用于筛选与使用拮抗孢子-表面交互作用的化合物的组合物与方法

专利名称：：用于筛选与使用拮抗孢子-表面交互作用的化合物的组合物与方法
技术领域：
：本发明是关于感染控制领域。特定言之，本发明是关于维持无菌条件、去除细菌污染和/或预防细菌暴露的组合物与方法。在一个具体实例中，本发明预期抑制微生物孢子与基质表面结合的感染控制组合物。举例而言，该抑制破坏和/或置换微生物孢子与基质表面的交互作用、附着和/或稳定。
背景技术：
：产孢细菌可能会造成污染，包括(但不限于)医院感染、食物腐败和/或食物传染疾病问题。随着最低限度加工的冷藏产品的制造变得更有效率且无菌，背景微生物区系被去除，且产孢生物体最终可能限制所述产品的储存期限。怀疑产孢细菌造成罐头食品、面包、真空包装肉、巴氏杀菌乳制品(pasteurizeddairyproduct)及果汁腐败。进入任何所述类型的产品的成分中高含量细菌孢子的存在可能会增加最终产品腐败的可能性。在卫生保健环境中，产孢细菌时常引起感染，包括医院性腹泻、破伤风及坏疽。艰难梭菌(Clostridiumdifficile)为引起抗生素相关性腹泻及假膜性结肠炎的产孢厌氧细菌。最近出现的会导致发病率及死亡率增加的高度致病性流行菌株已进一步增强该医院病原体的重要性。预期降低医院工作人员与患者之间的感染传播会显著改善恢复时间，从而导致加快患者出院。自患者健康与社会成本观点看，此为有益的。虽然医疗界努力增加消毒剂的使用来阻止微生物传播，但患者感染及再感染的发生导致不必要的发病率及死亡率。细菌形成孢子，所述孢子在发芽之前可以休眠形式(dormantform)在宿主细胞中驻留数十年且可能造成与食品工业相关的出乎意料的污染或在医学实践中造成出乎意料的污染。此外，细菌孢子内壁对皮肤及表面消毒剂有抗性，且因此当前抗微生物措施大多无效。对筛选消除和/或阻止微生物孢子附着于宿主及后续宿主感染的感染控制组合物的方法存在需要。
发明内容本发明是关于感染控制领域。特定言之，本发明是关于维持无菌条件、去除细菌污染和/或预防细菌暴露的组合物与方法。在一个具体实例中，本发明预期抑制微生物孢子与基质表面结合的感染控制组合物。举例而言，该抑制拮抗、破坏和/或置换微生物孢子与基质表面的交互作用、附着和/或稳定。在一个具体实例中，本发明预期能够阻断和/或抑制微生物孢子与基质表面结合的感染控制组合物。在一个具体实例中，组合物包含有机小分子。在一个具体实例中，组合物包含蛋白质。在一个具体实例中，肽包含孢子表面肽。在一个具体实例中，肽来源于梭菌属(Clostridia)孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质包含艰难梭菌(Clostridiadifficile)孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，肽来源于芽孢杆菌属(Bacillus)孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质包含炭疽芽孢杆菌(Bacillusanthracis)孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，艰难梭菌孢子表面肽包含SEQIDNO:1或SEQIDNO1的同源物(homologue)。在一个具体实例中，孢子表面肽选自包含SEQIDNO3,SEQIDNO:5、SEQIDNO:7及SEQIDN0:15的群组。在一个具体实例中，组合物包含抗体。在一个具体实例中，抗体为多克隆抗体。在一个具体实例中，抗体为单克隆抗体。在一个具体实例中，组合物包含合成肽。在一个具体实例中，组合物包含无机离子复合物。在一个具体实例中，组合物包含蛋白质模拟物。在一个具体实例中，基质表面包含无生命表面。在一个具体实例中，包含有生命表面。在一个具体实例中，有生命表面包含身体组织表面。在一个具体实例中，身体组织表面包含上皮表面。在一个具体实例中，上皮表面包含哺乳动物皮肤表面。在一个具体实例中，无生命表面包含不锈钢。在一个具体实例中，无生命表面包含陶瓷。在一个具体实例中，无生命表面包含乙烯树脂(vinyl)。在一个具体实例中，无生命表面包含瓷砖。在一个具体实例中，组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。在一个具体实例中，组合物进一步包含载剂。在一个具体实例中，载剂进一步包含清洁剂(detergent)。在一个具体实例中，载剂为无菌的且适于人类给药。在一个具体实例中，载剂包含抗微生物皮肤清洁剂(skincleaner)0在一个具体实例中，皮肤清洁剂包含手洗清洁剂(handwashcleaner)0在一个具体实例中，载剂包含抗微生物表面清洁剂。在一个具体实例中，本发明预期包含能够阻断和/或抑制微生物孢子与基质表面结合的氨基酸序列的感染控制组合物，其中该氨基酸序列与微生物孢子表面蛋白质具有实质同源性。在一个具体实例中，实质同源性包含约75%同源性，较佳85%同源性，且最佳90%或95%同源性。在一个具体实例中，表面蛋白质包含孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质为梭菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质为艰难梭菌(C.difficile)孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质为芽孢杆菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌(B.anthracis)孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质包含孢子表面肽。在一个具体实例中，肽来源于梭菌属表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属表面蛋白质包含艰难梭菌表面蛋白质。在一个具体实例中，肽来源于芽孢杆菌属表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属表面蛋白质包含炭疽芽孢杆菌表面蛋白质。在一个具体实例中，艰难梭菌(Clostridiadifficile)孢子表面肽包含SEQIDNO:1或SEQIDNO:1的同源物。在一个具体实例中，孢子表面肽选自包含SEQIDNO3,SEQIDN0:5、SEQIDNO:7及SEQIDN0:15的群组。在一个具体实例中，氨基酸序列来源于孢子表面蛋白质的C末端。在一个具体实例中，氨基酸序列来源于孢子表面蛋白质的N末端。在一个具体实例中，组合物进一步包含载剂。在一个具体实例中，载剂包含清洁剂。在一个具体实例中，组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。在一个具体实例中，载剂适于人类给药。在一个具体实例中，组合物进一步包含抗微生物皮肤清洁剂。在一个具体实例中，皮肤清洁剂为手洗清洁剂。在一个具体实例中，组合物进一步包含抗微生物表面清洁剂。在一个具体实例中，组合物进一步包含皮肤屏障(skinbarrier)0在一个具体实例中，组合物进一步包含表面屏障(surfacebarrier)。在一个具体实例中，本发明预期包含拮抗化合物的感染控制组合物，其中该化合物对微生物孢子表面蛋白质氨基酸序列具有亲和力。在一个具体实例中，该亲和力针对基质表面特异性结合位点区。在一个具体实例中，化合物包含抗体。在一个具体实例中，化合物包含有机小分子。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质氨基酸序列包含肽片段。在一个具体实例中，肽片段来源于孢子表面蛋白质的C末端。在一个具体实例中，肽片段来源于孢子表面蛋白质的N末端。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质为梭菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质为艰难梭菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质为芽孢杆菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。在一个具体实例中，组合物进一步包含载剂。在一个具体实例中，载剂适于人类给药。在一个具体实例中，组合物进一步包含抗微生物手部清洁剂。在一个具体实例中，组合物进一步包含抗微生物表面清洁剂。在一个具体实例中，本发明预期方法，该方法包含a)提供i)处于暴露于微生物的风险中的个体，其中该暴露可能导致微生物感染；及ii)感染控制组合物；b)在微生物暴露之前在使得形成微生物感染屏障的条件下向个体给予组合物。在一个具体实例中，微生物感染屏障减少微生物感染。在一个具体实例中，微生物感染屏障阻止微生物感染。在一个具体实例中，微生物包含细菌。在一个具体实例中，细菌选自包含梭菌属(Clostridia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum)、芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)、芽孢八叠球菌属(Sporosarcina)或高温放线菌属(Thermoactinomyces)的群组。在一个具体实例中，细菌包含细菌孢子。在一个具体实例中，细菌孢子包含至少一种孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质为艰难梭菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，感染控制组合物包含氨基酸序列。在一个具体实例中，氨基酸序列来源于微生物孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，氨基酸序列与微生物孢子表面蛋白质具有实质同源性。在一个具体实例中，感染控制组合物包含能够抑制、拮抗、破坏、置换和/或阻断微生物孢子与基质表面的结合。在一个具体实例中，感染控制组合物进一步包含拮抗化合物，其中该化合物对微生物孢子表面蛋白质氨基酸序列具有亲和力。在一个具体实例中，组合物进一步包含载剂。在一个具体实例中，感染控制组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。在一个具体实例中，处于风险中的个体为卫生保健工作人员。在一个具体实例中，处于风险中的个体为医疗第一反应者(medicalfirstresponder)。在一个具体实例中，处于风险中的个体为医疗患者。在一个具体实例中，患者处于卫生保健环境中。在一个具体实例中，已对医疗患者给予至少一种抗生素。在一个具体实例中，处于风险中的个体为消防员。在一个具体实例中，处于风险中的个体为警察。在一个具体实例中，处于风险中的个体为军事人员。在一个具体实例中，处于风险中的个体为食物操作员(foodhandler)0在一个具体实例中，处于风险中的个体为无生命表面和/或物体。在一个具体实例中，给药选自包含局部给药、经口给药、肠胃外给药、肺部给药、肛门给药、阴道给药、经眼给药或鼻内的群组。在一个具体实例中，本发明预期方法，该方法包含a)提供i)已暴露于微生物的个体，其中该暴露导致微生物感染；ii)感染控制组合物；b)在微生物暴露之后在使得微生物感染减少的条件下向个体给予组合物。