用于2型糖尿病患病风险评估的遗传位点rs780092及检测试剂盒的制作方法_2

文档序号:9391884阅读:来源:国知局
/ L的基础上每升高1个标准差(1SD= 0. 66mmol/L),所述待测人患2型糖尿病的风险仅增 加14% (与所述rs780092位点为TT基因型且低密度脂蛋白胆固醇小于0. 49mmol/L的人 相比)。
[0026] 前文所述的用于检测rs780092位点的单核苷酸多态性的物质,以及所述的可读 性载体在制备评价或辅助评价待测人患2型糖尿病的风险性的产品中的应用也属于本发 明的保护范围。
[0027] 当然,所说试剂盒还可包括进行SequenomMassARRAY用于SNP位点基因分型检测 的常规组件、试剂等。
[0028] 进行检测时,以所述待测人的基因组DNA为检测样本,其临床取材样本来源广泛, 如血液、体液、组织细胞等均可,通过提取和纯化这些临床取材样本均可制备基因组DNA。对 所述rs780092位点进行基因分型时,可采用目前已有的多种SNP检测技术,包括但不限于 微阵列芯片法、Taqman法、质谱法、测序法、微测序、高分辨率溶解曲线法或联合应用以上方 法。
[0029] 以上所述的(1)_(3)正是本发明请求保护的用于评价或辅助评价(特别是早期的 评价或辅助评价)待测人患2型糖尿病的风险性的产品。
[0030] 在本发明中,所述待测人为中国人。
[0031] 本发明明确了血脂相关遗传位点rs780092对2型糖尿病发病风险的影响,并将其 纳入风险评估体系;根据血脂相关遗传位点rs780092,评估了血脂升高对不同个体2型糖 尿病发病风险的影响;在大规模的前瞻性队列中,研究了适用于中国人群2型糖尿病风险 评估的因素。另外本发明检测手段经济便捷,有利于在人群中大范围推广。本发明对于解 决血脂与2型糖尿病风险评估的全面性、个体化和准确性的问题具有重要意义。
【具体实施方式】
[0032] 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
[0033] 下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
[0034]SNP位点即单核苷酸多态性位点,rs位点即为某个具体的SNP位点。rs780092位 点位于人类基因组2号染色体的葡萄糖激酶调节蛋白基因(GCKR)上(以人基因组DNA为模 板,采用引物对进行PCR扩增得到的扩增产物的自5'末端起第50位核苷酸;所述rs780092 位点的核苷酸为T或C)。
[0035] 实施例1、rs780092位点的单核苷酸多态性与2型糖尿病发病风险之间的关联性 分析
[0036] -、血脂与2型糖尿病风险评估的检测试剂盒的制备
[0037] 1、试剂盒组成
[0038] 本发明的发明人开发的血脂与2型糖尿病风险评估的检测试剂盒,包含用于扩增 rs780092位点基因片段的PCR引物对,以及特异性检测rs780092位点基因型的Sequenom MassARRAY单碱基延伸引物。所述PCR引物对的序列如序列表中序列1(SEQIDNO. 1)和序 列2(SEQIDNO. 2)所示。所述单碱基延伸引物的序列如序列表中序列3(SEQIDNO. 3)所 不。
[0039]SEQIDNO. 1 :5' -ACGTTGGATGCCTAGCTCAAAATACCACCC-3' ;
[0040]SEQIDNO. 2 :5' -ACGTTGGATGGGAGGTATAAAGAAGGTGGG-3' ;
[0041] SEQIDNO. 3 :5' -TTCCATGAGGCCTTCTTT-3'。
[0042] 所述rs780092位点为:以人基因组DNA为模板,采用所述PCR引物对(序列1和 序列2)进行PCR扩增得到的扩增产物的自5'末端起第50位核苷酸;所述rs780092位点 的核苷酸为T或C。进一步,以人基因组DNA为模板,采用引物对进行PCR扩增得到的扩增 产物的序列为序列表中序列4。序列4的第50位核苷酸即为所述rs780092位点,为T或 C〇
[0043] 所述试剂盒还包括Taq酶,SAP(shrimpalkalinephosphatase,奸碱性磷酸酶), SAPBuffer,无酶水。
