用于治疗自身免疫疾病和炎性疾病的组氨酰-tRNA合成酶的制作方法

用于治疗自身免疫疾病和炎性疾病的组氨酰-tRNA合成酶的制作方法
【专利摘要】本发明总体上涉及组合物和方法，其包含组氨酰-tRNA合成酶多肽或其他特异性封闭剂以用于治疗自身免疫疾病和其他炎性疾病，包括与Jo-1抗体相关的那些疾病。
【专利说明】用于治疗自身免疫疾病和炎性疾病的组氨酰-tRNA合成酶
[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 本申请基于35U.S.C. § 119(e)要求于2012年11月12日递交的美国申请第 61/725, 414号、于2012年6月4日递交的美国申请第61/655, 358号，以及于2012年2月 16日递交的美国申请第61/599, 802号的权益，其各自通过引用整体并入本文。
[0003] 关于序列表的申明
[0004] 提供了与本申请相关的文本形式序列表以代替纸件副本，其通过引用并入本说 明书中。含有该序列表的文本文件的名称为ATYR_110_03W0_ST25.txt。该文本文件为约 258KB，创建于2013年2月15日，其通过EFS-Web电子递交。
[0005] 发明背景
[0006] 抟术领域
[0007] 本发明的实施方案总体上涉及具有改善的特性的组氨酰-tRNA合成酶多肽、包含 所述HRS多肽的组合物，以及使用所述HRS多肽或组合物治疗各种炎症和自身免疫疾病的 相关方法，其包括治疗抗-Jo-I抗体相关的炎症和自身免疫疾病的方法。
[0008] 相关抟术描沭
[0009] Physiocrine通常为在高等生物的氨酰-tRNA合成酶（AARS)基因家族中发现的小 型天然存在的蛋白结构域，其并非为蛋白合成中氨酰-tRNA合成酶的已知作用所必需的。 直到发现Physiocrine范例，仅了解作为约20种酶的家族的氨酰-tRNA合成酶普遍表达 于所有的活细胞中，以及它们在蛋白合成过程中的重要作用。然而，最近的科学发现现在表 明，氨酰-tRNA合成酶具有除蛋白合成外的其他作用，并且事实上其在多细胞生物中已经 演化为在组织生理和疾病中起着重要的自我平衡作用。
[0010] AARS的非经典的功能存在的证据包括已明确的序列比较，其确定了在从简单的单 细胞生物演化为更复杂的生命形式期间，AARS已通过添加额外的结构域而不失去促进蛋白 合成的能力演化为更复杂的结构。
[0011] 与该假说一致的是，已在高等真核生物中发现了 AARS的丰富多样的一系列扩展 功能，且尤其是人tRNA合成酶的功能。该数据是基于直接分析单个结构域以及发现了与疾 病有因果联系但不影响氨基酰化或蛋白合成活性的tRNA合成酶的基因突变，其表明这些 新添加的结构域或Physiocrine对于新获得的AARS的非经典功能是极为重要的。
[0012] 另外，人们越来越认识到，特定的tRNA合成酶如组氨酰-tRNA合成酶（HARS、HRS 或HisRS)可自活细胞释放或分泌，并能提供具有尤其是免疫调节、趋化性和血管生成特性 的重要局部作用信号。已经通过如下获得了 AARS作为胞外信号转导分子的作用的直接 确认：显示特定tRNA合成酶的分泌和胞外释放的研究，以及添加的包含新添加的结构域 (Physiocrine)的tRNA合成酶片段而非缺少这些结构域的其他片段在一系列胞外信号转 导通路中具有活性的直接证明。这些Physiocrine，包括衍生自HRS的那些，代表了研发新 的治疗人类疾病的全新治疗蛋白的新的和此前未开发的机遇。
[0013] 最近的研究还确定，一些tRNA合成酶包含新的遗传调控元件，包括ALU元件 (Rudinger-Thirion et al.，PNAS USA. 108(40):E794-E802, 2011)，其提供增加的细胞类 型特异性表达，或特定组织中或在特定疾病情况下特定tRNA合成酶的替代性剪接。而 且，一些Physiocrine是以细胞类型特异性方式应答具体的刺激而经蛋白水解产生的。 与Physiocrine的细胞类型特异性过表达和胞外释放一致的是，几种自身免疫疾病（通 常称为抗-合成酶综合征）与产生针对一组确定的tRNA合成酶的抗体有关（Tzioufas Orphanet(2001) 1-5 ;Park et al·，Rheumatol. Int. 31:529_532,2011)。
[0014] 当免疫系统针对其自身组织起反应时就产生了自身免疫病症。通常基于涉及到单 个组织或器官还是多个器官或组织来分类自身免疫疾病。全身性或系统性自身免疫疾病， 如系统性红斑狼疮（SLE)的特征在于涉及多个器官和组织，其通常与针对基本的细胞组分 的自身抗体的存在有关。其他自身免疫疾病的特征在于针对与单个器官或组织有关的抗原 的自身抗体。
[0015] 全身性自身免疫疾病的特征通常在于存在自身抗体。一些与特定疾病有关的自身 抗体可为疾病特异性的，而其他自身抗体可能是许多自身免疫疾病共有的。例如，SLE是典 型的免疫病症，其特征在于存在其他自身免疫疾病中可检测到的自身抗体，如抗-单链DNA 抗体、抗-组蛋白抗体和抗-核糖（ribonuclear)颗粒（RNP)抗体，并且其特征还在于存在 SLE-特异性自身抗体，如抗-双链DNA抗体。其他全身性自身免疫病症，如风湿性关节炎 和（特发性）炎性肌肉疾病，特征也在于在患者血清中存在与基本的细胞核和细胞质胞内 组分反应的自身抗体。对于SLE，这些自身抗体中的一些与其他自身免疫病症有关，而一些 与自身免疫性肌肉炎特异性相关。
[0016] 所述（特发性）炎性肌肉疾病多发性肌炎、皮肌炎和相关病症如多发性肌 炎-硬皮病重叠为炎性肌肉疾病，其特征在于慢性肌肉炎症和近端肌无力。所述肌 肉炎症引起肌肉压痛、肌无力，并最终导致肌肉萎缩和纤维变性，其描述于Plotz et al·，Annals of Internal Med. Ill:143-157, 1989 ;和 Wallace et al. , J. Musculoskelat Med. 27(12)470-479,2010。也与肌肉炎症有关的是醛缩酶、肌酸激酶、转氨酶（如丙氨酸转 氨酶和天冬氨酸转氨酶）和乳酸脱氢酶的增加的血清水平。除肌肉的其他系统也可受到这 些疾病状况的影响，引起关节炎、雷诺现象和间质性肺病。在临床上，多发性肌炎和皮肌炎 的区别在于，患有皮肌炎的患者中存在特征性的皮疹。这些疾病状况中肌肉炎的差异可在 一些肌肉病理学研究中被区分。
[0017] 间质性肺病（ILD)包括一组异质的病症，其中在肺泡壁内或在支气管周围血 管鞘、小叶间隔和脏层肋膜周围的疏松组织中发生纤维变性和炎症。已知不同形式的 ILD，包括或与如下有关：除肌肉炎的各种自身免疫疾病，包括例如，过敏性肺炎、硬皮 病、系统性红斑狼疮、风湿性关节炎、Churg-Strauss综合征、韦格纳肉芽肿（Wegener' s granulomatosis)和肺出血-肾炎综合征。
[0018] 炎性肌肉疾病（MD)和间质性肺病（ILD)是可能危及生命的严重慢性自身免 疫疾病，其当前护理标准包括非特异性抗炎药如可能具有很大副作用的皮质类固醇。这 些疾病发作的原因还未确定，尽管在约90%患有多发性肌炎和皮肌炎的患者中可检测 到自身抗体，参见 Reichlin 和 Arnett, Arthritis and Rheum. 27:1150-1156, 1984。约 60%的这些患者的血清在Ouchterlony免疫扩散（ID)中与牛胸腺或人脾脏提取物形成 沉淀，而通过间接免疫荧光法（IIF)约80 %的这些患者的血清能着染组织培养基质，如 HEp-2 细胞（Targoff and Reichlin，Arthritis and Rheum. 28:796-803, 1985 ;Nishikai and Reichlin，Arthritis and Rheum. 23:881-888, 1980;和 Reichlin et al.，J. Clin. Immunol. 4:40-44, 1984)。在肌肉炎患者中存在许多沉淀自身抗体特异性，但每个单独抗体 特异性仅在一部分患者中发生。
[0019] 已经确定了许多与肌肉炎或肌肉炎重叠综合征有关的自身抗体，且在一些情 况下所述抗体已被鉴定（参见美国专利第6,610,823号，Antigens associated with polymyositis and with dermatomyositis(与多发性肌炎和皮肌炎相关的抗原））。这些 包括存在于其他病症中的抗体以及疾病特异性抗体，其描述于Targoff and Reichlin, Mt. Sinai J. of Med. 55:487-493, 1988。
[0020] 例如，已确认了一组与肌肉炎有关的自身抗体，其针对与tRNA和蛋白合成有关 的胞质蛋白，尤其是氨酰-tRNA合成酶。这些包括抗-Jo-1，其针对组氨酰-tRNA合成 酶，并且是与肌肉炎自身免疫病症有关的最常见的自身抗体（约20-40%的这类患者，参 见 Nishikai and Reichlin, Arthritis Rheum. 23:881-888, 1980);抗-PL-7,其针对苏氨 酰-tRNA合成酶；抗-PL-12,其针对丙氨酰-tRNA合成酶；抗-0J，其针对异亮氨酰-tRNA 合成酶；抗-EJ，其针对甘氨酰-tRNA合成酶；抗-KS，其针对天冬氨酰-tRNA合成酶（通常 参见，Targoff, Curr. Opin. Rheumatol. 12475-481，2000)以及针对苯丙氨酸-tRNA 合成酶 (Betteridge et al. , Rheumat. 461005-1008, 2007) 〇 一组特征性的特性通常与抗-合成酶 有关（Love et al·, Medicine. 70:360-374, 1991)。
[0021] 经常发现于患有SLE的患者中的抗-UlRNP也可发现于混合结缔组织病、包括肌肉 炎的重叠综合征，或者有些情况下仅肌肉炎中。该抗体与独特地存在于Ul小核核糖核蛋白 (参与剪接HiRNA的核RNP中的一种）上的蛋白反应。与其他疾病状况有关的自身抗体有时 可发现于患有重叠综合征的患者中，如抗-Sm、抗-Ro/SSA和抗-La/SSB。抗-Ku已发现于 肌肉炎-硬皮病重叠综合征和SLE中。Ku抗原是有两种多肽组分（二者均已被克隆）的 DNA结合蛋白复合体。抗-Jo-I和其他抗-合成酶均为疾病特异性的。其他与肌肉炎有关 的抗体为抗-PM-Scl，其存在于约5-10%的肌肉炎患者中，他们中很多患有多发性肌炎-硬 皮病重叠；和抗-Mi-2,其存在于约8%的肌肉炎患者（几乎仅在皮肌炎）中。抗-Mi-2以 高滴度发现于约20%的所有皮肌炎患者中，并通过仅ELISA以低滴度发现于少于5%的多 发性肌炎患者中（Targoff and Reichlin, Mt. Sinai J. of Med. 55:487-493, 1988)。
[0022] 通常，患者在相对年轻时出现炎性肌肉疾病（MD)和间质性肺病（ILD)，并且在其 他方面健康状况良好，不幸的是，在小部分的患者中疾病进展可导致重大残疾和高发病率。 而且，目前还不存在特别批准用于治疗普通人群的MD和ILD的药物。当前的护理标准是 给予非特异性的抗炎和免疫调节药物如甲氨蝶呤或咪唑硫嘌呤，且如果症状没有减轻，则 给予环抱霉素 （Wallace et al.，J. Musculoskelat Med. 27:470_479, 2010)。如果长期用 药，这些药物具有可能会很严重的副作用的重大风险。在严重的进行性疾病中，个体可用静 脉注射免疫球蛋白（IVIG)来治疗。治疗IVIG患者的护理负担和费用很高（每位患者每月 高达$10, 000的治疗费用），且大部分患者治疗失败而死亡。
[0023] 因此，对改善的、具有疗效和成本效益的治疗炎性肌肉疾病和相关疾病状况的方 法的需求仍远未被满足。

【专利附图】

【附图说明】
[0024] 图1显示了示例性HRS来源的多肽在TNBS诱导的结肠炎模型中的可能的抗 炎特性。在雄性BDF-1小鼠中进行研究，12只小鼠/组；将5mg/kg的TNBS和布地奈德 (Budesonide)加入水中。从TNBS处理前3天开始，每天以1或5mg/Kg的浓度通过静脉注 射给予 Resokine (HisRSN4 ;HRS (1-60))。
[0025] 图2显示了全长HRS和HRS (1-506)在非还原和还原条件下的SDS-PAGE分析。凝 胶图显示，全长HRS是正常和还原条件下的非共价和SS-连接的二聚体的?50:50混合物， 而且相比全长蛋白，HRS(l-506)显示了明显降低的SS-连接的二聚体形成、增加的同质性 和单分散性。
[0026] 图3显示了通过ELISA分析的含有抗-Jo-I抗体的血清与全长HRS的竞争，其中 全长野生型HisRS附着于96孔板的表面。该图显示了获自人血清样品的血清的三种稀释 溶液的数据。
[0027] 图4显示了通过ELISA分析的相比全长人HisRS (FL-hu HisRS)，含有抗-Jo-I抗 体的血清与Resokine (HisRSN4 ;HRS (1-60))的竞争，其中全长野生型HisRS附着于96孔板 的表面。该数据显示了，当全长组氨酰-tRNA合成酶附着于所述孔板的表面时，Resokine没 有显著性竞争抗体与全长HisRS的结合，直到提供的浓度大于约ΙχΚΤΜ。
[0028] 图5显示了通过ELISA分析的相比全长人HisRS，含有抗-Jo-I抗体的血清与 HisRSN8 (HRS (1-506))的竞争，其中全长野生型人HisRS附着于96孔板的表面。该数据显 示了，针对抗-Jo-I抗体，HisRS N8和全长HisRS共同具有基本上相同的竞争结合曲线。
[0029] 图6显示了使用附着于所述孔板表面的基本上全长的HARS或Hi sRSn4 (HRS (1-60)) 的抗-Jo-I抗体的标准滴定ELISA。该数据显示，当该分析在这些条件下运行时，在含有 抗-Jo-I抗体的血清中抗体对于HisRS m的表观滴定度与全长HisRS相当。
[0030] 图7显示了用于表位作图研究的HRS剪接变体和其他HRS构建体的示意图。
[0031] 图8显示了表位作图研究的结果，并展示了针对与WHEP结构域（HisRSN4 ;SV9; 或HRS (1-60))的结合或缺少该WHEP结构域的缺失的HisRS (包含SEQ ID NO: 1的氨基酸 54-506) (dWHEP)构建体，一系列Jo-I阳性抗体样品的抗体选择性。
[0032] 图9显示了使用全长HRS和HRS(l-506)的免疫耗竭研究的结果。该结果显示， 在来自人血清样品的免疫耗竭的Jo-I抗体中，全长HARS和HRS (1-506)均为有效的，且 HRS(1-506)能够清除高达99%的可检测的Jo-I抗体。
[0033] 图IOA显示了在他汀类诱导的肌肉炎大鼠模型中，用于评估HRS(l-506)(或 ATYR1940)效果的给药策略的示意图。图IOB显示了在他汀类诱导的肌肉炎的大鼠模型中， HRS (1 -506)对降低肌肉肌钙蛋白水平的影响。
[0034] 图11A-11B显示了在他汀类诱导的肌肉炎的大鼠模型中，HRS(l-506)对CK水平 的影响。
[0035] 图12显示相比未处理的大鼠，他汀类处理的大鼠的内源血清HRS水平提高了。该 结果表明，内源HRS的释放可在调控肌肉炎症中起作用。
[0036] 图13显示了在他汀类诱导的肌肉炎的大鼠模型中腿筋的H&E染色。这些结 果表明，相比媒介物处理的和〇. 3mg/kg HRS(l-506)-处理的大鼠，用lmg/kg和3mg/kg HRS (1-506)处理的他汀类诱导的大鼠的肌肉退化/坏死和炎症分数降低。
[0037] 图14显示了对来自以增加的HRS(l-506)量处理的他汀类诱导的大鼠的腿筋肌肉 进行的RNA特性分析的结果。这些结果证明，应答他汀类处理而提高了多于5倍的所有13 个基因均通过HRS (1-506)处理而降低了。
[0038] 图15A显示了对来自他汀类诱导的大鼠的腿筋肌肉进行的RNA特性分析的结果， 且图15B显示了用HRS(l-506)处理的他汀类诱导的大鼠的结果。
[0039] 图16显示了来自他汀类诱导的大鼠的腿筋的转录特性分析。这些结果揭示了， 10个糖尿病/代谢综合征相关基因和几个管家基因的表达（数据未显示）没有明显受到 HRS (1-506)处理的影响。
[0040] 图17显示了来自他汀类诱导的大鼠的腿筋的转录特性分析。这些结果揭示了，许 多免疫细胞标记基因的表达通过HRS (1-506)处理而降低了。
[0041] 图18A-18D显示了 HRS(l-506)处理降低了免疫细胞标记基因 ITGAL(CDlla)(图 18A)、CDllb (图 18B)、CD8a (图 18C)、CD8b (图 18D)的表达。
[0042] 图19A-19C显示了 HRS(l-506)处理降低了免疫细胞标记基因 CD18(图19A)、 CCR5(图 19B)和 PTPPC(CD45R)(图 19C)的表达。
[0043] 图20显示了来自他汀类诱导的大鼠的腿筋的转录特性分析。这些结果揭示了，许 多炎症标记基因的表达通过HRS (1 -506)处理而降低了。
[0044] 图21A-21D显示了，HRS(l-506)处理降低了炎症标记基因 IL-6(图21A)、MCP1 (图 21B)、IL-10 (图 21C)和 IFN- γ (图 21D)的表达。
[0045] 图22-23显示了来自他汀类诱导的大鼠的腿筋的转录特性分析。这些结果揭示 了，各种粘附、发展和纤维变性相关的基因的表达通过HRS (1-506)处理而改变了。
[0046] 图24-25显示了来自他汀类诱导的大鼠的腿筋的转录特性分析。这些结果揭示 了，各种与肌肉消耗、萎缩和肌生成相关的基因的表达通过HRS(l-506)处理而改变了。图 24B显示了 MMP3的结果，且图24C显示了 MMP9的结果。
[0047] 图26A-26B显示了 HRS (1-506)在杜兴氏肌营养不良症（DMD)的mdx小鼠模型中 的效果。相比媒介物对照，在用HRS(l-506)或地塞米松处理的小鼠中观察到血清CK(图 26A)、AST (图 26B)和 LDH (图 26C)的降低。
[0048] 图27A-27B显示了用全长小鼠 HRS(mHRS)在SJL/J小鼠中进行免疫的效果。这些 小鼠在Dysferlin外显子45的3'剪接点具有171bp的框内缺失，并发展了与肌肉炎症有 关的自发性肌肉疾病。该小鼠提供了人Dysferlin缺陷型肌肉疾病的遗传模型，如肢带型 肌营养不良症-2B型（LGMD2B)。图27A显示了，用mHisRS经皮下免疫SJL/J小鼠产生了针 对全长HisRS的强抗体应答。如图27B所示，来自用HisRS免疫的小鼠的肌肉组织显示了 多个区域的细胞浸润和肌肉炎，且与该组织病理学一致，两只免疫的小鼠展现了肌肉炎的 病征。
[0049] 图28A-28B显示了全长HRS和HRS (1-506)的差示扫描荧光分析（DSF)。图28A显 示了在PH7-7. 5孵育后全长HRS有两次热转变；如箭头所示第一次转变发生在48°C，而主 要转变发生在?54°C。图28B显示了组氨酸缓冲剂浓度范围内HRS(1-506)的热稳定性或 解链温度。这些结果表明，组氨酸缓冲剂能够显著地稳定HRS多肽如HRS(1-506)的构象。
[0050] 发明概述
[0051] 本发明的实施方案部分地基于该出人意料的发现，即用例如HRS多肽或其他抗 体-特异性封闭剂特异性封闭其他情况下具致病性的抗-Jo-I抗体（也称Jo-I抗体）的 活性、结合或产生，可用于治疗患有炎症或自身免疫疾病的对象，并且可以防止或明显地延 迟疾病进展。该发现的一个优势为，抗-Jo-I抗体的负面作用可被克服，且对对象免疫系统 具有很小的或没有衰减，而产生明显降低的副作用特性。而且，该方法可广泛适用于其他疾 病，包括炎性疾病和相关的病症，其中存在局部或暂时性组氨酰-tRNA合成酶不足。
[0052] 因此，某些实施方案涉及治疗组合物，其包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同一性 的、长度约为20-90个氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽，其中所述组合物/HRS多 肽：a)纯度为至少约95%;b)聚集小于约5%;和c)基本上无内毒素。在某些实施方案中， 所述HRS多肽的至少20个氨基酸来自SEQ ID NO: 1的第1-67位残基所限定的区。在一些 实施方案中，所述HRS多肽的至少40个氨基酸来自SEQ ID NO: 1的第1-67位残基所限定 的区。在一些实施方案中，所述HRS多肽的至少60个氨基酸来自SEQ ID NO: 1的第1-67 位残基所限定的区。
[0053] 还包括治疗组合物，其包含长度为至少约400个氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶 (HRS)多肽，所述HRS多肽包含与SEQ ID N0:1具有至少90%同一性的80个或更多个连 续的氨基酸，其中所述组合物/HRS多肽：a)纯度为至少约95% ;b)聚集小于约5% ;和c) 基本上无内毒素。在某些实施方案中，所述HRS多肽包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同 一性的200个或更多个氨基酸。在一些实施方案中，所述HRS多肽包含与SEQ ID NO: 1具 有至少90%同一性的400个或更多个氨基酸。在某些实施方案中，所述HRS多肽的长度为 至少约500个氨基酸。在一些实施方案中，所述HRS多肽包含全长人HRS(SEQ ID N0:1) 的序列。在一些实施方案中，所述HRS多肽在SEQ ID N0:1的残基505(HRS(l-505))或 506 (HRS (1-506))处被截短。
[0054] 某些实施方案涉及治疗组合物，其包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同一性的长 度为至少约400个氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽，其中所述组合物/HRS多肽： a)纯度为至少约95% ;b)聚集小于约5% ;和c)基本上无内毒素。在一些实施方案中，所 述HRS多肽的长度为至少约500个氨基酸，其与SEQ ID NO: 1具有至少90%的同一性。在 某些实施方案中，所述HRS多肽包含SEQ ID NO: 1(全长人HRS)的序列。在一些实施方案 中，所述 HRS 多肽在 SEQ ID NO: 1 的残基 505 (HRS (1-505))或 506 (HRS (1-506))处被截短。
