1.一种确定样品中生物靶标的丰度、表达和/或活性的空间分布的方法，其中所述生物靶标为核酸，所述方法包括：
(a)将样品附着到至少一个具有多条寻址通道的微流控装置上；
(b)将用于所述核酸的探针传递到样品中的位点，所述探针包括：
(i)靶标结合部，能够结合所述核酸；和
(ii)地址标签，其识别所述探针被送达的多个位点中的每一个；
(c)使每个探针结合到所述样品中的所述核酸上；
(d)分析结合到所述核酸上的所述探针：(1)通过评估结合到所述核酸上的所述探针的量来确定所述核酸的丰度、表达、和/或活性；和(2)确定所述探针的所述地址标签的身份；和
(e)基于所述分析确定所述样品中多个位点上的所述核酸的丰度和/或活性的空间分布。
2.一种确定样品中生物靶标的丰度、表达和/或活性的空间分布的方法，其中所述生物靶标为核酸，所述方法包括：
(a)将用于所述核酸的探针传递给样品中的位点，所述探针包括：
(i)靶标结合部，能够结合所述核酸；和
(ii)地址标签，其识别所述探针被送达的多个位点中的每一个；
(b)使每个探针结合到所述样品中的所述核酸上；
(c)分析结合到所述核酸上的所述探针：(1)通过评估结合到所述核酸上的所述探针的量来确定所述核酸的丰度、表达、和/或活性；和(2)确定所述探针的所述地址标签的身份；和
(d)基于所述分析确定所述样品中多个位点上的所述核酸的丰度和/或活性的空间分布。
3.一种分析样品中生物靶标的方法，其中所述生物靶标为核酸，所述方法包括：
(a)将用于所述核酸的探针传递给样品中的多个位点，所述探针包括能够特异性地结合所述核酸的结合部；
(b)向所述样品中的所述多个位点中的位点传递地址标签，其中所述地址标签用于结合所述探针并识别所述样品中的位点；和
(c)通过测序分析所述探针/地址标签结合物，其中测序产物包括所述地址标签的全部或部分。
4.一种分析样品中生物靶标的方法，其中所述生物靶标为核酸，所述方法包括：
(a)将用于所述核酸的探针传递给样品中的多个位点，所述探针包括能够特异性地结合所述核酸的结合部；
(b)向所述样品中的第一位点传递第一地址标签，其中所述第一地址标签用于结合所述探针并识别所述样品中的所述第一位点；
(c)向所述样品中的第二位点传递第二地址标签，其中所述第二地址标签识别所述样品中的所述第二位点，并且所述第二地址标签用于在所述样品中所述第一位点和所述第二位点的交点处结合所述探针与所述第一地址标签的结合物；和
(d)通过测序分析所述探针、所述第一地址标签和所述第二地址标签的结合物，其中测序产物包括所述第一地址标签和所述第二地址标签的全部或部分。
5.用于确定样品中一种或多种生物靶标的丰度、表达、和/或活性的空间分布的系统，其中所述一种或多种生物靶标是一种或多种核酸，所述系统包括：
第一模块，用于将一种或多种核酸中的每一种核酸的探针传递到样品中的多个位点，其中每个探针包括能够结合相应核酸的靶标结合部；
第二模块，用于将地址标签传递到样品中所述多个位点中的每个位点，其中所述地址标签用于与结合到所述核酸的探针相结合并识别所述地址标签被送达的所述位点；
第三模块，用于分析结合到所述一种或多种核酸的探针/地址标签结合物，所述分析包括：(1)通过评估结合到所述一种或多种核酸上的所述探针/地址标签结合物的量来确定所述一种或多种核酸的丰度、表达、和/或活性；和(2)确定识别标签以及所述探针/地址标签结合物中的所述地址标签的身份；以及
第四模块，用于基于所述分析确定所述样品中多个位点上的所述一种或多种核酸的丰度、表达、和/或活性的空间分布。
6.根据权利要求5所述的系统，其中所述第二模块包括用于传送所述地址标签的一个或多个微流控装置。
7.根据权利要求6所述的系统，其中所述一个或多个微流控装置包括第一组复合寻址通道和第二组复合寻址通道，其中每一条所述第一组复合寻址通道向所述样品传递不同的第一地址标签，每一条所述第二组复合寻址通道向所述样品传递不同的第二地址标签。
8.一种确定样品中生物靶标的丰度、表达和/或活性的空间分布的方法，包括：
(a)将用于所述生物靶标的探针传递给样品中的位点，所述探针包括：
(i)靶标结合部，能够结合所述生物靶标；和
(ii)地址标签，其识别所述探针被送达的多个位点中的每一个；
(b)使每个探针结合到所述样品中的所述生物靶标上；
(c)分析结合到所述生物靶标上的所述探针：(1)通过评估结合到所述生物靶标上的所述探针的量来确定所述生物靶标的丰度、表达、和/或活性；和(2)确定所述探针的所述地址标签的身份；和
(d)基于所述分析确定所述样品中多个位点上的所述生物靶标的丰度和/或活性的空间分布。
9.一种确定样品中生物靶标的丰度、表达和/或活性的空间分布的方法，包括：
(a)将样品附着到至少一个具有多条寻址通道的微流控装置上；
(b)将用于所述生物靶标的探针传递给样品中的位点，所述探针包括：
(i)靶标结合部，能够结合所述生物靶标；和
(ii)地址标签，其识别所述探针被送达的多个位点中的每一个；
(c)使每个探针结合到所述样品中的所述生物靶标上；
(d)分析结合到所述生物靶标上的所述探针：(1)通过评估结合到所述生物靶标上的所述探针的量来确定所述生物靶标的丰度、表达、和/或活性；和(2)确定所述探针的所述地址标签的身份；和
(e)基于所述分析确定所述样品中多个位点上的所述生物靶标的丰度和/或活性的空间分布。
10.一种分析样品中生物靶标的方法，包括：
(a)将用于生物靶标的探针传递给样品中的多个位点，所述探针包括能够特异性地结合生物靶标的结合部；
(b)向所述样品中的所述多个位点中的位点传递地址标签，其中所述地址标签用于结合所述探针并识别所述样品中的位点；
(c)通过测序分析所述探针/地址标签结合物，其中测序产物包括所述地址标签的全部或部分。
11.一种分析样品中生物靶标的方法，包括：
