乳腺癌风险评估用蛋白质及其应用的制作方法

文档序号:15342405发布日期:2018-09-04 22:21阅读:340来源:国知局

本发明属于肿瘤治疗领域,具体涉及一种乳腺癌风险评估用蛋白质及其应用。



背景技术:

目前癌症是危害人类健康的主要病症之一,每年我国仅因肿瘤死亡的人数就将近200万人。而乳腺癌是全球范围内女性最常见的恶性肿瘤之一,也是引起女性死亡的重要原因。在我国,与其他大多数国家一样,乳腺癌也成为了中国女性最常见的癌症;每年中国乳腺癌新发数量和死亡数量分别占世界人口的12.2%与9.6%,每年新发病例约21万,我国乳腺癌发病率增长速度,高出发达国家1-2个百分点。随着新技术新药物等的应用,早期乳腺癌的治愈率可以达到90%,然而仍有30%-40%的患者会死于乳腺癌复发。

预后是指发病后,疾病未来过程的一种预先估计。在医学上,“预后”是指根据经验预测的疾病发展情况。预后主要涉及到三个方面,将发生什么结果、发生不良结果的可能性有多大、什么时候发生。预后分析是对疾病发病后发展为各种不同结局的预测;是临床非常实用、对临床很有指导作用的临床研究。研究和评级预后的目的,为了便于了解各种疾病对人类危害性的大小、探索影响预后的因素、研究改善预后的具体措施。

肿瘤标识物是可以在血清、血浆、其他体液、组织提取物或石蜡固定的组织中检测到的自然生产的分子。肿瘤标识物可以为乳腺癌的诊断、治疗方案的选择、疾病进程和复发的预测及治疗效果的监测等提供有价值的信息。乳腺癌作为女性高发恶性肿瘤,非常缺乏高效的肿瘤标识物。目前我国在临床上应用的乳腺癌标识物有雌激素受体(er)、孕激素受体(pr)和her2基因,常见的乳腺癌分类也是根据这三个标识物分类的。但在同一亚型中,不同病人的预后、存活时间、是否复发等都存在显著差异。如何对乳腺癌进行准确的分型、尽早判断肿瘤是否会复发、转移进而选择合理的治疗手段,提高乳腺癌患者的生存率和生存质量是乳腺癌治疗的重要的发展方向。



技术实现要素:

为了克服现有技术中的缺陷,本发明的目的在于提供atg5蛋白与fip200蛋白联合用于制备或筛选乳腺癌预后评估试剂的用途。

需要说明的是,在本发明中,atg5蛋白简称为atg5,其英文全称为autophagy-relatedgene5。在本发明中,fip200蛋白简称为fip200,fip200是fak蛋白家族(fakfamilykinase-interactingprotein)的分子量为200kda的激酶蛋白。

本发明的另一目的在于提供特异识别atg5蛋白与fip200蛋白的试剂在制备乳腺癌预后评估试剂盒中的用途。

本发明的另一目的在于提供一种乳腺癌预后评估试剂盒。

本发明的另一目的在于提供atg5蛋白与fip200蛋白联合作为乳腺癌预后评估标志物的用途。

本发明的另一目的在于提供一种乳腺癌预后评估方法。

本发明的另一目的在于提供一种乳腺癌预后评估装置。

本发明的另一目的在于提供一种存储有用于乳腺癌预后评估的计算机程序的计算机可读存储介质。

本发明是通过以下技术方案实现的:

本发明的第一方面,提供atg5蛋白与fip200蛋白联合用于制备或筛选乳腺癌预后评估试剂的用途。

其中,atg5蛋白与fip200蛋白联合用于制备乳腺癌预后评估试剂,是指将atg5蛋白与fip200蛋白联合作为乳腺癌预后评估指标应用于乳腺癌预后评估试剂的制备。例如,可直接将atg5蛋白与fip200蛋白作为标准品或阳性对照,用于乳腺癌组织样本中atg5蛋白与fip200蛋白水平的检测。

其中,atg5蛋白与fip200蛋白联合用于筛选乳腺癌预后评估试剂,是指将atg5蛋白与fip200蛋白联合作为乳腺癌预后评估指标应用于乳腺癌预后评估试剂的筛选。例如,可对候选物质进行筛选,采用筛选获得的特异性识别atg5蛋白的试剂以及特异性识别fip200蛋白的试剂来检测乳腺癌组织样本中atg5蛋白与fip200蛋白水平。