[0044] 所说试剂盒还可包括进行SequenomMassARRAY用于SNP位点基因分型检测的常 规组件、试剂等。
[0045] 2、试剂盒使用方法
[0046] 本发明的测定方法用于测定来源于人的基因组DNA,临床取材样本来源广泛,如血 液、体液、组织细胞等均可,通过提取和纯化这些样本均可制备基因组DNA。
[0047] 本发明所用的试剂均为市售产品,均购自天根生化科技。
[0048] 使用0SR-M102-T1血液基因组DNA提取试剂盒及其配套的0SE-M48核酸提取仪 (天根生化科技)制备人外周血基因组DNA。
[0049] 本发明采用SequenomMassARRAY对rs780092位点的基因分型进行检测。具体操 作如下:
[0050] (1)用序列1和序列2所示的引物对扩增目的基因片段。每个反应体积为5y1,包 括2y1Taq酶,1. 5y1无酶水,PCR上游和下游引物各0? 25y1,1y1DNA样本溶液(人外 周血基因组DNA,浓度为 50ng/y1)。反应条件:94°C4min;94°C20s,56°C30s,72°Clmin, 共45个循环;72°C5min;4°C保持。
[0051] (2)在PCR结束后,将PCR产物用SAP(shrimpalkalinephosphatase,奸喊性磷 酸酶)处理,以去除体系中游离的dNTPs。配制碱性磷酸酶处理反应液,SAPMix。每个反 应体积为 2yl,其中包括 1.53yl无酶水,0.17ylSAPBuffer,0.3ylSAPEnzyme。反应 条件:37°C40min,85°C5min,4°C保持,启动PCR仪进行碱性磷酸酶处理。
[0052] (3)用序列3所示的单碱基延伸引物进行单碱基延伸。将2y1单碱基延伸反应 液加入上述每个反应体系中,按照以下PCR反应条件进行反应:I. 94°C30s,II. 94°C5s, III. 52°C5s,IV. 80°C5s,V?继续III,4 次,VI?继续II,39 次,VII. 72°C3min,VID? 4°C保 持。
[0053] (4)将CleanResin树脂平铺到6mg的树脂板中,加16y1水到延伸产物的对应孔 内,将干燥后的树脂倒入延伸产物板中,封膜,低速垂直旋转30分钟,使树脂与反应物充分 接触,离心使树脂沉入孔底部。
[0054] (5)启动MassARRAYNanodispenserRS1000点样仪,将树脂纯化后的延伸产物移 至 384 孔SpectroCHIP(Sequenom)芯片上。
[0055] (6)将点样后的SpectroCHIP芯片使用MALDI-TOF(matrix-assistedlaser desorption/ionization-timeoffligh,基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱)分析, 检测结果用TYPER4. 0软件(Sequenom)分型并输出结果。
[0056] 二、采用步骤一的试剂盒对rs780092位点的单核苷酸多态性与2型糖尿病发病风 险之间的关联性进行分析
[0057] 本发明在中国人群中建立了大规模的前瞻性队列,通过资料收集和随访,评估了 与血脂相关的rs780092位点对2型糖尿病发病风险的影响。具体如下:
[0058] 2008年,在上海宝山区淞南镇社区招募了 10185名40岁以上的居民(自愿)进行 基线资料收集,包括人体测量(身高、体重、腰围、BMI、血压等)、生活方式(烟酒嗜好等)和 医疗史的问卷调查。同时,采集了每位居民的空腹血液样本用于生化检验(空腹血糖、甘油 三酯、总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇)。在这项研究中,共有6919名 居民提供了DNA样本,通过SequenomMassArray对rs780092位点进行基因分型(按照步 骤一中的方法检测rs780092位点为TT型或TC型或CC型)。其中847例经临床诊断(根 据WH01999版的标准)确诊为2型糖尿病的患者的样本以及69例缺乏rs780092位点基因 分型信息的样本被排除。对剩余样
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