纤维变性易感性il22ra2基因及其用途

纤维变性易感性il22ra2基因及其用途
【专利摘要】本发明公开了纤维变性易感性基因座IL22RA2基因座的鉴定，所述基因座可用于纤维变性的易感性检测、诊断和预后以及治疗活性药物的筛选。本发明还提供了用于确定患有病毒感染的患者对使用抗病毒剂和/或干扰素的治疗做出响应的可能性的方法，所述方法包括确定所述患者的生物样品中IL22RA2基因座中、或IL22RA2表达或IL22RA2蛋白活性中的变化。
【专利说明】纤维变性易感性丨L22RA2基因及其用途

【技术领域】
[0001] 本发明总的来说涉及遗传学和医学领域。具体来说，本发明公开了人类易感性基 因的鉴定，所述基因可用于对组织中可能引起纤维变性的细胞外基质蛋白（ECMP)的异常沉 积进行诊断或预后，或用于检测在肝脏疾病、肝硬化、皮肤瘢痕瘤、肥胖症和任何纤维变性 疾病以及在其他组织例如心、血管或脑的疾病中发生的这种异常ECMP沉积或纤维变性的 易感性。更具体来说，本发明公开了 6号染色体上IL22RA2基因的某些等位基因，其与纤 维变性的易感性相关并代表了用于筛选治疗活性药物的新靶点。更具体来说，本发明涉及 IL22RA2基因和表达产物中的特定突变，以及基于这些突变的诊断工具和试剂盒。

【背景技术】
[0002] 组织中细胞外基质蛋白的积累可能具有有害效应。组织中ECMP的异常沉积可能 引起组织纤维变性。
[0003] 纤维变性是器官、其任何部分或组织中，例如肝脏、其任何部分或组织中纤维状结 缔组织的过度生长，特别是对损伤做出响应的过度生长。
[0004] 异常纤维变性发生在各种病因的慢性肝脏炎症中，例如在肝炎病毒和血吸虫感染 中。以前显示，被血吸虫感染的某些对象是慢性纤维变性患者，而其他对象是快速纤维变性 患者，并且这部分取决于位于Chr6q22_q23上的主要基因（Dessein等，1999 ;Mohamed_Ali 等，1999)。国际专利申请W02010/094740将CTGF (CCN2)鉴定为该区域中的纤维变性易感 性基因。
[0005] 血吸虫病由在宿主的血管系统中发育并产卵的蠕虫引起，某些卵被运载到肝脏， 在那里它们在门静脉周围间隙中引发炎症。由于蠕虫在它们的人类宿主中生活多年，因此 在受感染对象中伴有大量组织破坏的慢性肝炎是常见的。组织修复需要在受损组织中沉积 ECMP，其在随后被更新并被正常肝细胞替代。在某些患者中ECMP积累在门静脉周围间隙 中，形成纤维变性沉积物，其减少血液流动，造成静脉曲张、腹水。在慢性或重复损伤数月或 数年后，纤维变性变得永久且不可逆。对象死于纤维变性的结果。
[0006] 在南方国家，据估计3亿5千万受感染对象中的5至10%可能发生严重肝纤维变 性。没有良好的标志物允许在血吸虫感染的对象中预测并追踪肝纤维变性的进展。
[0007] 肝纤维变性的诊断大多数基于肝脏活检、弹性测量法和超声分析。
[0008] 取决于临床情况，活检样品通过经皮、经颈静脉的放射照相引导的细针或腹腔镜 途径来获得。组织病理学检查能够使临床医生对炎症坏死的严重性分级并对纤维变性的程 度分期。Metavir评分系统使用如下所述的1-4的量表为纤维变性的阶段指派分值：F0=无 纤维变性，Fl=门静脉纤维变性而没有隔膜，F2=门静脉纤维变性和少数隔膜，F3=大量隔膜 而没有肝硬化，F4=肝硬化（Bedossa等，1996)。肝脏活检是侵入性和昂贵的程序，并且仅对 肝脏的少部分取样。因此，它不能提供肝纤维变性的全面评估，并且易受取样变差和观察者 间和观察者内误差的影响。此外，肝脏活检伴有3%的显著发病率和0.03%的死亡率。潜在 的并发症包括与活检相关的局部血肿、感染和疼痛。
[0009] 非侵入性测试（即血清学标志物、弹性测量法、超声分析）也被使用，但是尚未准备 好用于常规临床使用。
