区分儿童潜伏结核感染者和活动性结核病患者的蛋白特征谱的制作方法_3

文档序号:9488326阅读:来源:国知局
供了新的筛查方法,同时也为探索疾病发生发展的机制提供了 新的思路。
[0043] 第四,本发明检测方法结果准确,可对儿童结核病做区分诊断,尽早对活动性结核 病患者以及潜伏结核感染者进行治疗。
【具体实施方式】
[0044] 下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐 明本发明,而不是为了限制本发明的范围。
[0045] 下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
[0046] 下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
[0047] 实施例1、儿童潜伏结核感染者和活动性结核病患者差异性蛋白特征谱的建立
[0048] 1、样本和仪器
[0049] 35例选自年龄为3个月-16岁的儿童血浆样本,其中16例为儿童潜伏结核感染 者血浆,另外19例为儿童活动性结核病患者血浆,均有实验室及临床诊断报告确定。活动 性结核病患者的诊断标准为:病原学确诊和临床诊断,具体诊断标准为具有典型的临床症 状和影像学证据,同时存在病原学检测或者组织病理学检测阳性者,同时具有TB患者接触 史、结核菌素试验阳性、抗TB治疗有效、排除其他疾病四项中任意两项者。潜伏结核感染患 儿入组标准为:无临床表现、胸片正常、PH)结果阳性、IFN-γ释放实验结果阳性。
[0050] 所有的血浆样本均在清晨空腹下抽取,分离血浆后储存在-80低温冰箱中。
[0051] 实验用仪器是液相色谱-电喷雾电离串联质谱(Q-ExactiveThermoFinnigan), 电泳仪(Bio-rad,美国),MultiSkans酶标仪(Thermo,美国),白蛋白/IgG去除试剂盒为 德国Merck公司产品。
[0052] 2、蛋白质提取
[0053] 采用默克公司的ProteoExtract Albumin/IgG Removal Kit去除样本中的高丰度 蛋白(白蛋白/IgG)。去高速离心后的血浆样本50yL,在冰上按使用说明书操作处理,处 理后的样本体积1800μL。
[0054] 由于样本经过去除高丰度蛋白处理后,浓度被稀释了 300倍,因此需要对样本进 行浓缩处理。1800以1^处理后的样本加入81^-20°(:预冷丙酮,沉淀过夜。600(^离心后,弃 去上清,晾干丙酮后,用100μL溶解液(7Μ尿素和2Μ硫脲)溶解沉淀。溶解后的样本4°C 下40000g离心30min,待用。
[0055] 3、蛋白质定量
[0056] 蛋白质定量采用ThermoScientificPierceBCA蛋白定量分析试剂盒,货号为 NCI3225CH,具体方法如下:
[0057]A.方法
[0058] (1)开分光光度计预热20min,选择"光度测量",调节λ= 595nm。
[0059] (2)用CK(2μL裂解缓冲液 +18μLddH20+lmLBradford)进行调零三次。(要 点:第一次按"Zero"即可,观察第二、三次的0D值,如果都很小且相差不大即可。调零完毕 后,显不 "_0.301Abs"。)
[0060] (3)配置表1中的各牛血清标准蛋白溶液并测定0D595值,绘制标准曲线。
[0061] (4)测B2 (2μLBSA+18μLddH20+lmLBradford)、B5 (5μLBSA+15μLddH20+lmL Bradford)、B8(8yLBSA+12yLddH20+lmLBradford)各三管,用于确定校正系数,校正蛋 白浓度。其中,标准曲线计算方法为:在excel表格中,一列蛋白质浓度,一列对应0D值,插 入图标,选择折线图,选项中选择显示R值和公式。
[0062] 注:BSA为牛血清标准蛋白;要点:所有管加好BSA和ddH20后,加一管Bradford, 测一管;动作要领"三摇一拍";读值为放入比色皿Is后的第一个值;如有数值异常可舍弃 读值或多做一次重复。
[0063] (5)测样品蛋白0D595值。操作同上。将0D595值代入标准曲线方程,得到蛋白浓 度测定值,进而计算实际蛋白浓度,实际蛋白浓度=蛋白浓度测定值X校正系数。
[0064] 表1、牛血清标准蛋白溶液的设置及0D595值测定结果
[0067] 注:0D1_0D5为五个重复。
[0068] B.结果
[0069] 根据表1测定结果,得到标准曲线方程为y= 8.7949X-0.1539,R2=0.9985。其 中,X为0D595,y为蛋白浓度。
[0070] 根据上述步骤(4)计算得到校正系数为0. 9985。
[0071] 进一步,测定步骤2所得的儿童潜伏结核感染者血浆处理后样品中的蛋白浓度为 7. 8μg/μL,儿童活动性结核病患者血浆处理后样品中的蛋白浓度为7. 1μg/μL。
[0072] 4、胰蛋白酶解样本
[0073] (1)蛋白质定量后取200μg蛋白溶液置于离心管中,用8Μ尿素溶液将体系定至 125yL;
[0074] (2)加入现配的5μL1MDTT溶液至体系中,混匀后,37°C孵育lh;
[0075] (3)加入现配的20μL1MIAA溶液至体系中,混匀后,避光,室温(25°C)反应lh;
[0076] (4)吸取所有样品加入到10kD超滤管中,12000rpm(不超过14000g)离心20min, 弃掉收集管底部溶液;
[0077] (5)加入100μL尿素溶液(8M)至超滤管中,12000rpm离心10min,重复2次。
[0078] (6)在超滤管中加入胰蛋白酶(100U/μg) 2-4μg(与蛋白质量比1:50-100),体积 50μL,37°C反应过夜20h;次日,12000rpm离心20min,酶解消化后的肽段溶液离心于收 集管底部。
[0079] 5、液相分级以及蛋白质质谱检测
[0080] 取酶解产物,按照定量结果取10μg进行LCMSMS分析。采用纳升流速HPLC液 相系统EASY-nLC1000进行分离。液相A液为含有2 % (体积分数)乙腈和0. 1 % (体积 分数)甲酸的水溶液(即以l〇〇mL计算组成如下:2mL乙腈,0.lmL甲酸,余量为水),B液 为含有84% (体积分数)乙腈和0.1% (体积分数)甲酸的水溶液(即以100ml计算组 成如下:84mL乙臆,O.lmL甲酸,余量为水)。色谱柱ThermoEASYcolumnSC200150ym X100mm(RP-C18)以100%的A液平衡。样品由自动进样器上样到ThermoEASYcolumn SC001traps150ymX20mm(RP-C18) (Thermo),再经色谱柱分离,流速为 400nL/min。相关 液相梯度如下:〇min-100min,B液线性梯度从0%到45% (体积百分比含量,下同);100 min-108min,B液线性梯度从 45%到 100% ;108min-120min,B液维持在 100%。酶解 产物经毛细管高效液相色谱分离后用Q-Exactive质谱仪(ThermoFinnigan)进行质谱分 析。分析时长:120min,检测方式:正离子,母离子扫描范围:300-1800m/z,多肽和多肽的 碎片的质量电荷比按照下列方法采集:每次全扫描(fullscan)后采集10个碎片图谱(MS2 scan,HCD)。MSI在M/Z200 时分辨率为 70000,MS2 在M/Z200 时分辨率为 17500。
[0081] 6、质谱鉴定
[0082] 先利用Trans-ProteomicPipeline软件提取一级质谱定量信息(采用软件默 认参数),利用ProfileAnalySiS2. 0软件进行定量(采用软件默认参数)。然后利用 ProteinScape2. 1软件进行数据检索和整合,具体如下:
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