专利名称：用于鉴定、评估、预防和治疗乳腺癌的组合物、试剂盒及方法
技术领域：
本发明的领域是乳腺癌，包括乳腺癌的诊断、鉴定、处理和治疗。
背景技术：
在美国以及实际上在世界范围内报告的癌症病例增加的数量都备受关注。当前对于特定类型癌症仅有少数几种治疗方法有效，并且无法提供绝对成功的保证。为使疗效最好，这些治疗方法不仅需要对恶性肿瘤早期检测，还需要对恶性肿瘤的严重程度进行可靠的评估。乳腺癌是女性中第一位的致死原因，其发病率在过去三十年中在美国逐渐增加。在1997年，估计在美国报道了 181,000个新病例，44，000人死于乳腺癌(Parker et al.，1997，CA Cancer J. Clin. 47 :5-27 ；Chu et al.，1996，J. Nat. Cancer Inst. 88 1571-1579)。尽管乳腺癌的发病机理还不清楚，正常的乳腺上皮转化为恶性表型可能是由于遗传因素，特别是在30岁以下的女性中更是如此(Miki et al. ,1994, Science, 266 66-71)。BRCAl和BRCA2的发现和鉴定最近扩展了我们对于可以导致家族性乳腺癌的遗传因素的了解。这两个基因座内的种系突变与50-85%的终生乳腺和/或卵巢癌风险有关 (Casey,1997,Curr. Opin. Oncol. 9 :88-93 ；Marcus et al.，1996，Cancer 77 :697-709)。但是，很可能其它的非遗传因素也对该疾病的病因学具有显著的影响。无论其来源如何，如果没有在其进展的早期被检测到，乳腺癌的发病率和死亡率都显著增加。因此，针对乳腺组织中的细胞转化和肿瘤形成的早期检测进行了相当多的努力。目前，鉴定乳腺癌的主要方式是通过检测致密的肿瘤组织的存在。这可以通过在乳腺外直接检查或通过乳腺X线照像或其它X线成像方法而以不同的有效程度完成 (Jatoi, 1999，Am. J. Surg. 177 =518-524)。但是，后一种方法常常付出一定代价。每次进行乳腺X线照像，患者招致患乳腺肿瘤的小的风险，该肿瘤由试验过程中使用的辐射的离子化特性诱导。此外，该方法是昂贵的，技术人员的主观解释可以导致不准确，如，一项研究表明，由一组进行检查的放射学家分别解释的一组乳腺X线照片中，约三分之一有主要的临床不一致。此外，很多女性发现进行乳腺X线照像是痛苦的经历。因此，国家癌症研究所不推荐对50岁以下的女性进行乳腺X线照像，因为这组人群不象更年老的女性那样容易发生乳腺癌。但是，必须注意到，尽管仅仅约22%的乳腺癌发生在50岁以下的女性，但数据表明，乳腺癌在绝经前女性中更迅速发展。
因此，提供用于诊断、分期、预后、监测和治疗与乳腺癌相关的疾病的特定方法和试剂，或者指出对所述疾病的易患病体质以便采用预防措施是有益的。
发明内容
本发明涉及癌标记物(在下文中“标记物”或“本发明的标记物”)，其列于表I和表2中。本发明提供了核酸和由标记物编码或相当于标记物的蛋白(在下文中分别为“标记物核酸”的“标记物蛋白”)。本发明进一步提供了与所述蛋白和/或该标记物蛋白片段特异结合的抗体、抗体衍生物和抗体片段。本发明也涉及用于诊断、分期、预后、监测和治疗乳腺癌的各种方法、试剂和试剂盒。在一个实施方案中，本发明提供了一种评估是否患者患乳腺癌或对于发展为乳腺癌具有较正常更高的危险的诊断方法，包括比较患者样品中至少一种本发明标记物的表达水平和对照，如来自不患乳腺癌的患者中所述标记物的正常表达水平。与正常水平比较，患者样品中所述标记物的表达水平提高表明所述患者患乳腺癌或具有发生乳腺癌的危险。在另一种实施方案中，本发明提供了评估患者是否患有生长迅速的乳腺肿瘤或是否容易发生生长迅速的乳腺肿瘤，包括比较患者样品中至少一种本发明标记物的表达水平和患有生长缓慢的乳腺肿瘤或无乳腺肿瘤的受试者样品中的标记物表达水平。标记物的表达水平升高可表明生长迅速的乳腺癌。因此，本发明的方法可以用于鉴定发生乳腺癌的危险升高的患者(如具有乳腺癌家族史的患者、鉴定为具有突变的癌基因的患者)。该方法也是用于评估患者是否患有生长迅速的乳腺癌或是否容易发生生长迅速的乳腺癌的有用的诊断方法。本发明的方法也可以用于预测乳腺癌的特定分期，以及评估癌症是否转移(如转移到淋巴结)。此外，本发明的方法也可以用于预测患有乳腺癌的患者，或进行治疗以根除乳腺癌的患者的临床结局。此外，本发明的方法也用于评估乳腺癌患者的疗效(如化疗效果)。根据本发明，选择标记物，以便本发明方法的阳性预测值为至少约10%，优选约 25%，更优选约50%以及最优选约90%。本发明的以下实施方案也是优选的，其中与正常非乳腺癌患者相比，在至少约15%的乳腺癌患者(如O期乳腺癌患者，I期乳腺癌患者，IIA 期乳腺癌患者，HB期乳腺癌患者，IIIA期乳腺癌患者，IIIB期乳腺癌患者，IV期乳腺癌患者，I级乳腺癌患者，II级乳腺癌患者，III级乳腺癌患者，恶性乳腺癌患者，导管癌乳腺癌患者，和小叶癌乳腺癌患者，以及任何其它类型的与乳腺相关的癌、恶性肿瘤和转化)中所述标记过量表达至少5倍。一方面，提供了一种评估患者是否患乳腺癌的诊断方法(如，新的检测“筛选”，复发的检测，反射测定)。所述方法包括比较患者样品中的至少一种表I所列的标记物的表达水平和不具有乳腺癌的对照受试者中所述标记物的表达水平。与对照受试者中的水平相比，患者样品中标记物明显更高的表达水平表明该患者患乳腺癌。本发明也提供了用于评估患者是否患生长迅速的乳腺癌的诊断方法，包括步骤确定患者样品中至少一种标记物的表达水平，其中所述标记物选自表2中列出的标记物；确定具有生长缓慢的乳腺肿瘤或无乳腺肿瘤的对照受试者的样品中所述标记物
