工作流优化的载玻片扫描的制作方法

本发明涉及对显微镜载玻片进行成像，并且具体涉及用于一种对显微镜载玻片进行成像的系统，并且涉及一种用于优化对显微镜载玻片进行成像中的工作流的方法。

背景技术：

出于扫描目的，显微镜载玻片可以用于探针(诸如被提供在基底层上的组织切片)的扫描。载玻片上的探针可以被预处置以实现更好的图像数据，例如染色程序可以被应用。扫描生成并且因此提供相应载玻片的图像或至少图像数据。载玻片可以被提供在搁架上，例如二十个载玻片或更多的数量由共同的搁架携带。载玻片扫描可以被提供为自动过程。例如，wo2014/205557a1描述了获取显微镜载玻片的预览图像。预览用于调整相应的设置并且还用于设置针对每个载玻片托盘的扫描优先级。然而，已经表明特别是在大量载玻片要被扫描的情况下，这仍然意味着繁琐的过程。

技术实现要素：

可能存在对进一步改善用于载玻片扫描的工作流的需要。

本发明的目的通过独立权利要求的主题得以解决；进一步的实施例被并入从属权利要求中。应当注意，本发明的以下描述的方面也适于用于对显微镜载玻片进行成像的系统，并且适于用于优化对显微镜载玻片进行成像中的工作流的方法。

根据本发明，提供了一种用于对显微镜载玻片进行成像的系统。所述系统包括存放区单元、代码读出单元和数据接口单元。所述存放区单元被配置为接收多个载玻片，每个载玻片具有包括载玻片相关信息的代码。所述代码读出单元被配置为检测存放的多个载玻片的相应代码；所述数据接口单元被配置为提供检测到的代码用于代码目录的生成，并且基于所述代码目录来接收确定的扫描顺序。

这允许实现可以例如在工作流方面被优化的扫描顺序。例如，与特定患者或特定类型的检查有关的载玻片可以首先被扫描，如果这些结果被需要作为优先的话。

在范例中，所述数据接口单元被配置为基于检测到的代码来提供代码目录。在另一范例中，代码目录的生成在外部(例如远离扫描单元)被提供。在又一范例中，代码目录的生成在扫描装置内部被提供。

在任何情况下，扫描顺序由处理单元并且基于检测到的存放的载玻片的代码来确定。

根据范例，所述代码读出单元被单独提供给用于扫描载玻片的所述成像单元。

因此，扫描顺序能够在载玻片被转移给成像单元(诸如载玻片扫描器)之前被确定。

根据范例，提供了均包括可检测代码的多个载玻片。

因此，所有载玻片能够通过其代码来确定，并且相应的扫描顺序能够考虑一套完整的载玻片。例如，基于代码信息，载玻片能够被分配给特定扫描序列。

根据范例，所述系统还包括扫描单元，所述扫描单元包括用于扫描显微镜载玻片的至少一个扫描引擎。另外，所述扫描单元被配置为以所述确定的扫描顺序扫描被接收在所述存放区中的所述多个载玻片。

这导致根据扫描顺序的扫描结果。因此，能够实现具有优先级的扫描结果而无需首先以特定顺序物理地对载玻片进行排序。扫描以例如独立于搁架中的载玻片的顺序的顺序发生。

在范例中，提供了用于操纵载玻片的设备。例如，相应的操纵能够由操纵器来提供。

根据范例，所述存放区单元包括用于接收具有插入的载玻片的搁架的至少一个插座。在选项中，提供了具有插入的载玻片的搁架。

另外，作为选项，若干搁架可以被提供在存放区单元中，以便允许对大量载玻片的扫描。

根据范例，所述系统还包括操纵单元，所述操纵单元用于在搁架与所述扫描单元之间个体地转移载玻片，以便扫描所述载玻片，并且出于载玻片的物理存放目的，之后将所述载玻片例如放回到搁架内或其他地方。在选项中，所述识别单元被集成在所述操纵单元中。

