基于染色体变异指数的新型早期肿瘤标记物及应用的制作方法

文档序号:12734482阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种判断染色体稳定性的指数,其特征在于: a. 对全部染色体的不同区域进行丰度分析; b. 计算每个染色体区域的相对丰度变异的数值; c. 汇集所有或部分染色体区域的丰度变异信息转换为一个统一的染色体变异指数。

2.如权利要求1中所述的染色体区域可以是染色体臂水平,也可以自定义区间大小,本发明优选之一是染色体臂水平;染色体区域需去除在群体中拷贝数变异多态区域和染色体间高度同源序列区以保证准确单一比对,同时也可选择性去除GC异常区域。

3.如权利要求1中所述,染色体区域的丰度分析是指检测到选定染色体区域的核酸序列数量或者根据其它因素修正后的加权数量;加权因素有多种,本发明优选的加权因素包括测得核酸片段的大小和染色体区域的GC含量。

4.如权利要求1中所述,判断选定染色体区域的相对丰度变异有多种指标: a. 本发明优选之一是以选定染色体区域与总染色体丰度的比值为相对丰度,然后与具有染色体稳定性样本数据库中的该特定区域的相对丰度比对确定其变异程度,变异程度可以使用多种统计学指标衡量,包括但不局限于Z-Score; b. 本发明的另一优选是以选定染色体区域为参照,其余所有染色体区域和该选定区域的丰度比值作为相对丰度,然后计算并综合其余所有区域的相对丰度变异指标作为该染色体区域的相对丰度变异指标;更具体优选之一是计算其它所有区域相对于基因组稳定样本数据库的Z-Score的平方和作为该选定区域的相对丰度变异指标。

5.如权利要求1中所述,染色体变异指数可以包括所有染色体区域的丰度变异,也可以包括部分染色体区域的丰度变异;染色体变异指数包括但不局限于各选定的染色体区域丰度变异指标的简单加和、绝对值和以及幂次方和,本发明优选之一为各染色体区域丰度变异指标的平方和。

6.一种多癌种早期肿瘤筛查方法,其特征在于: a. 采集人体样本并提取总DNA,包括但不局限于血浆、粪便、尿液和脑脊液; b. 检测样本DNA中各染色体区域的丰度并计算如权利要求1中所述的染色体变异指数;检测方法包括但不局限于全基因组分析和靶向选定染色体区域分析; c. 通过与健康人群的基因组稳定指数比较判断该受检个体的基因组是否稳定;根据受检个体的基因组稳定情况判断该个体体内是否有肿瘤负荷; d. 进一步根据该个体的各染色体区域的丰度变异信息推测肿瘤生长部位。

7.如权利要求6中所述,全基因组分析包括使用测序仪进行全基因组深度测序和使用生物芯片扫描仪进行全染色体片段分析;靶向选定染色体区域分析包括使用测序仪靶向捕获特定区域测序,或者基于延伸连接的DNA拷贝数分析以及其它可以用于核酸丰度分析的方法。

8.一种应用权利要求1中的染色体稳定性指标和权利要求6中方法原理筛查多癌种早期肿瘤的试剂盒和设备的用途。

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