一种大黄鱼基因组育种芯片及应用的制作方法

[0001]
本发明涉及基因组学、生物信息学、分子生物学和基因组育种技术领域，尤其是涉及一种大黄鱼基因组育种芯片及应用。


背景技术：

[0002]
近年来，dna测序技术已取得了突破性进展，高通量dna测序技术的发展，使基因组测序效率大大提高，测序时间和成本大大降低，为功能基因组研究带来了极大的便利。
[0003]
在水产动物方面，研究人员于2016年第一次通过高通量测序技术对大黄鱼进行基因分型，通过对500尾群体繁育后代进行简化基因组测序，得到了6.98万个单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphims，snps)用于全基因组关联分析(genome-wide association studies，gwas)，并最终得到与二十碳五烯酸(eicosapentaenoic acid，epa)和二十二碳六烯酸(docosahexaenoic acid，dha)含量显著相关的39个snp标记(xiao s j,wang p p,dong l s,zhang y g,han z f,wang q r,wang z y.whole-genome single-nucleotide polymorphism(snp)marker discovery and association analysis with the eicosapentaenoic acid(epa)and docosahexaenoic acid(dha)content in larimichthys crocea[j].peerj,2016,4.)。此后，高通量测序基础在大黄鱼重要经济性状的遗传基础研究领域开始发挥越来越重要的作用，研究人员通过高通量测序基础开展了大黄鱼多种重要经济性状的遗传定位和遗传基础研究，找到了与生长、抗病、抗逆等重要经济性状相关的位点。大黄鱼功能基因组的这些研究成果为大黄鱼分子育种提供了重要的基础数据。
[0004]
分子标记技术(molecularmarkers)是分子育种中的重要基础。传统分子标记技术如限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphism，rflp)、扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism，aflp)和简单序列重复(simple sequence repeat，ssr)等技术曾在功能基因组研究中发挥着重要作用。但是，传统的分子标记技术存在许多局限性，如通量低、数量少、操作过程繁瑣，不能满足大规模商业化育种的需求。为了对目标基因进行精确控制，对遗传背景进行有效选择，对育种品种进行准确分析和鉴定，需要开发和利用高通量分子标记技术。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)指基因组单个核苷酸的变异，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。snp标记作为新一代遗传标记，其数量众多、分布密集、易于检测，是用于开发高通量分子标记的理想基因分型目标。
[0005]
目前，高通量snp基因分型技术平台主要有两种，一种是基于第二代测序技术，另一种是snp分型芯片技术。其中snp芯片也叫snp微阵列，它的工作原理是通过固定在芯片上的dna标记序列与目标核酸分子发生碱基配对反应，从而精准鉴定基因信息。基因芯片运用先进的微生化反应技术、显微标记技术、微米级扫描分辨成像技术和生物信息计算机处理技术，具有通量高、操作简单以及易于实现自动化等优点，因此是最适合用于大规模商业化育种的基因分型技术。目前，水稻、棉花等作物以及猪、鸡等家畜家禽中已经有了许多取得
成功应用的snp全基因组育种芯片。
[0006]
在水产育种中，snp芯片最早在大西洋鲑的育种中获得了成功的应用。大西洋鲑snp芯片有16.5k、6k和132k等多个版本。研究人员基于这些芯片进行了养殖群体和野生群体的群体基因组学研究(karlsson s,moen t,lien s,glover k a,hindar k.generic genetic differences between farmed and wild atlantic salmon identified from a 7k snp-chip[j].mol ecol resour,2011,11suppl 1:247-253)、大西洋鲑生长、性成熟和寄生虫抗性等相关性状的遗传定位(gutierrez a p,lubieniecki k p,davidson e a,lien s,kent m p,fukui s,withler r e,swift b,davidson w s.genetic mapping of quantitative trait loci(qtl)for body-weight in atlantic