7的表达水平；和比较患者样品和对照受试者样品中的标记物表达水平。与对照受试者样品中的水平相比，患者样品中标记物显著更高的表达水平表明该患者患有生长迅速的乳腺癌或容易发生生长迅速的乳腺肿瘤。患者样品和对照样品间表达无差异，或患者样品中显著更低的表达水平表明患者具有生长缓慢的乳腺癌。本发明进一步提供了用于评估患者是否患已经转移的或容易转移的乳腺癌的诊断方法，该方法包括比较患者样品中的至少一种表2所列的标记物的表达水平和患有非转移的乳腺肿瘤或无乳腺肿瘤的对照受试者样品中所述标记物的表达水平。与对照受试者样品中的水平相比，患者样品中显著更高的表达水平表明乳腺癌已经转移或容易转移。在另一种实施方案中，本发明包括用于确定患者是否患已经转移到淋巴结或容易转移到淋巴结的乳腺癌的诊断方法，该方法包括比较患者样品中的表2所列的标记物的表达水平和患有非转移的乳腺肿瘤或无乳腺肿瘤的对照受试者样品中的表达水平。与对照受试者样品中的水平相比，患者样品中显著更高的表达水平表明乳腺癌已经转移到淋巴结或容易转移到淋巴结。本发明还提供了用于预测乳腺癌患者的临床结局的方法，包括比较患者样品中的至少一种表2所列的标记物的表达水平和具有良好临床结局的对照受试者(如具有大于5 年的无病存活水平的以前的乳腺癌患者)样品中所述标记物的表达水平。与对照受试者样品中的表达水平相比，患者样品中显著更高的表达水平表明患者具有不良的结局(如小于三年的无病存活)。本发明还提供了用于评估抑制患者中的乳腺癌的疗效的方法。所述方法包括比较在给患者提供至少一部分治疗之前从患者获得的第一样品中至少一种本发明标记物的表达和在提供该部分治疗之后从患者获得的第二样品中所述标记物的表达。相对于第一样品，第二样品中显著更低的标记物表达水平表明该治疗对于抑制患者中的乳腺癌是有效的。可以理解的是在这些方法中，所述“治疗”可以是任何用于治疗乳腺癌的疗法，包括，但不限于，化疗、放疗、肿瘤组织的手术切除、基因治疗和生物学治疗如给予抗体及趋化因子。因此，本发明的方法可用于评估治疗前、治疗中和治疗后的患者，例如，用于评估肿瘤负荷的减少。在一个优选实施方案中，所述方法涉及使用化学或生物试剂的治疗。这些方法包括比较获得自患者并且在存在化学或生物试剂条件下保持的第一样品中至少一种本发明标记物的表达和获得自患者并且在不存在所述试剂条件下保持的第二样品中所述标记物的表达。相对于第一样品，第二样品中标记物明显更低的表达水平表明所述试剂能有效用于抑制患者中的乳腺癌。在某些实施方案中，所述第一和第二样品可以是获得自患者的单个样品的部分或是获得自患者的合并样品的部分。本发明还提供了用于评估患者中乳腺癌的进展的监测方法，该方法包括在第一时间点检测来自患者的样品中至少一种本发明标记物的表达；在后续的时间点重复表达步骤的检测；和比较在第一和第二个检测步骤中检测到的表达水平，从而监测患者中乳腺癌的进展。后续时间点时样品中标记物表达水平相对于第一时间点样品中标记物表达水平显著更高，表明乳腺癌在患者中进展，而显著更低的表达水平表明乳腺癌消退。在一个实施方案中，在第一时间点和后续时间点之间患者进行了手术以去除肿瘤。本发明还提供了用于选择抑制患者中的乳腺癌的候选组合物的方法。该方法包括以下步骤从患者获得包含癌细胞的样品；在至少一种受试组合物的存在下分别保持至少一种来自患者的包含癌细胞的样品;比较每个等分样品中至少一种本发明标记物的表达；和选择一种受试组合物作为用于抑制乳腺癌的候选组合物，其中相对于其它受试组合物存在下标记物的表达水平，该组合物显著降低至少一种本发明标记物在含有受试组合物的等分样品中的表达水平。本发明还提供了用于评估化合物的致乳腺癌潜能的测试方法。该方法包括以下步骤在化合物存在或不存在的条件下保持乳腺细胞的分离的等分样品；并且比较每个等分样品中本发明标记物的表达。相对于不存在化合物的条件下保持的等分样品中标记物的表达水平，化合物存在的条件下标记物的表达水平显著更高，说明化合物具有致乳腺癌的潜倉泛。另外，本发明进一步提供了抑制患者乳腺癌的方法。该方法包括以下步骤从患者获得包含癌细胞的样品；在受试组合物的存在下分别保持至少一种来自患者的包含癌细胞的样品；比较每个等分样品中至少一种本发明标记物的表达；和鉴定一种组合物作为用于乳腺癌的抑制剂，其中相对于其它组合物存在下标记物的表达水平，该组合物显著降低本发明标记物在含有组合物的等分样品中的表达水平；和给患者施用至少一种鉴定出的作为乳腺癌抑制剂的组合物。根据本发明，例如，可以通过检测样品中以下物质的存在而评估样品中本发明的标记物的表达水平相应的标记物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQID NO 4,SEQ ID NO 6, SEQ ID NO :8，SEQ ID NO 10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36, SEQ IDNO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO 52，SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQID NO 64,SEQ ID NO 66,SEQ ID NO 68,SEQ ID NO 70,SEQ IDNO 72,SEQ ID NO 74,SEQ ID NO 76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ ID NO 90, SEQ ID NO 92, SEQ ID NO :94 和 SEQ ID NO :96)或蛋白的片段 (如，通过使用特异性结合于蛋白或蛋白片段的试剂，如抗体、抗体衍生物、抗体片段或单链抗体)；相应的标记物核酸(如具有以下任一序列的核苷酸转录物(如SEQ IDNO :1，SEQ ID NO 3,SEQ ID NO 5,SEQ ID NO 7,SEQ ID NO 9,SEQ ID NO 11,SEQ ID NO 13,SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 17, SEQID NO 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO 23, SEQ ID NO 25, SEQIDNO 27, SEQ ID NO 29, SEQ ID NO :31, SEQ ID NO 33, SEQ ID NO 35, SEQ ID NO 