利用三维重组成像技术分析拟南芥根尖细胞结构的方法与流程

文档序号:16703796发布日期:2019-01-22 21:57阅读:来源:国知局

技术特征:

1.利用三维重组成像技术分析拟南芥根尖细胞结构的方法,包括以下工艺步骤:

(1)拟南芥根尖的固定:将新鲜拟南芥籽苗迅速放入事先配好的4%多聚甲醛溶液中,室温孵育30min;而后转移至预冷的10%甘油中,放至干燥器中,真空抽气30min;之后放入4℃保存;

(2)拟南芥根尖的冰冻切片:在预先速冻好的样品托上涂一块2~3cm的OCT包埋胶,待胶冻住后用刀片修出一个方形台;将之前固定的根尖依次同向摆放在台子上,迅速用另一层包埋胶盖住根尖;待包埋胶冻住后,再用刀片修块,整体铲下包埋有样品的胶块,确定根尖向外;最后将根尖向外的胶块粘在样品托上以0.3µm的步距切片;

(3)显微镜成像:先使用正置荧光显微镜ImagerA1在低倍镜下挑选出目的切片,再使用共聚焦激光显微镜 LSM 510进行拍照;

(4)Image J图像处理

在Image J中打开连续的纤维切层图像,使用Image → Duplicate…按钮挑选感兴趣的图层,另存为命名后的文件以备后期分析使用;如果感兴趣的是一组图层,则需使用Image → Stacks → Z Project →Projection挑选出相邻的多层图像;

区域相对荧光强度的分析:使用多边形框选按钮框选出感兴趣的目标区域,使用Analysis → Measure 得到此区域的平均荧光强度;如果要测量同一坐标线上各个点的荧光强度,则使用Analysis → Plot Profile 完成;

使用Process → FFT → Bandpass Filter 进行图像的过滤处理,一般将Filter Large Structure Down to 设定为40;

使用Process → Filters → Gaussian Blur → Sigma设定高斯变换参数,进行数据平滑处理,一般Sigma设为1;

(5)三维细胞结构生物影像显微重组

在Imaris 6.2软件切面视图中打开图像文件,在主工具栏中选择Surpass模式,打开Display Adjustment的高级设置,阈值范围在45-200之间;研究对象在视图区域内显示;

创建一个文件,编辑,改变指针模式为Select,按住Shift键,并点击鼠标在想要的第一个位置上,插入点,移动鼠标至下一个点,按住Shift键,并点击鼠标插入下一个点,如此继续,绘制显微切层上研究区域的轮廓;从上到下,完成所有囊括研究对象的显微切层图像单独多边形的绘制;

使用Calculate Surface计算研究对象的轮廓表面,然后点击Create Surfaces按钮创建表面对象;点击Mask Properties中的Mask All按钮,将其它不感兴趣的表面对象区域掩盖,得到了只有研究对象细胞的三维图像文件;

依照上面的方法将所有感兴趣的细胞进行三维图像重组:依次打开所需的文件遮罩层,点击SnapShot调整位置后进行拍照、录像后进行分析。

2.如权利要求1所述利用三维重组成像技术分析拟南芥根尖细胞结构的方法,其特征在于:步骤(3)中,物镜为:Plan-Neofluar×20/0.5、Plan-Neofluar×63/1.4、oilPlan-Neofluar×100/1.4 oil;滤光片设置为:检测DAPI时,激发光405nm,发射光420nm-470nm;检测FITC时,激发光488nm,发射光505nm-555nm;光学切片厚度0.3µm,扫描均值为2,图片以1024×1024格式保存;使用Carl Zeiss AIM软件和Olympus Fluoview Ver.1.6软件进行图像的拍摄和分析。

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