具有优越农业性能的大豆植物及其生产方法

专利名称：：具有优越农业性能的大豆植物及其生产方法
技术领域：
：本发明涉及农业生物
技术领域：
，并且，更具体地涉及分子标志物辅助的选择和大豆植物的育种。
背景技术：
：植物育种的最具挑战性的方面之一是鉴定比目前商业中使用的可荻得的品种更优越的植物品种。此处，术语"品种"和"基因型"可以互换使用，因为遣传差异使每个品种不同，并且使得一个品种在商业价值方面优于另一个品种。对于商品作物如大豆和玉米，商业价值的最普遍量度是每单位面积的谷粒生产能力或"产率"。由于农民的收入是根据他输送到起重机上的谷粒量(重量)，农民通常希望种植每英亩产生最多谷粒的品种。尽管可论证产率是植物育种者考虑的最重要的性状，它也是遗传学上了解最少的性状。存在许多不同的控制将营养物质和光转化到谷粒中的效率的性状。因此，产率是导致生长季节中的生产能力的许多不同性状的最终积累。这些性状包括出苗活力、光合能力、疾病抗性、从土壤开采营养物的能力、开花能力和将光合物质转移到谷粒的能力，等。导致产率的这些各个性状的遣传基础很多是公知的。可以通过一些或许多遣传基因座控制导致"产率"的每个性状。因此，产率的总体遗传基础毫无疑问是非常复杂的。这是确定产率的遗传基础的传统方法还没有非常成功的一个原因。为了导致生产能力的增加性改进，大部分地区的植物育种者在过去80年或更多年中仍然使用相同的资源密集的方法。将现有的品种杂交以产生新基因型的阵列，然后不断在很多位置进行检验和复制，以得到区分新的一致优越的基因型的28数据。这是植物育种的最昂贵和最耗时的方面之一。在20世纪90年代，与导致产率的基因连接的遣传标志物作为改进育种过程的某些方面的效率的手段而出现。这些成功的经历限于通过相对少的高度可遣传的基因进行控制。在此情况下，建立DNA序列和可以用温室或大田实验证实的基因型之间的可靠关联是非常常规的。但是，直到最近，在特定DNA序列和非常复杂的定量性状如产率之间建立可靠的关联还是非常困难的。在为所有目的而全文引入作为参考的美国专利号5,437,697中描述的"育种偏倚(BreedingBias)"是确定哪一个基因座受到用于产率的延长的反复选择期影响的独特途径。通过将现代高产率品种与它们最远的祖代的遣传标志物详进行比较，育种偏倚可以迅速处理整个世纪的产率数据以确定哪些遣传标志物的特定等位基因由于选择作用而随时间增加了頻率。由于产率增加是选择的主要标准，这些标志物是最有可能与随时间的生产过程相关的那些。本发明提供了与多个地理区域中的产率性能相关的遣传标志物，以及利用这些标志物有效鉴定产率增加的大豆品系和亚系的方法。发明概述本发明提供了在多个地理区域和生长条件下相应于对优越农业性能而言重要的染色体区段的代表性标志物，以及鉴定所述区段的代表性标志物。已经显示这里描述的标志物与导致大豆产率增加的遣传元件相关。此处描述的标志物以及使用它们的方法提供了用于确定和鉴定相对于现有原种(elite)品系而言产率改进的大豆植物的手段。采用此处描述的标志物和方法，鉴定来源于原种林的大豆分离品系中的残余等位基因变异，用于增加育种程序的效率，以开发相对于现有原种品系而言产率增加的大豆的新的亚系。第一方面，本发明提供了鉴定相对于现有的大豆原种品系而言产率增加的大豆亚系的方法，本发明的该方法包括检测多个染色体区段的至少一种等位基因形式，其中每一种a)包含导致产率增加的遗传元件；和b)包含或邻近于显示与大豆产率增加相关的标志物基因座。例如，检测等位基因形式包括鉴定染色体区段的至少一种有利的等位基因形式，其中鉴定的染色体区段包含导致产率增加的遗传元件，并且包含或临近于(连锁于)选自特定标志物组的标志物，所述标志物组已经被证明与产率相关。可以通过鉴定选自该组的多态性标志物基因座而证实染色体区段的有利等位基因形式，该基因座在来源于祖代大豆的后代的多个亚系中分离。在具有标志物基因座的不同等位基因形式的后代至少两个亚系中评估产率，并且鉴定相对于祖代大豆而言产率增加的后代的亚系。通过育种偏倚分析证明与导致在一个或多个地理生长区域中的产率增加的遣传元件相关的示例性标志物基因座包含在以下标志物组中Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591,Sattl55，Satt385，Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1，Satt480，Satt632-TB,Satt233，Satt327，Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429,Satt426,Satt509,SAT—261,Sattl97,Satt519，Satt597，SCT-026,Satt415，Satt583，Satt430,P12198A-1,P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1,Sattl68,Satt556,Satt272，Satt020，Satt066，Satt534,P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB,Sattl90,SAT—311-DB,Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422,Satt457,Satt457，Satt557，Satt319,SAT」42-DB,Satt460，P13073A-1，Satt307，SCT-028，Satt433,Satt357,Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507,SAT-llO，P10620A-1，Sattl29,Sattl47，Satt216,SAT—351，P10621B-2，Satt701，Satt634,Satt558，Satt266,Satt282,Satt537，Satt506，Satt546，P13072A-1,Satt582,Satt389,Satt461，Satt311，Satt514，Satt464,Satt662,Satt543，Sattl86，Satt413,Satt672，P13074A-1，P10624A-1,Satt573,Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，S"t452，SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93,Satt569，Satt343，Satt586，Satt040,Satt423,Satt348，Satt595，P10782A-1,P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522,Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356,Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533,Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91，SAT—117,Satt353,Satt442，Satt279，Satt314,Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012，Satt270，Satt292,Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223，SAC1699,SCT-065，Satt596，Satt280,Satt406,Satt380Sattl83,Satt529，Satt431，Satt242，SatU02，Satt441，Satt544Satt617,Satt240，P10618A-1，Satt475,Sattl96,SAT一301,Satt523，Satt418，Satt418，S"t398，Satt497，Satt284，Sattl66Satt448,Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt590,Satt567,Satt220，SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1,Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT-330-DB,P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT一084，P3050A-2，SAT—275-DB，Satt387，Satt549,Satt660，Satt339,Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1,Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550,Satt633，Satt262，Satt473，Satt477,Satt581，P11070A-1,Sattl53,Satt243P10623A-1P13561A-1S60076-TBS60326-TBS60440-TBS60536-TBS60812—TBP10632A-1:P13561A-1S60148-TB:S60338-TB,S60446-TB，S60552—TB，P10793A-1P2481A-1,S60149-TBS60350-TBS60505-TBS60585—TBP12391A-1S60021-TB，S60201-TBS60361-TBS60513-TBS60630—TBP8230A-1P13560A-1S60048-TBS60243-TBS60422-TBS60519-TBS60728—TBSAC1677，SAC1724,SAG1055，Satt040，Sattl0831Sattl09，Sattlll，Sattl76，Sattl76,Satt219，Satt299和Satt512。因此，该组的标志物基因座鉴定出导致产率增加的染色体区段。可以鉴定与选自该组的标志物基因座连锁的任何数目的其它标志物基因座，并且将作为等同物在本发明的方法中起作用。例如，在一些实施方案中，通过a)鉴定选自祖代大豆的后代的多个亚系中的组的至少一个多态性标志物基因座，和b)评估具有标志物基因座的不同等位基因形式的后代的至少两个亚系中的产率而确定至少一个染色体区段的有利等位基因形式，即，与产率增加相关的等位基因形式。在其它实施方案中，所述鉴定产率增加的大豆亚系的方法包括检测在祖代大豆的后代中分离的标志物基因座的至少一个等位基因。所述标志物基因座包括至少两个等位基因，其中一个与产率增加相关而另一个等位基因不与产率增加相关。产率的增加是相对于后代的平均产率测量的。任选地，评估一个以上标志物基因座。标志物基因座选白下组基因座rSatt684，Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454,Satt526，Satt300，Satt591，Sa"155，Satt385，Satt385，Satt225,Satt236,Satt511，P12390B-1，Satt480，Satt632-TB，Satt233，Satt327,Satt329，Satt508,P10635A-1,Satt409，Satt228,Satt429，Satt426，Satt509，SAT—261，Sattl97，Satt519，Satt597，SCT-026,Satt415，Satt583，Satt430,P12198A-1，P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556,Satt272,Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90，SAT-311-DB，Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422，Satt457，Satt457，Satt557，Satt319，SAT-142-DB，Satt460,P13073A-1，Satt307，SCT-028,Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT-llO，P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT—351,P10621B-2,Satt701，Satt634,Satt558，Satt266，Satt282,Satt537,Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464,Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413,Satt672,P13074A-1,P10624A-1，Satt573，Satt598,Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51,Satt355，Satt452，SAT-273-DB,Sattl46,Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040,Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1,P10598A-1，Satt334,Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1,P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533,Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99,Satt503，Satt517,Sattl91，SAT—117,Satt353，Satt442，Satt279,Satt314，Sattl42,Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012,Satt270,Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249,SAG1223，SAC1699,SCT_065，Satt596，Satt280,Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242,Sattl02，Satt441，Satt544,Satt617,Satt240,P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT—301，Satt523,Satt418,Satt418，Satt398，Satt497,Satt284，P13561A-1，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB，S60536-TB，P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB，P12391A-1,S60021-TB，S60201-TB,S6036卜TB，S60513-TB，S60630-TB，S60048-TB,S60243-TB，S60422-TB，S60519-TB，S60728-TB，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1，Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT-084,P3050A-2,SAT_275-DB，Satt387,Satt549,Satt660,Satt339,Satt255，Satt257,Satt358，P12396A-1,Satt487，Satt259，Satt259,Satt347，Satt420，Satt576，Satt550，Satt633,Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53，Satt243，P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P2481A-1，S60149-TB，S60350-TB,S60505-TB，S60585-TB,S60812-TB，SAC1677，SAC1724,SAG1055,Satt040，Sattl08，Sattl09，Sattlll,Sattl76，Sattl76，Satt219,Satt299和Satt512。