与泛发性脓疱性银屑病的抗IL-36R抗体治疗相关的生物标记物的制作方法

本发明总体上涉及与泛发性脓疱性银屑病(gpp)的抗il-36r抗体治疗相关的生物标记物。更具体地，本发明涉及与gpp的司柏索利单抗(spesolimab)治疗相关的生物标记物。本发明还涉及使用本文公开的生物标记物的方法。

背景技术：

1、脓疱性银屑病包括一系列严重的慢性或复发性炎性皮肤病症，伴有疼痛性嗜中性粒细胞性无菌脓疱的反复或持续爆发。脓疱性银屑病患者可呈现不同的临床表型，并且公认的主要亚型是泛发性脓疱性银屑病(gpp)。gpp是一种罕见的疾病，其特征在于肉眼可见的脓疱广泛爆发发作，并可能伴有全身性炎症。它与显著的发病率相关，并且如果不进行适当的治疗，可能会危及生命。

2、gpp中的几项研究报道了白介素-36(il-36)在皮肤病变中的过表达和编码il-36受体(il-36r)拮抗剂(il36rn)的基因中的功能丧失性突变，以及尤其是与il-36途径功能相关的其他基因(即card14、aps1s3和serpina3)中的突变。il36rn突变改变了il-36受体拮抗剂的正常功能，导致由于与il-36α、il-36β和il-36γ的竞争结合不平衡而使对il-36r途径的抑制降低。这进而导致下游炎症级联的诱导，和嗜中性粒细胞以及其他先天性免疫细胞和适应性免疫细胞的募集。据报道，10％-82％的gpp患者中存在il36rn突变，并且已经描述了具有缺陷型il36rn突变的gpp患者具有较早的发病年龄。此外，一项调查了不同il36rn突变对il-36ra蛋白表达和调节功能的影响的研究表明，空突变体倾向于优先与gpp相关，而在gpp中发现了亚效等位基因突变。

3、il-36轴在gpp中的关键作用得到了研究的进一步支持，这些研究证明了il-17a、il-23、肿瘤坏死因子(tnf)、il-1、il-36和1型干扰素在gpp病变发病机理中的显著贡献。在上调的基因中，报道了il-1和il-36相关转录物的主导地位。此外，在gpp病变中也检测到了在嗜中性粒细胞脓疱附近的角质形成细胞中il-36α和il-36γ的强表达。

4、总体而言，有足够的证据表明，阻断il-36r信号传导是gpp患者的一种有吸引力的靶向治疗方法。以前，在概念验证i期、多中心、单组、开放标签研究(clinicaltrials.gov标识号：nct02978690)中，用单次静脉内注射剂量10mg/kg司柏索利单抗(一种新型人源化抗il-36r单克隆抗体)阻断il-36r信号传导在出现急性gpp发作的患者中显示出快速的皮肤和脓疱清除。然而，尚未完全阐明驱动gpp发病机制的炎症回路和细胞相互作用，并且通过il-36r阻断破坏这些炎症回路和细胞相互作用的机制仍是未知的。

5、因此，需要改善的手段以追踪针对gpp的治疗选择的功效，鉴定将从这些gpp治疗中受益最大的患者并且根据需要确定和调整针对患者的疗法的剂量。

技术实现思路

1、本发明解决了以上需求，并且提供了与泛发性脓疱性银屑病(gpp)的抗il-36r抗体治疗相关的生物标记物。

2、在一个实施方案中，本发明提供了一种用于检测患者在施用抗白介素36受体抗体(抗il-36r抗体)(例如司柏索利单抗)后存在或不存在有益反应的方法，所述方法包括：a)获得来自所述患者的生物样品；b)测量所述样品中的一种或多种生物标记物的表达水平；c)将所述水平与所述生物标记物的水平的对照值进行比较；以及d)确定所述样品与所述对照之间的水平差异是否反映了所述患者的有益反应，其中所述一种或多种生物标记物包括与以下相关的基因/蛋白质：促炎介质(tnf、il1b、il6)、嗜中性粒细胞募集介质(cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl5、cxcl6、cxcl8、cxcr1、cxcr1、cxcr2)、嗜中性粒细胞表达的转录物(ncf1、ncf2、ncf4、elane)或角质形成细胞激活、分化和介导的炎症转录物(il36a、il36g、il17c、il19、il20、il22、il24)。在一个相关的实施方案中，所述一种或多种生物标记物包括表1和表2中列出的基因或蛋白质。

3、在一个实施方案中，在施用抗il36r抗体或司柏索利单抗之前和之后，检测所述患者中存在或不存在有益反应。

4、在一个实施方案中，所述对照值是用安慰剂治疗的患者的值。在一个实施方案中，所述对照值是用安慰剂治疗的患者的值，并且所述差异是来自用抗il36r抗体或司柏索利单抗治疗与用安慰剂治疗的患者的样品之间的差异。

