用于鉴定稳健型败血症亚型的分类器的制作方法

文档序号:22688099发布日期:2020-10-28 12:57阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种用于确定患有败血症的受试者是否具有炎性表型、适应性表型或凝血性表型的方法,所述方法包括:

(a)测量从所述受试者获得的rna的样品中的由以下中的至少两种来编码的rna转录物的数量:arg1、lcn2、ltf、olfm4、hla-dmb、ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22、frs2、gadd45a、cd24、s100a12、stx1a、kcnmb4、crisp2、htra1、ppl、rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和relb,以获得基因表达数据;以及

(b)基于所述基因表达数据,提供指示所述受试者是否具有炎性表型、适应性表型或凝血性表型的报告,其中:

(i)增加的arg1、lcn2、ltf和/或olfm4和/或降低的hla-dmb指示所述受试者具有炎性表型;

(ii)增加的ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22和/或frs2和/或降低的gadd45a、cd24、s100a12和/或stx1a指示所述受试者具有适应性表型;并且

(iii)增加的kcnmb4、crisp2、htra1和/或ppl和/或降低的rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和/或relb指示所述受试者具有凝血性表型。

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述测量步骤通过测序来完成。

3.根据权利要求1所述的方法,其中所述测量步骤通过rt-pcr来完成。

4.根据权利要求1所述的方法,其中所述测量步骤通过标记rna或由其制备的cdna并将经过标记的rna或cdna与支持物,例如阵列或珠粒,杂交来完成。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述样品包括从全血、白细胞、嗜中性粒细胞或血沉棕黄层中分离出的rna。

6.一种用于治疗患有败血症的受试者的方法,所述方法包括:

(a)接收指示所述受试者是否具有炎性表型、适应性表型或凝血性表型的报告,其中所述报告基于通过以下方法获得的基因表达数据:测量从所述受试者获得的rna的样品中的由以下中的至少两种编码的rna转录物的数量:arg1、lcn2、ltf、olfm4、hla-dmb、ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22、frs2、gadd45a、cd24、s100a12、stx1a、kcnmb4、crisp2、htra1、ppl、rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和relb,其中:

(i)增加的arg1、lcn2、ltf和/或olfm4和/或降低的hla-dmb指示所述受试者具有炎性表型;

(ii)增加的ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22和/或frs2和/或降低的gadd45a、cd24、s100a12和/或stx1a指示所述受试者具有适应性表型;并且

(iii)增加的kcnmb4、crisp2、htra1和/或ppl和/或降低的rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和/或relb指示所述受试者具有凝血性表型;以及