在一些实施方案中，检测如表3-12中列举的组或在特定地理区域中相关的指定标志物亚组中的大约10X-大约IOOX的染色体区段的等位基因形式。通常，确定在特定地理区域中相关的大约iox-大约90X的染色体区段的等位基因形式.通常，确定大多数等位基因形式。在一种实施方案中，确定基本所有的染色体区段的等位基因形式。例如，在目的在于开发在中部生长区域(如爱荷华)的产率增加的大豆的育种程序中，确定了包括或邻近选自下组的标志物的大约10X-大约IOOX的染色体区段的等位基因形式Satt642,Satt042，Satt364，Satt454，Satt526,Satt300，Satt591,Sattl55，Satt385,Satt511，P12390B-1，Satt632-TB，Satt429，SAT-261,Sattl97，P10641A-1,Satt556，Satt534,P10638B-2,Satt399.Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338，Satt640-TB，Satt557，Satt319,SAT-142-DB,Satt460，Satt433,Satt357,Satt321，Satt295，Satt203，S"t507，Sattl29，Sattl47，SAT-351,P10621B-2，Satt558，Satt701,Satt634，Satt582，Satt389，Satt464，Satt662,Satt672，Satt573，Satt598，Satt263，Satt602，Sattl51，SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Sattl76，Satt343，Satt586，Satt040,Satt595，P10782A-1，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Satt533，Sattl99,Satt517，Sattl91，SAT—117,Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292,SAG1223，SAC1699，SAT一065，Satt596，Satt406，Satt380，Sattl83,Satt529,Satt242，Satt617，Satt240，SAT—301，Satt418，Satt398，Satt497，S"tl66，Satt448，S"t373，Satt513，P12394A-1，SAG1048,Satt536，Sattl75,Satt677，Satt680,P10615A-1，Satt551，Satt346,Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，SAT—084,SAT—275-DB，Satt660，Satt339，P12396A-1，Satt358，Satt487,Satt259，Satt420，Satt576,Satt633，Satt477,Satt581，Sattl53，Satt243，P10793A-1,P12391A-1，P12392A-1，P13560A-1，P13561A-]S60148-TB，S60338-TB,S60446-TB，S60552-TB，S60728-TB,S60812-TB,SAC1677,SAC1724，SAG1055,Sattlll，Sattl76，Satt219和Satt299。在一种实施方案中，标志物组包含Satt684，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt632-TB，Satt429,SAT--261，P10641A-1，Satt556,P10638B-2，Satt399，Satt361,Satt66卜TB，Sattl90,SAT—311-DB,Satt338，Satt640-TB，Satt557，Satt319，SAT-142-DB,Satt321,Satt203，Sattl29，Sattl47,SAT—351,P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt582，Satt389，Satt464，Satt662，Satt672，Satt573，Satt598，Satt263，Sattl51，SAT_273-DB,Sattl46，Sattl93,Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt595，S"t334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99,Satt517，Sattl91,Sat—117，Satt279,Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223，SAC1699,Sat—065，Satt596，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529,Satt242，Satt617，Satt240,SAT一301,S60048-TB,S60243-TB，S60422-TB,S60519-TB，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB，S60536—TB，S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585—TB，S60021-TB，S60201-TB,S60361-TB，S60513-TB,S60630-TB，Satt040，S60243-TB，S60326-TB，S60422-TB，S60440-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585-TB，S60361-TB，S60513-TB，S60630—TB,Satt418，Satt398,Satt497，Sattl66,Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048，Satt536，Sattl75,Satt677,Satt680，P10615A-1，Satt551,SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，SAT-084，SAT-275-DB，Satt660，Satt339，Satt358，Satt487，Satt487，Satt420，Satt576，Satt633，Satt581，Sattl53，Satt243，P10793A-1，P13560A-1，P13561A-1，S6002卜TB，S60048-TB，S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB,S60201-TB，S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677,SAC1724，SAG1055，Sattlll，Satt219和Satt299。在一种实施方案中，标志物组包含Satt684，Satt526，Satt591，Satt385,Satt632-TB，Satt429，SAT--261，P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Sattl90，SAT-311-DB，Satt338，Satt640-TB，Satt557，SAT-142-DB，Satt321，Satt203，Sattl29，SAT_351，Satt701，Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598，Satt343,Satt595，Satt334，Sattl44,Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99，Sat-117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223,Sat-065，Satt529,Satt242,Satt617，SAT-301,Satt398，Satt497，Sattl66，Satt373，SAG1048，Satt680,P10615A-1，SAT—330-DB，P13069A-1，SAT—275-DB，Satt339,Satt487，Satt420，Satt581和Sattl53。