5、在一个实施方案中，测量所述一种或多种生物标记物的所述基因或所述蛋白质的水平。在一个实施方案中，所述患者患有gpp。

6、在一个实施方案中，所述对照值是使用来自不患有gpp的受试者的样品计算得到的。在一个实施方案中，所述对照值例如安慰剂值是使用来自已知gpp患者，例如来自安慰剂治疗的gpp患者的样品来确定的。在一个实施方案中，所述对照值是使用从所述患者取的至少一个先前样品来确定的。

7、在一个实施方案中，所述方法进一步包括如果所述样品与所述对照之间的水平差异反映了所述患者的有益反应，则继续向所述患者施用所述抗il-36r抗体。在一个实施方案中，所述方法进一步包括如果来自用所述抗il-36r抗体相比于所述安慰剂治疗的患者的水平的差异反映了所述患者的有益反应，则继续向所述患者施用所述抗体。

8、在一个进一步的实施方案中，本发明提供了一种确定潜在治疗剂在治疗gpp方面是否有效的方法，所述方法包括：a)在用所述潜在治疗剂治疗之前从gpp患者获得第一生物样品；b)用所述潜在治疗剂治疗所述gpp患者；c)在用所述潜在治疗剂治疗后从所述gpp患者获得第二生物样品；d)测量所述第一样品和所述第二样品中一种或多种生物标记物的表达水平；以及e)将所述第二样品中的生物标记物水平与所述第一样品中的水平进行比较，其中生物标记物水平在所述第二样品中与在所述第一样品中相比的变化指示所述潜在治疗剂是有效的，并且进一步其中所述一种或多种生物标记物包括与以下相关的基因：促炎介质(tnf、il1b、il6)、嗜中性粒细胞募集介质(cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl5、cxcl6、cxcl8、cxcr1、cxcr1、cxcr2)、嗜中性粒细胞表达的转录物(ncf1、ncf2、ncf4、elane)或角质形成细胞激活、分化和介导的炎症转录物(il36a、il36g、il17c、il19、il20、il22、il24)。在一个相关的实施方案中，所述一种或多种生物标记物包括表1和表2中列出的基因或蛋白质。

9、在一个实施方案中，所述步骤e)包括将所述第二样品中的生物标记物水平与所述第一样品中的水平进行比较，其中生物标记物水平在所述第二样品中与在所述第一样品中相比的变化以及与临床功效量度(例如在gpp的情况下的gppasi得分)的改善的相关性指示所述潜在治疗剂是有效的。

10、在一个实施方案中，所述方法进一步包括如果与所述第一样品相比，所述第二样品中的生物标记物水平变化(例如，更高或更低)，则继续所述患者的治疗。

11、在一个进一步的实施方案中，本发明提供了一种治疗受试者的gpp的方法，所述方法包括：基于根据前述权利要求中任一项所述的方法，确定是否开始所述受试者的治疗、修改治疗剂量、修改给药间隔或停止治疗。

12、在一个进一步的实施方案中，本发明提供了一种监测患者对gpp治疗的反应的方法，所述方法包括：

13、a)从所述患者获得第一生物样品；

14、b)测量所述第一生物样品中的一种或多种生物标记物的水平，其中所述一种或多种生物标记物包括与以下相关的基因/蛋白质：促炎介质(tnf、il1b、il6)、嗜中性粒细胞募集介质(cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl5、cxcl6、cxcl8、cxcr1、cxcr1、cxcr2)、嗜中性粒细胞表达的转录物(ncf1、ncf2、ncf4、elane)或角质形成细胞激活、分化和介导的炎症转录物(il36a、il36g、il17c、il19、il20、il22、il24)，或者其中所述一种或多种生物标记物包括表1和表2中所列的基因或蛋白质；

15、c)向所述患者施用治疗化合物；

16、d)从所述患者获得第二生物样品；

17、e)测量所述第二生物样品中的所述一种或多种生物标记物的水平；以及

18、f)将从第一生物样品和第二生物样品获得的所述一种或多种生物标记物的水平进行比较；

19、其中所述第二生物样品中的所述一种或多种生物标记物的水平的变化指示有效反应。在一方面，所述第二生物样品中的所述一种或多种生物标记物的水平的变化以及与临床功效量度(例如在gpp的情况下的gppasi得分)的改善的相关性指示有效反应。

20、在一个进一步的实施方案中，本发明提供了一种用于监测患者对用于gpp的药物治疗方案的依从性的方法，所述方法包括：

21、a)从所述患者获得生物样品；

22、b)测量一种或多种生物标记物的水平，其中所述一种或多种生物标记物包括与以下相关的基因/蛋白质：促炎介质(tnf、il1b、il6)、嗜中性粒细胞募集介质(cxcl1、cxcl2、cxcl3、cxcl5、cxcl6、cxcl8、cxcr1、cxcr1、cxcr2)、嗜中性粒细胞表达的转录物(ncf1、ncf2、ncf4、elane)或角质形成细胞激活、分化和介导的炎症转录物(il36a、il36g、il17c、il19、il20、il22、il24)，或者其中所述一种或多种生物标记物包括表1和表2中所列的基因或蛋白质；以及

