心 并且因此可以产生可以根据绝对立体化学定义相对于氨基酸而定义为（R)-或（S)-或定 义为（D)-或（L)-定义的对映异构体、非对映异构体及其他立体异构形式。本发明意在包 括全部这类可能的异构体以及其消旋形式和光学纯形式。光学活性的（+)和（_)、（R)-和 (S)-或（D)-和（L)-异构体可以使用手性合成子或手性试剂制备，或使用常规技术例如色 谱和分级结晶拆分。用于制备/分离各种对映异构体的常规技术包括从适合的光学纯前体 中手性合成或例如使用手性高压液相色谱（HPLC)拆分消旋物（或盐或衍生物的消旋物）。 当本文所述的化合物含有烯属双键或其他几何非对称性中心时并且除非另外说明指定，否 则该化合物意在包括E和Z几何异构体。同样，还意在包括全部互变异构形式。
[0101] "立体异构体"指由不可互换的借助相同键结合、但具有不同立体结构的相同原子 组成的化合物。本发明构思了多种立体异构体及其混合物并且包括"对映异构体"，所述对 映异构体涉及其分子彼此是不可叠加镜像的两种立体异构体。
[0102] "互变异构体"指质子从分子的一个原子移动至同一分子的另一个原子。本发明包 括任何所述化合物的互变异构体。化合物的多种互变异构形式可由本领域普通技术人员容 易地衍生。
[0103] 使用A⑶/命名9. 07版软件程序和/或ChemDraw第10. 0版软件命名程序 (CambridgeSoft)，本文所用的化学命名方案和结构简图是I. U. P. A. C.命名系统的修改形 式。还使用本领域普通技术人员熟悉的通用名。
[0104] 如上文所示，在本发明的一个实施方案中，提供可用作各种分析方法中荧光染料 和/或有色染料的化合物。化合物具有以下结构（I):
[0106] 或其立体异构体、互变异构体或盐，其中：
[0107] M1和M 2在每次出现时独立地是包含两个或更多个双键和至少一个共辄程度的部 分，并且M1的至少之一次出现是包含3个或更多个芳基环或杂芳基环或其组合的部分；
[0108] A表示环状部分；
[0109] L1、L2、L3、L4、L5和L 6在每次出现时独立地是包含选自碳、氧、硫、氮和磷的原子的 任选接头；
[0110] R1在每次出现时独立地是H、烷基或烷氧基；
[0111] R2和R3独立地是H、0H、SH、-NH2、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、羟基烷基醚、硫 氣基烷基、硫氣基烷基謎、氛烷基、-氧芳烷基、憐酸醋、硫代憐酸醋、>氧麟基、硫代>氧麟 基、烷基>氧麟基、烷基硫代>氧麟基、_氧烷基>氧麟基、_氧烷基硫代>氧麟基、烷基謎 >氧麟基、烷基謎硫代>氧麟基、 _氧烷基謎>氧麟基、_氧烷基謎硫代硫代>氧麟基>氧 麟基烷基、> 氧麟基烷基謎、硫代>氧麟基烷基、硫代> 氧麟基烷基謎、-氧>氧麟基烷基、 氧_ >氧憐基烷基謎、-氧硫代>氧麟基烷基或_氧硫代>氧麟基烷基謎，或R 2是包含与生 物分子或微粒子连接的共价键的接头，并且R3是10!1、3!1、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、 羟基烷基謎、硫氣基烷基、硫氣基烷基謎、氛烷基、 -氧芳烷基、憐酸醋、硫代憐酸醋、烷基> 氧麟基、烷基硫代>氧麟基、-氧烷基>氧麟基、-氧烷基硫代>氧麟基、烷基謎>氧麟基、 烷基謎硫代>氧麟基、 _氧烷基謎>氧麟基、_氧烷基謎硫代>氧麟基>氧麟基烷基、>氧 麟基烷基謎、硫代>氧麟基烷基、硫代>氧麟基烷基謎、-氧>氧麟基烷基、氧- >氧憐基焼 基謎、-氧硫代>氧麟基烷基或-氧硫代>氧麟基烷基謎；