在其它实施方案中，鉴定产率增加的大豆亚系的方法包括检测在祖代大豆的后代中分离的标志物基因座的至少一个等位基因。标志物基因座包括至少两个等位基因，其中一个与产率增加相关，而另一个等位基因不与产率增加相关。产率的增加是相对于后代的平均产率测量的。任选地，评估一个以上标志物基因座。标志物基因座选自下组基因座Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364，S"t454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385,Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1,Satt480,Satt632-TB，Satt233,Satt327，Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429,Satt426，Satt509,SAT-261,Sattl97，Satt519,Satt597，SCT-026,Satt415，Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A-1，Satt359,P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272，Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422，Satt457，Satt457，Satt557，Satt319,SAT—142-DB,Satt460，P13073A-1，Satt307,SCT—028,Satt433，Satt357，Satt321，Satt267,Satt383，Satt295,Satt203，S"t507SAT-110,P10620A-1，Sattl29,Sattl47，Satt216，SAT-351，P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，Satt282，Satt537，Satt506，Satt546,P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86Satt413，Satt672，P13074A-1,P10624A-1，Satt573,Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586,Satt040，Satt423,Satt348，Satt595，P10782A-1,P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352:Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517,Sattl91，SAT-117，Satt353，Satt442，Satt279，Satt314,Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012，Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223,SAC1699，SCT-065，Satt596，Satt280，Satt406,Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242,Sattl02，Satt441，Satt544，Satt617,Satt240，P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT墨301，Satt523，Satt418，Satt418,Satt398，Satt497，Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt590,Satt567,Satt220，SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551,Satt250,Satt346，Satt336,SAT一330-DB,P13069A-1，P5467A-1,P5467A-2,Satt584，SAT腦084,P305OA-2，SAT-275-DB，Satt387,Satt549,Satt660，Satt339，Satt255，Satt257,Satt358,P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420,Satt576，Satt550,Satt633，Satt262,Satt473,Satt477，P10623A-1:P13561A-:iS60076-TB:S60326-TB:S60440-TB:S60536-TB,S60812—TB,Sa"581，P11070A-1，Sattl53,Satt243，P10632A-1,P10793A-1，P12391A-1,P2481A-1，S60149-TB,S60350-TB，S60505-TB,S60585-TB，SAC1677,SAC1724,SAG1055,Satt040Sattlll，Sattl76，Sattl76，Satt219，P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB，S(画1-TB，S60201-TB，S60361-TB,S60513-TB,S60630-TB，P8230A-1，P13560A-1，S60048-TB，S60243-TB，S60422-TB，S60519-TB，S60728-TB，,Sattl08,Satt299和在一些实施方案中，检測如表3-12中列举的组或在特定地理区域中相关的指定标志物亚组中的大约10X-大约IOOX的标志物的至少一种等位基因.通常，确定在特定地理区域中相关的大约1094-大约90X的标志物基因座的至少一种等位基因。通常，确定大多数标志物基因座。在一种实施方案中，确定基本所有的标志物基因座。例如，在目的在于开发在中部生长区域(如爱荷华)的产率增加的大豆的育种程序中，确定了包括以下标志物基因座的组中的大约104-大约100X的标志物基因座的至少一种等位基因Satt642，Satt042,Satt364,Satt454,Satt526，Satt300，Satt591,Sattl55，Satt385，Satt511，P12390B-1，Satt632-TB，Satt429,SAT—261，Sattl97,P10641A-1，Satt556,Satt534,P10638B-2，Satt399.Satt361，P10639A-1，Satt66卜TB，Sattl90,SAT一311-DB，Satt338，Satt640-TB，Satt557，Satt319,SAT—142-DB，Satt460，Satt433,Satt321，Satt295，Satt203，Satt507，Sattl29，Sattl47，P10621B-2，Satt558，Satt701，Satt634，Satt582，，Satt464，Satt662,Satt672，Satt573，Satt598，Satt263，Satt602，Sattl51，SAT-273-DB,Sattl46，Sattl93,Satt569，Sattl76，Satt343,Satt586,Satt040,Satt595，P10782A-1，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Satt533，Sattl99，Satt517，Sattl91，SAT—117,Satt279，Sattl81,Sattl27，Satt270，Satt292,SAG1223,SAC1699，SAT-065，Satt596，Satt406，Satt380,Sattl83,Satt529,Satt242，Satt617,Satt240,SAT—301,Satt418，SAT—351,37S60048-TB,S60243-TB,S60422-TB，