[0055] 还包括治疗组合物，其包含长度为500-506个氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS) 多肽，所述HRS多肽与SEQ ID N0:70(HRS(l-506))具有至少90%的同一性，并且缺少SEQ ID NO: 1的第507-509位残基，其中所述组合物/HRS多肽：a)纯度为至少约95% ;b)聚集 小于约5%;和c)基本上无内毒素。在某些实施方案中，所述HRS多肽的长度为505-506个 氨基酸，其与SEQ ID N0:70具有至少90%的同一性。在一些实施方案中，所述HRS多肽的 长度为506个氨基酸。在一些实施方案中，所述HRS多肽包含SEQ ID NO: 70。在一些实施 方案中，所述HRS多肽基本上由SEQ ID NO: 70组成。在某些实施方案中，所述HRS多肽由 SEQ ID NO: 70组成。在一些实施方案中，所述HRS多肽的长度为505个氨基酸。在一些实 施方案中，所述HRS多肽包含SEQ ID NO: 70的残基2-506 (HRS (2-506))。在一些实施方案 中，所述HRS多肽基本上由SEQ ID NO: 70的残基2-506 (HRS (2-506))组成。在具体的实施 方案中，所述HRS多肽由SEQ ID NO: 70的残基2-506 (HRS (2-506))组成。
[0056] 在一些实施方案中，所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的突变。在某些实 施方案中，所述至少一个半胱氨酸残基选自：Cysl74、Cysl91、Cys224、Cys235和Cys455。
[0057] 在一些实施方案中，在约4_40°C和pH约6.0-8. 0的可比较条件下，相比SEQ ID NO: 1(全长人HRS)的多肽，所述HRS多肽（例如，缺少SEQ ID NO: 1的残基507-509)具有增 加的生物活性、稳定性和/或同质性。在一些实施方案中，所述条件包括温度约20-25°C (室 温）和pH约7. 0-7. 5,任选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。在某些实施方案中，所述 条件包括温度约37°C和pH约7. 0-7. 5,任选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
[0058] 在一些实施方案中，增加的活性包括至少约10%的非经典生物活性的绝对增加。 在一些实施方案中，所述非经典活性是抗炎活性或特异性结合抗-Jo-I抗体。在某些实施 方案中，相比SEQ ID NO: 1(全长HRS)的多肽，所述HRS多肽在还原条件下具有减少的链间 二硫键形成。在某些实施方案中，相比SEQ ID NO: 1(全长HRS)的多肽，所述HRS多肽具有 减少的（电荷）异质性。在一些实施方案中，相比SEQ ID NO: 1(全长HRS)的多肽，所述 HRS多肽在溶液中具有减少的高分子量聚集体形成。在某些实施方案中，增加的同质性包括 相比SEQ ID NO: 1的多肽，所述HRS多肽的单分散性的至少10%的增加。在一些实施方案 中，相比SEQ ID NO: 1(全长HRS)的多肽，所述HRS多肽在在大肠杆菌中重组制备后具有增 加的可溶性蛋白产率。
[0059] 在某些实施方案中，所述HRS多肽融合至异源的融合伴侣，任选T-细胞配体。在 具体的实施方案中，所述HRS多肽包含至少一种D-氨基酸。
[0060] 在一些实施方案中，所述治疗组合物包含浓度范围为约0. 03mM至约IOOmM的缓冲 齐U。在一些实施方案中，所述治疗组合物包含浓度范围为约2mM至约50mM的缓冲剂。在某 些实施方案中，所述治疗组合物包含浓度范围为约40mM至约60mM的缓冲剂。在某些实施 方案中，所述治疗组合物包含浓度范围为约45mM至约55mM的缓冲剂。在一些实施方案中， 所述治疗组合物包含浓度为约50mM的缓冲剂。在一些实施方案中，所述缓冲剂是组氨酸缓 冲剂、柠檬酸盐缓冲剂或磷酸盐缓冲剂。
[0061] 在某些实施方案中，所述缓冲剂是组氨酸缓冲剂，且其中在范围约4-40°C和pH约 7. 0-7. 5的可比较的条件下，相比没有所述组氨酸缓冲剂的可比较组合物中对应的HRS多 肽，所述HRS多肽具有增加的稳定性。
[0062] 在某些实施方案中，所述缓冲剂是柠檬酸盐缓冲剂，且其中在范围约4_40°C和pH 约6. 5-7. 5的可比较的条件下，相比没有所述柠檬酸盐缓冲剂的可比较组合物中对应的 HRS多肽，所述HRS多肽具有增加的稳定性。
[0063] 在某些实施方案中，所述缓冲剂是磷酸盐缓冲剂，且其中在范围约4_40°C和pH约 7. 0-7. 5的可比较的条件下，相比没有所述磷酸盐缓冲剂的可比较组合物中对应的HRS多 肽，所述HRS多肽具有增加的稳定性。
[0064] 在一些实施方案中，所述条件（例如，用于比较）包括温度约5°C，任选地持续约 1、2、3、4、5、6或7天的时长。在一些实施方案中，所述条件包括温度约20-25°C (室温），任 选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。在某些实施方案中，所述条件包括温度约37°C，任 选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
[0065] 在一些实施方案中，增加的稳定性包括热稳定性，其中所述HRS多肽的解链温度 (Tm)比没有所述缓冲剂和/或在所述pH值范围之外的组合物中相应的HRS多肽的解链温 度高至少约5°C。在一些实施方案中，增加的稳定性包括热稳定性，其中所述HRS多肽的解 链温度以比没有所述缓冲剂和/或在所述PH值范围之外的组合物中相应的HRS多肽的速 率慢至少10 %的速率展开。
[0066] 在某些实施方案中，在在其他情况下可比较的条件下，相比没有所述缓冲剂和/ 或在所述pH值范围之外的组合物,所述组合物具有减少的聚集和/或沉淀。在一些实施方 案中，如通过A340处的吸光度所测，聚集减少了至少约10%。在某些实施方案中，在在其他 情况下可比较的条件下，相比没有所述缓冲剂和/或在所述PH值范围之外的组合物，所述 组合物具有减少的高分子量聚集体。
[0067] 在一些实施方案中，所述缓冲剂是组氨酸缓冲剂，且所述HRS多肽与SEQ ID NO: 1 的残基1-506或2-506具有至少90%的同一性，并且缺少SEQ ID NO: 1的第507-509位残 基。在某些实施方案中，所述缓冲剂是柠檬酸盐缓冲剂，且所述HRS多肽与SEQ ID NO: 1的 残基1-506或2-506具有至少90%的同一性，并且缺少SEQ ID NO: 1的第507-509位残基。 在一些实施方案中，所述HRS多肽是HRS (1-506)或HRS (2-506)。
[0068] 在一些实施方案中，所述组合物包含的氯化钠（NaCl)的浓度范围为约 100-300mM，任选地为约140mM-240mM，或任选地为约140mM。在某些实施方案中，所述HRS多 肽与SEQ ID NO: 1的残基1-506或2-506具有至少90%的同一性，并且缺少SEQ ID NO: 1 的第507-509位残基，任选地其中所述HRS多肽具有至少约60°C的解链温度（Tm)。在某些 实施方案中，所述HRS多肽是HRS (1-506)或HRS (2-506)，任选地其中所述HRS多肽具有至 少约60°C的解链温度（Tm)。
[0069] 在某些实施方案中，所述组合物包含一种或多种药学上可接受的赋形剂。在一些 实施方案中，所述一种或多种药学上可接受的赋形剂选自：蔗糖、甘露醇、海藻糖、山梨醇、 精氨酸、甘氨酸和甘油。在一些实施方案中，所述一种或多种药学上可接受的赋形剂的浓度 范围为约0.2% -5.0%。在某些实施方案中，所述药学上可接受的赋形剂为约1% -3%蔗 糖，任选地为约2%蔗糖。在一些实施方案中，所述药学上可接受的赋形剂为约1% -3%海 藻糖，任选地为约2 %海藻糖。
[0070] 在一些实施方案中，所述组合物包含一种或多种表面活性剂。在一些实施方案中， 所述表面活性剂为聚山梨醇酯或泊洛沙姆。在一些实施方案中，所述聚山梨醇酯为聚山梨 醇酯20 (PS20)、聚山梨醇酯40 (PS40)、聚山梨醇酯60 (PS60)或聚山梨醇酯80 (PS80)。在 某些实施方案中，所述聚山梨醇酯为PS20。在某些实施方案中，所述泊洛沙姆为普朗尼克 (Pluronic) F68。在一些实施方案中，所述表面活性剂存在的范围为约0. 1-5. 0% (w/v)。在 一些实施方案中，为约0.05% (w/v)的PS20。
[0071] 在某些实施方案中，所述组合物包含一种或多种抗氧化性化合物或还原剂。在一 些实施方案中，所述抗氧化性化合物或还原剂选自：半胱氨酸、蛋氨酸和N-乙酰半胱氨酸 (NAC)。在一些实施方案中，所述抗氧化性化合物或还原剂存在的浓度范围为约0. 1-5. OmM。
[0072] 在某些实施方案中，所述组合物包含一种或多种螯合剂。在一些实施方案中，所 述螯合剂为乙二胺四乙酸盐（EDTA)。在一些实施方案中，所述螯合剂存在的浓度范围为约 0. I-2. OmMo
[0073] 在某些组合物中，所述HRS多肽存在的浓度为至少约10mg/ml。在一些组合物中， 所述HRS多肽存在的浓度为至少约25mg/ml。在一些组合物中，所述HRS多肽存在的浓度为 至少约50mg/ml。
[0074] 在某些实施方案中，如通过A340处的吸光度所测，所述组合物具有的浑浊度小于 约0. 5。在一些实施方案中，A340处的吸光度是在37°C孵育至少约1、2、3、4、5、6或7天后 测量的。在一些实施方案中，A340处的吸光度是在室温孵育至少约1、2、3、4、5、6或7天后 测量的。在某些实施方案中，A340处的吸光度是在冻融所述组合物至少1、2、3、4或5次后 测量的。
[0075] 在一些实施方案中，如通过A580处的吸光度所测，所述组合物具有的乳白光小于 约0. 6。在一些实施方案中，A580处的吸光度是在37°C孵育至少约1、2、3、4、5、6或7天后 测量的。在一些实施方案中，A580处的吸光度是在室温孵育至少约1、2、3、4、5、6或7天后 测量的。在某些实施方案中，A580处的吸光度是在冻融所述组合物至少1、2、3、4或5次后 测量的。
[0076] 在一些实施方案中，所述组合物具有小于约3%的高分子量聚集体。在一些实施方 案中，高分子量（HMW)聚集是在37°C孵育至少约1、2、3、4、5、6或7天后测量的。在某些实 施方案中，高分子量（HMW)聚集是在室温孵育至少约1、2、3、4、5、6或7天后测量的。在一 些实施方案中，高分子量聚集是在冻融所述组合物至少1、2、3、4或5次后测量的。
[0077] 在某些实施方案中，所述HRS多肽在所述组合物中具有的解链温度（Tm)为至少 约50°C。在一些实施方案中，所述HRS多肽在所述组合物中具有的解链温度（Tm)为至少 约55°C。在一些实施方案中，所述HRS多肽在所述组合物中具有的解链温度（Tm)为至少约 60。。。
[0078] 在某些实施方案中，所述HRS多肽具有至少约90 %或95 %的单分散性。
[0079] 在一些实施方案中，所述组合物包含约50mM L-组氨酸、约140mM NaCl、约2%海 藻糖、约0. 05%聚山梨醇酯20 (PS20)，并且具有约7. 0-7. 4的pH。在一些实施方案中，所述 组合物包含约50mM L-组氨酸、约140mM NaCl、约2%蔗糖、约0. 05%聚山梨醇酯20(PS20)， 并且具有约7. 0-7. 4的pH。在一些实施方案中，所述HRS多肽是HRS (1-506)或HRS (2-506)， 且在所述组合物中具有的解链温度（Tm)为至少约60°C。在某些实施方案中，如通过A340 处的吸光度所测，所述组合物的浑浊度小于约〇. 1或小于约0.05。在一些实施方案中，如通 过A580处的吸光度所测，所述组合物具有的乳白光小于约0. 1或小于约0. 05。在某些实施 方案中，所述组合物具有小于约2%或小于约1%的高分子量聚集体。
[0080] 在某些实施方案中，本发明包括医用组合物，其包含与人HRS (SEQ ID NO: 1)具有 至少90%同一性的20-90个氨基酸的多肽。在一些实施方案中，至少20-40个氨基酸位于 人HRS(SEQ ID NO: 1)的氨基酸1-67之内。在具体的实施方案中，至少一个氨基酸为D-氨 基酸。在一些方面，所述多肽：a)纯度为至少约95% ;b)聚集小于约5% ;和c)基本上无 内毒素。
[0081] 在另一个实施方案中，本发明包括医用组合物，其包含HRS多肽的至少约400个氨 基酸的多肽；其中所述多肽：a)纯度为至少约95% ;b)聚集小于约5% ;和c)基本上无内 毒素。
[0082] 在另一个实施方案中，本发明包括医用组合物，其包含至少约400个氨基酸的多 肽；其中所述多肽：a)与人HRS(SEQ ID N0:1)具有至少80%同一性；b)纯度为至少约95%; c)聚集小于约5% ;和d)基本上无内毒素。
[0083] 在任何这些医用或治疗组合物的一些方面，所述多肽包含全长HRS多肽。在一些 方面，所述HRS多肽在约残基505或506处被截短。在一些方面，所述HRS多肽具有至少 一个半胱氨酸残基的突变。在一些方面，所述半胱氨酸残基选自：Cysl74、Cysl91、Cys224、 Cys235、Cys455、Cys507和Cys509。在一些方面，所述多肽包含至少一个D-氨基酸。在一 些方面，所述多肽包含WHEP结构域。在一些方面，所述多肽包含与SEQ ID NO: 1-23、39、41、 43、70-71、74-153、160-172或176-182中任一序列具有80%同一性的氨基酸序列，或列举 或来源于表1-9中任一个的氨基酸序列。在一些方面，所述多肽与异源蛋白融合。在一些 方面，所述异源蛋白包含T细胞配体。在一些方面，所述组合物被配制为用于经口、鼻内、肺 部或肠胃外给药来递送。
[0084] 在一些方面，所述医用或治疗组合物用于治疗选自以下的疾病：自身免疫疾病、炎 性疾病、炎性肌肉疾病，包括（特发性）炎性肌肉疾病、多发性肌炎、皮肌炎和相关病症、多 发性肌炎-硬皮病重叠、包涵体肌炎（IBM)、抗合成酶综合征、间质性肺病、关节炎、雷诺现 象（Reynaud' s phenomenon)、Perrault综合征和Usher综合征。在一些方面，所述表位是 被来自对象的血清中的抗体识别的免疫优势表位。在一些方面，所述HRS多肽结合人组织 相容性复合体（MHC)I型或II型分子。在一些方面，所述核酸可操作地与表达调控序列偶 联，且其中所述核酸的表达引起耐受性。在一些方面，所述治疗组合物包含选自脂质体、胶 束、乳剂和细胞的递送载体。
[0085] 在另一个实施方案中，本发明包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶不足有关的疾 病的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多肽能够代替所述组氨酰-tRNA 合成酶的至少一种经典的或非经典的功能。在一些实施方案中，在浓度高达约5χ1(Γ7Μ的竞 争性ELISA中，所述HRS多肽不显著性竞争疾病相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的 结合。
[0086] 在另一个实施方案中，本发明包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身 抗体有关的疾病的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个 被自身抗体特异性识别的表位，且其中所述HRS多肽能够引起耐受性。
[0087] 在另一个实施方案中，本发明包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身 抗体有关的疾病的治疗组合物，所述组合物包含编码哺乳动物HRS多肽的重组核酸，其中 所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表位，且其中所述核酸可操作地与表 达调控序列偶联，且其中所述核酸的表达引起耐受性。
[0088] 在另一个实施方案中，本发明包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身 抗体有关的疾病的治疗组合物，所述组合物包含重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至 少一种异源HRS多肽，所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表位，且其中所 述核酸可操作地与表达调控序列偶联，以使得能在所述宿主细胞中表达所述HRS。
[0089] 在另一个实施方案中，本发明包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身 抗体有关的疾病的治疗组合物，所述组合物包含抗体或所述自身抗体特异性的结合蛋白， 其中所述抗体或结合蛋白阻止所述自身抗体结合天然的组胺酰-tRNA合成酶。
[0090] 一些实施方案涉及用于治疗炎性疾病的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽， 其中所述HRS多肽具有至少一种非经典活性。
[0091] 还包括用于治疗肌营养不良症的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽，其中所 述HRS多肽具有至少一种非经典活性。在一些方面，所述肌营养不良症选自：杜兴氏肌营养 不良症、贝克氏肌营养不良症、埃-德氏肌营养不良症、肢-带型肌营养不良症、面肩肱型肌 营养不良症、强直性肌营养不良、眼咽型肌营养不良症、远端型肌营养不良症和先天性肌营 养不良症。
[0092] 某些实施方案包括用于治疗横纹肌溶解症、肌肉萎缩、恶病质、肌肉炎症或肌肉损 伤的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多肽具有至少一种非经典活性。
[0093] 在另一个实施方案中，本发明包括HRS多肽在制备用于治疗炎性疾病或自身免疫 疾病的药物中的应用。在另一个实施方案中，本发明包括HRS多肽在制备用于治疗与组氨 酰-tRNA合成酶不足有关的疾病的药物中的应用。
[0094] 在任何这些治疗组合物或应用的一些方面，所述HRS多肽诱导耐受性。在一些方 面，所述HRS多肽长度为约10至约60个氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽长度为约60至 约120个氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽长度为约120至约200个氨基酸。在一些方 面，所述HRS多肽为全长的。在一些方面，所述HRS多肽在约残基505或506处被截短。在 一些方面，所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的突变。在一些方面，所述半胱氨酸残 基选自：Cysl74、Cysl91、C224、Cys235、Cys455、Cys507 和 Cys509。在一些方面，所述 HRS 多肽包含至少一个D-氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽包含WHEP结构域。在一些方面， 所述 HRS 多肽包含与 SEQ ID N0:l-23、39、41、43、70-71、74-153、160-172 或 176-182 中任 一序列具有至少80 %同一性的氨基酸序列，或与表Dl、D3-D6或D8中的序列中任一序列具 有至少80^^90%或95%同一性的氨基酸序列。在一些方面，所述HRS多肽与异源蛋白融 合。在一些方面，所述异源蛋白包含T细胞配体。在一些方面，所述组合物被配制为用于经 口、鼻内、肺部或肠胃外给药来递送。在一些方面，所述治疗组合物包含选自脂质体、胶束、 乳剂和细胞的递送载体。
[0095] 还包括治疗与自身抗体有关的疾病的方法，其包括向有需要的对象给予治疗组合 物，所述治疗组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核 酸，c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽，或d)抗体或所述自 身抗体特异性的结合蛋白。
[0096] 在一些方面，在出现疾病症状前，向所述对象给予所述治疗组合物。在某些方面， 所述自身抗体对组氨酰-tRNA合成酶具有特异性。在一些方面，所述HRS多肽包含所述组 氨酰-tRNA合成酶的至少一个被所述疾病特异性的自身抗体识别的表位。在一些方面，所 述HRS多肽阻止所述自身抗体结合天然的组胺酰-tRNA合成酶。在一些方面，所述HRS多肽 导致自身反应性T细胞的克隆缺失。在一些方面，所述HRS多肽导致参与自身免疫应答的T 细胞的功能失活。在一些方面，所述HRS多肽导致减少的肌肉或肺部炎症。在一些方面，所 述HRS多肽诱导耐受性。在一些方面，所述HRS多肽长度为约10至约60个氨基酸。在一些 方面，所述HRS多肽长度为约60至约120个氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽长度为约 120至约200个氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽为全长的。在一些方面，所述HRS多肽 在约残基505或506处被截短。在一些方面，所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的 突变。在一些方面，所述半胱氨酸残基选自：Cy S174、CyS191、CyS224、CyS235、C455、Cys507 和Cys509。在一些方面，对应于全长HRS (SEQ ID NO: 1)的残基507、508和509缺失。在一 些方面，所述HRS多肽包含至少一种D-氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽包含WHEP结构 域。在一些方面，所述 HRS 多肽包含与 SEQ ID N0:l-23、39、41、43、70-71、74-153、160-172 或176-182中任一序列具有至少80%同一性的氨基酸序列，或与表D1、D3-D6或D8中的序 列中任一序列具有至少80%、90%或95%同一性的氨基酸序列。在一些方面，所述HRS多 肽与异源蛋白融合。在一些方面，所述异源蛋白包含T细胞配体。在一些方面，所述组合物 被配制为用于经口、鼻内、肺部或肠胃外给药来递送.