[0112] η是从1至20的整数；并且
[0113] 对于η的每个整数值，q和w各自独立地是0或1，其中对于η的一个整数值，q是 1〇
[0114] 在一些实施方案中，η是从1至10或从2至10的整数。
[0115] 在某些实施方案中，L2包含磷-氧键。在其他实施方案中，L 5包含磷-氧键。
[0116] 例如，在一些实施方案中，化合物具有以下结构（III):
[0118] 其中：
[0119] M1和M 2在每次出现时独立地是包含两个或更多个双键和至少一个共轭程度的部 分，并且M1的至少之一次出现是包含3个或更多个芳基环或杂芳基环或其组合的部分；
[0120] L1、L3、L4、L6、L7和L 8在每次出现时独立地是任选的亚烷基接头或杂亚烷基接头；
[0121] R1在每次出现时独立地是Η、烷基或烷氧基；
[0122] R2是电子对、Η、烷基、烷基謎、羟基烷基、氣烷基、羟基烷基謎、硫氣基烷基、硫氣基 烷基謎、氛烷基、> 氧麟基、硫代 > 氧麟基、烷基 > 氧麟基、烷基硫代 > 氧麟基、烷基謎>氧 麟基、烷基謎硫代 > 氧麟基、> 氧麟基烷基、> 氧麟基烷基謎、硫代 > 氧麟基烷基或硫代> 氧膦基烷基醚，或R2是包含与生物分子或微粒子连接的共价键的接头；
[0123] R3是Η、0Η、SH、-NH2、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、羟基烷基醚、硫氢基烷基、 硫氣基烷基謎、氛烷基、 -氧芳烷基、憐酸酯、硫代憐酸酯、烷基>氧麟基、烷基硫代>氧麟 基、-氧烷基>氧麟基、-氧烷基硫代>氧麟基、烷基謎>氧麟基、烷基謎硫代>氧麟基、-氧 烷基謎>氧麟基、 _氧烷基謎硫代>氧麟基>氧麟基烷基、>氧麟基烷基謎、硫代>氧麟基 烷基、硫代>氧麟基烷基謎、 _氧>氧麟基烷基、氧_ >氧麟基烷基謎、_氧硫代>氧麟基焼 基或-氧硫代>氧麟基烷基謎；
[0124] R4在每次出现时独立地是0、S、0Z、SZ或N(R6)2，其中Z是阳离子并且每个R 6独 立地是H或烷基；
[0125] R5在每次出现时独立地是氧代、硫代或不存在；
[0126] η是从1至20的整数；并且
[0127] 对于η的每个整数值，q和w各自独立地是0或1，其中对于η的一个整数值，q是 1〇
[0128] 在一些实施方案中，结构（III)的化合物包含"q"单位的至少两次出现或"q"单 位的至少之一次出现和"w"单位的至少之一次出现。为了清晰，"q"和"w"单位具有以下 结构：
[0130] 因此，在结构（III)的一些实施方案中，η是从2至20的整数，并且对于η的每个 整数值，q和w各自独立地是0或1，其中对于η的至少两个整数值，q是1，或其中对于η的 至少一个整数值，q和w各自独立地是1，所述整数值可以是相同或不同的。
[0131] 在前述任一实施方案中，η是从2-15的整数或η是2、3、4、5、6、7、8、9，10、11、12、 13、14 或 15〇
[0132] 在化合物⑴或（III)的一些实施方案中，对于η的每个整数值，w是0。例如，在 一些实施方案中，化合物具有以下结构（II):