salmon(salmo salar)using a 6.5k snp array[j].aquaculture,2012,358:61-70；gutierrez a p,lubieniecki k p,fukui s,withler r e,swift b,davidson w s.detection of quantitative trait loci(qtl)related to grilsing and late sexual maturation in atlantic salmon(salmo salar)[j].marine biotechnology,2014,16(1):103-110；gutierrez a p,j m,fukui s,swift b,davidson w s.genome-wide association study(gwas)for growth rate and age at sexual maturation in atlantic salmon(salmo salar)[j].plos one,2015,10(3)；correa k,lhorente j p,bassini l,l
ó
pez m e,di genova a,maass a,davidson w s,j m.genome wide association study for resistance to caligus rogercresseyi in atlantic salmon(salmo salar l.)using a 50k snp genotyping array[j].aquaculture,2017,472:61-65)，其中对智利鱼虱的抗性在gwas的基础上进一步进行了基因组选择育种，结果证明，使用大量snp位点的基因组选择育种效果明显优于传统的blup育种(correa k,bangera r,figueroa r,lhorente j p,j m.the use of genomic information increases the accuracy of breeding value predictions for sea louse(caligus rogercresseyi)resistance in atlantic salmon(salmo salar)[j].genetics selection evolution,2017,49(1):15)。中国水产科学研究院许建等于2014年开发完成的鲤高密度snp分型芯片包含25万个snp位点，利用该芯片研究人员对完成了鲤超高密度连锁图的绘制和鲤生长、体型、性别决定、鳞被等一系列重要经济性状的精确遗传定位，为鲤选育工作奠定了坚实基础。
[0007]
可以方便地定制不同物种的基因snp分型芯片采用是原位光刻技术在芯片上蚀刻大量间距仅为20微米的格栅，每个格栅内含有一种用于检测基因型的dna探针，单张芯片最多可达67万snp/样品。同原位光刻技术能确保每张同类芯片的所有位点的均一性，避免了批间差造成芯片数据丢失。目前,affymetrix基因芯片在人类、作物、畜牧动物等许多物种中得到了广泛应用，为复杂性状研究、品系鉴定和分子标记辅助育种提供了必要的技术手段。
[0008]
大黄鱼(larimichthys crocea)系鲈形目(perciformes)石首鱼科(sciaenidae)黄鱼属(larimichthys)重要代表性鱼类，曾是我国海洋四大渔业对象之一，近年来在福建、浙江等地已经形成了年产量近15万吨的养殖规模，成为我国海水鱼类养殖产业中的旗舰物种，具有举足轻重的产业地位。然而，大黄鱼养殖产业粗放式快速发展，也积累了大量制约产业健康发展的瓶颈，如：野生大黄鱼资源日渐枯竭，种质资源匮乏，养殖种群遗传多样性衰减迅速，种质退化等，严重制约了大黄鱼养殖产业的健康和可持续发展。为了应对这些问
题，需要大力推荐大黄鱼种质创新和优良新品种培育工程。在大黄鱼育种领域缺乏稳定高效高密度的全基因组育种芯片的现有状况下，本发明基于thermofisher公司的affymetrix基因芯片设计可以满足大黄鱼优良新品种培育工程的需求。


技术实现要素：

[0009]
本发明的目的在于提供一种大黄鱼全基因组育种芯片。
[0010]
本发明的另一目的在于提供上述大黄鱼全基因组育种芯片的应用。
[0011]
本发明提供一种用于大黄鱼育种的snp分子标记组合，由591,765个snp位点组成，其核苷酸序列分别如seqid no.l～591765所示。
[0012]
本发明提供一种大黄鱼全基因组育种芯片，命名为宁芯1号，包含591,765个snp位点，其具有seq id no.l～591765所示的核苷酸序列；该591,765个序列，每条序列均由32～71个碱基组成，并包含且仅包含一个存在变异的碱基。
[0013]