(b)基于所述受试者是否被指示为具有炎性表型、适应性表型或凝血性表型来治疗所述受试者。

7.根据权利要求6所述的方法,其中具有炎性或适应性表型的受试者是用先天或适应性免疫调节剂来治疗的,如阿巴西普(abatacept)、阿贝莫司(abetimus)、阿布鲁单抗(abrilumab)、阿达木单抗(adalimumab)、阿非莫单抗(afelimomab)、阿柏西普(aflibercept)、阿法赛特(alefacept)、阿那白滞素(anakinra)、安卡利昔单抗(andecaliximab)、安利夫单抗(anifrolumab)、安芦珠单抗(anrukinzumab)、抗淋巴球蛋白、抗胸腺细胞球蛋白、抗叶酸剂、阿泊珠单抗(apolizumab)、阿普斯特(apremilast)、阿塞珠单抗(aselizumab)、阿特朱单抗(atezolizumab)、阿托木单抗(atorolimumab)、阿维鲁单抗(avelumab)、硫唑嘌呤(azathioprine)、巴利昔单抗(basiliximab)、贝拉西普(belatacept)、贝利木单抗(belimumab)、贝拉利珠单抗(benralizumab)、柏替木单抗(bertilimumab)、贝索单抗(besilesomab)、布列单抗(bleselumab)、布利斯比莫德(blisibimod)、布拉兹库单抗(brazikumab)、布雷奴单抗(briakinumab)、布洛多单抗(brodalumab)、康纳单抗(canakinumab)、卡鲁单抗(carlumab)、西地珠单抗(cedelizumab)、赛妥珠单抗(certolizumabpegol)、氯奎宁(chloroquine)、克拉唑卡珠单抗(clazakizumab)、克立昔单抗(clenoliximab)、皮质类固醇(corticosteroid)、环孢霉素(cyclosporine)、达克珠单抗(daclizumab)、杜普单抗(dupilumab)、度伐单抗(durvalumab)、依库丽单抗(eculizumab)、依法利珠(efalizumab)、埃尔德单抗(eldelumab)、伊斯利莫(elsilimomab)、依帕伐单抗(emapalumab)、依诺珠单抗(enokizumab)、依帕珠单抗(epratuzumab)、厄利珠单抗(erlizumab)、依那西普(etanercept)、依曲利珠单抗(etrolizumab)、依维莫司(everolimus)、法索单抗(fanolesomab)、法拉莫单抗(faralimomab)、费扎尼单抗(fezakinumab)、弗列珠单抗(fletikumab)、芬特妥珠单抗(fontolizumab)、去甲美马单抗(fresolimumab)、加利昔单抗(galiximab)、加维莫单抗(gavilimomab)、格伐克单抗(gevokizumab)、吉尔维特单抗(gilvetmab)、戈利木单抗(golimumab)、高密昔单抗(gomiliximab)、古塞尔库姆单抗(guselkumab)、胍立莫司(gusperimus)、羟化氯喹(hydroxychloroquine)、伊巴珠单抗(ibalizumab)、免疫球蛋白e、英特单抗(inebilizumab)、英夫利昔单抗(infliximab)、伊诺莫单抗(inolimomab)、整联蛋白、干扰素、伊匹单抗(ipilimumab)、伊托珠单抗(itolizumab)、衣克珠单抗(ixekizumab)、克利昔单抗(keliximab)、拉帕单抗(lampalizumab)、拉纳德卢单抗(lanadelumab)、利勃珠单抗(lebrikizumab)、来氟米特(leflunomide)、利马索单抗(lemalesomab)、来那度胺(lenalidomide)、利兹鲁单抗(lenzilumab)、勒德利木单抗(lerdelimumab)、来曲单抗(letolizumab)、利格珠单抗(ligelizumab)