[0097] 在一些方面，所述疾病选自：炎性肌肉疾病，包括炎性肌肉疾病、多发性肌炎、皮肌 炎和相关病症、多发性肌炎-硬皮病重叠、包涵体肌炎（IBM)、抗合成酶综合征、间质性肺 病、关节炎和雷诺现象，以及本文描述的其他疾病或疾病状况。在一些方面，所述表位是被 来自对象的血清中的抗体识别的免疫优势表位。在一些方面，所述HRS多肽结合人组织相 容性复合体（MHC)II型分子。在一些方面，所述核酸可操作地与表达调控序列偶联，且其中 所述核酸的表达引起耐受性。在一些方面，所述治疗组合物选自脂质体、胶束、乳剂和细胞 的递送载体。
[0098] 还包括降低组织炎症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合物包 含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细 胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。在一些方面，所述组织选自肌肉、肺和 皮肤。
[0099] 一些实施方案涉及降低肌肉或肺部炎症的方法，所述方法包括向对象给予治疗组 合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽；b)编码异源HRS多肽的重组核 酸；或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0100] 还包括治疗肌营养不良症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合 物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿 主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。在一些方面，所述肌营养不良症选 自：杜兴氏肌营养不良症、贝克氏肌营养不良症、埃-德氏肌营养不良症、肢-带型肌营养不 良症、面肩肱型肌营养不良症、强直性肌营养不良、眼咽型肌营养不良症、远端型肌营养不 良症和先天性肌营养不良症。
[0101] 一些实施方案涉及治疗横纹肌溶解症、肌肉萎缩、恶病质、肌肉炎症或肌肉损伤的 方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多 肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一 种异源HRS多肽。
[0102] 某些实施方案包括诱导对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的耐受的方法， 所述方法包括向对象给予治疗组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽， b)编码异源HRS多肽的重组核酸；或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异 源HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表位，且其中给予所 述组合物导致对所述自身抗原的耐受性。
[0103] 一些实施方案包括用于清除参与对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的自身 免疫应答的T细胞群或亚群的方法，所述方法包括向对象给予治疗组合物，所述组合物包 含以下中的一种或多种：a)HRS多肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；或c)重组宿主细 胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个被自身 抗体特异性识别的表位，且其中给予所述组合物导致自身反应性T细胞的克隆缺失。
[0104] 还包括在参与对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的自身免疫应答的T细胞 中诱导无能的方法，所述方法包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多 种：a) HRS多肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞 表达至少一种异源HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表 位，且其中给予所述组合物导致参与自身免疫应答的T细胞的功能失活。
[0105] 在一些实施方案中，用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶不足有关的疾病的替代疗 法，包括向有需要的对象给予治疗组合物，所述治疗组合物包含以下中的一种或多种：a) HRS多肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少 一种异源HRS多肽；或d)抗体或所述自身抗体特异性的结合蛋白；其中所述HRS多肽功能 性补偿了所述组氨酰-tRNA合成酶不足。
[0106] 还包括治疗炎性疾病或自身免疫疾病的方法，其包括向有需要的对象给予治疗组 合物，所述治疗组合物包含至少一种HRS多肽。
[0107] 在一些方面，在浓度高达约5xlO_7M的竞争性ELISA中，所述HRS多肽不显著性竞 争疾病相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的结合。
[0108] 在一些方面，所述HRS多肽长度为约10至约60个氨基酸。在一些方面，所述HRS 多肽长度为约60至约120个氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽长度为约120至约200个 氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽长度为约200至约400个氨基酸。在一些方面，所述HRS 多肽长度为约400至约500个氨基酸。在一些方面，所述HRS多肽为全长的。在一些方面， 所述HRS多肽在约残基505或506处被截短。在一些方面，所述HRS多肽具有至少一个半胱 氨酸残基的突变。在一些方面，所述半胱氨酸残基选自：Cysl74、Cy S191、CyS224、Cys235、 C455、Cys507和Cys509。在一些方面，所述HRS多肽包含至少一种D-氨基酸。在一些方 面，所述HRS多肽包含WHEP结构域。在一些方面，所述HRS多肽包含与SEQ ID NO: 1-23、 39、41、43、70-71、74-153、160-172或176-182中任一序列具有至少80%同一性的氨基酸序 列，或与表Dl、D3-D6或D8中的序列中任一序列具有至少80%、90%或95%同一性的氨基 酸序列。在一些方面，所述HRS多肽与异源蛋白融合。在一些方面，所述异源蛋白包含T细 胞配体。在一些方面，所述组合物被配制为用于经口、鼻内、肺部或肠胃外给药来递送。在 一些方面，所述疾病选自：炎性肌肉疾病，包括炎性肌肉疾病、多发性肌炎、皮肌炎和相关病 症、多发性肌炎-硬皮病重叠、包涵体肌炎（IBM)、抗合成酶综合征、间质性肺病、关节炎和 雷诺现象。在一些方面，所述表位是被来自对象的血清中的抗体识别的免疫优势表位。在 一些方面，所述HRS多肽结合人组织相容性复合体（MHC) II型分子。在一些方面，所述核酸 可操作地与表达调控序列偶联，且其中所述核酸的表达引起耐受性。在一些方面，所述治疗 组合物包含选自脂质体、胶束、乳剂和细胞的递送载体。
[0109] 还包括测定样品中HRS多肽或其片段的存在或水平的方法，其包括将所述样品与 特异性结合所述HRS多肽的一种或多种结合剂接触，并检测所述结合剂是否存在，从而确 定所述HRS多肽的存在或水平。
[0110] 一些实施方案包括测定抗-HRS多肽抗体对特定HRS多肽的表位特异性的方法，所 述方法包括将所述抗体与一种或多种HRS多肽接触，并检测是否存在结合剂，从而确定所 述抗体的表位特异性。在该方法的某些方面，所述HRS多肽长度达约80个氨基酸，且包含 WHEP结构域。
[0111] 一些实施方案包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身抗体有关的疾 病的方法，所述方法包括向有需要的对象给予治疗组合物，所述治疗组合物包含至少一种 HRS多肽，其中在浓度高达约ΙχΚΤΜ的竞争性ELISA中，所述HRS多肽不显著性竞争疾病 相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的结合。
[0112] 在本发明的另一个方面，所述HRS多肽可用于描述患者的特性以确定其Jo-I抗体 疾病负担。该特性描述使得能够将患者挑选到可从HRS多肽治疗获益的亚群中，预测可能 的治疗结果，和/或确定最适合用作治疗剂的HRS多肽。
[0113] 因此，某些实施方案涉及用于确定存在对HRS多肽给药具有不利的免疫应答的风 险的人对象的方法，其包括：a)测定对象中所述抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平 或表位特异性；和b)如果所述对象具有针对组氨酰-tRNA合成酶或所述HRS多肽的可检测 的抗体，则将所述对象确定为存在发展对HRS多肽给药的不利免疫应答的风险。在一些方 面，如果对象血清中具有的组氨酰-tRNA合成酶抗体的浓度大于约2微摩尔，则可将所述对 象确定为存在发展对HRS多肽给药的不利免疫应答的风险。在一些方面，如果对象血清中 具有的组氨酰-tRNA合成酶抗体的浓度大于约4微摩尔，则可将所述对象确定为存在发展 对HRS多肽给药的不利免疫应答的高风险。
[0114] 还包括挑选HRS多肽以治疗患有自身免疫或炎性疾病状况的人对象的方法，其包 括：a)测定对象中所述抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)挑选 相比野生型组氨酰-tRNA合成酶，具有针对抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的降低的亲和力 的HRS多肽。
[0115] 一些实施方案涉及预测人对象的疾病进展的方法，其包括：a)测定对象中所述 抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)如果所述对象具有针对组氨 酰-tRNA合成酶或所述HRS多肽的可检测的抗体，则将所述对象确定为存在发展更严重疾 病的风险。
[0116] 还包括预测对象对HRS多肽给药的应答的方法，其包括：测定对象中所述抗-组氨 酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)如果所述对象没有针对组氨酰-tRNA 合成酶或所述HRS多肽的可检测的抗体，则将所述对象确定为适于HRS多肽给药。
[0117] 在一些方面，如果对象血清中具有的组氨酰-tRNA合成酶抗体的浓度小于约1微 摩尔，则可将所述对象确定为适于HRS多肽给药。
[0118] 在一些方面，如果对象血清中具有的组氨酰-tRNA合成酶抗体的浓度小于约0. 1 微摩尔，则可将所述对象确定为适于HRS多肽给药。
[0119] 在一些方面，如果对象血清中具有的组氨酰-tRNA合成酶抗体的浓度大于约0. 01 微摩尔，则可将所述对象确定为适于HRS多肽给药。
[0120] 还包括用于体外免疫吸附来自细胞外体液的抗-组氨酰-tRNA合成酶（HRS)抗体 的方法，其包括：(a)提供已从对象获得的细胞外体液，将所述细胞外体液与吸附有至少一 种组氨酰-tRNA合成酶多肽的生物相容性固体载体接触，从而将所述抗-HRS抗体捕获在 固体载体上，和（c)将来自步骤（b)的所述细胞外体液重新输入至对象中。在一些方面， 抗-HRS抗体包括抗-Jo-I抗体。
[0121] 发明详述
[0122] 除非另有相反的具体指示，本发明的实施将采用本领域内分子生物学和重 组DNA技术的常规方法，为了说明的目的，它们中许多被描述于下文中。这类技术在 文献中有完整解释。参见例如，Sambrook，et al. ,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(3rd Edition,2000) ；DNA Cloning:A Practical Approach,vol.I & II (D. Glover,ed.) ；01igonucleotide Synthesis(N. Gait,ed., 1984) ；01igonucleotide Synthesis :Methods and Applications (P. Herdewijn, ed. , 2004) ；Nucleic Acid Hybridization(B. Hames & S. Higgins, eds. , 1985) ；Nucleic Acid Hybridization:Modern Applications (Buzdin and Lukyanov, eds. , 2009) !Transcription and Translation(B. Hames & S. Higgins,eds.,1984) ；Animal Cell Culture(R. Freshney,ed.,1986)； Freshney, R. I. (2005) Culture of Animal Cells, a Manual of Basic Technique, 5th Ed.Hoboken NJ,John Wiley & Sons ；B.Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning(3rd Edition 2010) ；FarrelI,R.,RNA Methodologies : A Laboratory Guide for Isolation and Characterization(3rd Edition2005).Poly(ethylene glycol),Chemistry and Biological Applications,ACS,Washington,1997 ； Veronese, F. , and J. M. Harris, Eds. , Peptide and protein PEGylation, Advanced Drug Delivery Reviews, 54 (4) 453-609 (2002) ；Zalipsky, S. , et al. , iiUse of functionalized Poly (Ethylene Glycols)for modification of polypeptides"，Polyethylene Glycol Chemistry:Biotechnical and Biomedical Applications。提供以上讨论的出版物仅针对 其在本申请递交日前的公开。不应将本文中的任何内容解释为承认本发明不能凭借在先发 明而享有比这些公开更早的日期。
[0123] 定义
[0124] 除非另有定义，本文所用的所有技术术语和科学术语均具有与本发明所属技术领 域的技术人员通常理解的相同的含义。虽然类似于或等同于本文所述那些的任何方法和材 料都可用于本发明的实施或测试中，但还是描述了优选的方法和材料。为了本发明的目的， 下面定义了下列术语。
[0125] 如本文所用，冠词"a"和"an"是指一个或多于一个（S卩，至少一个）该冠词的语 法宾语。举例来说，"元件（an element)"是指一个元件或一个以上的元件。
[0126] "约"是指相比参考数量、水平、值、数字、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度 变化多达30%、25%、20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%或1%的数量、 水平、值、数字、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度。
[0127] 术语"无能"是指T-细胞或B-细胞应答抗原再刺激的功能性失活。
[0128] 如本文所用，术语"氨基酸"是指天然存在的和非天然存在的氨基酸以及氨基酸类 似物和模拟物。天然存在的氨基酸包括在蛋白生物合成期间利用的20种（L)-氨基酸以及 其他氨基酸，例如，4-羟脯氨酸、羟赖氨酸、锁链素、异锁链素、同型半胱氨酸、瓜氨酸和鸟氨 酸。非天然存在的氨基酸包括例如，（D)-氨基酸、正亮氨酸、正缬氨酸、对氟苯丙氨酸、乙硫 氨酸等，其为本领域技术人员所知。氨基酸类似物包括天然和非天然存在的氨基酸的修饰 形式。这类修饰可包括例如，氨基酸上的化学基团和部分的取代或替换或者通过氨基酸的 衍生化。氨基酸模拟物包括例如，展示参照氨基酸的功能类似特性如电荷和电荷间距特性 的有机结构。例如，模拟精氨酸（Arg或R)的有机结构将具有正电荷基团，其以与天然存在 的Arg氨基酸类似的分子间隔定置，且具有与天然存在的Arg氨基酸侧链的e-氨基相同程 度的移动性。模拟物还包括受限的结构，以便维持氨基酸或氨基酸功能基团的最佳间距和 电荷相互作用。本领域技术人员知道或能确定什么结构能构成功能上等同的氨基酸类似物 和氨基酸模拟物。
[0129] 如本文所用，"有风险"发展疾病或不良反应的对象在用本文描述的方法治疗之 前，可能或可能没有患有可检测的疾病或疾病症状，且其可能或可能没有显示出可检测的 疾病或疾病症状。"有风险"表示对象具有一种或多种风险因素，其为与疾病发展相关的可 测量参数，如本文所述和本领域所知。相比没有一种或多种这些风险因素的对象，具有一种 或多种这些风险因素的对象具有更高的发展疾病或不良反应的可能性。
[0130] 如本文所用，"自身免疫疾病"是源于和针对个体自身的组织的疾病或病症。自 身免疫疾病或病症的实例，包括但不限于，炎症反应如炎性皮肤病，包括牛皮癣和皮炎（例 如，特应性皮炎）；系统性硬皮病和硬化症；与炎性肠病（如克罗恩氏症和溃疡性结肠炎） 有关的应答；呼吸窘迫综合征（包括成人呼吸窘迫综合征；ARDS);皮炎；脑膜炎；脑炎；葡 萄膜炎；结肠炎；肾小球性肾炎；过敏性疾病状况如湿疹和哮喘以及其他疾病状况，包括T 细胞浸润和慢性炎症反应；动脉粥样硬化；白细胞粘附缺陷症；风湿性关节炎；系统性红斑 狼疮（SLE);糖尿病（例如，I型糖尿病或胰岛素依赖性糖尿病）；多发性硬化症；雷诺氏综 合征；自身免疫性甲状腺炎；过敏性脑脊髓炎；干燥综合征（Sjorgen's syndrome);幼发型 糖尿病；和通常发现于结核病、肉状瘤病、多发性肌炎、炎性肌肉疾病、间质性肺病、肉芽肿 病和血管炎中的由细胞因子和T-淋巴细胞介导的急性和延迟性过敏症相关的免疫应答； 恶性贫血（阿狄森氏症）；包括白细胞渗出的疾病；中枢神经系统（CNS)炎性病症；多器官 损伤综合征；溶血性贫血（包括但不限于，冷球蛋白血症或库姆斯（Coombs)阳性贫血）；重 症肌无力；抗原-抗体复合物介导的疾病；抗肾小球基底膜病；抗磷脂综合征；过敏性神经 炎；格雷夫斯病（Graves' disease);朗-伊二氏（Lambert-Eaton)肌无力综合征；大疱性 类天疱疮；天疱疮；自身免疫性多内分泌腺疾病；Reiter病；僵人综合征；白塞氏（Bahcet) 病；巨细胞动脉炎；免疫复合物性肾炎；IgA肾病；IgM多发性神经病；免疫性血小板减少性 紫癜（ITP)或自身免疫性血小板减少症等。
[0131] 术语"结合"是指两个分子之间的直接结合，其由于例如，共价的、静电的、疏水的 和离子的和/或氢键的相互作用，包括诸如盐桥和水桥（water bridge)的相互作用。结合 蛋白包括例如，抗体和抗体替代物，包括结合剂，如本文所述。
[0132] 术语"克隆缺失"是指自身反应性T细胞的缺失（例如丢失或死亡）。克隆缺失主 要可在胸腺或其外围或二者获得。
[0133] 在整个本说明书中，除非上下文中另有要求，单词"包含（comprise/comprises/ comprising) "应理解为指包括所陈述的步骤或元件或者步骤或元件的组,但不排除其他步 骤或元件或者步骤或元件的组。"由…组成"是指，包括并限于短语"由…组成"后面的任何 内容。因此，短语"由…组成"表示所列出的元件是必需的或强制性的，且不可有其他成分。 "基本上由…组成"是指，包括所述短语后所列出的任何元件，并限于不干扰或有助于本公 开内容中所列元件的指定活性或作用的其他元件。因此，短语"基本上由…组成"是指，所 列元件是必需的或强制性的，但其他元件是可选的，且可以有或没有，取决于它们是否对所 列元件的活性或作用有实质影响。
[0134] "连续过程"是指可通过在该过程开始的时间点施加和在该过程终点结束的持续 功能来定义的过程。因此在当前语境下，连续过程的典型实例是这样的过程，其中某类体 液，通常为血液以恒定流量（即，基本上不间断的流量）从患者中移除，并且还以类似的恒 定流量再次输入至患者的过程。该过程被理解为与任何其他"不连续"的过程相反，其中 所述体液于某个时间在一个独立的过程中从患者中移除，任选地在另一时间以分批形式储 存并与吸附剂接触，并且在基本上独立于这两个第一过程下选择的另一时间再次输入至患 者。
[0135] 术语"无内毒素的"或"基本上无内毒素的"通常是指组合物、溶剂和/或容 器，其含有最多微量（例如，对于对象没有临床上的不良生理效应的量）的内毒素，且优 选为不可检测的量的内毒素。内毒素通常为与某些微生物如细菌（通常为革兰氏阴性 菌）有关的毒素，尽管内毒素也可见于革兰氏阳性菌如单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes)。最普遍的内毒素是发现于各种革兰氏阴性菌外膜上的脂多糖（LPS)或脂 寡糖（LOS)，其代表了这些细菌引起疾病的能力的主要致病性特征。人体中少量的内毒素即 可引起发烧、血压降低和激活炎症和凝聚以及其他不良的生理影响。
[0136] 因此，在药物生产中，通常需要从药物产品和/或药物容器中清除大多数或所有 微量的内毒素，因为甚至少量即可在人体引起不良影响。为此目的可使用除热原烘箱，因为 通常需要高于300°C的温度来分解大多数内毒素。例如，基于最初的包装材料如注射器或小 瓶，250°C的玻璃温度结合30min保持时间通常足以获得内毒素水平的3个对数的降低。本 发明还包括其他去除内毒素的方法，其包括例如，色谱法和过滤法，如本文所述和本领域所 知。还包括在真核细胞如哺乳动物细胞中制备并从中分离HRS多肽的方法，以降低（如果 没有消除）内毒素出现在本发明的组合物中的风险。优选为在无血清的细胞中制备并从中 分离HRS多肽的方法。
[0137] 可使用本领域所知的常规技术来检测内毒素。例如，利用来自鲎的血液的鲎溶解 产物检测法（Limulus Ameobocyte Lysate assay),其对检测内毒素的存在非常敏感。在 该检测中，由于强大的酶级联反应放大了该反应，极低水平的LPS可引起鲎溶解物的可检 测的凝聚。内毒素也可通过酶联免疫吸附检测（ELISA)来定量。处于基本上无内毒素时， 内毒素水平可为小于约 〇· 〇〇1、〇· 005、0· 01、0· 02、0· 03、0· 04、0· 05、0· 06、0· 08、0· 09、0· 1、 0· 5、L 0、L 5、2、2· 5、3、4、5、6、7、8、9 或 10EU/mg 的蛋白。通常，Ing 脂多糖（LPS)对应于约 I-IOEU0
[0138] "表位"是指抗原或其他大分子的该部分，其能够形成与抗体（或类似的蛋白）、抗 体替代物、结合剂或T细胞受体的可变区相互作用而产生结合相互作用。在抗体的情况下， 该结合相互作用可表现为与CDR的一个或多个氨基酸残基的分子间接触。抗原结合可涉及 CDR3或CDR3对。表位可为线性的肽序列（例如，"连续的"），或者可由非连续的氨基酸序 列组成（例如，"构象的"或"不连续的"序列，其可分别地或一起形成可识别的形状）。结合 蛋白可识别一种或多种氨基酸序列；因此一个表位可限定超过一种不同的氨基酸序列。通 过结合蛋白识别的表位可通过本领域技术人员熟知的肽图谱制作和序列分析技术来确定。 "隐蔽表位"或"隐蔽结合位点"是蛋白序列的表位或结合位点，其在未修饰的多肽或蛋白 复合体或多聚体中未暴露或基本上被保护而未被识别，但能够通过针对蛋白水解的多肽或 非复合的解离多肽的结合蛋白来识别。在未修饰的多聚体多肽结构中，未暴露或仅部分暴 露的氨基酸序列是可能的隐蔽表位。如果表位未暴露或仅部分暴露，那么其可能通过结合 其他蛋白或因子而被包埋在所述多肽内部或掩盖于所述多肽复合体中。候选的隐蔽表位例 如，可通过检查未修饰的多肽的三维结构来确认。
[0139] "表达调控序列"是指核酸或相应的氨基酸的调控序列，如启动子、前导序列、增 强子、内含子、RNA或DNA结合蛋白的识别基序、多聚腺苷酸化信号、终止子、内部核糖体进 入位点（IRES)、分泌信号、亚细胞定位信号等，其有能力影响宿主细胞中编码序列的转录 或翻译，或者亚细胞或细胞定位。示例性表达调控序列描述于Goeddel ;Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)〇
[0140] 术语"细胞外体液"是指哺乳动物的细胞外液。实例包括血液、腹水、血浆、淋巴液、 羊膜液、尿液、唾液和脑脊液。
[0141] 术语"异源的"已经引入生物体（如植物、动物或原核细胞）的核酸或蛋白，或者 源自另一来源或源自同一来源但位于不同（即，非天然）环境中的核酸分子（如染色体、载 体或核酸构建体）。
[0142] "同源性"是指相同的或为构成保守性替换的氨基酸的百分数。可采用序列比较程 序如GAP(Deveraux et al·，1984, Nucleic acids Researchl2, 387-395)来确定同源性，其 通过引用并入本文。以这种方式，通过在比对中插入空位，如通过例如GAP所用的比较算法 确定的空位，可将与本文引用的序列长度类似的或大幅不同的序列进行比较。
[0143] 术语"半最大有效浓度"或"EC5(I"是指如本文所述的试剂（例如，HRS多肽或其他 试剂）的浓度，在该浓度下其经某些特定的暴露时间后诱导的应答位于基线和最大值的中 间，因此分级的剂量应答曲线的EC 5tl表示观察到50%的其最大效果时的化合物浓度。EC5tl也 表示获得50%的体内最大效应所需的血浆浓度。类似地，"EC 9(I"是指观察到90%的其最大 效应时的试剂或组合物浓度。可从"EC5(I"和Hill斜率来计算"EC 9(I"，或者其可采用本领域 常规知识从数据直接确定。在一些实施方案中，抗体封闭剂的EC5tl小于约0. 01、0. 05、0. 1、 0·2、0·3、0·4、0·5、0·6、0·7、0·8、0· 9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、200 或50011]\1。在一些实施方案中，生物治疗组合物 具有的EC5tl值为约InM或更小。
[0144] 如本文所用，本发明的"免疫原性组合物"是指在动物如哺乳动物中引起免疫应答 的任何组合物。"免疫应答"是身体对外来物质的反应,并不意味着该反应的生理或病理结 果，即不一定给该动物带来保护性免疫力。免疫应答可包括以下中一种或多种：(a)细胞介 导的免疫应答，其包括胸腺（T细胞）应答暴露于抗原而产生淋巴细胞；和/或（b)体液免 疫应答，其包括应答抗原暴露而产生血浆淋巴细胞（B细胞），以及随后的产生抗体。
[0145] "分离的"是指材料基本上或实质上不含在其天然状态下通常伴随所述材料的组 分。例如，如本文所用，"分离的肽"或"分离的多肽"等包括从其天然细胞环境或与细胞其 他组分结合中体外分离和/或纯化的肽或多肽分子；即，所述材料与体内物质不显著结合。
