沙门氏菌的非编码性rna及其鉴定和应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域，更具体地涉及沙门氏菌的非编码性RNA及其鉴定和应 用。
【背景技术】
[0002] 微生物（Microorganism)是广泛存在于自然界中的一群肉眼看不见，必须借助光 学显微镜或电子显微镜放大数百倍、数千倍甚至数万倍才能观察到的微小生物的总称。它 们具有体形微小、结构简单、繁殖迅速、容易变异及适应环境能力强等特点。
[0003] 微生物种类繁多，在自然界中的分布极为广泛。在人类、动物和植物的体表及其与 外界相通的腔道中也有多种微生物存在。
[0004] 微生物对人类最重要的影响之一是导致某些疾病，尤其是传染病。虽然在疾病的 预防和治疗方面，人类已取得了长足进展，但是新现和再现的微生物感染还是不断发生，许 多疾病一直缺乏有效的治疗药物。此外，大量的广谱抗生素的滥用造成了强大的选择压力， 使许多菌株发生变异，导致危害更大的耐药性菌株的产生。
[0005] 凡是生长在活的生物体外或体内的微生物，都称为寄生微生物，寄生生活的微生 物靠剥夺其他生物的营养，甚至靠其他生物的身体的某部分作为营养。微生物可通过口腔、 皮肤或呼吸道进入人或动物体内，利用人或动物体的营养生长繁殖。如果这些细菌产生毒 素，就会使人生病，如霍乱、伤寒、肺炎等。艾滋病、感冒等疾病则是由病毒引起的。病毒是 更专一的寄生微生物，因为它们离开活细胞就不能生活，所以叫做严格寄生微生物。
[0006] 微生物感染（Microbialinfection)是临床常见的微生物导致的疾病。细菌性疾 病的诊断，绝大多数均需进行细菌学诊断以明确病因。然而自标本中分离到细菌并不一定 意味该菌为疾病的病原，因此应根据病人的临床情况、采集标本的部位、获得的细菌种类进 行综合分析。有时尚需做毒力、细胞及动物等试验以确定该菌株的致病性。
[0007]由于细菌及其代谢产物具有抗原性，细菌性感染还可通过检测抗体进行诊断。此 外，近年来还发展起来通过检测细菌的遗传物质对细菌的遗传物质对细菌进行诊断的新方 法一基因诊断方法。但上述检测方法操作繁琐，对检测样本采集及保存要求严格，同时检测 结果假阳性率高，检测周期长，易对患者病情造成延误。
[0008] 感染性疾病，特别是慢性持续性感染，是危害人类健康与生命的全球性顽疾之一。 对人类有重要影响的胞内病原体，包括结核分枝杆菌、沙门氏菌、布鲁氏菌、嗜肺军团菌、李 斯特菌和麻风杆菌等。结核、AIDS、肝炎等七大病构成全球性威胁的疾病，其治疗困难的原 因与病原体的胞内寄生性密切相关。
[0009] 针对胞内微生物感染的治疗是一难题。主要原因包括：当这些病原体侵入并潜伏 于细胞内，常规的抗生素很难运送到细菌所潜伏的细胞内，并且即使运送到，浓度也很难达 到有效杀菌效果；抗体不能进入细胞内发挥作用；当胞内菌成功寄生细胞后，不仅能够逃 逸免疫吞噬、杀伤和清除，而且可在细胞内长期存在，在适当时机（如机体免疫力下降）导 致机体发病。
[0010] 沙门氏菌属（Salmonella)是一大群寄生于人类和动物肠道内，生化反应和抗原 构造相似的革兰氏阴性杆菌，有的专对人类致病，有的只对动物致病，也有对人和动物都 致病，这些统称为沙门氏菌。沙门氏菌目前已经发现1800种以上，按抗原成分可分为甲、 乙、丙、丁、戊等基本菌型。其中与人类疾病有关的主要有甲组的副伤寒甲杆菌，乙组的副 伤寒乙杆菌和鼠伤寒杆菌，丙组的副伤寒丙杆菌和猪霍乱杆菌，丁组的伤寒和肠炎杆菌。 此菌可引起禽伤寒、鸡白痢、猪霍乱、鼠伤寒沙门氏菌病、猪副伤寒、马流产沙门氏菌病等 疾病。致病性最强的是猪霍乱沙门氏菌（Salmonellacholerae)，其次是鼠伤寒沙门氏菌 (Salmonellatyphimurium)和肠炎沙门氏菌（Salmonellaenteritidis)。感染沙门氏菌 或食用被带菌者粪便污染的食品，可使人发生食物中毒。
[0011] 因此，为了防治微生物感染疾病，本领域迫切需要开发新的操作简单、结果准确的 诊断和治疗技术，以便改善此类疾病的实验室诊断及临床治疗，避免患者病情延误，减轻患 者身体及经济负担。
【发明内容】
[0012] 本发明的目的就是提供一种针对微生物感染的操作简单、结果准确的诊断和治疗 方法。
[0013]在本发明的第一方面，提供了一种分离的微小样RNA(milRNA)，所述的milRNA选 自：
[0014] (i)序列如SEQIDN0:1-5 任一所示的milRNA
[0015] (ii)与⑴中所述milRNA的核苷酸序列互补的milRNA。
[0016] 在另一优选例中，所述的互补包括基本上互补（不互补的碱基< 3个，较佳地< 3 个，更佳地< 1个）和完全互补。
[0017] 在另一优选例中，所述的mi1RNA来自沙门氏菌。