、利鲁单抗(lirilumab)、鲁利珠单抗(lulizumabpegol)、鲁昔单抗(lumiliximab)、马司莫单抗(maslimomab)、马维里单抗(mavrilimumab)、美泊利单抗(mepolizumab)、迈他珠单抗(metelimumab)、甲氨蝶呤(methotrexate)、米诺环素(minocycline)、莫加利单抗(mogamulizumab)、莫洛莫单抗(morolimumab)、莫罗单抗-cd3(muromonab-cd3)、霉酚酸(mycophenolicacid)、纳霉单抗(namilumab)、那他珠单抗(natalizumab)、奈利莫单抗(nerelimomab)、纳武单抗(nivolumab)、奥滨尤妥珠单抗(obinutuzumab)、奥克里昔单抗(ocrelizumab)、奥度莫单抗(odulimomab)、奥列克鲁单抗(oleclumab)、奥昔单抗(olokizumab)、奥马珠单抗(omalizumab)、奥立昔单抗(otelixizumab)、奥索单抗(oxelumab)、奥索利单抗(ozoralizumab)、帕姆雷夫卢单抗(pamrevlumab)、帕昔单抗(pascolizumab)、帕替利单抗(pateclizumab)、pde4抑制剂、培格那西普(pegsunercept)、派姆单抗(pembrolizumab)、哌拉单抗(perakizumab)、培克珠单抗(pexelizumab)、匹利珠单抗(pidilizumab)、吡美莫司(pimecrolimus)、普鲁单抗(placulumab)、帕洛珠单抗(plozalizumab)、泊马度胺(pomalidomide)、普立昔单抗(priliximab)、嘌呤合成抑制剂、嘧啶合成抑制剂、奎珠单抗(quilizumab)、瑞利珠单抗(reslizumab)、地磷莫司(ridaforolimus)、利纳西普(rilonacept)、利妥昔单抗(rituximab)、罗他珠单抗(rontalizumab)、罗维珠单抗(rovelizumab)、鲁普单抗(ruplizumab)、沙马利单抗(samalizumab)、沙利鲁单抗(sarilumab)、苏金单抗(secukinumab)、西法木单抗(sifalimumab)、西普利单抗(siplizumab)、西罗莫司(sirolimus)、西鲁库单抗(sirukumab)、硫索单抗(sulesomab)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、他巴单抗(tabalumab)、他克莫司(tacrolimus)、他利珠单抗(talizumab)、阿替莫单抗-阿利毒素偶联物(telimomabaritox)、替西罗莫司(temsirolimus)、替奈昔单抗(teneliximab)、替普珠单抗(teplizumab)、特立氟胺(teriflunomide)、替西普鲁单抗(tezepelumab)、替拉珠单抗(tildrakizumab)、托珠单抗(tocilizumab)、托法替尼(tofacitinib)、托拉珠单抗(toralizumab)、曲洛单抗(tralokinumab)、曲利单抗(tregalizumab)、曲美单抗(tremelimumab)、乌洛克普鲁单抗(ulocuplumab)、咗他莫司(umirolimus)、乌洛单抗(urelumab)、优特克单抗(ustekinumab)、伐利昔单抗(vapaliximab)、瓦利路单抗(varlilumab)、伐他珠单抗(vatelizumab)、维多珠单抗(vedolizumab)、维帕莫单抗(vepalimomab)、维西珠单抗(visilizumab)、伏巴利珠单抗(vobarilizumab)、扎诺米单抗(zanolimumab)、阿佐莫单抗(zolimomabaritox)、佐他莫司(zotarolimus)或重组人细胞因子,如rh-干扰素-γ。