[0010] 血液标志物评估组已被测试，主要是在患有慢性丙型肝炎或由病毒性丙型肝炎造 成的肝硬化的患者中。这些研究揭示，血清标志物可以在约35%的患者中判断出或排除纤 维变性（Sebastiani等，2006)。然而，当单个地看待患者时，这些标志物不能可靠地区分纤 维变性的各个阶段。更近的研究合并了三个血清标志物评估组来设计提高诊断准确性的算 法（Parkes等，2006)。所评估的3个评估组是APRI (天冬氨酸转氨酶与血小板比率指数)、 Forns指数(血小板、Y -谷氨酰基转肽酶、胆固醇)和Fibrotest(GGT、结合珠蛋白、胆红素、 载脂蛋白A、a -2-巨球蛋白）。由APRI和随后的Fibrotest构成的算法将纤维变性的诊断 准确性提高到高于90%。该研究组估计，使用这种算法能够避免高达50%的肝脏活检需要。 然而，使用这种算法不能辨别纤维变性的各个阶段。这些血清标志物的限制是当存在高活 性肝脏炎症时假阳性的可能性。
[0011] Fibroscan是对肝纤维变性进行分期的另一种方法，其基于为肝组织平均刚度提 供快速测量的弹性成像术（Ziol等，2005)。使用探针将低频低振幅的振动传送到肝脏中。 这种振动波触发弹性剪切波，其通过肝脏的速度与以千帕（kPa)为单位度量的组织刚度成 正比。与肝脏活检相比，Fibroscan技术的灵敏度在79至95%的范围内，特异性在78至95% 的范围内。然而，这种技术的限制与弹性波在流体或脂肪组织中的衰减相关，所述衰减损害 患者中纤维变性的评估。此外，Fibroscan是极为昂贵的仪器。
[0012] 对于从肝脏根除HCV来说，目前的护理标准（SOC)由PEG化的I型干 扰素（PegIFN)和合成核苷利巴韦林（RBV)疗法构成（Fried MW等，N Engl J Med. 2002; 347 (13) :975-82 ;"EASL临床实践指南：丙肝病毒感染的管理"（EASL Clinical Practice Guideline:Management of Hepatitis C virus infection, J Hepatol), 2011;55:245-264)。然而，这种标准疗法具有有限和不可预测的效能、常常导致治疗中断的 广泛的毒性分布情况，并且非常昂贵。少于一半的基因型1和4的慢性HCV感染个体对标 准疗法（PegIFN/RBV)的长期治疗（48 周）有响应（Testino G 等，Hepatogastroenterology 2011;58(106):536-8)。
[0013] 因此，为了优化治疗、避免对非响应者的副作用和降低治疗费用，对选择具有更好 的机会对治疗做出响应的患者的方法，存在着需求。
[0014] 总而言之，对于预测纤维变性的进展和治疗效率的有效方法，仍存在需求。
[0015] 发明概述
[0016] 本发明的目的是提供用于纤维变性预后和治疗的新的遗传学方法。现在，本发明 公开了另一个人类纤维变性易感性基因座IL22RA2基因座的鉴定，所述基因座可用于异常 ECMP沉积、特别是纤维变性、尤其是肝纤维变性的易感性检测、诊断和预后，以及用于治疗 活性药物的筛选。具体来说，本发明涉及一种方法，所述方法包括检测来自于所述对象的样 品中IL22RA2基因座的变化的存在，所述变化的存在是异常ECMP沉积或纤维变性的存在或 易感性的指示。
[0017] 本发明的具体目的在于对象中发生异常ECMP沉积或纤维变性的易感性检测或诊 断和/或预后的体外方法，所述方法包括检测来自于所述对象的样品中IL22RA2基因或多 肽的变化的存在，所述变化的存在是异常ECMP沉积或纤维变性的存在的指示、或对异常 ECMP沉积或纤维变性的易感性的指示。本发明的具体目的在于用于评估(预测）异常ECMP 沉积或纤维变性的进展的方法。
[0018] 在优选实施方式中，所述变化位于IL22RA2基因的起始密码子上游的500kb之内， 优选地IOOkb之内，优选地20kb之内，并位于IL22RA2基因的3 'UTR下游的500kb之内，优 选地IOOkb之内，优选地20kb之内。优选地，所述变化位于IL22RA2基因的起始密码子上 游IOkb区域和非翻译区（3' UTR)下游IOkb区域的周围序列中。
[0019] 在另一个优选实施方式中，所述变化是一个或多个碱基的突变、插入或缺失。在 更优选的实施方式中，所述变化是与纤维变性相关的一个或数个单核苷酸多态性SNP或 SNP的单倍体型。优选地，所述单核苷酸多态性是IL22RA2基因侧翼的SNP，其是位置接近 IL22RA2基因的等位基因变体。
