rs492594的基因型的检测方法及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及一种rs492594的基因型的检测方法及其应用，属于生物医药领域，
【背景技术】
[0002] 噻唑烷二酮类药物又称为胰岛素增敏剂，是临床上常用的口服降糖药物。噻唑 烷二酮类药物包括吡格列酮、曲格列酮、罗格列酮等，这些药物具有相似的化学结构，即2， 4-噻唑烷二酮结构，不同的药物区别在于具有不同的侧链取代基。但是这些化合药物的安 全性不尽相同，目前仍在临床上广泛使用的只有吡格列酮。噻唑烷二酮类药物是过氧化物 酶体增殖物激活受体γ (PPARy)激动剂。PPARy激活后发生结构上的变化，可招募多种共 激活物与之结合，发挥不同的生物学作用，包括增加外周组织的胰岛素敏感性，减轻骨骼肌 和肝脏的脂肪沉积，促进骨骼肌对循环中葡萄糖的利用，抑制肝糖输出。也有研宄提示噻唑 烷二酮类药物可保护胰腺β细胞功能。
[0003] 目前临床上虽然有多种口服降糖药物，但是一方面难以做到个体化治疗使药物发 挥最大疗效，另一方面由于副作用的发生限制了某些降糖药物的使用。药物作用差异主要 是个体在药物效应和代谢相关的遗传背景差异所决定的。通过研宄口服降糖药物的药物遗 传学，可以采用遗传信息为个体化用药提供理论依据。吡格列酮是目前市场上仍在使用的 噻唑烷二酮类药物。研宄显示，它除了降低血糖、延缓糖尿病前期进展为糖尿病，还有抗炎 和抗动脉粥样硬化，具有潜在的心血管保护作用。同时也有导致水肿、体重增加、骨折风险 增加和心力衰竭的不良反应。吡格列酮的适应症是所有2型糖尿病，但由于2型糖尿病病 因和发病机制的异质性，如果不加细分，必然有少部分病人出现不良反应或疗效不佳，导致 患者医疗费用增加和因不良反应导致的身心危害。因此，找出对该药敏感的2型糖尿病特 殊群体，使用个体化的药物剂量，可能对病人带来更多收益。
[0004] G6PC2基因位于2q24. 3,编码葡萄糖-6-磷酸酶催化亚基2。该蛋白在胰腺β细 胞特异性表达，细胞研宄中并没有发现该蛋白有磷酸水解酶的活性，而是细胞免疫介导的 自身免疫性糖尿病的主要靶蛋白。在动物实验中敲除G6PC2基因后导致葡萄糖激酶的相 对活化，改变了葡萄糖刺激的胰岛素分泌状态。国内外多项2型糖尿病人群中的研宄曾发 现G6PC2基因和空腹血糖或2型糖尿病发病风险相关。其中一个SNP位点rs492594位于 G6PC2基因的第5号外显子上，是一个错义突变（c. 655G > C，Val219Leu)，根据PubMed中 国人分型数据，rs492594的次要等位基因 G频率为0. 463。
【发明内容】
[0005] 本发明一个所要解决的技术问题是预测吡格列酮的降血糖效果。
[0006] 为了解决以上技术问题，本发明提供检测人基因组中rs492594SNP位点的基因型 的产品或检测人基因组中rs570876SNP位点的基因型的产品在制备预测吡格列酮干预后 对人的降血糖效果的产品中的应用。
[0007] 上述应用具体体现在如下：
[0008] rs492594 SNP位点GG基因型的待测糖尿病患者在吡格列酮干预后血糖下降程 度、HbAlc下降程度和/或胰岛素抵抗水平下降程度高于或候选高于rs492594 SNP位点 CC基因型或rs492594 SNP位点GC基因型的待测糖尿病患者在吡格列酮干预后血糖下降 程度、HbAlc (糖化血红蛋白）下降程度和/或胰岛素抵抗水平下降程度；所述GG基因型为 rs492594SNP位点为G的纯合体，所述GC基因型为rs492594SNP位点为G和C的杂合体，所 述CC基因型为rs492594SNP位点为C的纯合体；
[0009] rs570876 SNP位点AA基因型的待测糖尿病患者在吡格列酮干预后血糖下降程 度、HbAlc下降程度和/或胰岛素抵抗水平下降程度高于或候选高于rs570876 SNP位点 TT基因型或rs570876 SNP位点AT基因型的待测糖尿病患者在吡格列酮干预后血糖下降 程度、HbAlc (糖化血红蛋白）下降程度和/或胰岛素抵抗水平下降程度；所述AA基因型为 rs570876SNP位点为A的纯合体，所述AT基因型为rs570876SNP位点为A和T的杂合体，所 述TT基因型为rs570876SNP位点为T的纯合体；
[0010] 上述吡格列酮干预后血糖下降程度为【（吡格列酮干预前血糖与吡格列酮干预后 血糖的差值）/吡格列酮干预前血糖】*100% ;
