在受试者中获得结核病评价的方法和组合物与流程

相关申请的交叉引用

根据35u.s.c.§119(e)，本申请要求2015年4月30日提交的美国临时专利申请序列号62/154,996；2015年2月13日提交的美国临时申请号62/115,958；2014年11月26日提交的美国临时申请号62/085,032，以及2014年8月29日提交的美国临时申请号62/044,045的提交日的优先权；将这些申请的披露通过引用结合入本文。

引言

tb疾病是由称作结核分支杆菌的细菌引起。该细菌通常感染肺部，但tb细菌还可以感染身体的任何其他部分，包括例如肾脏、脾脏和脑。如果不进行合适的治疗，tb疾病可以是致命的。tb通常是通过空气从一个感染人传播到第二人，例如当患有肺部或喉咙tb感染或tb疾病的人咳嗽、打喷嚏、讲话或唱歌时，气载细菌被第二人吸入。

大约世界人口的三分之一具有潜伏性tb，这意味着人们已经被tb细菌感染，但为无症状并且不会传播疾病。

根据世界卫生组织(who)，tb因单一感染因子是仅次于hiv/aids的世界最大杀手。例如，在2012年，860万人患有tb疾病并且130万人死于tb。另外，tb在发展中国家是高度普遍的，在低收入和中收入国家中具有超过95％的tb死亡发生率。tb是年龄为15至44的女性的死亡的前三致因之一。tb在儿童中也是高度普遍的。例如，在2012年，估计有530,000个儿童患有tb疾病，并且74,000个hiv-阴性儿童死于tb。tb和hiv的共感染仍然是显著的健康负担，因为tb是还患有hiv的人们的首要杀手，导致所有死亡中的五分之一。多重耐药性tb存在于由who调查的几乎所有的国家中。

概述

提供了用于在受试者中获得结核病评价的方法。这些方法的多方面包括鉴定该受试者的细胞样品的亚群具有的结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，以产生生物标记标志；并且从该生物标记标志获得对该受试者的结核病评价。本发明的多方面进一步包括发现可用于实践这些主题方法的试剂、装置、系统、和其试剂盒。这些方法和组合物发现可用于各种应用中，包括对tb的诊断和监测。

附图简述

当结合附图阅读时，本发明从以下详细说明被最好地理解。应当强调的是，根据惯例，附图的不同特征不是按比例的。相反，为了清楚起见，不同特征的尺寸被任意地扩大或缩小。在附图中包括以下图。

图1提供了表1，该表示出在tb疗法之前和期间测量的生物标记的选择的表达

图2提供了密度曲线，这些曲线展示了在tb疗法之前和期间测量的cd126的表达分布。

图3提供了密度曲线，这些曲线展示了在tb疗法之前和期间测量的cd62l的表达分布。

图4提供了密度曲线，这些曲线展示了在不同的患者组中测量的cd126的表达分布。

图5提供了密度曲线，这些曲线展示了在不同的患者组中测量的cd62l的表达分布。

图6提供了在不同的患者组中以及在具有相关显著性值的tb疗法之前和期间的时间中，cd120b、cd126、和cd62l标记水平的表达。

图7提供了在tb疗法之前和期间的不同时间处关于cd126标记水平的单独的患者数据。

图8a至8c提供了在tb疗法之前和期间的不同时间处关于cd4和cd126在示例患者细胞上的共表达的流式细胞术图。

图9提供了表2，该表提供了在tb疗法之前和期间的不同时间处用于选择生物标记的配对t-检验分析结果。

图10提供了表3，该表提供了用于在不同的患者组中选择生物标记的独立二样品t-检验分析结果。

图11提供了在不同的患者组中以及在具有相关显著性值的tb疗法之前和期间的时间中，cd19、cd3、cd4、cd4.1、cd56、cd57和cd8标记水平的表达。

图12提供了在不同的患者组中以及在具有相关显著性值的tb疗法之前和期间的时间中，ccr7、cd127、cd27、cd28、和hla-dr标记水平的表达。

详细说明

提供了用于在受试者中获得结核病评价的方法。这些方法的多方面包括鉴定该受试者的细胞样品的亚群具有的结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，以产生生物标记标志；并且从该生物标记标志获得对该受试者的结核病评价。本发明的多方面进一步包括发现可用于实践这些主题方法的试剂、装置、系统、和其试剂盒。这些方法和组合物发现可用于各种应用中，包括对tb的诊断和监测。

在描述本文的方法和组合物之前，应理解的是本发明不限于描述的具体方法或组合物，因为这些当然可以改变。还应当理解，本文使用的术语仅是出于描述具体实施例的目的，并且不旨在限制，因为本发明的范围将仅由所附权利要求书限制。

在提供了一系列值时，应当理解的是每个中间值，到下限的十分之一个单位(除非上下文清晰地另外指示)，在该范围的上限与下限之间的，也被确切披露。在所述范围中的任何所述值或中间值与在该所述范围中的任何其他所述值或中间值之间的每个更小范围都涵盖在本发明内。这些更小范围的上限和下限可以独立地被该范围包括或排除，并且其中均被包括或都不被包括在这些较小范围中的限值的每个范围也被涵盖在本发明内，服从于所述范围中任何确切排除的限值。在所陈述的范围包括一个或两个限制时，排除了那些被包括的限制的任一个或两者的范围也被包括在本发明之内。

除非另外定义，在此使用的所有技术性和科学性术语具有与本发明所属领域的技术人员通常所理解的相同的含义。虽然类似于或等同于在此描述的那些的任何方法和材料可以用于本发明的实践或测试中，现在将对一些潜在的且优选的方法和材料进行描述。本文的所有出版物通过引用并入本文，以公开和描述与被引用的出版物相关的方法和/或材料。应理解本披露替代所结合的出版物的任何披露，到存在矛盾的程度。

如将对于本领域技术人员清楚的是，在阅读本披露时，在此描述和说明的单独实施例中的每一个具有离散的组成部分和特征，这些组成部分和特征可以在不偏离本发明的范围或精神的情况下易于与任何其他若干实施例的特征分离或组合。可以按照所叙述的事件的顺序或按照逻辑上可行的任何其他顺序进行任何叙述的方法。

应指出，如在此使用的，并且在所附权利要求书中，单数形式“一个”、“一种”、以及“该”包括复数指代物，除非上下文另外清晰地指示。因此，例如提及“一个细胞”包括多个这样的细胞，并且提及“该肽”包括对一个或多个肽及其等效物(例如本领域技术人员已知的多肽)的提及，等等。

只提供在本申请的申请日之前的本文所讨论的出版物的公开内容。本文不应被解释为承认由于先前发明而本发明不能获得比此种出版物更早的申请日。另外，所提供的出版物的日期可以不同于实际公开日期，实际公开日期可能需要被独立确认。

方法

本披露提供了用于作出受试者的tb评价的方法。作出“tb评价”或“受试者的tb评价”，意为关于tb评估受试者，该评估可以是多种形式，包括但不限于诊断受试者中tb的存在，临床检测受试者中的tb(例如受试者中tb的进展)等。诊断tb包括例如诊断tb疾病，并且在一些情况下例如在潜伏性tb感染、进展性tb疾病、耐药性tb疾病等之间辨别。包括tb诊断的评价还可以包括对于疑似患有tb感染或tb疾病的受试者确定治疗或治疗历程。临床监测tb包括例如评估受试者中tb的临床进展，包括例如评估治疗效果和患者对治疗的反应，评估治疗终点，治疗后随访，等。

tb评价可以通过产生和分析生物标记标志来获得。在一些情况下，tb评价例如tb诊断是通过检测针对受试者例如疑似患有tb的受试者获得的特定生物标记标志来获得。在其他情况下，tb评价例如临床评价，包括但不限于例如tb疾病状态的临床评价、tb疾病进展的临床评价、tb治疗进展的临床评价或tb治疗结果的临床评价，是通过检测针对已知患有tb的受试者获得的特定生物标记标志来获得。

在某些实施例中，包括产生或分析生物标记标志的tb评价还包括进一步的评价或测试，使得该生物标记标志的产生或分析是更广泛评估方案的一个成分，该广泛评估方案可以包括例如多个测试。在一些情况下，tb评价可以包括在一个或多个另外的临床评估或测试之前、与其同时、或在其后，产生或分析生物标记标志。例如，包括产生或分析生物标记标志的tb评价可以在常规临床评估之后进行，该常规临床评估包括但不限于例如常规身体检查、常规血液检查、常规肺功能测试、常规tb测试等。在其他实施例中，tb评价基本上由一种或多种生物标记标志的产生或分析组成。

可以贡献于tb评价的另外的临床评估或测试，在本文还称作“其他临床测试”，可以变化并包括可用于评价tb感染、tb疾病、其他肺部疾病(例如本文描述的那些)或一般肺功能的那些测试。例如，在一些情况下，评价包括一种或多种肺功能测试，包括但不限于：用力肺活量(fvc)、fvc％p、1秒用力呼气量(fev1)、fev1％(fev1/fvc)、呼气峰流量(pef)、用力呼气流量25％-75％或25％-50％(fef25％-75％或25％-50％)、用力吸气流量25％-75％或25％-50％(fif25％-75％或25％-50％)、用力呼气时间(fet)、潮气量(tv)、最大通气量(mw)、功能残气量(frc)、肺一氧化碳弥散量(dlco)等。可以用作如本文描述的tb评价的一部分或与tb评价组合的其他临床测试包括但不限于计算机断层成像(ct)扫描、正电子发射断层成像(pet)扫描、组合pet-ct扫描、磁共振成像(mri)、痰涂片、培养、基因检测、蛋白质组学检测等。例如，在一些情况下，tb评价可以包括一种或多种ct、pet、组合pet/ct或mri扫描以及此类扫描的分析，例如如在以下中描述的：斯库拉(skoura)等人，国际感染疾病杂志(intjinfectdis.)2015，32:87-93；福斯特(vorster)等人，分子成像和放射性核素疗法(molimagingradionuclther.)2015，5；24(1):42；科尔曼(coleman)等人，科学转化医学(scitranslmed.)2014,6(265):265ra167；陈(chen)等人，科学转化医学2014年12月3日；6(265):265ra166以及福斯特等人，当前肺科观点(curropinpulmmed.)2014，20(3):287-93，将这些文献披露通过引用以其全文并入本文。

在某些实施例中，在作出tb评价中，可以除了本文描述的tb评价外进行一种或多种常规tb测试，例如以确证或否证先前常规tb测试的结果。常规tb测试包括例如tb筛选测试。在某些情况下，常规tb评价可以用作综合tb评价的一个组分，例如与包括确定如本文描述的生物标记标志的评价结合使用，这可以导致对tb治疗或tb诊断的评估。常规tb测试可以用于检测潜伏性tb和tb疾病。可以采用任何便利的tb测试方法，包括但不限于例如tb皮肤测试(tst)、tb血液测试等。常规tb测试通常是由保健提供者或当地健康部分给出，并且可以被认为是筛选测试。对常规tb测试的阳性反应通常指示对另外的测试的需要，例如以确证tb感染或以确定受试者是否患有tb疾病。在一些情况下，使用本文描述的tb评价，进行由对常规tb测试的阳性反应所指示的另外的测试。

在某些实施例中，tb评价可以包括确定、评价、或测量除了本文描述为“tb宿主生物标记”的那些外的生物标记。此类另外的生物标记包括除了本文描述的“tb宿主生物标记”之外的可以用于诊断tb、评价tb疾病状态、监测tb疾病进展、评估tb治疗效力、或评价总体健康的那些生物标记。

在一些情况下，可以进行包括临床监测(包括例如治疗评价的结束和随访评价)的tb评价以检测耐药性或多重耐药性tb感染的发生，例如以指示耐药性tb治疗方案的启动的必要性。耐药性tb是由对至少一种一线抗tb药物有耐药性的tb细菌引起。多重耐药性tb(mdrtb)对多于一种抗tb药物例如异烟肼(inh)和利福平(rif)至少具有耐药性。在一些情况下，通过药物敏感性测试来进行耐药性和多重耐药性tb的确认。在一些情况下，包括tb治疗的监测(例如使用本文描述的tb评价)的tb评价可以用于在药物敏感性测试之前或与其同时检测耐药性和多重耐药性tb。