37, SEQ ID NO 39, SEQ ID NO :41, SEQ ID NO :43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO :49, SEQ ID NO 51,SEQID NO 53,SEQ ID NO 55,SEQ ID NO 57,SEQ ID NO 59,SEQ IDNO :61， SEQ ID NO63, SEQ ID NO :65,SEQ ID NO :67, SEQ ID NO :69,SEQ ID NO :71, SEQ ID NO 73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77, SEQ ID NO :79, SEQ ID NO :81, SEQ ID NO :83, SEQ ID NO 85, SEQID NO 87, SEQ ID NO 89, SEQ ID NO 91,SEQ ID NO :93 和 SEQID N0:95)，或其互补序列)，或核酸的片段(例如通过使获得自样品的转录的多核苷酸与固定了具有以下任一序列的全部或片段的一种或多种核酸的基质相接触(如SEQ ID N01, SEQ ID NO 3, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO -J, SEQ ID NO 9, SEQ ID NO 11, SEQ ID NO 13, SEQID NO 15, SEQ ID NO 17, SEQ ID NO :19, SEQ ID NO :21, SEQ IDNO :23, SEQ ID NO :25, SEQ ID NO 27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO :31, SEQ ID NO :33, SEQ ID NO :35, SEQ ID NO :37, SEQ ID NO 39, SEQ ID NO 41,SEQ ID NO 43, SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 47, SEQID NO 49, SEQ ID NO 51, SEQ ID NO :53, SEQ ID NO :55, SEQ IDNO :57, SEQ ID NO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO 63, SEQ ID NO :65, SEQ ID NO :67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO :71, SEQ ID NO :73, SEQ ID NO 75, SEQ ID NO 77, SEQ ID NO 79, SEQ ID NO :81，SEQID NO 83, SEQ ID NO 85，SEQ ID NO 87, SEQ ID NO :89，SEQ IDNO :91，SEQ ID N0:93，和 SEQ ID NO :95))，或其互补序列，或由相应的标记物蛋白直接产生(即，催化的)的代谢物。根据本发明，使用或检测多种(如，2、3、5或10或更多)乳腺癌标记物，包括提供的本发明标记物和本领域已知的其它乳腺癌标记物的组合，执行任一前述方法。在所述方法中，将样品中多种标记物的每一种标记物的表达水平与获得自对照的不患乳腺癌的人样品中同类型多种标记物的每一种标记物的正常表达水平比较，多种标记物中至少一种标记物是本发明的标记物。相对于标记物的相应正常或对照水平，样品中一或多种本发明标记物或它们某些组合的表达水平明显改变(即，在上述使用单标记物的方法中所规定的增加或减少)，表明患者患乳腺癌。对于所有前述方法，优选选择标记物，以便该方法的阳性预测值为至少约10%。在另一方面，本发明提供了与标记物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2,SEQ ID NO 4,SEQ ID NO 6,SEQ ID NO 8,SEQID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO 16, SEQ IDNO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ IDNO 52, SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 64, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO :76, SEQID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84，SEQ IDNO 86,SEQ ID NO :88，SEQ ID NO :90，SEQ ID NO :92，SEQ ID N0:94，和 SEQ ID NO 96)或蛋白片段特异性结合的抗体、抗体衍生物、或抗体片段。所述方法包括用包含标记物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4,SEQ ID NO 6,SEQ ID NO 8, SEQ IDNO 10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ
10IDNO 44, SEQ ID NO :46，SEQ ID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54， SEQ ID NO 56, SEQ ID NO :58，SEQ ID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQ ID NO :64，SEQ ID NO 66，SEQ ID NO :68，SEQID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO 76, SEQ IDNO 78，SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO :84，SEQ ID NO :86，SEQ ID NO :88，SEQ ID NO 90, SEQ ID NO :92，SEQ ID NO :94，和 SEQ ID NO 96)的完整序列，或 10 个或更多个氨基酸的片段的蛋白或肽免疫哺乳动物，其中所述蛋白或肽可以获得自细胞或通过化学合成获得。本发明的方法也包括生产单克隆和单链抗体，其中可进一步包括从免疫的哺乳动物中分离脾细胞，将分离的脾细胞与无限增殖化细胞系融合以形成杂交瘤，以及筛选那些能产生特异性结合标记物蛋白或所述蛋白片段的抗体的各个杂交瘤。在另一方面，本发明涉及各种诊断和测试试剂盒。在一个实施方案中，本发明提供一种用于评估患者是否患乳腺癌的试剂盒。在另一方面，所述试剂盒可以用于评估患者是否具有发生乳腺癌的危险。所述试剂盒包含用于评估至少一种本发明标记物表达的试剂。 在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于评估是否患生长迅速的乳腺癌的试剂盒。所述试剂盒包含用于评估至少一种本发明标记物表达的试剂。在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于评估化学或生物试剂抑制患者中的乳腺癌的适用性的试剂盒。所述试剂盒包含用于评估至少一种本发明标记物表达的试剂，并且也可以包含一种或多种所述这样的化学或生物试剂。在更进一步实施方案中，本发明提供了用于评估乳腺癌细胞存在或治疗乳腺癌的试剂盒。所述试剂盒包含抗体、抗体衍生物或抗体片段，其特异性结合标记物蛋白或所述蛋白的片段。所述试剂盒也可包含多种抗体、抗体衍生物或抗体片段，其中所述多种所述抗体试剂特异性结合标记物蛋白或所述蛋白的片段。在另外一个实施方案中，本发明也提供了一种用于评估乳腺癌细胞存在的试剂盒，其中所述试剂盒包含至少一种核酸探针，其特异性结合至少一种标记物核酸或所述核酸的片段。所述试剂盒也可包含多种探针，其中每种探针特异性结合标记物核酸或所述核酸的片段。在另一方面，本发明涉及用于治疗患乳腺癌或具有发生乳腺癌危险的患者的方法。上述方法可包含减少至少一种本发明标记物表达和/或干扰其生物学功能。在一个实施方案中，所述方法包含提供给患者标记物核酸或其片段的反义寡核苷酸或互补多核苷酸。例如，通过载体递送提供给患者反义多核苷酸，所述载体表达标记物核酸或其片段的反义多核苷酸。在另一个实施方案中，所述方法包含提供给患者抗体、抗体衍生物或抗体片段，其特异性结合标记物蛋白或所述蛋白的片段。在一个优选实施方案中，所述抗体、抗体衍生物或抗体片段特异性结合具有以下序列的蛋白SEQ IDNO 2, SEQ ID N04,SEQ ID NO 6，SEQ ID NO 8, SEQ ID NO: 10，SEQ ID NO: 12，SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO: 16，SEQ ID NO 18，SEQID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ IDNO 28, SEQ ID NO 30，SEQ ID NO :32，SEQ ID NO :34，SEQ ID NO :36，SEQ ID NO :38，SEQ ID NO -AO, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO :52，SEQID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ IDNO :62，SEQ ID NO 64, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :70，SEQ ID NO :72，SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76，SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO :86，SEQID NO 88, SEQ ID NO 90, SEQ ID NO :92，SEQ ID NO :94，和 SEQ ID NO :96，或所述蛋白的片段。
可以理解的是本发明的方法和试剂盒也可包括已知的癌标记物，包括已知的乳腺癌标记物。可更进一步理解所述方法和试剂盒可用于鉴定除乳腺癌之外的其它癌症。本发明的另一方面涉及编码标记物蛋白或标记物多核苷酸，如标记物蛋白的生物活性部分的核酸分子。在一个优选实施方案中，分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的标记物多肽SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10， SEQ ID NO 12, SEQID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ IDNO :22， SEQ ID NO 24, SEQ ID NO :26，SEQ ID NO :28，SEQ ID NO :30，SEQ ID NO :32，SEQ ID NO 34，SEQ ID NO :36，SEQ ID NO :38，SEQ ID NO -AO, SEQ ID NO :42，SEQ ID NO :44，SEQ ID NO 46, SEQID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54，SEQ IDNO :56，SEQ ID NO 58, SEQ ID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQ ID NO :64，SEQ ID NO :66，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO 70, SEQ ID NO -J2, SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76, SEQ ID NO :78，SEQ ID NO :80， SEQID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ IDNO :90，SEQ ID NO :92， SEQ ID N0:94和SEQ ID NO :96。