本发明利用illumina测序技术对来自于5个群体的82尾大黄鱼进行了全基因组重测序，总测序量650.5g,平均每个样本的测序深度为11.33x；将测序数据比对至高质量的大黄鱼参考基因组序列后(chen b h,zhou z x,ke q z,wu y d,bai h q,pu f,xu p.the sequencing and de novo assembly of the larimichthys crocea genome using pacbio and hi-c technologies[j].scientific data,2019,6)，按照以下步骤鉴定和筛选snp：
[0014]
1)从全部大黄鱼测序数据中筛选出9,335,807个高质量snp位点。高质量的snp位点基于以下原则：snp序列位于特异序列区域，snp位点有且只有两种碱基形式，每种碱基形式占有一定比例；考虑到测序具有一定的错误率，本发明设定了以下条件：(1)按照该位点碱基组成比例由大到小排序，第二种碱基的频率大于等于5％；(2)在所有样本中仅有两种碱基形式；(3)该snp位点位于非重复区域。
[0015]
2)从上述snp位点中删去无法在其两侧设计高质量dna探针的snp位点。为了尽可能降低探针非特异性杂交带来的分型错误，根据snp位点两侧的序列对其进行了过滤。剩余snp需满足一下条件：(1)上下游35bp范围内不包含“gggg”、“cccc”、“aaaaaa”、“tttttt”以及未知碱基；(2)上下游35bp范围的gc含量在30％至70％之间10bp范围内没有其它snp；(3)35bp范围内只有最多一个snp；(4)70bp范围内没有indel。有1,976,707个snp满足以上条件。
[0016]
3)以在基因组上分布尽可能均匀为原则进一步筛选snp位点。主要包括一下步骤：(1)将基因组分成1kb的区域，如果一个区域内snp数量大于1，则挑选最接近两个三分位点的snp，如果一个区域内snp数量等于1则挑选最接近中点的snp；(2)然后将每10个1kb的区域合并成一个10kb的区域，如果一个区域内snp数量大于10个，则丢弃超过10个的部分snp，如果区域内snp数量小于10个，则将第一步中被丢弃的位点填补进位点小于6个的10bk区域，直至没有位点可以补充或者该区域内snp位点数等于10个；(3)随后找到超过2000bp的snp间隔，将最接近间隔中点的snp补充，这一步会重复多次直到没有位点可以填补。
[0017]
4)最后加入2790个通过全基因组关联分析找到的与大黄鱼生长、抗病、抗逆性状有关联的snp位点和100个阳性对照位点，最终获得了一个67万snp的位点集合。
[0018]
5)将上述snp位点集合交付thermo fisher scientific公司进行芯片生产。由于
由于冗余探针和芯片生产过程中的损失，最终宁芯1号大黄鱼基因组育种芯片共包含591,765个snp位点
[0019]
本发明所述大黄鱼基因组育种芯片上的高质量的591,765个snp位点(包含2790个性状关联位点和100个阳性对照位点，称为标签snp)直接用于合成大黄鱼基因组育种芯片上的探针，共获得591,765个探针，其核苷酸序列如seqidno.l～591765所示。上述591,765个序列均由32～71个碱基组成，并包含且仅包含一个存在变异的碱基。所有591,765个snp位点为序列表所列的seqidno.l～591765dna序列。将这些标签序列提交给thermo fisher scientific公司制作affymetrix基因芯片。本发明提供的“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片是利用affymetrix基因芯片芯片技术制作原位光刻芯片，可同时检测96个样品。
[0020]
进一步，本发明提供一种制备上述基因芯片的方法，包括如下步骤：(1)通过重测序获得大量大黄鱼的基因组序列，结合大黄鱼基因组为参考序列，分析鉴定snp位点，从中挑选出具有代表性的snp标记，直接用于合成探针；所述snp标记其核苷酸序列分别如seq id no.l至seq id no.591765所示；(2)利用thermo fisher scientific公司的affymetrix基因芯片制造技术制作snp芯片；(3)测试芯片的准确性和应用效率。
[0021]
具体地，本发明提供了“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在检测大黄鱼dna样品中的应用，包括下列步骤：
[0022]
(1)大黄鱼基因组dna提取：根据检测需要从大黄鱼肌肉、鳍条、血液等组织使用酚氯仿法或qiaqendna提取试剂盒抽提基因组dna；
[0023]
(2)dna样品质量检测：用质量分数为1％的琼脂糖凝胶电泳检测；
[0024]
用凝胶成像系统判断电泳结果，保证基因组dna完整性好，且该基因组dna片段长度大于10kb；用紫外分光光度计测量基因组dna的浓度，将dna浓度稀释到工作浓度10-50ng/μl；
[0025]
