玉米穗腐病抗性显著相关SNP分子标记组合、及其筛选方法和应用与流程

文档序号:34619972发布日期:2023-06-29 12:24阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合,其特征在于,所述玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合包括snp1~snp69,其中:

2.一种如权利要求1所述的玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合的筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:

3.根据权利要求2所述的玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合的筛选方法,其特征在于,在所述步骤(1)中,多份所述玉米自交系材料分为p群、tangsipingtou群、lancaster群、bsss群和waxy群,所述p群包括99份所述玉米自交系材料,所述tangsipingtou群包括51份所述玉米自交系材料,所述lancaster群包括36份所述玉米自交系材料,所述bsss群包括76份所述玉米自交系材料,所述waxy群包括72份所述玉米自交系材料;所述种植环境的数目为5个;所述fusarium graminearum菌液的浓度为1×106个孢子/ml;所述的调查果穗的发病情况具体是将所述玉米收获后自然晒干,根据发病面积占果穗面积的比例分为1级~7级,其中:1级:没有发病;2级:发病面积占果穗面积的1%~3%;3级:发病面积占果穗面积的4%~10%;4级:发病面积占果穗面积的11%~25%;5级:发病面积占果穗面积的26%~50%;6级:发病面积占果穗面积的51%~75%;7级:发病面积占果穗面积的76%~100%。

4.根据权利要求2所述的玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合的筛选方法,其特征在于,在所述步骤(3)中,所述snp芯片采用 maize56ksnp array,所述过滤采用tassel 5.0软件进行。

5.根据权利要求2所述的玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合的筛选方法,其特征在于,在所述步骤(4)中,所述“single_env”方法考虑q+k,设置lod≥3,其余参数为所述4.0.2软件的默认值。

6.如权利要求1所述的玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合在构建玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型中的应用。

7.一种玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型构建方法,其特征在于,将如权利要求1所述的玉米穗腐病抗性显著相关snp分子标记组合作为固定效应加入全基因组选择数据模型中从而构建玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型。

8.根据权利要求7所述的玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型构建方法,其特征在于,所述全基因组选择数据模型是采用r 4.0.2软件的gapit包构建的gblup随机效应模型,所述gblup随机效应模型为:y=1nμ+zu+ε,其中y表示表型值,μ表示总体均值,1n表示元素为1的1×n维向量,u表示随机效应,z表示与随机效应相关的n×m的设计矩阵,n表示个体数,m表示分子标记数,ε表示剩余效应;

9.一种玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型,其特征在于,采用如权利要求7~8中任一项所述的玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型构建方法构建而成。

10.如权利要求9所述的玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型在预测玉米穗腐病抗性中的应用。


技术总结
本发明提供一种玉米穗腐病抗性显著相关SNP分子标记组合,包括SNP1~SNP69,其中:SNP1~SNP13、SNP14~SNP19、SNP20~SNP25、SNP26~SNP31、SNP32~SNP39、SNP40~SNP42、SNP43~SNP55、SNP56~SNP60、SNP61~SNP64和SNP65~SNP69分别位于玉米的第1染色体~第10染色体。还提供了相关筛选方法和应用。本发明的玉米穗腐病抗性显著相关SNP分子标记组合能够用于构建玉米穗腐病抗性全基因组选择数据模型,从而显著提高玉米穗腐病抗性预测准确性,进而提高育种效率,降低育种成本,适于大规模推广应用。

技术研发人员:周广飞,张舒钰,章慧敏,宋旭东,张振良,陆虎华,陈国清,郝德荣,冒宇翔,石明亮,薛林,黄小兰
受保护的技术使用者:江苏沿江地区农业科学研究所
技术研发日:
技术公布日:2024/1/13
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