在一个具体实例中，微生物包含细菌。在一个具体实例中，细菌选自包含梭菌属、芽孢杆菌属、脱硫肠状菌属、芽孢乳杆菌属、芽孢八叠球菌属或高温放线菌属的群组。在一个具体实例中，细菌包含细菌孢子。在一个具体实例中，细菌孢子包含至少一种孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质为艰难梭菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，感染控制组合物包含氨基酸序列。在一个具体实例中，氨基酸序列来源于微生物孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，氨基酸序列与微生物孢子表面蛋白质具有实质同源性。在一个具体实例中，感染控制组合物能够抑制、拮抗、破坏、置换和/或阻断微生物孢子与基质表面的结合。在一个具体实例中，感染控制组合物进一步包含拮抗化合物，其中该化合物对微生物孢子表面蛋白质氨基酸序列具有亲和力。在一个具体实例中，组合物进一步包含载剂。在一个具体实例中，感染控制组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。在一个具体实例中，暴露的个体为卫生保健工作人员。在一个具体实例中，暴露的个体为医疗第一反应者。在一个具体实例中，暴露的个体为消防员。在一个具体实例中，暴露的个体为警察。在一个具体实例中，暴露的个体为军事人员。在一个具体实例中，给药选自包含局部给药、经口给药、肠胃外给药、肺部给药、肛门给药、阴道给药、经眼给药或鼻内给药的群组。在一个具体实例中，暴露的个体为无生命表面和/或物体。在一个具体实例中，本发明预期筛选方法，该方法包含a)提供i)经分离的肽，其中该肽来源于微生物孢子表面蛋白质；及ii)怀疑与肽具有交互作用的感染控制测试化合物；b)使肽与感染控制测试化合物接触；及C)检测肽与感染控制测试化合物的交互作用。在一个具体实例中，该方法进一步包含能够附着经分离的肽的基质。在一个具体实例中，基质表面包含猪皮。在一个具体实例中，肽来源于梭菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质包含艰难梭菌孢子外膜。在一个具体实例中，肽来源于芽孢杆菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子外膜包含炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，肽包含孢子表面肽。在一个具体实例中，艰难梭菌孢子表面肽包含SEQIDNO:1或SEQIDNO1的同源物。在一个具体实例中，孢子表面肽选自包含SEQIDNO3,SEQIDNO:5、SEQIDNO-JRSEQIDNO15的群组。在一个具体实例中，感染控制测试化合物包含有机小分子。在一个具体实例中，感染控制测试化合物包含合成肽。在一个具体实例中，感染控制测试化合物包含蛋白质模拟物。在一个具体实例中，感染控制测试化合物包含抗体。在一个具体实例中，本发明预期方法，该方法包含a)提供i)经分离的经标记微生物孢子表面肽，其中该肽产生第一荧光强度模式(pattern)；及ii)能够与该肽交互作用的感染控制测试化合物；b)使该肽与该化合物接触以产生具有第二荧光强度模式的接触肽；c)比较该第一荧光强度模式与该第二荧光强度模式。在一个具体实例中，该方法进一步包含步骤d)检测第一强度模式与第二强度模式之间的差异。在一个具体实例中，该差异表示该化合物结合该肽。在一个具体实例中，肽来源于细菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，细菌孢子表面蛋白质来源于梭菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质包含艰难梭菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，细菌孢子表面蛋白质来源于芽孢杆菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质包含炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质包含肽片段。在一个具体实例中，肽选自包含SEQIDN0:1、SEQIDNO:3、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7或SEQIDNO:9的群组。在一个具体实例中，标记选自由4'-6-二甲脉基-2-苯基吲哚(DAPI)、苯氨基萘磺酸酯(ANS)、双-ANS(双-苯氨基萘磺酸酯)、N-苯基-1-萘(NPN)、钌红(rutheniumred)、甲酚紫(cresolviolet)及4_(二氰基乙烯基)久洛尼定(4-(dicyanovinyl)julolidine,DCVJ)组成的群组。在一个具体实例中，本发明预期筛选化合物的方法，该方法包含a)提供i)包含重组表达载体的细菌，其中该载体包含孢子表面寡核苷酸序列的至少一部分；及ii)怀疑具感染控制活性的化合物；b)表达该载体以使孢子表面蛋白质呈现于细菌膜上；C)使该细菌与该化合物接触；及d)检测该化合物的感染控制活性。在一个具体实例中，感染控制活性包含形成该化合物与该所呈现蛋白质的结合对。在一个具体实例中，寡核苷酸序列包含SEQIDNO:2。在一个具体实例中，寡核苷酸序列选自包含SEQIDNO:4、SEQIDNO:6、SEQIDNO:8或SEQIDNO:16的群组。在一个具体实例中，重组表达载体进一步包含融合序列，其中该融合序列包含报导序列。在一个具体实例中，报导序列为半乳糖苷酶序列。在一个具体实例中，本发明预期检测样品中编码微生物孢子表面蛋白质基因的至少一部分的多核苷酸序列存在的方法，该方法包含a)提供i)SEQIDNO:2的至少一部分；及ii)怀疑含有孢子表面寡核苷酸序列的样品；b)在使得在SEQIDNO2部分与孢子表面寡核苷酸序列之间形成杂交复合物的条件下合并SEQIDNO:2部分与样品；及c)检测杂交复合物。在一个具体实例中，孢子表面寡核苷酸来源于微生物孢子。在一个具体实例中，孢子来源于梭菌属物种。在一个具体实例中，孢子来源于芽孢杆菌属物种。在一个具体实例中，寡核苷酸序列为RNA。在一个具体实例中，寡核苷酸序列为DNA。在一个具体实例中，本发明预期方法，该方法包含提供感染控制组合物及包含细菌孢子的基质表面；将组合物施用于该表面，其中自表面移除至少50%、较佳60%、更佳70%、甚至更佳80%、最佳90%或100%的孢子。在一个具体实例中，表面可选自由皮肤、身体组织、无机表面(亦即例如不锈钢、花岗岩、塑料、瓷砖、陶瓷等)、手套、实验服或医疗仪器组成的群组。在一个具体实例中，本发明预期方法，该方法包含提供感染控制组合物及处于高细菌孢子结合风险的基质表面；将组合物施用于该表面，其中阻止至少50%、较佳60%、更佳70%、甚至更佳80%、最佳90%或100%的细菌孢子结合。在一个具体实例中，表面可选自由皮肤、身体组织、无机表面(亦即例如不锈钢、花岗岩、塑料、瓷砖、陶瓷等)或医疗仪器组成的群组。在一个具体实例中，本发明预期筛选与微生物孢子蛋白质结合的多种感染控制组合物的方法，该方法包含a)提供包含载有该微生物孢子蛋白质的珠粒的层析柱；b)在使得至少一种该感染控制组合物与该珠粒形成结合对的条件下使该多种感染控制组合物与该珠粒接触；c)自该珠粒可控性释放该至少一种结合的感染控制组合物；d)检测该至少一种结合的感染控制组合物。在一个具体实例中，该结合对包含微生物孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，检测至少一种结合的感染控制组合物包含产生荧光信号。在一个具体实例中，检测至少一种结合的感染控制组合物包含形成酶-基质产物。在一个具体实例中，可控性释放步骤包含使珠粒暴露于释放剂。在一个具体实例中，释放剂选自由光、酸及碱组成的群组。在一个具体实例中，本发明预期包含蛋白质模拟化合物及载剂的感染控制组合物，其中该蛋白质模拟化合物在基质表面上具有第一特异性结合位点模式，其中该第一结合模式与氨基酸序列的第二特异性结合位点模式具有至少50%—致性，较佳60%—致性，更佳70%一致性，甚至更佳80%一致性，最佳90%一致性或100%一致性，其中该序列与微生物孢子表面蛋白质具有实质同源性。在一个具体实例中，蛋白质模拟化合物包含有机小分子。在一个具体实例中，蛋白质模拟化合物包含合成肽。在一个具体实例中，蛋白质模拟化合物包含无机离子复合物。在一个具体实例中，表面蛋白质包含孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，微生物孢子表面蛋白质来源于梭菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，梭菌属孢子表面蛋白质为艰难梭菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，孢子表面蛋白质来源于芽孢杆菌属孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，芽孢杆菌属孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。在一个具体实例中，氨基酸序列来源于微生物孢子表面蛋白质的C末端。在一个具体实例中，氨基酸序列来源于微生物孢子表面蛋白质的N末端。在一个具体实例中，基质表面包含有生命表面。在一个具体实例中，基质表面包含无生命表面。在一个具体实例中，有生命表面包含身体组织表面。在一个具体实例中，身体组织表面包含哺乳动物皮肤表面。在一个具体实例中，无生命表面包含不锈钢。在一个具体实例中，无生命表面包含陶瓷。在一个具体实例中，无生命表面包含乙烯树脂。在一个具体实例中，无生命表面包含瓷砖。在一个具体实例中，载剂包含清洁剂。在一个具体实例中，组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。在一个具体实例中，载剂为无菌的且适于人类给药。在一个具体实例中，组合物进一步包含抗微生物皮肤清洁剂。在一个具体实例中，组合物进一步包含抗微生物表面清洁剂。定义如本文所使用的术语“医药上(pharmaceuticalIy)”或“药理上可接受(pharmacologicallyacc印table)”指当向动物或人类给药时不产生不利、过敏性或其它不良反应的分子实体及组合物。如本文所使用的术语“医药上可接受的载剂(pharmaceuticallyacceptablecarrier)”包括任何及所有溶剂或分散介质，包括(但不限于)水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇及液态聚乙二醇及其类似物)、其适合混合物、及植物油、涂料、等张剂及吸收延迟剂、脂质体、商业上可获得的清洁剂及其类似物。亦可向所述载剂中并入补充生物活性成分。如本文所使用的术语“经纯化的(purified)”或“经分离的(isolated)”可指肽组合物，其已经受处理(亦即例如分级分离)而移除各种其它组分，且该组合物实质上保留其所表达的生物活性。