[0146] 术语"调节"包括与对照相比通常以统计学上显著的或生理上显著的量"增加"、 "提高"或"刺激"，以及"减少"或"降低"。通常，"增加的"、"刺激的"或"增强的"量是"统 计学上显著的"量，并且可以包括增加为没有组合物（例如没有任何本发明的HRS多肽）或 对照组合物时样品或测试对象所产生的量的I. 1、1. 2、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30倍 或更多倍（如，500、1000倍）（包括其间的且大于1的所有整数和小数，如1. 5、1.6、1.7、 1.8等）。通常，"减少的"或"降低的"量为"统计学上显著的"量，且可以包括没有组合 物（没有试剂或化合物）或对照组合物时所产生的量减少了 1%、2%、3%、4%、5%、6%、 7%,8%,9%U0%>11%>12%U3%U4%U5%U6%U7%U8%U9%,20%,25%,30%, 35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95% 或 100%，包括 所有其间的整数。
[0147] 如本文中可互换地使用，术语"可操作地连接（operably/operatively linked) " 或"可操作地偶联（operatively coupled) "是指两个或更多个核苷酸序列或序列元件以允 许它们按其预期方式发挥功能的方式放置。在一些实施方案中，根据本发明的核酸分子包 含可操作地与编码重组蛋白的核苷酸序列连接的一个或多个DNA元件，其能够打开染色质 和/或维持染色质为打开状态。在其他实施方案中，核酸分子还可包含选自以下的一个或 多个DNA或RNA核苷酸序列：(a)能够增加翻译的核苷酸序列；(b)能够增加分泌重组蛋白 至细胞外的核苷酸序列；（c)能够增加 mRNA稳定性的核苷酸序列；和（d)能够结合反式作 用因子以调节转录或翻译的核苷酸序列，其中这类核苷酸序列可操作地与编码重组蛋白的 核苷酸序列连接。通常，而非必需地，所述可操作地连接的核苷酸序列为连续的，且必要时， 在阅读框内。然而，尽管能够打开染色质和/或维持染色质为打开状态的可操作地连接的 DNA元件通常位于编码重组蛋白的核苷酸序列的上游；其不一定与之邻近。可通过本领域 熟知的重组方法来可操作地连接各种核苷酸序列，例如，采用PCR方法，通过在合适的限制 位点连接或通过退火。如果不存在合适的限制位点，可根据常规实践使用合成的寡核苷酸 连接子或适配体。
[0148] 如本文所用，"非经典的"活性通常是指：i)本发明HRS多肽具有的新的非氨基酰 化生物活性，且完整的天然亲本蛋白没有在任何明显程度上具有该活性，或者ii)完整的 天然全长亲本蛋白所具有的活性，其中所述HRS多肽展现出：a)相比完整的天然全长亲本 蛋白，针对非经典活性具有明显更高（例如，大至少20 % )的特异性活性，或者b)相比经典 的胞质胞内隔室，在新的环境中展现该活性；例如，通过将该活性与完整的天然亲本蛋白具 有的其他活性分开，或者在胞外环境中。
[0149] "启动子"是能够结合细胞中的RNA聚合酶并启动下游（3'方向）编码序列的转 录的DNA调控区。如本文所用，所述启动子序列在其3'末端结合于转录起始位点周围并向 上游（5'方向）延伸，从而包含以高于背景可检测的水平启动转录所需的最小数目的碱基 或元件。转录起始位点（通过用核酸酶Sl图谱分析便利地确定）可发现于启动子序列和 负责结合RNA聚合酶的蛋白结合结构域（一致序列）内。真核生物启动子通常但非总是 可含有"TATA"盒和"CAT"盒。除了 -10和-35 -致序列，原核生物启动子还含有SD序列 (Shine-Dalgarno sequence)〇
[0150] 大量启动子，包括源自各种不同来源的组成型、可诱导的和可抑制的启动子为 本领域所熟知。代表性来源包括例如，病毒、哺乳动物、昆虫、植物、酵母和细菌细胞类 型，并且来自这些来源的合适启动子易于获得，或者可基于可在线公开获得的或者例如 从保藏库如ATCC以及其他商业或个人来源获得的序列通过合成制备。启动子可为单向 性的（即，在一个方向上启动转录）或双向性的（即，在3'或5'方向上启动转录）。启 动子的非限制性实例包括例如，T7细菌表达系统、pBAD(araA)细菌表达系统、巨细胞病 毒（CMV)启动子、SV40启动子、RSV启动子。可诱导启动子包括Tet系统（美国专利 第5, 464, 758和5, 814, 618号）、蜕皮激素可诱导系统（吣6七&1.，？1"〇(^恥七1^。&(1· Sci. (1996)93(8):3346-3351) ;T-REX? 系统（Invitrogen Carlsbad, CA)、LacSwitch? (51：四丨386116,3311〇丨68〇,04)和〇641?1'三苯氧胺可诱导重组酶系统（111(1四6丨31.池(3· Acid. Res. (1999) 27 (22) :4324-4327 ;Nuc. Acid. Res. (2000) 28(23) :e99;美国专利第 7, 112, 715 号；和 Kramer & Fussenegger, Methods Mol.Biol. (2005)308:123-144)，或者本 领域所知的适于在期望的细胞中表达的任何启动子。
[0151] 在某些实施方案中，组合物中任何给定试剂（例如，HRS多肽）的"纯度"可特别 定义。例如，某些组合物可包含以下纯度的试剂：至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、 94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%，包括其间的所有小数，其例如但不限于，通过高 效液相色谱（HPLC)测量的，HPLC是熟知的经常用于生物化学和分析化学来进行分离、鉴别 和定量化合物的柱层析形式。
[0152] 可互换使用的术语"多肽"和"蛋白"是指氨基酸残基的聚合物及其变体和合成的 类似物。因此，这些术语应用于氨基酸聚合物，其中一个或多个氨基酸残基为合成的非天然 存在的氨基酸，如相应天然存在的氨基酸以及天然存在的氨基酸聚合物的化学类似物。
[0153] 本文所用术语"预后"是指预测疾病症状的可能性，包括例如，疾病的复发、加重和 抗药性。本文所用术语"预测"是指对象或患者将有利地或不利地应答药物或一组药物例如 HRS多肽或其他试剂的可能性。在一个实施方案中，所述预测涉及这些应答的程度。在一个 实施方案中，所述预测涉及例如以特定治疗剂治疗后患者是否存活或改善并持续某段时间 无疾病复发，或其可能性。本发明的预测方法可通过为任何特定患者选择最合适的治疗方 式来在临床上用于做出治疗决定。本发明的预测方法在以下方面是有价值的工具：预测患 者是否可能有利地应答治疗方案如给定的治疗方案，包括例如，给予给定的治疗剂或组合、 外科手术干预、类固醇治疗等，或者在治疗方案后患者是否可能长期存活。
[0154] 如本文所用，"患者亚群"或可替换的"对象亚群"或其语法变体是指这样的患者亚 组，其特征在于具有一种或多种不同的可测量和/或可鉴别特征，该特征在其所属的较宽 疾病分类范围内将患者或对象亚组区别于其他个体。这类特征包括疾病亚类、性别、生活方 式、健康史、相关器官/组织、治疗史等。在一个实施方案中，患者或对象亚群由自身抗体水 平来表征。
[0155] "患者应答"或可替换的"对象应答"可采用显示对患者有利的任何终点来评 估，包括但不限于，（1)在某种程度上抑制疾病进展，包括减缓和完全阻止；(2)疾病发作 (episode)和/或症状的数目降低；(3)病灶大小减小；(4)抑制（S卩，降低、减缓或完全阻 止）疾病细胞浸润至邻近的周围器官和/或组织；（5)抑制（S卩，降低、减缓或完全阻止）疾 病扩散；(6)自身免疫应答降低，其可能但不一定导致病灶的退化或消除；（7)在某种程度 上缓解与病症有关的一种或多种症状；(8)增加治疗后无疾病表现的时长；和/或（9)降低 治疗后给定时间点的死亡率。
[0156] 术语"特异性"用于这样的情况，其中特异性结合对的一个成员对除了其特异性结 合伴侣以外的分子不表现出任何明显的结合。该术语也可用于当例如，抗原结合结构域对 许多抗原携带的特定表位具有特异性时，在这种情况下携带该抗原结合结构域的特异性结 合成员将能结合各种携带该表位的抗原。
[0157] "统计学上显著的"是指该结果不可能随机发生。可通过任何本领域所知的方法来 确定统计学上的显著性。通常用于测量显著性的方法包括P-值，如果零假设是真的，其为 所观察的事件将会发生的频率或可能性。如果所获得的P-值小于显著性水平，那么该零假 设被拒绝。在简单的情况下，显著性水平确定在P-值小于或等于0. 05。
[0158] 术语"可溶性"是指本文提供的抗体封闭剂溶解于液体溶剂中并形成均质溶液的 特性。通常可溶性表达为浓度,通过每单位容积的溶剂的溶质质量（每kg溶剂的溶质g、每 dL(lOOmL)的g、mg/ml等）、摩尔浓度、质量摩尔浓度、摩尔分数或其他类似的浓度描述。每 量的溶剂可溶解的溶质的最大平衡量，是在特定条件（包括溶剂的温度、压力、PH和性质） 下溶剂中该溶质的溶解度。在某些实施方案中，在生理pH或其他pH下测量溶解度，例如在 pH5. 0、pH6. 0、pH7. 0或pH7. 4。在某些实施方案中，在水或生理缓冲液如PBS或NaCl (有或 没有NaP)中测量溶解度。在具体的实施方案中，在相对较低的pH(例如，pH6.0)和相对较 高的盐（例如，500mM NaCl和IOmM NaP)中测量溶解度。在某些实施方案中，在生物流体 (溶剂）如血液或血清中测量溶解度。在某些实施方案中，所述温度可为约室温（例如，约 20、21、22、23、24、25°C )或约体温（37°C )。在某些实施方案中，HRS多肽在室温或37°C下 具有的溶解度为至少约 〇· 1、〇· 2、0· 3、0· 4、0· 5、0· 6、0· 7、0· 8、0· 9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、40、50、60、70、80、90 或 100mg/ml。
[0159] 如本文所用，"对象"包括展现症状或有展现症状的风险的任何动物，其可用本发 明的HRS多肽或抗体封闭剂进行治疗或诊断。合适的对象（患者）包括实验室动物（如小 鼠、大鼠、兔或豚鼠）、农场动物和家养动物或宠物（如猫或狗）。包括非人灵长类，和优选 人患者。
[0160] "实质上"或"基本上"是指几乎全部或完全地，例如，95 %或更多的某个给定量。
[0161] "治疗应答"是指基于给予的治疗应答（不论是否诱导了耐受性）改善了症状（不 论是否持久）。
[0162] 术语"耐受性"是指在一个其他方面基本上正常的免疫系统环境中，免疫系统对抗 原（例如，自身抗原）的持久的（例如，一个月或更长）特异性降低的应答性。耐受性不同 于一般的免疫抑制，其中所有的或一类中的所有如免疫应答的B细胞介导的免疫应答被降 低。"耐受化"是指产生耐受性状态的过程。
[0163] 如本文所用，术语"治疗有效量"、"治疗剂量"、"预防有效量"或"诊断有效量"是指 在给药后引起期望的生物学应答所需的药物例如HRS多肽或抗体的量。类似地，术语"HRS 多肽治疗"是指在患者血浆中维持高于最低有效治疗水平的HRS多肽平均稳定状态浓度的 治疗。
[0164] 如本文所用，"治疗（Treatment/treating) "包括对于疾病或疾病状况的症状或病 理学的任何期望的效果，且甚至可包括受治疗的疾病或疾病状况的一个或多个可测量标记 的最小变化或改善。"治疗"不一定表示疾病或疾病状况或其相关症状的完全根除或治愈。 接受该治疗的对象为任何有需要的对象。临床上改善的示例性标记对本领域技术人员来说 是显然的。
[0165] 如本文所用，术语"疫苗"广义上是指可给予至动物以引起针对疫苗或共给予的抗 原的保护性免疫应答的任何组合物。如本文所用，术语"保护"、"保护性免疫应答"或"保护 性免疫"描述特异性识别疫苗抗原的抗体或细胞系统的发展。
[0166] 术语"载体"、"克隆载体"和"表达载体"是指通过其可将DNA或RNA序列（例如， 外来基因）引入至宿主细胞以便转化宿主并促进所引入的序列的表达（例如，转录和翻译） 的运载工具。载体可包括质粒、噬菌体、病毒等，并且将在下文更详细地讨论。
[0167] 除非另有定义，本文所用的所有的技术术语和科学术语具有与本发明所属技术领 域的技术人员通常理解的相同的含义。虽然类似于或等同于本文所描述的那些的任何方 法、组合物、试剂、细胞都可用于本发明的实践或测试中，但本文还是描述了优选的方法和 材料。本说明书引用的所有出版物和参考文献，包括但不限于，专利和专利申请，通过引用 整体并入本文，如同明确地、个别地指出每篇出版物或文献以引用的方式并入本文，如同得 到完整叙述。本申请要求其优先权的任何专利申请也以上述出版物和文献所述的方式通过 引用整体并入本文。
[0168] 概述
[0169] 本发明涉及研发改善的治疗组合物、诊断和治疗炎症和自身免疫疾病的方法，且 在某些方面，涉及治疗炎性肌肉疾病和相关疾病和病症，包括与产生针对组氨酰-tRNA合 成酶的自身抗体、相关蛋白和其他抗体有关的肺部疾病。
[0170] 本发明还包括研发改善的治疗组合物、诊断和治疗具有第二炎性组分的疾病的方 法，所述第二炎性组分额外地加剧、保持或促使疾病发展，且其可由不相关的遗传缺陷或损 伤引起。
[0171] 在一些方面，相比现有治疗方法，这类治疗提供改善的疗效并展现明显改善的副 作用特性。
[0172] "炎症"通常是指组织对有害刺激如病原体、受损细胞（例如，伤口）和刺激物的生 物学应答。术语"炎症反应"是指实现和调节炎症的具体机制，包括（仅以说明的方式）免 疫细胞激活或迁移、细胞因子产生、血管舒张，包括释放细胞分裂素、纤维蛋白溶解和凝聚， 以及本文描述的和本领域所知的其他类型。
[0173] 慢性炎症的临床病征取决于疾病的持续时间、炎性病灶、病因和受影响 的解剖学区域。（参见例如，Kumar et al.，Robbins Basic Pathology-第 8 版， 2009Elsevier，London ;Miller，LM，Pathology Lecture Notes，Atlantic Veterinary Coll ege，Charlottetown，PEI，Canada)。慢性炎症与多种病理学状况和疾病有关，包括例如，自身 免疫症、过敏症、阿尔茨海默症、贫血、主动脉瓣狭窄、关节炎如风湿性关节炎和骨关节炎、 癌症、充血性心力衰竭、纤维组织肌痛、纤维变性、心脏病发作、肾衰竭、狼疮、胰腺炎、中风、 手术并发症、炎性肺病、炎性肠病、动脉粥样硬化、神经性病症、糖尿病、代谢性病症、肥胖症 和牛皮癣，以及本文描述的和本领域所知的其他类型等。因此，HRS多肽可用于治疗或控制 慢性炎症、调控任何一种或多种单个的慢性炎症反应，或治疗任何一种或多种与急性或慢 性炎症有关的疾病或疾病状况。
[0174] 用于评估炎症和其他疾病状况的标记和症状的标准，包括为了进行差别化诊断 以及为了监测治疗如确定治疗过程中是否给予了治疗有效剂量，例如通过根据已经被 接受的临床标准来确定改善，对本领域技术人员来说是显然的，并由以下教导所例示， 例如，Berkow et al.，eds·，The Merck Manual,第 16 版，Merck and Co. ,Rahway, N. J. , 1992 ；Goodman et al. , eds. , Goodman and Gilman' s, The Pharmacological Basis of Therapeutics,第 10 版，Pergamon Press, Inc. , Elmsford, N. Y. , (2001)； Avery' s Drug Treatment:Principles and Practice of Clinical Pharmacology and Therapeutics,第 3 版，ADIS Press, Ltd. , Williams and Wilkins, Baltimore, MD. (1987) ；Ebadi,Pharmacology, Little, Brown and Co. , Boston, (1985) ；0solci al. , eds. , Remington' s Pharmaceutical Sciences,第 18 版，Mack Publishing Co. , Easton, PA(1990) ；Katzung, Basic and Clinical Pharmacology, Appleton and Lange, Norwalk, CT(1992)。
[0175] 因此，一些方面包括降低组织炎症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所 述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重 组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。在一些实施方案中，所述组织 选自肌肉、肺和皮肤。
[0176] 某些方面包括降低与自身免疫疾病有关的肌肉或肺部炎症的方法，其包括向有需 要的对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS 多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0177] 还包括治疗与自身抗体有关的疾病的方法，其包括向有需要的对象给予治疗组合 物，所述治疗组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组 核酸，c)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽，或d)抗体或所述 自身抗体特异性的结合蛋白；其中所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表 位。
[0178] 一些方面包括诱导针对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)抗原的耐受性的方法，所述 方法包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异 源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多 肽；其中所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表位，且其中给予所述组合 物导致对所述自身抗原的耐受。
[0179] 某些方面包括降低或清除参与对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的自身免 疫应答的T细胞群或亚群的方法，所述方法包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下 中的一种或多种：a) HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞；其中 所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽；其中所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特 异性识别的表位，且其中给予所述组合物导致自身反应性T细胞的克隆缺失。
[0180] 还包括在参与对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的自身免疫应答的T细胞 中诱导无能的方法，所述方法包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多 种：a) HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞 表达至少一种异源HRS多肽；其中所述HRS多肽包含至少一个被自身抗体特异性识别的表 位，且其中给予所述组合物导致参与自身免疫应答的T细胞功能失活。这些和相关的实施 方案中的一些包括降低组氨酰-tRNA合成酶"自身抗原-激活的T细胞"和/或组氨酰-tRNA 合成酶"自身抗原-激活的B细胞"的存在或水平的方法。
[0181] 在一些实施方案中，患有与自身抗体有关的疾病的对象具有易患自身免疫疾 病或病症的遗传倾向。例如，在某些实施方案中，所述对象具有MHC II型同种异型如 HLA DR2、HLA DR3、HLA DR4、蛋白酪氨酸磷酸酶的突变、非受体型22(PTPN22)，以及通路 的调节异常如先天免疫系统的病原体识别受体和TNF超基因家族（参见例如，Rai and Wakeland, Semin. Immunology. 23:67-83, 2011)，其各自与某些自身免疫病症相关。
[0182] 一些方面包括用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶不足有关的疾病的替代疗法，包括 向有需要的对象给予治疗组合物，所述治疗组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽， b)编码异源HRS多肽的重组核酸，c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源 HRS多肽，或d)抗体或所述自身抗体特异性的结合蛋白；其中所述HRS多肽在功能上补偿 所述组氨酰-tRNA合成酶的不足。
[0183] 在一些替代疗法中，所述组氨酰-tRNA合成酶缺乏是由抗-Jo-I抗体的存在引起 的。在该替代疗法的某些方面，所述组氨酰-tRNA合成酶不足是由内源组氨酰-tRNA合成酶 中的突变引起的，其调节内源组氨酰-tRNA合成酶的活性、表达或细胞分布。在某些方面， 所述组氨酰-tRNA合成酶不足与Perrault综合征或Usher综合征有关。在一些方面，所述 组氨酰-tRNA合成酶不足与组织内或者受伤或炎症位点处的组氨酰-tRNA合成酶局部产生 不足有关。在某些方面，所述组氨酰-tRNA合成酶不足与横纹肌溶解症、恶病质和/或肌肉 损伤中的一种或多种有关。
[0184] 如本文所用，术语"耐受性"是指在哺乳动物尤其是人中对特定抗原的免疫应答的 持久降低或缺乏。耐受性不同于一般的免疫抑制，其中免疫应答的所有的或所有具体类型 的免疫细胞如B细胞介导的免疫应答被降低或消除。耐受性的发展可通过以单个或连续剂 量的治疗性HRS多肽给药后宿主对象血清中针对HRS多肽的抗体浓度的缺少或降低来常规 监测。耐受性的发展通常会足以降低患者中自身免疫疾病的症状，例如，患者可能会足够改 善从而在缺乏或存在减少量的常规免疫抑制剂例如皮质类固醇下维持正常活性。
[0185] 在这些方法或组合物的任一种中，通常耐受性为持久的，也即其具有的持续时间 为约1个月、约2个月、约3个月、约4个月、约5个月或约6个月或更长。耐受性可导致选 择性B-细胞无能或T-细胞无能或者二者。
[0186] 在这些方法、治疗和治疗组合物的任一种中，术语"与组氨酰-tRNA合成酶特异性 的自身抗体有关的疾病"是指其中针对组氨酰-tRNA合成酶的抗体被检测到或可检测到的 任何疾病或病症，而不管是否也检测到其他自身抗体，或认为其在疾病进展或缘由中起作 用。检测患者样品中的抗体的方法可采用任何标准程序来实施，包括例如通过RIA、ELISA、 通过免疫沉淀反应、通过组织或细胞（包括转染的细胞）染色、抗原微阵列、质谱分析、特异 性中和分析或本领域所知的用于鉴别期望的抗原特异性的众多其他方法中的一种。在一些 方面，抗体特异性可通过确定抗体选择性结合不同的剪接变体和截短的或蛋白水解形式的 组氨酰-tRNA合成酶的能力来进一步表征。针对组氨酰-tRNA合成酶的相对熟知的人自身 抗体包括例如，针对Jo-I的抗体。
[0187] 在一些实施方案中，所述HRS多肽包含来自组氨酰-tRNA合成酶的表位，其特异性 地与针对组氨酰-tRNA合成酶的疾病相关的自身抗体交叉反应。在本文要求保护的任何方 法和组合物的一些实施方案中，所述HRS多肽包含来自组氨酰-tRNA合成酶的表位，其特异 性地与针对组氨酰-tRNA合成酶的疾病相关的自身反应性T细胞交叉反应。在一些实施方 案中，所述HRS多肽包含特异性地与针对另一种tRNA合成酶的疾病相关的自身抗体或非 tRNA合成酶自身抗体交叉反应的表位。
[0188] 在一些实施方案中，所述HRS多肽包含被来自患者血清的大多数抗体特异性识别 的免疫优势表位，所述患者患有与针对组氨酰-tRNA合成酶的自身抗体有关的疾病。在一 些实施方案中，所述HRS多肽包含被来自患者血清的大多数自身反应性T细胞特异性识别 的免疫优势表位，所述患者患有与针对组氨酰-tRNA合成酶的自身抗体有关的疾病。
[0189] 在一些实施方案中，所述表位被包含于所述HRS多肽的WHEP结构域（SEQ ID N0:1 的约氨基酸1-43);所述氨基酰化结构域（SEQ ID NO: 1的约氨基酸54-398);或所述反密码 子结合结构域（SEQ ID NO: 1的约氨基酸406-501)或它们的任何组合内。
[0190] 在一些实施方案中，所述HRS多肽不包含特异性地与针对组氨酰-tRNA合成酶的 疾病相关的自身抗体交叉反应的表位。在一些实施方案中，在浓度高达约IxKT 7M的竞争 性ELISA中，所述HRS多肽不显著性竞争疾病相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的结 合。在一些实施方案中，在浓度高达约5xlO_ 7M的竞争性ELISA中，所述HRS多肽不显著 性竞争疾病相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的结合。在一些实施方案中，在浓度高 达约IxKT 6M的竞争性ELISA中，所述HRS多肽不显著性竞争疾病相关的自身抗体与组氨 酰-tRNA合成酶的结合。
[0191] 因此，在一些实施方案中，如在竞争性ELISA中所测，相比野生型组氨酰-tRNA合 成酶（SEQ ID NO: 1)，所述HRS多肽具有更低的对疾病相关的自身抗体的亲和力。在一些 实施方案中，相比疾病相关的自身抗体对野生型人（SEQ ID N0:1)的亲和力，所述HRS多肽 具有的对疾病相关的自身抗体的表观亲和力至少要小约10倍、或至少小约20倍、或至少小 约50倍、或至少小约100倍。在一些方面，针对组氨酰-tRNA合成酶的所述自身抗体是针 对Jo-I抗原。
[0192] 与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身抗体有关的疾病（以及与组氨酰-tRNA合成 酶不足有关的疾病）的实例，包括但不限于，自身免疫疾病、炎性疾病和炎性肌肉疾病，包 括炎性肌肉疾病、多发性肌炎、他汀类诱导的肌肉疾病、皮肌炎、间质性肺病（和其他肺纤 维变性疾病状况）和相关病症，如多发性肌炎-硬皮病重叠和包涵体肌炎（IBM)以及如在 抗合成酶综合征中发现的疾病状况，包括例如间质性肺病、关节炎、食管蠕动障碍、心血管 疾病和其他血管临床表现如雷诺现象；与组氨酰-tRNA合成酶不足有关的疾病的其他实例 包括导致活性组氨酰-tRNA合成酶不足的遗传疾病,包括Usher综合征和Perrault综合 征。组氨酰-tRNA合成酶不足的疾病的其他实例包括与组织中或受伤或炎症位点处组氨 酰-tRNA合成酶局部产生不足相关的炎性疾病和病症。在某些方面，所述组氨酰-tRNA合 成酶不足与横纹肌溶解症、恶病质和/或肌肉损伤中的一种或多种有关。
[0193] 在某些实施方案中，通过封闭抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的结合、作用或产生， 本文描述的组合物和方法可用于治疗众多与抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体、其他自身抗体 有关的自身免疫和炎性疾病与病症，以及与组氨酰-tRNA合成酶不足有关的疾病。