[0011] 上述吡格列酮干预后HbAlc下降程度为【（吡格列酮干预前HbAlc与吡格列酮干 预后HbAlc的差值）/吡格列酮干预前HbAlc】*100%。
[0012] 上述血糖为0GTT2小时血糖。
[0013] 啦格列酮干预是指服用一年，每天剂量为30mg。
[0014] 上述降血糖效果体现在如下（1)-(3)其中至少任一所示：
[0015] (1)吡格列酮干预后人的血糖浓度下降程度；
[0016] ⑵吡格列酮干预后人的糖化血红蛋白浓度下降程度；
[0017] (3)吡格列酮干预后人的胰岛素抵抗水平下降程度；
[0018] 降血糖效果好体现在如下A' -C'其中至少任一所示：
[0019] A'、吡格列酮干预后人的血糖浓度下降程度高；
[0020] B'、吡格列酮干预后人的糖化血红蛋白浓度下降程度高；
[0021] C'、吡格列酮干预后人的胰岛素抵抗水平下降程度高。
[0022] 吡格列酮对rs492594位点的基因型为GG的人的降血糖效果好于吡格列酮对 rs492594位点的基因型为CG或CC的人的降血糖效果。
[0023] 吡格列酮对rs570876位点的基因型为AA的人的降血糖效果好于吡格列酮对 rs492594位点的基因型为AT或TT的人的降血糖效果。
[0024] 本发明另一个所要解决的技术问题是筛查对吡格列酮敏感的糖尿病前期患者。
[0025] 为了解决以上技术问题，本发明提供检测人基因组中rs492594SNP位点的基因型 的产品或检测人基因组中rs570876SNP位点的基因型的产品在制备筛查对吡格列酮敏感 的糖尿病前期患者的产品中的应用。
[0026] 对吡格列酮相对敏感的糖尿病前期患者体现在吡格列酮干预后血糖下降程度高、 HbAlc下降程度高和/或胰岛素抵抗水平下降程度高。
[0027] 上述应用中，所述产品为序列1和序列2所示的DNA分子。
[0028] 本发明第三个所要解决的技术问题是检测人基因组中rs492594SNP位点的基因 型。
[0029] 为了解决以上技术问题，本发明提供检测人基因组中rs570876SNP位点的基因型 的产品在制备检测人基因组中rs492594SNP位点的基因型的产品中的应用。
[0030] 本发明第四个所要解决的技术问题是检测人基因组中rs492594SNP位点的基因 型。
[0031] 为了解决以上技术问题，本发明提供一种检测人基因组中rs492594SNP位点的基 因型的方法，1)直接测序；
[0032] 2)检测待测人基因组中rs570876SNP位点的基因型，根据所述待测人基因组中 rs570876SNP位点的基因型确定所述待测人基因组中rs492594SNP位点的基因型。
[0033] 上述2)所示的方法，包括如下步骤：
[0034] 1)用扩增含有rs570876SNP位点DNA片段的引物对所述待测人基因组DNA进行 PCR扩增，得到PCR扩增产物；
[0035] 2)用ApoI酶切所述PCR产物，得到酶切产物，根据所述酶切产物大小判断所述待 测人基因组中rs570876SNP位点的基因型，再根据所述rs570876SNP位点的基因型确定所 述rs492594SNP位点的基因型。
[0036] 上述方法中，所述扩增含有rs492594SNP位点DNA片段的引物对由序列1所示的 DNA分子和序列2所不的DNA分子组成；
[0037] 所述根据所述酶切产物大小判断所述待测人基因组中rs570876SNP位点的基因 型，再根据所述rs570876SNP位点的基因型确定所述rs492594SNP位点的基因型为如下：若 所述酶切产物仅含有307bp和396bp大小的目的片段，则所述人基因组中rs570876SNP位 点的基因型为AA，所述人基因组中rs492594SNP位点的基因型为GG ;若所述酶切产物含有 307bp、396bp和703bp 3条DNA片段，则所述人基因组中rs570876SNP位点的基因型为AT， 所述人基因组中rs492594SNP位点的基因型为GC ;若所述酶切产物仅含有703bp DNA片段， 则所述人基因组中rs570876SNP位点的基因型为TT，所述人基因组中rs492594SNP位点的 基因型为CC。
[0038] 所述rs570876SNP位点的核苷酸为序列3或序列4的第308位核苷酸；
[0039] 所述rS492594SNP位点的核苷酸为序列7的第501位核苷酸或G6PC2基因的 GenBank Accession Number NCBI Reference Sequence:NG_011682. 1(2014