当使用术语“实质上经纯化的(substantiallypurified)”时，该表述将指其中的蛋白质或肽构成组合物的主要组分，诸如构成组合物的约50%、约60%、约70%、约80%、约90%、约95%或更多(亦即例如重量/重量和/或重量/体积)的组合物。使用术语“纯化至均质(purifiedtohomogeneity)”来包括已经纯化至“表观均质性(apparenthomogeneity)”以致仅存在单一蛋白质种类(亦即例如基于十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)或高效液相色谱(HPLC)分析)的组合物。经纯化的组合物不欲意谓可能余留一些微量杂质。如本文所使用的术语“实质上经纯化的，，是指分子(核酸或氨基酸序列)，其自其天然环境中移出、分离或分开，且无至少60%、较佳75%且更佳90%的与其天然缔合的其它组分掺杂。因此，“经分离的多核苷酸”为实质上经纯化的多核苷酸。如本文所使用的“核酸序列，，及“核苷酸序列，，是指寡核苷酸或多核苷酸及其片段或部分，且指基因组或合成来源的DNA或RNA，其可为单链或双链且表示正义链或反义链。如本文所使用的术语“经分离的核酸”是指已自天然状态移出的任何核酸分子(例如自细胞移出且在一个较佳具体实例中，不含其它基因组核酸)。如本文所使用的术语“功能等效密码子(functionallyequivalentcodon)”是指编码相同氨基酸的不同密码子。该现象通常称为遗传密码的“简并性(degeneracy)”。举例而言，6个不同密码子编码氨基酸精氨酸。如本文所使用的术语“氨基酸序列”及“多肽序列”可互换且指氨基酸的序列。如本文所使用的术语“孢子表面蛋白质”是指来源于任何细菌孢子外膜蛋白质或与任何细菌孢子外膜蛋白质具有实质相似性(亦即同源)的任何蛋白质或肽片段。认为微生物孢子表面蛋白质负责使微生物孢子附着及固定于无生命和/或有生命表面直至条件足以诱导发芽。如本文所使用的术语“来源于”是指化合物或序列的来源。在一个方面中，化合物或序列可来源于生物体或特定物种。在另一方面中，化合物或序列可来源于较大复合物或序列。如本文所使用的“BclA”或“BclA多肽”或“BclA蛋白质”或“BclA同源物”可互换使用来指自任何物种、尤其细菌物种(包括革兰氏阴性细菌(gramnegativekicteria)、革兰氏阳性细菌(grampositivekicteria)、好氧细菌及厌氧细菌)获得及自任何来源(不论天然、合成、半合成或重组)获得的实质上经纯化的芽孢杆菌属样(Bacillus-like)蛋白质的氨基酸序列。举例而言，艰难梭菌BclA同源物将具有与炭疽芽孢杆菌BclA肽相同的功能及活性。蛋白质的“变异体(variant)”定义为与多肽序列(亦即例如SEQIDNO:1)或该多肽序列的任何同源物相差一或多个氨基酸的氨基酸序列。变异体可能具有“保守性(conservative)”变化，其中经取代的氨基酸具有类似结构或化学性质，例如亮氨酸经异亮氨酸置换。较少见的是，变异体可能具有“非保守性(nonconservative)”变化，例如甘氨酸经色氨酸置换。类似的微小变异亦可包括氨基酸缺失或插入(亦即添加)或两者。可使用计算机程序(包括但不限于DNAMar软件)发现确定哪些及多少氨基酸残基可经取代、插入或缺失而不彻底破坏生物或免疫活性的指导原则。核苷酸的“变异体”定义为与参考寡核苷酸相比因具有缺失、插入及取代而不同的新颖核苷酸序列。所述不同可使用多种方法(例如测序、杂交检定等)检测。该定义内包括编码梭菌属孢子表面蛋白质的基因组DNA序列的改变(亦即例如通过能够与SEQIDNO2杂交的限制酶片段的模式的改变(限制性内切酶多型性(RFLP)分析)、使所选SEQIDN02片段在高严格度条件下不能与基因组DNA样品杂交(例如使用等位基因特异性寡核苷酸探针)、及不适当或出乎意料的杂交，诸如与除梭菌属孢子表面基因的正常染色体基因座以外的基因座杂交(例如使用荧光原位杂交(FISH))。“缺失”定义为核苷酸或氨基酸序列中分别缺少一或多个核苷酸或氨基酸残基的变化。“插入”或“添加，，为核苷酸或氨基酸序列中与例如天然存在的梭菌属孢子表面蛋白质相比分别导致添加一或多个核苷酸或氨基酸残基的变化。“取代”由一或多个核苷酸或氨基酸分别经不同核苷酸或氨基酸置换而引起。如本文所使用的术语“衍生物”是指核酸或氨基酸的任何化学修饰。所述修饰的例证可为用烷基、酰基或氨基置换氢。举例而言，核酸衍生物将编码保留基本生物学特征的多肽。如本文所使用的术语“部分”当提及蛋白质(如“指定蛋白质的部分”)时是指该蛋白质的片段。片段的大小可在四个氨基酸残基至整个氨基酸序列减去一个氨基酸范围内。举例而言，“包含SEQIDNO1的氨基酸序列的至少一部分”的蛋白质涵盖全长梭菌属孢子表面蛋白质及其含四(4)个或更多个氨基酸的片段。术语“部分”当提及核苷酸序列使用时是指该核苷酸序列的片段。所述片段的大小可在5个核苷酸残基至整个核苷酸序列减去一个核酸残基范围内。术语“生物活性”指任何具结构、调控或生物化学功能的分子。举例而言，可例如通过恢复缺乏孢子表面蛋白质活性的细胞(亦即例如孢子表面蛋白质裸细胞(nullcell)和/或“敲除(knockout)”细胞)的野生型生长来测定孢子表面蛋白质生物活性。缺乏孢子表面蛋白质活性的细胞可利用许多方法(亦即例如点突变及移码突变(frame-shiftmutation))产生。通过用表达孢子表面蛋白质、其衍生物或其部分的表达载体转染缺乏孢子表面蛋白质活性的细胞来达成互补。术语“免疫活性(immunologicallyactive)”定义天然、重组或合成肽(亦即例如孢子表面蛋白质)或其任何寡肽在适当动物或细胞中诱导特异性免疫反应和/或与特异性抗体结合的能力。如本文所使用的术语“抗原性决定子(antigenicdeterminant)”是指分子中由特定抗体识别的部分(亦即抗原决定基)。当使用蛋白质或蛋白质片段免疫宿主动物时，蛋白质的许多区域可诱导产生与蛋白质上的指定区域或三维结构特异性结合的抗体；所述区域或结构称为抗原性决定子。抗原性决定子可与完整抗原(亦即用于引发免疫反应的免疫原)竞争以结合抗体。术语“免疫原”、“抗原”、“免疫原性”及“抗原性”是指当引入动物中时能够产生抗体的任何物质。根据定义，免疫原必须含有至少一个抗原决定基(能够引起免疫反应的特定生物化学单元)，且一般含有更多。虽然最常使用蛋白质作为免疫原，但与蛋白质复合的脂质及核酸部分亦可充当免疫原。当具有少数抗原决定基的较小分子本身不能激发令人满意的免疫反应时，后者复合物通常适用。术语“抗体”是指免疫原(抗原)在动物中引起的免疫球蛋白。希望抗体显示针对免疫原中所含的抗原决定基的特异性。术语“多克隆抗体”是指由单个以上浆细胞纯系产生的免疫球蛋白质；相比之下，“单克隆抗体”是指由单个浆细胞纯系产生的免疫球蛋白。术语“特异性结合(specificbinding)或(specificallybinding)”当提及抗体与蛋白质或肽的交互作用使用时，意谓交互作用视蛋白质上特定结构(亦即例如抗原性决定子或抗原决定基)的存在而定；换言之，抗体识别及结合特定蛋白质结构而非一般蛋白质。举例而言，若抗体对抗原决定基“A”具有特异性，则在含经标记“A”及该抗体的反应中含抗原决定基A的蛋白质(或自由的未经标记的A)的存在将减少与该抗体结合的经标记A的量。如本文所使用的术语“重组DNA分子”是指包含借助于分子生物学技术连接在一起的DNA区段的DNA分子。如本文所使用的术语“重组蛋白质”或“重组多肽”是指使用重组DNA分子表达的蛋白质分子。如本文所使用的术语“载体(vector)”及“运载体(vehicle)，，当提及将DNA区段自一个细胞转移至另一个细胞的核酸分子时，可互换使用。如本文所使用的术语“表达载体”或“表达盒(expressioncassette)”是指含有所要编码序列及在特定宿主生物体中表达可操作地连接的编码序列所必需的适当核酸序列的重组DNA分子。在原核生物中表达所必需的核酸序列通常包括启动子(promoter)、操纵子(operator)(视情况)及核糖体结合位点，通常同时存在其它序列。已知真核生物细胞使用启动子、增强子(enhancer)及终止与聚腺苷酸化信号。如本文所使用的术语“可操作合并”、“可操作顺序”及“可操作地连接”是指核酸序列以使得产生能够指导指定基因转录和/或所要蛋白质分子合成的核酸分子的方式连接。该术语亦指氨基酸序列以使得产生功能性蛋白质的方式连接。如本文所使用的术语“转染”是指将外源DNA引入细胞中。转染可通过此项技术已知的多种方式达成，包括磷酸钙-DNA共沉淀、DEAE-葡聚糖介导的转染、聚凝胺(polybrene)介导的转染、电穿孔、显微注射、脂质体融合、脂质体转染(lipofection)、原生质体融合、反转录病毒感染、基因枪法(biolistics)(亦即粒子轰击)及其类似方式。如本文所使用的术语“互补，，或“互补性，，用于指根据碱基配对规则而相关的“多核苷酸”及“寡核苷酸”(所述术语可互换，指核苷酸序列)。举例而言，序列“C-A-G-T”与序列“G-T-C-A”互补。互补性可为“部分”或“整体”。“部分”互补性系根据碱基配对规则，一或多个核酸碱基不匹配。核酸之间的“整体”或“完全”互补性系于碱基配对规则下，每个核酸碱基均与另一碱基匹配。核酸链之间的互补性程度对核酸链之间的杂交效率及强度具有显著影响。此在扩增反应以及依赖于核酸之间的结合的检测方法中尤其重要。本文所使用的术语“同源性(homology)”及“同源(homologous)”在提及核苷酸序列时是指与其它核苷酸序列的互补性程度。可能存在部分同源性或完全同源性(亦即一致性)。与核酸序列部分互补(亦即“实质上同源”)的核苷酸序列为至少部分抑制完全互补序列与目标核酸序列杂交的核苷酸序列。对完全互补序列与目标序列杂交的抑制可在低严格度条件下使用杂交检定(DNA印迹(Southernblot)或RNA印迹(Northernblot)、溶液杂交及其类似方法)检查。实质上同源的序列或探针将在低严格度条件下与完全同源的序列竞争与目标序列的结合(亦即杂交)且抑制完全同源的序列与目标序列的结合(亦即杂交)。此并不意谓低严格度条件为以致允许非特异性结合；低严格度条件要求两个序列彼此间的结合为特异性(亦即选择性)交互作用。可通过使用甚至缺乏部分程度的互补性(例如低于约30%的一致性)的第二目标序列来测试无非特异性结合存在；在无非特异性结合存在下，探针不会与第二非互补目标杂交。如本文所使用的术语“同源性”及“同源”在提及氨基酸序列时是指两个氨基酸序列之间一级结构的一致性程度。该一致性程度可针对各氨基酸序列的部分或针对氨基酸序列的整个长度。两个或更多个“实质上同源”的氨基酸序列可具有至少50%—致性，较佳至少75%—致性，更佳至少85%—致性，最佳至少95%或100%—致性。为梭菌属孢子表面蛋白质核酸序列(亦即例如SEQIDNO2)的“同源物”的寡核苷酸序列在本文中定义为当比较具有长度为IOObp或更长的序列时，展现与SEQIDNO2序列的一致性大于或等于50%的寡核苷酸序列。或者，SEQIDNO:2的同源物定义为编码生物活性梭菌属孢子表面蛋白质氨基酸序列的寡核苷酸序列。举例而言，梭菌属孢子表面蛋白质同源物可包含编码孢子表面蛋白质的寡核苷酸序列的部分。低严格度条件包含与如下条件等效的条件当使用长度为约500个核苷酸的探针时，在42°C下在由5XSSPE(43.8g/lNaCl、6.9g/lNaH2PO4·H2O及1.85g/l乙二胺四乙酸(EDTA)，pH值用NaOH调整至7.4)、0.1%SDS.5X邓哈特试剂(Denhardt'sreagent){每500ml50X邓哈特试剂含有:5g菲柯尔(Ficoll)(Type400，法玛西亚(Pharmacia))、5g牛血清清蛋白(BSA)(FractionV；西格玛(Sigma))}及100μg/ml变性鲑鱼精子DNA组成的溶液中结合或杂交，接着在42°C下在包含5XSSPE、0.1%SDS的溶液中洗涤。