[0194] 此外，给予本发明的HRS多肽，通过恢复组氨酰-tRNA合成酶的浓度（在不存在 抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体下）可调节局部炎症反应，其可有效治疗众多炎性疾病和病 症，以及其中炎症为原发性疾病例如患有肌营养不良症情况下而继发引起的疾病。
[0195] 某些实施方案包括治疗肌肉炎的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述 组合物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核酸，或iii) 重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。在一些实施方案中，所述肌 肉炎是多发性肌炎。在一些实施方案中，所述肌肉炎是皮肌炎。
[0196] 一些实施方案包括治疗包涵体肌炎（IBM)的方法，其包括向有需要的对象给予组 合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核 酸，或iii)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0197] 还包括治疗青少年肌肉炎的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合 物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核酸，或iii)重组 宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0198] 某些实施方案包括治疗他汀类诱导的肌肉疾病的方法，其包括向有需要的对象给 予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：i) HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组 核酸，或iii)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。在一些实施 方案中，所述他汀类为西立伐他汀。
[0199] 一些实施方案包括治疗间质性肺病（ILD)的方法，其包括向有需要的对象给予组 合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核 酸，或iii)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0200] 某些实施方案包括治疗Usher综合征的方法,其包括向有需要的对象给予组合 物，所述组合物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核酸， 或iii)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。某些实施方案包括 治疗1型Usher综合征的方法。一些实施方案包括治疗2型Usher综合征的方法。某些实 施方案包括治疗3型Usher综合征的方法。
[0201] 一些实施方案包括治疗Perrault综合征（PS)的方法，其包括向有需要的对象给 予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：i) HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组 核酸，或iii)重组宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0202] 还包括治疗肌营养不良症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合 物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核酸，或iii)重组 宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。在一些方面，所述肌营养不良症 选自：杜兴氏肌营养不良症、贝克氏肌营养不良症、埃-德氏肌营养不良症、肢-带型肌营养 不良症、面肩肱型肌营养不良症、强直性肌营养不良、眼咽型肌营养不良症、远端型肌营养 不良症和先天性肌营养不良症。
[0203] 还包括治疗恶病质的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合物包含 以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核酸，或iii)重组宿主细 胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0204] 还包括治疗横纹肌溶解症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合 物包含以下中的一种或多种：i)HRS多肽，ii)编码异源HRS多肽的重组核酸，或iii)重组 宿主细胞；其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
[0205] 某些示例性炎症或自身免疫病症在下文有更为详细地描述。
[0206] 多发性肌炎影响身体两侧的骨骼肌（与运动有关）。其很少见于低于18岁年龄的 人；大多数情况发病于31-60岁年龄的人群。除了以上所列的症状，进行性肌无力导致以下 方面的困难：吞咽、说话、从坐着的位置起来、爬楼梯、举物或够到头顶处。患有多发性肌炎 的人也可能经历关节炎、呼吸短促和心律失常。
[0207] 皮肌炎的特征在于进行性肌无力之前或同时的皮疹。皮疹呈斑片状，具有紫色或 红色斑点，其典型地发病于眼皮和用于扩展或伸直关节包括指关节、肘、膝和脚趾的肌肉 上。红色的皮疹也可能出现在脸部、颈部、肩部、胸部上方、背部和其他位置，并有可能在受 影响区域发生肿胀。有时发生皮疹而无明显肌受累。患皮肌炎的成人可能经历体重减轻或 轻度发热、具肺部炎症并对光敏感。成人皮肌炎，不像多发性肌炎，可伴随乳腺、肺、女性生 殖器或肠的肿瘤。患皮肌炎的儿童和成人可能发生钙沉积，其表现为皮肤下或肌肉中的硬 肿块（称为钙质沉着症）。钙质沉着症最常发生在发病后1-3年，但可能会在许多年后发 生。相比成人中发生的皮肌炎，这些沉积更长见于儿童皮肌炎中。皮肌炎可能与胶原-血 管病或自身免疫疾病相关。
[0208] 在一些多发性肌炎和皮肌炎的情况下，随着疾病的发展远端肌肉（远离身体躯 干，如那些在前臂及脚踝和手腕周围的肌肉）可能会受到影响。多发性肌炎和皮肌炎可能 与胶原血管病或自身免疫疾病相关。多发性肌炎也可能与感染性病症相关。
[0209] 包涵体肌炎（IBM)的特征在于进行性肌无力和萎缩。肌无力的发病通常是渐进的 (几个月或几年）并影响近端和远端肌肉。肌无力可能会仅影响身体的一侧。称为空泡的 小孔有时在受影响的肌肉纤维的细胞中可见。摔倒和绊倒通常是IBM的第一明显症状。对 于某些人来说，病症开始于手腕和手指乏力而造成难以捏、扣和抓住物体。还可能存在手腕 和手指肌肉乏力及前臂肌肉和腿上的股四头肌的肌肉萎缩（变瘦或肌肉体积减小）。吞咽 困难发生于约一半的IBM病例。该疾病的症状通常开始于50岁以后，尽管该疾病可能更早 发生。不像多发性肌炎和皮肌炎，IBM发病在男性中比在女性中更频繁。
[0210] 青少年肌肉炎与成人皮肌炎和多发性肌炎有些相似性。其通常影响2-15岁的儿 童，症状包括近端肌无力和炎症、水肿（身体组织内的流体异常聚集而引起水肿）、肌肉疼 痛、疲劳、皮疹、腹痛、发热和挛缩（由肌肉肌腱炎症引起的肌肉或关节周围肌腱的慢性缩 短，其妨碍关节的自由运动）。患青少年肌肉炎的儿童也可能有吞咽和呼吸的困难，且心脏 也可能受影响。约20%-30%患青少年皮肌炎的儿童发展了钙质沉着症。受影响的儿童可 能不会显示高于正常水平的血液中肌肉酶肌酸激酶，但具有高于正常水平的其他肌肉酶。
[0211] 他汀类诱导的肌肉疾病与长期使用他汀类有关，他汀类通过抑制3-羟基-3-甲基 戊二酰辅酶A还原酶（HMGCR)起作用。这些药物通常具有良好的耐受性并被描述为肌肉毒 性的诱发剂。最近以来，有报道称甚至停药后患者的他汀类肌肉疾病还在持续，其被假设为 有自身免疫性原因。他汀类在减少冠心病和冠状动脉粥样硬化进展上的好处无可争议。然 而，相关的并发症可危及生命。在美国有超过3800万人目前估计在服用他汀类，而这些人 多达中7% (> 260万）的人预测会发展肌肉症状，且其中达0.5% (> 19万）可能会继 续发展危及生命的肌肉疾病。
[0212] 所有的他汀类均可导致肌肉问题并且风险随着其亲脂性、降低胆固醇的效能和剂 量的增加而增加。西立伐他汀尤其已被确定为具有较高风险，且它已经退出美国市场。在 其余的他汀类中，阿托伐他汀和辛伐他汀具有较高的肌肉毒性率。其他非他汀类降脂药剂 如烟酸和贝特类（fibrate)也有引起肌肉问题的风险，特别是当结合他汀类时。虽然不可 能预测什么样的患者会有他汀类诱导的肌肉问题，现有的肌肉问题可能是一个危险因素， 且应在开始他汀类治疗时加以考虑。如果患者可能是遗传肌肉疾病的携带者，则与家族肌 肉疾病史相关，因为其可能由于他汀类治疗增加的压力而显现。其他风险因素可包括：年 龄超过80岁、低体重、性别为女性、甲状腺功能减退症、某些遗传缺陷和亚洲血统，以及某 些药物的同时使用，包括钙通道阻滞剂、大环内酯类抗生素、奥美拉唑、胺碘酮、唑类抗真菌 药、组胺H 2受体拮抗剂、奈法唑酮，环孢菌素、HIV蛋白酶抑制剂、华法林和葡萄柚汁。
[0213] 他汀类造成的最常见症状是肌肉疼痛或肌痛症，且其发生于约7%的他汀类使用 者。肌痛症可为轻微至严重的任何层次，并往往由于肌肉活动而恶化。如果症状是可以容 忍的且他汀类治疗效果明显，例如，在高胆固醇血症和近期心肌梗塞的患者中，持续他汀类 治疗可能是合适的。
[0214] 开始他汀类治疗之前，指导他汀类治疗的组织并不一律推荐基线肌酸激酶（CK) 水平，但如果以后发展肌肉症状，CK水平可提供非常有用的信息。肌无力也可能发生，其特 征是易疲倦并结合有疼痛和CK升高。像大多数肌肉疾病一样，所述无力在近端最明显。极 少发生的横纹肌溶解症也伴随他汀类治疗发生；这些是不太常见的但可能是致命的。通过 肌肉组织学可看到的最典型的他汀类肌肉疾病变化为，细胞色素氧化酶阴性纤维、脂肪含 量增加和破碎红纤维。自身免疫性坏死性肌肉疾病是一种罕见的他汀类肌肉疾病。在这些 患者中，他汀类停药，甚至在停药几个月后并没有转变为恢复。患者有主要为近端的常常为 无痛的无力。
[0215] 诊断是基于个人的病史、体检和肌肉强度检测的结果，以及显示各种肌酶和自身 抗体水平升高的血液样本进行。诊断工具包括，用于记录在收缩和休息时控制肌肉的电活 动的肌电图、用于查找肌肉炎症的超声，以及用于显示异常肌肉和评估肌肉疾病的磁共振 成像。可通过对慢性炎症、肌纤维的死亡、血管畸形或IBM诊断特异性的改变的显微镜检查 来进行肌肉活检。皮肤活检可显示皮肌炎患者皮肤层的变化。
[0216] 间质性肺病（ILD)是包括多于130种病症的一大类肺病，其特征在于疤痕形成 (即，"纤维变性"）和/或肺部炎症。ILD占肺病专家所见病例的15%。间质性肺病（ILD) 可发展自从其他疾病到环境因素的各种来源。一些已知的ILD原因包括：结缔组织或自身 免疫疾病，包括例如，硬皮病/进行性系统性硬化症、狼疮（系统性红斑狼疮）、风湿性关节 炎和多发性肌炎/皮肌炎；职业和环境暴露，包括例如，暴露于粉尘和某些气体、有毒物、化 疗和放射治疗。
[0217] 在ILD中，肺组织发生炎症和/或出现疤痕。肺的间隙包括在小血管和肺泡（气 囊）内部和周围的区域，其为氧气和二氧化碳发生交换的地方。该间隙的炎症和疤痕形成 破坏该组织并导致肺部从空气中获取氧气的能力下降。
[0218] ILD的进展在疾病之间和患者之间各不相同。因为间质性肺病扰乱了氧气和二氧 化碳在肺部的运输，其症状通常表现为呼吸问题。两种最常见的ILD症状是运动呼吸急促 和无痰干咳。
[0219] Usher综合征是影响听力和视力的最常见的疾病状况。Usher综合征主要症状是 丧失听力和视网膜色素变性（RP)。RP通过视网膜的进行性变性导致夜盲和周边视觉（侧 视觉）丧失。随着RP的进展，视野缩小到仅保留有中央视力。许多Usher综合征患者也 有严重的平衡问题。所有耳聋儿童的约3% -6%和另外听觉困难儿童的3-6%患有Usher 综合征。在发达国家如美国，每10万新生儿中约有4名婴儿患有Usher综合征。Usher综 合征作为常染色体的隐性性状而遗传。数个基因位点已确认与Usher综合征有关，包括 组氨酰-tRNA 合成酶（Puffenberger et al.，（2012)PLoS 0NE7(l)e28936doi:10. 1371/ journal, pone. 0028936)。
[0220] Usher综合征有3种临床类型：1型、2型和3型。在美国最常见的类型为I型和2 型。总体上它们占所有患Usher综合征儿童病例的约90% -95%。
[0221] 患1型Usher综合征的儿童在出生时就深度耳聋，并有严重的平衡问题。由于与 1型Usher综合征有关的平衡问题，患该病症的儿童在没有支持时坐下缓慢且通常在18个 月大以前没法独立行走。这些儿童通常在幼儿期，几乎总是在他们到10岁时开始发生视力 问题。视力问题最常开始于夜间视物困难，但往往进展迅速直到人完全失明。
[0222] 患2型Usher综合征的儿童出生时有中度至严重的失聪和正常的平衡。尽管听力 丧失的严重性不同，大多数这些孩子可受惠于助听器，并可以进行口头交际。2型Usher综 合征的视觉问题往往进展比1型慢，RP发作往往不明显，一直到青少年。
[0223] 患3型Usher综合征的儿童出生时有正常的听力。尽管大多数患该病症的儿童具 有正常至接近正常的平衡，一些人后来可能发生平衡问题。听力和视力随时间而恶化，但即 使在同一个家庭，它们下降的速度可因人而异。3型Usher综合征患者可到青少年时期发生 听力丧失，且通常他或她到中年至晚年需要助听器。夜盲症通常在青春期期间的某个时间 开始发生。盲点到青少年晚期至成年早期以及到中年出现，该人通常是法定盲人。
[0224] Perrault综合征的特征在于女性卵巢发育不全与感官神经性听力障碍的关联，并 且在某些对象中为神经系统异常，包括进行性小脑共济失调和智力缺陷。Perrault综合征 的确切患病率是未知的且很可能诊断不足，尤其是在性腺功能减退症不是一个特征且该综 合征仍然未发现的男性中。患感官神经性耳聋的女性呈现青春期延迟后的平均诊断年龄为 22岁。在所有报告的病例中除了一例以外均可见到听力缺陷（平均诊断年龄为8岁）。听 力丧失总是感官神经性和双侧的，但即使来自同一个家庭的受影响患者其严重程度也不一 样（从轻微到深度）。卵巢发育不全已在所有女性病例中有报道，但在男性中没有检测到性 腺缺陷。闭经一般为原发性的，但继发性闭经也有报道。延迟生长（身高低于第三百分位 数）在一半的有记录的病例中有报道。神经系统异常的准确频率是未知的，但已报道有9 位女性和2位男性（16-37岁大）没有神经系统异常。神经系统病征是进行性的且一般出 现在生命晚期，然而，行走延迟或早期频繁跌倒已在年轻的PS患者中观察到。常见的神经 系统病征是共济失调、运动障碍、眼外肌运动受限和多发性神经疾病。伴有脊柱侧弯的某些 病例也有报道。PS的传递是常染色体隐性的，且线粒体组氨酰tRNA合成酶中的突变最近被 确定为能导致与Perrault综合征相关的卵巢发育不全和感官神经性听力丧失（Pierce et al·，（2011) PNAS USA. 108(16)6543-6548)。
[0225] 肌营养不良症是指一组遗传病症，其中力量和肌肉体积逐渐减小。所有肌营养不 良症的标志为肌无力，其由于在一个或多个肌肉特异性基因中的原发性基因缺陷所引起。 此外，肌营养不良症通常具有可变的炎性组分，其引起肌肉炎症并最终促使肌肉组织变性。 至少9种肌营养不良症被普遍了解。
[0226] 杜兴氏肌营养不良症（DMD) :DMD影响年幼的男孩，导致进行性肌无力，通常开始 于腿部。其为最严重形式的肌营养不良症。在美国3, 500个男性新生儿中约有1个出现 DMD，且影响到约8, 000个男孩和年轻男士。在极少女性携带者中有较轻微形式出现。
[0227] DMD是由编码抗肌萎缩蛋白的基因的突变引起，其为一种在抗肌萎缩蛋白相关的 糖蛋白复合物（DGC)中起作用的亚肌纤维膜蛋白，阻止功能蛋白的生产。抗肌萎缩蛋白的 量与疾病的严重性相关（即，存在的抗肌萎缩蛋白越少，其表型越严重）。DGC复合体连接 细胞内细胞骨架与细胞外基质。DGC集中在肌节的Z线并使得力传递穿过肌肉纤维。破坏 这一环节导致膜不稳定，其最终导致肌纤维膜的破裂。细胞外钙离子涌入改变了分子过程 如肌肉收缩，并激活蛋白水解酶活性。受影响的肌肉纤维坏死或凋亡，并释放促有丝分裂的 化学诱导物，其引发炎症过程。变性和再生循环最终导致不可逆的肌肉萎缩并被纤维和脂 肪组织替代。
[0228] 患有杜兴氏肌营养不良症的男孩通常在成为学龄前儿童时开始表现症状。腿首先 受到影响，造成行走困难，并导致平衡问题。大多数患者走路比预期晚3-6个月且奔跑有困 难。挛缩（永久性的肌肉收紧）通常开始于5或6岁，在小腿肌肉处最严重。在该阶段开 始频繁发生跌倒和骨折。爬楼梯和无协助的上升可能到9或10岁时成为不可能的，而大多 数男孩使用轮椅移动直到12岁。在这个年龄左右的躯干肌肉弱化往往导致脊柱侧弯（侧 向脊柱弯曲）和驼背（前后弯曲）。
[0229] DMD -个最严重的无力是隔膜无力，其为腹腔顶部完成呼吸和咳嗽的主要工作的 肌肉薄片。隔膜无力导致降低的活力和耐力，且因不能有效咳嗽而增加肺部感染。患DMD 的年轻人可以活到20多岁和以上，前提是有机械通气辅助和良好的呼吸卫生。
[0230] 在一些实施方案中，患DMD的对象具有一个或多个以下特征：阳性高尔斯病征 (Gower' s sign)、下肢肌肉反射性损伤、血液中高水平的肌酸激酶（CPK-MM)、Xp21基因中 的遗传错误，或者例如通过肌肉活检测量的抗肌萎缩蛋白水平降低或不存在。
[0231] HRS组合物可单独或与其他疗法结合用于治疗DMD，如反义寡核苷酸（例如，外显 子跳跃疗法如Eteplirsen)、糖皮质激素 、β 2-受体激动剂、物理治疗、呼吸支持、干细胞治 疗和基因替代疗法。在一些实施方案中，给予HRS多肽导致在6分钟步行测试中具有统计 上显著的改善。
[0232] 贝克氏肌营养不良症（BMD) :BMD在相比DMD更轻微的过程后影响较大的男孩和年 轻男士。3万个男性新生儿中约1个发生BMD。贝克氏肌营养不良症是杜兴氏肌营养不良 症的更低严重性的变体，其由截短的但具部分功能形式的抗肌萎缩蛋白的产生而引起。
[0233] BMD的症状通常出现在童年后期至成年早期。尽管症状的进展可与DMD的症状并 行，其症状通常更轻微且过程更具变化。可能发生脊柱侧弯，但通常更轻微且进展更缓慢。 心肌病（心脏肌肉疾病）更经常发生在BMD中。问题可能包括心跳不规则（心律失常）和 充血性心力衰竭。症状可包括疲劳、气短、胸痛和头晕。呼吸无力也有发生，并可能导致需 要机械通气。
[0234] 埃-德氏肌营养不良症（EDMD) :EDMD影响年轻男孩，导致挛缩和小腿无力、肩膀和 手臂上无力，以及电脉冲通过心脏以使其跳动的方式上出现的问题（心脏传导缺陷）。有3 种埃-德氏肌营养不良症亚型，由它们的遗传模式来区别：χ-连锁、常染色体显性和常染色 体隐性。X-连锁的形式是最常见的。每种类型的患病率和症状不同。这种疾病是由LMNA 基因，或更常见的是EMD基因的突变引起。这两个基因编码核被膜的蛋白成分。
[0235] EDMD通常开始于儿童早期，经常在肌无力之前伴随有挛缩。起初无力影响到肩和 上臂，随之影响小腿肌肉，导致足下垂。患EDMD的大多数男人可活到中年，尽管如果不用起 搏器治疗，心脏节律缺陷（心脏传导阻滞）可能致命。
[0236] 肢-带型肌营养不良症（LGMD) :LGMD开始于童年后期至成年早期并影响男性和 女性，造成臀部和肩部周围肌肉无力。它是最具变化的肌营养不良症，且这种病的几种不同 形式目前已被了解。许多疑似患LGMD的人可能在过去被误诊，因此该病的患病率是很难估 计。在美国的受影响的人数可能为小几千。
[0237] 尽管有至少半打基因引起各种类型的LGMD，LGMD的2种主要临床类型通常是公认 的。一种严重的童年形式看起来类似于DMD，但作为常染色体隐性性状而遗传。
[0238] 肢带型肌营养不良症2B型（LGMD2B)是Dysferlin基因中的失去功能的突变所造 成。Dysferlin主要在骨骼肌和心肌中表达，但也在单核细胞、巨噬细胞和其他组织中表达， 其中它被定位于细胞质小泡和细胞膜。Dysferlin似乎参与膜融合和转运以及修复过程。 LGMD2B是迟发性（青少年/年轻成人）肌肉疾病，其特征是进行性对称肌无力，尤其是侵袭 性免疫/炎症病理。肌肉活检通常表现出明显的炎症细胞浸润，主要由巨噬细胞/巨噬细 胞活化标志物（HLA-DR，HLA-ABC，⑶86)、⑶8+细胞毒性T细胞和⑶4+T细胞，以及肌纤维变 性/再生组成。
[0239] LGMD的成人发病症状症通常出现在人十几岁或二十几岁时，且其标志为进行性无 力和最靠近躯干处肌肉的萎缩。可能发生挛缩，且行走能力通常在发病后约20年失去。患 LGMD的有些人发生呼吸无力而需要使用呼吸机。可能在一定程度上缩短寿命。（常染色体 显性形式通常发生在生命后期且进展相对缓慢。）
[0240] 面肩肱型肌营养不良症（FSH) :FSH也称Landouzy-Dejerine病，开始于童年后期 至成年早期并影响男性和女性，造成面部、肩部和上臂肌肉无力。臀部和腿部也可受影响。 在美国每2万人中约1人出现FSH，且影响到约13, 000人。
[0241] 甚至在同一个家庭的成员中，FSH的严重性和发病年龄也不同。症状通常开始于十 几岁或二十出头，尽管婴儿或儿童期也可能发病。症状往往在那些更早发病的人中更严重。 这种疾病以身体受疾病影响最严重的部位命名：脸部（面）、肩（肩胛）和上臂（肱骨）的 肌肉。臀部和腿部可能一样会受到影响。患FSH的儿童经常发生部分或完全耳聋。
[0242] FSHD需要有两个缺陷，第一个是D4Z4重复的缺失，而第二个是DUX4基因的"毒性 功能获得"。第一个引起注意的症状往往是难以将物体提升到肩膀以上。一边的无力可能 比另一边更大。肩部无力也使肩胛骨向后伸，称为翼状肩胛。
[0243] 强直性肌营养不良：强直性肌营养不良也称Steinert病，影响男性和女性，导致 首先见于脸部、足部和手部的普遍无力。它伴随有无法放松受影响的肌肉（肌强直）。症 状可能从出生开始到成人期。强直性肌营养不良症1型（DMl)是最常见形式肌的营养不良 症，在美国影响了超过3万人。其源于DMPK(强直性肌营养不良蛋白激酶）基因 DNA序列 的短（CTG)重复的扩增。强直性肌营养不良症2型（DM2)要少见得多，其源于ZNF9(锌指 蛋白9)基因的CCTG重复的扩增。
[0244] 强直性肌营养不良的症状包括面部无力和下巴松弛、眼睑下垂（上眼睑下垂症） 及前臂和小腿肌肉萎缩。患有该肌营养不良症的人难以放松其抓握，尤其是如果物体是冷 的时。强直性肌营养不良影响心脏肌肉而导致心律失常和心脏传导阻滞，并影响消化系统 的肌肉而导致运动病症和便秘。身体的其他系统也受到影响：强直性肌营养不良可能导致 白内障、视网膜变性、低智商、前额秃头、皮肤病、睾丸萎缩、睡眠呼吸暂停和胰岛素抵抗。由 于其减少的动力，通常对睡眠的需要和欲望增加。严重残疾在发病20年内影响患有这种类 型的营养不良的大多数人，尽管大多数人即使在生命的晚期也不需要轮椅。HRS组合物可用 于治疗强直性肌营养不良，例如，通过减少与肌肉组织相关的炎症，包括骨骼肌（例如，股 四头肌肌肉）和/或心脏组织以及其他组织。
[0245] 眼咽型肌营养不良症（OPMD) :0PMD影响两种性别的成人，导致眼肌和喉部无力。 其最常见于魁北克的法裔加拿大家庭和美国西南部的西班牙裔美国人家庭。
[0246] OPMD通常开始于一个人的30或40多岁，伴有控制眼睛和喉部肌肉的无力。症状 包括眼睑下垂、吞咽困难（吞咽障碍），且无力发展到脸部、颈部和偶尔上肢的其他肌肉。吞 咽困难可能会引起吸入或将食物或唾液引入气管。随之可能引发肺炎。
[0247] 远端型肌营养不良症（DD) :DD开始于中年或更晚，导致手脚的肌肉无力。在瑞典 最常见，而在世界其他地区罕见。DD通常开始于20或30多岁，伴有手、前臂和小腿无力。 精细运动如打字或紧固钮扣的困难可能是第一症状。症状发展缓慢，通常该疾病不影响寿 命。
[0248] 先天性肌营养不良症（CMD) :CMD从出生就呈现，其导致普遍无力且通常发展缓 慢。一种称为福山型CMD的亚型也涉及精神发育迟滞。二者均很少见；福山型CMD在日本 更常见。
[0249] CMD从出生时的标志即为严重肌无力，婴儿表现得"很懒散"而很少很少主动运动。 尽管如此，患CMD的儿童可在有或没有一些辅助设备下学会走路，并生活到年轻的成人或 更长。相反，患福山型CMD的人很少能行走，且患有严重的精神发育迟滞。大多数患有该类 CMD的儿童死于童年。
[0250] 恶病质：恶病质（或消耗综合征）通常特征在于体重减轻、肌肉萎缩、疲劳、无力和 一些没有主观减肥愿望的人中的明显食欲丧失。恶病质的正式定义是失去无法在营养上逆 转的体重。即使受影响的患者消耗更多热量，瘦体重仍然失去，这表明存在原发性病理。
[0251] 患有以下疾病的患者经历了恶病质：癌症、AIDS、慢性阻塞性肺病、多发性硬化症、 充血性心力衰竭、结核病、家族性淀粉样多发性神经病、汞中毒（肢端痛）和激素缺乏以及 其他疾病。
[0252] 恶病质也可以是各种潜在病症的症状，包括癌症、代谢性酸中毒（即，蛋白质合成 减少和蛋白质分解代谢增加）、某些传染病（例如，结核病、AIDS)、慢性胰腺炎、自身免疫病 症或安非他明成瘾。恶病质削弱患者身体为由于食欲不振、乏力和贫血产生的静止状态，且 通常对标准治疗的响应较差。
[0253] 所有癌症患者的约50%患有恶病质。患有上消化道癌和胰腺癌的患者具有最高 的发展恶病质症状的频率。除了增加的发病率和死亡率，加重化疗的副作用，并降低生活质 量，恶病质被认为是癌症患者大比例死亡（22%-40%的患者）的直接原因。癌症恶病质症 状包括进行性体重减轻和脂肪组织和骨骼肌的主体（host)储备消耗。传统的治疗方法包 括使用食欲刺激剂、5-HT 3拮抗剂、营养补充剂和C0X-2抑制剂。
[0254] 尽管对恶病质的致病机理了解很少，预计其涉及多种生物学路径，包括促炎性细 胞因子如TNF-α、神经内分泌激素、IGF-I和肿瘤特异性因子如蛋白水解诱导因子。
[0255] 因此，HRS组合物可用于治疗恶病质和任何其相关的、潜在的或继发性病症或并发 症。HRS组合物可单独地或与其他治疗剂组合使用，如组合有高蛋白、亮氨酸和鱼油、抗氧化 齐U、孕激素（醋酸甲地孕酮、醋酸甲羟孕酮）和抗环氧酶_2药物、食欲刺激剂和5-ΗΤ 3拮抗 剂等的饮食补充剂。
[0256] 横纹肌溶解症：横纹肌溶解症是骨骼肌组织中的肌纤维被降解。降解产物被释放 至血液中，且这些产物中的某些物质如肌红蛋白对肾脏有害且可引起肾衰竭。
[0257] 症状包括肌肉痛、呕吐、意识模糊、昏迷或不正常的心率和节律，且其严重性通常 取决于肌肉损伤的程度以及肾衰竭是否发展。对肾脏的损伤可能会导致尿液产生减少或 无尿，通常在肌肉损伤开始后约12-24小时。受损肌肉的肿胀可导致间隔综合征或压迫周 围组织如相同筋膜间隙中的神经和血管，并导致受影响的身体部位的血液损失和损害（例 如，功能丧失）。这种并发症的症状包括受影响的肢体疼痛或感觉减退。其它并发症包括弥 散性血管内凝血（DIC)，一种可能会导致无法控制的出血的血液凝结的严重破坏。
