粉酶
[0108] w/v 重量/体积
[0109] w/w 重量/重量
[0110] v/v 体积/体积
[0111] wt% 重量 ％
[0112] V 摄氏度
[0113] H20 水
[0114] dH20或DI 去离子水
[0115] dIH20 Milli-Q过滤的去离子水
[0116] g或 gm克
[0117] y g微克
[0118] mg毫克
[0119] kg千克
[0120] y L 和 y 1 微升
[0121] mL 和 ml 毫升
[0122] mm 毫米
[0123] ym微米
[0124] M摩尔/升
[0125] mM毫摩尔/升
[0126] yM微摩尔/升
[0127] U单位
[0128] sec秒
[0129] min 分钟
[0130] hr小时
[0131] D0 溶氧
[0132] Ncm 牛顿厘米
[0133] EtOH 乙醇
[0134] eq. 当量
[0135] N 当量浓度
[0136]1.2.宙义
[0137] 术语"淀粉酶"或"淀粉分解酶"是指除其他方面外还能够催化淀粉的降解的 酶。a-淀粉酶为裂解淀粉中的a-D_(l -4)0-糖苷键的水解酶。一般来讲，a-淀粉 酶（EC 3.2. 1. 1 ;a-D-(l - 4)-葡聚糖葡聚糖水解酶）定义为以随机方式裂解淀粉分 子内的a-D_(l - 4)0-糖苷键从而生成含有三个或更多个（1-4)-a-连接的D-葡萄 糖单元的多糖的内切作用酶。相反地，外切作用淀粉分解酶如淀粉酶（EC 3.2. 1.2; a -D-(1 - 4)-葡聚糖麦芽糖水解酶）和一些产物特异性淀粉酶如生麦芽糖a -淀粉酶（EC 3. 2. 1. 133)从底物的非还原端裂解多糖分子。0 -淀粉酶、a -葡萄糖苷酶（EC 3. 2. 1. 20 ; a -D-葡糖苷葡萄糖水解酶）、葡糖淀粉酶（EC 3. 2. 1. 3 ; a -D_(l - 4)-葡聚糖葡糖水解 酶）和产物特异性淀粉酶如麦芽四糖苷酶（EC 3. 2. 1. 60)和麦芽六糖苷酶（EC 3. 2. 1. 98) 可产生特定长度的麦芽低聚糖或特定麦芽低聚糖的富集糖浆。
[0138] 本文的"酶单位"是指在规定的测定条件下单位时间所形成的产物的量。例如，"葡 糖淀粉酶活性单位"（GAU)定义为在60°C、pH 4. 2下每小时从可溶性淀粉底物（4% DS)产 生lg葡萄糖的酶量。"可溶性淀粉单位"(SSU)是在pH 4.5、50°C下每分钟从可溶性淀粉底 物（4% DS)产生lmg葡萄糖的酶量。DS是指"干固形物"。
[0139] 如本文所用，术语"淀粉"指由植物的复杂多糖碳水化合物构成的任何材料，由具 有式（C6H1(l05)x(其中X可以是任何数字）的直链淀粉和支链淀粉构成。所述术语包括基于 植物的材料，诸如谷粒、谷物、草、块茎和根，并且更具体地讲是从小麦、大麦、玉米、黑麦、水 稻、高梁、糠、木薯、小米、马铃薯、甘薯和木薯粉获得的材料。术语"淀粉"包括颗粒淀粉。术 语"颗粒淀粉"是指生的即未蒸煮过的淀粉，例如尚未经受糊化的淀粉。
[0140] 关于多肽的术语"野生型"、"亲本"或"参考"是指不在一个或多个氨基酸位置处 包括人为制造的置换、插入或缺失的天然存在的多肽。类似地，关于多核苷酸的术语"野生 型"、"亲本"或"参考"是指不包括人为制造的核苷改变的天然存在的多核苷酸。然而，应当 注意，编码野生型多肽、亲本多肽或参考多肽的多核苷酸不局限于天然存在的多核苷酸，而 涵盖编码野生型多肽、亲本多肽或参考多肽的任何多核苷酸。
[0141] 对野生型蛋白质的提及应理解为包括所述蛋白质的成熟形式。"成熟"多肽意指 缺少信号序列的TeAmyl多肽或其变体。例如，信号序列可在多肽的表达期间切除。成熟 TeAmyl的长度为603个氨基酸，所述长度覆盖SEQ ID N0 :1的第1-603位，其中所述位置 从N端计数。野生型TeAmyl的信号序列的长度为19个氨基酸，并具有SEQ ID N0 :3示出 的序列。作为另一种选择，成熟TeAmyl或其变体可以包含取自不同蛋白质的信号序列。成 熟蛋白质可以是成熟多肽和信号序列多肽之间的融合蛋白。
