疗法、药物、环境变化、旅行、污染性消化、肠或肠道梗塞、应激或可能发生微生物群体的破坏的其他效应之后进行益生菌治疗。
30.根据权利要求27所述的方法，其中所述微生物组的调节是将个体返回到当已知所述个体健康时的先前的微生物群体。
31.根据权利要求27所述的方法，其中通过益生菌和/或益生元对所述微生物组的调节是为了将微生物组概况恢复到已经由数据库内部地定义的或由公共数据库外部地定义的正常肠道。
32.根据权利要求31所述的方法，其中正常被定义为类似于在粪便物质移植中使用的粪便物质储库样品的微生物组概况，但被用作益生菌/益生元以恢复生态失调。
33.一种计算系统，包含：存储器；和耦合到所述存储器的一个或多个处理器，所述一个或多个处理器被配置为执行操作以执行权利要求17所述的方法。
34.一种计算系统，包含：存储器；和耦合到所述存储器的一个或多个处理器，所述一个或多个处理器被配置为执行操作以执行权利要求26所述的方法。
35.一种用于执行权利要求1所述的方法的自动化平台。