1.一种木质素合成途径中上位性效应检测方法,包括以下步骤:
1)根据已知木质素合成通路,选取待测样品中参与合成木质素单体的基因作为目的基因;
2)对所述目的基因进行InDel位点基因型分型,获得待测样品的基因型数据;
3)根据所述待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量,用epiSNP软件计算具有上位性效应的位点;
4)对所述上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证。
2.根据权利要求1所述的上位性效应检测方法,其特征在于,所述待测样品为毛白杨。
3.根据权利要求2所述的上位性效应检测方法,其特征在于,所述目的基因为咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6,PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7,Pto4CL7。
4.根据权利要求3所述的上位性效应检测方法,其特征在于,所述步骤2)包括以下步骤:
2.1)根据咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6,PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7,Pto4CL7设计引物,以待测样品基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得目的基因全长序列,将所述目的基因全长序列进行多重比对,得到InDel位点;
2.2)根据所述InDel位点设计PCR扩增标记引物,所述PCR扩增标记引物包括正向引物和反向引物,所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰;
2.3)用所述PCR扩增标记引物对待测样本基因组DNA进行PCR扩增,用毛细管荧光凝胶电泳检测得到的扩增产物:若扩增产物中有两条条带,则该InDel位点的基因型为杂合型SL;若扩增产物中有一条条带且片段大小与杂合型SL中大的片段相同,则该InDel位点基因型为插入纯合型LL;若扩增产物中有一条条带且片段大小与杂合型SL中小的片段相同,则表示该InDel位点为缺失纯合型SS。
5.根据权利要求4中所述的上位性效应检测方法,其特征在于,步骤2.1)所述咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6,PtoCCoAOMT6设计的引物包括4对,序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2,SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4,SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6,以及SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8。
6.根据权利要求4中所述的上位性效应检测方法,其特征在于,步骤2.1)所述4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7,Pto4CL7设计的引物包括6对,序列分别为SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10,SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12,SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14,SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16,SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18,以及SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20。
7.根据权利要4所述的上位性效应检测方法,其特征在于,所述InDel位点为两个,分别是位于咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6第3474位碱基的InDel1位点和位于4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7第5027位碱基的InDel2位点。
8.根据权利要7所述的上位性效应检测方法,其特征在于,所述InDel1位点的PCR扩增标记引物的碱基序列为EQ ID NO.21和SEQ ID NO.22;所述InDel2位点的PCR扩增标记引物的碱基序列为EQ ID NO.23和SEQ ID NO.24。
9.根据权利要1或4所述的上位性效应检测方法,其特征在于,所述步骤2)后还包括:将所述步骤2)获得的基因型数据进行筛选,筛选标准为:每个InDel标记位点有三种基因型包括SL、LL和SS,并且最小基因型频率≥5%;每两个InDel标记位点间有九种基因型组合包括SSSS、SSSL、SSLL、SLSS、SLSL、SLLL、LLSS、LLSL和LLLL。
10.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤4)中所述检测验证采用epiSNP软件计算,计算结果P_I和P_value值均≤1.00E-05,说明上位性效应位点间的上位性效应显著。