[0142] TeAmyl的"催化核心"跨越SEQ IDN0 :1的第1-476位残基。TeAmyl的推定"接 头"或"接头区域"（SEQ IDN0 :11)跨越SEQ IDN0 :1的第477-494位残基。TeAmyl的推 定的"碳水化合物结合结构域"（SEQ IDN0:10)跨越SEQ IDNO: 1的第495-603位残基。
[0143] 关于多肽的术语"变体"是指因其包括一个或多个天然存在的或人为制造的氨基 酸置换、插入或缺失而不同于指定的野生型多肽、亲本多肽或参考多肽的多肽。类似地，关 于多核苷酸的术语"变体"是指核苷酸序列不同于指定的野生型多核苷酸、亲本多核苷酸或 参考多核苷酸的多核苷酸。野生型、亲本或参考多肽或多核苷酸的身份从上下文来看将是 显而易见的。TeAmyl的"变体"和"变体a-淀粉酶多肽"在本文中是同义词。
[0144] 就本发明a _淀粉酶而言，"活性"是指a _淀粉酶活性，其可如本文所述进行测 量。
[0145] 当关于对象细胞、核酸、蛋白质或载体而使用时，术语"重组"指该对象已从其天然 状态经过修饰。因此，例如，重组细胞表达未在天然（非重组）形式的细胞中存在的基因， 或者以不同于自然界中存在的水平或条件表达天然基因。重组核酸与天然序列相差一个或 多个核苷酸和/或有效连接至异源序列，如表达载体中的异源启动子。重组蛋白可与天然 序列相差一个或多个氨基酸并且/或者可与异源序列融合。包含编码TeAmyl或其变体的 核酸的载体是重组载体。
[0146] 术语"回收的"、"分离的"和"分开的"是指这样的化合物、蛋白质（多肽）、细胞、核 酸、氨基酸或其他指定的物质或组分，其从如在自然界中存在的那样与其天然相关的至少 一种其他物质或组分中移除，例如从埃默森篮状菌细胞中分离的TeAmyl。"分离的"TeAmyl 或其变体包括但不限于：包含分泌的TeAmyl或变体多肽以及在异源宿主细胞（即，非埃默 森篮状菌的宿主细胞）中表达的TeAmyl或变体多肽的培养发酵液。
[0147] 如本文所用，术语"纯化的"是指处于相对纯的状态的物质（例如，分离的多肽或 多核苷酸），所述相对纯的状态例如纯度至少约90%、纯度至少约95%、纯度至少约98%、 或纯度甚至至少约99%。
[0148] 关于酶的术语"热稳定的"和"热稳定性"是指酶在暴露于高温后保持活性的能力。 酶（如淀粉酶）的热稳定性是由其半衰期（t 1/2)度量的，所述半衰期以分钟、小时或天为单 位给出，在此期间酶活性在限定的条件下损失一半。半衰期可通过测量暴露于（即，经受） 高温后残余的a-淀粉酶活性来计算。
[0149] 关于酶的"pH范围"是指酶在其下显示出催化活性的pH值范围。
[0150] 如本文所用，关于酶的术语"pH稳定的"和"pH稳定性"涉及在预定的时间段（例 如，15分钟、30分钟、1小时）内、酶在宽泛的pH值范围内保持活性的能力。
[0151] 如本文所用，术语"氨基酸序列"与术语"多肽"、"蛋白质"和"肽"是同义词，并且 可互换使用。在此类氨基酸序列表现出活性的情况下，它们可被称为"酶"。使用常规的氨基 酸残基的单字母或三字母代码，其中氨基酸序列以标准的氨基端至羧基端取向（即，N - C) 提供。
[0152] 术语"核酸"涵盖DNA、RNA、异源双链体和能够编码多肽的合成分子。核酸可为单 链或双链的，而且可为化学修饰物。术语"核酸"与"多核苷酸"可互换使用。由于遗传密 码具有简并性，故可以使用不止一个密码子来编码特定氨基酸，并且本发明组合物和方法 涵盖编码特定氨基酸序列的核苷酸序列。除非另作说明，否则核酸序列是以5'至3'取向 给出。