S60519-TB，S60076-TB，S60326-TB,S60440-TB，S60536-TB，S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB,S60585-TB,S60021-TB,S60201-TB，S60361-TB,S60513-TB,S60630-TB,Satt398，Satt497，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677,Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt346，Satt336，SAT_330-DB，P13069A-1，P5467A-1,P5467A-2，SAT-084，SAT—275-DB，Satt660，Satt339，P12396A-1,Satt358,Satt487，Satt259，Satt420，Satt576，Satt633,Satt477，Satt581,Sattl53,Satt243，P10793A-1，P12391A-1,P12392A-1,P13560A-1,P1356U-]S60148-TB,S60338-TB,S60446-TB,S60552-TB,S60728-TB，S60812-TB，SAC1677,SAC1724,SAG1055,Satt040,Sattlll，Sattl76，Satt219和Satt299。在一种实施方案中，标志物组包含Satt684，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591,Sattl55，Satt385,Satt632-TB,Satt429,SAT-_261,P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Satt399，Satt361，Satt661-TB,Sattl90，SAT—311-DB，Satt338,Satt640-TB，Satt557，Satt319,SAT一142-DB，Satt321,Satt203，Sattl29，Sattl47，SAT—351，P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt582，Satt389，Satt464，Satt662,Satt672，Satt573，Satt598，Satt263，Sattl51，SAT-273-DB，Sattl46,Sattl93，Satt569,Satt343，Satt586,Satt040，Satt595，Satt334，Sattl44，Satt522,Satt570，Satt356，Sattl99,Satt517,Sattl91，Sat_117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223,SAC1699，Sat一065，Satt596，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt242,Satt617，Satt240，SAT—301，Satt418,Satt398，Satt497,Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1，SAG1048,Satt536,Sattl75，Satt677，Satt680,P10615A-1，Satt551，SAT—330-DB,P13069A-1,P5467A-1,P5467A-2，SAT—084,SAT—275-DB，Satt660，Satt339，Satt358，Satt487，S"t487，Satt420，Satt576，Satt633，Satt581，Sattl53，Satt243，P10793A-1，P13560A-1,P13561A-1，S60021-TB，S60048-TB，S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB,S60243-TB,S60326-TB,S60338-TB,S60350-TB,S60361-TB,S60422-TB，S60440-TB,S60446-TB，S60505-TB,S60513-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB,S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055，Sattlll，Satt219和Satt299。在另一种实施方案中，标志物组包含Satt684，Satt526，Satt591,Satt385，Satt632-TB，Satt429，SAT-—261，P10641A-1，Satt556,P10638B-2，Sattl90，SAT_311-DB,Satt338,Satt640-TB，Satt557,SAT-142-DB，Satt321，Satt203，Sattl29，SAT—351,Satt701，Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598，Satt343，Satt595，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99，Sat—117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223，Sat一065，Satt529，Satt242，Satt617，SAT—301,Satt398，Satt497，Sattl66，Satt373，SAG1048,Satt680，P10615A-1,SAT—330-DB，P13069A-1，SAT一275-DB，Satt339，Satt487，Satt420，Satt581和Sattl53。在一些实施方案中，按下文确定与产率增加相关的等位基因，并且相反地，确定与产率不相关的等位基因。选择在多个后代大豆植物的亚系中具有至少两个分离的等位基因的多态性标志物基因座。在具有标志物的不同等位基因的后代的至少两个亚系中评估产率。然后鉴定相对于亚系的平均产率而言产率增加的亚系，确定分离的等位基因之一和产率增加之间的关系用于鉴定产率增加的大豆亚系的方法包括检测多个标志物基因座的至少一种等位基因形式。典型地，标志物基因座的数目大于2，并且典型地为包括下组的标志物基因座组的大约1054-大约100X:Satt684，Sattl65，Satt042,Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55,Satt385，Satt385，Satt225，Satt236,Satt511,P12390B-1，Satt480，Satt632-TB，Satt233，Satt327，Satt329，Satf508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429，Satt426，Satt509,SAT—261,Sattl97，Satt519,Satt597，SCT_026，Satt415,Satt583，Satt430，P12198A-1,P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272,Satt020,Satt066,Satt534,P10638B—2，Satt399，Satt361，P10639A—1,Satt661-TB，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338,Satt227,Satt640-TB，Satt422，Satt457，Satt457，Satt557，Satt319，SAT-142-DB,Satt460，P13073A-1，Satt307，SCT-028,Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295,Satt203，Satt507SAT一llO，P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT一351，P10621B-2,Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