利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法与流程

文档序号:11951438阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法,其特征在于,包括以下步骤:

步骤1、通过mRNA和竞争性内源RNA表达谱芯片检测到大量基因的表达值,对所有基因的相关性进行排序,去除在所有样本中表达量RPKM均值小于1的低相关度基因,留下与蒽环类药物心脏毒性分类RPKM均值1以上的密切相关的基因;

步骤2、将获取的mRNA和竞争性内源RNA特征基因进行合并,形成基因池;

步骤3、通过遗传算法,对所述基因池进一步选择基因,消除冗余基因,搜索获得一个最优特征的最优基因集;

步骤4、通过比较乳腺癌患者、乳腺癌AIC患者及正常人mRNA与竞争性内源RNA联合表达谱不同,样本间的数据从而选出差异表达的基因;基于差异表达基因进行分析;

步骤5、对差异表达基因预测,挑选score大于140,自由能小于-20的作为可靠的靶基因;再从靶基因中挑选P值小于0.05的,用剩余部分RNA对构建的乳腺癌蒽环类药物心脏毒性发病目的靶基因进行验证。

2.根据权利要求1所述的利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法,其特征在于,步骤1中对所有基因的相关性进行排序的方法具体为采用过滤式特征基因选择方法:分别去除mRNA和竞争性内源RNA表达谱芯片中1000~2000个低相关度基因,留下100~200个与蒽环类药物心脏毒性分类密切相关的基因,分别在mRNA和竞争性内源RNA表达谱中选取得分最高的10~50个基因。

3.根据权利要求1所述的利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法,其特征在于,步骤3中的所述最优基因集具有1~10个的基因数量。

4.根据权利要求1所述的利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法,其特征在于,步骤4中基于差异表达基因进行的分析具体包括:差异基因表达模式聚类分析,Gene Ontology功能显著性富集分析,Pathway显著性富集分析,以及蛋白互作网络分析。

5.根据权利要求1至4中任意一项所述的利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法,其特征在于,所述竞争性内源RNA为miRNA、lncRNA或者cirRNA。

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