[0258] 起初的肌肉损伤可源于例如，物理因素（例如挤压损伤、剧烈运动）、改变血液供 应（例如，动脉血栓形成、栓塞）、代谢改变（例如，高血糖高渗状态、高和低钠血症、低钾 血症、低钙血症、低磷血症、酮症酸中毒、甲状腺机能减退）、改变体温（高温、低温）、药物 和毒素（例如，他汀类、抗精神病药物、神经肌肉封闭剂、利尿剂、重金属、铁杉、昆虫或蛇的 毒液）、药物滥用（例如、酒精、安非他明、可卡因、海洛因、氯胺酮、LDS、MDMA)、感染（例如 柯萨奇病毒、流感A病毒、流感B病毒、爱泼斯坦-巴尔（Epstein-Barr)病毒、原发性艾 滋病毒感染、恶性痕原虫（Plasmodium falciparum)、疱疫病毒、嗜肺军团菌（Legionella pneumophila)、沙门氏菌）和自身免疫性肌肉损伤（例如、多发性肌炎、皮肌炎）。另外，某 些遗传性疾病状况增加横纹肌溶解症的风险，包括糖酵解和肝糖分解缺陷（例如，麦卡德 尔病、磷酸果糖激酶缺乏症、糖原贮积病VIII、IX、X和XI)、脂质代谢缺陷（例如，肉碱棕 榈酰转移酶I和Π 缺乏症、酰基CoA脱氢酶亚型缺乏症（例如，LCAD、SCAD、MCAD、VLCAD、 3-羟酰基辅酶A脱氢酶缺乏症）、硫解酶缺乏症）、线粒体肌肉疾病（例如琥珀酸脱氢酶、细 胞色素 C氧化酶和辅酶QlO缺乏症）和其他疾病如葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症、肌腺苷 酸脱氨酶缺乏症和肌营养不良症。
[0259] 横纹肌溶解症通常是通过验血和验尿来诊断，并且可以通过异常升高或增加的肌 酐和尿素水平、下降的排尿量或尿红棕色变色来显示。主要治疗方法包括静脉输液、透析和 血液滤过。
[0260] 因此，HRS组合物可用于治疗横纹肌溶解症和任何其相关的继发性或潜在病症或 并发症。HRS组合物可单独地或组合其他治疗方法使用，包括旨在治疗休克和保护肾功能的 那些。示例性疗法包括给予静脉液体，通常为等渗盐水（0.9%重量每体积氯化钠溶液），以 及肾脏替代疗法（RRT)如血液透析、连续血液滤过和腹膜透析。
[0261] 更通常地，本文描述的HRS多肽能够降低炎性反应，如通过降低免疫细胞迁移或 浸润至选择的组织、增加抗炎症细胞因子的产生，或者降低促炎性细胞因子的产生或活性 以及其他机制。
[0262] 因此，本发明的HRS多肽可用于调节急性炎症、慢性炎症或二者。某些实施方案涉 及增加急性炎症或急性炎症反应，而某些实施方案涉及增加慢性炎症或慢性炎症反应。根 据对象的需要，某些实施方案涉及降低急性炎症或炎症反应，而某些实施方案涉及降低慢 性炎症或慢性炎症反应。
[0263] 急性炎症涉及身体对推测有害的刺激物的初始响应，并且涉及从血液移动到受伤 组织的血浆和白细胞的增加。这是个短期过程，通常在几分钟或几小时内开始并且在清除 了该伤害性刺激物后结束。急性炎症的特征可能为以下任何一种或多种：发红、增加的发 热、肿胀、疼痛和功能的丧失。发红和发热的主要原因是增加的血流量以身体核心温度流向 发炎部位，肿胀是体液积累造成的，疼痛通常是由于刺激神经末梢的化学物质的释放，而功 能丧失有多方面的原因。
[0264] 急性炎症反应主要是由局部免疫细胞引起，如驻留型巨噬细胞、树突状细胞、淋巴 细胞、库普弗（Kuppfer)细胞和T细胞。在感染、烧伤或其他损伤发生时，这些细胞通过激 活和释放炎症介质导致炎症临床病征，如血管活性胺和类花生酸。血管舒张和其产生的血 流量的增加导致发红和发热增加。血管渗透性增加导致血浆蛋白渗出或渗漏而流入组织产 生肿胀。某些释放的介质如缓激肽增加对疼痛的敏感性，并改变血管以允许白细胞如中性 粒细胞的迁移或外渗，其通常是沿着局部免疫细胞产生的趋化梯度迁移。
[0265] 急性炎症反应还包括一个或多个非细胞的生化级联系统，由预先形成的血浆蛋白 调节组成，其并行作用以引起和扩散炎症反应。这些系统包括补体系统，其主要由细菌激 活，以及凝血和纤维蛋白溶解系统，其主要由坏死来激活，如由某些感染、烧伤或其他外伤 引起的组织损伤类型。因此，HRS多肽可用于调节急性炎症，或任何一个或多个单个的急性 炎症反应。
[0266] 慢性炎症是延长和延迟的炎症反应，其特征在于炎症部位存在的细胞类型的进行 性转变，且常常导致同时或几乎同时的炎症过程组织的破坏和愈合。在细胞水平上，慢性炎 症反应涉及多种免疫细胞如单核细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、浆细胞和成纤维细胞，但与主 要是由中性粒细胞介导的急性炎症不同,慢性炎症主要由单核细胞如单核细胞和淋巴细胞 介导。慢性炎症还涉及多种炎症介质，如IFN-Y和其他细胞因子、生长因子、活性氧类和水 解酶。慢性炎症可能持续数月或数年，并可能导致不希望的组织破坏和纤维变性。
[0267] 慢性炎症的临床病征取决于疾病的持续时间、炎性病灶、病因和受影 响的解剖学区域，（参见例如，Kumar et al·，Robbins Basic Pathology_SlA Ed. , 2009Elsevier, London ；Miller,LMj Pathology Lecture Notes, Atlantic Veterinary College，Charlottetown，PEI，Canada)。慢性炎症与多种病理学疾病状况或疾病有关，包括 例如，过敏症、阿尔茨海默症、贫血、主动脉瓣狭窄、关节炎如风湿性关节炎和骨关节炎、癌 症、充血性心力衰竭、纤维组织肌痛、纤维变性、心脏病发作、肾衰竭、狼疮、胰腺炎、中风、手 术并发症、炎性肺病、炎性肠病、动脉粥样硬化和牛皮癣，以及本文描述的和本领域所知的 其他类型。因此，HRS多肽可用于治疗或控制慢性炎症、调控任何一种或多种单个的慢性炎 症反应，或治疗任何一种或多种与慢性炎症有关的疾病或疾病状况。
[0268] HRS多肽也可调节增生性炎症，这个炎症过程的特征为组织细胞数的增加。这些可 包括皮肤病症如牛皮癣、皮脂溢出或湿疹，或者也可认为是涉及癌症和异常生长，尤其是鉴 于基于记录甚至更低级的慢性炎症的更有效分子方法积累的证据。
[0269] 在某些实施方案中，HRS多肽可在细胞水平上调节炎症反应，如通过调节参与炎 症的各种细胞的激活、炎性分子分泌（例如，细胞因子或激肽分泌）、增殖、活性、迁移或粘 附。这类细胞的实例包括，免疫细胞和血管细胞。免疫细胞包括例如，粒细胞如中性粒细胞、 嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞、巨噬细胞/单核细胞、淋巴细胞如B-细胞、杀伤性T-细胞 (即，CD8+T-细胞）、辅助性T-细胞（S卩，CD4+T-细胞，包括Tl和T2细胞）、自然杀伤细胞、 Y S T-细胞、树突状细胞和肥大细胞。血管细胞的实例包括，平滑肌细胞、内皮细胞和成纤 维细胞。还包括调节与一种或多种免疫细胞或血管细胞有关的炎症状况，包括中性粒细胞 介导的、巨噬细胞介导的和淋巴细胞介导的炎症状况的方法。
[0270] 在某些实施方案中，HRS多肽调节局部炎症、系统性炎症或二者。在某些实施方案 中，HRS多肽可降低或维持（即，防止进一步增加）局部炎症或局部炎症反应。在某些实施 方案中，根据对象的需要，HRS多肽可增加局部炎症或局部炎症反应。在某些实施方案中， HRS多肽可降低或维持（S卩，防止进一步增加）系统性炎症或系统性炎症反应。在某些实施 方案中，根据对象的需要，HRS多肽可增加系统性炎症或系统性炎症反应。
[0271] 在某些实施方案中，炎症或炎症反应的调节可能与一种或多种组织或器官有关。 这类组织或器官的非限制性实例包括，皮肤（例如，真皮、表皮、皮下层）、毛囊、神经系统 (例如，脑、脊髓、周围神经）、听觉系统或平衡器官（例如，内耳、中耳、外耳）、呼吸系统（例 如，鼻、气管、肺）、胃食管组织、消化系统（例如，口、食道、胃、小肠、大肠、直肠）、血管系统 (例如，心脏、血管和动脉）、肝、胆囊、淋巴/免疫系统（例如，淋巴结、淋巴滤泡、脾脏、胸 腺、骨髓）、泌尿生殖系统（例如，肾脏、输尿管、膀胱、尿道、宫颈、输卵管、卵巢、子宫、外阴、 前列腺、尿道球腺、附睾、前列腺、精囊、睾丸）、肌肉骨骼系统（例如，骨骼肌、平滑肌、骨、 软骨、肌腱、韧带）、脂肪组织、乳腺和内分泌系统（例如，下丘脑、垂体、甲状腺、胰腺、肾上 腺）。因此，HRS多肽可用于调节与任何这些组织或器官有关的炎症，如治疗与这些组织或 器官的炎症有关的疾病状况或疾病。
[0272] 如上所述，某些实施方案可使用HRS多肽来降低或控制（S卩，防止进一步增加）与 特定组织或器官有关的炎症或炎症反应。包括与皮肤有关的炎症反应和疾病状况，包括与 皮肤的真皮、表皮和皮下层有关的炎症、感染和癌症。与皮肤有关的炎症状况的实例，包括 但不限于,皮炎如牛皮癣、刺激性皮炎、脂溢性皮炎、特应性皮炎（湿疹）、过敏性接触性皮 炎、热诱导的皮炎、药物诱导的皮炎、出汗障碍皮炎、荨麻疹、自身免疫性皮炎、皮肤癌如黑 素瘤和大疱性皮炎。还包括细菌、病毒和寄生虫感染、多形性红斑、结节性红斑、环状肉芽 肿、毒橡树/毒藤和中毒性表皮坏死松解症。
[0273] 某些实施方案涉及降低与神经系统有关的炎症反应和疾病状况，包括与中枢神经 系统的大脑和脊髓、周围神经系统和脑I吴有关的炎症、感染和癌症。炎症介质包括补体、黏 附分子、环氧合酶及其产物和细胞因子的表达在实验和临床神经退行性疾病中增加，且在 实验动物的干预研究表明，这些因子中的几种直接与神经损伤相关。例如，特定细胞因子如 白细胞介素 -I (IL-I)，已知与急性神经退行性疾病如中风和头部损伤密切相关。
[0274] 与神经系统有关的炎症状况的实例，包括但不限于，脑膜炎（即，覆盖大脑和脊髓 的保护膜的炎症）、脊髓炎、脑脊髓炎（例如，肌痛脑脊髓炎、急性播散性脑脊髓炎、播散性 脑脊髓炎或多发性硬化症、自身免疫性脑脊髓炎）、蛛网膜炎（即，蛛网膜--环绕并保护 中枢神经系统的神经的一种膜的炎症）、肉芽肿、药物引起的炎症或脑膜炎、神经退行性疾 病如阿尔茨海默症、中风、HIV相关痴呆、Sly综合征、CMT、视网膜病变、感官性听力损失、脊 髓性肌萎缩、ALS脑炎如病毒性脑炎和细菌性脑炎、寄生虫感染、炎性脱髓鞘性病症和自身 免疫病症如CD8+T细胞-介导的CNS自身免疫疾病。其他的例子包括帕金森氏病、重症肌 无力、运动神经病、格林-巴利（Guillain-Barre)综合征、自身免疫性神经病、朗-伊二氏 肌无力综合征、副肿瘤性神经系统疾病、副肿瘤性小脑萎缩、非副肿瘤僵人综合征、进行性 小脑萎缩、拉斯姆森（Rasmussen)脑炎、肌萎缩侧索硬化症、西德纳姆（Sydeham)舞蹈症、抽 动秽语综合征、自身免疫性多内分泌病、免疫异常神经疾病、后天神经性肌强直、多发性关 节挛缩症、视神经炎和僵人综合征。
[0275] 如上所述，还包括与神经系统感染有关的炎症。与神经系统炎症有关的细菌感染 的具体实例，包括但不限于，链球菌感染如B组链球菌（例如，亚型III)和肺炎链球菌（例 如，血清型6、9、14、18和23)、大肠杆菌（例如，携带Kl抗原）、单核细胞增生李斯特菌（例 如，IVb血清型）、奈瑟氏球菌感染如脑膜炎奈瑟菌（脑膜炎双球菌）、金黄色葡萄球菌感染、 流感嗜血杆菌感染如B型流感杆菌、肺炎克雷伯菌和分枝结核杆菌。还包括金黄色葡萄球 菌和铜绿假单胞菌和其他革兰氏阴性细菌的感染，主要与头骨损伤有关，其使在鼻腔内的 细菌有可能进入脑膜空间，或具有脑室分流或相关设备（例如，体外脑室引流、Ommaya储液 囊）的人中。与神经系统炎症有关的病毒感染的具体实例，包括但不限于，肠道病毒、单纯 疱疹病毒1型和2型、嗜人T-淋巴细胞病毒、水痘-带状疱疹病毒（水痘和带状疱疹）、腮 腺炎病毒、人类免疫缺陷病毒（HIV)和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV)。脑膜炎也可 能源自螺旋菌感染如苍白密螺旋体（梅毒）和伯氏疏螺旋体（莱姆病）、寄生虫如疟疾（例 如，脑型疟疾）、真菌如新型隐球菌和阿米巴如福氏耐格里变形虫。
[0276] 脑膜炎或其他形式的神经系统炎症也可与以下方面有关：癌症扩散到脑膜（恶性 脑膜炎）、某些药物如非留体抗炎药物、抗生素和静脉注射免疫球蛋白、肉状瘤病（或神经 肉状瘤病）、结缔组织病症如系统性红斑狼疮，以及某些形式的血管炎（血管壁的炎症状 况）如Beliefs病。表皮样囊肿和皮样囊肿可通过释放刺激性物质进入蛛网膜下腔而导致 脑膜炎。因此，HRS多肽可用于治疗或控制这些疾病状况中的任何一种或多种。
[0277] 某些实施方案涉及降低与听觉系统或平衡器官如内耳、中耳和外耳有关的炎症反 应和疾病状况。与听觉系统或平衡器官有关的炎症状况的实例，包括但不限于，外耳炎（例 如，耳部感染）；中耳炎，这可能会导致液体积聚在正常情况下空气填充的空间和相关的传 导性耳聋；迷路炎，一种内耳感染或引起头晕（眩晕）和耳聋的炎症；前庭神经元炎，一种 前庭神经感染，通常是病毒，其导致眩晕；以及耳蜗神经元炎，一种耳蜗神经感染，通常是病 毒，其导致突发性耳聋但无眩晕。由于听力丧失而接受人工耳蜗植入的人在肺炎球菌脑膜 炎及其相关的炎症方面的风险增加。
[0278] 某些实施方案涉及降低与呼吸系统有关的炎症反应和疾病状况，包括与鼻子、气 管和肺部有关的炎症、感染和癌症。与呼吸系统有关的炎症状况的实例，包括但不限于，炎 性肺病、变应性哮喘、非变应性哮喘、过敏性哮喘、变应性支气管IgE_介导的哮喘、支气管 哮喘、特发性哮喘、真气喘（true asthma)、由病理生理扰乱引起的内因性哮喘、环境因素 引起的外因性哮喘、未知的或不明显原因引起的特发性哮喘，非变应性哮喘、支气管哮喘、 肺气肿性哮喘、运动引起的哮喘、过敏原引起的哮喘、冷空气引起的哮喘、职业性哮喘、由细 菌、真菌、原生动物或病毒感染引起的感染性哮喘、非过敏性哮喘、早期哮喘、婴儿喘鸣综合 征（wheezy infant syndrome)和支气管炎、慢性或急性支气管痉挛、慢性支气管炎、小气道 阻塞和肺气肿。其他实例包括阻塞性或炎性气道疾病如慢性嗜酸细胞性肺炎、慢性阻塞性 肺部疾病（COPD)、包括慢性支气管炎、肺气肿的COPD或与coro相关或不相关的呼吸困难、 特征为不可逆的进行性气道阻塞的C0PD，以及成人呼吸窘迫综合征（ARDS)。
[0279] 与肺部炎症相关的疾病状况的其他实例，包括其他药物治疗后的气道高反应性 加重相关的疾病状况、与肺动脉高压有关的气道疾病、支气管炎如急性支气管炎、急性喉 气管支气管炎、花生仁吸入性支气管炎、卡他性支气管炎、格鲁布性支气管炎（croupus bronchitis)、干性支气管炎、感染性哮喘性支气管炎、增生性支气管炎、金黄色葡萄球菌或 链球菌支气管炎和水泡性支气管炎、急性肺损伤和支气管扩张如圆筒状支气管扩张、囊状 支气管扩张、梭形支气管扩张、细支气管扩张、囊性支气管扩张、干性支气管扩张和滤泡性 支气管扩张。
[0280] coro具体是指阻碍气流并使得受影响个体正常呼吸的难度逐渐增加的一组肺病。 肺气肿和慢性支气管炎是该组COPD疾病中的两种主要疾病状况，但COPD也指由慢性哮喘 性支气管炎造成的损害以及本领域所知的其他疾病状况。在大多数情况下，对气流的破坏 最终会干扰肺部氧气和二氧化碳的交换。标准的治疗主要集中在控制症状和减少进一步损 伤。
[0281] 肺气肿代表coro的一个方面。肺气肿导致脆弱的肺泡壁内的炎症，这可能会破坏 一些壁和弹性纤维，使小气道在呼气后塌陷并减少气流流出肺部。肺气肿的病征和症状包 括，例如气短，尤其是在身体活动期间，喘鸣和胸闷。
[0282] 慢性支气管炎代表COPD的另一个方面。慢性支气管炎的特征在于持续的咳嗽， 并导致炎症和支气管狭窄。该疾病状况也导致粘液产生增加，其可进一步阻塞狭窄的支气 管。慢性支气管炎主要发生在吸烟者，且通常定义为在连续两年中至少一年有3个月持续 咳嗽。慢性支气管炎的病征和症状包括，例如在早晨的第一件事是必须清理喉咙，尤其是吸 烟者，慢性咳嗽产生黄痰，在后期阶段呼吸急促和反复的呼吸道感染。如上所述，coro主要 是指由于两种以上所述的慢性肺部疾病状况引起的肺部障碍。然而，许多coro患者同时患 有这两种疾病状况。
[0283] 慢性哮喘性支气管炎代表COPD的另一个方面，其特征通常在于慢性支气管炎结 合有哮喘（支气管炎痉挛）。当发炎和感染的分泌物刺激气道中的平滑肌时就可能发生哮 喘。其症状类似于慢性支气管炎的症状，但还包括间歇性或甚至每天的喘鸣发作。
[0284] 在某些实施方案中，COPD也可能有自身免疫性组分。例如，严重肺气肿患者 的肺部和外周血T细胞在体外用弹性肽刺激后分泌Thl细胞因子和趋化因子，且相比 对照这些患者具有增加的抗-弹性蛋白抗体（参见Goswami et al, The Journal of Immunology. 178:130. 41，2007)。同样，C〇ro患者中普遍具有对肺上皮细胞具亲和性并可能 介导细胞毒性的 IgG 自身抗体（参见 Feghali-Bostwick et al·，Am J Respir Crit Care Med. 177:156-63,2008)。由于自体反应性免疫应答在该疾病的病因学中可能很重要，包括 例如，对自身抗原如弹性蛋白的自身反应性应答，在COPD中可能起着作用，使用AARS多肽 使免疫细胞对这些抗原脱敏可降低肺部炎症。
[0285] 如上所述，某些实施方案涉及使用HRS多肽使免疫细胞对选定的抗原，包括自身 抗原和外来抗原、刺激物、过敏原或与肺部炎症有关的感染性病原体脱敏。通过使这些免疫 细胞对选定的抗原脱敏，HRS多肽可减少这些细胞迁移或募集至肺部，从而降低炎症。免疫 细胞的实例，包括淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞和粒细胞，如中性粒细胞、嗜 酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞。抗原的实例，包括但不限于，烟如香烟烟雾、空气污染、烟气如 焊接烟气、粉尘包括二氧化硅粉尘和工作场所粉尘如煤矿和金矿发现的那些粉尘、化学物 质如镉和异氰酸酯。还包括已知的过敏和感染源（infectious agent),如细菌和病毒或抗 原，包括脂多糖（LPS)，其可能会加剧敏感个体中的COPD。
[0286] 某些实施方案涉及降低胃肠系统相关的炎症反应和疾病状况，包括与口、食管、胃 部、小肠、大肠和直肠有关的炎症、感染和癌症。如本文所用，"胃肠炎症"是指胃肠道粘膜层 的炎症，且包括急性和慢性炎症状况。急性炎症通常特征在于短时发作和中性粒细胞的浸 润或流入。慢性炎症通常特征在于相对较长时期的发作和单核细胞的浸润或流入。慢性炎 症通常特征还在于周期性的自发缓解和自发发生。
[0287] "胃肠道的粘膜层"是指包括肠（包括小肠和大肠）、直肠、胃内层、口腔等的粘 膜。"慢性胃肠道炎症"是指特征在于相对较长时期的发作的胃肠道粘膜炎症，其持续时间 长（例如，从几天、几周、几月或几年长达对象的一生），且通常与单核细胞的浸润和流入有 关，且可能进一步与周期性的自发缓解和自发发生有关。具有这类慢性炎症的"慢性胃肠道 炎症状况"（也称为"慢性胃肠道炎性疾病")，包括但不限于，炎性肠病（IBD)、环境损伤（例 如，与治疗方案如化疗、放射疗法等有关的胃肠炎症）引起的结肠炎、诸如慢性肉芽肿病的 疾病状况中的结肠炎（参见例如，Schappi et al，Arch Dis Child. 84:147-151，2001)、腹 腔疾病、乳糜泻（即，其中肠内层因响应摄入称为麸质的蛋白而发炎的遗传性疾病）、食物 过敏症、胃炎、感染性胃炎或小肠结肠炎（例如，幽门螺杆菌感染的慢性活动性胃炎）和感 染源引起的其他形式的胃肠炎症以及其他类似疾病状况。
[0288] 如本文所用，"炎性肠病"或"IBD"是指特征为肠道的全部或部分炎症的各种疾 病。炎性肠病的实例包括但不限于，克罗恩氏病和溃疡性结肠炎。术语IBD包括：假膜性结 肠炎、出血性结肠炎、溶血性尿毒症综合征结肠炎、胶原性结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结 肠炎、药物和化学诱导的结肠炎、改道性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、结肠过敏综 合征和克罗恩氏症；以及克罗恩氏病中的所有亚型，包括主动性、难治的和肛瘘性克罗恩氏 症。因此，HRS多肽可用于治疗或控制这些疾病状况中的任何一种或多种。
[0289] 某些实施方案涉及降低与血管系统或血管炎症有关的炎症反应和疾病状况，如与 血管和心脏有关的炎症。与血管系统有关的炎症状况的实例，包括但不限于，心肌炎、心包 炎、闭塞性疾病、动脉粥样硬化、心肌梗塞、血栓症、自身免疫性肠下垂、心脏肌肉疾病、川崎 病、幼年特发性关节炎、韦格纳肉芽肿、高安氏（Takayasu)关节炎、川崎综合征、抗-因子 VIII自身免疫疾病、坏死性小血管炎、显微镜下多血管炎、Churg-Strauss综合征、微量-免 疫（pauci-immne)局灶坏死性肾小球性肾炎、新月体性肾小球性肾炎、抗磷脂综合征、抗体 诱导的心力衰竭、血小板减少性紫癜、自身免疫性溶血性贫血、查加斯氏（Chagas)病中的 心脏自身免疫和抗-辅助性T淋巴细胞自身免疫。还包括心内膜炎或小簇细菌通过血流传 播的心脏瓣膜感染、静脉炎或血管炎、一种或多种静脉的炎症和血栓性静脉炎、血栓相关的 静脉炎。血栓性静脉炎可能在不同位置反复发生，其即被称为迁移性血栓性静脉炎或游走 性血栓性静脉炎。静脉炎可能与各种原因有关，如细菌感染、暴露于化学制剂如刺激性或发 泡剂溶液、来自经皮穿刺的物理损伤如插入期间套管进入静脉的移动、药物如西乐葆、奥氮 平、抗抑郁药等以及酗酒。某些实施方案可涉及治疗或控制由以下一种或多种疾病引起的 心脏炎症：急性风湿热、先天性弓形虫病、肠病毒产前感染、莱姆病和风湿热。
[0290] 某些实施方案涉及降低与肝脏或胆囊有关的炎症反应和疾病状况，包括急性和慢 性肝炎以及急性和慢性胆囊炎。与肝脏和胆囊有关的炎症状况的实例，包括但不限于，自身 免疫性肝炎、病毒性肝炎（例如，肝炎A病毒、肝炎B病毒、肝炎C病毒、肝炎D病毒、肝炎 E病毒、单核细胞增多症、风疹、爱泼斯坦-巴尔病毒和巨细胞病毒）、引起肝炎的其他原因 如严重的细菌感染、阿米巴感染、药物（例如，阿戈美拉汀、别嘌呤醇、阿米替林、胺碘酮、咪 唑硫嘌呤（asathioprine)、扑热息痛、氟烷、布洛芬、B引哚美辛、异烟肼、利福平、批嗪酰胺、 酮康唑、氯雷他定、甲氨蝶呤、甲基多巴、米诺环素、硝苯地平、呋喃妥因、苯妥英、丙戊酸、曲 格列酮、齐多夫定）、毒素（例如，酒精、真菌毒素）和代谢性病症（例如、威尔逊氏病，一种 身体铜代谢病症；血色病，身体铁代谢的病症；非酒精性脂肪性肝炎，α 1-抗胰蛋白酶缺乏 症）。其他的例子包括非酒精性脂肪肝病、肝硬化如原发性胆汁性肝硬化、阻塞性黄疸、缺血 性肝炎和胆囊疾病。
[0291] 某些实施方案涉及降低与淋巴/免疫系统有关的炎症反应和疾病状况。淋巴/免 疫系统相关的炎症状况的实例，除了自身免疫性溶血性贫血及各种淋巴结病以外，还包括 但不限于，自身免疫性疾病如查加斯病、慢性阻塞性肺病（COPD)、克罗恩氏症、皮肌炎、糖尿 病I型、子宫内膜异位症、Goodpasture综合征、Graves病、格林-巴利综合征、桥本病、化脓 性汗腺炎、川崎病、IgA肾病、（特发性）血小板减少性紫癜、间质性膀胱炎、红斑狼疮、混合 性结缔组织病、硬斑病、重症肌无力、发作性嗜睡病、神经性肌强直、寻常性天疱疮、恶性贫 血、牛皮癣、银屑病关节炎、脊髓灰质炎、原发性胆汁性肝硬化、风湿性关节炎、精神分裂症、 硬皮病、干燥综合征、僵人综合征、颞动脉炎、溃疡性结肠炎、白癜风和韦格纳肉芽肿。
[0292] 还包括与移植物、组织、细胞或器官的移植有关的免疫相关炎性疾病状况，如移植 物排斥、慢性移植物排斥、亚急性移植物排斥、过急性移植物排斥、急性移植物排斥和移植 物抗宿主病。在某些实施方案中，AARS多肽可在组织移除前或期间给予至移植物供体。在 某些实施方案中，HRS多肽可在移植治疗之前、期间和/或之后给予至移植物受体以降低移 植治疗的炎症相关并发症。移植治疗的实例包括骨髓、干细胞、外周血、肝、肺、心脏、皮肤和 肾脏，以及本领域已知的其他移植物。其他实例包括与过敏症有关的炎症状况，如哮喘、荨 麻疹、风疹、花粉过敏、尘螨过敏、毒液过敏、化妆品过敏、乳胶过敏、化学过敏、药物过敏、昆 虫叮咬过敏、动物皮屑过敏、带刺的植物过敏、毒藤过敏和食物过敏。
[0293] 某些实施方案涉及降低与泌尿生殖系统有关的炎症反应和疾病状况。与泌尿生殖 系统有关的炎症状况的实例，包括但不限于，输尿管、膀胱、尿道、宫颈、输卵管、卵巢、子宫、 外阴、前列腺、尿道球腺、附睾、前列腺、精囊、睾丸或肾脏。还包括自身免疫性间质性肾炎、 肾脓肿（肾内或肾外）、急性前列腺炎、血尿、尿道炎（例如，衣原体和其他性传播疾病）、盆 腔炎性疾病（PID)和前列腺脓肿。还包括与以下一种或多种有关的肾炎：肾小球性肾炎、狼 疮肾炎、肾病、痛风、毒物或化学品（例如，醚、硫酸铊）、某些药物（例如，吡罗昔康、Candyl、 批罗昔康凝胶、Fensaid、批罗（pirox))、赫尔曼综合征、黄热病、免疫复合物疾病、伤寒热、 尿道狭窄、肾结核病和链球菌感染后肾小球性肾炎。
[0294] 某些实施方案涉及降低与骨骼肌肉系统有关的炎症反应和疾病状况。骨骼肌肉系 统相关的炎症状况的实例，包括但不限于，关节炎如风湿性关节炎和银屑病关节炎、强直性 脊柱炎、自身免疫性肌肉炎、原发性干燥综合征、平滑肌自身免疫性疾病、肌肉炎、多发性肌 炎、肌腱炎、韧带炎、软骨炎、关节炎、滑膜炎、腕管综合征、慢性肌肉炎和骨炎，包括与骨质 疏松症和骨关节炎相关的骨炎。还包括提策氏（Tietze)综合征（一种肋胸骨、胸锁骨或肋 软骨关节的良性的、疼痛的非化脓性局部肿胀）、肋软骨炎、胸骨肌综合征、剑突痛、自发性 胸锁关节半脱位、胸肋锁关节骨质增生、纤维组织肌痛、肩部肌腱炎或滑囊炎、痛风关节炎、 风湿性多肌痛、红斑狼疮、骨刺、骨折如应力性骨折、恶病质、肌肉减少、肌无力、肌肉萎缩疾 病、肌肉损伤、肌痛、散发性包涵体肌肉疾病、遗传性包涵体肌肉疾病和肌聚糖不足。还包括 肌营养不良症（例如DMD)、肌强直营养不良症、横纹肌溶解症及本文描述的其他肌肉炎性 疾病。
[0295] 某些实施方案涉及降低与内分泌系统有关的炎症反应和疾病状况。内分泌系统相 关炎症状况的实例，包括但不限于，与下丘脑、垂体、甲状腺、胰腺或肾上腺有关的炎症、感 染或癌症、腺性疾病如胰腺疾病、糖尿病如I型糖尿病、甲状腺疾病、Graves病、甲状腺炎、 自发性自身免疫性甲状腺炎、桥本甲状腺炎、（特发性）粘液性水肿、卵巢自身免疫、自身免 疫性抗精子不育症、自身免疫性前列腺炎和I型自身免疫性多腺体综合征。
[0296] 某些实施方案涉及降低与脂肪组织有关的炎症反应和疾病状况，脂肪组织是调节 生理和病理过程包括免疫炎症以及与脂肪营养不良、核纤层蛋白病、川崎病、幼年特发性关 节炎、溶酶体贮积病和黏多糖贮积病有关的炎症状态的积极参与者。
[0297] 巨噬细胞是脂肪组织的成分且积极参与其活动。此外，淋巴细胞和脂肪细胞之间 的交叉串扰可导致免疫调节。脂肪组织产生和释放多种促炎和抗炎因子，包括脂肪细胞因 子瘦素、脂联素、抵抗素和内脂素，以及细胞因子和趋化因子如TNF-α、IL_6、单核细胞趋化 蛋白1等。由脂肪组织产生的促炎性分子已知为胰岛素抵抗发展和与肥胖症有关的心血管 疾病风险增加的积极参与者。相反，降低的瘦素水平可能更易导致由于在营养不良的个体 中T-细胞响应降低而引起的感染的易感性增加。已在多种炎症状况中观察到改变的脂肪 因子水平（参见例如，Fantuzzi, J Allergy Clin Immunol. 115:911-19, 2005 ;和 Berg et al, Circulation Research. 96:939, 2005)〇
[0298] HRS多肽也可用于治疗或控制与过敏症有关的炎症。这类疾病状况的实例包括，I 型过敏症、II型过敏症型、III型过敏症、IV型过敏症、即发性过敏症、抗体介导的过敏症、免 疫复合物介导的过敏症、T-淋巴细胞介导的过敏症和迟发型过敏症。
[0299] HRS多肽也可用于治疗或控制自身炎症状况。自身炎症状况的实例包括，家族性地 中海热、TNF受体相关的周期综合征（TRAPS)、高IgD综合征（HIDS)、CIASI-相关的疾病如 Muckle-Wells综合征、家族性寒冷自身炎症综合征和新生儿发病的多系统炎性疾病、PAPA 综合征（化脓性无菌性关节炎、坏疽性脓皮病、痤疮）和Blau综合征。
[0300] HRS多肽可用于治疗或控制与各种癌症有关的炎症。这类癌症的实例，包括但不限 于，前列腺癌、乳腺癌、结肠癌、直肠癌、肺癌、卵巢癌、睾丸癌、胃癌、膀胱癌、胰腺癌、肝癌、 肾癌、脑癌、黑素瘤、非黑素瘤皮肤癌、骨癌、淋巴瘤、白血病、甲状腺癌、子宫内膜癌、多发性 骨髓瘤、急性髓性白血病、成神经细胞瘤、成胶质细胞瘤和非霍奇金淋巴瘤。