如本文描述的tb评价是单独地或与其他评估或因子相组合基于生物标记标志来作出的。“生物标记标志”意为如本文描述的一种或多种生物标记的存在、不存在、或相对水平如表达水平。构成生物标记标志的生物标记的数目会改变，并且在一些情况下范围可以是从1至200，包括例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20，从1至3、从2至5、从1至5、从5至10、从2至8、从1至10、从5至15、从10至20、从20至40、从30至50、从40至60、从50至70、从60至80、从70至90、从80至100、从50至150、从100至200、从150至200等。在某些情况下，生物标记标志包括生物标记的定性评估，包括例如对生物标记的水平或表达或者水平或表达中的变化的定性评估。在一些情况下，生物标记标志包括生物标记的一种或多种定量测量，包括例如生物标记的水平或生物标记的表达水平的测量，包括例如生物标记的绝对表达水平的测量、生物标记的相对表达水平的测量(例如相对于第二生物标记或参考生物标记或参考生物标记水平等)、生物标记的表达中的变化的测量(例如，生物标记表达响应于刺激的变化或者生物标记表达随着时间的变化等)等。

在一些情况下，生物标记标志可以包括一种或多种生物标记的分类测量。生物标记标志的生物标记的分类测量可以是定性或定量的。在一些情况下，被包括在生物标记标志中的生物标记的定性分类测量是基于归入基于分箱标准的类别内的生物标记的定性评估(例如，存在或不存在；阳性或阴性；高或低；高、中或低；正常或异常；充足或不足；可检测或不可检测；显著或不显著；不显著、显著、或非常显著；等)。在一些情况下，被包括在生物标记标志中的生物标记的定量分类测量是基于归入基于分箱标准的类别内的生物标记的定量测量(例如，存在或不存在；阳性或阴性；高或低；高、中或低；正常或异常；充足或不足；可检测或不可检测；显著或不显著；不显著、显著、或非常显著；等)。对于生物标记标志的生物标记进行分类的分箱标准可以变化，并且可以通过任何便利手段确定，这些手段包括例如生物标记数据的视觉评价、生物标记数据的统计评价、生物标记的经验测试、生物标记或生物标记数据的基于假设的测试、生物标记数据的计算机建模等。在一些情况下，在本文其他地方更详细描述的分箱还称作阈值设置并用于将生物标记分类为存在或不存在、高或低、或者高于或低于阈值。

在一些实施例中，生物标记标志包括对具体样品而言对生物标记的单一评估或测量，例如包括存在于样品中的生物标记的量的测量。例如，生物标记标志可以包括存在于流体样品(例如受试者的血液样品)中的特定蛋白生物标记的量的测量。在一些实施例中，生物标记标志包括针对具体样品而言对生物标记的多个评估或测量，例如包括在样品具体方面内的生物标记的水平的多个测量。例如，生物标记标志可以包括存在于细胞样品(例如血液样品)的多个细胞表面之中或之上的生物标记的水平的多个测量。

在一些情况下，生物标记标志可以包括基于多个初级测量的次级测量。初级测量可以变化，并且包括本文描述的任何和全部单独的生物标记测量。在一些情况下，初级测量可以包括生物标记的单独评估或测量，例如在样品的某方面内的生物标记的测量，包括例如细胞样品的细胞的生物标记的水平的测量。次级测量可以变化，并且将取决于初级测量或多个初级测量，并且在一些情况下包括但不限于亚组、亚类、亚群等的测量。在一些情况下，当多个初级测量代表存在于样品的某方面之中或之上的生物标记的水平时，次级测量可以包括对多个初级测量的定量或分类。例如，当多个初级测量代表单独细胞的特定生物标记水平的单独测量时，次级测量可以代表对单独细胞的生物标记水平的进一步定量或例如基于它们单独生物标记水平对细胞的分类。生物标记标志，虽然不限于初级和次级测量或其组合，但可以基本上仅包括初级测量，基本上仅包括次级测量，或包括初级和次级测量的任何组合。

在某些实施例中，包括多于一种生物标记的测量的生物标记标志允许与可以通过独立分析生物标记作出的评价或确定相比更高可信度的评价或确定。在一些情况下，包括多于一种生物标记的测量的生物标记标志允许通过分析任何单独生物标记或生物标记标志的生物标记的任何子组合不可作出的评价或确定。此类生物标记标志在一些情况下可以涉及或衍生自多维分析。在一些情况下，多维分析是使用已经或尚未示出在区分两个或更多个不同组(例如治疗组或患者组)中具有统计学显著性的生物标记的组合来进行。例如，在一些情况下，第一生物标记可以与第二生物标记组合使用，其中该第一生物标记尚未示出可在统计学上独立地区分两个不同组，并且该第二生物标记已经示出可在统计学上独立地区分两个不同的治疗组或患者组，或者反之亦然。在一些情况下，在并不可独立地在统计学上区分两个不同组的两种生物标记组合使用时，标记的组合可以在统计学上区分两个不同的组。在其他情况下，在可独立地区分例如在统计学上区分不同组的两种生物标记组合使用时，标记的组合可以更显著地区分不同的组。

在某些情况下，生物标记标志可以包括具体样品的一个或多个经鉴定或评估或测量的具有在样品内可变化的共享特征或共享具体方面的亚组或亚群或群体部分。本文可互换使用的“亚组”或“亚群”或“部分”意指样品的较大组或较大群体的一部分，这一部分与较大组或较大群体的差别在于一种或多种共同特征或共同方面。例如，亚群可以共享共同生物标记或特征或分类生物标记水平，包括例如生物标记表达水平。在一些情况下，亚组或亚群的共同特征或共同方面可以与共享的生物标记相关，包括但不限于例如共享的特定生物标记的存在或不存在，共享的特定生物标记的水平，共享的特定生物标记的表达，共享的特定生物标记的水平变化，共享的特定生物标记的表达变化等。在一些实施例中，亚组或亚群的共同特征或共同方面可以与生物标记不相关，并且可以是该亚组或亚群的单独单位的一些其他方面。亚组或亚群的单独单位的其他方面即非tb生物标记方面可以变化，并且可以是可确定、可视化、检测、测量、分类等的单独单位的任何便利方面。

在某些情况下，一个或多个亚群是其一部分的群体可以是细胞群体，例如细胞样品的细胞或细胞样品的细胞的一部分。在群体内的细胞的细胞亚群可以是或可以不是互相排斥的，即此类亚群可以重叠或可以不重叠并且在一些情况下可以重叠1％至100％，包括例如从1％至10％、从10％至20％、从20％至30％、从30％至40％、从40％至50％、从50％至60％、从60％至70％、从70％至80％、从80％至90％、从90％至100％、从1％至50％、从50％至100％、90％、95％、100％等。

细胞的细胞亚群将在限定特定亚群的共同或共享的方面或特征中是不同的。在一些情况下，可以限定细胞亚群的方面包括但不限于例如细胞大小、细胞形状、细胞颗粒度、细胞不透明度、细胞核与胞质比率、细胞内容物(例如，特定细胞器或细胞间生物分子或化合物(例如核酸含量、脂质含量、碳水化合物含量等)的存在或不存在或量)、细胞间化学(例如细胞间ph)、细胞表面内容物(例如特定细胞膜组分(例如细胞表面蛋白、细胞表面脂质、细胞表面碳水化合物等)的存在或不存在或量)。在一些情况下，细胞亚群可以通过一种或多种特定生物标记的存在或不存在或水平(包括表达水平)或变化来限定。在一些实施例中，具有一定的生物标记表达水平的亚群的细胞可以基于如本文其他地方描述的一组生物标记表达阈值来分类。

在属于两个不同细胞亚群(通过生物标记阈值分开，如下所述)的两个细胞之间的生物标记表达的差别或者在两个细胞亚群之间生物标记表达的平均差会变化。在一些情况下，例如如就特定生物标记的相对荧光(如通过流式细胞术分析的)而言测量的，在属于不同亚群的两个细胞之间的生物标记表达的范围可以为超过7log。例如，在一些情况下，第一亚群的细胞可以具有不同于第二亚群细胞的生物标记表达的生物标记表达水平(例如如通使用本文描述的荧光报告物检测的)，两者相差从0.1至10⁷倍的任何数字，包括但不限于例如从从0.1至1倍、从0.1至10倍、从0.1至10²倍、从0.1至10³倍、从0.1至10⁴倍、从0.1至10⁵倍、从0.1至10⁶倍、从1至10倍、从1至10²倍、从1至10³倍、从1至10⁴倍、从1至10⁵倍、从1至10⁶倍、从1至10⁷倍、从10至10²倍、从10至10³倍、从10至10⁴倍、从10至10⁵倍、从10至10⁶倍、从10至10⁷倍、从10²至10³倍、从10²至10⁴倍、从10²至10⁵倍、从10²至10⁶倍、从10²至10⁷倍、从10³至10⁴倍、从10³至10⁵倍、从10³至10⁶倍、从10³至10⁷倍、从10⁴至10⁵倍、从10⁴至10⁶倍、从10⁴至10⁷倍、从10⁵至10⁶倍、从10⁵至10⁷倍、以及从10⁶至10⁷倍。

在一些情况下，可以确定具有高于或低于具体生物标记阈值水平的生物标记水平的细胞数目，例如以进一步确定具有高于或低于具体样品群体的具体阈值的生物标记水平的细胞部分。在某些情况下，具体样品群体的细胞亚群或细胞部分的大小可以用于确定生物标记标志和作出tb评价。在一些实施例中，具有高于或低于具体阈值的生物标记水平的具体样品群体的单一细胞亚群或单一细胞部分的大小可以构成生物标记标志。在其他实施例中，具有高于或低于具体阈值的生物标记水平的具体样品群体的多个细胞亚群或多个细胞部分的大小可以构成生物标记标志。测量的和/或鉴定的用于产生生物标记标志的具体样品群体的细胞亚群或细胞部分的数目可以变化，并且在一些情况下范围可以为从1至200，包括例如1至100、1至50、1至20、1至15、1至10、5至15、2至10、5至10、7至10、3至10、3至7、3至5等。

在一些情况下，在确定生物标记标志中，可以确定一个或多个第一亚群的一个或多个第二亚群。例如，在一些情况下，确定表达高于或低于具体阈值的第一生物标记的第一亚群，并且确定表达高于或低于具体阈值的第二生物标记的第一亚群内的第二亚群。可以在某些情况下将这种分析描述为生物标记共表达，并且可以用于确定表达共表达高于或低于某些阈值水平的两种或更多种标记的细胞亚群。在一些情况下，可以确定表达高于某个阈值的第一生物标记和低于某个阈值的第二标记的亚群，并且可以描述为例如对于第一标记为“阳性”且对于第二标记为“阴性”的细胞亚群。还相应地考虑了“双阳性”或“双阴性”的亚群。这种分析不限于两个亚群水平，即两个亚群或两种生物标记，并且在一些情况下可以由许多亚群水平(包括一系列生物标记)组成。在此类分析中使用的亚群和生物标记的数目会变化，并且在一些情况下可以是但不限于从3至20的任何数目，包括例如3至19、3至18、3至17、3至16、3至15、3至14、3至13、3至12、3至11、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、和3至4。相应地，亚群可以具有高于或低于具体阈值水平的生物标记的存在或不存在的任何组合，包括例如对于第一生物标记为“阳性”、对于第二生物标记为“阴性”、以及对于第三生物标记为“阳性”、或“三阳性”或“三阴性”等。这种分析不限于有区别的亚群，并且在一些情况下亚群可以重叠或亚群可以不是完整地被包含在一个或多个更高水平亚群内。

可以从中鉴定或评估或测量细胞亚群的细胞样品可以变化，并且包括从包含细胞的受试者获得的任何样品。细胞样品可以按任何便利方式获得，这些方式包括但不限于例如组织活检(包括冲孔活检、骨髓活检以及通过取血)、支气管抽出物、脑脊液、痰或其他体液。在一些情况下，用于鉴定亚群或产生生物标记标志或作出tb评价的细胞样品可以不进行处理，或直接取自受试者并用于分析中，包括例如全血样品。在其他情况下，细胞样品可以通过对获得自患者的样品进行处理来获得，包括例如从样品分离细胞、浓缩样品的细胞、解离样品的细胞。在一些情况下，细胞样品是血液样品或经处理的血液样品，包括例如外周血单核细胞(pbmc)制品、血清制品、免疫细胞制品等。