亦可使用许多等效条件来包含低严格度条件；可改变因素来产生与以上所列的条件不同但等效的低严格度杂交条件，所述因素为诸如探针的长度及性质(DNA、RNA、碱基组成)及目标的性质(DNA、RNA、碱基组成、存在于溶液中或为固定等)及盐及其它组分的浓度(例如是否存在甲酰胺、硫酸葡聚糖、聚乙二醇)以及杂交溶液的组分。另外，亦可使用在高严格度条件下(例如增加杂交和/或洗涤步骤的温度、在杂交溶液中使用甲酰胺等)促进杂交的条件。如本文所使用的术语“杂交”用于指使用使核酸链与互补链经由碱基配对连接以形成杂交复合物的任何方法使互补核酸配对。杂交及杂交强度(亦即核酸之间的缔合强度)受以下因素影响诸如核酸之间的互补性程度、所涉及条件的严格度、所形成杂交体(hybrid)的Tm及核酸内的GC比率。如本文所使用的术语“杂交复合物”是指两个核酸序列之间通过在互补G与C碱基之间及互补A与T碱基之间形成氢键的功效所形成的复合物；所述氢键可经由碱基堆积交互作用而进一步稳定。两个互补核酸序列氢键呈反平行构形。杂交复合物可在溶液中形成(例如Ctlt或Rqt分析)或在存在于溶液中的一个核酸序列与固定于固体支撑物(例如DNA印迹及RNA印迹、点印迹法中所采用的尼龙膜(nylonmembrane)或硝化纤维素滤纸，或用于原位杂交包括FISH(荧光原位杂交)中所采用的玻璃载玻片)的另一核酸序列之间形成。如本文所使用的术语“Tm”用于指“熔融温度(meltingtemperature)熔融温度为双链核酸分子群变成半分离成单链的温度。如标准参考文献所指示，当核酸处于IMNaCl水溶液中时，可由等STm=81.5+0.41(G+C%)计算出Tm值的简单估算值。Anderson等人，“定量过滤杂交(QuantitativeFilterHybridization)，1n核酸杂交(NucleicAcidHybridization)(1985)。更精准计算在计算Tm时考虑结构以及序列特征。如本文所使用的术语“严格度”用于指执行核酸杂交的温度、离子强度及存在其它化合物(诸如有机溶剂)的条件。“严格度”典型地存在于约Tm至低于1约201至25°C的范围内。“严格杂交”可用于鉴别或检测相同多核苷酸序列或鉴别或检测类似或相关多核苷酸序列。举例而言，当SEQIDNO:2的片段在严格条件下用于杂交反应中时，含独特序列(亦即不与SEQIDNO:2同源或与SEQIDNO:2的同源性或互补性小于约50%的区域)的SEQIDNO:2的片段的杂交较好。或者，当使用“弱(weak)”或“低(low)”严格度条件时，来源于遗传上多样的生物体(亦即例如在所述生物体之间互补序列出现频率通常较低)的核酸可能发生杂交。如本文所使用的术语“可扩增核酸”用于指可利用任何扩增方法扩增的核酸。预期“可扩增核酸”通常包含“样品模板”。如本文所使用的术语“样品模板”是指来源于分析有兴趣的目标序列的存在的样品的核酸。相比之下，“背景模板”用于指样品中可能存在或可能不存在的除样品模板以外的核酸。背景模板最常被疏忽。其可能为留存物的结果，或其可能归因于存在本应设法自样品中纯化除去的核酸污染物。举例而言，来自生物体的除待检测核酸以外的核酸均可能存在作为测试样品中的背景。“扩增(Amplification)”定义为产生核酸序列的额外复制体且一般使用聚合酶链反应进行。DieffenbachC.W.及G.S.Dveksler(1995)，In:PCR引物(PCRPrimer)，实验室手册(aLaboratoryManual)，冷泉港出版社(ColdSpringHarborPress)，普莱恩维尤，纽约(Plainview，N.Y)。如本文所使用的术语“聚合酶链反应”(“PCR”)是指K.B.Mullis美国专利案第4，683，195号及第4，683，202号的方法，所述专利以引用的方式并入本文中，所述专利描述不经克隆化或纯化而增加基因组DNA混合物中目标序列区段的浓度的方法。所要目标序列的所扩增区段的长度由两个寡核苷酸引物彼此间的相对位置决定，且因此该长度为可控制参数。根据方法的重复态样的功效，该方法称为“聚合酶链反应”(下文称为“PCR”)。因为目标序列的所要扩增区段成为混合物中的优势序列(就浓度而言)，所以称其为经“PCR扩增”。利用PCR，可将基因组DNA中特定目标序列的单个复制体扩增至可用数种不同方法(例如与经标记的探针杂交；并入经生物素标记的引物，接着检测抗生物素蛋白-酶共轭物；将经32P标记的三磷酸脱氧核苷酸(诸如dCTP或dATP)并入所扩增的区段中)检测的含量。除基因组DNA以外，任何寡核苷酸序列亦均可用适当引物分子组扩增。特定言之，PCR方法自身产生的扩增区段本身即为后续PCR扩增的有效模板。如本文所使用的术语“引物(primer)”是指寡核苷酸(不论天然存在于经纯化的限制消化产物中或合成产生)，当将其置于诱导合成与核酸链互补的引物延长产物的条件(亦即在核苷酸及诸如DNA聚合酶的诱导剂存在下且在适合温度及pH值下)下时，其能够充当合成起点。虽然为达成扩增的最高效率，引物较佳为单链，但或者亦可为双链。若为双链，则在使用引物制备延长产物之前，首先将其处理以使其各链分离。引物较佳为寡脱氧核糖核苷酸。引物必须足够长以在诱导剂存在下引发延长产物的合成。引物的确切长度将视许多因素而定，包括温度、引物来源及方法的使用。如本文所使用的术语“探针”是指寡核苷酸(亦即核苷酸序列)(不论天然存在于经纯化限制的消化产物中或合成、重组或利用PCR扩增产生)，其能够与另一有兴趣的寡核苷酸杂交。探针可为单链或双链。探针适用于检测、鉴别及分离特定基因序列。预期本发明所使用的任何探针将经任何“报导分子”标记以便可在任何检测系统中检测，该检测系统包括(但不限于)酶(例如ELISA以及基于酶的组织化学检定)、荧光、放射性及发光系统。不希望本发明局限于任何特定检测系统或标记。如本文所使用的术语“限制核酸内切酶(restrictionendonuclease)”及“限制酶(restrictionenzyme)”是指各自在特定核苷酸序列处或附近切割双链DNA的细菌酶。认为DNA分子具有“5'末端(5‘end)”及“3‘末端(3‘end)”，因为单核苷酸以使一个单核苷酸戊糖环的5'磷酸经由磷酸二酯键沿一个方向附着至其相邻单核苷酸戊糖环的3'氧的方式反应而得到寡核苷酸。因此，若寡核苷酸的5'磷酸未连接于单核苷酸戊糖环的3'氧，则寡核苷酸的该末端称为“5'末端”。若寡核苷酸的3'氧未连接于另一单核苷酸戊糖环的5'磷酸，则寡核苷酸的该末端称为“3'末端”。即使本文所使用的核酸序列位于较大寡核苷酸内部，亦可认为其具有5'末端及3'末端。在线性或环状DNA分子中，离散的组件(discreteelement)称为位于“上游(upstream)”或“下游(downstream)”的5'或3'组件。该术语反映转录沿DNA链以5'至3'的方式进行的事实。指导所连接基因的转录的启动子及增强子组件一般位于编码区的5'或上游。然而，增强子组件甚至在位于启动子组件及编码区的3'时，亦可发挥作用。转录终止及聚腺苷酸化信号位于编码区的3'或下游。如本文所使用的术语“具有编码基因的核苷酸序列的寡核苷酸”意谓包含基因的编码区的核酸序列，亦即编码基因产物的核酸序列。编码区可以cDNA、基因组DNA或RNA形式存在。当以DNA形式存在时，寡核苷酸可为单链(亦即正义链)或双链。若需要允许适当启始转录和/或正确处理初级RNA转录物，则可紧密接近基因的编码区放置适合的控制组件(诸如增强子/启动子、剪接点(splicejunction)、聚腺苷酸化信号等)。或者，本发明表达载体中所用的编码区可含有内源性增强子/启动子、剪接点、介入序列(interveningsequence)、聚腺苷酸化信号等或内源性与外源性控制组件两者的组合。如本文所使用的术语“调控组件(regulatoryelement)”是指控制核酸序列表达的一些方面的遗传组件。举例而言，启动子为促进可操作地连接的编码区转录启始的调控组件。其它调控组件为剪接信号、聚腺苷酸化信号、终止信号等。真核生物中的转录控制信号包含“启动子”及“增强子”组件。启动子及增强子由与参与转录的细胞蛋白质特异性交互作用的DNA序列阵列(array)组成。ManiatiS，T.等人，Science2361237(1987)。已自多种真核生物来源分离启动子及增强子组件，所述来源包括植物、酵母、昆虫及哺乳动物细胞及病毒的基因(原核生物中亦发现类似控制组件，亦即启动子)。特定启动子及增强子的选择视何种细胞类型用于表达有兴趣的蛋白质而定。表达载体上存在“剪接信号(splicingsignal)”通常导致较高程度的重组转录物的表达。剪接信号介导自初级RNA转录物移除内含子(intron)，且由剪接供体及受体位点组成。Sambrook，J.等人，分子克隆实验指南(MolecularCloninR:ALaboratoryManual),第2版，ColdSpringHarborlaboratoryPress,NewYork(1989)第16.7-16.8页。常用剪接供体及受体位点为来自SV40的16SRNA的剪接点。如本文所使用的术语“聚A位点(polyAsite)”或“聚A序列(polyAsequence)’，表示指导初生RNA转录物的终止与聚腺苷酸化的DNA序列。希望重组转录物有效聚腺苷酸化，因为缺乏聚A尾的转录物不稳定且快速降解。表达载体中所用的聚A信号可为“异源(heterologous)”或“内源(endogenous)”。内源聚A信号为天然发现于基因组中指定基因的编码区的3'末端者。异源聚A信号为自一个基因分离出来且置于另一基因的3'者。在真核生物细胞中有效表达重组DNA序列涉及表达指导所得转录物的有效终止及聚腺苷酸化的信号。转录终止信号一般可见于聚腺苷酸化信号的下游且长度为数百个核苷酸。术语“转染(transfection或transfected)”是指将外源DNA引入细胞中。如本文所使用的术语“编码……的核酸分子”、“编码……的DNA序列”及“编码……的DNA”是指沿脱氧核糖核酸链的脱氧核糖核苷酸的顺序或序列。所述脱氧核糖核苷酸的顺序决定沿多肽(蛋白质)链的氨基酸顺序。因此DNA序列编码氨基酸序列。如本文所使用的术语“反义”用于指与特定RNA序列(例如mRNA)互补的RNA序列。反义RNA可通过任何方法产生，包括通过沿相反方向将有兴趣的基因剪接于允许合成编码链的病毒启动子来合成。一旦该所转录的链引入细胞中，其即与细胞产生的天然mRNA组合以形成双链。所述双链随后阻断mRNA的进一步转录或其转译。以此方式可产生突变表型。术语“反义链(antisensestrand)”用于指与“正义”链互补的核酸链。符号(-)(亦即“负”)有时用于指反义链，而符号⑴有时用于指正义(亦即“正”)链。术语“DNA印迹”是指在琼脂糖或丙烯酰胺凝胶上分析DNA以根据大小分级分离DNA，接着将DNA自凝胶转移至固体支撑物(诸如硝化纤维素或尼龙膜)并加以固定。随后用经标记的寡脱氧核糖核苷酸探针或DNA探针探测固定的DNA以检测与所用探针互补的DNA种类。在电泳之前，可用限制酶裂解DNA。电泳之后，在将DNA转移至固体支撑物之前或期间，可将DNA部分去嘌呤及变性。DNA印迹为分子生物学家的标准手段。