[0301] 如上所述，某些实施方案可使用HRS多肽调节系统性炎症如降低或控制系统性炎 症。在某些实施方案中，系统性炎症可能与系统性炎症反应综合征（SIRS)有关，其为具 有多种可能原因的全身性炎症状况。SIRS可根据常规诊断技术来表征或鉴别。一个非限 制性实例为，SIRS可通过以下中的两种或更多种的存在来鉴别：（i)体温小于36°C或大于 38°C，（ii)心率为每分钟跳动大于90次，（iii)呼吸急促（高呼吸率），每分钟大于20次 呼吸；或二氧化碳的动脉分压小于4. 3kPa(32mmHg)，和（iv)白细胞计数小于4000个细胞/ 1111113(41109个细胞/1)或大于12,000个细胞/111111 3(121109个细胞/1);或存在大于10%的未 成熟的中性粒细胞（带型）。
[0302] SIRS广义上分为感染性或非感染性的。最通常的是，感染性SIRS与败血症 有关，其为一种组合有已知的或疑似感染的全身性炎症状态，其包括菌血症、病毒血 症、寄生虫血症和中毒性休克综合征。败血症与多种感染源有关，包括但不限于，细菌 如无乳链球菌（Streptococcus agalactiae)、大肠杆菌（Escherichia coli)、流感 嗜血杆菌（Haemophilus influenzae)、单核细胞增生李斯特菌、凝固酶阴性葡萄球菌 (Coagulase-negative Staphylococcus)、金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus)、 克雷伯氏杆菌属、铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa)、肠杆菌属、无乳链球菌 (S. agalactiae)、沙雷氏菌属、不动杆菌属、肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae)、沙 门氏菌属和脑膜炎奈瑟氏球菌（Neisseria meningitidis);病毒如风疫病毒、巨细胞病毒、 单纯疱疹病毒和水痘病毒；寄生虫如在疟疾感染如恶性疟原虫（Plasmodium falciparum)、 锥虫病和丝虫病中；和真菌如念珠菌属、曲霉属、组织胞楽菌属、新型隐球菌（Cryptococcus neoformans)、粗球抱子菌(Coccidioides immitis)、皮炎芽生菌(Blastomyces dermatitidis)和卡氏肺孢子虫（Pneumocystis carinii)。在某些情况下，在肺部（例如， 肺炎）、膀胱和肾（例如，尿路感染）、皮肤（例如，蜂窝组织炎）、腹部（例如，阑尾炎）和其 他区域（例如，脑膜炎）的感染可以扩散并导致脓毒症。HRS多肽可用于调节与这些感染源 中的任一个有关的炎症，而无论是否存在败血症。
[0303] 非感染性SIRS可能与创伤、烧伤、胰腺炎、缺血、出血、手术并发症、肾上腺功能不 全、肺栓塞、主动脉瘤、心包填塞、过敏反应和药物过量等有关。SIRS通常并发有一种或多 种器官或器官系统（包括本文所述那些）的衰竭。具体实例包括急性肺损伤、急性肾损伤、 休克和多器官功能障碍综合征等。通常，SIRS是通过聚焦于潜在问题来处理（例如，充足 的体液替代减少的血容量、针对胰腺炎的IVF/NP0、针对过敏反应的肾上腺素/类固醇/苯 那君）。在某些情况下，硒、谷氨酸盐和二十碳五烯酸显示对改善SIRS症状有效，且抗氧化 剂如维生素 E可能也有帮助。因此，HRS多肽可单独或与其他疗法结合而用于治疗或控制 SIRS和SIRS并发症。
[0304] 系统性炎症也可能与"细胞因子风暴"有关，其为一种由细胞因子和免疫细胞之间 的正反馈回路引起的危险免疫反应，导致各种细胞因子水平高度提升。在某些情况下，细胞 因子风暴（高细胞因子血症）包括系统性释放多种已知的炎症介质如细胞因子、氧自由基 和凝血因子。包括升高的促炎性细胞因子如TNF-a、IL-I和IL-6,以及抗炎症细胞因子如 IL-IO和IL-I受体拮抗剂的水平。细胞因子风暴可发生于许多感染性和非感染性疾病中， 包括移植物抗宿主病（GVHD)、急性呼吸窘迫综合征（ARDS)、败血症、禽流感、天花和SIRS。 细胞因子风暴也可能由某些药物引起。治疗包括0X40IG，其降低T-细胞响应，ACE抑制剂、 血管紧张素 II受体阻断剂、糖皮质激素、吉非罗齐、自由基清除剂和TNF-α阻滞剂。因此， HRS多肽可单独或与其他疗法结合而用于治疗或控制细胞因子风暴。
[0305] 某些实施方案可使用HRS多肽降低以下炎症中的任何一种或多种：肉芽肿性炎 症、纤维蛋白性炎症、化脓性炎症、浆液性炎症或溃疡性炎症。肉芽肿性炎症特征在于形成 肉芽肿，通常源于对感染源如结核病、麻风病和梅毒的响应。纤维蛋白性炎症源于血管渗透 性大大增加，其允许纤维蛋白穿过血管。如果存在合适的促凝血刺激如癌症细胞，纤维蛋白 渗出物即被沉积。这个过程在浆膜腔中常见，其中可在浆膜之间发生纤维蛋白渗出物转化 为瘢痕，限制它们的功能。化脓性炎症源于大量脓液的形成，其由中性粒细胞、死细胞和体 液组成。化脓性细菌如葡萄球菌的感染为这类炎症所特有。由周围组织包围的大的局部聚 集的脓液称为脓肿。浆液性炎症特征在于非粘性浆液大量渗出，其通常由浆膜的间皮细胞 产生，但也可能源于血浆。这种类型的炎症的例子包括皮肤起水泡。溃疡性炎症，其通常发 生在上皮细胞附近，导致来自表面的组织坏死性损失，从而暴露出下层组织。上皮细胞的后 续挖除称为溃瘍。
[0306] HRS多肽也可用于治疗物理性损伤或伤口。实例为擦伤、擦伤、割伤、刺伤、撕裂 伤、冲击伤、震荡、挫伤、热烧伤、冻伤、化学灼伤、晒伤、坏疽、坏死、干燥、辐射烧伤、放射性 烧伤、烟雾吸入、肌肉撕裂、肌肉拉伤、肌腱撕裂、肌腱拉伤、韧带拉伤、韧带撕裂、伸展过度、 软骨撕裂、骨折、神经痛、溃疡和射击或其他创伤。
[0307] HRS多肽也可用于治疗或控制特发性炎症或原因不明的炎症。还包括联合治疗，其 中给予一种或多种AARS多肽或组合一种或多种用于本文描述的任何炎性疾病或疾病状况 的其他疗法，包括那些常用的和本领域所知的治疗。联合治疗的实例包括使用标准抗炎剂 如非留体类抗炎药物（NSAID)、免疫选择性抗炎衍生物（ImSAID)和类固醇（例如，糖皮质激 素）、抗感染剂如抗生素和抗病毒剂、抗氧化剂、细胞因子、化学治疗剂和其他抗癌症治疗方 法，以及免疫抑制疗法。
[0308] 在一些实施方案中，本发明总体上涉及使用与生物相容性固体载体结合的HRS多 肽促进体外清除内源性抗体的方法和组合物。
[0309] 通过使用固定的抗原的体外免疫吸附来特异性清除循环的抗体已经为 众多研究者描述。一般参见 K0hler et al.，（2011) J Clin Apher. (6) :347-55 ; Miiller et al. , (2012) Dermatology. 224 (3) : 224-7 ；Koziolek et al.,(2012)J Neuroinflammation.9(l):80;Bontadi et al.，（2012)J Clin Apher.doi:10.1002/ jca. 21229 ;Westermann et al.，（2012) J Dermatol. 39 (2) : 168-71。而且，作为可行的用 于特异性清除循环的抗体的系统，该方法已成功商业化，实例为德国Fresenius, St. Wendel 以商标Prosorba?、Immunosorba? 出售的以及德国 Kaneka, Wiesbaden 以 Selesorb? 商标出售的免疫吸附柱。
[0310] 在体外免疫吸附中，使用内源抗体特异性的免疫吸附柱在体外清除循环抗体。将 来自患者的血液连续地或间断地抽出，分为其细胞组分和血浆，而血浆被灌注而通过免疫 吸附材料以便清除所述抗体。然后分开地或同时地将血液的处理后的血浆和细胞组分重新 输入至患者。在一些实施方案中，可在实施根据本发明的体外免疫吸附后立即给予HRS多 肽。
[0311] 因此，某些实施方案涉及从细胞外体液中体外免疫吸附出抗-组氨酰-tRNA合成 酶抗体的方法，包括以下步骤：(a)提供已从对象获得的细胞外体液，（b)用吸附有至少一 种HRS多肽的生物相容性固体载体接触所述细胞外体液，从而捕获所述抗-HRS抗体，和（C) 将来自步骤（b)的细胞外体液重新输入至所述对象。
[0312] 还包括用于从对象的体液中清除抗-HRS抗体的免疫吸附组合物，其包含吸附有 至少一种HRS多肽的生物相容性固体载体。
[0313] 通常，在任何这些免疫吸附方法和组合物中，采用本领域技术人员熟知的方法和 系统在无菌条件下获得、处理和重新输入所述体液。例如，通过引入例如外周血管中的、经 合适的导管与含有生物相容性固体载体的容器连接的针来抽取血液，并通过与插入另一血 管的针连接的输入管来重新输入至患者。在要从对象中抽出大体积血液的情况下，血液可 从例如锁骨下静脉抽出。
[0314] 在能促进抗体与结合至载体的HRS多肽之间的结合的条件下，将血液或血浆 与生物相容性固体载体接触。用于体外吸附的合适柱和输注系统可商购自例如，德国 Fresenius, St. Wendel。通常使用35°C至约40°C的接触温度。接触时间通常为约1至约6 小时。然后收集血液或血浆的未结合部分用于重新引入患者，或者其可在连续的基础下直 接重新引入患者。所述对象的Jo-I抗体滴度可在该过程之前和/或之后通过免疫分析监 测，以监测该过程的效率。
[0315] 任选地，当从身体抽出血液时可加入抗凝物质如柠檬酸钠、肝素或葡聚糖，以防止 血液凝聚。葡聚糖降低血液粘度，并结合盐的加入以确保增加血细胞和血小板之间的距离。 这样的抗凝剂可以足以使得血液不凝聚的数量添加。在将处理过的血液回输到对象之前， 可用合适量的肝素酶、鱼精蛋白和/或维生素 K等来降低例如肝素的抗凝效果。
[0316] 为了减少栓塞的风险，可以采取预防措施，以避免吸附介质颗粒在回输后进入患 者中。因此，通常在吸附介质容器下游采用粒子捕获装置以从体液的剩余液中清除任何残 留的颗粒，再使其返回到患者中。粒子捕获装置可为具有开口的过滤器或网格，所述开口的 大小能够保留吸附介质的任何颗粒物质，同时让体液的未吸附的实体通过。体外血液灌注 可以连续进行，或可选择地，可从患者抽出不连续量的血液，并在完成上述处理后将血液处 理过的血浆和细胞成分返还至患者。
[0317] 众多材料可适合用作生物相容性固体载体，以用于任何这些免疫吸附方法和组合 物中，且理想地，载体基质应具有机械强度、足够的亲水性以防止非特异性结合蛋白、稳定 性和与血液和其他水溶液相容。合适的生物相容性基质材料包括例如，各种形式（包括珠 子、纤维状、片状或中空纤维）的合成和天然的聚合物、多糖、聚酰胺、玻璃珠、微粒硅胶、多 孔玻璃、硅胶、树脂、合成基质（包括丙烯酰胺衍生物、甲基丙烯酰胺衍生物或聚苯乙烯衍 生物等）。
[0318] 示例性聚合物包括天然和合成的多糖以及其他基于糖类的聚合物，包括琼脂、藻 酸盐、卡拉胶、瓜尔豆胶、阿拉伯树胶、印度胶、黄蓍胶、刺梧桐胶、刺槐豆胶、黄原胶、琼脂 糖、纤维素、果胶、粘蛋白、葡聚糖、淀粉、肝素、壳聚糖、羟基淀粉、羟丙基淀粉、羧甲基淀粉、 羟乙基纤维素、羟丙基纤维素和羧甲基纤维素。合成有机聚合物和产生聚合物的单体，包括 丙烯酸聚合物、聚酰胺、聚酰亚胺、聚酯、聚醚、聚乙烯化合物、聚烯烃及其取代的衍生物，以 及包含多于一个这样的聚合物功能的共聚物及其取代衍生物；以及它们的混合物。
[0319] 在任何这些体外的方法和组合物中，所述HRS多肽通常共价地结合至生物相容 性固体载体，且用于结合蛋白如所述HRS多肽的标准方法为本领域技术人员熟知（参见 例 如 Affinity Chromatography, Principles and Methods (Pharmacla-LKB), Dean, P. G. , et al. , eds. , 1985,Affinity Chromatography : A practical approach, IRL Press,Oxford, and Scouten,ff.H. , 1981,Affinity Chromatography, Wiley IntersclencejNew York), "Immobilized Affinity Ligand Techniques"，Hermanson et al. , Academic Press, Inc. , San Diego, 1992)。所述生物相容性固体载体可被衍生化（激 活）以形成可与所述HRS多肽内的一个或多个化学官能团反应的反应性物质，从而形成化 学共价键以将所述HRS多肽连接至生物相容性固体载体。因此，含有羟基、氨基、酰胺、羧基 或巯基的物质可使用各种活化性化学物质来激活或衍生化，例如，化学物质如溴化氰、二乙 烯基砜、环氧氯丙烷、bis印oxyrane、二溴丙醇、戊二醛、碳化二亚胺、酸酐、酰肼、高碘酸盐、 苯醌、三嗪、甲苯磺酸盐、三氟乙烷磺酸酯（tresylate)和/或重氮离子等。
[0320] 用于任何这些方法和组合物的具体示例性活化的生物相容性固体载体包括例如， CNBr-琼脂糖、纤维素如CNBr-活化的琼脂糖4B(Amersham)或环氧活化的琼脂（Sigma)。 可使用生物相容性间隔物（像例如，NHS-活化的琼脂糖4Fast Flow)或没有其的载体（例 如，CNBr-活化的琼脂糖4B)，且其可商购获得，并且使这类材料与HRS多肽结合的方法为本 领域熟知且可基于生产商的指导通过常规实验进行优化。
[0321] 用于任何这些体外的方法和组合物的合适的HRS多肽包括表1-9所列举的或从其 衍生的，或者 SEQ ID N0:l-23、39、41、43、70-71、74-153、160-172 或 176-182 的 HRS 多肽中 的任一多肽，其中所述HRS多肽包含被抗-Jo-I抗体识别的至少一个表位。在一些实施方 案中，所述 HRS 多肽选自：全长 HRS、HRS (1-506)、HRS (2-506)和 HRS (1-60)。
[0322] 组氨酰-tRNA合成酶-衍生的多肽
[0323] 本发明的实施方案总体上涉及组氨酰-tRNA合成酶衍生的多肽（HRS多肽）的应 用，例如，作为抗炎剂、抗体封闭剂和/或免疫调节剂或替换蛋白。组氨酰tRNA合成酶属于 II类tRNA合成酶家族，其具有三个高度保守的序列基序。I类和II类tRNA合成酶被广泛 认为负责氨基酸在2步反应中特异性结合其同源tRNA :氨基酸（AA)首先被ATP活化而形 成AA-AMP，然后转移到tRNA受体末端。胞浆全长组氨酰-tRNA合成酶通常作为胞浆同源二 聚体或选择性剪接的线粒体形态存在。
[0324] 最近已经确定，真核生物组氨酰-tRNA合成酶的一些生物片段或选择性剪接的亚 型（Physiocrine或HRS多肽），或在某些环境下完整的合成酶，能调节某些细胞信号转导途 径或具有抗炎特性。这些活性不同于在蛋白合成中tRNA合成酶的经典作用，其在本文中统 称为"非经典活性"。这些Physiocrine可通过选择性剪接或蛋白水解天然产生，且能以细 胞自主方式（即在宿主细胞内）或非细胞自主方式（即在宿主细胞外）起作用，以调节各 种自我平衡机制。例如，如本发明所提供的，HRS多肽如组氨酰-tRNA合成酶的N-末端片 段（例如，HRS (1-48)，HRS (1-60))尤其能够通过阻止炎症细胞移动至体内活动性炎症位点 而发出抗炎信号。此外，相比全长HRS多肽序列，某些突变或缺失（例如，HRS(l-506))赋 予了相比野生型组氨酰-tRNA合成酶增加的活性和/或改善的药物特性、稳定性和/或同 质性。某些示例性HRS多肽的序列提供于表Dl中。
[0325]

【权利要求】
1. 治疗组合物，其包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同一性的、长度为约20-90个氨基 酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽，其中所述组合物/HRS多肽：a)纯度为至少约95% ; b)聚集小于约5% ;且c)基本上无内毒素。
2. 如权利要求1所述的组合物，其中所述HRS多肽的至少20个氨基酸来自SEQ ID NO: 1的第1-67位残基所限定的区域。
3. 如权利要求1所述的组合物，其中所述HRS多肽的至少40个氨基酸来自SEQ ID NO: 1的第1-67位残基所限定的区域。
4. 如权利要求1所述的组合物，其中所述HRS多肽的至少60个氨基酸来自SEQ ID NO: 1的第1-67位残基所限定的区域。
5. 治疗组合物，其包含长度为至少约400个氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽， 所述HRS多肽包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同一性的80个或更多个连续的氨基酸，其 中所述组合物/HRS多肽：a)纯度为至少约95% ;b)聚集小于约5% ;且c)基本上无内毒 素。
6. 如权利要求5所述的组合物，其中所述HRS多肽包含与SEQ ID NO: 1具有至少90% 同一性的200个或更多个氨基酸。
7. 如权利要求5所述的组合物，其中所述HRS多肽包含与SEQ ID NO: 1具有至少90% 同一性的400个或更多个氨基酸。
8. 如权利要求5所述的组合物，其中所述HRS多肽长度为至少约500个氨基酸。
9. 如权利要求5所述的组合物，其中所述HRS多肽包含全长人HRS(SEQ ID N0:1)的序 列。
10. 如权利要求9所述的组合物，其中所述HRS多肽在SEQ ID N0:1的在残基5〇5(HRS(l_5〇5))或 5〇6(HRS(l_5〇6))处被截短。
11. 如权利要求5所述的组合物，其中所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的突 变。
12. 如权利要求11所述的组合物，其中所述半胱氨酸残基选自：Cysl74、Cysl91、 Cys224、Cys235、Cys455、Cys507 和 Cys509。
13. 治疗组合物，其包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同一性的、长度为至少约400个 氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽，其中所述组合物/HRS多肽：a)纯度为至少约 95% ;b)聚集小于约5% ;且c)基本上无内毒素。
14. 如权利要求13所述的组合物，其包含与SEQ ID NO: 1具有至少90%同一性的、长 度为至少约500个氨基酸的HRS多肽。
15. 如权利要求13所述的组合物，其中所述HRS多肽包含SEQ ID NO: 1 (全长人HRS) 的序列。
16. 如权利要求13所述的组合物，其中所述HRS多肽在SEQ ID N0:1的残基5〇5(HRS(l_5〇5))或 5〇6(HRS(l_5〇6))处被截短。
17. 如权利要求13所述的组合物，其中所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的突 变。
18. 如权利要求17所述的组合物，其中所述半胱氨酸残基选自：Cysl74、Cysl91、 Cys224、Cys235、Cys455、Cys507 和 Cys509。
19. 治疗组合物，其包含长度为500-506个氨基酸的组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽， 所述HRS多肽与SEQ ID N0:70(HRS(l-506))具有至少90%的同一性并且缺少SEQ ID NO:l 的第507-509位残基，其中所述组合物/HRS多肽：a)纯度为至少约95% ;b)聚集小于约 5% ;且c)基本上无内毒素。
20. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽长度为505-506个氨基酸，与SEQ ID NO:70具有至少90%的同一性。
21. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽长度为506个氨基酸。
22. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽包含SEQ ID NO: 70。
23. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽基本上由SEQ ID NO:70组成。
24. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽由SEQ ID NO: 70组成。
25. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽长度为505个氨基酸。
26. 如权利要求25所述的组合物，其中所述HRS多肽包含SEQ ID N0:70的残基 2-506(HRS(2-506))。
27. 如权利要求26所述的组合物，其中所述HRS多肽基本上由SEQ ID NO: 70的残基 2-506 (HRS (2-506))组成。
28. 如权利要求27所述的组合物，其中所述HRS多肽由SEQ ID N0:70的残基 2-506 (HRS (2-506))组成。
29. 如权利要求19所述的组合物，其中所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的突 变。
30. 如权利要求29所述的组合物，其中所述至少一个半胱氨酸残基选自：Cysl74、 Cysl91、Cys224、Cys235 和 Cys455。
31. 如权利要求19-30中任一项所述的组合物，其中在约4-40°C和pH约6. 0-8. 0的可 比较条件下，所述HRS多肽相比SEQ ID NO: 1 (全长人HRS)的多肽具有增加的生物活性、稳 定性和/或同质性。
32. 如权利要求31所述的组合物，其中所述条件包括温度为约20-25°C (室温）和pH 为约7. 0-7. 5,任选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
33. 如权利要求31所述的组合物，其中所述条件包括温度为约37 °C和pH为约 7. 0-7. 5,任选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
34. 如权利要求31-33中任一项所述的组合物，其中增加的活性包括非经典生物活性 的至少约10 %的绝对增加。
35. 如权利要求34所述的组合物，其中所述非经典活性是抗炎活性或特异性结合 抗-J〇-l抗体。
36. 如权利要求31-33中任一项所述的组合物，其中在还原条件下，所述HRS多肽相比 SEQ ID N0:1(全长HRS)的多肽具有减少的链间二硫键形成。
37. 如权利要求31-33中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽相比SEQ ID NO: 1(全 长HRS)的多肽具有减少的电荷异质性。
38. 如权利要求31-33中任一项所述的组合物，其中在溶液中，所述HRS多肽相比SEQ ID NO: 1(全长HRS)的多肽具有减少的高分子量聚集体形成。
39. 如权利要求31-33中任一项所述的组合物，其中增加的同质性包括所述HRS多肽相 比SEQ ID NO: 1的多肽的单分散性的至少10%的增加。
40. 如权利要求19-39中任一项所述的组合物，其中在大肠杆菌中重组制备后，所述 HRS多肽相比SEQ ID N0:1(全长HRS)的多肽具有增加的可溶性蛋白产率。
41. 如权利要求1-40中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽融合至异源的融合伴 侣，任选T-细胞配体。
42. 如权利要求1-40中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽包含至少一个D-氨基 酸。
43. 如权利要求1-42中任一项所述的组合物，其包含浓度范围为约0. 03mM至约lOOmM 的缓冲剂。
44. 如权利要求43所述的组合物，其包含浓度范围为约2mM至约50mM的缓冲剂。
45. 如权利要求43所述的组合物，其包含浓度范围为约40mM至约60mM的缓冲剂。
46. 如权利要求43所述的组合物，其包含浓度范围为约45mM至约55mM的缓冲剂。
47. 如权利要求43所述的组合物，其包含浓度为约50mM的缓冲剂。
48. 如权利要求43-47中任一项所述的组合物，其中所述缓冲剂是组氨酸缓冲剂、柠檬 酸盐缓冲剂或磷酸盐缓冲剂。
49. 如权利要求48所述的组合物，其中所述缓冲剂是组氨酸缓冲剂，且其中在约 4-40°C和pH约7. 0-7. 5的可比较的条件下，所述HRS多肽相比没有所述组氨酸缓冲剂的可 比较组合物中的相应的HRS多肽具有增加的稳定性。
50. 如权利要求48所述的组合物，其中所述缓冲剂是柠檬酸盐缓冲剂，且其中在约 4-40°C和pH约6. 5-7. 5的可比较的条件下，所述HRS多肽相比没有所述柠檬酸盐缓冲剂的 可比较组合物中的相应的HRS多肽具有增加的稳定性。
51. 如权利要求48所述的组合物，其中所述缓冲剂是磷酸盐缓冲剂，且其中在约 4-40°C和pH约7. 0-7. 5的可比较的条件下，所述HRS多肽相比没有所述磷酸盐缓冲剂的可 比较组合物中的相应的HRS多肽具有增加的稳定性。
52. 如权利要求49-51中任一项所述的组合物，其中所述条件包括温度为约5°C，任选 地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
53. 如权利要求49-51中任一项所述的组合物，其中所述条件包括温度为约 20-25°C (室温），任选地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
54. 如权利要求49-51中任一项所述的组合物，其中所述条件包括温度为约37°C，任选 地持续约1、2、3、4、5、6或7天的时长。
55. 如权利要求49-54中任一项所述的组合物，其中增加的稳定性包括热稳定性，其中 所述HRS多肽的解链温度（Tm)比没有所述缓冲剂和/或在所述pH值范围之外的组合物中 相应的HRS多肽的解链温度高至少约5°C。
56. 如权利要求49-54中任一项所述的组合物，其中增加的稳定性包括热稳定性，其中 所述HRS多肽的解链温度以比没有所述缓冲剂和/或在所述pH值范围之外的组合物中相 应的HRS多肽的速率慢至少10%的速率展开。
57. 如权利要求49-56中任一项所述的组合物，其中在其他可比较的条件下，所述组合 物相比没有所述缓冲剂和/或在所述pH值范围之外的组合物具有减少的聚集和/或沉淀。
58. 如权利要求57所述的组合物，其中如通过A340处的吸光度所测，聚集减少了至少 约 10%。
59. 如权利要求49-58中任一项所述的组合物，其中在其他可比较条件下，所述组合物 相比没有所述缓冲剂和/或在所述pH值范围之外的组合物具有减少的高分子量聚集体。
60. 如权利要求55-59中任一权利要求所述的组合物，其中所述缓冲剂是组氨酸缓冲 齐[J，且其中所述HRS多肽与SEQ ID NO: 1的残基1-506或2-506具有至少90%的同一性，并 且缺少SEQ ID NO: 1的第507-509位残基。
61. 如权利要求55-59中任一权利要求所述的组合物，其中所述缓冲剂是柠檬酸盐缓 冲剂，且其中所述HRS多肽与SEQ ID NO: 1的残基1-506或2-506具有至少90%的同一性， 并且缺少SEQ ID NO: 1的第507-509位残基。
62. 如权利要求60或61所述的组合物，其中所述HRS多肽是HRS (1-506)或 HRS(2-506)。