[0134] 或其立体异构体、互变异构体或盐，其中：
[0135] M1在每次出现时独立地是包含两个或更多个双键和至少一个共辄程度的部分，并 且M1的至少之一次出现是包含3个或更多个芳基环或杂芳基环或其组合的部分；
[0136] L1、L2和L 3在每次出现时独立地是包含选自碳、氧、硫、氮和磷的原子的任选接头；
[0137] R1在每次出现时独立地是Η、烷基或烷氧基；
[0138] R2和R 3独立地是Η、0Η、SH、-NH2、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、羟基烷基醚、 硫氣基烷基、硫氣基烷基酿、氛烷基、-氧芳烷基、憐酸醋、硫代憐酸醋、^氧勝基、硫代^氧 勝基、烷基^氧勝基、烷基硫代^氧勝基、-氧烷基^氧勝基、-氧烷基硫代^氧勝基、烷基 酿^氧勝基、烷基酿硫代^氧勝基、 -氧烷基酿^氧勝基、-氧烷基酿硫代^氧勝基^氧勝 基烷基、^氧勝基烷基酿、硫代^氧勝基烷基、硫代^氧勝基烷基酿、-氧^氧勝基烷基、 氧-^氧憐基烷基酿、-氧硫代^氧勝基烷基或-氧硫代^氧勝基烷基酿，或R 2是包含与生 物分子或微粒子连接的共价键的接头，并且R3是10!1、3!1、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、 羟基烷基酿、硫氣基烷基、硫氣基烷基酿、氛烷基、 -氧芳烷基、憐酸醋、硫代憐酸醋、烷基^-氧勝基、烷基硫代^?氧勝基、-氧烷基^氧勝基、-氧烷基硫代^氧勝基、烷基酿^氧勝基、 烷基酿硫代^氧勝基、 -氧烷基酿^氧勝基、-氧烷基酿硫代^氧勝基^氧勝基烷基、^氧 勝基烷基酿、硫代^氧勝基烷基、硫代^氧勝基烷基酿、 -氧^氧勝基烷基、氧-^氧憐基烧 基酿、_氧硫代^氧勝基烷基或 -氧硫代^氧勝基烷基酿；并且
[0139] η是从1至20例如从2至20或从2至10的整数。
[0140] 在前述的其他实施方案中，对于η的每个整数值，w是0,并且化合物具有以下结构 (IIa)：
[0142] 其中：
[0143] M1在每次出现时独立地是包含两个或更多个双键和至少一个共辄程度的部分，并 且M1的至少之一次出现是包含四个或更多个芳基环或杂芳基环或其组合的部分；
[0144] L1、L7和L 3在每次出现时独立地是任选的亚烷基接头或杂亚烷基接头；
[0145] R1在每次出现时独立地是Η、烷基或烷氧基；
[0146] R2是Η、烷基、烷基酿、羟基烷基、氣烷基、羟基烷基酿、硫氣基烷基、硫氣基烷基酿、 氛烷基、^氧勝基、硫代^氧勝基、烷基^氧勝基、烷基硫代^氧勝基、烷基酿^氧勝基、烧 基酿硫代^氧勝基、^氧勝基烷基、^氧勝基烷基酿、硫代^氧勝基烷基或硫代^氧勝基烧 基醚，或R 2是包含与生物分子或微粒子连接的共价键的接头；
[0147] R3是Η、0Η、SH、-NH2、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、羟基烷基醚、硫氢基烷基、 硫氛基烷基酿、氛烷基、 -氧芳烷基、憐酸酯、硫代憐酸酯、烷基^氧勝基、烷基硫代^氧勝 基、-氧烷基^氧勝基、 -氧烷基硫代^氧勝基、烷基酿^氧勝基、烷基酿硫代^氧勝基、-氧 烷基酿^氧勝基、 -氧烷基酿硫代^氧勝基^氧勝基烷基、^氧勝基烷基酿、硫代^氧勝基 烷基、硫代^氧勝基烷基酿、-氧^氧勝基烷基、氧 -^氧勝基烷基酿、-氧硫代^氧勝基烧 基或-氧硫代^氧勝基烷基酿；