J.Sambrook等人，(1989)In:MolecularCloning:ALaboratoryManual,ColdSpringHarborPress,NY，第9.31-9.58页。如本文所使用的术语“RNA印迹”是指通过在琼脂糖凝胶上电泳RNA来分析RNA以根据大小分级分离RNA，接着将RNA自凝胶转移至固体支撑物(诸如硝化纤维素或尼龙膜)上。随后用经标记的寡脱氧核糖核苷酸探针或DNA探针探测固定的RNA以检测与所用探针互补的RNA种类。RNA印迹为分子生物学家的标准手段。J.Sambrook，J.等人，(1989)同上，第7.39-7.52页。如本文所使用的术语“反向RNA印迹(reverseNorthernblot)”是指通过在琼脂糖凝胶上电泳DNA来分析DNA以根据大小分级分离DNA，接着将经分级分离的DNA自凝胶转移至固体支撑物(诸如硝化纤维素或尼龙膜)上。随后用经标记的寡核糖核苷酸探针或RNA探针探测固定的DNA以检测与所用核糖探针互补的DNA种类。如本文所使用的术语“编码区(codingregion)，，当提及结构基因使用时，是指编码由mRNA分子转译所产生的初生多肽中得到的氨基酸的核苷酸序列。编码区在真核生物中在5'侧以编码起始甲硫氨酸的核苷酸三联体“ATG”为边界，且在3'侧以三个表示终止密码子(亦即TAA、TAG、TGA)的三联体中的一个为边界。如本文所使用的术语“结构基因”是指编码RNA或蛋白质的DNA序列。相比之下，“调控基因”为编码控制其它基因(例如转录因子)的表达的产物的结构基因。如本文所使用的术语“基因(gene)”意谓脱氧核糖核苷酸序列，其包含结构基因的编码区且包括位在邻接编码区(在5'末端与3'末端相距任一末端约11Λ的距离)的序列，使得基因对应于全长mRNA的长度。位于编码区的5'且存在于mRNA上的序列称为5'非转译序列。位于编码区的3'或下游且存在于mRNA上的序列称为3'非转译序列。术语“基因”涵盖cDNA与基因的基因组形式。基因的基因组形式或纯系含有间杂有称为“内含子”或“介入区”或“介入序列”的非编码序列的编码区。内含子为转录成异质核RNA(heterogeneousnuclearRNA,hnRNA)的基因的区段；内含子可含有诸如增强子的调控组件。内含子自核或初级转录物中移除或“剪接出”；因此信使RNA(mRNA)转录物中不存在内含子。mRNA在转译期间用于指定初生多肽中氨基酸的序列或顺序。除含有内含子以外，基因的基因组形式亦可包括位于存在于RNA转录物上的序列的5'与3'末端的序列。所述序列称为“侧接(flanking)”序列或区(所述侧接序列位于存在于mRNA转录物上的非转译序列的5'或3')。5'侧接区可含有诸如启动子及增强子的调控序列，其控制或影响基因的转录。3'侧接区可含有指导转录终止、转录后裂解及聚腺苷酸化的序列。如本文所使用的术语“样品”以其最广泛意义使用且包括环境及生物样品。环境样品包括来自诸如土壤及水的环境的物质。生物样品可为动物(包括人类)、流体(例如血液、血浆及血清)、固体(例如粪便)、组织、液态食品(例如牛乳)及固态食品(例如蔬菜)。怀疑含有编码孢子表面蛋白质的核酸的生物样品可包含细胞、组织提取物、体液、自细胞分离的染色体或染色体外组件、基因组DNA(于溶液中或结合于固体支撑物，诸如用于DNA印迹分析者)、RNA(于溶液中或结合于固体支撑物，诸如用于RNA印迹分析者)、cDNA(于溶液中或结合于固体支撑物)及其类似物。术语“感染控制组合物”是指与无组合物存在下生物体(亦即例如微生物生物体，包括来源于微生物生物体的孢子)的生长速率相比，阻止和/或降低生物体的生长速率的任何化合物。感染控制组合物可为天然的(例如来源于微生物，诸如细菌、病毒、真菌、藻类、霉菌等)、合成的或重组的。感染控制组合物可为微生物孢子蛋白质和/或微生物孢子表面蛋白质的竞争性抑制剂。或者，感染控制组合物可与微生物孢子蛋白质和/或微生物孢子表面蛋白质形成稳定和/或短暂的结合对。“感染控制组合物”亦可包括抗细菌和/或抗微生物剂和/或药物(亦即例如抗生素)。因此，“感染控制活性”解释为意谓因向表面施用感染控制组合物所产生的对微生物生长的任何降低和/或阻止。术语“抗细菌”及“抗微生物”可互换使用，指与无组合物存在下生物体的生长速率相比，阻止和/或降低生物体的生长速率的组合物。抗细菌和/或抗微生物组合物可具抑细菌性、杀细菌性、两者或两者均不。若抗细菌和/或抗微生物组合物在不影响受抑制细胞的生存力的情况下抑制细胞分裂，则其为抑细菌性。若抗细菌和/或抗微生物组合物引起细胞死亡，则其为杀细菌性。细胞死亡通常通过液体生长介质中不存在细胞生长(例如未出现混浊)或固体表面上不存在细胞生长(例如琼脂上无菌落形成)来检测。抗细菌和/或抗微生物组合物可有效降低病毒、霉菌及真菌的生长速率和/或引起其细胞死亡。在指定浓度下为抑细菌性的组合物在较高浓度下可能为杀细菌性，而其它某些抑细菌组合物在任何浓度下均不具杀细菌性。术语“细菌(bacteria或hcterium)”是指所有原核生物体，包括属于原核生物界中所有门的原核生物体。意欲该术语涵盖所有视为细菌的微生物，包括(但不限于)梭菌属、芽孢杆菌属、支原体属(Mycoplasma)、衣原体属(Chlamydia)、放线菌属(Actinomyce)、链霉菌属(Sti^ptomyce)及立克次体属(Rickettsia)。该定义内包括所有细菌形式，包括球菌、杆菌、螺旋体、球形质体、原生质体、孢子等。该术语亦包括为革兰氏阴性或革兰氏阳性的原核生物体。“革兰氏阴性”及“革兰氏阳性”是指采用革兰氏染色法(Gram-stainingprocess)获得的染色模式。Finegold及Martin，h诊断微生物学(DiagnosticMicrobiology)，第6版(1982),C.V.MosbySt.Louis，第13-15页。“革兰氏阳性细菌”为保留革兰氏染色中所使用的初染料的细菌，使得所染色的细胞在显微镜下呈现深蓝色至紫色。“革兰氏阴性细菌”不保留革兰氏染色中所使用的初染料，但经对比染色(counterstain)染色。因此，革兰氏阴性细菌呈现红色。术语“测试试剂”是指待在本文所述的一种或多种检定中筛选的试剂。该试剂几乎可为任何化合物。其可呈单一经分离的化合物或可为化学(例如组合)库的成员。在一尤其较佳具体实例中，测试试剂将为有机小分子。如本文所使用的术语“有机小分子(smallorganicmolecule)”是指大小可与医药品中通常使用的有机分子相比的任何分子。该术语排除生物大分子(例如蛋白质、核酸等)。较佳有机小分子的大小在约IODa至约5000Da、更佳至2000Da且最佳至约IOOODa范围内。术语“标记”或“可检测标记”在本文中用于指可由光谱、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或化学方法检测的任何组合物。所述标记包括可用经标记抗生蛋白链菌素(sti^ptavidin)共轭物染色的生物素、磁性珠粒(例如Dynabeads)、荧光染料(例如荧光素、得克萨斯红(texasred)、玫瑰红、绿色荧光蛋白质及其类似物)、放射性标记(例如3H、125I、35S、14C或32P)、酶(例如辣根过氧化酶、碱性磷酸酶及酶联免疫吸附测定(ELISA)中常用的其它酶)，及热量标记，诸如胶体金或有色玻璃或塑料(例如聚苯乙烯、聚丙烯、乳胶等)珠粒。教示使用所述标记的专利案包括(但不限于)美国专利案第3，817，837号、第3，850，752号、第3，939，350号、第3，996，345号、第4，277，437号、第4，275，149号及第4，366，241号(所有均以引用的方式并入本文中)。本发明中所预期的标记可利用许多方法检测。举例而言，可使用照相胶片或闪烁计数器检测放射性标记，可使用光检测器检测发射光来检测荧光标志。典型地通过提供酶及基质并检测在酶对基质的作用下所产生的反应产物来检测酶标记，而通过简单观测着色标记来检测热量标记。如本文所使用的术语“主要界面活性剂(primarysurfactant)，，意谓作用于经取代酚或与经取代酚一起作用以进一步增强或至少不显著降低经取代酚的感染控制活性的任何界面活性剂。如本文所使用的术语“抑制”、“破坏”、“置换”、“拮抗，，或“阻断”是指自基质表面移除微生物孢子和/或微生物孢子表面蛋白质和/或阻止微生物孢子和/或微生物孢子表面蛋白质附着于基质表面的任何方式。如本文所使用的术语“拮抗剂”是指能够阻止微生物(亦即例如细菌、病毒、霉菌、真菌等)和/或微生物的生殖组分(亦即例如孢子)附着于表面的任何化合物。“拮抗剂”可通过竞争性置换微生物和/或微生物的生殖组分或与的形成结合对(亦即例如稳定的或短暂的)来阻止附着。举例而言，拮抗剂可通过与孢子表面蛋白质结合来阻止细菌孢子附着于表面。如本文所使用的术语“结合拮抗剂”是指能够与微生物孢子绒毛层蛋白质(亦即例如梭菌属孢子表面蛋白质)或基质表面形成结合对的任何化合物。结合对的形成阻止和/或置换微生物孢子附着于基质表面。如本文所使用的术语“基质表面”是指包含供微生物孢子表面蛋白质附着的结合位点的任何材料。基质表面可包括(但不限于)有生命表面和/或无生命表面。如本文所使用的术语“无生命表面”是指任何非活着的材料。举例而言，无生命表面可包括(但不限于)乙烯树脂、不锈钢、塑料、木料、陶瓷、玻璃、铬、瓷砖等。通常遇到的所述表面包括(但不限于)工作台面、椅子、桌子、手术设备、医疗装置、地面、墙壁、窗户、水槽、柜等。如本文所使用的术语“有生命表面”指任何活的材料。举例而言，有生命表面可包括(但不限于)表皮表面、黏膜上皮组织表面和/或内脏表面。如本文所使用的术语“有生命表面”亦包含植物表面，包括(但不限于)水果表面(亦即例如草莓、苹果、甜橙、柑橘等)、蔬菜表面(茄子、南瓜、西红柿、马铃薯等)、豆科植物表面(亦即例如花生、腰果、豆等)、谷物表面(亦即例如小麦、大豆、稻米、裸麦等)、花表面、茎表面、柄表面、叶表面、树皮表面、大枝表面、分枝表面等。如本文所使用的术语“交互作用拮抗剂”是指能够干扰微生物孢子绒毛层蛋白质/基质表面结合对形成的任何化合物。如本文所使用的术语“结合”是指感染控制组合物与表面之间的任何交互作用。该表面定义为“结合表面”。结合可为可逆的或不可逆的。该结合可为(但不限于)非共价结合、共价键结、离子键结、范德华力(VandeWaalforce)或摩擦力及其类似作用。若用感染控制组合物浸渍表面、将该组合物并入表面中、用该组合物涂布表面、将表面悬浮于该组合物中、将表面溶解于该组合物中、混合该组合物与表面等，则该组合物结合于表面。如本文所使用的术语“感染控制测试组合物”是指待就阻止微生物孢子结合表面的能力筛选的化合物集合。所述测试组合物可包括(但不限于)多种不同化合物，包括化学化合物、化学化合物的混合物(例如多糖、小有机或无机分子、生物大分子(例如肽、蛋白质、核酸))或由生物材料(诸如细菌、植物、真菌或动物细胞或组织)制得的提取物、天然存在或合成的组合物。如本文所使用的术语“处于风险中”指任何人员或无生命表面受微生物污染的机率超过平均机率(亦即大于50%)。以下职业中可能存在“处于风险中”暴露机率诸如第一反应者，包括(但不限于)消防员、警察、应急医疗人员。以下职业中亦可能存在“处于风险中”暴露机率诸如卫生保健工作人员，包括(但不限于)医生、护士、勤杂工、医院看门人员及其类似职业。以下职业中亦可能存在“处于风险中”暴露机率诸如军事人员，包括(但不限于)陆军人员、海军人员、空军人员、海运人员、国家防卫人员(NationalGuardpersonnel)、海岸防卫人员(CoastGuardpersonnel)。