在另一实施方案中，本发明提供分离的标记物核酸分子， 其具有以下任一序列所示的核苷酸序列SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQ IDNO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO :13，SEQ ID NO :15，SEQ ID NO :17，SEQ ID NO 19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ ID NO :25, SEQ ID NO :27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO 31, SEQID NO 33, SEQ ID NO 35, SEQ ID NO 37, SEQ ID NO 39, SEQ IDNO :41， SEQ ID NO 43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO :49, SEQ ID NO :51, SEQ ID NO 53, SEQ ID NO :55, SEQ ID NO :57, SEQ ID NO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO :63, SEQ ID NO 65, SEQID NO :67，SEQ ID NO :69，SEQ ID NO -.Tl, SEQ ID NO :73，SEQ IDNO :75，SEQ ID NO 77, SEQ ID NO :79，SEQ ID NO :81，SEQ ID NO :83，SEQ ID NO :85，SEQ ID NO :87，SEQ ID NO 89, SEQ ID NO 91,SEQ ID N0:93，或 SEQ ID NO :95。在另一实施方案中，本发明提供与以下序列所示的核苷酸序列基本等同的核酸分子(如天然存在的等位基因变体)=SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO 13, SEQ ID NO :15，SEQID NO :17，SEQ ID NO :19，SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23，SEQ IDNO 25,SEQ ID NO 27,SEQ ID NO 29,SEQ ID NO 31,SEQ ID NO 33,SEQ ID NO 35,SEQ ID NO 37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41, SEQ ID NO :43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO 49, SEQID NO 51,SEQ ID NO 53, SEQ ID NO 55, SEQ ID NO 57, SEQID NO 59, SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63, SEQ ID NO :65, SEQ IDNO :67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO 71, SEQ ID NO :73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77, SEQ ID NO :79, SEQ ID NO :81, SEQ ID NO 83,SEQ ID NO 85,SEQ ID NO 87,SEQ ID NO :89，SEQ ID NO :91，SEQID N0:93，或 SEQ ID N0:95。在其它实施方案中，本发明提供在此处描述的严格杂交条件下与包含以下核苷酸序列的核酸分子杂交的核酸分子SEQ ID NO 1,SEQ ID NO 3,SEQ ID NO 5,SEQ ID NO: 7，SEQ ID NO 9, SEQ ID NO 11, SEQ ID NO 13, SEQ ID NO 15, SEQID NO 17, SEQ ID NO 19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ IDNO :25, SEQ ID NO :27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO 31, SEQ ID NO :33, SEQ ID NO :35, SEQ ID NO :37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41, SEQ ID NO 43, SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 47, SEQ ID NO 49, SEQID NO 51,SEQ ID NO 53, SEQ ID NO 55,SEQ ID NO 57,SEQ IDNO 59,SEQ ID NO 61,SEQ ID NO 63,SEQ ID NO 65,SEQ ID NO 67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO :71, SEQ ID NO :73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77,SEQ ID NO 79, SEQ ID NO :81，SEQ ID NO :83，SEQID NO :85，SEQ ID NO :87，SEQ ID NO 89，SEQ ID NO 91, SEQ IDNO :93 JPSEQ ID NO :95，其中所述核酸编码全长标记物蛋白或其活性片段。