在一些实施例中，细胞样品可以获得自初试受试者，或尚未具有任何先前医学或药理学介入例如尚未具有任何与疾病评价或诊断或治疗(包括例如tb评价或tb治疗)相关的医学或药理学介入的受试者。在一些实施例中，受试者可以是受治疗的患者或已经具有一定量的先前医学或药理学介入的患者，该介入包括例如针对障碍(如肺部障碍)或感染(如tb感染)的治疗或tb治疗(包括例如本文描述的那些tb治疗)。

在一些情况下，tb的生物标记标志或评价(包括如本文描述的监测和诊断)可以使用抗原刺激的样品进行。可以在样品收集之前进行抗原刺激，例如可以通过使受试者与抗原接触在受试者中进行抗原刺激，随后在抗原刺激后收集样品，例如可以在已经将样品的细胞从受试者分离之后在培养物中进行抗原刺激。使用已知可激发抗原应答的任何有用的抗原(包括结核分支杆菌(mtb)抗原)进行抗原刺激。在一些情况下，可以通过使用样品的抗原刺激和对于刺激的存在的分析，针对抗原应答来测试潜在的mtb抗原即衍生自结核分支杆菌但无需已知有抗原性的抗原。可用于检测抗原刺激的方法包括本文呈现的用于检测生物标记标志中的差别的那些方法以及本领域中常规使用的那些方法。在其他情况下，同时使用常规的抗原刺激分析与如本文描述的宿主tb生物标记分析的方法。例如，在一个实施例中，对抗原刺激的样品进行处理，并且与针对非细胞相关生物标记(例如可溶性宿主生物标记，包括例如细胞因子和趋化因子)的水平分析样品上清液相平行，如在此描述的对表面宿主tb生物标记表达进行分析。在一些情况下，细胞宿主tb生物标记和非细胞相关生物标记的平行分析允许使两个或更多个tb分析相关，以例如增加后续tb评价的准确性或可信度。

在一些情况下，使用经抗原刺激的样品的如本文描述的tb评价可以包括一种或多种tb宿主生物标记的评价或相关，这些tb宿主生物标记显示如与未刺激的样品相比而言在经抗原刺激的样品中的差异表达。例如，在一些情况下，经抗原刺激的样品的tb评价可以包括一种或多种tb宿主生物标记的评价，包括例如鉴定细胞亚群具有的tb宿主生物标记的表达高于或低于阈值水平，该tb宿主生物标记已经示出在抗原刺激的样品中的差异表达，包括但不限于例如cd41a、cd45ra、cd61、cd4v4、cd49a、cd62l等。

在多种情况下，在配置用于未刺激样品的tb评价包括对差异表达于抗原刺激样品中的tb宿主生物标记的检测时，差异表达的tb宿主生物标记的检测可以基于如与未刺激样品相比在刺激样品中的差异表达来调整(例如校正)。在一些情况下，在进行tb宿主生物标记检测的调整时，此类调整可以基于参考测量，包括但不限于例如抗原刺激的参考、未刺激的参考、或其组合。在多种情况下，在tb宿主生物标记的差异表达显示不显著(例如统计学上显著)时，这样的显著性缺乏可以指示对于经抗原刺激的样品的一个或多个调整是不必要的，并且可以根据针对未经刺激的样品使用的方法来评价经抗原刺激的样品。

在一些情况下，在作出tb评价中使用的样品是新鲜样品，例如在1至5天内，包括例如在5天内、在4天内、在3天内、在2天内和在1天内，从受试者收集的样品。在一些情况下，在作出tb评价中使用的样品是先前收集的样品。先前收集的样品可以在分析前在适当的条件下储存，并且可以在储存前处理例如分隔，包括例如去除或分隔血液样品的具体组分或部分，或不经处理。在一些情况下，适当的储存条件包括冰箱储存，包括例如储存在低于室温但高于冷冻温度，包括例如储存在21℃和1℃之间，在10℃和1℃之间，在10℃和4℃之间等。冷藏可以在一些情况下包括冰上样品储存。在一些情况下，适当的储存条件包括冷冻条件，包括例如在范围从0℃至-200℃的温度下冷冻，包括例如储存在0℃至-10℃、0℃至-20℃、-20℃至-50℃、-20℃至-60℃、-20℃至-70℃、-60℃至-80℃、-60℃至-90℃、-60℃至-100℃、-60℃至-110℃、-60℃至-120℃、-120℃至-130℃、-120℃至-140℃、-120℃至-150℃、-120℃至-160℃、-120℃至-170℃、-120℃至-180℃、-120℃至-190℃、-120℃至-200℃等。

在某些情况下，生物标记检测涉及生物标记的水平的评估或评价。生物标记的水平在一些情况下可以指代生物标记的表达水平。“生物标记的表达水平”或“生物标记表达”意为特定生物标记存在于样品中的水平，并且可以包括但不限于例如体液中的可溶性生物标记的水平、存在于样品中的细胞生物标记的水平、存在于细胞内的细胞生物标记的水平、存在于细胞上的细胞生物标记的水平、存在于细胞表面上的细胞生物标记的水平、存在于细胞膜上的细胞生物标记的水平。在一些情况下，生物标记的表达水平可以指代rna、dna的相对丰度或蛋白质丰度或活性水平。可以通过任何便利方法评估或确定或测量生物标记的表达水平，该方法包括但不限于易于商购得到的基因芯片、基因阵列、珠粒、多重pcr、定量pcr、连缀分析、rna印迹分析、蛋白质印迹分析、蛋白质表达、荧光激活细胞分选术(facs)、酶联免疫吸附测定(elisa)、化学发光研究、酶学测定、或任何其他方法、用于确定和/或分析表达的仪器和系统。

在某些实施例中，生物标记检测和/或生物标记水平的测量是使用流式细胞术进行的。流式细胞术是用于对悬浮于流体流中的显微粒子计数、检查和分选的技术。它允许流过光学和/或电子检测仪器的单细胞的物理和/或化学特征的同时多参数分析。荧光激活细胞分选术(facs)是流式细胞术的特化类型。facs提供了用于基于每个细胞的特异性光散射和荧光特征将生物细胞的异质混合物分选到两个或更多个容器中的方法，通常一次一个细胞。流式细胞仪和facs机器是有用的科学器械，因为它们提供了来自单独细胞的信号(例如荧光信号)的快速、客观和定量记录和/或细胞特征(例如大小、颗粒度、活力等)的检测，以及特别感兴趣的细胞的物理分离。例如当通过在细胞之上或之中存在的任何标记定量和/或分选细胞时，在流式细胞术中使用的荧光信号典型地是荧光标记的抗体制品或荧光标记的用于结合至抗体或其他抗原-、表位-或配体-特异性试剂上的配体，例如用生物素/抗生物素蛋白结合系统或荧光标记的且任选地可寻址的珠粒(例如微球或微珠粒)。通过流式细胞术的光学件和/或电子件检测的标记或标记组合不同，并且在一些情况下包括但不限于：细胞表面标记、细胞内抗原和核抗原、dna、rna、细胞色素、细胞代谢物、蛋白质修饰、转基因蛋白、酶学测定、细胞凋亡指示物、细胞活力、细胞氧化状态等。

在某些情况下，使用检测试剂进行流式细胞术，该检测试剂例如具有针对细胞的感兴趣生物标记抗原(例如细胞表面上存在的生物标记)的特异性亲和力的经荧光染料标记的抗体，例如单克隆抗体。将细胞样品与检测试剂在足以允许检测试剂结合生物标记抗原的条件下接触，并且将样品的细胞加载到流式细胞仪中，例如通过将整个样品或未修饰样品的一部分加载到流式细胞仪中或通过先将细胞使用本领域中已知的或本文描述的细胞分离方法从细胞样品分离并将分离的细胞重悬浮于适合的缓冲液例如运行缓冲液中。加载到流式细胞仪中的细胞运行通过流式细胞仪，例如通过使包含细胞的缓冲液或液体样品流动通过流式细胞仪的流动池。流式细胞仪检测细胞经过流式细胞仪的一个或多个检测区域时的事件。例如，流式细胞仪可以在将荧光染料用特定波长的光激发时检测从检测试剂的荧光染料发出的荧光。在一些情况下，流式细胞仪检测特定细胞的特定信号(例如特定检测试剂的荧光)的相对强度，例如对存在于细胞表面上的标记水平定量和/或定性地对细胞分类，例如定性地分类为对于特定标记为阳性的细胞或对于特定标记为阴性的细胞。通过流式细胞仪，在具有或不具有来自操作者的输入的情况下对检测的事件进行计数或以另外方式评估，并且将检测的事件用于确定例如细胞总数、结合至特定检测试剂上的细胞的数目或比例、细胞群体的特定特征的总体存在或量等。可用于流式细胞术的检测试剂例如包括但不限于抗体可以在实验室中使用良好确立的方法创建并且是例如从bd(富兰克林湖(franklinlakes)，新泽西州(nj))和bd生物科学(圣何塞(sanjose)，加利福尼亚州(ca))可商购的。

在一些情况下，生物标记阈值是通过对已知在其受试生物标记的表达方面不同的两个单独细胞群体中的生物标记表达水平进行比较来确定。例如，已知表达高水平的生物标记x的第一细胞群体是例如在流式细胞仪上测量，并且与已知表达低水平的生物标记x的第二细胞群体进行比较，并且该比较用于确定可用于对具有低或高水平生物标记x表达的细胞进行分类的阈值水平。

在一些情况下，生物标记阈值时通过对细胞群体内的生物标记的水平的比较来确定，所述细胞群体例如具有未知生物标记x表达水平的细胞群体或疑似包含具有不同生物标记x表达水平的细胞亚群的细胞群体。例如，生物标记x的表达水平是在具有至少充足数目细胞的流式细胞仪上测量以使得可以对测量绘图，例如绘制直方图，并且在两个或更多个细胞亚群之间的分离是基于生物标记x的单独的细胞表达水平来揭示。相应地，流式细胞仪操作者可以然后确定可以用于将细胞分类为属于具体亚群的亚群之间阈值水平，所述具体亚群例如具有生物标记x的低表达水平的亚群或具有生物标记x的高表达水平的亚群。

在一些情况下，生物标记阈值是基于流式细胞仪的检测限值。例如，如果细胞群体的细胞具有任何可检测水平的特定生物标记，这些细胞可以被鉴定为表达特定生物标记(即对于特定生物标记为阳性)。同样，如果细胞群体的细胞不具有可检测水平的特定生物标记，这些细胞可以被鉴定为不表达特定生物标记(即对于特定生物标记为阴性)。相应地，流式细胞仪的检测水平可以用于确定生物标记阈值。

在一些情况下，生物标记阈值是基于例如从先前进行的对照实验或先前获得的参考表达水平先前所确定的生物标记表达水平(即参考生物标记水平)。例如，在例如来自tb患者和健康患者(例如本文描述的那些)的先前分析的患者样品中确定的生物标记表达水平可以用于确定生物标记阈值水平。在一些情况下，从健康受试者获得的细胞的预期生物标记表达水平可以用于确定正常的生物标记表达水平，以使得可以确定代表正常生物标记表达范围的生物标记阈值。在此类情况下，在正常生物标记表达范围之外即之上或之下的生物标记表达被认为高于或低于具体生物标记阈值。在一些情况下，此类先前确定的生物标记表达水平或先前确定的阈值水平的使用允许在不存在对照或参考细胞样品的情况下进行细胞分析以及细胞亚群的鉴定。

在本披露的一些方面中，提供生物标记以用于作出tb评价并且用于产生用以作出tb评价的生物标记标志。“生物标记”或在一些情况下简单地“标记”意为其在样品中的呈现与临床表型或临床结果相关的任何分子的、化学的、或生理的因子。例如，tb生物标记可以相比于健康个体有差异地呈现于患有tb的受试者样品中，或者相比于患有非tb肺病的受试者有差异地呈现于患有tb的受试者样品中，或者相比于对tb疗法没反应的受试者有差异地呈现于对tb疗法有反应的受试者样品中，或者相比于不需要tb疗法的受试者有差异地呈现于需要tb疗法的受试者样品中，或者相比于不需要另外的tb疗法的受试者有差异地呈现于需要另外的tb疗法的受试者样品中。