[0020] 本发明的方法允许对人类纤维变性疾病中发生的纤维变性进行检测和预后，所述 纤维变性疾病选自肝脏疾病纤维变性、肝硬化、皮肤瘢痕瘤、增生性瘢痕和肥胖症、酗酒或 药物性肝中毒。特别是，所述肝纤维变性可能由甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒（HCV)、日本 血吸虫（S. japonicum)或曼森氏血吸虫（S. mansoni)感染引起。
[0021] 在特定实施方式中，所述方法包括对对象、优选地被肝炎病毒或寄生虫感染的对 象的生物样品中IL22RA2基因座中的SNP进行基因分型，其中在SNP rs6570136中存在基因 型GG，在SNP rs7774663中存在基因型TT，在SNP rslll54915中存在基因型TT、CT和/或 在SNPrs2064501中存在基因型CC，指示了在所述对象中发生异常ECMP沉积例如纤维变性 的风险，或指示了异常ECMP沉积例如纤维变性的发生，或指示了纤维变性的不良预后。所 述纤维变性更具体地是肝纤维变性。
[0022] 或者，所述方法可以包括对与本文中提到的SNP处于连锁不平衡（LD)中的任何 SNP进行基因分型。
[0023] 优选地，所述IL22RA2基因座中的变化，通过进行选择性杂交测定法、测序测定 法、微量测序测定法和/或等位基因特异性扩增测定法来确定。
[0024] 在本发明的另一方面，IL22RA2基因中的所述变化通过限制性酶消化来确定，检测 到至少一个所述SNP是纤维变性的指示。
[0025] 本发明还涉及用于为患有异常ECMP沉积例如纤维变性或对发生异常ECMP沉积例 如纤维变性易感的对象选择治疗性化合物的方法，所述方法包括将测试化合物与IL22RA2 多肽或基因或其片段相接触，并确定所述测试化合物提高或降低与IL22RA2基因相关的途 径的生物活性或功能的能力。
[0026] 本发明的另一个主题是一种用于确定患有病毒感染的患者对使用抗病毒剂和/ 或干扰素的治疗做出响应的可能性的体外方法，所述方法包括确定所述患者的生物样品中 IL22RA2基因座中、或IL22RA2蛋白表达或活性中的变化。
[0027] 在特定实施方式中，所述方法包括对对象的生物样品中IL22RA2基因座中的SNP 进行基因分型，其中对于SNP rslll54915来说TT基因型、对于SNP rs6570136来说AG或 GG基因型、对于SNP rs2064501来说CT基因型和/或对于SNP rs 1543509来说AA基因型 的存在，有利于患者对所述治疗的阳性响应。或者，所述方法可以包括对与本文中提到的 SNP处于连锁不平衡（LD)中的任何SNP进行基因分型。
[0028] 在特定实施方式中，所述治疗包含抗病毒剂，并任选地连同干扰素。
[0029] 优选地，所述抗病毒剂是病毒复制的抑制剂，例如利巴韦林。
[0030] 图例说明
[0031] 图IA和IB示出了来自于日本血吸虫流行区对象的PMBC的培养物中的IL-22和 L-17水平。在来自于19个对照和70个流行区对象的经过144小时静置的培养物和被卵刺 激的培养物中获得数据。图IC示出了来自于流行区对象血液的IL22+细胞的FACS分析。 数据来自于20个实验中的一个代表性实验。
[0032] 图2A示出了 PBMC培养物中的IL-22水平随过去10年内抗血吸虫病治疗的次数 而变。研究对象超过30岁并小于65岁，并且没有有活性的HBV感染（HBS Ag-)。
[0033] 抗血吸虫治疗：对象在过去10年内按照下列方案服用吡喹酮：从未，1至4次， 5-10 次，>10 次。
[0034] 对照是尚未暴露于日本血吸虫并且从未用吡喹酮治疗过的对象。星号：用日本血 吸虫卵刺激的培养物；空心圆圈：静置培养物；每个组的对象数目：对照（19)，处理：未治 疗（9),1-4 (30),5-10 (23)，〈10 (8)。
[0035] 图2B示出了 PBMC培养物中IL-22的水平随肝纤维变性的程度而变。