医疗患者中亦可能存在“处于风险中”暴露机率，包括(但不限于)免疫受损患者、灼伤患者、弹创患者等。如本文所使用的术语“特异性结合位点模式(specificbindingsitepattern)"是指身体表面或无生命表面上的任何一组可再现的结合位点。所述结合位点对组合物具有固有亲和力，所述组合物包括(但不限于)如本文所论述的微生物孢子、感染控制组合物或有机小分子。虽然不必要了解发明机制，但咸信该结合模式为在三维上与组合物兼容(亦即例如经由立体特异性化学基团交互作用)的表面化学基团和/或形貌的独特排列的结果。进一步咸信，特异性结合位点模式预测指定表面积内非特异性结合(亦即并非经由专用受体介导的结合)的排列。图1呈现具有长、蜿蜒或丝状孢子外膜突出物(箭头)的产芽孢梭菌孢子内壁(S)的例示性扫描电子显微照片。贴于表面的突出物形成黏滞接触(tenaciouscontact)。图2呈现例示性电子显微照片，其显示活化之前表面光滑的椭圆形艰难梭菌43594孢子内壁(插图)及活化之后覆盖有孢子外突出物(箭头)的艰难梭菌43594孢子内壁。图3呈现显示发芽进行时的艰难梭菌43594孢子的例示性电子显微照片，其中孢子外膜覆盖有低凸块及位于指定为尾(T)区的一极的厚锚定结构。图4呈现显示SDS-PAGE凝胶的例示性资料，该凝胶鉴别ISkDa带(参见箭头)中出现的总孢子蛋白质。该ISkDa带与能够杂交艰难梭菌抗体的蛋白质印迹ISkDa带对应。图5呈现显示SDS-PAGE凝胶的例示性资料，该凝胶鉴别140、150及160kDa带(分别参见pl、p2及p3)中出现的总孢子蛋白质。所述140、150及1601^^带与能够杂交艰难梭菌抗体的蛋白质印迹140、150及160kDa带对应。图6A呈现显示SDS-PAGE凝胶的例示性资料，该凝胶用于鉴别位于约300kDa(箭头1)、275kDa(箭头2、、250kDa(箭头；3)、160kDa(箭头4)、150kDa(箭头幻、140kDa(箭头6)、35kDa(箭头7)、28kDa(箭头8)及15kDa(箭头9)处的艰难梭菌孢子外膜蛋白质。亦鉴别6个其它非杂交带(箭头10-15)以确定非免疫反应性孢子外膜蛋白质。图6B及6C呈现显示蛋白质印迹的例示性资料，所述蛋白质印迹显示艰难梭菌抗体与对应于图6A中所示的带的300kDa(箭头1)、275kDa(箭头2)、250kDa(箭头3)、160kDa(箭头4)、150kDa(箭头5)、140kDa(箭头6)、!35kDa(箭头7)J8kDa(箭头8)及15kDa(箭头9)带杂交。图7呈现以下的结构的一个具体实例分别为BclA(绿色)及Clq(紫红色)单体(A及B)及其迭置(C)。标记N末端及C末端及β链。图8呈现BclA(A)及Clq(B)三聚体的自侧面及上面观看的一个具体实例。构成各三聚体的三个单体着以蓝色、绿色及红色。图9Α呈现显示孢子外膜的仙人掌杆菌(B.cereus)ATCC10876孢子的例示性穿透式电子显微照片。图9B呈现显示自孢子外膜突出的绒毛层(naplayer)的炭疽芽孢杆菌孢子的例示性穿透式电子显微照片。图9C呈现显示BclA绒毛层及内部基底层的炭疽芽孢杆菌孢子外膜层的一例示性特写照。图10呈现显示微生物孢子与表面基质(亦即例如皮肤表面)的交互作用的具体实例的图标。图IOA说明微生物孢子绒毛层(亦即例如孢子表面蛋白质突出物)附着于哺乳动物皮肤上皮层。图IOB说明微生物孢子表面蛋白质(亦即例如天然形式)附着于表面基质及能够破坏微生物孢子表面蛋白质附着于表面基质的各种感染控制组合物。图11呈现包含孢子表面蛋白质基因的pET_19b质粒的一个具体实例的示意图。图12呈现显示自pET-19b载体的重组⑶1067(红色箭头)表达的SDS-PAGE电泳分离的例示性资料。泳道1分子量标准物梯状电泳带。泳道2:1小时样品。泳道3:2小时样品。泳道4:3小时样品。泳道5:4小时样品。泳道6:5小时样品。泳道7:6小时样品。蛋白质染色考马斯蓝(CoomassieBlue)。图13呈现显示自pET_19b载体的重组⑶1067(红色箭头)表达的蛋白质印迹分析的例示性资料。泳道1分子量标准物梯状电泳带。泳道2:1小时样品。泳道3:2小时样品。泳道4:3小时样品。泳道5:4小时样品。泳道6:5小时样品。泳道7:6小时样品。图13A使用F1373抗艰难梭菌抗体的检测。图13B使用抗HIS抗体的检测。图14呈现显示自pET_19b载体的重组⑶3620(红色箭头)表达的SDS-PAGE电泳分离的例示性资料。泳道1分子量标准物梯状电泳带。泳道2:0小时样品。泳道3:1小时样品。泳道4:2小时样品。泳道5:3小时样品。泳道6:4小时样品。泳道7:4.5小时样品。蛋白质染色考马斯蓝。图15呈现显示自pET_19b载体的重组⑶3620(红色箭头)表达的蛋白质印迹分析的例示性资料。泳道1分子量标准物梯状电泳带。泳道2:0小时样品。泳道3:1小时样品。泳道4:2小时样品。泳道5:3小时样品。泳道6:4小时样品。泳道7:4.5小时样PΡΠO图15A使用F1373抗艰难梭菌抗体的检测。图15B使用抗HIS抗体的检测。图16呈现显示自pET_19b载体的重组⑶3620(红色箭头)表达的抗体检测对照数据的例示性数据。泳道1分子量标准物梯状电泳带。泳道2:6小时pJEB02样品。泳道34.5小时pJEB03样品。图16A鉴别重组⑶1067(上红色箭头)及重组⑶3620(下红色箭头)的SDS-PAGE考马斯蓝参考电泳分离。图16B使用免疫前F1373检测的蛋白质印迹分析。图16C使用免疫前F1997检测的蛋白质印迹分析。图16D使用F1997抗艰难梭菌抗体检测的蛋白质印迹分析。图17说明移除艰难梭菌孢子外膜外壳的方法的数个具体实例(参见实施例IV)。图18A描绘可用作起始物质的代表性艰难梭菌630孢子。图18B描绘孢子外膜剥落后的代表性艰难梭菌630孢子。图18C描绘剥落后的经纯化且经浓缩的代表性艰难梭菌630孢子外膜。具体实施例方式本发明是关于感染控制领域。特定言之，本发明是关于维持无菌条件、去除细菌污染和/或预防细菌暴露的组合物与方法。在一个具体实例中，本发明预期抑制微生物孢子与基质表面结合的感染控制组合物。举例而言，该抑制破坏和/或置换微生物孢子与基质表面的交互作用、附着和/或稳定。抗生素作为对抗细菌感染的第一线防御已历经约70年。在1940年代及1950年代，临床上使用第一种抗生素，且自那时以后，其使用显著增加。虽然抗生素及抗微生物疗法取得不可估量的进展，但亦遭遇诸多问题。首先，抗生素对孢子无效。其次，抗生素抗性的发展为在全世界都很重要的严重且危及生命的事件。举例而言，已知一些微生物菌株对大多数可用抗生素具免疫力。(Travis,Science264:360-362(1994))。尤其，抗药性生物体包括引起肺炎及脑膜炎的肺炎球菌(pneumococci)；引起腹泻的隐孢子虫(Cryptosporidium)及大肠杆菌(E.coli)；及引起血流、外科手术创伤及尿路感染的肠球菌(enterococci)。(Berkelman等人，JInfectDis.170:272-277(1994))。本发明预期致力于解决关于微生物孢子的污染控制及微生物感染对习用抗生素给药的临床抗药性的问题的组合物与方法。I.细菌孢子一些微生物排出孢子，所述孢子当暴露于不利于生长及增殖的环境中时进入休眠期。当附着和/或粘附于固体表面时，孢子存活增强。当环境条件再次变得有利于生长及增殖时，微生物孢子发芽且进而污染周围区域。随后与增殖的新微生物生长接触的人员或动物自先前未知会污染的区域感染。在一些情况下，人员和/或动物可能与微生物孢子接触，其中在接触后，开始发芽及感染。或者，该未检测到的孢子发芽会导致食物腐败，从而起始食物传染疾病暴发。由于所述细菌的孢子相对耐化学及物理灭菌剂，因此使用其作为包括湿热及干热、紫外线照射及过氧化氢的处理的灭菌效率的指标。Ito等人，“使用无菌系统白勺^11"!^的(Sterilizationofpackagingmaterialsusingasepticsystems)”食品技术(FoodTechnol).38:60-62(1984)。了解细菌孢子的表面性质及其与无生命及有生命基质的交互作用对食品、医药剂及医药用品包装中所使用的包装材料的选择及表面灭菌程序的评估而言很重要。举例而言，公认疏水性交互作用在细菌(亦即营养细胞)与惰性材料表面的粘附中具有作用。然而，相对较少的研究已全面研究细菌孢子的表面疏水性或孢子与无生命基质的粘附。细菌孢子的疏水性可通过运用用于量测营养细胞疏水性的方法测定。量测表面疏水性的既定技术包括(但不限于)i)对烃的粘附(Beck等人，“金黄色葡萄球菌在表面生长装量禾口疏水性的影口向(EffectofgrowthonsurfacechargeandhydrophobicityofStaphylococcusaureus)，，Ann·Inst.Pasteur/Microbiol.(Paris)139:655-664(1988))；ii)疏水性交互作用层析(HIC)(Doyle等人，“芽孢杆菌属孢子疏水特性(HydrophobiccharacteristicsofBacillusspores)，，Curr·Microbiol·10:329-332(1984))；iii)盐聚集(Takubo等人，“巨大芽孢杆菌最外层缺陷突变体孢子的分离与表征(IsolationandcharacterizationofoutermostlayerdeficientmutantsporesofBacillusmegaterium)"Microbiol.Immunol.9:973-979(1988))；iv)接触角量测(Minagi等人，“通过接触角和烃粘附方法测得的念珠菌属的种的细胞表面疏水性(Cell-surfacehydrophobicityofCandidaspeciesasdeterminedbythecontact-angleandhydrocarbon-adherencemethods)”J.Gen.Microbiol.132:1111-1115(1986))；及ν)细菌对十六烷的粘附(BATH)(Wienek等人，“芽孢杆菌属和梭菌属的孢子的疏水性(HydrophobicityofBacillusandClostridiumspores)，，ApplEnvironMicrobiol56^00-2605(1990))。研究显示孢子疏水性随物种及菌株而变化。然而，咸信各生物体的孢子的疏水性均大于营养细胞疏水性。另外，适度热处理增加大多数芽孢杆菌属孢子的疏水性。一个假设提出热处理后孢子疏水性的增加可能因外层外壳或孢子外膜蛋白质遭破坏而引起。虽然不必了解发明机制，但咸信细菌孢子的疏水性增加归因于与营养细胞上的肽聚糖相比，外层外壳及孢子外膜中的蛋白质相对丰富。Doyle等人，“芽孢杆菌孢子的疏水性特征(HydrophobiccharacteristicsofBacillusspores)，，Curr·Microbiol·10329-332(1984)；Matz等人，“来自蜡状芽孢杆菌孢子的外壁的化学组合物(ChemicalcompositionofexosporiumfromsporesofBacilluscereus)，，J·Bacteriol·101196-201(1970)；及Takumi等人，“来自A型肉毒梭菌高产孢突变体的孢子的外壁的分离禾口(IsolationandpartialcharacterizationofexosporiumfromsporesofahighlysporogenicmutantofClostridiumbotulinumtypeA)，，Microbiol.Immunol.28:443-454(1979)。