特异性识别atg5蛋白的试剂可以是特异性识别atg5蛋白的抗体或配体。所述抗体包括包括单克隆抗体和多克隆抗体。如本发明实施例中所列举的,特异性识别atg5蛋白的试剂可以是兔的抗atg5多克隆抗体10181-2-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。

特异性识别fip200蛋白的试剂可以是特异性识别fip200蛋白的抗体或配体。所述抗体包括包括单克隆抗体和多克隆抗体。如本发明实施例中所列举的,特异性识别fip200蛋白试剂可以是兔的抗fip200多克隆抗体16172-1-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。

本发明的第二方面,提供了特异识别atg5蛋白与fip200蛋白的试剂在制备乳腺癌预后评估试剂盒中的用途。

特异性识别atg5蛋白的试剂可以是特异性识别atg5蛋白的抗体或配体。所述抗体包括包括单克隆抗体和多克隆抗体。如本发明实施例中所列举的,特异性识别atg5蛋白的试剂可以是兔的抗atg5多克隆抗体10181-2-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。

特异性识别fip200蛋白的试剂可以是特异性识别fip200蛋白的抗体或配体。所述抗体包括包括单克隆抗体和多克隆抗体。如本发明实施例中所列举的,特异性识别fip200蛋白试剂可以是兔的抗fip200多克隆抗体16172-1-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。

在本发明的第三方面,提供了一种乳腺癌预后评估试剂盒,所述的试剂盒中至少含有特异识别atg5蛋白与fip200蛋白的试剂。

特异性识别atg5蛋白的试剂可以是特异性识别atg5蛋白的抗体或配体。所述抗体包括包括单克隆抗体和多克隆抗体。如本发明实施例中所列举的,特异性识别atg5蛋白的试剂可以是兔的抗atg5多克隆抗体10181-2-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。

特异性识别fip200蛋白的试剂可以是特异性识别fip200蛋白的抗体或配体。所述抗体包括包括单克隆抗体和多克隆抗体。如本发明实施例中所列举的,特异性识别fip200蛋白试剂可以是兔的抗fip200多克隆抗体16172-1-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。

在本发明的第四方面,提供了atg5蛋白与fip200蛋白联合作为乳腺癌预后评估标志物的用途。

本发明的第五方面,提供了一种乳腺癌预后评估方法,包括如下步骤:

(1)计算乳腺癌预后风险值mcombined,所述mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200;

(2)根据风险值mcombined评估乳腺癌预后风险。

进一步地,sage是指根据患者的年龄划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1。

进一步地,smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1。

进一步地,sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1。孕激素受体状态的阴阳性划分,属于现有技术,按照现有技术中的方法划分即可。

进一步地,slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

进一步地,siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值。si的数值范围是0~9。

具体地,一种实施方式中,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的等级,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。

进一步地,sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值。

一种实施方式中,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

进一步地,风险值mcombined大于阈值,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于阈值,则评估为低风险。

一种实施方式中,如果风险值mcombined大于-0.397,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于-0.397,则评估为低风险。

本发明的第六方面,提供一种乳腺癌预后评估装置,包括:

乳腺癌预后风险值mcombined计算模块,用于计算乳腺癌预后风险值mcombined,所述mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200;

乳腺癌预后风险评估模块,用于根据风险值mcombined评估乳腺癌预后风险。

进一步地,sage是指根据患者的年龄划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1。

进一步地,smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1。

进一步地,sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1。孕激素受体状态的阴阳性划分,属于现有技术,按照现有技术中的方法划分即可。

进一步地,slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

进一步地,siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值。si的数值范围是0~9。

具体地,一种实施方式中,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的等级,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。

进一步地,sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值。

一种实施方式中,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

进一步地,若风险值mcombined大于阈值,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于阈值,则评估为低风险。

一种实施方式中,如果风险值mcombined大于-0.397,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于-0.397,则评估为低风险。

本发明的第七方面,提供一种乳腺癌预后评估装置,所述装置包括计算机,所述计算机被编程以便执行如下步骤:

(1)计算乳腺癌预后风险值mcombined,所述mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200;

(2)根据风险值mcombined评估乳腺癌预后风险。

进一步地,sage是指根据患者的年龄划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1。

进一步地,smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1。

进一步地,sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1。孕激素受体状态的阴阳性划分,属于现有技术,按照现有技术中的方法划分即可。

进一步地,slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

进一步地,siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值。si的数值范围是0~9。

具体地,一种实施方式中,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的等级,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。