可以作为生物标记评估的具体试剂包括但不限于例如多肽(例如肽、蛋白、脂蛋白等)、碳水化合物、脂质、代谢物、氨基酸、电解质、核酸(例如dna、mrna、microrna等)等。可用于评价tb或补充tb评价的生物标记可以与细胞相关即“细胞生物标记”，或不与细胞相关即“非细胞相关的生物标记”。在一些情况下，非细胞相关的生物标记包括可溶性宿主生物标记，例如宿主血清标记。“宿主血清标记”意为存在于受试者血清中的可以用于诊断疾病或感染、评价疾病状态或监测疾病进展或治疗功效的那些标记。在某些情况下，另外的生物标记可以包括受试者或患者特征，包括例如生理特征(例如血容量、血压、心率、血液ph、血氧、耗氧量、呼吸率、基础代谢、体温、水平衡、尿液密度、蛋白尿、氨基酸尿、肌氨酸尿等)或行为特征(例如语言功能、视觉功能、嗅觉功能、听觉功能、触觉功能、记忆功能、运动等)。特定另外的生物标记的存在、不存在或水平(例如高水平或低水平)或特定生物标记变化(包括例如生物标记水平或生物标记表达变化(即增加的水平或表达或者降低的水平或表达))，如tb评价中所包括的，可以与具体tb诊断或临床评估相关。此类另外的生物标记在下文更详细地描述。

由宿主表达的那些生物标记，例如由宿主细胞表达的或在宿主细胞上表达的生物标记可以称作宿主生物标记。在一些情况下，与非感染受试者或不患有tb疾病的受试者相比，由感染有tb的宿主或患有tb疾病的受试者差异地表达的宿主生物标记称作tb宿主生物标记。可以通过任何便利的方法(包括先前针对生物标记描述的那些方法)对tb宿主生物标记进行检测、测量、或评估。

可用于作出本披露的评价的受试者生物标记包括例如细胞因子、细胞因子受体、以及炎症标记。细胞因子和细胞因子受体对于细胞信号传导以影响其他细胞的行为是重要的，但通常不是激素或生长因子。在一些情况下，可用作生物标记的细胞因子或其受体包括但不限于趋化因子、干扰素、白介素、淋巴因子、肿瘤坏死因子、等。此类细胞因子产生于宽范围的不同细胞中，这些细胞包括但不限于免疫细胞、巨噬细胞、b淋巴细胞、t淋巴细胞、肥大细胞等。此类细胞因子还产生于非免疫细胞或并未必是免疫细胞的细胞中，例如内皮细胞、成纤维细胞、基质细胞等。

在某些实施例中，tb宿主生物标记包括通过流式细胞仪的光学件和/或电子件检测的标记或标记组合。在一些情况下，此类标记是表达于或展示于细胞表面上的并且用于基于相同的一种或多种标记的相似表达水平鉴定细胞亚群的表面抗原(例如蛋白)。在其他情况下，此类标记是可以通过流式细胞仪的光学件和/或电子件检测的细胞特征，如本文所述。感兴趣的标记包括但不限于列于表1-3中的那些。感兴趣的标记包括在邦费罗尼校正后在不同治疗组(例如在启动治疗之后的不同时间点处的组)以及对照组(例如健康对照或患有其他肺病的对照)中示出显著不同的表达水平的本文描述的那些标记，通过任何本文使用的统计学方法在不同的治疗组和对照组中示出显著不同的表达水平的那些标记，以及不论统计学显著性在治疗和/或对照组中示出表达趋势的那些标记。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于诊断受试者中tb的生物标记是在从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与健康对照参考进行比较。在一些实施例中，在疑似患有tb的受试者中，tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小小于参考标准的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于诊断受试者中tb的生物标记是在从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与健康对照参考进行比较。在一些实施例中，在疑似患有tb的受试者中，tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小大于参考标准的大小，该tb宿主生物标记例如包括但不限于cd126和fmlpr。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于诊断患有其他肺病的受试者中tb的生物标记是在从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自患有其他肺病的非tb受试者的参考标准进行比较。在一些实施例中，在疑似患有tb的受试者中，tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小小于参考标准的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于诊断患有其他肺病的受试者中tb的生物标记是在从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从疑似患有tb的受试者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自患有其他肺病的非tb受试者的参考标准进行比较。在一些实施例中，在疑似患有tb的受试者中，tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小大于参考标准的大小，该tb宿主生物标记例如包括但不限于cd120b和cd126。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于评价或诊断在tb治疗的早期中(例如在治疗四周后)的患者中tb的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的早期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自健康对照参考的参考标准进行比较。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于评价或诊断在tb治疗的早期中(例如在治疗四周后)并且患有其他肺病的患者中tb的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的早期中并且患有其他肺病的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自患有其他肺病的非tb受试者的参考标准进行比较。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于评价或诊断在tb治疗的后期中(例如在治疗24周后)的患者中tb的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的后期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自健康对照参考的参考标准进行比较。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于评价或诊断在tb治疗的后期中(例如在治疗24周后)并且患有其他肺病的患者中tb的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的后期中并且患有其他肺病的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自患有其他肺病的非tb受试者的参考标准进行比较。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于监测在tb治疗的早期中(例如在治疗4周后)的患者中tb治疗的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的早期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自未治疗的tb受试者的参考标准进行比较。在一些实施例中，在tb治疗的早期中的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小小于参考标准例如(包括但不限于)ccr7、cd120b、cd126、cd28、cd4、cd4v4和cd62l的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于监测在tb治疗的早期中(例如在治疗4周后)的患者中tb治疗的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的早期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自未治疗的tb受试者的参考标准进行比较。在一些实施例中，在tb治疗的早期中的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小大于参考标准例如(包括但不限于)cd58的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于监测在tb治疗的后期中(例如在治疗24周后)的患者中tb治疗的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的后期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自未治疗的tb受试者的参考标准进行比较。在一些实施例中，在tb治疗的后期中的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小小于参考标准例如(包括但不限于)ccr7、cd120b、cd126、cd28、cd4、cd4v4和cd62l的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于监测在tb治疗的后期中(例如在治疗24周后)的患者中tb治疗的生物标记是在从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的后期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自未治疗的tb受试者的参考标准进行比较。在一些实施例中，在tb治疗的后期中的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小大于参考标准例如(包括但不限于)ccr6、cd107a、cd44、cd45rb、和cd58的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于监测在tb治疗期间患者中tb治疗进展的生物标记是在治疗期间的不同时间点处从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的后期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自tb治疗早期中的tb受试者的参考标准进行比较，或者反之亦然。在一些实施例中，在tb治疗的后期中的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小小于针对在治疗早期中的患者的参考标准例如(包括但不限于)ccr7、cd120b、cd126、cd28、cd4、cd4v4和cd62l的大小。

在一些情况下，可用于确定生物标记标志以用于监测在tb治疗期间患者中tb治疗进展的生物标记是在治疗期间的不同时间点处从tb治疗患者获得的细胞样品的细胞亚群中高于或低于阈值水平表达的那些tb宿主生物标记。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在tb治疗的后期中的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自tb治疗早期中的tb受试者的参考标准进行比较，或者反之亦然。在一些实施例中，在tb治疗的后期中的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小大于针对在治疗早期中的患者的参考标准例如(包括但不限于)cd58的大小。

在一些情况下，可用于确定用以评价具体患者结果可能性或确定患者中tb治疗历程(例如在诊断时)的标志的生物标记是在具有不同治疗后结果例如正面或负面结果的tb患者之间差异表达的那些tb宿主生物标记。此类tb宿主生物标记可以在疾病或治疗的早期(例如在基线处)差异表达于从tb患者获得的细胞样品的细胞亚群中。例如，在一些情况下，tb宿主生物标记的表达水平被测量并用以确定从在疾病或治疗的早期的患者获得的细胞样品的细胞亚群的相对大小，并且将该亚群的大小与衍生自具有已知治疗结果的tb受试者的参考标准进行比较。可以使用任何便利方法用于确定tb患者治疗结果，这些方法包括但不限于本文描述的那些临床评估和/或测试，包括例如临床诊断、pet扫描、组合pet-ct扫描等。在一些实施例中，在疾病或tb治疗的早期的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小显著不同于衍生自具有负面治疗结果(例如临床上诊断为未治愈，pet扫描未改善，组合pet-ct扫描不良等)的tb患者的参考标准例如(包括但不限于)cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。在一些实施例中，在疾病或tb治疗的早期的患者中，其中tb宿主生物标记的表达高于具体阈值的细胞亚群的相对大小显著不同于衍生自具有正面治疗结果(例如临床上诊断为治愈，pet扫描改善，组合pet-ct扫描良好等)的tb患者的参考标准例如(包括但不限于)cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

在某些实施例中，基于包括除了本文描述的tb宿主生物标记之外的生物标记的生物标记标志作出评价。在某些情况下，此类另外的生物标记可以称作“非tb宿主生物标记”或简单地“另外的生物标记”。可用于对疑似患有tb或已知患有tb的受试者作出评价的任何便利的非tb宿主生物标记或另外的生物标记，包括例如用于评价总体健康或非tb相关病症或障碍的生物标记，可以发现用于本文描述的评价。

在某些实施例中，在基于包括除了本文描述的tb宿主生物标记之外的生物标记的生物标记标志作出评价时，此类另外的生物标记可以包括通过测定在获得自不同治疗组或患者组的细胞中的具体基因的mrna相对量而鉴定的基因表达变化，例如宿主细胞(例如宿主血液细胞)内的基因表达变化。例如，差异表达于肺tb患者中的在治疗的不同点处(例如在诊断时和在治疗期间)测定的基因包括但不限于克利夫(cliff)等人(2013)感染疾病杂志(j.infect.dis.)207(1):18-29中描述的那些，将该文献披露通过引用结合在本文中。

在一些情况下，某些生物标记具有证明将它们从特定生物标记标志或tb评价排除的特征。可以证明从生物标记标志排除的生物标记的特征包括但不限于例如对照样品中生物标记的高基线表达、生物标记的低基线表达、生物标记的可变表达等。例如，在一些情况下，在tb治疗期间在患者中，可用于确定生物标记标志以监测tb治疗进展的生物标记特定地排除以高水平表达的宿主tb生物标记。例如，在一些情况下，在两个治疗组之间示出统计学显著性差异的生物标记可以从用以作出tb评价的生物标记标志排除，例如因为这种差异不是生物学上有意义的。以高水平表达的宿主tb生物标记可以变化，并且在一些情况下包括但不限于存在于85％至100％包括例如86％至100％、87％至100％、88％至100％、89％至100％、90％至100％、91％至100％、92％至100％、93％至100％、94％至100％、95％至100％、96％至100％、97％至100％、98％至100％、99％至100％、85％至99％、90％至99％、和95％至99％的测量细胞群体中的那些标记。

主题披露描述了用于提供可在作出tb评价中使用的生物标记标志的生物标记评估和/或测量。生物标记评估和/或测量以及产生的生物标记标志在作出tb评价中的用途将如本文描述的变化。在某些实施例中，对受试者的tb评价(例如用于在受试者中诊断tb或临床监测tb中使用)是通过检测从受试者获得的宿主tb生物标记的水平来进行的，这些宿主tb生物标记例如包括存在于细胞表面上的tb宿主生物标记的tb宿主生物标记。例如，用于作出受试者的评价的宿主生物标记的水平可以被测量并与具体生物标记阈值进行比较，例如以确定生物标记是否高于具体阈值水平或低于具体阈值水平而存在。在某些情况下，对生物标记水平高于或低于具体生物标记阈值水平的样品的细胞数目或比例进行确定例如以鉴定具体亚群或多个亚群或者以产生生物标记标志，并且用于作出评价。

生物标记标志在作出tb评价中的用途将变化，并且可以取决于具体受试者或患者群体以及具体tb评价的目的。生物标记标志可以与参考生物标记标志进行比较，以指导诊断或治疗或监测治疗或监测疾病进展，并且tb评价的具体方面可以取决于具体受试者的病史或治疗环境。

在某些实施例中，具有潜伏性tb感染的人可以仍然不进行治疗，而可以使用本文描述的评价来监测tb感染，例如可以监测未治疗的tb感染受试者以便检测或预测tb疾病的发展。在其他情况下，可以治疗具有潜伏性tb感染的人例如以防止tb疾病的发展，并且可以使用本文描述的评价来监测tb感染，例如可以监测经历治疗的tb感染受试者以便检测或预测tb疾病的发展。当用于监测例如监测tb感染或tb疾病时，tb评价的频率可以变化并且范围可以为例如每日到每年的频率，包括但不限于每日、每隔一天、每两天、每周两次、每周、隔周一次、每三周一次、每月、每两月一次、季度、每四月一次、每五月一次、每六月一次、每七月一次、每八月一次、每九月一次、每十月一次、每十一月一次、每年等。在一些情况下，监测频率可以基于受试者发展tb疾病的风险，例如具有发展tb疾病的较高风险的受试者，例如免疫受损的受试者，可以经历以高评价频率监测，并且具有正常免疫功能的受试者例如未免疫受损的受试者可以经历以低评价频率监测。