23、c)确定与对照未处理样品中的水平相比，所述患者样品中的水平是否改变；

24、其中所述水平的变化指示患者对所述药物治疗方案的依从性。

25、在一个实施方案中，在上述任何一种方法中，与所述第一生物样品中的所述一种或多种生物标记物的水平相比，所述第二生物样品中的所述水平改变至少约20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％或更多。

26、在一个实施方案中，在上述任何一种方法中，所述生物样品是皮肤活检物、血液、血浆或血清样品。在一个实施方案中，在上述任何一种方法中，所述抗il-36r抗体是司柏索利单抗。在一个实施方案中，在上述任何一种方法中，所述生物标记物水平是通过rna测序或elisa或另一种蛋白质测定来测定的。在一个实施方案中，所述生物标记物是皮肤中差异表达的基因。

27、在一个实施方案中，本发明进一步提供了一种例如使用本文公开的方法选择患者的方法。在一个实施方案中，本发明进一步提供了一种例如使用本发明的方法针对预期在用抗il-36r抗体治疗之后具有有益反应的患者来富集患者群体的方法。在一个实施方案中，本发明进一步提供了一种例如使用本发明的方法针对预期在用抗il-36r抗体治疗之前或之后早期具有有益反应的患者来富集患者群体的方法。

28、在一个实施方案中，在上述任何一种方法中，所述抗il-36r抗体或其抗原结合片段是如下所公开的。

29、在一个实施方案中，所述抗il-36r抗体或其抗原结合片段包含a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seq id no:35、102、103、104、105、106或140的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

30、在一个实施方案中，所述抗il-36r抗体或其抗原结合片段包含：

31、i.a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seqid no:102的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

32、ii.a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seq id no:103的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

33、iii.a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seq id no:104的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

34、iv.a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seq id no:105的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

35、v.a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seqid no:106的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

36、vi.a)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:26的氨基酸序列(l-cdr1)；seq id no:140的氨基酸序列(l-cdr2)；seq id no:44的氨基酸序列(l-cdr3)；和b)重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:53的氨基酸序列(h-cdr1)；seq id no:62、108、109、110或111的氨基酸序列(h-cdr2)；seq id no:72的氨基酸序列(h-cdr3)。

37、在一个实施方案中，所述抗il-36r抗体或其抗原结合片段包含：

38、(i)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:77的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:87的氨基酸序列；或

39、(ii)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:77的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:88的氨基酸序列；或

40、(iii)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:77的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:89的氨基酸序列；或

41、(iv)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:80的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:87的氨基酸序列；或

42、(v)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:80的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:88的氨基酸序列；或

43、(vi)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:80的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:89的氨基酸序列；或

44、(vii)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:85的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:100的氨基酸序列；或

45、(viii)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:85的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:101的氨基酸序列；或

46、(ix)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:86的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:100的氨基酸序列；或

47、(x)轻链可变区，所述轻链可变区包含seq id no:86的氨基酸序列；和重链可变区，所述重链可变区包含seq id no:101的氨基酸序列。

48、在一个实施方案中，所述抗il-36r抗体或其抗原结合片段包含：

49、i.轻链，所述轻链包含seq id no:115的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:125的氨基酸序列；或

50、ii.轻链，所述轻链包含seq id no:115的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:126的氨基酸序列；或

51、iii.轻链，所述轻链包含seq id no:115的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:127的氨基酸序列；或

52、iv.轻链，所述轻链包含seq id no:118的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:125的氨基酸序列；或

53、v.轻链，所述轻链包含seq id no:118的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:126的氨基酸序列；或

54、vi.轻链，所述轻链包含seq id no:118的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:127的氨基酸序列；或

55、vii.轻链，所述轻链包含seq id no:123的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:138的氨基酸序列；或

56、viii.轻链，所述轻链包含seq id no:123的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seq id no:139的氨基酸序列；或

57、ix.轻链，所述轻链包含seq id no:124的氨基酸序列；和重链，所述重链包含seqid no:138的氨基酸序列。

58、在一个实施方案中，所述抗il-36r抗体是司柏索利单抗、抗体b1、抗体b2、抗体b3、抗体b4、抗体b5、抗体b6、抗体c1、抗体c2或抗体c3。

59、在一个实施方案中，所述抗il-36r抗体是如wo2013/074569、wo2016/168542或wo2020/018503中披露的抗体，将其中的每一个的内容通过引用并入本文。

60、在另一个实施方案中，本发明涉及一种组合物，所述组合物包含来自gpp患者的生物样品和用于检测一种或多种生物标记物的不存在或存在或水平的试剂，所述一种或多种生物标记物包括表1和表2中列出的基因或蛋白质。在一个相关实施方案中，所述试剂是例如针对表1和表2中列出的任何生物标记物的抗体。