，Satt282,Satt537,Satt506,Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，S"t514，Satt464，Satt662，Satt543，S"tl86Satt413，Satt672，P13074A-1,P10624A-1，Satt573，Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，S"tl51，Satt355，Satt452SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423,Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1,P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44,Satt522，Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91，SAT—117，Satt353，Satt442，Satt279,Satt314，Sattl42,Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012，Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223,SAC1699,SCT—065，Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544，Satt617，Satt240，P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT_301，Satt523，Satt418，Satt418，Satt398，Satt497，Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1，Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1,Satt551,Satt250,Satt346，Satt336，SAL330-DB,P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT—084,P3050A-2，SAT-275-DB,Satt387,Satt549，Satt660，Satt339,Satt255,Satt257,Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420,Satt576，Satt550，Satt633，Satt262,Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53，Satt243，P8230A-1,P10623A-1,P10632A-1,P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P13561A-1，P13561A-1，P248U-1，S60021-TB，S60048-TB，40S60076-TB，S60148-TB,S60149-TB,S60201-TB,S60243-TB,S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB,S60361-TB，S60422-TB,S60440-TB，S60446-TB，S60505-TB,S60513-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB,S60630-TB，S60728-TB,S60812-TB，SAC1677,SAC1724,SAG1055,Satt040,Sattl08，Sattl09,Sattlll,Sattl76，Sattl76，Satt219,S"t299和Satt512，或如表3-12中指出的其地理学上相关的亚组。通常，该方法包括检测组中大约1054-大约90i的标志物a通常，检测组中至少50i的标志物，即，大多数标志物。在某些情况下，检测基本上所有的标志物。每个所检測的标志物基因座姿定了证明包含导致在至少一个地理生长区域的产率增加的遣传元件的染色体区段。因此，通过鉴定与产率增加相关的标志物的等位基因，鉴定了产率增加的大豆亚系，可以通过将第一祖代大豆与第二祖代大豆杂交而获得使用的后代大豆群体。或者，可以通过单一祖代大豆的自交而获得后代的群体。在一些实施方案中，评估的后代亚系包括随机亚系。在一些实施方案中，亚系包括近纯合亚系。典型地，祖代大豆选自种质的原种林。所述祖代可以自授粉产生后代.更通常地，在本发明的方法中，将祖代大豆与选自种质的不同原种抹的第二种大豆杂交。或者，祖代大豆可以与具有种质的外来林的大豆杂交。种质的原种林典型地选自种质的以下抹90A07,90B11,90B31,90B43,90B72,90B73,91B01,91B12,91B33,91B52,91B53,91B64,91B91,91B92,92B05,92B12,92B23,92B38,92B52,92B63,92B74,92B75,92B84,92B95,92M30,92M31,92M70,92M71,92M72,92M80,92M91,93B01,93B09,93B11,93B15,93B25,93B26,93B36,93B41,93B45,93B46,93B66,93B67,93B68,93B72,93B82,93B84,93B85,93B86,93B87,93M10,93M30,93M40,93M50,93M60,93M80,93M90,93M92,93M93,94B01,94B23,94B24,94B53,94B54,94B73,95B32,95B33,95B34,95B53,95B95,95B96,95B97,96B21,96B51,97B52,97B61,A1395,A2722,A2835,A2943,A3127,A3237,A3242,A3322,A3431,A4009，A4138,A4415,A4595，A4715,A5403，A5560，A5843,A5885,A5979，A5980，A6297，BEDFORD,CM428,CXI05，CX232,CX253,CX289,CX394C，CX469C，D00566D362,ESSEX,EX04C00，EX06A00,EXIOFOI，EX13P01,EX13Q01,EX15N01,EX16N00，EX16P01,EX22Y01,EX22Z01，EX23B03，EX34T03,EX35F03，EX36Y01，EX39E00,EX40T03,EX44V03,FORREST，G3362,HS93-4118,HUTCHESON,JIM，KORADA,M015733,M0400644-02,M0413735-ll-52,MO501577-27-23，M0505469-61-89,MP39009,P1677,P9007，P9008，P9041,P9042,P9061,P9062，P9063,P9071,P9092,P9132,P9141，P9151,P9163,P9182,P9203,P9233,P9244,P9273,P9281，P9305,P9306，P9321,P9341，P9392，P9395,P9481,P9482,P9492,P9521,P9552，P9561,P9584，P9591,P9592,P9594，P9631，P9641，PHARAOH，RA451，R01154R002，S0066，S03W4，S0880，S1550，S1990，S19T9,S20F8，S22C3,S24L2,S25J5，S32Z3,S33N1，S38T8,S3911,S4260,S42H1，S43B5，S5960，S6189,S6262,ST0653,ST1073,ST1090,ST1570,ST1690,ST1970,ST2250,ST2488,ST2660，ST2686，ST2688，ST2788，ST2870,ST3171,ST3380,ST3630,ST3660,ST3870，ST3883，TRACY,TRAILL,X9916,YB03E00，XB03F01,XB07E01,XB10D01,XB15M01，XB19U04,XB20M