[0153] 如本文所用，"杂交"是指在印迹杂交技术和PCR技术期间核酸的一条链与互补链 形成双链体即与互补链发生碱基配对的过程。严格杂交条件的例子有在如下条件下的杂 交：65°C和 0? 1XSSC(其中 1XSSC = 0? 15M NaCl，0. 015M柠檬酸三钠，pH 7. 0)。杂交的双 链核酸通过解链温度（TJ表征，在解链温度下一半杂交的核酸不与互补链配对。双链内的 错配核苷酸降低^。编码变体a-淀粉酶的核酸相比于SEQ ID N0 :2与其相同互补链的核 苷酸之间形成的双链可具有降低1°C _3°C或更多的Tm。
[0154] 如本文所用，"合成"分子通过体外化学合成或酶促合成而生成、而非由生物体生 成。
[0155] 如本文所用，关于细胞使用的术语"转化"、"稳定转化"和"转基因"意指含有整合 进其基因组中或作为经多代保留下来的附加体而携带的非天然（例如，异源）核酸序列的 细胞。
[0156] 在将核酸序列插入细胞的语境中，术语"引入"意指本领域已知的"转染"、"转化" 或"转导"。
[0157] "宿主菌株"或"宿主细胞"为已将表达载体、噬菌体、病毒或其他DNA构建体，包括 编码目的多肽（例如，TeAmyl或其变体）的多核苷酸引入其中的生物体。示例性的宿主菌 株是能够表达目的多肽和/或使糖发酵的微生物细胞（例如细菌、丝状真菌和酵母）。术语 "宿主细胞"包括由细胞产生的原生质体。
[0158] 关于多核苷酸或蛋白质的术语"异源"是指并非天然存在于宿主细胞中的多核苷 酸或蛋白质。
[0159] 关于多核苷酸或蛋白质的术语"内源"是指天然存在于宿主细胞中的多核苷酸或 蛋白质。
[0160] 如本文所用，术语"表达"是指基于核酸序列生成多肽的过程。所述过程包括转录 和翻译二者。
[0161] "选择标记"或"选择性标记"是指这样的基因，其能够在宿主中表达以有利于选择 携带该基因的宿主细胞。选择性标记的例子包括但不限于抗微生物剂（例如潮霉素、博来 霉素或氯霉素）和/或赋予宿主细胞代谢益处（诸如营养益处）的基因。
[0162] "载体"是指设计用来将核酸引入一种或多种细胞类型中的多核苷酸序列。载体包 括克隆载体、表达载体、穿梭载体、质粒、噬菌体颗粒、表达盒等等。
[0163] "表达载体"是指包含编码目标多肽的DNA序列的DNA构建体，所述编码序列有效 连接至能够实现所述DNA在合适宿主中表达的合适控制序列。此类控制序列可包括实现转 录的启动子、任选的控制转录的操纵子序列、编码mRNA上合适的核糖体结合位点的序列、 增强子以及控制转录和翻译终止的序列。
[0164] 术语"有效连接"意指指定组分处于一种允许它们以预期的方式起作用的关系 (包括但不限于并置）。例如，调控序列有效连接至编码序列，使得编码序列的表达受调控 序列的控制。
[0165] "信号序列"是连接至蛋白质的N-端部分的氨基酸的序列，其促进蛋白质分泌至细 胞外。细胞外蛋白质的成熟形式没有信号序列，其在分泌过程期间被切除。
[0166] 如本文所用，"生物活性"是指具有特定生物活性（诸如酶活性）的序列。
[0167] 如本文所用，"样片"是其上施有污渍的一块材料，诸如织物。该材料可以是（例 如）由棉、聚酯或天然纤维与合成纤维的混合物制成的织物。所述样片还可以是纸，例如滤 纸或硝化纤维素，或者是一块硬质材料，如陶瓷、金属或玻璃。对于淀粉酶，污渍是基于淀粉 的，但是也可以包括血液、乳、墨、草、茶、酒、菠菜、肉汁、巧克力、蛋、奶酪、粘土、颜料、油或 这些化合物的混合物。
[0168] 如本文所用，"小样片"是自样片上用单孔打孔装置切下的部分，或者用定制的96 孔打孔装置（其中该多孔打孔模式与标准96孔微量滴定板匹配）切下的部分，或者是以其 他方式自样片上取下的部分。样片可以是纺织物、纸、金属或其他合适的材料。小样片可以 在放入24孔、48孔或96孔微量滴定板孔之前或之后具有固着的污渍。"小样片"也可以通 过向小块材料施加污渍而制成。例如，小样片可以是直径为5/8英寸或0. 25英寸的一块施 有污渍的织物。定制的打孔器以使得其同时将96个样片递送至96孔板的所有孔中的方式 设计。该装置可以通过简单地向同一96孔板多次上样，而向每孔递送不止一个样片。可以 设想将多孔打孔装置用于向任何格式的板（包括但不限于24孔、48孔和96孔板）同时递 送多个样片。在另一个