在另一范例中，代替将载玻片放回到搁架内，载玻片也能够被提供在输出区中。

操纵单元允许根据确定的扫描顺序为扫描单元提供载玻片。

根据本发明，提供了一种用于优化对显微镜载玻片进行成像中的工作流的方法。所述方法包括以下步骤：

a)提供被存放在存放区单元中的多个载玻片，每个载玻片具有包括载玻片相关信息的代码；

b)检测所述存放的多个载玻片的相应代码；

c)生成所述代码目录；并且

d)基于所述代码目录来确定扫描顺序。

在范例中，还提供了基于所述确定的扫描顺序来扫描存放的多个载玻片的步骤e)。

在范例中，在做出目录并且确定扫描顺序之后，提供了分析(一个或多个)载玻片以便导出对扫描必要或有用的图像参数(例如焦点等)并且在考虑参数的情况下扫描(一个或多个)载玻片的随后步骤。

在范例中，规定对载玻片的分析包括进行对载玻片的样本的预扫描(例如低分辨率图像)的子步骤。之后，扫描以更高的分辨率(例如高20倍或高40倍)来执行。在范例中，预扫描图像不包括代码。

根据一方面，每个载玻片被提供有包含与载玻片有关的信息的代码。代码通过读取器来检测，以便确定载玻片的特定扫描顺序。对于该扫描顺序，用户能够设置优先级数据，并且当确定扫描顺序时，扫描顺序考虑这些。

本发明的这些和其他方面将参考下文描述的实施例变得显而易见并将参考下文描述的实施例得以阐述。

附图说明

本发明的示范性实施例将在下文中参考以下附图来进行描述：

图1示出了用于对显微镜载玻片进行成像的系统的范例的示意性设置。

图2示出了用于对显微镜载玻片进行成像的系统的又一范例。

图3示出了用于对显微镜载玻片进行成像的系统的另一范例。

图4示出了用于对显微镜载玻片进行成像的系统的再一范例。

图5示出了优化对显微镜载玻片进行成像中的工作流的方法的范例。

具体实施方式

图1示出了用于对显微镜载玻片进行成像的系统10的范例的示意性设置。系统10包括存放区单元12、代码读出单元14和数据接口单元16。存放区单元12被配置为接收多个载玻片，每个载玻片具有包括载玻片相关信息的代码。代码读出单元14被配置为检测存放的多个载玻片的相应代码；并且数据接口单元16被配置为提供检测到的代码用于代码目录的生成，并且基于代码目录来接收确定的扫描顺序。

在范例中，用于对显微镜载玻片进行成像的系统在数字病理学中使用。

代码不是对载玻片的预扫描(即载玻片的组织部分，或换言之，要被获取的图像本身)，而是额外的一条信息，即代码不是基于探针-图像-内容的。代码独立于载玻片的图像内容，即探针或组织内容。

在范例中，代码不是通过与用于提供扫描一样的扫描原理来采集的。然而，代码可以以使用同样用于扫描载玻片的光学图像检测装置的光学方式来读出。

在范例中，确定的扫描顺序仅基于代码信息。

代码能够是条形码、点图案、或可由相机或其他光学检测装置检测的另一代码。

在另一变体中，代码基于电磁信息传输(例如基于近场通信(nfc))来提供。

“载玻片相关信息”可以包括能够用来从外部系统(诸如lis(实验室信息系统))检索载玻片相关信息的独特识别符。

术语“载玻片”涉及探针或样本，诸如组织探针或其他生物样本或样品，该探针或样本被布置在诸如玻璃或其他合适的载体/支撑材料的基底上用于成像目的。成像可以通过不同的图像生成流程来提供。载玻片可以例如包括两个玻璃层，样本或探针被布置在所述两个玻璃层之间。

出于成像目的，组织样本可以被预处置，诸如利用特定物质来染色或处置，以便更好地可视化不同的组织或样本区。

载玻片可以被提供为在每个载玻片上包括一个或多个探针或样本。术语载玻片指的是适合于提供并保持感兴趣物质的物理实体，诸如将探针存放在被提供用于存放多个载玻片的搁架或其他载体中的载玻片上。载玻片也被提供为在扫描装置中被操纵。