[0036] 研究对象超过30岁并小于65岁，并且没有有活性的HBV感染（HBS Ag-)。对照是 尚未暴露于日本血吸虫的对象；星号：用日本血吸虫卵刺激的培养物；空心圆圈：静置培养 物。纤维变性等级如方法中所述进行评估，并且大多数是中央纤维变性等级，外周纤维变性 只有在将具有轻度中央纤维变性的对象分成一个没有或具有轻度外周纤维变性的组（CLL) 和一个具有轻度中央纤维变性并发展成严重（GNM，GNH)外周纤维变性的组（CLL，GNM)时才 考虑在内。每个组的对象数目：对照（19)，CLL (23)，CLL GNM (27)，CLM (10)，CLH (7)， D、E、F (3)。
[0037] 图2C示出了具有不同肝纤维变性等级并使用不同治疗的对象中的IL-22水平。 研究对象超过30岁并小于65岁，并且没有有活性的HBV感染（HBS Ag-)。对照是尚未暴露 于日本血吸虫的对象。对象已被治疗0至4次(空心圆圈)或超过5次至20次(实心圆圈）。 每个组的对象数目：治疗组合并如下：〇至4次治疗以及>5次治疗，以便增加每个点的对象 数目
[0038] 对照：19 ;0_4次治疗：39 ;>5次治疗：对照：31。
[0039] 图3A示出了抗血吸虫治疗对卵刺激的培养物中IL-22、IL-6、IL-I P或IL-23水 平的影响。研究对象超过30岁并小于65岁，并且没有有活性的HBV感染（HBS Ag-)。对照是 尚未暴露于日本血吸虫的对象。将来自于研究对象的PBMC用卵刺激，并在24小时（IL-lb、 IL-23、IL-6)和144小时（IL-22)时评估上清液中的细胞因子。将IL-6水平乘以0. 1。
[0040] 图3B示出了在来自于对照和具有各种不同程度肝纤维变性的对象的卵刺激的 卩1^(：中11-22、11-6、11-10或11-23的水平。研究和每个组中的对象数目与图24相同。
[0041] 图4是在IL22RA2中定位SNP和关联性区段（correlation bin)的图谱。
[0042] 发明详述
[0043] 本发明提供了在人类中用于在纤维变性、尤其是肝纤维变性中预测疾病进展的有 价值的遗传标志物。
[0044] ECMP的异常积累或纤维变性的早期检测，以及这样的积累或纤维变性的定期监 测，允许启动抗纤维变性疗法，从而能够中止并甚至逆转这一过程。这将反过来防止发展为 人类纤维变性疾病例如肝纤维变性或肝硬化，以及这种病症带来的发病和死亡。这些各种 早期纤维变性检测技术的开发对于肝病患者未来的护理是一个好的兆头。
[0045] 现在，本发明发明人已鉴定出与人类纤维变性相关的基因。他们显示，在分别被 日本血吸虫和曼森氏血吸虫感染的中国人、苏丹人和巴西人组群中，纤维变性显著依赖于 位于IL22RA2基因中的等位基因变体。IL22RA2 ("白介素-22受体a-2"）基因，也称为 IL22R-BP，编码IL-22受体的可溶形式，其竞争IL-22与其受体的结合。
[0046] 更具体来说，本发明发明人对全都生活在血吸虫流行区的中国人(暴露于日本血 吸虫)、苏丹人和巴西人(暴露于曼森氏血吸虫)的独立样品进行了病例对照研究。由至少两 位观察者使用超声回波描记术对每个样品进行肝纤维变性（HF)评估。测试了 IL22RA2中 的所有标签SNP (次要等位基因频率>10%)。为了排除与相关SNP连锁不平衡的SNP是否 能够解释观察到的关联性，发明人评估了在IL22RA2的3'和5'的500Kb区域内的SNP。
[0047] 因此，本发明提供了在对象中确定发生肝纤维变性的风险或肝纤维变性的发生或 肝纤维变性的不良预后的方法，所述方法包括在来自于所述对象的样品中检测IL22RA2基 因座处风险相关的单核苷酸多态性（SNP)等位基因的存在。
[0048] 更具体来说，本发明提供了确定发生肝纤维变性的风险或肝纤维变性的发生或肝 纤维变性的不良预后的方法，所述方法包括对来自于所述对象的样品中IL22RA2基因座中 的SNP进行基因分型。
[0049] 本发明的另一个目的是提供用于预测对病毒感染治疗的响应的遗传学方法。本发 明现在公开了抗病毒治疗响应基因座、即IL22RA2基因座的鉴定，所述基因座可用于预测 患有病毒感染、尤其是HCV的患者对抗病毒治疗的响应。具体来说，本发明涉及一种方法， 所述方法包括在来自于对象的样品中检测IL22RA2基因座中的变化的存在，所述变化的存 在指示了对治疗的响应，即指示了患者不对治疗做出响应的风险水平。