[0148] R4在每次出现时独立地是0、S、0Ζ、SZ或N(R6)2，其中Z是阳离子并且每个R 6独 立地是H或烷基；
[0149] R5在每次出现时独立地是氧代、硫代或不存在；并且
[0150] η是从1至20例如从2至20或从2至10的整数。
[0151] 在仍然的更多实施方案中，化合物具有以下结构（IIb):
[0153] 其中：
[0154] R7、R8、R9、R1' R11和R 12在每次出现时独立地是H或烷基；并且
[0155] X1、y1和z 1在每次出现时独立地是从0至5的整数。
[0156] 在其他实施方案中，化合物具有以下结构（lie)、（IId)、（lie)或（IIf)之一：
[0159] 在化合物（IIb)、（lie)、（IId)、（lie)或（IIf)的一些实施方案，X1、y1 和 z 1在每 次出现时是1。在化合物（IIb)、（lie)、（IId)、（lie)或（IIf)的其他实施方案，X 1在每次 出现时是0,并且y1和Z1在每次出现时是1。在化合物（IIb)、（lie)、（IId)、（lie)或（IIf) 的其他实施方案中，η是从2至10的整数。例如，在一些实施方案中，η是2、3、4、5、6、7、8、 9 或 10〇
[0160] 在仍然更多的实施方案中，对于η的一个整数值，w是1。例如，在一些实施方案 中，化合物具有以下结构（IIIa):
[0161]
[0162] 或其立体异构体、互变异构体或盐，其中：
[0163] M1和M 2在每次出现时独立地是包含两个或更多个双键和至少一个共轭程度的部 分；
[0164] L1、L2、L3、L4、L5和L 6在每次出现时独立地是包含选自碳、氧、硫、氮和磷的原子的 任选接头；
[0165] R1在每次出现时独立地是H、烷基或烷氧基；
[0166] R2和R3独立地是H、0H、SH、-NH2、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、羟基烷基醚、 硫氣基烷基、硫氣基烷基謎、氛烷基、 -氧芳烷基、憐酸醋、硫代憐酸醋、>氧麟基、硫代>氧 麟基、烷基>氧麟基、烷基硫代>氧麟基、-氧烷基>氧麟基、-氧烷基硫代>氧麟基、烷基 謎>氧麟基、烷基謎硫代>氧麟基、 -氧烷基謎>氧麟基、-氧烷基謎硫代>氧麟基>氧麟 基烷基、>氧麟基烷基謎、硫代>氧麟基烷基、硫代>氧麟基烷基謎、 _氧>氧麟基烷基、 氧_ >氧憐基烷基謎、-氧硫代>氧麟基烷基或_氧硫代>氧麟基烷基謎，或R 2是包含与生 物分子或微粒子连接的共价键的接头，并且R3是10!1、3!1、烷基、烷基醚、羟基烷基、氨烷基、 羟基烷基謎、硫氣基烷基、硫氣基烷基謎、氛烷基、 -氧芳烷基、憐酸醋、硫代憐酸醋、烷基> 氧麟基、烷基硫代>氧麟基、-氧烷基>氧麟基、-氧烷基硫代>氧麟基、烷基謎>氧麟基、 烷基謎硫代>氧麟基、 _氧烷基謎>氧麟基、_氧烷基謎硫代>氧麟基>氧麟基烷基、>氧 麟基烷基謎、硫代>氧麟基烷基、硫代>氧麟基烷基謎、-氧>氧麟基烷基、氧- >氧憐基焼 基謎、-氧硫代>氧麟基烷基或-氧硫代>氧麟基烷基謎；
[0167] η是从1至10的整数；并且