(3)基因芯片检测：按照affymetrix基因芯片检测标准流程操作。芯片扫描使用thermofisher公司的affymetrix genetitan平台。
[0026]
(4)数据分析：genetitan扫描结果用axiomtm analysis suite v4.0软件套件分析基因型，并用r、python语言编程及plink、vcftools等软件获得基因型比较结果。
[0027]
进一步地，本发明提供了上述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在检测大黄鱼dna样品中的应用。
[0028]
本发明提供了上述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在大黄鱼育种材料的遗传背景分析中的应用。
[0029]
本发明提供了上述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在黄鱼属近缘物种基因型鉴定中的应用。
[0030]
本发明提供了上述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在大黄鱼性状关联分析中的应用。
[0031]
与其他分子标记检测系统相比，本发明具有以下优点和效果：
[0032]
(1)与传统分子标记如ssr相比，具有通量高、单个标记数据成本低等优势。利用传统方法在大黄鱼基因组中开发数百个多态性ssr标记已经很困难，而“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在可以一次性检出50万个以上的高质量的多态性snp位点。
[0033]
(2)与其他基于基因芯片平台的基因分型系统相比，具有重复性好、通量高、数据
分析简单等优势。“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片检测大黄鱼样品的技术重复性能够达到99.99％以上，这是目前其他基因分型平台很难达到的。
[0034]
(3)与基于第二代测序平台的基因分型系统相比，具有数据分析简单和不同实验室数据之间具有可比性等优势。随着测序技术的发展，测序成本不断降低、测序通量也不断提高。但是，测序数据分析的要求也越来越高，需要专业的分析软件和生物信息学专业人士才能分析，而“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片平台的数据分析非常简单；测序具有随机性，不同批次的低覆盖度测序数据很难进行直接比较，深度测序成本目前仍然很高，而“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在上的大部分标记都是固定的，不同批次数据比较起来非常方便。然而，第二代测序系统产生的大量测序数据为基因芯片的设计提供了重要的基础数据。所以，第二代测序和基因芯片系统具有互补性。
附图说明
[0035]
图1为本发明所述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片上的snp标记在大黄鱼基因组上的分布示意图。
[0036]
图2为本发明所述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在五个大黄鱼群体中的基因型分型丢失率。
[0037]
图3为基于本发明所述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在五个大黄鱼群体中的基因型分型信息的主成分分析结果。
[0038]
图4为本发明所述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在黄鱼属近缘物种中的基因型分型丢失率。
[0039]
图5为基于本发明所述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在黄鱼属近缘物种中的基因型分型信息构建的系统发育树(邻接法)。
[0040]
图6为基于本发明所述“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在大黄鱼性状关联分析结果。
具体实施方式
[0041]
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
[0042]
实施例1“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片制备方法
[0043]
1、利用illumina测序技术对来自于5个群体的82尾大黄鱼进行了全基因组重测序，总测序量650.5g,平均每个样本的测序深度为11.33x(表1)。将测序数据比对至高质量的大黄鱼参考基因组序列后([19]chen b h,zhou z x,ke q z,wu y d,bai h q,pu f,xu p.the sequencing and de novo assembly of the larimichthys crocea genome using pacbio and hi-c technologies[j].scientific data,2019,6)，按照以下步骤鉴定和筛选snp。