最近已报导数种芽孢杆菌属物种的孢子疏水性与存在孢子外膜之间有关联。Kjelleberg，S.“无生命表面粘附(Adhesiontoinanimatesurfaces)，，-LfePif(Microbialadhesionandaggregation),%51-70K.C.Marshall(编)，Springer-VerlagKG,Berlin(1984)。当通过化学处理移除孢子表面时，观察到仙人掌杆菌(B.cereUS)T孢子的孢子疏水性降低。Kutima等人，“仙人掌杆菌T抱子萌发中的抱子表面相关(InvolvementofthesporesurfaceingerminationofBacilluscereusTspores)，，Appl.Environ.Microbiol.53:47-52(1987)。亦发现巨大芽孢杆菌(B.megaterium)的“敲除”外层外壳阴性突变体(QMB1551=ATCC12872)的孢子疏水性降低。Takubo等人，“巨大芽孢杆菌最外层缺陷突变体孢子的分离与表征(IsolationandcharacterizationofoutermostlayerdeficientmutantsporesofBacillusmegaterium)”Microbiol.Immunol.9:973-979(1988)及Koshikawa等人，“芽孢杆菌属的禾中的包子表面疏水个生(SurfacehydrophobicityofsporesofBacillusspp.)"J.Gen.Microbiol.135:2717-2722(1989)。所述观察结果表明孢子外膜的外层外壳在孢子疏水性中发挥作用。在一个具体实例中，本发明预期改进医疗、医药和/或食品工业中所使用的设备和/或包装材料的表面卫生、灭菌的组合物与方法。在一个具体实例中，本发明预期改进皮肤卫生的组合物与方法。A.艰难梭菌孢子表面蛋白质认为梭菌属的细菌引发所述疾病，包括(但不限于)气性坏疽、创伤感染、肉毒杆菌中毒、破伤风、假膜性结肠炎、败血症或医院性腹泻。该属在不利条件下通过形成高度耐热、耐化学物质及耐辐射的脱水孢子内壁而良好存活。所述孢子可于土壤中发现、由风携带、自哺乳动物消化及尿殖道中回收，且能够保持极长时间休眠直至生长条件支持孢子活化及发芽。艰难梭菌孢子在卫生保健及医院环境内盛行。艰难梭菌孢子在有生命和/或无生命表面上存活较长时间，对许多消毒剂及抗生素具抗性，且容易在患者间传播。了解艰难梭菌孢子与表面的附着以及孢子形成及发芽将有助于预防、控制及治疗艰难梭菌相关性疾病。举例而言，艰难梭菌缺乏数种参与触发芽孢杆菌属物种的孢子形成过程的磷酸中继系统(phospho-relaysystem)的基因；最近已回顾梭菌属物种(Clostridiaspp.)中孢子形成系统的该态样及其它态样。Paredes等人，“梭菌属孢子形成和生理学的比较基因组观察(Acomparativegenomicviewofclostridialsporulationandphysiology)nNat.Rev.Microbiol.3:969-978(2005)。另外，艰难梭菌亦缺乏大多数芽孢杆菌属及梭菌属物种中通常存在的三顺反子ger操纵子。Moir等人，“孢子萌发(Sporegermination)"CellMolLifeSci.59:403-409(2002)；及Broussolle等人，“肉毒杆菌和生孢梭菌中孢子萌发的分子禾口生理学表征(MolecularandphysiologicalcharacterisationofsporegerminationinClostrdidiumbotulinumandC.sporogenes)，，厌氧生物(Anaerobe)889-100(2002)。所述观察结果表明艰难梭菌发芽受体实质上不同于其它梭菌属物种及芽孢杆菌属物种(Bacillusspp.)且不应基于与其它梭菌属物种及芽孢杆菌属物种的序列相似性进行鉴别。微生物孢子对热、溶剂、酶、清洁剂、紫外线及电离辐射、氢氧化钠、乙醇、过甲酸、酚、寒冷及大部分杀孢子剂的抗性以及其当条件最佳时侵袭性生长的能力使其成为动物且尤其人体健康的严重威胁。Tipper等人，“细菌孢子内壁的结构(Structureofthebacterialendospore)，，SporesV,H.Halvorson,R.Hanson及L.Campbell.编Amer.Soc.forMicrobiol.，Bethesda,Maryland,3-12(1972)；及Russell,A.,“细菌孢子和化(Bacterialsporesandchemicalsporicidalagents)”丨I^j石if胃(Clin.Microbiol.Rev.)，3，99-119(1990)。在医院及疗养院中院内获得艰难梭菌感染成为严重的流行病学问题，因为孢子存在于健康设施的墙壁、地面、器具、床单及护理者的手上。孢子似乎容易感染以下个体，包括(但不限于)具有i)肠内菌群因抗生素疗法而改变；ii)免疫系统受损；或iii)因诊断测试或治疗而需要多次灌肠剂的个体。Zaleznik，D.“艰难梭菌二十世纪九十年代重要的医院病原体(Clostridiumdifficile:animportantnosocomialpathogenforthe1990s)"^fMW^^Ml^(Clin.Microbiol.Newsletter)13，145-152(1991)。两类梭菌属孢子(亦即例如产芽孢梭菌(Clostridiumsporogenes)ATCC3584及艰难梭菌ATCC9689及ATCC43594)的孢子外膜可能在附着、发芽和/或菌落丛生中发挥作用。Panessa-Warren等人，“产芽孢梭菌和艰难梭菌的孢子外膜膜可塑性(ExosporialmembraneplasticityofClostridiumsporogensandClostridiumdifficile")组织和细胞(Tissue&Cell)29:449-461(1997)。超微结构变化与双酶梭菌(C.bifermentans)孢子附属物的发芽及长出有关，但并未确定特定功能。Samsonoff等人，“与支撑附着物的梭菌芽孢萌发和向外生长相关的超微结构改变(Ultrastructuralchangesassociatedwithgerminationandoutgrowthofanappendage-bearingclostridialspore)，，J.Bacteriol.，101，1038-1045(1970)。利用薄切片穿透式电子显微术研究产芽孢梭菌孢子确实揭露孢子外外层具有发样突出物，但未提供关于与梭菌属菌落丛生有关的分布、功能或外观的论述。Hoeniger等人，“产芽孢梭菌中孢子萌发和向外生长的超微结构方位(UltrastructuralaspectsofsporegerminationandoutgrowthinClostridiumsporogenes)”Can.J.Microbiol.，15，1061-1065(1969)。已知穿透式电子显微术薄切片重建当一次观察及解释许多孢子的孢子外形态时存在显著问题，且所述问题与获得所述小、纤细且未充分染色的孢子附着于营养基质的薄切片相关。产芽孢梭菌孢子一旦打破休眠状态即可展现特定形态期，且孢子外膜似乎在成功发芽、长出、营养性增殖及基质表面结合位点的菌落丛生中发挥主动作用。Panessa-Warren等人，“产芽孢梭菌孢子内壁附着和萌发的电子显微镜检(ElectronmicroscopyofC.sporogenesendosporeattachmentandgermination)"Scanning16，227—240(1994)。咸信梭菌属孢子外膜为孢子外部“膜性”层，已描述为在发芽的被动参与物。然而，产芽孢梭菌ATCC3584孢子一旦打破休眠状态，似乎即产生扫描电子显微术(SEM)可见的极特定孢子外形态结构，其似乎有利于孢子与基质附着或与其它孢子附着(亦即例如孢子共聚集)。孢子外突出物随后经自孢子远程(亦即例如尾区)延伸的单柄置换，该柄似乎在营养细胞发育及长出的最后阶段期间锚定孢子。产芽孢梭菌附着初期，孢子外膜的纤细丝状突出物向外延伸，其中一些较短突出物附着于表面。参见图1，白色箭头。孢子外膜的长丝状突出物通常起源于孢子的上表面或侧面，且延伸至表面或最邻近孢子，将孢子结合在一起(共聚集)。孢子外膜突出物出现在产芽孢梭菌活化孢子的整个外表面上，最终发育成延伸至表面的单个粗附着结构，似乎用于锚定孢子。不同于产芽孢梭菌，艰难梭菌的附着孢子数目较少且需要较长培育时间来使附着发生。休眠艰难梭菌孢子较小(约长2.OgmX宽1.Igm)，呈椭圆形且基本上光滑。参见图2，插图。一旦活化开始，孢子即展现覆盖孢子外膜的低隆凸。参见图3。在附着早期，艰难梭菌43594长出覆盖伸长孢子的整个表面的孢子外凸块及圆丘。所述孢子在尾区长出更多伸长的孢子外突出物，所述突出物随后在发芽循环期间经变粗的附着结构置换。图3，黑色箭头。不同于产芽孢梭菌，艰难梭菌展现较少孢子外膜延伸，但产生在孢子尾端长出的变粗的孢子外膜延伸。产芽孢梭菌及艰难梭菌孢子在水或缓冲液中剧烈搅拌(亦即例如300rpm离心)期间保持附着于琼脂表面的能力有力地表明所述孢子具有强大的粘附和/或附着于表面的手段。在理想条件下，观察到在接种后27分钟内发生产芽孢梭菌附着于琼脂表面。在预先还原的琼脂上在缺氧条件下，观察到在88至105分钟内发生最大程度的产芽孢梭菌孢子附着。艰难梭菌孢子附着需要显著较长的时间，例如艰难梭菌9689需要105分钟且艰难梭菌ATCC43594需要180分钟。孢子一旦附着，即可保持牢固锚定于固体表面。艰难梭菌43594显得较独特，因为孢子附着极慢。然而，艰难梭菌可具有在暴露于有生命表面后加速附着的适应性反应。举例而言，已报导在具有肠道运动增加的患者及经受多次灌肠剂的患者中艰难梭菌院内感染的发病率增加。Bartlett，J.“Introduction”In艰难梭菌其在肠道中的作用(ClostridiumDifficile:ItsRoleinIntestinalDisease),R.Rolfe及S.Finegold编.AcademicPress,NewYork，第1-13页(1988)；Silva,J.Jr.，“艰难梭菌有关的肠道疾病的预防(PreventionofClostridiumdifficile-associatedintestinaldisease)"InClostridiumdifficile:ItsRoleinIntestinalDisease,R.Rolfe及S.Finegold编，AcademicPress,NewYork，第368-378页(1988)；及McFarland等人，“艰难梭菌感染医院米集(NosocomialacquisitionofClostridiumdifficileinfection.)NewEngl.J.Med.，320:204-210(1989)。艰难梭菌孢子通常可见于健康无症状个体的消化道中。因此，起始附着于肠及开始感染过程的触发机制可能为正常菌群损失(亦即例如由抗生素、疾病或反复灌肠引起)和/或结肠活动性过高的组合。梭菌属孢子的孢子外膜附着长出物典型具有直径为约7nm，且长度可在0.Inm与2.9nm之间变化。所述长出物包含原纤维，其长度通常小于200nm且可能极纤细。