在某些情况下，如本文描述的tb评价可以用于监测tb治疗，例如具有潜伏性tb感染的受试者或患有tb疾病的受试者的tb治疗。tb治疗如本文描述的变化，在tb治疗期间可以按一定的规律频率或可变频率进行监测，并且在一些情况下tb治疗可以包括服用一种或多种tb影响性药物持续一个时间段，例如时间段范围为从一个月至许多年，包括但不限于例如1至12个月、2至12个月、3至12个月、4至12个月、5至12个月、6至12个月、1至9个月、2至9个月、3至9个月、4至9个月、5至9个月、6至9个月、9个月至12个月、1年至2年、1年至3年等。在一些情况下，一次或多次tb评价是在治疗的计划结束处或附近进行，包括但不限于在治疗的计划最后一天或治疗的计划最后一天的1天至1个月内，包括例如在1至2天内、在2至3天内、在3至5天内、在一周内、在2周内、在3周内、在一个月内、等，以便确定治疗是否应按计划停止。例如，在一些情况下，在治疗的计划结束处或其附近进行的tb评价(即治疗结束评价)可以指示不应按计划停止治疗，例如tb评价可以指示例如比tb感染或tb疾病的预期状态更高的状态以使得医学专业人员会确定应继续治疗。在其他情况下，例如治疗结束评价可以指示应早于计划停止治疗，例如tb评价可以指示例如比tb感染或tb疾病的预期状态更低的状态以使得医学专业人员会确定应停止治疗。

tb的当前治疗可变化，并且具体的tb治疗方案是通过医师取决于多个临床因素来选择，这些因素包括但不限于例如经受疗法的具体受试者的特征，被治疗的具体tb的特征例如tb疾病、潜伏性tb、耐药性tb，等。例如，由疾病控制中心(cdc)建议的对于潜伏性tb和tb疾病的那些当前治疗包括下文表5和表6中描述的那些：

表5.潜伏性tb感染治疗方案

*使用直接观察疗法(dot)

表6.基本tb疾病治疗方案

缩写：异烟肼(inh)、利福平(rif)、吡嗪酰胺(pza)、乙胺丁醇(emb)。

^*如果药物敏感性研究证明对一线药物的敏感性，可以停止emb。注：每周一次inh/利福喷汀的持续期可以用于胸片上不具有空腔并且在治疗的起始期完成时具有阴性抗酸杆菌(afb)涂片的hiv阴性患者。

如上所指示，在一些情况下，tb治疗可以包括持续期。在某些情况下，在治疗的起始期之后，给予治疗的持续期持续一个时间段，例如持续4或7个月。持续期的长度可以变化，并且可以取决于具体的患者特征。例如，7个月持续期被推荐用于具体患者组，包括例如患有由药物敏感性有机物引起的空洞性肺结核并且在治疗完成2个月时间处获得的其痰液培养物呈阳性的患者；其治疗起始期不包括pza的患者；以及用每周一次inh和利福喷汀治疗且在起始期完成时获得的其痰液培养物呈阳性的患者。在某些实施例中，通过使用本文描述的tb评价监测治疗可以在这种持续期期间进行。在其他情况下，通过使用本文描述的tb评价监测治疗可以在持续期之前或期间停止。

tb治疗的结束通常是通过具体治疗方案的完成来确定，具体治疗方案例如包括例如经给定时间段摄入多个药物剂量的具体药物方案。在某些情况下，包括确定的tb治疗结束的tb治疗方案是根据具体患者特征来修改，这些患者特征包括例如hiv感染、耐药性、妊娠、患者年龄等。在某些情况下，tb治疗的结束可以基于本文描述的tb评价结合具体治疗方案的结束来确定，例如通过具体治疗方案确定的tb治疗结束可以基于具体tb评价结果来改变。在某些情况下，tb治疗的结束可以基于本文描述的tb评价独立于任何具体治疗方案来确定，例如tb治疗的结束可以基本上通过本文描述的一种或多种tb评价来确定。在一些情况下，可用于确定和/或确证tb治疗结束的此类tb评价包括但不限于本文描述的那些评价，治疗结束评价和治疗后评价。

在一些情况下，tb治疗的监测包括在治疗已经停止后进行的一次或多次治疗后评价或随访评价，例如以检测tb疾病或tb感染的复发。随访评价的时间设定和频率将变化，并且将取决于tb感染的特征(例如，患者是否具有潜伏性感染或tb疾病)，治疗方案的特征(例如治疗的持续时间)，受试者病史的特征(例如受试者是否患有或已经患有其他肺病或治疗)，受试者的复发的相对风险(例如受试者是否免疫受损，处于变得免疫受损的增加的风险，或未免疫受损)，以及其他考虑(例如受试者进一步随访测试的可得性、受试者年龄、生活质量考虑等)。在一些情况下，可以在最后一次治疗后一个时间段进行一次或多次随访评价，该时间段范围为从数天到数年，包括但不限于例如从2天至10年、从2天至5年、从2天至2年、从2天至1年、从2天至9个月、从2天至6个月、从2天至3个月、从2天至2个月、从2天至1个月、从2天至3周、从2天至2周、从2天至1周、从1至2周、从1至3周、从1周至1个月、从1周至2个月、从1至6个月、从1至5个月、从1至4个月、从1至2年、从1至3年、从1至4年、从1至5年、从1至6年、从1至7年、从1至8年、从1至9年、从1至10年等。如上所讨论，随访评价的频率可以变化并且在一些情况下范围可以为例如从每日到每年的频率，包括但不限于每日、每隔一天、每两天、每周两次、每周、隔周一次、每三周一次、每月、每两月一次、季度、每四月一次、每五月一次、每六月一次、每七月一次、每八月一次、每九月一次、每十月一次、每十一月一次、每年等。在一些情况下，随访评价是无限期地进行，例如持续受试者生命的剩余时期，并且这种无限期随访的需要可以取决于不同临床因素并且可以是必要的，例如由于例如因年龄相关性免疫系统衰退造成的衰退的免疫功能。

本披露提供了用于对受试者作出tb评价的方法，例如通过检测一种或多种生物标记(包括例如tb生物标记，例如在获得自受试者的细胞的表面上存在的tb宿主生物标记)的水平在受试者中诊断和临床上监测tb。

在一些情况下，需要tb评价的受试者可以是疑似最近例如在tb暴露(例如与tb感染的人或动物关联或接触)之后或在与疑似或已知包含tb细菌的材料(包括例如tb患者样品或已知已经与tb患者接触过的材料)接触之后已经被tb细菌感染的哺乳动物，例如人类。在一些情况下，tb暴露还可以包括与tb感染人的间接关联，包括例如占据已知已经先前被tb感染人占据的地方，或者与已知已经与tb感染人接触或关联的人的接触或关联。在某些情况下，当感染或暴露发生于自从已知或疑似感染或暴露起少于1年的一个时间段内，包括但不限于例如少于6个月、少于5个月、少于4个月、少于3个月、少于2个月、少于1个月、少于3周、少于2周、少于1周、1周、6天、5天、4天、或3天，感染或暴露可以被认为是近期的。

在一些情况下，需要tb评价的受试者可以是疑似或已知具有潜伏性tb感染的人或者疑似或已知患有tb疾病的人。感染有tb细菌的受试者可以发展或可以不发展tb疾病，即tb感染的个体可以变得有症状、发展tb疾病，或保持无症状持续一定时间因此具有潜伏性tb感染。在tb疾病中，个体免疫系统不能抑制tb细菌生长，tb细菌变得有活性，无论是在新感染的个体中还是在具有潜伏性tb感染的个体中。tb疾病可以被定义为其中tb细菌在宿主体内的活性倍增的tb感染。患有tb疾病的受试者通常是有症状且传染性的。

在本文中疑似或已知具有潜伏性tb感染的人可以被描述为潜伏性tb患者或潜伏性tb感染受试者。潜伏性tb患者可以具有潜伏性tb感染持续任何时间段，并且tb疾病从潜伏性tb的发展取决于不同风险因素的存在或不存在。许多具有潜伏性tb感染的人从未发展tb疾病。一些人在受感染后数周内发展tb疾病，并且其他人在潜伏性感染后数年例如在例如因次级感染(例如来自次级hiv感染)变得免疫受损后发展tb疾病。在免疫受损的人中，发展tb疾病的风险非常高于未免疫受损的人，即具有正常免疫系统的那些人。这样，在一些情况下，需要tb评价的受试者可以是近来已经具有免疫受损事件例如最近被免疫受损因子感染的受试者(该免疫受损因子包括例如引起免疫受损疾病如hiv的因子)，或最近发现被免疫受损因子感染的受试者。

基于具体风险因素的累积性存在或不存在，受试者可以具有高的、正常的或低的发展tb疾病的风险。增加受试者发展tb疾病的机会的风险因素，即会指示高风险的风险因素包括但不限于最近被tb细菌感染、年龄相关的弱免疫系统(例如婴儿、幼儿和老年个体)、其他削弱免疫系统的医学病症(例如hiv感染、药物滥用、矽肺、糖尿病、严重肾病、低体重、器官移植、头颈癌等)、削弱免疫系统的并行医学治疗(例如免疫抑制药物、皮质类固醇、器官移植后的抗排斥药物、放射疗法、化学疗法、用于类风湿性关节炎的治疗、对于克罗恩氏病的治疗等)。

在一些情况下，其中作出tb评价的受试者可以患有或不患有其他肺病，例如除tb之外的另一种肺病，或者取代tb的另一种肺病，例如可以被误认为是tb的另一种肺病。此类其他肺病包括但不限于：急性支气管炎、急性呼吸窘迫综合征(ards)、石棉肺、哮喘、支气管扩张、细支气管炎、闭塞性细支气管炎机化性肺炎(boop)、支气管肺发育异常、棉尘肺、慢性支气管炎、球孢子菌病(cocci)、copd、隐源性机化性肺炎(cop)、囊性纤维化、肺气肿、汉坦病毒肺综合征、组织胞浆菌病、人偏肺病毒、过敏性肺炎、流行性感冒、肺癌、淋巴管瘤病、间皮瘤、中东呼吸综合征、非结核分支杆菌、百日咳、尘肺病(黑肺病)、肺炎、原发性纤毛运动障碍、原发性肺动脉高压、肺动脉高压、肺纤维化、肺血管疾病、呼吸道合胞病毒、结节病、严重急性呼吸系统综合症、矽肺、睡眠呼吸暂停、等。

在感兴趣的一个实施例中，测量来自治疗前的以及在标准抗结核病化学疗法期间的tb患者的外周血单核细胞(pbmc)上的表面标记的表达，以针对诊断、早期治疗反应、以及在治疗结束时治愈或治愈不存在来鉴定临床上有价值的生物标记。在具体情况下，使用先进的流式细胞术技术例如来自bd公司(bd或bdt)的那些来评估来自参与临床研究(例如比尔与美琳达·盖茨基金会(bmgf)资助的研究)的极其良好表征的tb患者的样品。在某些情况下，本文提供的方法用于发现针对tb治疗反应和诊断的宿主候选生物标记，或者用于评估先前通过facs^tmcap(cap：组合抗体谱)鉴定的针对tb治疗反应和诊断的生物标记。在一些情况下，宿主生物标记是基于pbmc表面分子表达，并且与人类tb疾病状态、疾病程度、和治疗结果(包括例如早期治疗反应和在标准抗tb疗法结束时的治愈)相关。本文提供了此类实施例的具体实例，包括例如使用bdt开发的facs^tmcap技术以发现充当tb疾病状态的指示物的外周血细胞表面标记。

bdfacs^tmcap是细胞表面蛋白的多维分析，以用于使用半自动高通量流式细胞术快速表征人类细胞表面蛋白表达谱。该技术允许使用抗体的宽泛选择来对人类细胞表面标记的表达进行表征和定量。96孔板配置允许使用多于200种针对关键细胞表面标记的抗体进行细胞测试。抗体检测呈现细胞间通路、细胞凋亡、细胞增殖、细胞间信号传导、趋化性、细胞粘附和细胞运动的细胞表面蛋白。在其他情况下，facscap被配置有抗体以监测特异性免疫功能和炎症反应。96孔板的一些孔包含适当的同种型对照或未染色的细胞。在每个孔中随机地将抗体排成3×3阵列。

facscap的一种配置由229种直接缀合的在96孔板中排列为三色混合物的抗体组成，这使得能够对229个单独的表面标记的每一种进行表征。在96孔筛选板上对每个单独的感兴趣细胞类型进行分析，并且在配备有高通量采样器的流式细胞仪上采集数据。然后使用半自动定制流式细胞术软件对每个细胞类型的每个标记的表达水平进行计算。在某些情况下，以高效方式表征表面标记谱的facscap过程被适配为并入用于染色的自动化液体处理、用于数据采集的自动化流式细胞术、以及用于自动化数据分析的标准化算法。