进一步地,sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值。

一种实施方式中,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

进一步地,若风险值mcombined大于阈值,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于阈值,则评估为低风险。

一种实施方式中,如果风险值mcombined大于-0.397,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于-0.397,则评估为低风险。

本发明的第六方面,提供一种乳腺癌预后评估装置,包括:

乳腺癌预后风险值mcombined计算模块,用于计算乳腺癌预后风险值mcombined,所述mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200;

乳腺癌预后风险评估模块,用于根据风险值mcombined评估乳腺癌预后风险。

进一步地,sage是指根据患者的年龄划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1。

进一步地,smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1。

进一步地,sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1。孕激素受体状态的阴阳性划分,属于现有技术,按照现有技术中的方法划分即可。

进一步地,slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

进一步地,siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值。si的数值范围是0~9。

具体地,一种实施方式中,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的等级,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。

进一步地,sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值。

一种实施方式中,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

进一步地,若风险值mcombined大于阈值,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于阈值,则评估为低风险。

一种实施方式中,如果风险值mcombined大于-0.397,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于-0.397,则评估为低风险。

本发明的第八方面,提供一种存储有计算机程序的计算机可读存储介质,所述计算机程序使计算机执行如下步骤:

(1)计算乳腺癌预后风险值mcombined,所述mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200;

(2)根据风险值mcombined评估乳腺癌预后风险。

进一步地,sage是指根据患者的年龄划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1。

进一步地,smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1。

进一步地,sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1。孕激素受体状态的阴阳性划分,属于现有技术,按照现有技术中的方法划分即可。

进一步地,slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

进一步地,siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值。si的数值范围是0~9。

具体地,一种实施方式中,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的等级,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。

进一步地,sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值。

一种实施方式中,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

进一步地,若风险值mcombined大于阈值,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于阈值,则评估为低风险。

一种实施方式中,如果风险值mcombined大于-0.397,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于-0.397,则评估为低风险。

本发明的第六方面,提供一种乳腺癌预后评估装置,包括:

乳腺癌预后风险值mcombined计算模块,用于计算乳腺癌预后风险值mcombined,所述mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200;

乳腺癌预后风险评估模块,用于根据风险值mcombined评估乳腺癌预后风险。

进一步地,sage是指根据患者的年龄划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1。

进一步地,smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1。

进一步地,sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1。孕激素受体状态的阴阳性划分,属于现有技术,按照现有技术中的方法划分即可。

进一步地,slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值。

一种实施方式中,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

进一步地,siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值。si的数值范围是0~9。

具体地,一种实施方式中,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的等级,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。

进一步地,sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值。

一种实施方式中,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

进一步地,若风险值mcombined大于阈值,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于阈值,则评估为低风险。

一种实施方式中,如果风险值mcombined大于-0.397,则评估为高风险,若风险值mcombined小于等于-0.397,则评估为低风险。

与现有技术相比,本发明的有益效果在于:

本发明发明人发现通过检测样本中atg5和fip200的表达水平,能够识别出atg5和fip200低表达的样本,并可进一步预测该类样本为高风险、预后较差的类型。此外,经200例乳腺癌病人样本的表达数据和存活数据证实,通过atg5和fip200表达量的表征,能够有效地预测出高风险、预后差的样本,可见atg5和fip200在制备或筛选诊断乳腺癌的药物或试剂盒、或筛选治疗乳腺癌的药物的用途中具有高度产业利用价值。

附图说明

图1:显示为乳腺癌组织样本的恶性细胞的atg5的免疫组化染色100x和400x的照片,染色强度分为四个等级,score0表示阴性(negative),score1表示弱(weak),score2表示中(moderate),score3表示强(strong)。

图2:显示为乳腺癌组织样本的恶性细胞的fip200的免疫组化染色100x和400x的照片,fip200的表达分为三个等级:cytoplasm-/nuclei-(gradei),cytoplasm+/nuclei-(gradeii),cytoplasm+/nuclei+(gradeiii),cytoplasm-/nuclei+(gradeiii),其中,gradei与gradeii表示negative,而gradeiii表示positive。

图3显示为atg5+(n=81)和atg5-(n=119)的生存分析曲线,可以看出atg5的高表达预示着更好的乳腺癌无病生存。

图4显示为fip200+(n=72)和fip200-(n=128)的生存分析曲线,可以看出fip200的高表达显示出更好的乳腺癌无病生存。

图5显示为atg5+/fip200+(n=30),atg5+/fip200-(n=51),atg5-/fip200+(n=42)和atg5-/fip200-(n=77)的生存分析曲线,可以看出atg5+/fip200+的结果是最好的。

