一种蛋白质‑RNA复合物结构预测方法与流程

文档序号:12365068阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)计算模板复合物结构分数:将给定的蛋白质和RNA的单体结构分别与模板库中的蛋白质-RNA相互作用模型模板进行比对,分别得到给定的蛋白质与模板蛋白质的相似分数A,以及给定的RNA与模板RNA相似分数B;对所述相似分数A和相似分数B进行比较,取所述相似分数A和所述相似分数B中较小的相似分数作为利用该模板得到的蛋白质-RNA相互作用模型的复合物结构分数,每一个模板得到一个蛋白质-RNA相互作用模型的复合物结构分数;

(2)模型排序:将步骤(1)获得的蛋白质-RNA相互作用模型的复合物结构分数按照降序排列;

(3)模型判断:预先给定一个阈值,将步骤(2)按照降序排列获得的第一个复合物结构分数,即蛋白质-RNA相互作用模型的复合物结构分数的最大值与所述阈值进行比较,当所述复合物结构分数的最大值小于该阈值,则判断该模型结构不正确,所述给定蛋白质和RNA不能结合;当所述复合物结构分数的最大值大于所述阈值,则判断该蛋白质-RNA相互作用模型结构正确,该给定蛋白质和RNA可以结合。

2.如权利要求1所述的蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,所述模板库的获得方法为:从PDB数据库中下载到所有的蛋白质-RNA复合物结构,然后从中根据晶体结构分辨率和蛋白质残基以及RNA碱基个数挑选确定模板库。

3.如权利要求2所述的蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,所述模板库中的蛋白质-RNA相互作用模型晶体结构分辨率比3.0好,所述蛋白质残基个数大于30,所述RNA的碱基个数大于20。

4.如权利要求1所述的蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,所述模板库中一共有439个蛋白质-RNA相互作用模型模板。

5.如权利要求1所述的蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,所述给定的蛋白质和模板蛋白质的比对方法为使用TMalign程序来比对。

6.如权利要求1所述的蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,所述给定的RNA与模板RNA的比对方法为使用SARA程序来比对。

7.如权利要求6所述的蛋白质-RNA复合物结构预测方法,其特征在于,所述SARA程序使用一个归一化的向量来代表RNA的结构,结合RNA的二级结构特征,来比对RNA的二级结构。

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