[0018] 在另一优选例中，所述的milRNA分离自人或非人哺乳动物的血液、体液、或组织 样品。
[0019] 在另一优选例中，所述的血液为血浆和/或血清。
[0020] 在另一优选例中，所述的非人哺乳动物为小鼠、大鼠、兔、猪、牛、羊等。
[0021] 在另一优选例中，所述的mi1RNA分离自人。
[0022] 在本发明的第二方面，提供了一种分离的或人工构建的前体milRNA，所述的前体 milRNA能在动物细胞内剪切并表达成如本发明第一方面所述的milRNA。
[0023] 在另一优选例中，所述的动物细胞包括人细胞。
[0024] 在本发明的第三方面，提供了一种分离的多核苷酸，所述的多核苷酸能被动物细 胞转录成前体milRNA，所述的前体milRNA能在人细胞内被剪切且表达成如本发明第一方 面所述的milRNA。
[0025] 在另一优选例中，所述的多核苷酸具有式I所示的结构：
[0026]Seq正向-X-Seq反向
[0027]式I
[0028]式I中，
[0029]Seq^g为能在动物细胞中表达成所述的milRNA的核苷酸序列；
[0030] Seq&自为与Seqs自基本上互补或完全互补的核苷酸序列；
[0031]X为位于Seq正向和Seq反向之间的间隔序列，并且所述间隔序列与Seq正向和Seq反向 不互补；
[0032] 并且式I所示的结构在转入动物细胞后，形成式II所示的二级结构：
【主权项】
1. 一种分离的微小样RNA(milRNA)，其特征在于，所述的milRNA选自： (i) 序列如SEQIDNO: 1-5任一所示的milRNA (ii) 与⑴中所述milRNA的核苷酸序列互补的milRNA。
2. 如权利要求1所述的milRNA，其特征在于，所述的milRNA来自沙门氏菌。
3. -种分离的或人工构建的前体milRNA，所述的前体milRNA能在动物细胞内剪切并 表达成如权利要求1所述的milRNA。
4. 一种分离的多核苷酸，所述的多核苷酸能被动物细胞转录成前体milRNA，所述的前 体milRNA能在人细胞内被剪切且表达成如权利要求1所述的milRNA。
5. -种载体，其特征在于，所述载体含有权利要求1所述的milRNA，或权利要求4所述 的多核苷酸。
6. 权利要求1所述milRNA的用途，其特征在于，用于（a)制备检测沙门氏菌感染的试 齐[J、检测芯片或试剂盒；或（b)制备调控iNOS表达或活性的调节剂。
7. -种核酸芯片，所述的核酸芯片包括： 固相载体；以及 有序固定在所述固相载体上的寡核苷酸探针，所述的寡核苷酸探针特异性捕获权利要 求1所述的milRNA。
8. -种试剂盒，所述的试剂盒中含有权利要求7所述的核酸芯片或权利要求1所述的 milRNA。
9. 一种特异性抑制或阻断权利要求1所述的milRNA的抑制剂。
10. 如权利要求11所述的milRNA的抑制剂的用途，其特征在于，用于制备（a)治疗沙 门氏菌感染的药物，或（b)上调iNOS表达或活性的药物。
11. 一种药物组合物，其特征在于，所述药物组合物包括药学上可接受的载体和特异性 抑制或阻断权利要求1所述的milRNA的抑制剂。
12. -种筛选用于治疗沙门氏菌感染的候选药物的方法，其特征在于，包括步骤： (a) 提供一测试组和一对照组，其中在所述测试组中将候选物质施用于测试组的细胞 或动物，并测定施用后所述测试组中sal-1的表达水平，而所述的对照组采用与测试组相 同的条件，但不将候选物质施用于对照组的细胞或动物； (b) 将测试组的sal-1与对照组的sal-1的表达水平进行比较； 其中，当测试组的sal-1的表达水平显著低于对照组的sal-1的表达水平时，则表明该 候选物质是用于治疗沙门氏菌感染的候选药物。
【专利摘要】本发明提供了沙门氏菌的非编码性RNA及其鉴定和应用。具体地，本发明试验表明，沙门氏菌将自身编码的非编码RNA(ncRNA)呈递到宿主细胞内，借助细胞的microRNA剪切系统，产生出类似microRNA的milRNA，运用milRNA调控免疫系统，进而保护沙门氏菌免于被宿主清除。利用milRNA的抑制剂吸附milRNA可有效抑制细菌在细胞内的存活能力，导致细菌生存能力下降。本发明还提供了可有效检测、治疗和研究沙门氏菌或感染疾病的相关试剂和方法。
【IPC分类】A61P31-04, C12N15-63, A61K48-00, C12Q1-68, C12N15-113, C12N15-11
【公开号】CN104694533
【申请号】CN201310665565
【发明人】曾科, 顾宏伟, 张辰宇, 张天赋
【申请人】江苏命码生物科技有限公司
【公开日】2015年6月10日
【申请日】2013年12月9日
【公告号】WO2015085905A1