术语“扫描”指的是由载玻片承载的探针或样本的图像生成。扫描可以通过提供载玻片与成像系统或成像器之间的相对运动来布置。例如，载玻片可以沿着光源和相机设置被移动，以生成整个载玻片的图像。在另一范例中，光源和相机设置沿着载玻片被移动。在又一范例中，两者相对于彼此被相互移动。

术语“扫描顺序”指的是一个接着另一个顺序地扫描的载玻片的布置。该顺序能够是沿着保持载玻片的搁架或其他布置中的扫描的排序。在范例中，排序顺序涉及独立于载玻片在载体(诸如搁架或托盘)中的布置与图像内容有关的标准。

在范例中，扫描顺序通过将更高的优先级分配给与相同标准(诸如相同实例)相关的载玻片来确定。

在范例中，确定的顺序被连续更新以反映实验室中的变化的优先级。

作为选项(未进一步示出)，规定代码读出单元14包括图形代码读取器设备以检测被提供在每个载玻片上的图形代码。

作为另一选项(同样未进一步示出)，规定代码读出单元14包括无线代码读出设备以检测由每个载玻片提供的非图形代码。

例如，代码经由rfid标签(射频识别标签)或nfc标签(近场通信标签)来提供。

代码可以被提供为条形码、像素代码、数字代码、按字母顺序的代码等。

在范例中，如上面所指出的，载玻片是数字病理学载玻片。

图2示出了代码读出单元14被单独提供给用于扫描载玻片的成像单元18的范例。成像单元18可以包括用于操纵载玻片的操纵器20(例如被称为夹持器)和成像器22(例如被称为成像或扫描引擎)。作为选项，存放区单元12可以被提供在成像单元18的共同壳体内。

在又一选项中(未示出)，操纵器20(或夹持器)独立于成像单元18被提供。

在又一选项中(未示出)，操纵器20(或夹持器)独立于成像器22被提供。

在范例中，确定的扫描顺序用来提供对预期的扫描流及其扫描进展的准确估计。

例如，确定的扫描顺序被通信给如ims/lis(信息或图像管理系统/实验室信息系统)或其他信息系统的系统，使得能够做出对扫描流的准确估计，以便确定实例何时被预期为要被扫描并且可用于进一步的步骤。

在另一范例中，确定的扫描顺序与跟踪例如病理学家的可用性的系统对齐或至少通信。

根据范例，提供均包括可检测代码的多个载玻片。

图3示出了提供了被配置为提供存放的多个载玻片的代码目录并且基于代码目录来确定扫描顺序的处理单元24的范例。

在范例中，处理单元24被连接到代码读出单元14，即通信经由代码读出单元14来提供(如在图3中指示的)。

在另一范例中，处理单元24被连接到数据接口单元16，该数据接口单元16然后被连接到代码读出单元14，即通过经由数据接口单元16来提供(未示出)。

在范例中，代码被单独提供给包括要被成像的组织样本的载玻片图像部分。

图4示出了该系统还包括扫描单元26的范例，所述扫描单元包括用于扫描显微镜载玻片的至少一个扫描引擎28。另外，扫描单元26被配置为以确定的扫描顺序扫描被接收在存放区中的多个载玻片。

术语“扫描引擎”涉及被布置用于扫描载玻片的成像器。在范例中，扫描引擎包括光源和相机。扫描引擎包括至少一个图像数据生成单元。

扫描单元被配置为执行针对载玻片中的每个载玻片的主扫描。扫描单元也可以被配置为执行针对载玻片中的每个载玻片的预扫描以确定图像相关参数，例如焦点参数、染色剂或颜色信息。

代码读出单元可以与扫描单元集成地提供，例如，代码读出可以由相同光学检测单元(例如相机)来提供。

在图4中指示的范例中，作为选项，提供至少两个不同的扫描引擎。这利用第二扫描引擎30来指示。作为另一选项，扫描引擎的选择基于检测到的代码来提供。

在范例中，提供了亮场扫描引擎和荧光扫描引擎。

术语“亮场扫描引擎”涉及基于使用样本或探针的透射照射的光学显微镜照射技术提供图像数据的成像器。亮光(例如白光)用于检测沿着样本的由于不同吸光度的不同样本性质。

术语“荧光扫描引擎”涉及基于荧光光谱学(也被称为荧光光谱测定法或荧光测定法)提供图像数据的成像器。荧光光谱学涉及分析来自样本或探针的荧光。例如，光束(其可以被提供为uv光束)激励一些类型的组织，该类型的组织然后发出光。这能够是人眼可见的或不可见的。然而，它能够通过检测器(诸如相机)来检测。