在一个相关的方面，本发明进一步提供了包含此处描述的标记物核酸分子的核酸构建体。在某些实施方案中，本发明的核酸分子与天然或异源调节序列操作性连接。还包括包含本发明的标记物核酸分子的载体和宿主细胞，如适于生产多肽的载体和宿主细胞。在另一个相关的方面，本发明提供了适于作为用于检测编码标记物的核酸的引物或杂交探针的核酸片段。在另一个相关的方面，提供了反义于编码标记物的核酸分子的分离的核酸分子。在另一个实施方案中，本发明提供了标记物多肽，如具有以下序列所示氨基酸序列的标记物多肽SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4,SEQ ID NO 6,SEQ ID NO 8,SEQ ID NO :10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22，SEQID NO 24,SEQ ID NO 26,SEQ ID NO 28,SEQ ID NO 30,SEQ IDNO 32,SEQ ID NO: 34，SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46,SEQ ID NO 48,SEQ ID NO 50,SEQ ID NO 52,SEQ ID NO 54,SEQ ID NO 56,SEQID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 64, SEQ IDNO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO :76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ ID NO 90, SEQID NO 92, SEQ ID NO :94,和SEQ ID NO :96 ;与以下序列所不氣基酸序列基本等同的氣基酸序列 SEQ ID NO 2,SEQ ID NO 4,SEQ IDNO 6,SEQ ID NO 8,SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36，SEQ ID NO 38, SEQ IDNO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO 52, SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 64, SEQID NO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ IDNO 74, SEQ ID NO 76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84,SEQ ID NO 86,SEQ ID NO 88,SEQ ID NO 90,SEQ ID NO 92,SEQ ID N0:94，和 SEQ ID NO :96 ;或由具有与包含以下核苷酸序列的核酸分子在此处描述的严格杂交条件下杂交的核苷酸序列的核酸分子编码的氨基酸序列SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3，SEQID NO 5，SEQ ID NO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO :13，SEQ ID NO :15，SEQ ID NO 17, SEQ ID NO :19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ ID NO :25, SEQ ID NO :27, SEQ ID NO 29, SEQID NO :31，SEQ ID NO :33，SEQ ID NO :35，SEQ ID NO :37，SEQ IDNO :39，SEQ ID NO 41, SEQ ID NO :43，SEQ ID NO :45，SEQ ID NO :47，SEQ ID NO :49，SEQ ID NO :51，SEQ ID NO 53, SEQ ID NO :55, SEQ ID NO :57, SEQ ID NO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO :63, SEQID NO 65,SEQ ID NO 67,SEQ ID NO 69,SEQ ID NO 71,SEQ IDNO 73,SEQ ID NO 75, SEQ ID NO77,SEQ ID NO :79,SEQ ID NO :81,SEQ ID NO :83,SEQ ID NO :85, SEQ ID NO 87，SEQ ID NO 89, SEQ ID NO 91, SEQ ID NO :93，和 SEQ ID NO :95，其中所述核酸编码全长标记物蛋白或其活性片段。在一个相关的方面，本发明进一步提供了包含此处描述的多肽分子的蛋白或肽构建体。在某些实施方案中，本发明的标记物多肽或片段与天然或异源非标记物多肽序列操作性连接以形成融合蛋白序列。在另一方面，本发明涉及与标记物多肽反应，或更优选与标记物多肽特异性或选择性结合的抗体及其抗原结合片段。
