专利名称：一种空间屎肠球菌lct-ef20菌株的制作方法
技术领域：
本发明属于生物技术领域；更具体地，本发明涉及屎肠球菌及其生物学特性、全基因组学测序、转录组测序和差异蛋白组学分析。
背景技术：
随着我国载人 航天和空间站建设等国家重大需求的实施，载人航天的医学保障需求日益突出。载人航天活动中，地面微生物可随航天员或航空部件进入太空，微重力、强辐射及极端温度等特殊空间环境可对微生物产生影响，诱导细菌生物学性状或致病性改变，增加航天员的感染风险，影响人类空间驻留能力。屎肠球菌是一种革兰氏阳性菌，属于肠球菌属。肠球菌属是人类胃肠道的常驻菌群，可以在各种植物、动物、昆虫和环境其他位置生长。长期以来，肠球菌属被认为是哺乳动物胃肠道内无害的共生菌，被用作为益生菌加入到发酵食品中。然而，最近的研究显示某些肠球菌已被确认为能引起感染的条件致病菌，可导致人体多系统感染。近几十年来，由于头孢菌素和喹诺酮类等抗菌药物在临床中的滥用，导致多重耐药、泛耐药和全耐药肠球菌的产生和蔓延，使得临床上肠球菌感染的情况更加严峻。随着人类基因组计划的实施和进行，生物体基因组研究已经成为生命科学研究的前沿领域，而与之相对应的微生物基因组研究正在广泛开展。细菌是微生物的一种，其基因组小、操作简单且实验周期短，其研究的工作可为人类基因组研究提供有益的参考；同时随着测序技术的更新换代和高通量测序技术的出现,细菌基因组的测序成本和所需时间已大幅度降低。此外，差异蛋白组学分析技术近年来也日新月异，质谱等新技术的不断出现，使蛋白质组分析更为简便。通过基因组、转录组测序和蛋白组分析太空环境条件下的细菌，研究空间环境对屎肠球菌的作用和机理，有利于空间生物安全性的评估和保障航天员的健康；同时利用太空环境下微生物菌株，可为人类抗感染提供新的理论基础，最终造福于人类。
发明内容
本发明的一个目的提供空间环境诱变的屎肠球菌LCT-EF20菌株。本发明提供的该菌株，其保藏号为CGMCC NO. 6524。—株屎肠球菌，革兰氏染色阳性，呈单个、链状、聚团排列；同地面对照株的抗生素耐受性相比，对抗生素菌必治(头孢曲松钠)更加敏感；无生长速度的差异；能利用肌酐和L-苹果酸为碳源，而不能利用对羟基苯乙酸。所述的屎肠球菌LCT-EF20菌株，进行全基因组测序和比较基因组学分析得出突变基因，见表1，空间环境导致LCT-E F20菌株基因组上SNP的变化，包括SNP在基因组上的位置，突变位点及编码蛋白以及注释出的基因。表I空间环境导致LCT-EF20菌株基因组上SNP的变化
权利要求
1.一种屎肠球菌LCT-EF20，其保藏号为CGMCC NO. 6524。
2.根据权利要求1所述的一株屎肠球菌，其特征在于革兰氏染色阳性，呈单个、链状、聚团排列；同地面对照株的抗生素耐受性相比，对抗生素菌必治(头孢曲松钠)更加敏感；无生长速度的差异；能利用肌酐和L-苹果酸为碳源，而不能利用对羟基苯乙酸。
3.根据权利要求1所述的屎肠球菌LCT-EF20菌株，进行全基因组测序和比较基因组学分析得出突变基因。
4.根据权利要求1所述的屎肠球菌LCT-EF20菌株，进行转录组测序得出差异表达基因。
5.根据权利要求1所述的屎肠球菌LCT-EF20菌株，进行差异蛋白组学分析得出差异表达蛋白分子。
6.根据权利要求1所述的屎肠球菌LCT-EF20菌株，可应用于筛选和鉴定临床抗生素耐药靶点。
全文摘要
本发明涉及一株太空环境下屎肠球菌LCT-EF20菌株的生物学特性、基因组DNA序列、转录组和差异蛋白组学，特别是同地面屎肠球菌比较分析鉴定出的功能序列和分子在阐明空间环境对微生物的作用及其用途，可获得全面、准确的空间环境下屎肠球菌菌株突变的基因、差异表达基因和蛋白质。
文档编号C12N1/20GK103060225SQ20121038003
公开日2013年4月24日 申请日期2012年9月26日 优先权日2012年9月26日
发明者刘长庭, 常德, 方向群, 李天志, 王俊峰, 郭英华, 苏龙翔, 王雅娟, 陈振鸿, 刘岩 申请人:中国人民解放军总医院