[0050] 本发明的方法允许预测对治疗的响应，所述治疗使用给药于患有病毒感染、尤其 是丙型肝炎的患者的抗病毒剂例如利巴韦林和干扰素。
[0051] 本发明提供了尤其是在丙型肝炎中用于预测对抗病毒治疗的响应的有价值的标 志物。
[0052] 对抗病毒治疗有响应和无响应对象的早期鉴定，允许根据患者的基因型启动个体 化(个性化）治疗。这将进而帮助医生做出更合理的决定，避免不需要的开支和不必要的副 作用。这些各种早期预测技术的开发对于患有病毒感染、尤其是丙型肝炎的患者未来的护 理是一个好的兆头。
[0053] 现在，本发明发明人已鉴定出与对抗病毒治疗的响应相关的基因。他们已显示，在 被HCV感染的各种组群中，对抗病毒治疗利巴韦林-IFN的响应取决于位于IL22RA2基因中 的等位基因变体。
[0054] 尽管取决于被测试的群体，由本发明发明人收集的实验数据不能证实某些等位基 因的关联性，但本发明不限于被发现在所有被测试的群体中与纤维变性显著相关的特定 SNP。事实上，有几个原因可以解释在某些群体中证实显著关联性的失败，包括组群不足、混 杂变量的评估不完全、所述群体中SNP的频率较低等。
[0055] 定义
[0056] 在本发明的上下文中，术语"细胞外基质蛋白（ECMP)的异常沉积"是指可能在所 有类型的人类组织中积累的细胞外基质组分(包括层粘连蛋白、纤连蛋白EIIIA、胶原蛋白 I和IV、前胶原蛋白III、弹性蛋白、腱生蛋白）。这样的积累可能是有害的，例如当它出现在 动脉、心脏或脑中时。当沉积巨大时，积累导致组织的纤维变性。
[0057] 在本发明的上下文中，"纤维变性"是指在所有人类纤维变性疾病例如肝病、肝硬 化、皮肤瘢痕瘤、增生性瘢痕、硬皮病、肥胖症和任何纤维变性疾病中发生的所有类型的人 类纤维变性。
[0058] 在本发明的上下文中，"肝纤维变性"或"HF"是指在肝、其组织或其组织的任何部 分中发生的所有类型的纤维变性。肝纤维变性尤其是在对损伤做出响应时发生。肝纤维变 性可以是对慢性肝损伤的常见响应，最终引起肝硬化及其并发症、门静脉高压、肝衰竭和肝 细胞癌。肝纤维变性是过分旺盛的伤口愈合，其中过量的结缔组织在肝脏中堆积。细胞外 基质被过量产生、不充分地降解或两种情况皆有。触发事件是慢性损伤，特别是如果存在炎 性组分的话。各种类型的慢性肝损伤可以引起纤维变性，例如化学性纤维变性（CCl 4)、细菌 性（即布鲁氏菌病)、寄生虫性（即由裂体吸虫属（Schistosoma)物种引起的裂体吸虫病/血 吸虫病；或包虫病感染）或病毒性（即由甲肝病毒（HAV)、乙肝病毒（HBC)或丙肝病毒（HCV) 感染引起的肝炎）损伤。
[0059] 在本发明的上下文中，"皮肤瘢痕瘤"是皮肤上瘢痕组织的过度生长。更具体来说， 瘢痕瘤和增生性瘢痕（HSc)是人类特有的在创伤、炎症、手术、烧伤后以及有时自发发生的 真皮纤维增殖性障碍。它们的特征在于胶原蛋白在真皮和皮下组织中的过度沉积。与正常 伤口修复的细纹瘢痕特征相反，瘢痕瘤和HSc的旺盛的瘢痕形成通常引起毁容、挛缩、瘙痒 和疼痛。瘢痕瘤在黑种人、西班牙人和东方人中发生在具有家族倾向性的个体中。与HSc不 同，瘢痕瘤的瘢痕扩大并延伸到原始伤口的边缘之外并很少减退。这些障碍代表了伤口愈 合的基础过程的失常，所述过程包括细胞迁移和增殖、炎性、细胞因子和细胞外基质（ECM) 蛋白的合成和分泌增加以及新合成基质的重塑。在生物学上，瘢痕瘤是纤维变性组织，其特 征在于过度沉积有细胞外基质组分、尤其是胶原蛋白、纤连蛋白、弹性蛋白和蛋白聚糖的非 典型性成纤维细胞的集合。总的来说，瘢痕瘤含有相对无细胞的中心和浓密丰富的胶原蛋 白束，其在病变的真皮深层部分中形成结节。在愈合的炎性阶段期间生长因子的释放和活 化是瘢痕形成过程的先决条件，所述过程包括血管生成、表皮再生、成纤维细胞的募集和增 殖以及基质沉积。然后，调节性细胞因子包括IL22RA2的活性的异常产生，可能造成瘢痕瘤 的发生。