01,XB22C04，XB22R01,XB23W03,XB23Y02,XB25E02，XB25L04，XB25X04,XB25W01,XB26L04,XB27P04，XB29A04，XB29D01,XB29K04，XB29L04，XB30E04，XB31C01，XB31R04，XB33B,XB34D04,XB34F01,XB35D,XB35L04,XB35謂，XB38A01，XB41M01，XB42J00，XB42M01，XB48H01，XB54K01，XB55J01,XB58P99，XB63D00,XB67A00，YB03G01,YB08D01，YB09F01,YB09G01,YBIOEOI，YBllDOl，YB14H01,YB15K99,YB21F01,YB21G01，YB22S00，YB22V01,YB22W01,YB22X01,YB24Z01,YB25R03，YB25R99,YB25X00，YB25Y01,YB25Z01，YB27L03，YB27S00，YB27X01,YB27Y01,YB28A03,YB28N01，YB29H01，YB29J01，YB29T04，YB30J01，YB30N01，YB30P01,YB31E01，YB32K01，YB33K01,YB34H01，YB34R03,YB34S03,YB35C01，YB36E03，YB36V00，YB38E03，TTB38G03,YB39M01,YB39V03,YB40M01,YB楊Ol,YB41Q01,YB48L01，YB52J00,YB53E00,YB54H00，YB54J00，YB54L00，YB55H00,YB56E00，YB60N01和YOUNG。在某些实施方案中，所述方法包括将代表确定的标志物等位基因或等位基因形式或染色体区段的数据电子传递或电子储存在计算机可读介质中。因此，本发明的另一方面包括计算机系统，该系统包含用于输入基因型分析数据的数据输入设备和掺入了相应于本发明的标志物的基因型分析数据的计算机可读介质，包含基因型分析数据的计算机可读介质也是本发明的特征。在某些实施方案中，所述方法进一步包括选择所鉴定的大豆亚系的至少一种植物。所选择的植物可以是整个植林、植物器官、植物种子、植物细胞、植物组织培养物等，任选地，所选的大豆植物或其后代与第二种大豆植物杂交。典型地，第二种大豆植物缺乏标志物基因座的确定的等位基因(或染色体区段的等位基因形式)。在某些实施方案中，第二种大豆植物来自于种质的原种株，在其它实施方案中，第二种大豆植物来自于种质的外来林。根据本发明的方法生产的产率增加的大豆植物也是本发明的特征。在另一实施方案中，本发明包括用于鉴定产率增加的大豆植物的标志物组.所述标志物组包含选自包括以下标志物的标志物组的标志物rSatt684，Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526,Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385,Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1，Satt480,Satt632-TB,Satt233，Satt327,Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429,Satt426，Satt509，SAT—261，Sattl97，Satt519，Satt597，SCT—026，Satt415,Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A—1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68,Satt556，Satt272,Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2,Satt399，Satt361，P10639A-1,Satt661-TB，Sattl90，SAT—3U-DB，Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422,Satt457，Satt457,Satt557，Satt319，SAT_142-DB，Satt460，P13073A-1,Satt307，SCT-028,Satt433，Satt357,Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT—110,P10620A-1，Sattl29，Sattl47,Satt216，SAT—351,P10621B-2，Satt701,Satt634，Satt558,Satt266，Satt282，Satt537,Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514,Satt464,Satt662,Satt543，Sattl86,Satt413，Satt672，P13074A—1,P10624A-1,Satt573，Satt598，Satt204,Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452,SAT-273-DB，Sattl46,Sattl93，Satt569,Satt343，Satt586，Satt040，Satt423,Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44,Satt522，Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1,P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352,Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91，SAT-117,Satt353，Satt442，Satt279,Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27,SCTT012，Satt270,Satt292，Satt440，P10640A-1,Satt249，SAG1223，SAC1699，SCT-065,Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，S"t431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544,Satt617,Satt240，P10618A-1，Satt475,Sattl96，SAT—301,Satt523，Satt418,Satt418，Satt398，Satt497,Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373,Satt513，P12394A-1，Satt590，Satt567，Satt220,SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT一330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT—084,P3050A-2，SAT—275-DB，Satt387，Satt549,Satt660，Satt339，Satt255，Satt257,Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477,Satt581，P11070A-1,Sattl53，Satt243，P8230A-1,P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P13561A-1，P13561A-1，P2481A-1，S60021-TB，S60048-TB,S60076-TB,S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB，S60243-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585-TB,S60812-TB，SAC1677,SAC1724,SAG1055，Satt040，Sattl08，Sattl09，Sattlll，Sattl76，Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512。