8.根据权利要求6所述的方法,其中具有炎性或适应性表型的受试者是用pd1、pdl1、ctla4、tim-3、btla、trem-1、lag3、vista或任一种人分化簇中的阻断或信号传导修饰来治疗的,包含cd1、cd1a、cd1b、cd1c、cd1d、cd1e、cd2、cd3、cd3d、cd3e、cd3g、cd4、cd5、cd6、cd7、cd8、cd8a、cd8b、cd9、cd10、cd1la、cdllb、cd1lc、cd1ld、cd13、cd14、cd15、cd16、cd16a、cd16b、cd17、cd18、cd19、cd20、cd21、cd22、cd23、cd24、cd25、cd26、cd27、cd28、cd29、cd30、cd31、cd32a、cd32b、cd33、cd34、cd35、cd36、cd37、cd38、cd39、cd40、cd41、cd42、cd42a、cd42b、cd42c、cd42d、cd43、cd44、cd45、cd46、cd47、cd48、cd49a、cd49b、cd49c、cd49d、cd49e、cd49f、cd50、cd51、cd52、cd53、cd54、cd55、cd56、cd57、cd58、cd59、cd60a、cd60b、cd60c、cd61、cd62e、cd62l、cd62p、cd63、cd64a、cd65、cd65s、cd66a、cd66b、cd66c、cd66d、cd66e、cd66f、cd68、cd69、cd70、cd71、cd72、cd73、cd74、cd75、cd75s、cd77、cd79a、cd79b、cd80、cd81、cd82、cd83、cd84、cd85a、cd85b、cd85c、cd85d、cd85f、cd85g、cd85h、cd85i、cd85j、cd85k、cd85m、cd86、cd87、cd88、cd89、cd90、cd91、cd92、cd93、cd94、cd95、cd96、cd97、cd98、cd99、cd100、cd101、cd102、cd103、cd104、cd105、cd106、cd107、cd107a、cd107b、cdl08、cd109、cd110、cd111、cd112、cd113、cd114、cd115、cd116、cd117、cd118、cd119、cd120、cd120a、cd120b、cd121a、cd121b、cd122、cd123、cd124、cd125、cd126、cd127、cd129、cd130、cd131、cd132、cd133、cd134、cd135、cd136、cd137、cd138、cd139、cd140a、cd140b、cd141、cd142、cd143、cd144、cdw145、cd146、cd147、cd148、cd150、cd151、cd152、cd153、cd154、cd155、cd156、cd156a、cd156b、cd156c、cd157、cd158、cd158a、cd158b1、cd158b2、cd158c、cd158d、cd158e1、cd158e2、cd158f1、cd158f2、cd158g、cd158h、cd158i、cd158j、cd158k、cd159a、cd159c、cd160、cd161、cd162、cd163、cd164、cd165、cd166、cd167a、cd167b、cd168、cd169、cd170、cd171、cd172a、cd172b、cd172g、cd173、cd174、cd175、cd175s、cd176、cd177、cd178、cd179a、cd179b、cd180、cd181、cd182、cd183、cd184、cd185、cd186、cd187、cd188、cd189、cd190、cd191、cd192、cd193、cd194、cd195、cd196、cd197、cdw198、cdw199、cd200、cd201、cd202b、cd203c、cd204、cd205、cd206、cd207、cd208、cd209、cd210、cdw210a、cdw210b、cd211、cd212、cd213a1、cd213a2、cd214、cd215、cd216、cd217、cd218a、cd218b、cd219、cd220、cd221、cd222、cd223、cd224、cd225、cd226、cd227、cd228、cd229、cd230、cd231、cd232、cd233、cd234、cd235a、cd235b、cd236、cd237、cd238、cd239、cd240ce、cd240d、cd241、cd242、cd243、cd244、cd245、cd246、cd247、cd248、cd249、cd250、cd251、cd252、cd253、cd254、cd255、cd256、cd257、cd258、cd259、cd260、cd261、cd262、cd263、cd264、cd265、cd266、cd267、cd268、cd269、cd270、cd271、cd272、cd273、cd274、cd275、cd276、cd277、cd278、cd279、cd280、cd281、cd282、cd283、cd284、cd285、cd286、cd287、cd288、cd289、cd290、cd291、cd292、cdw293、cd294、cd295、cd296、cd297、cd298、cd299、cd300a、cd300c、cd301、cd302、cd303、cd304、cd305、cd306、cd307、cd307a、cd307b、cd307c、cd307d、cd307e、cd308、cd309、cd310、cd311、cd312、cd313、cd314、cd315、cd316、cd317、cd318、cd319、cd320、cd321、cd322、cd323、cd324、cd325、cd326、cd327、cd328、cd329、cd330、cd331、cd332、cd333、cd334、cd335、cd336、cd337、cd338、cd339、cd340、cd344、cd349、cd351、cd352、cd353、cd354、cd355、cd357、cd358、cd360、cd361、cd362、cd363、cd364、cd365、cd366、cd367、cd368、cd369、cd370或cd371。

