一种辅助研究型项目设计执行和存储的方法及系统的制作方法_2

文档序号:8413009阅读:来源:国知局
述功能、鉴定类别、界定 词语、描述普通功能、用户访问许可的字段。本发明会给准备通过端口 101访问本系统的用 户提供各类的选择菜单各类的选项。用户和网络之间通讯可以通过HTML、ASP、PHP、JSP等 语言来实现。
[0045] 当用户访问本系统时,系统会提供一个菜单供用户选择,菜单的选择包括把实验 方法或项目提交到数据库,或是搜索方法或项目。用户要维护和搜索方或项目数据库都需 要通过访问许可。
[0046] 方法数据库中的方法可以作为项目设计的模板,项目经理可以使用模板的格式创 建新的项目,在创建新项目时可以加入相关的项目的信息到方法的步骤,使项目的信息以 格式化形式存储起来。
[0047] 如果某个字段是特定的方法或项目,那么他可以包括方法或项目的ID。用户可以 选择在维护方法或项目的时候不把方法或项目提交到其他人可以访问的方法和项目集那 里。为了保护个人的知识产权,用户也可以通过特定的机制来限制其他人访问提交到方法 和项目集的资料。该访问限制可以作为一个字段放在数据库中,授权的用户可以选择性存 取系统里的方法或项目。
[0048] 以下具体举例免疫印迹实验方法,说明方法子数据和项目子数据库的关系的关 系。
[0049] 例如:免疫印迹实验方法(分子生物学)包括如下步骤:
[0050] A.准备细胞提取物
[0051] 1.用胰酶消化和离心收集长满的细胞。
[0052] 2.用100微升的裂解缓冲液裂解收集到的细胞团。如果收集的细胞数只有500000 个细胞,用20微升的裂解缓冲液裂解。
[0053] 3.在4度下以每分钟14, 000转(相当于16000重力加速度)离心微离心管中的 细胞裂解液10分钟。
[0054] 4.把上清液转到新的微离心管中。抛弃离心下来的细胞团。
[0055] 5.检测蛋白浓度(我们使用BioRad的试剂进行Bradford分析)。
[0056] 6.取出X微升(=y微克的蛋白)的细胞裂解液和X微升2倍的上样缓冲液相混 合。
[0057] 7.把混合物煮沸5分钟。
[0058] 8.把混合物在室温下冷却5分钟。
[0059] 9.迅速把凝结的液体离心下来。
[0060] B.使用事先配置好的胶
[0061] 1.把胶装好。
[0062] 2.准备蛋白样品(10微克就足够了)。
[0063] 3.使用5微升的Kaleidoscope蛋白质标记物。
[0064] 4.以200伏特的稳定电压跑30分钟。
[0065] C.准备膜
[0066] L 剪切好一块 PVDF 膜(Millipore Immobion-P#IPVH 000 10)。
[0067] 2.在室温下用甲醇以摇动的方式湿润膜30分钟。
[0068] 3.去掉甲醇,加 1倍的印迹缓冲液保存膜直到需要使用时。
[0069] D.把蛋白转移到膜上
[0070] 1.在 Bio-Rad's Transblot 上装好"三明治
[0071] 2.预先用1倍的印迹缓冲液湿润海绵、滤纸(比胶稍大些)。三明治的顺序是:海 绵-滤纸 -胶_膜-滤纸-海绵。
[0072] 3.在一个搅拌的盘上、4度和1安培的电流转膜一个小时。
[0073] 大分子量的蛋白需要更多时间转移。
[0074] 对Mini-Transblot转移装置来说,在冷的缓冲液下以100伏特转移一个小时。
[0075] 4.蛋白转膜完成时,过夜把膜浸在Blocking缓冲液中封阻非特异性相互作用。
[0076] E.抗体和蛋白检测。
[0077] 1.把膜在用Blocking缓冲液稀释的初级抗体在室温下浸润一个小时。
[0078] 2.用含0. 05% Tween的磷酸盐缓冲液洗三次膜。每次10分钟。
[0079] 3.把膜在用Blocking缓冲液稀释的次级抗体在室温下浸润45分钟。
[0080] 4.用含0. 05% Tween的磷酸盐缓冲液洗三次膜。每次10分钟。
[0081] 5.用 Amersham 的 ECL (RPN 2106)检测蛋白条带。
[0082] 根据本发明,上面的设计平台是这么工作的:
[0083] 1.实验方法分为步骤。
[0084] 2.每个步骤格式化以便于信息的提取和项目的重新安排,表1是格式化后方法步 骤记录的样例。
[0085] 说明:表1和表2表格部分内容没有详细填写,表格的目的是为了说明步骤格式化 过程,具体内容空缺不影响该说明。
[0086] 表一
[0087]
【主权项】
1. 一种辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于: 步骤1:创建方法子数据库,预先将方法步骤化,将由实验步骤构成的方法数据输入到 方法子数据库,实现方法子数据库的添加; 步骤2 :将项目分解为多个方法来实现;提供交互界面提示用户输入实际项目各个方 法的信息和项目信息,依据各个方法对应的信息在所述方法子数据库中检索匹配的方法, 并提取方法对应的实验步骤数据,将所述提取的实验步骤数据对应增加上用户输入的实际 项目中所需方法的信息存入数据库,形成项目子数据库; 步骤3 :重复步骤2直至项目的所有所需的方法的信息都输入完并检索提取到方法对 应的实验步骤数据,并存入项目子数据库中; 步骤4 :用户输入或系统自动生成各个方法的实验结果,并存入项目子数据库; 步骤5 :根据存入项目子数据库中的数据和实验结果自动生成项目报告。