组合物

本披露提供了可用于实践本文披露的用以对受试者作出tb评价的方法的组合物，所述作出tb评价例如通过检测获得自受试者的细胞的表面上存在的宿主tb生物标记的水平在受试者中诊断和临床上监测tb。

在一些情况下，本披露的组合物包括评价组合物，包括例如tb监测组合物和tb诊断组合物。此类组合物包括检测前述宿主tb生物标记的一种或多种检测试剂，并且在一些情况下此类检测试剂可以在本文中称作结合成员或宿主tb生物标记结合成员。此类结合成员可以包含可通过装置如流式细胞仪检测的标签结构域，由此允许对存在于该装置检测的具体事件(例如由流式细胞仪检测的细胞)上的宿主tb生物标记的定性鉴定或其水平的定量。在一些情况下，此类结合成员可以包含标签结合结构域，以使得结合成员可以通过使包含结合成员的溶液与结合标签结合结构域的可检测标签接触(例如使包含结合成员的溶液与被可检测标记的二级抗体接触)来可检测地标记。可以将任何可检测标签用于直接或间接地将本披露的结合成员进行可检测地标记，包括本领域中已知的那些以及本文其他地方描述的那些。

在一些情况下，本披露的组合物可以包括两种或更多种结合成员或宿主tb生物标记结合成员。在两种或更多种结合成员的组合物中包含的此类结合成员可以被可检测地标记，以使得每一类结合成员，例如结合特定宿主tb生物标记的每个结合成员，是特定可检测的，即每个宿主tb生物标记检测事件关于由特定结合成员结合的宿主tb生物标记而言是可识别的。例如，在包括检测两种不同宿主tb生物标记的两种结合成员的组合物中，结合成员是被可由检测装置区分的标签可检测地标记。在一些情况下，在两种或更多种结合成员的组合物中包含的结合成员可以可检测地标记，以使得两种或更多种结合成员共享基本上相同的可检测标签，例如两种或更多种结合成员被不能由检测装置区分的标签可检测地标记。

此外，组合物可以包括一种或多种另外的特异性地结合其他细胞标记(例如鉴定另外的细胞特征比如除细胞表面上的特定tb生物标记的表达外的特征的细胞标记)的可检测标签。可检测标签可以直接地或间接地即通过标签结合介导物的共同结合来结合细胞标记。

装置和系统

本发明的方面包括用于实践主题方法的系统。本发明的系统可以包括流式细胞术系统，该流式细胞术系统被配置为通过测量信号例如fsc、ssc、all、荧光发射(例如作为发射最大值)、质量、分子质量等来测定细胞样品(例如全血、pbmc等)。先前部分中描述的方法的步骤可以通过流式细胞术系统进行。感兴趣的流式细胞仪包括但不限于美国专利号4,704,891；4,727,029；4,745,285；4,867,908；5,342,790；5,620,842；5,627,037；5,701,012；5,895,922；6,287,791；7,787,197；8,140,300；和8,528,427中描述的那些装置，将这些专利的披露通过引用并入本文。

在一些情况下，流式细胞仪包括：流动通道；检测器模块，该检测器模块包括配置为从该流动通道的测定区域接收第一信号的第一检测器和配置为从该流动通道的测定区域接收第二信号的第二检测器。该流式细胞仪可以任选地进一步包括配置为将光导向该流动通道的测定区域的至少一个第一光源(其中在一些实例中，该细胞仪包括两个或更多个光源)。任选地进一步，流式细胞仪可以包括一个或多个另外的检测器和/或用于检测一种或多种另外的信号的光源。该一种或多种另外的信号可以由一个或多个另外的可检测标签来产生。

流式细胞仪可以被配置为产生数据集。数据集可以包括数据集中的每个事件的信号数据(例如荧光激发和/或发射光谱、荧光强度、荧光发射最大值、fsc、ssc、all或其组合)。

流式细胞术系统还可以包括“数据处理单元”，例如将进行其所需功能的任何硬件和/或软件组合。例如，本文的任何数据处理单元可以是可编程数字微处理器，例如，按以下形式可用：电子控制器、大型机、服务器或个人计算机(台式机或便携式计算机)。在数据处理单元是可编程的情况下，适合的编程可以从远端位置传递至该数据处理单元，或预先保存在计算机程序产品中(例如便携式或固定式计算机可读存储介质，无论是基于磁性的、视觉的或固态的装置)。

流式细胞术系统可以进一步包括能够储存信息以使得它在稍后日期可由计算机访问并检索的“存储器”。基于用于访问存储的信息的器件，可以选择任何方便的数据存储结构。在某些方面中，信息可以存储在“”永久性存储器”(即不能通过终止止计算机或处理器的电力供应而擦除的存储器)或“非永久性存储器”中。计算机硬盘驱动器、cd-rom、软盘、便携式闪存驱动器和dvd都是永久性存储器的实例。随机存取存储器(ram)是非永久性存储器的实例。在永久性存储器中的文件可以是可编辑并且可重写的。

存储器可以储存用于由数据处理单元执行的“模块”，其中该模块被配置为将数据集从信号集的数字(x)转化为标记密度集的数字(y)，其中y>x。标记密度集可以包括数据集或其群体中的每个细胞事件的标记表达数据(例如细胞标记的水平和/或量，来自对应于细胞标记的可检测标签的信号，等)模块可以被配置为基于信号集之中的事件(例如细胞事件)的分类来转化数据集。例如，从分类为单独群体的两个细胞事件获得的相同荧光信号可以通过对于不同细胞标记而言具有特异性的不同可检测标签来提供。该模块可以被配置为基于分类来区分可检测标签(例如提供基本上相同的信号的可检测标签)。

在某些方面中，该模块可以被配置为在转化数据集之前对细胞事件进行分类。另外，该模块可以被配置为基于fsc、ssc、all、荧光发射或其组合的测量来对细胞事件分类。在其他方面中，这些细胞事件可以如先前所述通过操作者分类(即人工地)。

除了传感器装置和信号处理模块，例如，如以上所述，本发明的系统可以包括多个另外的部件，例如数据输出装置(例如监测器和/或扬声器)，数据输入装置(例如接口端口、键盘、等)，流体处理部件，电源，等。

在一些实例中，该系统可以进一步包括如根据上述主题方法的方面中的任一个制备的细胞样品(例如加载在流动通道上)。在某些方面中，流式细胞仪可以是荧光激活细胞分选(facs)器械、或者自动化或半自动化流式细胞仪，该流式细胞仪任选地包括半自动化定制流式细胞术软件和/或用于染色的半自动化或全自动化液体处理、用于数据采集的半自动化或自动化流式细胞术、以及用于自动化数据分析的标准化算法。在某些情况下，该装置可以是高通量系统或包括高通量部件。

实用性

本披露提供了用于鉴定从疑似患有tb的受试者、已知患有tb的受试者以及正治疗tb的患者等收集的细胞亚群的方法。此类方法具有下文描述的多个有用的应用。

本文描述的方法的多个方面包括鉴定细胞亚群以高于或低于具体阈值水平表达宿主tb生物标记，可用于获得可以在监测受试者tb进展中使用的生物标记标志，监测进展例如通过在第一时间点检测获得自受试者的血液样品的第一生物标记标志并且在第二时间点检测血液样品的第二生物标记标志、并且将第一生物标记标志与第二生物标记标志进行比较以对tb进展作出评价，其中该评价提供用于监测从第一时间点到第二时间点的tb进展。tb进展可以在经历治疗的tb患者或者未经历tb的患者(例如已知被tb感染的那些患者如患有潜伏性tb但未经历治疗的那些)中监测。在某些情况下，可以使用多于两个时间点监测tb进展。

在某些实施例中，监测受试者中tb进展的方法允许在多于两个时间点例如三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个、六个或更多个、七个或更多个、八个或更多个、九个或更多个、或十个或更多个时间点检测在获得自受试者的多个样品例如血液样品中存在的生物标记标志模式。总体上，用于检测生物标记标志模式的时间点可以以任何希望的时间量分开。例如，第一时间点和第二时间点可以分开小于1周、约1周、约2周、约3周、约4周、约5周、约6周、约1个月、约2个月、约3个月、约6个月、或约1年或更长，例如约3年或更多年。

总体上，本领域技术人员将理解的是在第一时间点和第二时间点之间的持续时间必须足以提供用于监测tb疾病的进展，例如在tb治疗期间监测tb。

在某些实施例中，本文呈现的监测tb的方法允许用于例如在tb的治疗方案期间平行地监测疾病进展和疾病治疗。在此类实施例中，在治疗期间监测tb的方法将提供治疗是否正在改善病症、或对病症没有作用或具有反作用的信息。在此类实施例中，第一时间点可以是在治疗方案起始刚好之前、同时、或刚好之后，并且第二时间点可以是在希望的治疗时期之后的时间点。例如，在此类实施例中，第二时间点可以是在治疗起始之后约1周或更长时间，包括约2周、约3周、约4周、约5周、约6周、约1年、约2年或更长时间。例如，在获得自受试者的血液样品中存在的生物标记标志的检测可以大约每周一次或或更长时间一次来确定，包括每两周一次、每三周一次、每四周一次、每五周一次、每六周一次、每2个月一次、每3个月一次、每4个月一次、每5个月一次、每6个月一次、每年一次、每2年一次、以及每3年一次，以监测tb进展和治疗方案的功效。

本文呈现的方法、装置、系统和试剂盒的某些方面提供了治疗监测的更大功效，并且由此提供了治疗的大的功效，因为治疗可以针对具体患者对于治疗的反应来定制。例如，在一些情况下，可以基于在治疗期间进行的指示需要更长治疗的tb评价，将治疗持续比在治疗开始时预期的时间更长的时间。在某些情况下，可以基于在治疗期间进行的指示不需要起初规定的治疗长度的tb评价，将治疗早于治疗开始时预期的时间停止。

在本披露的某些方面中，tb评价是通过将生物标记评估或测量或生物标记标志与参考标准进行比较来作出。在某些实施例中，本文描述的方法可用于衍生此类参考标准。在一些情况下，与具体受试者或患者样品相比较的参考标准(如本文所述)是患者或受试者自身的样品，例如在更早时间点处收集的患者或受试者自身的样品。在一些实施例中，tb监测可以通过比较在不同时间处和/或在不同条件下(例如在治疗方案期间的不同时间处或在不同的治疗条件下，例如在不同的治疗方案下或在治疗的不同阶段期间)采集的样品(例如患者血液样品或患者细胞)作出tb评价(如本文所述)来进行。

试剂和试剂盒

还提供了用于实践上述方法的一个或多个的试剂、装置和其试剂盒。主题试剂、装置和其试剂盒可以大不相同。感兴趣的试剂和装置包括上文关于生物标记检测方法和鉴定表达生物标记的细胞亚群(例如通过流式细胞术)所述的那些。主题试剂盒可以包括特异性地结合至第一细胞标记的第一可检测标签以及特异性地结合至第二生物标记的第二可检测标签。第一和第二可检测标签可以提供基本上相同的信号或基本上不同的信号。可检测标签可以包括标签结构域和特异性针对生物标记的结合成员，如前述部分中所述。