[0060] 在本发明的上下文中，"IL22RA2基因座"是指细胞或生物体中的所有序列或产物， 包括IL22RA2编码序列、IL22RA2非编码序列(例如内含子)、控制转录和/或翻译的IL22RA2 调控序列（例如启动子、增强子、终止子等)、所有相应的表达产物例如IL 2 2 RA 2 RNA (例如 mRNA)和IL22RA2多肽(例如前体蛋白和成熟蛋白）；以及IL22RA2基因的起始密码子上游 500kb区域、优选地100kb、优选地20kb区域和非翻译区（3, UTR)下游500kb区域、优选地 100kb、优选地20kb区域的周围序列。例如，IL22RA2基因座包含含有表1的SNP的周围序 列。
[0061] 在本发明的上下文中，术语"预后"包括在成年人、儿童和胎儿中，在包括早期、症 状出现前的阶段和晚期阶段的各个阶段检测、监测、给药、比较等。预后通常包括评估(预 测）纤维变性的进展和确定对象特征以确定最适合的治疗(药物遗传学）等。本发明提供了 用于确定由IL22RA2基因座中的突变或多态性引起的纤维变性或相关障碍的发展速度的 预后方法。
[0062] "样品"可以是源自于患者或对象的含有核酸或多肽的任何生物样品。这样的样品 的实例包括流体、组织、细胞样品、器官、活检样品等。最优选的样品是血液、血浆、唾液、尿 液、精液等。样品可以按照常规技术来收集并直接用于诊断或储存。
[0063] "患者"可以是任何哺乳动物，优选为人类，无论其年龄或性别如何。患者可能被 病毒感染，所述病毒包括选自下列病毒科的病毒：沙粒病毒科(例如拉沙病毒)，冠状病毒科 (例如严重急性呼吸综合征病毒)，黄病毒科(例如丙肝或乙肝病毒、登革病毒、西尼罗病毒、 黄热病病毒、蝶传脑炎病毒)，纤丝病毒科(例如埃博拉病毒、马尔堡病毒)，疱疫病毒科(例 如单纯性疱疫病毒、巨细胞病毒、Epstein-Barr病毒、水痘带状疱疫病毒)，正粘病毒科(例 如流感A和B病毒)，副粘病毒科(例如呼吸道合胞体病毒、副流感病毒、PMV、麻疹病毒)，痘 病毒科(例如痘苗病毒、天花病毒)，弹状病毒科(例如水疱性口炎病毒、病毒性出血性败血 症病毒、狂犬病病毒)，反转录病毒科(例如HIV和其他反转录病毒)，披膜病毒科(例如基孔 肯亚病毒、辛德毕斯病毒、西门利克森林病毒、罗斯河病毒、东部马脑炎病毒)。在特定实施 方式中，患者被丙肝病毒例如基因型1的丙肝病毒感染。
[0064] 在用于确定患有病毒感染的患者对使用抗病毒剂和/或干扰素的治疗做出响应 的可能性的方法中，术语"病毒感染"是指可以用利巴韦林和/或IFN治疗的所有类型的人 类病毒感染，例如丙型肝炎、乙型肝炎、呼吸道合胞体病毒（RSV)细支气管炎、腺病毒病、流 感和用利巴韦林和/或IFN治疗的任何人类病毒感染。
[0065] 在本发明的上下文中，"响应者"是指对使用抗病毒剂、尤其是利巴韦林和/或IFN 的治疗做出响应的患者的表型，即病毒载量降低，其至少一种症状减轻，或疾病的发展停止 或减缓。
[0066] 在本发明的上下文中，"非响应者"是指对使用抗病毒剂、尤其是利巴韦林和/或 IFN的治疗没有响应，或者做出响应但在1或2年内复发的患者的表型。对治疗无响应是指 病毒载量没有显著降低，患者症状没有减轻或疾病继续发展。复发患者对治疗做出短期响 应，但是它们的病毒载量和症状在治疗结束后的1或2年内再次增加。
[0067] 术语"治疗"或"抗病毒治疗"是指抗病毒剂和/或干扰素（IFN)的给药。
[0068] 优选地，干扰素是干扰素Y。然而也涵盖其他干扰素，包括干扰素a 2B、PEG化的 干扰素a、复合干扰素、干扰素a 2A和类淋巴母细胞干扰素T。在优选实施方式中，干扰 素是PEG化的干扰素，例如PEG化的干扰素Y。
[0069] "抗病毒剂"可以是干扰病毒进入细胞或病毒复制或抑制病毒蛋白的活性的任何 化合物。例如，它可以是干扰RNA、反义RNA、咪奎莫特、利巴韦林、次黄苷5'-单磷酸脱氢酶 抑制剂、金刚烷胺或金刚乙胺。更通常地，它可以是病毒蛋白酶抑制剂。
[0070] 当所述病毒是HCV病毒时，抗病毒剂可以是HCV金属蛋白酶、HCV丝氨酸蛋白酶、 HCV聚合酶、HCV解旋酶、HCV NS4B蛋白、HCV进入、HCV组装、HCV排出或HCV NS5A蛋白的 抑制剂。