Hancock，I,“微生物细胞表面结构(Microbialcellsurfacearchitecture)”微生物细胞表面分析(MicrobialCellSurfaceAnalysis),N.Mozes,P.Handley,H.Busscher及P.Rouxhet编，VCHPublishers,NewYork，第23-59页(1991)。产芽孢梭菌的孢子外膜长出物的宽度通常量测为85nm至1015nm，然而，一些长出物、尤其亦包含共聚集附着物的长出物的长度可长达2000nm。产芽孢梭菌孢子外膜的圆丘样突出物的直径可在68nm至75nm范围内，且发芽后期可见的肿胀突出物的直径可达180nm至MOnm。显然，总视为“发芽中的被动参与物”的孢子外膜似乎在产芽孢梭菌及艰难梭菌的孢子附着及菌落丛生中发挥主动作用。在一个具体实例中，艰难梭菌蛋白质来源于孢子外膜表面层，其中该孢子外膜层包含艰难梭菌孢子的最外蛋白质。在一个具体实例中，本发明预期包含艰难梭菌孢子的至少一种最外表面蛋白质的组合物。在一个具体实例中，表面蛋白质包含孢子表面蛋白质。虽然不必了解发明机制，但咸信所述孢子表面蛋白质提供细菌孢子与基质表面结合位点之间的界面。亦咸信所述蛋白质可用于界定分子附着交互作用，包括(但不限于)i)孢子与有生命表面之间的交互作用；及ii)孢子与无生命表面之间的交互作用。艰难梭菌孢子外膜蛋白质的大小特征提供于表I中。表I.代表性艰难梭菌孢子外膜蛋白质的大小特征权利要求1.一种感染控制组合物，其能够阻断和/或抑制微生物孢子与基质表面的结合。2.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物包含有机小分子。3.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物包含蛋白质。4.根据权利要求3的组合物，其中，所述蛋白质包含孢子表面肽。5.根据权利要求4的组合物，其中，所述肽来源于梭菌属孢子表面蛋白质。6.根据权利要求5的组合物，其中，所述梭菌属表面蛋白质包含艰难梭菌孢子表面蛋白质。7.根据权利要求4的组合物，其中，所述肽来源于芽孢杆菌属孢子表面蛋白质。8.根据权利要求7的组合物，其中，所述芽孢杆菌属表面蛋白质包含炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。9.根据权利要求6的组合物，其中，所述艰难梭菌孢子表面肽包含SEQIDNO:1或SEQIDNO1的同源物。10.根据权利要求6的组合物，该艰难梭菌孢子表面肽选自包含SEQIDN0:3、SEQIDNO:5、SEQIDNO7及SEQIDNO15的群组。11.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物包含抗体。12.根据权利要求11的组合物，其中，所述抗体为多克隆抗体。13.根据权利要求11的组合物，其中，所述抗体为单克隆抗体。14.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物包含合成肽。15.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物包含无机离子复合物。16.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物包含蛋白质模拟物。17.根据权利要求1的组合物，其中，所述基质表面包含无生命表面。18.根据权利要求1的组合物，其中，所述基质表面包含有生命表面。19.根据权利要求18的组合物，其中，所述有生命表面包含身体组织表面。20.根据权利要求19的组合物，其中，所述身体组织表面包含上皮表面。21.根据权利要求20的组合物，其中，所述上皮表面包含哺乳动物皮肤表面。22.根据权利要求17的组合物，其中，所述无生命表面包含不锈钢。23.根据权利要求17的组合物，其中，所述无生命表面包含陶瓷。24.根据权利要求17的组合物，其中，所述无生命表面包含乙烯树脂。25.根据权利要求17的组合物，其中，所述无生命表面包含瓷砖。26.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。27.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物适于人类给药。28.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物进一步包含抗微生物皮肤清洁剂。29.根据权利要求观的组合物，其中，所述皮肤清洁剂包含手洗清洁剂。30.根据权利要求1的组合物，其中，所述组合物进一步包含抗微生物表面清洁剂。31.一种方法，其包含a)提供i)处于暴露于微生物的风险中的个体，其中，所述暴露可能导致微生物感染和/或菌落丛生；及ii)感染控制组合物；b)在该微生物暴露之前在使得形成微生物感染屏障的条件下向该个体给予该组合物。32.根据权利要求31的方法，其中，所述微生物感染屏障减少该微生物感染。33.根据权利要求31的方法，其中，所述微生物感染屏障阻止该微生物感染。34.根据权利要求31的方法，其中，所述微生物包含细菌。35.根据权利要求34的方法，其中，所述细菌选自包含梭菌属、芽孢杆菌属、脱硫肠状菌属、芽孢乳杆菌属、芽孢八叠球菌属或高温放线菌属(Thermoactinomyces)的群组。36.根据权利要求34的方法，其中，所述细菌包含细菌孢子。37.根据权利要求36的方法，其中，所述细菌孢子包含至少一种孢子表面蛋白质。38.根据权利要求37的方法，其中，所述梭菌属孢子表面蛋白质为艰难梭菌孢子表面蛋白质。39.根据权利要求37的方法，所述芽孢杆菌属孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。40.根据权利要求31的方法，其中，所述感染控制组合物包含氨基酸序列。41.根据权利要求40的方法，其中，所述氨基酸序列来源于微生物孢子表面蛋白质。42.根据权利要求40的方法，其中，所述氨基酸序列与微生物孢子表面蛋白质具有实质同源性。43.根据权利要求31的方法，其中，所述感染控制组合物包含能够抑制、拮抗、破坏、置换和/或阻断微生物孢子与基质表面的结合。44.根据权利要求31的方法，其中，所述感染控制组合物进一步包含拮抗化合物，其中，所述化合物对该微生物孢子表面蛋白质氨基酸序列具有亲和力。45.根据权利要求31的方法，其中，所述组合物进一步包含载剂。46.根据权利要求31的方法，其中，所述感染控制组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。47.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为卫生保健工作人员。48.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为医疗第一反应者。49.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为医疗患者。50.根据权利要求49的方法，其中，所述医疗患者处于卫生保健环境中。51.根据权利要求49的方法，其中，所述医疗患者已给予至少一种抗生素。52.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为消防员。53.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为警察。54.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为军事人员。55.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为食物操作员。56.根据权利要求31的方法，其中，所述处于风险中的个体为无生命表面和/或物体。57.根据权利要求31的方法，其中，所述给药选自由局部给药、经口给药、肠胃外给药、肺部给药、肛门给药、阴道给药、经眼给药及鼻内给药组成的群组。58.一种方法，其包含a)提供i)已暴露于微生物的个体，其中，所述暴露导致微生物感染；ii)感染控制组合物；b)在该微生物暴露之后在使得该微生物感染减少的条件下向该个体给予该组合物。59.根据权利要求58的方法，其中，所述微生物包含细菌。60.根据权利要求59的方法，其中，所述细菌包含细菌孢子。61.根据权利要求60的方法，其中，所述细菌孢子包含至少一种孢子表面蛋白质。62.根据权利要求61的方法，其中，所述细菌孢子表面蛋白质为艰难梭菌孢子表面蛋白质。63.根据权利要求61的方法，其中，所述细菌孢子表面蛋白质为炭疽芽孢杆菌孢子表面蛋白质。64.根据权利要求58的方法，其中，所述感染控制组合物包含能够抑制、拮抗、破坏、置换和/或阻断微生物孢子与基质表面的结合。65.根据权利要求58的方法，其中，所述感染控制组合物进一步包含拮抗化合物，其中，所述化合物对该微生物孢子表面蛋白质氨基酸序列具有亲和力。66.根据权利要求58的方法，其中，所述组合物进一步包含载剂。67.根据权利要求58的方法，其中，所述感染控制组合物进一步包含至少一种抗微生物药物。68.根据权利要求58的方法，其中，所述处于风险中的个体为卫生保健工作人员。69.根据权利要求58的方法，其中，所述处于风险中的个体为医疗第一反应者。70.一种筛选方法，其包含a)提供i)经分离的肽，其中，所述肽来源于微生物孢子表面蛋白质；及ii)怀疑与该肽具有交互作用的感染控制测试化合物；b)使该肽与该感染控制测试化合物接触；及c)检测该肽与该感染控制测试化合物的交互作用。71.根据权利要求70的方法，其中，所述方法进一步包含能够附着该经分离的肽的基质表面。72.根据权利要求71的方法，其中，所述基质表面包含猪皮。73.根据权利要求70的方法，其中，所述肽来源于梭菌属孢子表面。74.根据权利要求73的方法，其中，所述梭菌属孢子表面包含艰难梭菌孢子表面。75.根据权利要求70的方法，其中，所述肽来源于芽孢杆菌属孢子表面。76.根据权利要求75的方法，其中，所述芽孢杆菌属孢子表面包含炭疽芽孢杆菌孢子表面。77.根据权利要求70的方法，其中，所述肽包含孢子表面肽。78.根据权利要求77的方法，其中，所述孢子表面肽选自包含SEQIDNO:3、SEQIDNO5、SEQIDNO7及SEQIDNO:15的群组。79.根据权利要求70的方法，其中，所述肽包含抗体。全文摘要本发明提供编码介导微生物孢子附着于表面的新颖微生物蛋白质的基因(亦即例如孢子外膜基因及蛋白质)。所述微生物孢子蛋白质的特定片段可用于抑制微生物孢子附着于表面，从而提供感染控制剂。本发明提供包含编码孢子外膜蛋白质的基因的重组表达载体以及含有所述表达载体的宿主细胞。本文进一步提供鉴别包含抑制细菌孢子附着于身体组织或固体表面的孢子外膜蛋白质的感染控制组合物的筛选方法。另外，本发明提供孢子外膜蛋白质表达的核酸抑制剂的用途，其通过与编码孢子外膜蛋白质的核酸序列以及与孢子外膜mRNA杂交。本发明进一步描述对孢子外膜蛋白质具有亲和力的单克隆及多克隆抗体。文档编号C07K16/12GK102388064SQ201080014098公开日2012年3月21日申请日期2010年3月26日优先权日2009年3月27日发明者大卫·R·马希加,莎拉·L·艾德蒙德斯,詹姆斯·艾德蒙·宾翰申请人:高裘企业公司