图6:显示为三年dfs(diseasefreesurvival)的roc曲线,两条曲线分别是带有atg5和fip200表达的模型和不带有上述两种蛋白质的模型的比较。

图7:显示为五年dfs(diseasefreesurvival)的roc曲线,两条曲线分别是带有atg5和fip200表达的模型和不带有上述两种蛋白质的模型的比较。

图8显示为根据模型:mcombined=-0.69xage+0.62xmenopausalstatus–1.24xprstatus+0.85xlymphnodestatus-0.74xatg5–0.74xfip200,将200例病人分为高风险(n=84)与低风险(n=116)做出的生存分析曲线。

具体实施方式

以下通过特定的具体实例说明本发明的实施方式,本领域技术人员可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其它优点与功效。本发明还可以通过另外不同的具体实施方式加以实施或应用,本说明书中的各项细节也可以基于不同观点与应用,在没有背离本发明的精神下进行各种修饰或改变。

在进一步描述本发明具体实施方式之前,应理解,本发明的保护范围不局限于下述特定的具体实施方案;还应当理解,本发明实施例中使用的术语是为了描述特定的具体实施方案,而不是为了限制本发明的保护范围;在本发明说明书和权利要求书中,除非文中另外明确指出,单数形式“一个”、“一”和“这个”包括复数形式。

当实施例给出数值范围时,应理解,除非本发明另有说明,每个数值范围的两个端点以及两个端点之间任何一个数值均可选用。除非另外定义,本发明中使用的所有技术和科学术语与本技术领域技术人员通常理解的意义相同。除实施例中使用的具体方法、设备、材料外,根据本技术领域的技术人员对现有技术的掌握及本发明的记载,还可以使用与本发明实施例中所述的方法、设备、材料相似或等同的现有技术的任何方法、设备和材料来实现本发明。

除非另外说明,本发明中所公开的实验方法、检测方法、制备方法均采用本技术领域常规的分子生物学、生物化学、染色质结构和分析、分析化学、细胞培养、重组dna技术及相关领域的常规技术。这些技术在现有文献中已有完善说明,具体可参见sambrook等molecμlarcloning:alaboratorymanual,secondedition,coldspringharborlaboratorypress,1989andthirdedition,2001;ausubel等,currentprotocolsinmolecμlarbiology,johnwiley&sons,newyork,1987andperiodicupdates;theseriesmethodsinenzymology,academicpress,sandiego;wolffe,chromatinstructureandfunction,thirdedition,academicpress,sandiego,1998;methodsinenzymology,vol.304,chromatin(p.m.wassarmananda.p.wolffe,eds.),academicpress,sandiego,1999;和methodsinmolecμlarbiology,vol.119,chromatinprotocols(p.b.becker,ed.)humanapress,totowa,1999等。

实施例1

准备好乳腺癌组织的石蜡切片。

对这些样本采用二步法免疫组化试剂盒(gtvisiontmiii)对其中的atg5和fip200进行染色。atg5的检测用的是兔的抗atg5多克隆抗体10181-2-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。fip200的检测用的是兔的抗fip200多克隆抗体16172-1-ap(proteintechgroup,chicago,il,usa)。阴性对照用磷酸缓冲溶液替换主要的抗体。将石蜡切片浸于二甲苯中5分钟,3次。取出切片置于100%无水乙醇中3分钟,2次;依次置入90%-70%各级酒精各3分钟。用pbs冲洗3次,每次3分钟。抗体孵育10分钟后,通过将切片在0.01mtris-sodiumcitratebuffer在121摄氏度煮沸20分钟提取抗原。对于atg5和fip200,为了消除内源的过氧化物酶活性,都进行了20分钟封闭液孵育处理,再将其与抗atg5(1:50)或抗fip200(1:100)一抗抗体4摄氏度孵育过夜。

对染色结果进行分类。

atg5的半定量分类主要依据stainingindex(si)。si的计算方法是:si=染色强度分值乘以成比例的分值。如图1所示,本领域技术人员可根据经验目测判断,将染色强度分为四个等级:score0、score1、score2和score3,score0表示:当染色强度为阴性(negative)时,染色强度分值为0,score1表示:当染色强度为弱(weak)时,染色强度分值为1,score2表示:当染色强度为中(moderate)时,染色强度分值为2,score3表示:当染色强度为强(strong)时,染色强度分值为3。成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3。si的数值范围(range)是0-9,si大于等于5被定义为atg5+positivestaining,si小于5被定义为atg5-negtivestaining。