[0071] 在优选情况下，干扰素是干扰素Y，例如PEG化的干扰素Y。在另一种优选情况 下，干扰素是干扰素a，例如PEG化的干扰素a。在特定实施方式中，治疗包括利巴韦林和 干扰素Y或a，优选地PEG化的干扰素Y或a。
[0072] 变化
[0073] 变化可以在IL22RA2DNA、RNA或多肽的水平上确定。任选地，通过对IL22RA2基 因座的全部或一部分进行测序，或者通过对IL22RA2基因座的全部或一部分进行选择性杂 交或扩增，来进行检测。更优选地，在变化鉴定步骤之前进行IL22RA2基因座特异性扩增。 IL22RA2基因座中的变化可以是基因座的编码和/或非编码区中的任何形式的突变、缺失、 重排和/或插入，其可以单独地或以各种组合出现。更具体来说，突变包括点突变。缺失可 以涵盖基因座的编码或非编码区中具有两个或更多个残基的任何区域，例如从2个残基直 至整个基因或基因座。典型的缺失影响较小的区域，例如少于约50个连续碱基对的结构域 (内含子）或重复序列或片段，尽管较大的缺失也可能发生。插入可以涵盖在基因座的编码 或非编码部分中添加一个或几个残基。插入通常可以包含在基因座中添加1至50个碱基 对。重排包括序列的倒置。IL22RA2基因座变化可以导致产生终止密码子、移码突变、氨基 酸替换、特定RNA拼接或加工、产物不稳定性、产生截短的多肽等。变化可能导致产生具有 改变的功能、稳定性、靶向或结构的IL22RA2多肽。变化还可能导致蛋白质表达的降低或所 述生产的增加。
[0074] 在优选实施方式中，所述变化是一个或多个碱基的突变、插入或缺失。在本发明方 法的特定实施方式中，IL22RA2基因座中的变化选自IL22RA2基因或相应的表达产物中的 点突变、缺失和插入，更优选地为点突变和缺失。变化可以在IL22RA2DNA、RNA或多肽的水 平上确定。
[0075] 在最优选实施方式中，方法包括对IL22RA2基因进行基因分型，以确定在表IA中 指明的位置中的任意处SNP的存在。
[0076] 表IA :IL22RA2基因座中与纤维变性相关的SNP

【权利要求】
1. 对象中发生细胞外基质蛋白（ECMP)的异常沉积的易感性检测或诊断和/或预后的 体外方法，所述方法包括检测所述对象的生物样品中IL22RA2基因座中变化的存在。
2. 权利要求1的方法，其用于纤维变性的易感性检测或诊断和/或预后。
3. 权利要求2的方法，其用于评估纤维变性的进展。
4. 权利要求1至3任一项的方法，其中所述变化位于IL22RA2基因的起始密码子上游 的500kb之内，优选地lOOkb之内，优选地20kb之内，更优选地10kb之内，并位于IL22RA2 基因的3' UTR下游的500kb之内，优选地lOOkb之内，优选地20kb之内，更优选地10kb之 内。
5. 权利要求1至4任一项的方法，其中所述变化是一个或多个碱基的突变、插入或缺 失。
6. 权利要求5的方法，其中所述变化是一个或数个单核苷酸多态性（SNP)。
7. 权利要求6的方法，其中所述SNP选自rs6570136、rs7774663、rslll54915和 rs2064501。
8. 权利要求7的方法，其包括对对象的生物样品中IL22RA2基因座中的SNP进行基因 分型，其中在SNP rs6570136中存在基因型GG，在SNP rs7774663中存在基因型TT，在SNP rslll54915中存在基因型TT、CT和/或在SNP rs2064501中存在基因型CC，指示了在所述 对象中发生细胞外基质蛋白（ECMP)的异常沉积或纤维变性的风险，或指示了细胞外基质蛋 白（ECMP)的异常沉积或纤维变性的发生，或指示了纤维变性的不良预后。
9. 权利要求2至8任一项的方法，其中所述纤维变性发生在选自肝纤维变性、肝硬化、 皮肤瘢痕瘤、增生性瘢痕、硬皮病和肥胖症的人类纤维变性疾病中。
10. 权利要求9的方法，其中所述肝纤维变性由甲肝病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、日本血 吸虫或曼森氏血吸虫感染引起。
11. 权利要求1至10任一项的方法，其中所述IL22RA2基因座中变化的存在，通过测 序、选择性杂交和/或选择性扩增来检测。