可用于实践上述方法中的一个或多个的试剂盒可以包括一种或多种此类试剂和装置，包括例如用于生物标记检测的试剂和装置，用于鉴定表达一种或多种生物标记的细胞亚群的试剂和装置，用于在执行本文描述的任一方法之前或期间收集、分选、制备、处理样品的试剂和装置，以及用于解释、分选、转化、显示、或传播关于根据本文描述方法作出的评价的数据。此外，试剂盒可以包括一种或多种校准或参考试剂，例如用于在装置包括如流式细胞仪的校准中使用，或用于装置的配置包括如流式细胞仪的配置(包括例如有待用于如本文描述的评价中使用的阈值如生物标记阈值的配置)。此外，试剂盒可以包括被采用的一种或多种另外的组合物，包括但不限于可以用于给定测定中的缓冲液、稀释剂、细胞裂解剂等。上述组分可以存在于单独的容器中或一种或多种组分可以组合到单一容器如玻璃小瓶或塑料小瓶中。

此外，试剂盒可以包括一种或多种另外的特异性地结合其他细胞标记(例如鉴定另外的细胞特征比如除细胞表面上的特定tb生物标记的表达外的特征的细胞标记)的可检测标签。可检测标签可以直接地或间接地即通过标签结合介导物的共同结合来结合细胞标记。可以将可检测标签提供在单独容器中或混合在相同容器中。

该试剂盒还可以包括一种或多种细胞固定试剂，例如多聚甲醛、戊二醛、甲醇、丙酮、福尔马林、或它们的任何组合或缓冲液。另外，该试剂盒可以包括细胞透化试剂，例如甲醇、丙酮或洗涤剂(例如曲通、np-40、皂苷、吐温20、毛地黄皂苷、leucoperm)，或它们的任何组合或缓冲液。技术人员熟悉的其他蛋白转运抑制剂、细胞固定试剂和细胞透化试剂在主题试剂盒的范围内。

该试剂盒可以进一步包括用于执行流式细胞术测定的试剂。所述试剂的实例包括用于第一和第二可检测分子的复水和稀释中的至少一者的缓冲液、用于使细胞样品与第一和第二可检测分子中的一者或两者接触的缓冲液、洗涤缓冲液、对照细胞、对照珠粒、用于流式细胞仪校准的荧光珠粒和它们的组合。

可以按液体的或干燥的(例如冻干的)形式提供以上描述的可检测标记和/或试剂。以上组分中的任一者(可检测标记和/或试剂)可以存在于分开的容器(例如分开的管、瓶、或在多孔条带或板中的孔)中。此外，一种或多种组分可以被并入单个容器，例如玻璃的或塑料的小瓶、管或瓶中。

除了以上组成部分之外，主题试剂盒可以进一步包括用于实践这些主题方法的说明书。这些说明书能以各种形式存在于本发明的试剂盒中，这些形式中的一种或多种可以存在于试剂盒中。这些说明书可以存在的一种形式是打印在适合的介质或基底上(例如，在其上打印信息的一张或多张纸)、打印在试剂盒的包装中、打印在包装插入物等中的信息。又另一种手段是上面已经记录信息的计算机可读介质，例如磁盘、cd、可移动驱动器、闪存驱动器等。可以存在的又另外的手段是可以在远离的地方经由因特网来获取信息的网址。任何便利的手段可以存在于这些试剂盒中。

实例

提出以下实例以便为本领域普通技术人员提供如何制造和使用本发明的完整披露和描述，并且不旨在限制诸位发明人考虑作为他们的发明的范围，它们也不旨在表示以下实验是进行的所有或仅有的实验。已经作出努力以确保关于使用数目的准确性(例如，量，温度，等)，但一些实验误差和偏差应被考虑在内。除非另外指明，份数是重量份，分子量是重量平均分子量，温度是摄氏度，并且压力是或接近大气压。

分子和细胞生物化学中的通用方法可以发现于此类标准教科书中，如分子克隆：实验室手册(molecularcloning:alaboratorymanual)第3版(萨姆布鲁克(sambrook)等人，冷泉港出版社2001)；分子生物学短方案(shortprotocolsinmolecularbiology)，第4版(奥苏伯尔(ausubel)等人编，约翰威利出版有限公司(johnwiley&sons)1999)；蛋白质方法(proteinmethods)(博利格(bollag)等人，约翰威利出版有限公司1996)；用于基因疗法的非病毒载体(nonviralvectorsforgenetherapy)(瓦格纳(wagner)等人编，学术出版社(academicpress)1999)；病毒载体(viralvectors)(卡里夫(kaplift)和洛伊(loewy)编，学术出版社1995)；免疫学方法手册(immunologymethodsmanual)(i.莱夫科维奇(i.lefkovits)编，学术出版社1997)；以及细胞与组织培养：生物技术中的实验室程序(cellandtissueculture:laboratoryproceduresinbiotechnology)(道尔(doyle)和格里菲思(griffiths)，约翰威利出版有限公司1998)，将这些文献的披露通过引用结合入本文。本披露中提及的用于遗传操作的试剂、克隆载体和试剂盒可获得自商业供应商例如伯乐(biorad)、stratagene、英杰公司(invitrogen)、西格玛-奥德里奇(sigma-aldrich)、和克罗泰克公司(clontech)。

实例1

材料与方法

在获得知情同意后，将新诊断的tb患者、健康个体和患有其他肺病(old)的患者募集到研究中。tb的诊断是基于病史、体格检查和通过涂片镜检检测tb而作出。对参与者的hiv状态或其他健康状况(不是tb)进行记录。在疗法开始(t0)之前、在tb疗法4周(w4)之后、以及在疗法结束时(w24)，收集来自每个患者的血液。将来自对照受试者的血液大部分以一次收集，并且在第一次收集之后4周从少数受试者收集血液。将所有样品运输到tb免疫学实验室，在实验室对它们进行处理，并且通过聚蔗糖(ficoll)离心将pbmc从血液样品制备并根据书面方案在facscap板中染色。对于每个患者，制备二重板来解释在细胞染色或细胞计数器采集期间可发生于板中的问题。

在bdfacscalibur的高通量系统(板读取器)上进行facscap板的数据采集。对于二重板而言，从每个孔收集30,000个事件。

facs分析

所有的facs分析是手工地通过使用flowjo软件并且通过对淋巴细胞群体进行门控来进行。对于阳性群体的截断是通过与同种型对照的比较来确定。在一些情况下，在同种型对照不显现可靠时，使用逐二参数(fsc、ssc、fl1、fl2、fl3)通过依靠点图中的表达谱作出调整。当对给定标记的表达的决策不清楚时，对标记进行“旗标”，并且对于那些标记作出在后期进一步研究的决策。对所有患者进行分析，但从3个时间点(t0、w4和w24)可获得样品的仅33名患者被认为用于最终的统计学分析。

统计学分析

重复测量anova

重复测量分析研究了在相同实验单元上在不同时间或在不同条件下测量的响应结果。纵向数据是重复测量的常见形式，其中对单独的受试者经一个时间段记录测量。在此研究中，重复测量anova适于测试从相同的33个受试者但在不同时间点(基线、第4周和第24周)收集的生物标记的表达平均差异。

单变量重复测量anova模型是如下定义：

yij^＝μ+πi+τj+eij,fori＝1,...,33；j＝1,2,3。

μ是总均值，πi是因受试者的个体差异成分而造成的随机效应(随时间恒定)，τj是时间效应，并且eij是受试者i和时间j的误差。为了避免过参数化，我们设定τj＝0。

对这个模型的假定是：

其指示因被假定为具有零均值和常数方差的正态分布的受试者造成的随机效应。

其指示被假定为具有零均值和常数方差的正态分布的随机误差。

使用重复测量anova以检验零假设：η0:τ1＝τ2＝τ3＝0，其指示三个时间点(基线、第4周和第24周)的均值都是相等的，即μj＝μ+τj对于j＝1,2,3是都相等的。可替代地，对于j＝1,2,3，任何τj≠0，换言之，来自两个时间点的至少均值是不同的。

由于该研究同时比较252个生物标记，应考虑多重比较的影响。邦费罗尼校正是已经广泛用于多重比较的程序。基于邦费罗尼校正，如果检验的大小α＝0.05，只有p-值≤的生物标记应被认为是显著的。

配对t-检验

一旦从先前重复测量anova检验检测到差异，我们使用配对t-检验来评估在任何两个给定的时间点的均值是否不同，例如基线(t0)对比第4周(w4)，基线(t0)对比第24周(w24)，或第4周(w4)对比第24周(w24)。配对t-检验是一种阻断形式，并且因此当在进行比较的两个组中配对单元关于噪声因子相似时具有比非配对t检验更大的能力。检验下的零假设将是：μ＝μ2，即来自任何配对组的相等均值。

独立两样品t检验

由于健康对照、tb患者和患有其他肺病的患者是样品大小不相等的具有不同独立受试者的组，使用独立两样品t检验来评估在任何两个组之间的均值是否不同，例如在基线处(t0)的tb患者对比健康的，在第24周(w24)的tb患者对比健康的，在基线处(t0)的tb患者对比其他肺病，或健康的对比患有其他肺病的患者。韦尔奇t-检验被选择用于此研究，其中韦尔奇(或萨特思韦特)近似值达到检验中的自由度。检验下的零假设将是：μ1＝μ2，即来自任两个独立组的相等均值。

结果

重复测量anova检验结果

零假设：μτ0^＝μw4^＝μw24

提供在图1中的表1示出p-值<0.01(p-值阈值为0.01允许检查具有变化或趋势的大量标记)的29个标记的选择。在应用邦费罗尼校正(见上文)之后，少量标记显示p-值<0.0002(≤其中252是在研究中我们探询的标记数目)。在邦费罗尼校正之后，表1中p-值小于0.05的生物标记以粗体表示。如表1所示，在疗法历程期间并且尤其在疗法结束时标记cd120b、cd126和cd62l的表达显著降低。即使对于标记例如cd29和cd48的p-值也是显著的，因表达变化小并且大于95％的细胞在所有时间点是阳性的，所以不存在生物学上有意义的显著性。

图2-5中提供密度曲线，展示了在所有患者中以及在健康患者和患有old的患者中cd126和cd62l随时间的表达分布。图2-5显示对于来自不同组的cd126和cd62l的kernel密度曲线，包括在tb患者中在疗法前(t0)、第4周和第24周(图2和图3)cd126和cd62l的表达分布，以及在t0时的tb患者、健康受试者和患有其他肺病的患者中cd126和cd62l的表达分布(图4和图5)。图表清晰显示与t0或第4周(图2和图3)相比，cd126和cd62l的表达在第24周是低的。曲线还示出在第24周的表达分布与在健康对照中见到的分布相似，并且不同于tb患者或患有其他肺病的患者。

在33名tb患者中以及在对照组(健康的和患有old的患者)中，在t0、第4周和w24，cd126、cd120b和cd62l平均表达显示于图6中。清楚的是在tb患者中cd126、cd120b和cd62l(并且尤其是cd126和cd62l)的表达高于健康对照，并且在第24周降低到接近健康对照的水平。

单独地在33名患者中检查cd126的表达(图7)，清楚的是对于所有患者，该标记的表达水平在tb疗法结束时(w24)一致较低(实心圆)。该分析进一步揭露患者分为两个组。对于一个组(图7，左)，与在t0的表达(空心圆)相比，cd126表达在第4周(三角形)上调，之后在第24周下降。对于第二组，与在t0时的表达(空心圆)相比，cd126的表达在第4周(三角形)下调，并且在第24周甚至更多下调(图7，右)。

cd4和cd126在患者细胞上的共表达的检查是通过在相同的样品孔内用抗cd4和抗cd126抗体进行标记来进行。该分析是针对示例患者(s147)在三个时间点(t0、w4、和w24)呈现在图8a-c中，x-轴上示出cd126的表达并且y-轴上示出cd4的表达。cd4阳性和cd4阴性群体两者均表达cd126表面标记；然而，如在图8a-c中所展示的，cd126的下调主要发生在cd4阴性群体中。

配对t-检验结果

零假设：μt0＝μw4

零假设：μt0＝μw24

零假设：μw4＝μw24

应用配对t-检验以确定在两个时间点之间区分的标记。将疗法前(t0)时间点与第4周或第24周比较(t0对比w4，和t0对比w24)，并且将在第4周的患者与疗法后第24周患者进行比较(w4对比w24)。p-值<0.01的一组标记被选择用于每个比较，并且应用邦费罗尼校正。

提供于图9中的表2提供了此分析的结果，以粗体显示在邦费罗尼校正之后p-值小于0.01的生物标记的选择以及p-值小于0.05的标记。如在表2中所示，cd120b、cd126和cd62l是针对此测试表达变化显著的标记。还清楚的是，与当在t0和w4之间比较相比，当在治疗前(t0)和在治疗结束(w24)时的患者之间比较时，表达中的差异更突出。