(a)将用于生物靶标的探针传递给样品中的多个位点，所述探针包括能够特异性地结合生物靶标的结合部；
(b)向所述样品中的第一位点传递第一地址标签，其中所述第一地址标签用于结合所述探针并识别所述样品中的所述第一位点；
(c)向所述样品中的第二位点传递第二地址标签，其中所述第二地址标签识别所述样品中的所述第二位点，并且所述第二地址标签用于在所述样品中所述第一位点和所述第二位点的交点处结合所述探针与所述第一地址标签的结合物；
(d)通过测序分析所述探针、所述第一地址标签和所述第二地址标签的结合物，其中测序产物包括所述第一地址标签和所述第二地址标签的全部或部分。
12.用于确定样品中多个位点上的一种或多种生物靶标的丰度、表达、和/或活性的空间分布的系统，包括：
第一模块，用于将一种或多种生物靶标中的每一种生物靶标的探针传递到样品中的多个位点，其中每个探针包括能够结合所述探针的相应生物靶标的靶标结合部；
第二模块，用于将地址标签传递到样品中所述多个位点中的每个位点，其中所述地址标签用于与结合到所述生物靶标的探针相结合并识别所述地址标签被送达的所述位点；
第三模块，用于分析结合到所述一种或多种生物靶标的探针/地址标签结合物，所述分析包括：(1)通过评估结合到所述生物靶标上的所述探针/地址标签结合物的量来确定所述一种或多种生物靶标的丰度、表达、和/或活性；和(2)确定识别标签以及所述探针/地址标签结合物中的所述地址标签的身份；以及
第四模块，用于基于所述分析确定所述样品中多个位点上的所述一种或多种生物靶标的丰度、表达、和/或活性的空间分布。
13.根据权利要求12所述的系统，其中所述第二模块包括用于传递所述地址标签的一个或多个微流控装置。
14.根据权利要求13所述的系统，其中所述一个或多个微流控装置包括第一组复合寻址通道和第二组复合寻址通道，其中每一条所述第一组复合寻址通道向所述样品传递不同的第一地址标签，每一条所述第二组复合寻址通道向所述样品传递不同的第二地址标签。
15.根据权利要求1-4或8-11任一所述的方法，还包括：在步骤(a)和(b)之间，使所述探针与所述生物靶标杂交。
16.根据权利要求1-4，8-11或15任一所述的方法，还包括：使用所述生物靶标作为模板延伸所述探针，由此产生包含所述探针的至少一部分和所述生物靶标的至少一部分的寡核苷酸序列。
17.根据权利要求1-4，8-11，15或16任一所述的方法，其中所述探针还包括第一连接区域，所述地址标签包括第二连接区域，通过所述第一连接区域和所述第二连接区域之间的连接，所述探针与所述地址标签结合。
18.根据权利要求4，11或15-17任一所述的方法，其中位于所述样品中所述第一位点和所述第二位点的交点处的所述第一地址标签和所述第二地址标签是相同的。
19.根据权利要求4，11或15-17任一所述的方法，其中位于所述样品中所述第一位点和所述第二位点的交点处的所述第一地址标签和所述第二地址标签是不同的。
20.根据权利要求1-4，8-11或15-19任一所述的方法，其中所述探针包括多个结合部，所述多个结合部能够特异性地结合所述生物靶标中的相同序列或不同序列，或者能够特异性地结合不同的生物靶标。
21.根据权利要求1-4，8-11或15-20任一所述的方法，其中所述样品为新分离的样品、固定的样品、冷冻的样品、包埋的样品、经处理的样品，或其组合。
22.根据权利要求1-4，8-11或15-21任一所述的方法，其中所述地址标签包含寡核苷酸。
23.根据权利要求1-4，8-11或15-22任一所述的方法，其中所述分析通过高通量数字核酸测序进行。
24.根据权利要求1-4，8-11或15-23任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于20。
25.根据权利要求1-4，8-11或15-24任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于50。
26.根据权利要求1-4，8-11或15-25任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于75。
27.根据权利要求1-4，8-11或15-26任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于100。
28.根据权利要求1-4，8-11或15-27任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于1,000。
29.根据权利要求1-4，8-11或15-28任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于10,000。
30.根据权利要求1-4，8-11或15-29任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于100,000。
31.根据权利要求1-4，8-11或15-30任一所述的方法，其中所述样品中待测生物靶标数与待测位点数之积大于1,000,000。
32.根据权利要求1-4或8-11任一所述的方法，其中至少十万个探针或探针/地址标签结合物被平行分析。
33.根据权利要求32所述的方法，其中至少五十万个探针或探针/地址标签结合物被平行分析。
34.根据权利要求33所述的方法，其中至少一百万个探针或探针/地址标签结合物被平行分析。
35.根据权利要求1-4或8-11任一所述的方法，其中已知百分比的用于所述核酸的探针是衰减探针。
36.根据权利要求35所述的方法，其中所述衰减探针限制扩增产物的产量。
37.根据权利要求35所述的方法，其中所述衰减探针缺少5’磷酸。
38.根据权利要求1-4或8-11任一所述的方法，其中所述地址标签通过连接或通过延伸或其任意组合来结合到所述探针上。