如图2所示,fip200的表达等级分为三类:

cytoplasm-/nuclei-(gradei),也就说细胞质和细胞核中均没有fip200表达时,记为gradei;

cytoplasm+/nuclei-(gradeii),也就是说细胞质中有fip200表达、细胞核中没有fip200表达时,记为gradeii;

cytoplasm+/nuclei+(gradeiii),也就是说细胞质中有fip200表达、细胞核中有fip200表达时,记为gradeiii;

cytoplasm-/nuclei+(gradeiii),也就是说细胞质中没有fip200表达、细胞核中有fip200表达时,记为gradeiii。

gradeiii的fip200表达量被定义为阳性(positive)、亦即fip200+,gradei或ii为阴性(negative)、亦即fip200-。

准备好200例乳腺癌病人的乳腺癌组织的石蜡切片样本,采用上述方法分析各样本中atg5和fip200表达量。

根据atg5的表达情况将200例乳腺癌病人乳腺癌组织样本分为atg5+与atg5-两类,其中有81例乳腺癌病人的乳腺癌组织的si大于等于5,被定义为atg5+;剩余119例乳腺癌病人的乳腺癌组织的si小于5,被定义为atg5-。通过r包”survival”生成atg5+(n=81)和atg5-(n=119)的生存分析曲线,如图3所示,可以看出atg5的高表达预示着更好的乳腺癌无病生存。

根据fip200的表达情况将200例乳腺癌病人乳腺癌组织样本分为fip200+与fip200-两类,其中71例乳腺癌病人的乳腺癌组织属于为fip200+,另外128例乳腺癌病人的乳腺癌组织属于fip200-。利用r包”survival”作图,获得fip200+(n=72)和fip200-(n=128)的生存分析曲线,如图4所示,可以看出fip200的高表达显示出更好的乳腺癌无病生存。

根据atg5及fip200的表达情况,将200例乳腺癌病人乳腺癌组织样本分为四类:atg5+/fip200+,atg5+/fip200-,atg5-/fip200+,atg5-/fip200-,其中,30例乳腺癌病人乳腺癌组织属于atg5+/fip200+,51例乳腺癌病人乳腺癌组织属于atg5+/fip200-,42例乳腺癌病人乳腺癌组织属于atg5-/fip200+,剩余77例乳腺癌病人乳腺癌组织属于atg5-/fip200-。利用r包”survival”作图,获得atg5+/fip200+(n=30),atg5+/fip200-(n=51),atg5-/fip200+(n=42)和atg5-/fip200-(n=77)的生存分析曲线,如图5所示,可以看出atg5+/fip200+的结果是最好的。也就是说atg5和fip200均高表达显示出最好的乳腺癌无病生存。

通过大量的实验数据做回归模型,得到乳腺癌预后评估模型。

第一种乳腺癌预后评估模型称为traditionalmodel,这种预后评估模型的计算公式为:

mtraditional=-0.74xsage+0.75xsmenopausalstatus–1.06xsprstatus+0.84xslymphnodestatus;

其中,mtraditional是指乳腺癌预后风险值,sage是指根据患者的年龄划分的变量值,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1;smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1;sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值,孕激素受体状态的阴阳性划分属于现有技术,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1;slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结划分的变量值,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1。

将第一种乳腺癌预后评估模型所对应的计算公式,以及200例乳腺癌病人中无病生存三年的患者的乳腺癌组织样本所对应的sage、smenopausalstatus、sprstatus、slymphnodestatus变量值、以及无病生存时间值代入到r包生成roc曲线。如图6中的6-1曲线所示。

第二种乳腺癌预后评估模型称为combinedmodel,这种预后评估模型的计算公式为:

mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200

其中,sage是指根据患者的年龄划分的变量值,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1;smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1;sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值,孕激素受体状态的阴阳性划分属于现有技术,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1;slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1;siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值,si的数值范围是0~9,具体地,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的级别,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3;sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。

将第二种乳腺癌预后评估模型所对应的计算公式,以及200例乳腺癌病人中无病生存三年的患者的乳腺癌组织样本所对应的sage、smenopausalstatus、sprstatus、slymphnodestatus、siatg5和sfip200变量值、以及无病生存时间值代入到r包生成roc曲线。如图6中的6-2曲线所示。通过6-1曲线和6-2曲线的对比,可充分说明:第二种预后评估模型优于第一种预后评估模型。