更高数目的标记，在表2中斜体的p-值示出变化趋势但在严格邦费罗尼校正之后不具有统计学显著性。例如，在疗法开始和疗法结束时，标记如cd58、cd11a和cd4在tb患者之间有区别。

独立两样品t-检验结果

零假设：μt0＝μ健康

零假设：μt0＝μ其他肺病

零假设：μ健康^＝μ其他肺病

独立两样品t-检验是对通过flowjo分析产生的数据进行，以便在疗法前的tb患者和健康对照或患有其他肺病的患者之间以及健康对照与患有其他肺病的患者之间进行比较。提供于图10中的表3提供了此分析的结果，以粗体显示在邦费罗尼校正之后p-值小于0.01的生物标记的选择以及p-值小于0.05的标记。

如在表3中所示，cd126是在tb患者与健康对照之间显著不同的标记。还在表3中所示，显示fmlpr(fmlp受体)在tb患者和健康对照之间显著不同。

即使在邦费罗尼校正之后不显著，表3中的其他标记的组的p-值在tb患者和患有其他肺病的患者之间或者在健康对照与患有其他肺病的患者之间不同。另外，如在数据中所见，在疗法前的tb患者和健康对照之间的差异比在tb患者与患有old的患者之间或在健康对照与患有old的患者之间的差异更突出。

其他结果

另外的多组标记显示当在组或时间点之间进行比较时的表达趋势。在图11中描绘示例趋势，其显示在疗法期间表达发生变化并且p-值低但在应用邦费罗尼校正之后不显著的标记代表。例如，图11示出cd4阳性细胞的表达在疗法前的tb患者中是更高的，并且趋向于在疗法开始之后降低以达到可与健康对照相比的水平。图11还示出cd8或cd57的群体表达在疗法开始后增加。

相似地，具有生物学意义的其他标记如ccr7、cd127、cd27和hla-dr示出标记的表达变化随疗法时间和/或相比于对照组的一致趋势(增加或降低)，但在邦费罗尼校正之后不具有统计学显著性。在图12中提供此类一致趋势的实例，其显示在疗法历程期间表达发生变化并且p-值低但在应用邦费罗尼校正之后不显著的生物学上显著的标记代表。

此外，募集五名tb患者以确定在抗原刺激之后表面标记表达水平的变化。使用从五名活性感染的tb患者收集的样品以确定在纯化蛋白质衍生物(ppd)刺激的pbmc的表面标记的表达中是否存在变化。在接收血液时，进行pbmc分离。一旦方案达到第二洗涤步骤，则将样品分为两半。用一半的细胞继续该方案，而将另一半以1x10⁶个细胞/ml的浓度重悬浮于介质中。选择的刺激物是浓度为10μg/ml的ppd。将细胞在37℃下5％co2中孵育过夜。在第二天早上，将细胞在pbs中洗涤两次，并且继续该方案，如所述的获得数据并且进行统计学分析。

当将刺激的和未刺激的pbmc进行比较时，标记例如cd41a、cd45ra和cd61下调，并且与未刺激的pbmc相比在刺激的pbmc中标记例如cd4v4、cd49a和cd62l的表达上调(表7，下方)，但注意这些变化未达到显著性。

基于患者结果特征进一步对基线生物标记水平的比较进行分层，并且进行统计学分析。患者结果在临床上被定义为“明确治愈”、“可能治愈”和“未治愈”，或是基于pet扫描或组合pet-ct扫描。pet扫描结果被定义为“良”或“差”。在治疗结束时进行的组合pet-ct扫描被定义为“改善”或“混合”。将通过结果分层的基线生物标记表达水平通过anova进行比较，并且通过单独t-检验(p<0.008)和非参数检验(曼-惠特尼(mann-whitney)-u检验)进行另外的统计学分析。cd18、cd11a、cd50、cd48和cd53均被发现在统计学上在具有“明确治愈”和“未治愈”结果的患者之间区分基线生物标记水平。cd45ro和cd4v4均被发现在统计学上在具有如通过pet扫描确定的“混合”和“改善”结果的患者之间区分基线生物标记水平。cd18、cd11a、cd62p和cd81均被发现在统计学上在具有如通过组合pet-ct扫描确定的“良”和“差”结果的患者之间区分基线生物标记水平。

表7：

讨论

在疗法历程期间，尤其在t0和疗法结束之间进行比较时，cd126、cd62l和cd120b显著下调。cd126在疗法后第24周显著下降，并且还在tb患者和健康对照之间显著不同；这样的标记特征与针对疗法功效和tb诊断学的标记或标记特征一致。其他标记例如cd4、cd8、cd56和ccr7示出疗法历程期间降低或增加的趋势。即使使用的高度保守的统计学方法例如邦费罗尼校正导致在统计学分析后不具有统计学显著性的差异，示出疗法历程期间降低或增加的趋势(例如对于cd4、cd8、cd56、ccr7所观察到的那些)的标记具有高的生物学意义。标记例如cd58、cd11a和cd4具有诊断价值，因为它们例如在疗法开始前和疗法结束的tb患者之间是不同的。

尽管为附加条款，本文提出的披露也由以下条款限定：

1.一种获得对受试者的结核病评价的方法，该方法包括：

鉴定该受试者的细胞样品的亚群具有的结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，以产生针对该细胞样品的生物标记标志，其中该结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126和cd62l及其组合；并且

从该生物标记标志获得对该受试者的结核病评价。

2.如条款1所述的方法，进一步包括鉴定该细胞样品的亚群的一种或多种另外的结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，该一种或多种另外的结核病宿主生物标记选自cd4、cd8、cd56、cd57和ccr7及其组合。

3.如条款1所述的方法，其中该结核病评价是治疗评价。

4.如条款3所述的方法，进一步包括鉴定该细胞样品的亚群具有的cd58的表达水平高于阈值表达水平。

5.如条款1所述的方法，其中该结核病评价是诊断。

6.如条款5所述的方法，进一步包括鉴定该细胞样品的亚群的一种或多种结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，该一种或多种结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd8和cd57及其组合。

7.如条款5或6所述的方法，进一步包括鉴定该细胞样品的亚群的fmlpr的表达水平低于阈值表达水平。

8.如条款5或6所述的方法，其中该诊断包括获得非肺结核疾病的结核病诊断。

9.如条款1所述的方法，其中该结核病评价包括对正面治疗结果或负面治疗结果的可能性的预测。

10.如条款9所述的方法，进一步包括鉴定该细胞样品的亚群的一种或多种结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，该一种或多种结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4及其组合。

11.如条款1至10中任一项所述的方法，其中该细胞样品是血液样品。

12.如条款11所述的方法，其中该细胞样品的亚群包括外周血单核细胞。

13.如条款12所述的方法，其中该方法进一步包括使用基于cd4的外周血单核细胞鉴定方案鉴定该外周血单核细胞。

14.如条款11所述的方法，其中该方法进一步包括在收集血液样品之前使受试者经受抗原刺激。

15.如条款11所述的方法，其中该方法进一步包括在分析之前使该样品经受抗原刺激。

16.如条款14或15所述的方法，其中该抗原刺激包括结核分支杆菌抗原刺激。

17.如条款1至16中任一项所述的方法，其中该鉴定包括流式细胞术。

18.一种结核病评价组合物，该组合物包括：

两种或更多种可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员的集合，其中这些结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126、cd62l、fmlpr及其组合。

19.如条款18所述的组合物，进一步包括另外的可检测标记的特异性结合成员，该结合成员特异性地结合至另外的选自下组的结核病宿主生物标记上，该组由以下各项组成：cd4、cd8和cd57。

20.如条款18所述的组合物，进一步包括另外的可检测标记的特异性结合成员，该结合成员特异性地结合至另外的选自下组的结核病宿主生物标记上，该组由以下各项组成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

21.一种试剂盒，包括：

两种或更多种可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员的集合，其中这些结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126、cd62l、fmlpr及其组合。

22.如条款21所述的试剂盒，进一步包括另外的可检测标记的特异性结合成员，该结合成员特异性地结合至另外的选自下组的结核病宿主生物标记上，该组由以下各项组成：cd4、cd8和cd57。

23.如条款21所述的试剂盒，进一步包括另外的可检测标记的特异性结合成员，该结合成员特异性地结合至另外的选自下组的结核病宿主生物标记上，该组由以下各项组成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

24.一种流式细胞术系统，包括：

流式细胞仪，其包含流动池；

光源，其被配置为引导光到该流动池的测定区域；

第一检测器，其被配置为接收由在该测定区域中的细胞样品中存在的第一可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员发出的第一发射波长的光；以及

信号处理模块，其被配置为接收来自该第一检测器的信号，并输出与该第一可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员结合的细胞亚群是否存在于该细胞样品中的结果。

25.如条款24所述的流式细胞术系统，其中流动池进一步包括细胞样品，该细胞样品包括第一可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员。

26.如条款24或25所述的流式细胞术系统，其中该结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126、和cd62l及其组合。

27.如条款24所述的流式细胞术系统，进一步包括：

第二检测器，该第二检测器被配置为接收由第二可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员发出的第二发射波长的光，其中该信号处理模块被配置为接收来自该第一和第二检测器的信号并且输出与该第一可检测标记、该第二可检测标记、或该第一和第二可检测标记二者的结核病宿主生物标记特异性结合成员结合的细胞亚群是否存在于细胞样品中的结果。

28.如条款27所述的流式细胞术系统，其中该流动池进一步包括受试者的细胞样品；第一可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员；和第二可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员。

29.如条款27或28所述的流式细胞术系统，其中这些结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126、和cd62l及其组合。

30.如条款27或28所述的流式细胞术系统，其中该第一可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员的结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126、和cd62l，并且该第二可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员的结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd4、cd8、cd57、cd58、ccr7、和fmlpr。

31.如条款27或28所述的流式细胞术系统，其中这些结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4及其组合。

32.如条款27或28所述的流式细胞术系统，其中该第一可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员的结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126、和cd62l，并且该第二可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员的结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

33.如条款27或28所述的流式细胞术系统，其中该信号处理模块被配置为输出与可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员结合的两个或更多个细胞亚群是否存在于细胞样品中的结果。

34.如条款24或27所述的流式细胞术系统，进一步包括另外的被配置为接收由存在于细胞样品中的细胞散射的光的检测器。

35.如条款25或28所述的流式细胞术系统，其中该细胞样品包含人类细胞。

36.根据条款24或27所述的流式细胞术系统，其中该系统被配置为：

从结果鉴定受试者的细胞样品的亚群具有的结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，以产生针对该细胞样品的生物标记标志，其中该结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126和cd62l及其组合；并且

从该生物标记标志获得对该受试者的结核病评价。

37.一种包含对计算机的执行进行编程的计算机可读介质，该计算机可读介质包括：

用于分析由检测器产生的信号的指令，该检测器被配置为接收由可检测标记的结核病宿主生物标记特异性结合成员发出的发射波长的光以产生数据；

用于将这些数据存储在计算机可读介质上的指令；以及

用于输出这些数据的指令。

38.根据条款37所述的计算机可读介质，其中该编程进一步包括用于以下的指令：

从数据鉴定受试者的细胞样品的亚群具有的结核病宿主生物标记的表达水平低于阈值表达水平，以产生针对该细胞样品的生物标记标志，其中该结核病宿主生物标记选自下组，该组由以下各项组成：cd120b、cd126和cd62l及其组合；并且

从该生物标记标志获得对该受试者的结核病评价。

先前仅说明本发明的原理。将理解的是本领域的技术人员将能够设计不同的安排，这些不同的安排虽然没有在此明确地描述或显示，但体现本发明的原理并且被包括在其精神和范围之内。另外，在此叙述的所有实例和条件性语言主要打算帮助读者理解诸位发明人所贡献的本发明的原理和概念以推动本领域发展，并且将被视为而不限于这些特别叙述的实例和条件。并且，引用本发明的原理、方面、以及实施例的所有在此的陈述连同其具体实例旨在涵盖其结构和功能等效物两者。另外，预期此类等效物包括当前已知的等效物以及有朝一日发展的等效物两者，即不论结构而执行相同功能的发展的任何要素。因此，本发明的范围不是旨在受限于在此显示和描述的示例性实施例。更确切地说，本发明的范围和精神是通过所附权利要求书来体现。