专利名称：空间铜绿假单胞菌lct-pa220菌株的制作方法
技术领域：
本发明所涉及生物技术领域。具体地说，涉及一种空间环境下的新菌株一铜绿假单胞菌，生物学特性、全基因组学测序、转录组测序和差异蛋白组学分析。
背景技术：
铜绿假单胞菌是临床上常见的条件致病菌，长期应用激素、免疫抑制剂，进行肿瘤化疗、放射治疗等导致病人免疫功能低下，以及手术后或侵入性治疗操作后的病人易导致本菌感染，被认为是医院内感染的重要病原菌之一。其具备生存条件要求低，定植广泛，耐药水平高等特点，是临床微生物学研究热点菌种。随着我国“神舟”系列飞船、“天宫一号”、空间站等庞大的航天计划的实施，载人航天的医学保障需求日益突出，对空间生物医学的研究提出了更高的要求，同时也为空间生物医学研究提供了难得的实验平台。我们此次搭载“神舟八号”飞船，共搭载包括铜绿假单胞菌在内的64株细菌。该飞船在轨运行16天13小时(397小时)的时间，行程1100万公里。在国外针对空间领域铜绿假单胞菌的研究中,Guadarrama等发现模拟微重力环境下，微重力处理组铜绿假单胞菌PA103菌株生长周期与对照组相比没有显著变化，外毒素产量无明显差异，但作者同时也指出，结果可能与培养基条件，微重力生物效应回转器回旋速度及回旋时间有关。而2008及2010年CrabbS等发表的研究结果表明，在模拟微重力条件下，铜绿假单胞菌藻酸盐、弹性蛋白酶、鼠李糖脂产生增加，但绿脓菌素的产量无明显差异。在真实太空环境下，铜绿假单胞菌缺乏类似报道。
发明内容
本发明的目的在于提供一种新的空间环境下的铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，其保藏号为CGMCC NO。上述提供菌株的各项生物学特性、差异表达基因和差异蛋白也是本发明的保护范围，其特征包括I)菌株生物学特性革兰氏染色阴性，单个排列的无芽胞杆菌；相对于对照菌株，对氯霉素、头孢他啶、头抱二嚷耐药性提闻，而对阿奇霉素敏感性提闻;不代谢左旋盐操糖、右旋甘露醇、糊精、右旋麦芽糖、右旋聚纤维二糖、β (I — 6)葡二糖、松二糖、乳糖、车前二糖、3甲基-葡萄糖、左旋盐操糖、N-乙酸-β -右旋匍糖胺酶、右旋甘露醇、阿(拉伯)糖醇、半乳糖、右旋6-憐酸葡萄糖、右旋丝氨酸，而代谢产物减少的包括右旋甘露糖、右旋果糖、右旋半乳糖、甘油、6-磷酸果糖。2)生物信息学特性a)差异蛋白表达与对照菌株比较，差异表达 基因(FDR ( O. 001和| log2Ratio|彡2)见附件I。b)蛋白组学
同重同位素相对与绝对定量(Isobarictags for relative and absolutequantitation, iTRAQ)法进行样本蛋白定量分析。当蛋白质定量值的蛋白丰度差异倍数超过1. 2倍以上，且经检验其p-value值小于0. 05，视为单次重复间的差异蛋白，重复出现两次以上者被视为最终差异蛋白，符合条件差异蛋白见附件2。三次重复鉴定中达到要求差异蛋白如表I所示。表I三次量复鉴定的差异蛋白
权利要求
1.空间铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，其特征在于保藏号为CGMCCNO.6523。
2.根据权利要求1所述的空间铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，其特征在于革兰氏染色阴性，单个排列的无芽胞杆菌；相对于对照菌株，对氯霉素、头孢他啶、头孢三嗪耐药性提闻，而对阿奇霉素敏感性提闻；不代谢左旋盐操糖、右旋甘露醇、糊精、右旋麦芽糖、右旋聚纤维二糖、P (I — 6)葡二糖、松二糖、乳糖、车前二糖、3甲基-葡萄糖、左旋盐藻糖、N-乙酰-3 -右旋葡糖胺酶、右旋甘露醇、阿(拉伯)糖醇、半乳糖、右旋6-磷酸葡萄糖、右旋丝氨酸，而代谢产物减少的包括右旋甘露糖、右旋果糖、右旋半乳糖、甘油、6-磷酸果糖。
3.根据权利要求1所述的空间铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，利用转录组测序鉴定获得该菌株的差异表达基因。
4.根据权利要求1所述的空间铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，采用差异蛋白组学方法鉴定得到该菌株的差异表达蛋白分子。
5.根据权利要求1所述的空间铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株，可应用于筛选和鉴定临床抗生素耐药靶点。
全文摘要
本发明涉及一株太空环境下致病菌--铜绿假单胞菌的空间株LCT-PA220的生物学特性、基因组DNA序列、转录组和差异蛋白组学，可获得全面、准确的空间铜绿假单胞菌株突变的差异表达基因和分子。
文档编号C12N1/20GK103060223SQ20121037986
公开日2013年4月24日 申请日期2012年9月26日 优先权日2012年9月26日
发明者刘长庭, 方向群, 王立, 李天志, 王俊峰, 郭英华, 常德, 苏龙翔, 王雅娟, 郭娜 申请人:中国人民解放军总医院