具体实施例方式本发明涉及新发现的列于表I的与乳腺细胞的癌状态相关的乳腺癌标记物。已经发现这些标记物的任一个或这些标记物组合表达水平高于它们正常表达水平，与患者中乳腺癌相关。此外，本发明还涉及新发现的列于表2的与乳腺细胞的癌状态相关的乳腺癌标记物。已经发现这些标记物的任一个或这些标记物组合表达水平高于它们正常表达水平， 与患者中乳腺癌的生长迅速相关。提供了用于检测样品中乳腺癌存在、样品中乳腺癌不存在、乳腺癌分期、评估乳腺癌是否转移、预测乳腺癌患者的临床结局，以及检测与在患者中预防、诊断、鉴定和治疗乳腺癌相关的乳腺癌其它特征的方法。也提供了治疗乳腺癌的方法。表I列出了与非乳腺癌患者样品(如非乳腺癌患者样品、非癌性乳腺细胞、其它非乳腺癌患者样品)相比，在乳腺癌患者样品中超量表达的本发明的标记物。表I列出了在筛选乳腺癌的存在中特别有用的标记物(“筛选标记物”)。表2列出了与正常样品(如结局好的乳腺癌患者样品、非乳腺癌患者样品、非癌性乳腺细胞)相比，在结局差的乳腺癌患者样品中超量表达的本发明的标记物。表2列出了在评估乳腺癌分期中特别有用的标记物 (“分期标记物”)。表I和表2提供了由每个标记物编码或相应于每个标记物的核苷酸转录物的cDNA序列和蛋白的氨基酸序列的序列表标识符。表I鉴别了本发明的标记物(SEQ ID NOS :1-66)，表2鉴别了本发明的标记物(SEQ ID NOS :67-96)，给它们指定了名称(“标记物”)，如果可行，基因的名称(“基因名称”)通常是通过由标记物编码或相应于标记物的核苷酸转录物的cDNA序列的序列表标识符(“SEQ ID NO(nts) ”)、由核苷酸转录物编码的蛋白的氨基酸序列的序列表标识符(“SEQ ID NO(AAs) ”)、和蛋白编码序列在cDNA序列中的位置(“CDS”)而了解的。表I.乳腺癌筛选标记物
权利要求
1.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于评估患者是否患有乳腺癌的试剂盒中的用途，其中患者是否患有乳腺癌是通过以下步骤评估的a)确定患者样品中WFDC2标记物的表达水平；b)确定对照样品中WFDC2标记物的表达水平；和c)比较患者样品中和对照样品中WFDC2标记物的表达水平，其中患者样品与对照样品中WFDC2标记物表达水平之间的差异表明患者患有乳腺癌。
2.权利要求I的用途，其中对照样品来自具有生长缓慢的乳腺肿瘤或不具有乳腺肿瘤的受试者。
3.权利要求I的用途，其中由来自非癌症患者的乳腺细胞确定对照样品中的表达水平。
4.权利要求I的用途，其中用具有生长缓慢的乳腺肿瘤或不具有乳腺肿瘤的受试者群体的表达水平平均值预先确定对照样品中的表达水平。
5.权利要求I的用途，其中所述标记物相应于分泌的蛋白。
6.权利要求I的用途，其中所述标记物包含转录的多核苷酸或其部分。
7.权利要求I的用途，其中所述样品包含获得自患者的细胞。
8.权利要求I的用途,其中所述样品包含液体,所述液体选自血液、淋巴液、囊液、乳头穿刺液和收集自肿块活检物的液体。
9.权利要求I的用途，其中通过检测样品中标记物蛋白的存在而评估样品中标记物的表达水平。
10.权利要求9的用途，其中用与蛋白特异性结合的试剂检测标记物蛋白的存在。
11.权利要求10的用途，其中所述试剂选自抗体、抗体衍生物和抗体片段。
12.权利要求I的用途，其中通过检测样品中相应于核酸标记物的转录的多核苷酸或其部分的存在而评估样品中标记物的表达水平。
13.权利要求12的用途，其中转录的多核苷酸是mRNA或cDNA。
14.权利要求12的用途，其中检测转录的多核苷酸包括扩增转录的多核苷酸。
15.权利要求I的用途，其中通过检测样品中在严格杂交条件下与核酸标记物退火的转录的多核苷酸或其部分的存在而评估样品中标记物的表达水平。
16.权利要求I的用途，其中样品中标记物的表达水平与不患乳腺癌的患者中标记物的正常表达水平有因数为至少约2或至少约5的差异。
17.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于评估患者是否患有乳腺癌的试剂盒中的用途，其中患者是否患有乳腺癌是通过以下步骤评估的a)确定样品中WFDC2标记物和至少一种另外的标记物的表达水平，其中所述另外的标记物选自表I和表2所列的标记物；b)确定对照样品中WFDC2标记物和所述另外的标记物的表达水平；和c)比较患者样品中WFDC2标记物和所述另外的标记物的表达水平与对照样品中WFDC2 标记物和所述另外的标记物的表达水平；其中患者样品与对照样品中WFDC2标记物和所述另外的标记物的表达水平的差异表明患者患有乳腺癌。
18.权利要求16的用途，其中对照样品来自具有生长缓慢的乳腺肿瘤或不具有乳腺肿瘤的受试者。
19.权利要求16的用途，其中由来自非癌症患者的乳腺细胞确定对照样品中的表达水平。
20.权利要求18的用途，其中用具有生长缓慢的乳腺肿瘤或不具有乳腺肿瘤的受试者群体的表达水平平均值预先确定对照样品中的表达水平。
21.权利要求17的用途，其中确定至少3种标记物的表达。
22.权利要求17的用途，其中确定至少5种标记物的表达。
23.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于评估患者是否患有已经转移或容易转移的乳腺癌的试剂盒中的用途，其中患者是否患有已经转移或容易转移的乳腺癌是通过以下步骤评估的a)确定患者样品中WFDC2标记物的表达水平；b)确定对照样品中WFDC2标记物的表达水平；和c)比较患者样品和对照样品中WFDC2标记物的表达水平，其中与对照样品中的WFDC2标记物表达水平相比，患者样品中更高的WFDC2标记物表达水平表明患者患有已经转移或容易转移的乳腺癌。
24.权利要求23的用途，其中所述评估表明患者是否患有已经转移到淋巴结或者容易转移到淋巴结的转移性乳腺癌。
25.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于预测乳腺癌患者的临床结局的试剂盒中的用途，其中乳腺癌患者的临床结局的预测是通过以下步骤a)确定患者样品中WFDC2标记物的表达水平；b)确定对照样品中WFDC2标记物的表达水平；和c)比较患者样品和对照样品中WFDC2标记物的表达水平；其中与对照样品中的WFDC2标记物表达水平相比，患者样品中更高的WFDC2标记物表达水平表明患者具有不良的临床结局。
