一种检测CYP2C19基因多态性的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途与流程

本发明属于基因检测，具体涉及一种检测cyp2c19基因多态性的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途。

背景技术：

1、人类cyp2c19基因位于第10号染色体q24.2，包含9个外显子，编码的蛋白由490个氨基酸组成。目前已知的由cyp2c19参与代谢并明显影响其临床应用的药物多达几十种，并且作为药物基因组靶点被25个fda获批药物的说明书中收录，包括氯吡格雷、抗癫痫药、抗抑郁药及质子泵抑制剂等。不同的cyp2c19的基因型会影响药物吸收、分布代谢等，最终造成个体间对药物疗效或不良反应的差异。根据pharmgkb数据库cyp2c19有36种不同的基因型，这36种基因型是由一组多达34个的snp位点及结构变异所共同决定。对这些位点做全面的检测，是对cyp2c19的基因型做准确分型的基础，进一步的可以帮助患者选择合适的药物和药物剂量，实现个体化用药指导，达到最佳治疗目的。

2、目前常用的用于检测cyp2c19基因多态性的方法包括dna测序法、限制性片段长度多态性聚合酶链反应(pcr-rflp)、高效液相色谱分析(hplc)、毛细管电泳法(capillaryelectrophoresis)等。这些方法均存在操作复杂、耗时较长、成本高、检测位点不全面、检测灵敏度低且容易造成假阳性或假阴性等弊端。

3、随着药物基因组学知识的不断积累，以及分子检测技术的不断发展，多位点/多药物的个体化用药检测正在被行业所接受。一次检测就可以获得常用药物或一类药物(如心血管、免疫抑制)的药物代谢酶及作用靶点基因的遗传信息，对药物剂量、药物种类选择及药物间相互作用等个体化用药方案的制定产生决定性影响。

4、目前获三类证批件的pgx体外诊断试剂远不能覆盖临床所需检测的基因位点，随着二代测序技术的普及，高通量测序能够同时对上百万甚至数十亿个dna片段进行测序，因此可在较低成本下一次对多至上百个药物基因组学相关基因、全外显子及全基因组进行检测，而且需要的样本量并不增加。高通量测序技术因其在通量、成本和效率方面的优势，在药物代谢酶和药物作用靶点基因检测上展现了广阔的应用价值。

技术实现思路

1、针对上述存在的问题，本发明的第一目的是提供一组捕获探针，用于达到有效快速捕获相关基因cyp2c19的目的。

2、本发明的第二目的是提供上述捕获探针的用途，用于制造一种检测基因cyp2c19的多个基因型的建库试剂盒，缓解了现有技术中缺少一种能够有效快速捕获相关基因cyp2c19的产品的问题。

3、本发明的第三目的是提供一种检测相关基因cyp2c19多态性的建库试剂盒，用于达到快速建立相关基因cyp2c19的靶向文库的目的。

4、本发明的第四目的是提供一种用于指导氯吡格雷等预防和治疗因血小板高聚集引起的心脑及其他动脉循环障碍疾病用药的建库试剂盒，缓解了现有技术中缺少一种有效指导氯吡格雷等预防和治疗因血小板高聚集引起的心脑及其他动脉循环障碍疾病用药的产品的问题。

5、本发明的第五目的是提供一种文库构建方法，实现了对相关基因cyp2c19有效富集的目的，并且该方法以极低起始量的基因组dna为模板，大大降低了等待杂交反应的时间，提高了杂交效率。

6、本发明的第六目的是提供一种文库构建方法的用途，达到了快速对cyp2c19基因精准分型的目的。

7、为了实现上述目的，本发明的技术方案如下：

8、一种捕获探针，所述捕获探针包括碱基序列seq id no:1～1048中的至少一种。

9、作为本发明的进一步优选，一种捕获探针的用途，所述捕获探针用于制造一种检测基因cyp2c19的多个基因型的建库试剂盒。

10、一种检测相关基因cyp2c19多态性的建库试剂盒，包括至少一组捕获探针，所述捕获探针包括碱基序列seq id no:1～1048中的至少一种。

11、一种用于指导氯吡格雷等预防和治疗因血小板高聚集引起的心脑及其他动脉循环障碍疾病用药的建库试剂盒，包括至少一组捕获探针，所述捕获探针包括碱基序列seqid no:1～1048中的至少一种。