同理,参照上述方法,将第一种乳腺癌预后评估模型所对应的计算公式,以及200例乳腺癌病人中无病生存五年的患者的乳腺癌组织样本所对应的sage、smenopausalstatus、sprstatus、slymphnodestatus变量值、以及无病生存时间值代入到r包生成roc曲线。如图7中的7-1曲线所示。

将第二种乳腺癌预后评估模型所对应的计算公式,以及200例乳腺癌病人中无病生存五年的患者的乳腺癌组织样本所对应的sage、smenopausalstatus、sprstatus、slymphnodestatus、siatg5和sfip200变量值、以及无病生存时间值代入到r包生成roc曲线。如图7中的7-2曲线所示。通过7-1曲线和7-2曲线的对比,可充分说明:可充分说明:第二种预后评估模型优于第一种预后评估模型。

实施例2

通过实施例1发现,第二种乳腺癌预后评估模型优于第一种乳腺癌预后评估模型。具体地,第二种乳腺癌预后评估模型称为combinedmodel,这种预后评估模型的计算公式为:

mcombined=-0.69xsage+0.62xsmenopausalstatus–1.24xsprstatus+0.85xslymphnodestatus-0.74xsiatg5–0.74xsfip200

其中,sage是指根据患者的年龄划分的变量值,如果患者的年龄大于50岁,则sage取值为2,如果患者的年龄小于或等于50岁,则sage取值为1;smenopausalstatus是根据患者是否绝经划分的变量值,如果患者已绝经,则smenopausalstatus取值为2,如果患者未绝经,则smenopausalstatus取值为1;sprstatus是根据患者的孕激素受体状态划分的变量值,孕激素受体状态的阴性阳划分属于现有技术,如果患者的孕激素受体状态为阳性,则sprstatus取值为2,如果患者的孕激素受体状态为阴性,则sprstatus取值为1;slymphnodestatus是根据患者的乳腺癌细胞是否已经转移到淋巴结所划分的变量值,如果患者的乳腺癌细胞已经转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为2,如果患者的乳腺癌细胞没有转移到淋巴结,则slymphnodestatus取值为1;siatg5是指根据患者的乳腺癌组织的免疫组织化学染色的si(stainingindex)所划分的变量值,si的数值范围是0~9,具体地,si=染色强度分值x成比例的分值,本领域技术人员可根据经验目测判断将染色强度分为四个不同的级别,当染色强度为阴性时,染色强度分值为0,当染色强度为弱时,染色强度分值为1;当染色强度为中时,染色强度分值为2;当染色强度为强时,染色强度分值为3,成比例的分值通过被染色的细胞占比来划分,当被染色的细胞占比为0-10%时,成比例的分值为1,当被染色的细胞占比为10%-50%时,成比例的分值为2,当被染色的细胞占比为50%以上时,成比例的分值为3;sfip200是指根据患者的乳腺癌组织的fip200表达是阳性还是阴性划分的变量值,只要是细胞核中有fip200表达,则认定为是fip200表达阳性,反之被认定为fip200表达阴性,当fip200表达阳性时,sfip200的取值为2,当fip200表达阴性时,sfip200的取值为1。mcombined代表风险值,风险值的阈值(亦即cutoff)

为-0.397,如果风险值大于-0.397,则评估为高风险,若风险值小于等于-0.397,则评估为低风险。

将200例乳腺癌病人的乳腺癌组织样本所对应的sage、smenopausalstatus、sprstatus、slymphnodestatus、siatg5和sfip200变量值分别代入所述第二种乳腺癌预后评估模型,计算出风险值,并评估是高风险还是低风险。

结果,200例样本中有116例评估为低风险,84例样本评估为高风险。然后制作116例样本的dfs曲线,如图8中8-1曲线所示。84例样本的dfs曲线,如图8中8-2曲线所示。通过图8,可以明显地看到评估为低风险的病例其生存情况好于评估为高风险的病例,与实际情况一致。

以上的实施例是为了说明本发明公开的实施方案,并不能理解为对本发明的限制。此外,本文所列出的各种修改以及发明中方法、组合物的变化,在不脱离本发明的范围和精神的前提下对本领域内的技术人员来说是显而易见的。虽然已结合本发明的多种具体优选实施例对本发明进行了具体的描述,但应当理解,本发明不应仅限于这些具体实施例。事实上,各种如上所述的对本领域内的技术人员来说显而易见的修改来获取发明都应包括在本发明的范围内。

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