在范例中(未进一步示出)，存放区单元包括用于接收具有插入的载玻片的搁架的至少一个插座。可选地，提供了具有插入的载玻片的搁架。

该系统还可以包括用于在搁架与扫描单元之间个体地转移载玻片的操纵单元，以便扫描载玻片并且之后将载玻片放置在其他地方(如输出搁架或输出区)。可选地，识别单元被集成在操纵单元中。

操纵单元也被称为夹持单元、或操纵器或夹持器。

在范例中，操纵单元被配置为一次操纵一个载玻片。

在另一范例中，操纵单元被配置为一次操纵两个或更多个载玻片，例如双夹持器。

当例如新的搁架被插入在存放区中、或新的载玻片被插入在搁架中、或从接口接收更新的信息时，代码目录可以被更新。

作为又一选项，当由扫描引擎提供扫描相关信息(例如扫描花费多久)时，或甚至在扫描引擎中的一个扫描引擎已经失效或故障的情况下，代码目录可以被更新。

在范例中，从接口接收的更新的信息是来自lis的更新信息。

在范例中，当优先级改变由操作者经由扫描器的用户接口或基于其他系统输入给出时，代码目录被更新。

在范例中，提供接口以提供用于确定扫描顺序的标准。

例如，可以提供被配置为预先设置用于确定扫描顺序的标准的用户接口。

例如，接口被提供为将优先级分配给与以下项的组中的至少一个共同预定标准有关的载玻片：患者、组织的类型、所述组织的准备的类型。

在范例中，扫描顺序中的第一优先级被分配给相同实例(例如特定时间范围和/或特定身体区域处相同患者)的载玻片。

顺序可以基于以下项中的至少一个来确定：即扫描引擎或病理学专业知识的可用性、优先级、his/lis信息、试图完成实例以及考虑扫描载玻片将花费多久中的组中的一个。

图5示出了用于优化对显微镜载玻片进行成像中的工作流的方法100。该方法包括以下步骤：

-在第一步骤102(也被称为步骤a))中，提供被存放在存放区单元中的多个载玻片。每个载玻片具有包括载玻片相关信息的代码。

-在第二步骤104(也被称为步骤b))中，检测存放的多个载玻片的相应代码。

-在第三步骤106(也被称为步骤c))中，生成代码目录。

-在第四步骤108(也被称为步骤d))中，基于代码目录来确定扫描顺序。

在范例中，还提供了基于确定的扫描顺序来扫描存放的多个载玻片的第五步骤110(也被称为步骤e))。

在选项中，提供这样的循环，其提供了载玻片的顺序能够被连续优化。

如在各种范例和选项中描述的用于对显微镜载玻片进行成像的系统能够被提供为与能够进行对存放的载玻片的目录扫描的扫描器集成。

如在各种范例和选项中描述的用于对显微镜载玻片进行成像的系统也能够被提供为能够进行对存放的载玻片的目录扫描的扫描器的附加物。例如，如在各种范例和选项中描述的用于对显微镜载玻片进行成像的系统能够被提供用于改进，并且因此升级现有的扫描器。

该信息然后结合例如来自lis/his(健康信息服务)/ims的信息用来优化载玻片被扫描的顺序。由此，例如，(由多个载玻片组成的)实例能够独立于存放的顺序被顺序地扫描。此外，特定载玻片能够被区分优先级。这改善了工作流，因为它减少实例等待被病理学家检查的时间。

数字病理学扫描器可以包括以下部件：将载玻片数字化的光学引擎；允许操作扫描器的图形用户接口；存放具有显微镜载玻片的搁架的载玻片存放装置；以及将显微镜载玻片从载玻片存放装置运送到光学引擎并且回来的操纵器。