2. 根据权利要求1所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于所述的 实验步骤经过格式化后再存入实验方法模版数据库,格式化后的实验步骤仅含一个操作, 每个步骤至少分配以下属性参数:最小的步骤之间的间隔,最大的步骤之间的间隔和操作 所需要的时间。
3. 根据权利要求2所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于同一个 项目包含的不同方法的实验步骤可交插安排,将同一个项目不同方法的实验步骤重新整合 安排成为一个统一的流水线,整合后的流水线作为项目执行数据库的数据元素存入执行数 据库。
4. 根据权利要求3所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于所述方 法的信息至少包括方法的数据的来源、方法的数据的代号、方法的数据的出版日期这4种 数据之一。
5. 根据权利要求4所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于所述项 目信息至少包括项目的描述、项目的目标、项目的领导人和研宄的主题4种信息之一。
6. 根据权利要求3所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于所述的 实验步骤至少包括步骤描述、步骤窍门和来源的名字3种信息之一。
7. 根据权利要求4至6任意一项所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特 征在于所述的实验步骤还至少包括项目的本步骤的结果和使用的来源和细节2种信息之 〇
8. 根据权利要求7所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的方法,其特征在于所述项 目报告至少包含实验方法和项目的结果数据。
9. 一种辅助研宄型项目设计执行和存储的系统,其特征在于: 包括过程控制模块,实现通讯端口与数据库之间的连接; 包括通讯端口,实现用户远程或本地与系统进行交互; 包括数据库,所述数据库至少包括方法子数据库和项目子数据库,方法子数据库由方 法对应的实验步骤形成的记录构成;项目子数据库由多个属于同一个项目的所有方法对应 的实验步骤数据增加上用户输入的实际项目中所需方法的信息构成。
10. 根据权利要求9所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的系统,还: 包括格式化输入模块:实现所述的实验步骤格式化,每个步骤至少包括以下属性参数: 步骤是否可以延迟,步骤延迟的条件,执行步骤的入口条件、最小的步骤之间的间隔,最大 的步骤之间的间隔和执行时间;将用户输入的方法的信息格式化为每个步骤的信息,定义 每个步骤的参数,所述参数至少需要包括:步骤执行所需要的资源,步骤执行所需要的操 作,操作的条件,步骤执行所需要的工具,步骤的描述; 包括一个信息匹配系统和资源数据库,所述信息匹配系统负责把项目和相应的资源匹 配起来,该匹配系统由解释器、共同名字、连接器这三个子系统组成。
11. 根据权利要求10所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的系统,其特征在于还包 括一个项目设计平台,用于用户利用方法子数据库中数据生成项目数据。
12. 根据根据权利要求11所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的系统,其特征在于 所述的项目设计平台上设有项目形成的信息,至少包括项目应用范围、研宄计划、项目开始 时间、项目结束时间和项目概述。
13. 根据根据权利要求12所述的辅助研宄型项目设计执行和存储的系统,其特征在于 还包括一个特征词条数据库,每个步骤执行所需要的资源与所述特征词数据库中的每一个 特征词条相映射。
14. 根据根据权利要求13所述的辅助研宄项目设计存储和执行的系统,其特征在于还 包括一个竞标系统,提供相同特征词条的资源信息列表供用户选择。
15. 根据根据权利要求14所述的辅助研宄项目设计存储和执行的系统,其所述解释器 至少包括一个解释数据库中的项目信息的程序,该程序能为其它程序提供正确项目信息、 项目资源信息和项目关键信息。
16. 根据根据权利要求15所述的辅助研宄项目设计存储和执行的系统,其特征在于所 述解释器上还包括一个分析解释结果的程序和一个优化多个项目执行步骤的程序。
【专利摘要】本发明公开了一种辅助研究型项目设计执行和存储的方法及系统,通过创建创建方法子数据库,并提供一个设计平台基于创建的方法子数据库设计新的项目,为项目信息的存取、项目的设计和执行提供了方便,充分利用了已做过的实验经验数据来优化和降低新项目的项目周期和成本。本系统尤其适合于科学领域,本系统提供了管理实验方法的模板的数据库,用户通过使用实验方法的模板进行项目的设计和存储,实验方法和项目的格式为项目的管理提供了方便,本系统能还提供了智能地安排一个项目的流程,大大提高了项目设计效率和节约资源目的。
【IPC分类】G06Q10-06, G06F17-30
【公开号】CN104732362
【申请号】CN201510169568
【发明人】童云广
【申请人】快克生物有限责任公司
【公开日】2015年6月24日
【申请日】2015年4月10日
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