12. 权利要求1至10任一项的方法，其中SNP的存在通过限制性酶消化来检测，检测到 至少一个所述SNP是细胞外基质蛋白（ECMP)的异常沉积或纤维变性的指示。
13. -种为对象选择治疗性化合物的方法，所述对象患有或易于发生细胞外基质蛋白 (ECMP)的异常沉积或纤维变性，所述方法包括将测试化合物与IL22RA2多肽或基因或其片 段相接触，并确定所述测试化合物提高或降低与IL22RA2基因座相关的途径的生物活性或 功能的能力。
14. 一种用于确定患有病毒感染的患者对使用抗病毒剂和/或干扰素的治疗做出响 应的可能性的体外方法，所述方法包括确定所述患者的生物样品中IL22RA2基因座中、或 IL22RA2表达或IL22RA2蛋白活性中的变化。
15. 权利要求14的方法，其中所述变化位于IL22RA2基因的起始密码子上游的500kb 之内，优选地lOOkb之内，优选地20kb之内，更优选地10kb之内，并位于IL22RA2基因的 3' UTR下游的500kb之内，优选地lOOkb之内，优选地20kb之内，更优选地10kb之内。
16. 权利要求14或15任一项的方法，其中所述变化是一个或多个碱基的突变、插入或 缺失。
17. 权利要求16的方法，其中所述变化是一个或数个单核苷酸多态性（SNP)。
18. 权利要求17的方法，其中所述SNP选自rslll54915、rs6570136、rs2064501和 rsl543509〇
19. 权利要求19的方法，其包括对对象的生物样品中IL22RA2基因座中的SNP进行基 因分型，其中对于SNP rslll54915来说TT基因型、对于SNP rs6570136来说AG或GG基因 型、对于SNP rs2064501来说CT基因型和/或对于SNP rsl543509来说AA基因型的存在， 有利于患者对所述治疗的阳性响应。
20. 权利要求14至19任一项的方法，其中所述治疗包含抗病毒剂并任选地连同干扰 素。
21. 权利要求20的方法，其中所述抗病毒剂是病毒复制的抑制剂。
22. 权利要求20的方法，其中所述抗病毒剂是利巴韦林。
23. 权利要求20的方法，其中所述抗病毒剂是病毒蛋白酶抑制剂。
24. 权利要求14至23任一项的方法，其中所述干扰素是干扰素 γ。
25. 权利要求14至23任一项的方法，其中所述干扰素是干扰素 α。
26. 权利要求24或25的方法，其中所述干扰素是PEG化的干扰素 γ或PEG化的干扰 素 α。
27. 权利要求14至26任一项的方法，其中所述治疗包含利巴韦林和干扰素 γ或干扰 素 α，优选PEG化的干扰素 γ或PEG化的干扰素 α。
28. 权利要求14至27任一项的方法，其中所述患者被选自下列的病毒感染：沙粒病 毒科(例如拉沙病毒)，冠状病毒科(例如严重急性呼吸综合征病毒)，黄病毒科(例如丙肝病 毒，登革病毒，西尼罗病毒，黄热病病毒，蜱传脑炎病毒)，纤丝病毒科(例如埃博拉病毒，马 尔堡病毒)，疱疫病毒科(例如单纯性疱疫病毒，巨细胞病毒，Epstein-Barr病毒，水痘带状 疱疹病毒)，正粘病毒科(例如流感病毒A和B)，副粘病毒科(例如呼吸道合胞体病毒，副流 感病毒，PMV，麻疹病毒)，痘病毒科(例如痘苗病毒，天花病毒)，弹状病毒科(例如水疱性口 炎病毒，病毒性出血性败血症病毒，狂犬病病毒)，反转录病毒科(例如HIV和其他反转录病 毒)，披膜病毒科(例如基孔肯亚病毒，辛德毕斯病毒，西门利克森林病毒，罗斯河病毒，东部 马脑炎病毒)。
29. 权利要求28的方法，其中所述病毒是丙肝病毒。
30. 权利要求28的方法，其中所述病毒是乙肝病毒。
31. 权利要求14至30任一项的方法，其中所述IL22RA2基因座中变化的存在，通过测 序、选择性杂交和/或选择性扩增来检测。
32. 权利要求14至30任一项的方法，其中SNP的存在通过限制性酶消化来检测，检测 到至少一个所述SNP是纤维变性的指示。
【文档编号】C12Q1/68GK104302780SQ201280047401
【公开日】2015年1月21日 申请日期:2012年8月3日 优先权日:2011年8月5日
【发明者】阿莱恩·德赛因, 马蒂厄·塞尔托里奥, 劳伦特·阿尔吉罗 申请人:艾克斯-马赛大学, 法国国家卫生及研究医学协会