例如，使用的搁架具有例如20个载玻片的容量，其能够以确定的顺序被处理。此外，搁架本身也能够以确定的顺序被处理。在范例中，特定搁架能够使用gui被手动地给予优先级。

因此，载玻片能够以最佳顺序被扫描。例如，这允许扫描考虑应当尽可能快地被处理(并且被病理学家检查)的优先实例或由多个显微镜载玻片组成的实例，因为病理学家在他能够开始检测实例之前需要所有数字图像。

例如，它被提供为允许使用gui(如果扫描器支持该特征)对特定搁架区分优先级(使得区分了优先级的搁架中的所有显微镜载玻片将首先被扫描)。或它被提供为允许手动地优化搁架中的载玻片以及扫描器的载玻片存放装置中的搁架的顺序。

扫描器的附加物能够进行对存放区的目录扫描，但是无需进行预扫描，这将需要然后分析或评价图像内容。相反，每个载玻片的条形码等在实际采集载玻片之前被确定。该信息然后结合例如来自lis/his/ims的信息用来优化载玻片被扫描的顺序。由此，(由多个载玻片组成的)实例能够独立于存放区中的载玻片的顺序被顺序地扫描。然后，完成该实例的时间是有限的，因为病理学家不必长时间等待直至最后一个载玻片被数字化。此外，特定载玻片能够在lis/his/ims中被给予优先级，使得这些特定载玻片首先被数字化。这避免了劳动密集型活动，以特定顺序手动地将载玻片放在搁架中并且以特定顺序手动地将搁架放在载玻片存放装置中。

为了确定载玻片id，例如条形码扫描器被使用；条形码扫描器可以被提供在扫描器的光学引擎中。在另一范例中，提供了被附接到操纵器或夹持器的条形码扫描器。每个载玻片可以由夹持器拾取，由条形码扫描器识别，并且被放回到存放区中。基于载玻片id，结合来自ims/lis/his的信息，最佳顺序能够被确定。

在新的载玻片搁架被定位在扫描器中的情况下，数字病理学扫描器检测其，并且可以对新的载玻片搁架执行目录扫描。顺序可以基于该信息来更新。

在扫描器由多个(不同的)扫描引擎(例如亮场扫描引擎和荧光扫描引擎)组成的情况下，基于载玻片id，可应用的扫描引擎能够被选择。

在另一范例中，载玻片的顺序能够通过病理学家的可用性(即与调度工具集成)来确定。在载玻片需要预扫描(例如图像质量不足)的情况下，它被提供为直接执行重新扫描的选项。

尽管载玻片可以被提供为以给定(或物理排序的)顺序被堆叠在托盘中，但是由于确定的扫描顺序，载玻片不以固定顺序(即如所排序的顺序)而以基于确定的标准的顺序被扫描。

用于对显微镜载玻片进行成像的系统和用于优化对显微镜载玻片进行成像中的工作流的方法例如被提供用于在数字病理学中和在病理学实验室工作流中的应用。

必须指出，已经参考不同的主题描述了本发明的实施例。具体地，参考方法型权利要求对一些实施例进行了描述，而参考装置型的权利要求对其他实施例进行了描述。然而，除非另有说明，否则本领域技术人员将会从以上和以下的描述中推断出，除了属于一种类型的主题的特征的任意组合之外，涉及不同主题的特征之间的任意组合也被认为在本申请中公开。然而，所有的特征都能够被组合以提供多于特征的简单加合的协同效应。

尽管已经在附图和前面的描述中详细说明并描述了本发明，但是这样的说明和描述应当被认为是说明性或示范性的，而非限制性的。本发明不限于所公开的实施例。本领域技术人员通过研究附图、说明书以及权利要求书，在实践请求保护的发明时能够理解并实现对所公开的实施例的其他变型。在权利要求中，“包括”一词不排除其他元件或步骤，并且词语“一”或“一个”不排除多个。单个处理器或其他单元可以实现在权利要求中记载的若干项的功能。尽管特定措施被记载在互不相同的从属权利要求中，但是这并不指示不能有利地使用这些措施的组合。权利要求中的任何附图标记都不应被解释为对范围的限制。