子硬件、或者计算机软件和电子硬件的结合来实现。这些功能究竟以硬件还是软件方式来执行，取决于技术方案的特定应用和设计约束条件。专业技术人员可以对每个特定的应用来使用不同方法来实现所描述的功能，但是这种实现不应认为超出本发明的范围。
[0058]在本发明所提供的实施例中，应该理解到，所揭露的装置和方法，可以通过其它的方式实现。例如，以上所描述的系统实施例仅仅是示意性的，例如，所述模块或单元的划分，仅仅为一种逻辑功能划分，实际实现时可以有另外的划分方式，例如多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个系统，或一些特征可以忽略，或不执行。另一点，所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通讯连接可以是通过一些接口，装置或单元的间接耦合或通讯连接，可以是电性，机械或其它的形式。
[0059]所述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的，作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元，即可以位于一个地方，或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部单元来实现本实施例方案的目的。
[0060]另外，在本发明各个实施例中的各功能单元可以集成在一个处理单元中，也可以是各个单元单独物理存在，也可以两个或两个以上单元集成在一个单元中。上述集成的单元既可以采用硬件的形式实现，也可以采用软件功能单元的形式实现。
[0061]所述集成的单元如果以软件功能单元的形式实现并作为独立的产品销售或使用时，可以存储在一个计算机可读取存储介质中。基于这样的理解，本发明实施例的技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分或者该技术方案的全部或部分可以以软件产品的形式体现出来，该计算机软件产品存储在一个存储介质中，包括若干指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机，服务器，或者网络设备等)或处理器(processor)执行本发明实施例各个实施例所述方法的全部或部分步骤。而前述的存储介质包括:U盘、移动硬盘、只读存储器(R0M，Read_0nly Memory)、随机存取存储器(RAM ,Random Access Memory)、磁碟或者光盘等各种可以存储程序代码的介质。
[0062]以上所述实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换;而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明实施例各实施例技术方案的精神和范围。
[0063]以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
【主权项】
1.一种病原微生物的检测方法，其特征在于，包括: 将测试宏基因组作为查询序列输入到预设的病原微生物数据库中； 在所述预设的病原微生物数据库中对所述测试宏基因组进行BLAST运算，得到所述预设的病原微生物数据库中每种病原微生物的运算结果，所述运算结果包括所述病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的相似性和相似的长度，以及包括所述病原微生物在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的个数； 根据所述运算结果获取每种病原微生物的平均匹配值； 将所述平均匹配值和所述匹配到的微生物的个数最高的病原微生物确定为所述测试宏基因组的检测结果。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述将测试宏基因组作为查询序列输入到预设的病原微生物数据库中之前，所述方法还包括: 通过FASTX工具箱，将所述测试宏基因组的数据由fastq格式转化为fasta格式。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述将病原微生物宏基因组的测序原始数据作为查询序列输入到预设的病原微生物数据库中之前，所述方法还包括: 创建所述预设的病原微生物数据库，所述预设的病原微生物数据库中收集的病原微生物包括真菌18S rDNA序列、细菌16S rDNA序列和病毒基因组。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述运算结果获取每种病原微生物的平均匹配值包括: ffiil (Xi Y1+X2Y2+X3Y3+X4Y4+X5Y5+X6Y6+X7Y7+……+XnYn)/n 计算得到每种病原微生物的平均匹配度，其中，X1为病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的第i个微生物的相似度，Y1为病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的第i个微生物的相似的长度，i = l,2,……n，所述η为病原微生物在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的个数。5.一种病原微生物的检测装置，其特征在于，包括: 输入单元，用于将测试宏基因组作为查询序列输入到预设的病原微生物数据库中； 运算单元，用于在所述预设的病原微生物数据库中对所述测试宏基因组进行BLAST运算，得到所述预设的病原微生物数据库中每种病原微生物的运算结果，所述运算结果包括所述病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的相似性和相似的长度，以及包括所述病原微生物在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的个数； 获取单元，用于根据所述运算结果获取每种病原微生物的平均匹配值； 确定单元，用于将所述平均匹配值和所述匹配到的微生物的个数最高的病原微生物确定为所述测试宏基因组的检测结果。6.如权利要求5所述的装置，其特征在于，所述装置还包括: 转化单元，用于通过FASTX工具箱，将所述测试宏基因组的数据由fastq格式转化为fasta格式。7.如权利要求5所述的装置，其特征在于，所述装置还包括: 创建单元，用于创建所述预设的病原微生物数据库，所述预设的病原微生物数据库中收集的病原微生物包括真菌18S rDNA序列、细菌16S rDNA序列和病毒基因组。8.如权利要求5所述的装置，其特征在于，所述获取单元具体用于: ffiil (Xi Y1+X2Y2+X3Y3+X4Y4+X5Y5+X6Y6+X7Y7+……+ΧηΥη)/η 计算得到每种病原微生物的平均匹配度，其中，X1为病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的第i个微生物的相似度，Y1为病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的第i个微生物的相似的长度，i = l,2,……n，所述η为病原微生物在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的个数。
【专利摘要】本发明适用于生物检测技术领域，提供了病原微生物的检测方法及装置，包括：将测试宏基因组作为查询序列输入到预设的病原微生物数据库中；在所述预设的病原微生物数据库中对所述测试宏基因组进行BLAST运算，得到所述预设的病原微生物数据库中每种病原微生物的运算结果，所述运算结果包括所述病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的相似性和相似的长度，以及包括所述病原微生物在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的个数；根据所述运算结果获取每种病原微生物的平均匹配值；将所述平均匹配值和所述匹配到的微生物的个数最高的病原微生物确定为所述测试宏基因组的检测结果。本发明的检测过程无需序列拼接，简单、高效。
【IPC分类】G06F19/18, G06F19/24
【公开号】CN105631243
【申请号】CN201511000616
【发明人】周丰丰, 麦国琴, 仲任, 姚曌旻, 王誉
【申请人】深圳先进技术研究院
【公开日】2016年6月1日
【申请日】2015年12月28日