63. 如权利要求1-62中任一项所述的组合物，其包含浓度范围为约100-300mM，任选地 为约140mM的氯化钠（NaCl)。
64. 如权利要求63所述的组合物，其中所述HRS多肽与SEQ ID NO: 1的残基1-506或 2-506具有至少90%的同一性，并且缺少SEQ ID NO: 1的第507-509位残基，任选地其中所 述HRS多肽具有至少约60°C的解链温度（Tm)。
65. 如权利要求64所述的组合物，其中所述HRS多肽是HRS (1-506)或HRS (2-506)，任 选地其中所述HRS多肽具有至少约60°C的解链温度（Tm)。
66. 如权利要求1-65中任一项所述的组合物，其包含一种或多种药学上可接受的赋形 剂。
67. 如权利要求66所述的组合物，其中所述一种或多种药学上可接受的赋形剂选自： 蔗糖、甘露醇、海藻糖、山梨醇、精氨酸、甘氨酸和甘油。
68. 如权利要求66或67所述的组合物，其中所述一种或多种药学上可接受的赋形剂浓 度范围为约0. 2% -5. 0%。
69. 如权利要求68所述的组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂为约1%-3%蔗糖， 任选地为约2 %蔗糖。
70. 如权利要求68所述的组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂为约1% -3%海藻 糖，任选地为约2 %海藻糖。
71. 如权利要求1-70中任一项所述的组合物，其包含一种或多种表面活性剂。
72. 如权利要求71所述的组合物，其中所述表面活性剂为聚山梨醇酯或泊洛沙姆。
73. 如权利要求72所述的组合物，其中所述聚山梨醇酯为聚山梨醇酯20 (PS20)、聚山 梨醇酯40 (PS40)、聚山梨醇酯60 (PS60)或聚山梨醇酯80 (PS80)。
74. 如权利要求73所述的组合物，其中所述聚山梨醇酯为PS20。
75. 如权利要求72所述的组合物，其中所述泊洛沙姆为普朗尼克F68。
76. 如权利要求71-74中任一项所述的组合物，其中所述表面活性剂以约0. 1%-5.0% (w/v)的范围存在。
77. 如权利要求76所述的组合物，其中所述表面活性剂为约0.05% (w/v)的PS20。
78. 如权利要求1-74中任一项所述的组合物，其包含抗氧化性化合物。
79. 如权利要求78所述的组合物，其中所述抗氧化性化合物选自：半胱氨酸、蛋氨酸和 N-乙酰半胱氨酸（NAC)。
80. 如权利要求78或79所述的组合物，其中所述抗氧化性化合物以约0. 1-5. OmM的浓 度范围存在。
81. 如权利要求1-80中任一项所述的组合物，其包含螯合剂。
82. 如权利要求81所述的组合物，其中所述螯合剂为乙二胺四乙酸盐（EDTA)。
83. 如权利要求81或82所述的组合物，其中所述螯合剂以约0. 1-2. OmM的浓度范围存 在。
84. 如权利要求1-83中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽以至少约10mg/ml的 浓度存在。
85. 如权利要求1-83中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽以至少约25mg/ml的 浓度存在。
86. 如权利要求1-83中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽以至少约50mg/ml的 浓度存在。
87. 如权利要求1-86中任一项所述的组合物，其中如通过A340处的吸光度所测，所述 组合物具有小于约〇. 5的浑浊度。
88. 如权利要求87所述的组合物，其中A340处的吸光度是在37°C孵育至少约1、2、3、 4、5、6或7天后测量的。
89. 如权利要求87所述的组合物，其中A340处的吸光度是在室温孵育至少约1、2、3、 4、5、6或7天后测量的。
90. 如权利要求87所述的组合物，其中A340处的吸光度是在冻融所述组合物至少约 1、 2、3、4或5次后测量的。
91. 如权利要求1-86中任一项所述的组合物，其中如通过A580处的吸光度所测，所述 组合物具有小于约〇. 6的乳白光。
92. 如权利要求91所述的组合物，其中A580处的吸光度是在37°C孵育至少约1、2、3、 4、5、6或7天后测量的。
93. 如权利要求91所述的组合物，其中A580处的吸光度是在室温孵育至少约1、2、3、 4、5、6或7天后测量的。
94. 如权利要求91所述的组合物，其中A580处的吸光度是在冻融所述组合物至少1、 2、 3、4或5次后测量的。
95. 如权利要求1-94中任一项所述的组合物，其中所述组合物具有小于约3%的高分 子量聚集体。
96. 如权利要求95所述的组合物，其中高分子量（HMW)聚集是在37°C孵育至少约1、2、 3、 4、5、6或7天后测量的。
97. 如权利要求95所述的组合物，其中高分子量（HMW)聚集是在室温孵育至少约1、2、 3、4、5、6或7天后测量的。
98. 如权利要求95所述的组合物，其中高分子量聚集是在冻融所述组合物至少约1、2、 3、4或5次后测量的。
99. 如权利要求1-98中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽在所述组合物中具有 至少约50°C的解链温度（Tm)。
100. 如权利要求99所述的组合物，其中所述HRS多肽在所述组合物中具有至少约 55°C的解链温度（Tm)。
101. 如权利要求100所述的组合物，其中所述HRS多肽在所述组合物中具有至少约 60°C的解链温度（Tm)。
102. 如权利要求1-101中任一项所述的组合物，其中所述HRS多肽为至少约90%单分 散的。
103. 如权利要求1-102中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含约50mM L-组氨 酸、约140禮似(：1、约2%海藻糖、约0.05%聚山梨醇酯20(?520)，并且具有约7.0-7.4的 pH〇
104. 如权利要求1-102中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含约50mM L-组氨 酸、约140禮似(：1、约2%蔗糖、约0.05%聚山梨醇酯20(?520)，并且具有约7.0-7.4的？11。
105. 如权利要求103或104所述的组合物，其中所述HRS多肽是HRS(1-506)或 HRS (2-506)，且在所述组合物中具有至少约60°C的解链温度（Tm)。
106. 如权利要求105所述的组合物，其中如通过A340处的吸光度所测，所述组合物具 有小于约0. 1或小于约0. 05的浑浊度。
107. 如权利要求105所述的组合物，其中如通过A580处的吸光度所测，所述组合物具 有小于约0. 1或小于约0. 05的乳白光。
108. 如权利要求105所述的组合物，其中所述组合物具有小于约2 %或小于约1 %的高 分子量聚集体。
109. 用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶不足相关的疾病的治疗组合物，其包含至少一种 HRS多肽，其中所述HRS多肽能够代替组氨酰-tRNA合成酶的至少一种经典的或非经典的功 能。
110. 如权利要求109所述的治疗组合物，其中在浓度高达约5xlO_7M的竞争性ELISA 中，所述HRS多肽不显著性竞争疾病相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的结合。
111. 用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身抗体相关的疾病的治疗组合物，其 包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个被所述自身抗体特异性识别的表 位，且其中所述HRS多肽能够引起耐受性。
112. 用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身抗体相关的疾病的治疗组合物，其 包含编码哺乳动物HRS多肽的重组核酸，其中所述HRS多肽包含至少一个被所述自身抗体 特异性识别的表位，且其中所述核酸可操作地与表达调控序列偶联，且其中所述核酸的表 达引起耐受性。
113. 用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身抗体相关的疾病的治疗组合物，其 包含重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽，所述HRS多肽包含至少 一个被所述自身抗体特异性识别的表位，且其中所述核酸可操作地与表达调控序列偶联以 使得能在所述宿主细胞中表达所述HRS。
114. 用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性的自身抗体相关的疾病的治疗组合物，其 包含抗体或所述自身抗体特异性的结合蛋白，其中所述抗体或结合蛋白阻止所述自身抗体 结合天然的组胺酰-tRNA合成酶。
115. 用于治疗炎性疾病的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多肽具 有至少一种非经典活性。
116. 用于治疗肌营养不良症的治疗组合物，其包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多 肽具有至少一种非经典活性。
117. 如权利要求116所述的治疗组合物，其中所述肌营养不良症选自：杜兴氏肌营养 不良症、贝克氏肌营养不良症、埃-德氏肌营养不良症、肢-带型肌营养不良症、面肩肱型肌 营养不良症、强直性肌营养不良、眼咽型肌营养不良症、远端型肌营养不良症和先天性肌营 养不良症。
118. 用于治疗横纹肌溶解症、肌肉萎缩、恶病质、肌肉炎症或肌肉损伤的治疗组合物， 其包含至少一种HRS多肽，其中所述HRS多肽具有至少一种非经典活性。
119. 组氨酰-tRNA合成酶（HRS)多肽在制备用于治疗自身免疫疾病或炎性疾病的药物 中的应用。
120. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述治疗组合物或HRS多肽如权利要求1-108中任一项中所定义。
121. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述HRS多肽长度为约10至约60个氨基酸。
122. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述HRS多肽长度为约60至约80个氨基酸。
123. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述HRS多肽长度为约80至约200个氨基酸。
124. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述HRS多肽为全长的。
125. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述HRS多肽在SEQ ID NO: 1的残基505或506处被截短。
126. 如权利要求109-118中任一项所述的治疗组合物或权利要求119所述的应用，其 中所述HRS多肽具有至少一个半胱氨酸残基的突变。
127. 如权利要求126所述的治疗组合物，其中所述半胱氨酸残基选自：Cysl74、 Cysl91、Cys224、Cys235、Cys455、Cys507 和 Cys509。
128. 如前述权利要求中任一项所述的治疗组合物或应用，其中所述HRS多肽包含至少 一种D-氨基酸。
129. 如前述权利要求中任一项所述的治疗组合物或应用，其中所述HRS多肽包含WHEP 结构域或基本上由WHEP结构域组成。
130. 如前述权利要求中任一项所述的治疗组合物或应用，其中所述HRS多肽包含：a) 与 SEQ ID N0:l-23、39、41、43、70-71、74-153、160-172 或 176-182 中任一序列具有至少 80%、90%或95%同一性的氨基酸序列，或b)与表D1、D3-D6或D8中的序列中任一序列具 有至少80 %、90 %或95 %同一性的氨基酸序列。
131. 如前述权利要求中任一项所述的治疗组合物或应用，其中所述HRS多肽与异源蛋 白融合。
132. 如权利要求131所述的治疗组合物或应用，其中所述异源蛋白包含T细胞配体。
133. 治疗与自身抗体相关的疾病的方法，其包括向有需要的对象给予治疗组合物，所 述治疗组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；c) 重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽；或d)抗体或所述自身抗体 特异性的结合蛋白。
134. 如权利要求133所述的方法，其中在出现疾病症状前，向所述对象给予所述治疗 组合物。
135. 如权利要求133或134所述的方法，其中所述自身抗体为人组氨酰-tRNA合成酶 特异性的。
136. 如权利要求135所述的方法，其中所述HRS多肽包含所述组氨酰-tRNA合成酶的 至少一个被所述疾病特异性自身抗体识别的表位。
137. 如权利要求136所述的方法，其中所述HRS多肽阻止所述自身抗体结合天然的人 组氨酰-tRNA合成酶。
138. 如权利要求133所述的方法，其中所述HRS多肽导致自身反应性T细胞的克隆缺 失。
139. 如权利要求133所述的方法，其中所述HRS多肽造成参与自身免疫应答的T细胞 的功能失活。
140. 如权利要求133所述的方法，其中所述HRS多肽引起减少的肌肉或肺部炎症。
141. 如权利要求133所述的方法，其中所述HRS多肽诱导耐受性。
142. 如权利要求133-141中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽长度为约10至约 60个氨基酸。
143. 如权利要求133-141中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽长度为约40至约 80个氨基酸。
144. 如权利要求133-141中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽长度为约80至约 200个氨基酸。
145. 如权利要求133-141中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽为全长的。
146. 如权利要求133-141中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽在残基505或506 处被截短。
147. 如权利要求133-141中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽具有至少一个半胱 氨酸残基的突变。
148. 如权利要求147所述的方法，其中所述半胱氨酸残基选自：Cysl74、Cysl91、 Cys224、Cys235、Cys455、Cys507 和 Cys509。
149. 如权利要求133-148中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含至少一个D-氨 基酸。
150. 如权利要求133-149中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含WHEP结构域或 基本上由WHEP结构域组成。
151. 如权利要求133-150中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含：a)与SEQ ID N0:l-23、39、41、43、70-71、74-153、160-172 或 176-182 中任一序列具有至少 80%、90%或 95%同一性的氨基酸序列，或b)与表DUD3-D6或D8中的序列中任一序列具有至少80%、 90 %或95 %同一性的氨基酸序列。
152. 如权利要求133-151中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽与异源蛋白融合。
153. 如权利要求152所述的方法，其中所述异源蛋白包含T细胞配体。
154. 如权利要求133-153中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制为用于经口、 鼻内、肺部、肌肉内或肠胃外给药来递送。
155. 如权利要求133-154中任一项所述的方法，其中所述疾病选自：炎性肌肉疾病，包 括炎性肌肉疾病、多发性肌炎、皮肌炎和相关病症、多发性肌炎-硬皮病重叠、包涵体肌炎 (IBM)、抗合成酶综合征、间质性肺病、关节炎和雷诺现象。
156. 如权利要求133-155中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含至少一个被来 自所述对象的血清中的抗体识别的免疫优势表位。
157. 如权利要求133-156中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽结合人组织相容性 复合体（MHC) II型分子。
158. 如权利要求133所述的方法，其中所述核酸可操作地与表达调控序列偶联，且其 中所述核酸的表达引起耐受性。
159. 如权利要求133所述的方法，其中所述治疗组合物包含选自脂质体、胶束、乳剂和 细胞的递送载体。
160. 减少组织炎症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合物包含以下 中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞；其中 所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
161. 如权利要求160所述的方法，其中所述组织选自肌肉、肺和皮肤。
162. 减少肌肉或肺部炎症的方法，其包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下中 的一种或多种：a)HRS多肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；或c)重组宿主细胞，其中所 述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
163. 治疗肌营养不良症的方法，其包括向有需要的对象给予组合物，所述组合物包含 以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞， 其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
164. 如权利要求163所述的方法，其中所述肌营养不良症选自：杜兴氏肌营养不良症、 贝克氏肌营养不良症、埃-德氏肌营养不良症、肢-带型肌营养不良症、面肩肱型肌营养不 良症、强直性肌营养不良、眼咽型肌营养不良症、远端型肌营养不良症和先天性肌营养不良 症。
165. 治疗横纹肌溶解症、肌肉萎缩、恶病质、肌肉炎症或肌肉损伤的方法，其包括向有 需要的对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源 HRS多肽的重组核酸，或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽。
166. 诱导对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的耐受性的方法，其包括向对象给 予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽，b)编码异源HRS多肽的重组 核酸；或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽，其中所述HRS多 肽包含至少一个被所述自身抗体特异性识别的表位，且其中给予所述组合物造成对所述自 身抗原的耐受性。
167. 清除参与对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的自身免疫应答的T细胞群 或亚群的方法，其包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多 肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一 种异源HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个被所述自身抗体特异性识别的表位，且其 中给予所述组合物造成自身反应性T细胞的克隆缺失。
168. 在参与对组氨酰-tRNA合成酶（HisRS)自身抗原的自身免疫应答的T细胞中诱 导无能的方法，其包括向对象给予组合物，所述组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多 肽；b)编码异源HRS多肽的重组核酸；或c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一 种异源HRS多肽，其中所述HRS多肽包含至少一个被所述自身抗体特异性识别的表位，且其 中给予所述组合物造成参与自身免疫应答的T细胞的功能失活。
169. 用于治疗与组氨酰-tRNA合成酶不足相关的疾病的替代疗法，包括向有需要的 对象给予治疗组合物，所述治疗组合物包含以下中的一种或多种：a)HRS多肽；b)编码异 源HRS多肽的重组核酸；c)重组宿主细胞，其中所述宿主细胞表达至少一种异源HRS多肽； 或d)抗体或所述自身抗体特异性的结合蛋白；其中所述HRS多肽在功能上补偿所述组氨 酰-tRNA合成酶的不足。
170. 治疗自身免疫疾病或炎性疾病的方法，其包括向有需要的对象给予治疗组合物， 所述治疗组合物包含至少一种HRS多肽。
171. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在浓度高达约5xlO_7M的竞争性ELISA 中，所述HRS蛋白不显著性竞争疾病相关的自身抗体与组氨酰-tRNA合成酶的结合。
172. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽长度为约10至约60个 氨基酸。
173. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽长度为约60至约80个 氨基酸。
174. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽长度为约80至约200个 氨基酸。
175. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽为全长的。
176. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含至少一种D-氨基 酸。
177. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含WHEP结构域或基本 上由WHEP结构域组成。
178. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽包含：a)与SEQ ID N0:l-23、39、41、43、70-71、74-153、160-172 或 176-182 中任一序列具有至少 80%、90%或 95%同一性的氨基酸序列，或b)与表DUD3-D6或D8中的序列中任一序列具有至少80%、 90 %或95%同一性的氨基酸序列。
179. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述HRS多肽与异源蛋白融合。
180. 如权利要求179所述的方法，其中所述异源蛋白包含免疫识别结构域或免疫共刺 激结构域。
181. 如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制为用于经口、鼻内、 肺部、肌肉内或肠胃外给药来递送。
182. 测定样品中HRS多肽或其片段的存在或水平的方法，其包括将所述样品与特异性 结合所述HRS多肽的一种或多种结合剂接触，并检测所述结合剂是否存在，从而确定所述 HRS多肽的存在或水平。
183. 测定抗-HRS多肽抗体对特定HRS多肽的表位特异性的方法，所述方法包括将所述 抗体与一种或多种HRS多肽接触，并检测是否存在抗体结合，从而确定所述抗体的表位特 异性。
184. 治疗与组氨酰-tRNA合成酶特异性自身抗体相关的疾病的方法，所述方法包括 向有需要的对象给予治疗组合物，所述治疗组合物包含至少一种HRS多肽，其中在浓度高 达约lx 10,的竞争性ELISA中，所述HRS多肽不显著性竞争疾病相关的自身抗体与组氨 酰-tRNA合成酶的结合。
185. 确定存在对HRS多肽给药具有不利免疫应答风险的人对象的方法，其包括：a)测 定所述对象中抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)如果所述对象 具有针对组氨酰-tRNA合成酶或HRS多肽的可检测的抗体，则将所述对象确定为存在发展 对HRS多肽给药的不利免疫应答的风险。
186. 如权利要求185所述的方法，其中当所述对象血清中组氨酰-tRNA合成酶抗体的 浓度大于约2微摩尔时，将所述对象确定为存在发展对HRS多肽给药的不利免疫应答的风 险。
187. 如权利要求185所述的方法，其中当所述对象血清中组氨酰-tRNA合成酶抗体的 浓度大于约2微摩尔时，将所述对象确定为存在发展对HRS多肽给药的不利免疫应答的风 险。
188. 体外免疫吸附来自细胞外体液的抗-组氨酰-tRNA合成酶（HRS)抗体的方法， 其包括：(a)提供已从对象获得的细胞外体液，将所述细胞外体液与吸附有至少一种组氨 酰-tRNA合成酶多肽的生物相容性固体载体接触，从而将所述抗-HRS抗体捕获在所述固体 载体上，和（c)将来自步骤（b)的所述细胞外体液重新输入所述对象中。
189. 如权利要求188所述的方法，其中所述抗-HRS抗体包括Jo-1抗体。
190. 选择HRS多肽以治疗患有自身免疫病症或炎性病症的人对象的方法，其包括a)测 定所述对象中抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)挑选相比野生 型组氨酰-tRNA合成酶，具有针对抗-组氨酰-tRNA合成酶抗体的减少的亲和力的HRS多 肽。
191. 预测人对象的疾病进展的方法，其包括：a)测定所述对象中抗-组氨酰-tRNA合 成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)如果所述对象具有针对组氨酰-tRNA合成酶或 HRS多肽的可检测的抗体，则将所述对象确定为存在发展更严重疾病的风险。
192. 预测对象对HRS多肽给药的应答的方法，其包括a)测定所述对象中抗-组氨 酰-tRNA合成酶抗体的抗体水平或表位特异性；和b)如果所述对象具有针对组氨酰-tRNA 合成酶或HRS多肽的可检测的抗体，则将所述对象确定为存在发展对HRS多肽给药的不利 免疫应答的风险。
【文档编号】A61K38/17GK104334196SQ201380020145
【公开日】2015年2月4日 申请日期:2013年2月15日 优先权日:2012年2月16日
【发明者】凯尔·P·基昂格, 伊丽莎白·加蒂纳, 刘静芬, 罗咏诗, 杰弗里·格里弗, 梅丽莎·艾斯洛克, 约翰·D·门德莱恩 申请人:Atyr 医药公司, 盘古生物制药有限公司