1.一个影响玉米南方锈病抗性的主效qtl，其特征在于：所述主效qtl位于第10号染色体的短臂上，在标记10-1523544与标记10-1712625之间。
2.按照权利要求1所述的影响玉米南方锈病抗性的主效qtl，其特征在于：所述主效qtl位点存在一个主效候选基因loc103640673，其编码1个与抗病基因rpp13类似的蛋白，而rpp13是拟南芥中发现的1个霜霉病抗性基因。
3.按照权利要求1所述的的影响玉米南方锈病抗性的主效qtl，其特征在于：所述主效候选基因loc103640673的碱基序列如seqidno.1所示，其编码的蛋白的氨基酸序列如seqidno.2所示。
4.按照权利要求1所述的所述的影响玉米南方锈病抗性的主效qtl，其特征在于：所述主效qtl位点对南方锈病抗性的表型变异解释率为49.6％。
5.按照权利要求1所述的所述的影响玉米南方锈病抗性的主效qtl，其特征在于：作图群体是由182株t2代组成的群体，其亲本的母本为phw52，父本为抗玉米南方锈病s313；所述的主效qtl位点正向等位变异来自于s313。
6.权利要求1所述的影响玉米南方锈病抗性的主效qtl在玉米育种中应用。