12、一种文库构建方法，使用上述捕获探针或建库试剂盒捕获相关基因cyp2c19。

13、作为本发明的进一步优选，所述文库构建方法包括以下步骤：

14、(a)样品提取：收集待测样品并提取基因组dna；

15、(b)dna片段化：将dna打断形成dna片段；

16、(c)末端修复：对所述dna片段进行末端修复和添加a-tailing，然后进行纯化；

17、(d)接头并纯化；

18、(e)文库杂交并捕获。

19、作为本发明的进一步优选，所述基因组dna的起始量为10～100ng。

20、作为本发明的进一步优选，上述纯化均采用磁珠纯化。

21、作为本发明的进一步优选，所述磁珠纯化的步骤包括：(1)将低温储存的磁珠置于室温内回温；(2)将pcr产物瞬离；(3)将瞬离后的pcr产物与磁珠混匀；(4)加入乙醇溶液，置于磁力架上静置，弃上清液；(5)重复步骤(4)至少一次，并去除乙醇溶液；(6)干燥；(7)加入无酶水，室温孵育；(8)置于磁力架上静置，取上清液，稀释后进行上级测序。

22、作为本发明的进一步优选，所述无酶水的添加量为17～45μl。

23、一种文库构建方法在检测相关基因cyp2c19多态性中的用途，文库构建方法得到的文库进行测序，将测序结果与数据库进行对比。

24、综上所述，本发明具有以下有益效果：

25、本发明设计的探针cyp2c19 panel具有对文库进行杂交捕获和富集耗时短，效率高的优点。

26、本发明制造出的建库试剂盒，可利用杂交捕获法检测药物基因组学相关基因cyp2c19多态性；仅需微量基因组dna用于构建dna文库，模板起始量可低至10ng；将酶切打断、末端补平和加a尾在一个体系里完成，然后再利用探针cyp2c19 panel对文库进行杂交捕获和富集，具有耗时短，效率高的优点。

27、本发明制造出的建库试剂盒中的udi引物(index)多达384对，可实现384个文库同时构建和一起上机测序；另外本试剂盒的快速杂交体系，杂交时间最短可至15min即可实现一般过夜杂交的效率，最终得到文库片段大小在300～400bp左右，能够兼容illumina各种测序平台进行测序；通过简单易用的边合成边ngs测序解决方案，实现对可能影响药物和化合物吸收、分布、代谢和排泄的cyp2c19基因进行快速精准分型；一次检测就可以快速获得cyp2c19的基因型与代谢药物能力，同时本试剂盒操作简便，耗时小，极易实现自动化检测，在指导氯吡格雷、抗癫痫药、抗抑郁药及质子泵抑制剂等药物用药，预测药物疗效及毒副作用方面具有良好的临床应用前景，便于临床的推广。

技术特征：

1.一组捕获探针，其特征在于，所述捕获探针包括碱基序列seq id no:1～1048中的至少一种。

2.如权利要求1所述的捕获探针的用途，其特征在于，所述捕获探针用于制造一种检测基因cyp2c19的多个基因型的建库试剂盒。

3.一种检测相关基因cyp2c19多态性的建库试剂盒，其特征在于，包括至少一组捕获探针，所述捕获探针包括碱基序列seq id no:1～1048中的至少一种。

4.一种用于指导氯吡格雷等预防和治疗因血小板高聚集引起的心脑及其他动脉循环障碍疾病用药的建库试剂盒，其特征在于，包括至少一组捕获探针，所述捕获探针包括碱基序列seq id no:1～1048中的至少一种。

5.一种文库构建方法，其特征在于，使用如权利要求1所述的捕获探针或权利要求3所述的建库试剂盒捕获相关基因cyp2c19。

6.如权利要求5所述的一种文库构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.一种如权利要求6所述的文库构建方法在检测相关基因cyp2c19多态性中的用途，其特征在于，对权利要求6所述的文库构建方法得到的文库进行测序，将测序结果与数据库进行对比。

技术总结
一种检测CYP2C19基因多态性的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途。本发明制造出的建库试剂盒可利用杂交捕获法检测药物基因组学相关基因CYP2C19多态性；仅需微量基因组DNA用于构建DNA文库，模板起始量可低至10ng；将酶切打断、末端补平和加A尾在一个体系里完成，然后再利用探针CYP2C19Panel对文库进行杂交捕获和富集，具有耗时短，效率高的优点。

技术研发人员：林筱剑,周桂兰,丁琳枫,孙翠莲,肖建锋
受保护的技术使用者：南京艾迪康医学检验所有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/5/10