[0044]
表1测序量及群体内snp数量
[0045][0046]
2、从全部大黄鱼测序数据中筛选出9,335,807个高质量snp位点。高质量的snp位点基于以下原则：snp序列位于特异序列区域，snp位点有且只有两种碱基形式，每种碱基形式占有一定比例。考虑到测序具有一定的错误率，本发明设定了以下条件：(1)按照该位点碱基组成比例由大到小排序，第二种碱基的频率大于等于5％；(2)在所有样本中仅有两种碱基形式；(3)该snp位点位于非重复区域。
[0047]
3、从上述snp位点中删去无法在其两侧设计高质量dna探针的snp位点。为了尽可能降低探针非特异性杂交带来的分型错误，根据snp位点两侧的序列对其进行了过滤。剩余snp需满足一下条件：(1)上下游35bp范围内不包含“gggg”、“cccc”、“aaaaaa”、“tttttt”以及未知碱基；(2)上下游35bp范围的gc含量在30％至70％之间10bp范围内没有其它snp；(3)35bp范围内只有最多一个snp；(4)70bp范围内没有indel。有1,976,707个snp满足以上条件。
[0048]
4、以在基因组上分布尽可能均匀为原则进一步筛选snp位点。主要包括一下步骤：(1)将基因组分成1kb的区域，如果一个区域内snp数量大于1，则挑选最接近两个三分位点的snp，如果一个区域内snp数量等于1则挑选最接近中点的snp；(2)然后将每10个1kb的区域合并成一个10kb的区域，如果一个区域内snp数量大于10个，则丢弃超过10个的部分snp，如果区域内snp数量小于10个，则将第一步中被丢弃的位点填补进位点小于6个的10bk区域，直至没有位点可以补充或者该区域内snp位点数等于10个；(3)随后找到超过2000bp的snp间隔，将最接近间隔中点的snp补充，这一步会重复多次直到没有位点可以填补。
[0049]
5、最后加入2790个通过全基因组关联分析找到的与大黄鱼生长、抗病、抗逆性状有关联的snp位点和100个阳性对照位点。最终获得了一个67万snp的位点集合。
[0050]
6、将上述snp位点集合交付thermo fisher scientific公司进行芯片生产。由于冗余探针和芯片生产过程中的损失，最终“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片共包含591,765个snp位点，这些位点在全基因组上的分布如图1所示。
[0051]
实施例2“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在检测大黄鱼dna样品中的应用
[0052]
(1)大黄鱼基因组dna提取：根据检测需要从大黄鱼肌肉、鳍条、血液等组织使用酚氯仿法或dna提取试剂盒(dneasy 96blood and tissue kit，中国qiagen公司)抽提基因组dna。
[0053]
(2)dna样品质量检测：用质量分数为1-1.5％(w/w)的琼脂糖凝胶电泳检测，用凝胶成像系(geldocxrsystem，美国bio-rad公司)统判断电泳结果，保证基因组dna完整性好，且该基因组dna片段长度大于10kb；用微量紫外分光光度计(q5000，美国quawell公司)或类似的核酸蛋白测定仪测量基因组dna的浓度，将dna浓度调整到工作浓度10-50ng/μl。
[0054]
(3)基因芯片检测：按照affymetrixgenetitan
tm
基因芯片检测标准流程操作(axiom
tm
2.0assay 384ht-array format site preparation guide，https://www.thermofisher.com/)。芯片扫描使用thermofisher公司的affymetrix genetitan芯片扫描平台(gene titan,美国thermofisher公司)。
[0055]
(4)数据分析：genetitan扫描结果用axiomtm analysis suite v4.0(https://www.thermofisher.com/)软件套件分析基因型，并用r语言(http://www.r-project.org/)、python语言(https://www.python.org/)编程及plink(purcell s,neale b,todd-brown k,thomas l,ferreira m a,bender d,maller j,sklar p,de bakker p i,daly m j,sham p c.plink:a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses[j].am j hum genet,2007,81(3):559-575)、vcftools(danecek p,auton a,abecasis g,albers c a,banks e,depristo m a,handsaker r e,lunter g,marth g t,sherry s t,mcvean g,durbin r,genomes project analysis g.the variant call format and vcftools[j].bioinformatics,2011,27(15):2156-2158)等软件获得基因型比较结果。