26.权利要求25的用途，其中所述对照样品来自具有良好临床结局的患者。
27.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于监测患者中乳腺癌的进展的试剂盒中的用途，其中乳腺癌的进展是通过以下步骤监测的a)确定第一时间点的患者样品中WFDC2标记物的表达水平；b)确定后续时间点的患者样品中WFDC2标记物的表达水平；和c)比较步骤a)和b)中检测的WFDC2标记物的表达水平，从而监测患者中乳腺癌的进展其中步骤a)和b)中检测的WFDC2标记物的表达水平的改变表明乳腺癌的进展或消退。
28.权利要求27的用途，其中所述标记物相应于分泌的蛋白。
29.权利要求27的用途，其中所述标记物包含转录的多核苷酸或其部分。
30.权利要求27的用途，其中所述样品包含获得自患者的细胞或液体，所述液体选自血液、淋巴液、囊液、乳头穿刺液和收集自肿块活检物的液体。
31.权利要求27的用途，其中所述患者已经在第一时间点和后续时间点之间进行了去除肿瘤的手术。
32.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于评估受试化合物抑制患者中乳腺癌的有效性的试剂盒中的用途，其中受试化合物抑制患者中乳腺癌的有效性是通过以下步骤评估的a)确定获得自患者并且暴露于受试化合物的第一样品中WFDC2标记物的表达；b)确定获得自患者的第二样品中WFDC2标记物的表达，其中所述样品不暴露于受试化合物；c)比较暴露于受试化合物的样品和不暴露于受试化合物的样品中WFDC2标记物的表达，其中相对于第二样品，暴露于受试化合物的样品中WFDC2标记物的表达水平更低,表明受试化合物可以有效抑制患者中的乳腺癌。
33.权利要求32的用途，其中第一和第二样品是获得自患者的单个样品的部分。
34.权利要求32的用途，其中第一和第二样品是获得自患者的合并样品的部分。
35.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于评估一种治疗对抑制患者中乳腺癌的有效性的试剂盒中的用途，其中一种治疗的有效性是通过以下步骤评估的a)在给患者施用至少一部分治疗之前确定获得自患者的第一样品中WFDC2标记物的表达；b)在施用该部分治疗后确定获得自患者的第二样品中WFDC2标记物的表达；c)比较第一和第二样品中WFDC2标记物的表达；和d)当相对于第一样品，第二样品中WFDC2标记物的表达水平更低时，确定该治疗可以有效抑制患者中的乳腺癌。
36.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于选择抑制患者中的乳腺癌的组合物的试剂盒中的用途，其中所述化合物是通过以下步骤选择的a)从患者获得包含癌细胞的样品；b)分别将样品的等分样品暴露于多种受试组合物；c)比较每个等分样品中WFDC2标记物的表达；和d)选择至少一种相对于其它受试组合物，诱导暴露于受试组合物的等分样品中更低的 WFDC2标记物表达水平的受试组合物。
37.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于选择抑制患者中乳腺癌转移的组合物的试剂盒中的用途，其中所述化合物是通过以下步骤选择的a)从患者获得包含癌细胞的样品；b)分别将样品的等分样品暴露于多种受试组合物；c)比较每个等分样品中WFDC2标记物的表达；和d)选择至少一种相对于其它受试组合物，诱导暴露于受试组合物的等分样品中更低的 WFDC2标记物表达水平的受试组合物。
38.用于评估WFDC2标记物的表达的试剂在制备用于评估受试组合物对乳腺细胞的致癌潜力的试剂盒中的用途，其中对乳腺细胞的致癌潜力是通过以下步骤评估的a)在受试组合物存在和不存在的条件下保持分开的乳腺细胞等分样品；和b)比较每种等分样品中选自表I所列的标记物的至少一种标记物的表达，其中所述至少一种标记物是WFDC2标记物，c)其中在受试组合物存在的条件下保持的等分样品中WFDC2标记物或至少一种表I所列的标记物的表达水平的增加，表明受试组合物具有对人乳腺细胞的致癌潜力。
39.评估患者是否患有乳腺癌的试剂盒，该试剂盒包含用于评估至少一种表I所列的标记物的表达的试剂,其中所述至少一种标记物是WFDC2。
40.评估乳腺癌细胞的存在的试剂盒，该试剂盒包含至少一种核酸探针，其中所述探针特异性结合于相应于至少一种表I所列的标记物的转录的多核苷酸，其中所述至少一种标记物是WFDC2。
41.评估乳腺癌细胞的存在的试剂盒，该试剂盒包含至少一种抗体，其中所述抗体特异性结合于相应于至少一种表I所列的标记物的蛋白，其中所述至少一种标记物是WFDC2。
42.评估一种或多种受试化合物抑制患者中乳腺癌的适用性的试剂盒，该试剂盒包含a)一种或多种受试化合物；和b)用于评估至少一种表I所列的标记物的表达的试剂，其中所述至少一种标记物是 WFDC2。
43.分离的核酸分子，包含选自下组的核苷酸序列SEQID NO :63和SEQ ID NO :65。
44.分离的多肽，包含选自下组的氨基酸序列SEQID NO :64和SEQ ID NO :66。
45.抗体，其选择性结合于包含选自下组的氨基酸序列的多肽SEQIDNO :64和SEQ ID NO 66o
全文摘要
本发明涉及用于鉴定、评估、预防和治疗乳腺癌的组合物、试剂盒及方法。本发明还涉及与乳腺癌相关的核酸分子和蛋白。
文档编号C12NGK102605062SQ201210059178
公开日2012年7月25日 申请日期2004年5月26日 优先权日2003年5月29日
发明者B·O·戈尔巴切瓦, D·L·安德森, D·福特, J·E·莫哈汉, K·格拉特, M·甘纳瓦拉普, M·默滕斯, R·施莱格尔, S·卡马特卡, S·赫尔施, W·O·恩德格, X·赵, Y·徐 申请人:千年药品公司