[0168] 对于η的每个整数值，q和w各自独立地是0或1，并且对于η的一个整数值，q和 w各自是Id
[0169] 在依旧其他的实施方案中，化合物具有以下结构（IIb):
[0171] 其中：
[0172] R7、R8、R9、R10、R11和R 12在每次出现时独立地是H或烷基；并且
[0173] X1、X2、y1、y2、Z1和z 2在每次出现时独立地是从0至5的整数。
[0174] 在一些前述实施方案中，R5是氧代并且R4是0或0Z。在其他的前述实施方案中， R 2是H或电子对。
[0175] 在前述任一者的其他实施方案中，R2是羟基烷基、氨烷基、羟基烷基醚、硫氢基烷 基或硫氢基烷基醚。例如，在一些实施方案中，R 2具有以下结构之一：
[0177] 其中：
[0178] 俨是-OH、-NH 2或-SH ;并且a是从1至10的整数。
[0179] 在前述任一者的仍然其他实施方案中，R2是任选用选自-OH、-NH 2和-SH的取代基 取代的烷基^氧勝基、烷基硫代^氧勝基、烷基酿^氧勝基、烷基酿硫代^氧勝基、^氧勝 基烷基、^氧勝基烷基酿、硫代^氧勝基烷基或硫代^氧勝基烷基酿。例如，在一些实施方 案中，R 2具有以下结构之一：
[0182] 其中：
[0183] 俨是-OH、-SH、-NH 2、磷酸酯或硫代磷酸酯；
[0184] 俨和R 41虫立地是0、S、0Z或SZ，其中Z是阳离子；
[0185] 俨和R %独立地是氧代或硫代；并且a、b和c各自独立地是从1至10的整数。
[0186] 在一些实施方案中，R3是0H。在前述任一者的仍然其他实施方案中，R 3是任选用 选自-OH、_順2和-SH的取代基取代的磷酸酯、硫代磷酸酯、二氧膦基、硫代二氧膦基、-氧烷 基^氧勝基、 -氧烷基硫代^氧勝基、-氧烷基酿^氧勝基、-氧烷基酿硫代^氧憐基、 -氧 ^?氧勝基烷基、-氧^氧憐基烷基酿、-氧硫代^氧勝基烷基或-氧硫代^氧勝基烷基酿。
[0187] 例如，在一些实施方案中，R3具有以下结构之一：
[0189] 其中：
[0190] 俨是-OH、-SH、-NH 2、磷酸酯或硫代磷酸酯；
[0191] 俨和R 41虫立地是0、S、OZ或SZ，其中Z是阳离子；
[0192] R5IP R %独立地是氧代或硫代；并且
[0193] b和c各自独立地是从1至10的整数。
[0194] 在前述任一者的仍然其他实施方案中，R2是任选用选自-OH、-NHjP -SH的取代 基取代的烷基^氧勝基、烷基硫代^氧勝基、烷基酿^氧勝基、烷基酿硫代^氧勝基、^氧 勝基烷基、^氧勝基烷基酿、硫代^氧勝基烷基或硫代^氧勝基烷基酿，并且R 3是任选用选 自-OH、_順2和-SH的取代基取代的磷酸酯、硫代磷酸酯、二氧膦基、硫代二氧膦基、-氧烷 基^氧勝基、 -氧烷基硫代^氧勝基、-氧烷基酿^氧勝基、-氧烷基酿硫代^氧憐基、 -氧 ^?氧勝基烷基、-氧^氧憐基烷基酿、-氧硫代^氧勝基烷基或-氧硫代^氧勝基烷基酿。
[0195] 在甚至更多的实施方案中，R2具有以下结构之一：
[0196]
[0198] 其中：
[0199] 俨是-OH、-SH、-NH 2、磷酸酯或硫代磷酸酯；
[0200] 俨和R 1虫立地是0、S、0Z或SZ，其中Z是阳离子；
[0201] 俨和R~独立地是氧代或硫代；并且
[0202] a、b和c各自独立地是从1至10的整数，并且
[0203] R3具有以下结构之一：