[0056]
实施例3“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在大黄鱼育种材料的遗传背景分析中的应用
[0057]
为了验证“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在大黄鱼育种材料的遗传背景分析中的应用，使用本发明对来自舟山(12尾)、福鼎(12尾)、厦门(6尾)、湛江(9尾)四个地点的野生大黄鱼及宁德市富发水产有限公司的27尾养殖大黄鱼样本进行了检测，检测方法参考实施例2，结果显示在所有群体中的分型成功率均在95％以上(图2)。去除分型成功率小于90％以及最小等位基因频率小于2％的位点后，得到514,726个高质量snp位点的基因型信息。依此使用主成分分析法对测试大黄鱼的遗传结构进行聚类，结果如图3所示，所有测试大黄鱼分成了宁德群体、舟山群体和闽粤群体三个群体。该结果显示，“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片作为一个分子标记检测系统，其所包含snp位点在中国沿海各个大黄鱼群体中均有很好的堕胎性，可以很好地进行大黄鱼育种材料的遗传背景分析。
[0058]
实施例4“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在黄鱼属近缘物种基因型鉴定中的应用
[0059]
为了验证“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在黄鱼属近缘物种基因型鉴定中的应用，使用本发明对10尾大黄鱼、8尾小黄鱼、10尾棘头梅童鱼、8尾鮸、9尾黄姑鱼、8尾褐毛鲿进行了测试，测试方法参考实施例2，结果显示与大黄鱼亲缘关系越近的物种分型成功率越高，小黄鱼分型成功率达93.2％,所有物种的分型成功率均在87％以上(图4)。基于芯片分型结果构建的系统发育树与此前许多研究结果一致(图5)。这一结果显示“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片对黄鱼属物种均具有良好的分型效果，在这些物种中也可以得到有效应用。
[0060]
实施例5“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片在大黄鱼性状关联分析中的应用
[0061]
采集了367尾养殖大黄鱼的重要生长性状体重数据，并采用
““
宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片进行基因分型(参见实施例2方法进行)。对获得的基因分型结果进行质量控制，并筛选得到高质量的基因分型信息。去除最小等位基因频率低于5％、基因型缺失率大于5％、以及样本缺失率大于2％的个体，因为这些位点和个体存在数据可靠性和完整性的不足，无法很好地用于进一步数据分析。经筛选，最终得到391,906个snp标记，以及355个个体。随后，用筛选得到得的snp位点与采集的大黄鱼体重性状数据开展全基因组关联分析，采用gemma软件的lmm模型进行分析，并用bonferroni检验筛选显著的snp位点，最终定位到7个与大黄鱼体重性状显著相关的snp位点(图6)。这7个位点均集中在18号染色体上，经过注释，鉴定到了dact1、tirarp、veph、cltc1等基因。dact1作为营养调节的前脂肪细胞基因，通过协调wnt/β-catenin信号网络来控制脂肪形成；veph1则可负向调节tgf-β信号传导，进而调控细胞的生长、分化、凋亡等；cltc1作为网格蛋白重链的编码基因之一，通过介导胞吞作用调节脂蛋白代谢等多种生物学过程。因此，通过“宁芯1号”大黄鱼基因组育种芯片鉴定基因型可以以高密度的分型数据得到比较精确的关联分析结果。虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
[0062]
虽然，上文已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
[0063]
本发明的芯片是基于affymethrix芯片制造技术制作的snp芯片，包含591,765个snp位点，可以进行大黄鱼育种材料的遗传背景分析、大黄鱼重要经济性状全基因组关联分析、可以对黄鱼属近缘物种进行基因型鉴定等，具有重要的经济价值和应用。