9.根据权利要求6所述的方法,其中具有凝血性表型的受试者是用一种或多种修饰凝血级联或血小板活化的药物治疗的,如靶向以下的那些药物:白蛋白、抗血友球蛋白、ahfa、c1抑制剂、ca++、cd63、克里斯马斯因子、ahfb、内皮细胞生长因子、表皮生长因子、因子v、xi、xiii、纤维蛋白稳定因子、laki-lorand因子、纤维蛋白形成酶、纤维蛋白原、纤连蛋白、gmp33、哈格曼因子、高分子量激肽原、iga、igg、igm、白细胞介素-1b、多聚蛋白、p-选择素、血浆促凝血酶原激酶先质、ahfc、纤溶酶原活化剂抑制剂1、血小板因子、血小板衍生生长因子、前激肽释放酶、促凝血球蛋白原、前转变素、蛋白质c、蛋白质m、蛋白质s、凝血酶原、stuart-prower因子、tf、促凝血酶原激酶、血小板反应蛋白、组织因子途径抑制剂、转化生长因子-β、血管内皮生长因子、玻连蛋白、血管性血友病因子、α2-抗纤维蛋白溶酶、α2-巨球蛋白、β-血小板球蛋白或凝血或血小板活化级联的其它成员。

10.根据权利要求6所述的方法,其中具有凝血性表型的受试者是用以下治疗的:血液产物、肝素、低分子量肝素、阿哌沙班(apixaban)、达比加群(dabigatran)、利伐沙班(rivaroxaban)、达肝素(dalteparin)、磺达肝癸钠(fondaparinux)、华法林(warfarin)、活化蛋白c、重组凝血级联蛋白、氨甲环酸或另一种修饰凝血的药物。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中指示所述受试者是否具有炎性表型、适应性表型或凝血性表型进一步基于所述受试者是否是男性、所述受试者的年龄、白细胞计数、嗜中性粒细胞计数、带计数、淋巴细胞计数、单核细胞计数、所述受试者是否受到免疫抑制和/或是否存在革兰氏阴性(gram-negative)细菌。

12.一种方法,其包括:

测量从受试者获得的rna的样品中的由以下中的至少两种编码的rna转录物的数量:arg1、lcn2、ltf、olfm4、hla-dmb、ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22、frs2、gadd45a、cd24、s100a12、stx1a、kcnmb4、crisp2、htra1、ppl、rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和relb。

13.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中基因表达数据包括对从受试者获得的rna的样品中的由以下中的至少3种、至少5种、至少10种、至少15种、至少20种、至少30种或以下所有编码的rna转录物的数量的量度:arg1、lcn2、ltf、olfm4、hla-dmb、ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22、frs2、gadd45a、cd24、s100a12、stx1a、kcnmb4、crisp2、htra1、ppl、rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和relb。

14.一种试剂盒,其包括试剂,所述试剂盒用于测量由以下中的至少2种、至少3种、至少5种、至少10种、至少15种、至少20种、至少30种或以下所有编码的rna转录物的数量:arg1、lcn2、ltf、olfm4、hla-dmb、ykt6、pde4b、twistnb、btn2a2、zbtb33、psmb9、camk4、tmem19、slc12a7、tp53bp1、plekho1、slc25a22、frs2、gadd45a、cd24、s100a12、stx1a、kcnmb4、crisp2、htra1、ppl、rhbdf2、zcchc4、ykt6、ddx6、senp5、rapgef1、dtx2和relb。

15.根据权利要求14所述的试剂盒,其中针对每种rna转录物,所述试剂包括与所述转录物杂交的序列特异性寡核苷酸。

16.根据权利要求15所述的试剂盒,其中序列特异性寡核苷酸是生物素化的和/或标记有光学可检测部分。

17.根据权利要求14所述的试剂盒,其中针对每种rna转录物,所述试剂包括一对pcr引物,所述一对pcr引物扩增来自所述rna转录物或由其制备的cdna的序列。

18.根据权利要求14所述的试剂盒,其中所述试剂包括寡核苷酸探针的阵列,其中针对每种rna转录物,所述阵列包括至少一种与所述转录物杂交的序列特异性寡核苷酸。


技术总结
本公开提供了一种基于基因表达的方法,所述方法用于确定患有败血症的受试者是否具有炎性表型、适应性表型或凝血性表型。还提供了一种用于执行所述方法的试剂盒。

技术研发人员:P·卡特里;T·E·斯温内
受保护的技术使用者:斯坦福大学托管董事会
技术研发日:2019.01.28
技术公布日:2020.10.27
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