典型地，选择在地理生长区域中表现为相关的标志物亚组，如表3-12所示。例如，在设计用于开发在中部(如爱荷华)区域的产率增加的大豆株时，优选采用选自以下标志物组的一组标志物S60326-TB,S60440-TB，S60536-TB，S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB，S6036卜TB，S60513-TB，S60630-TB，S60422-TB，S60519-TB，S60728-TB,Satt642，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt511,P12390B-1，Satt632-TB,Satt429，SAT—261，Sattl97，P10641A-1，Satt556,Satt534,P10638B-2，Satt399.Satt361，P10639A-1,Satt661-TB，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338，Satt640-TB,Satt557,Satt319，SAT一142-DB，Sat"60，Satt433，Satt357，Satt321，Satt295，Satt203，Satt507，Sattl29,Sattl47,SAT-351,P10621B-2，Satt558，Satt701，Satt634，Satt582,Satt389,Satt464,Satt662，Satt672，Satt573，Satt598，Satt263，Satt602,Sattl51，SAT-273—DB，Sattl46,Sattl93，Satt569，Sattl76，Satt343，Satt586，Satt040，Satt595，P10782A-1，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Satt533,Sattl99,Satt517,Sattl91，SAT-117,Satt279,Sattl81，Sattl27,Satt270,Satt292，SAG1223，SAC1699，SAT—065,Satt596，Satt406,Satt380,Sattl83，Satt529，Satt242，Satt617，Satt240，SAT—301,Satt418，Satt398，Satt497，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048，Satt536，Sattl75,Satt677,Satt680,P10615A-1，Satt551，Satt346，Satt336，SAT一330-DB,P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2,SAT_084，SAT_275-DB，Satt660，Satt339，P12396A-1,Satt358,Satt487,Satt259，Sat"20,Satt576，Satt633，Satt477，Satt581，Sattl53，Satt243，P10793A-1，P12391A-1，P12392A-1，P13560A-]S60076-TB,S60326-TB，S6044O-TB，S60536-TB,S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055,Satt040，Sattlll，Sattl76,Satt219和Satt299。在一些实施方案中，组中的标志物选自Satt684，Satt042,Satt364，Satt454,Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt632-TB，Satt429，SAT-—261,P10641A-1，Satt556，P10638B-2,Satt399，Satt361，Satt661-TB，Sattl90，SAT一31卜DB，Satt338，Satt640—TB，Satt557，Satt319，SAT—142-DB,Satt321，Satt203,S60021-TB，S60201-TB，S6036卜TB,S60513-TB，S60048-TB,S60243-TB,S60422-TB，S60519-TB，S60148-TB,S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB,S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585-TB，45Sattl29，Sattl47，SAT一351，P10621B-2，Satt701,Satt634，Satt582，Satt389，Satt464，Satt662，Satt672，Satt573，Satt598，Satt263，Sattl51，SAT-273-DB,Sattl46,Sattl93,Satt569,S"t343，Satt586，Satt040，Satt595，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356,Sattl99，Satt517，Sattl91，Sat-117，Satt279,Sattl81，Sattl27,Satt270，Satt292，SAG1223,SAC1699,Sat一065,Satt596，Satt406，Satt380,Sattl83，Satt529，Satt242，Satt617，Satt240，SAT-301，Satt418，Satt398，Satt497，Sattl66,Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048,Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680,P10615A-1,Satt551，SAT_330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，SAT-084,SAT—275-DB,Satt660,Satt339，Satt358,Satt487，Satt487，Satt420,Satt576，Satt633，Satt581，Sattl53,Satt243,P10793A-1，P13560A-1，P13561A-1,S60021-TB，S60048-TB，S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB，S60243-TB，S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB，S60361-TB,S60422-TB，S60440-TB,S60446-TB，S60505-TB，S60513-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677,SAC1724,SAG1055，Sattlll，Satt219和Satt299,在某些实施方案中，标志物选自包含以下标志物的组Satt684，Satt526，Satt591,Satt385,Satt632-TB，Satt429，SAT-—261，P10641A-1,Satt556,P10638B-2,Sattl90，SAT一311-DB，Satt338,Satt640-TB,Satt557，SAT—142-DB，Satt321，Satt203，Sattl29,SAT—351,Satt701，Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598,Satt343，Satt595，Satt334,Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99，Sat_117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270,Satt292，SAG1223,Sat_065，Satt529,Satt242，Satt617，SAT-301,Satt398，Satt497，Sattl66，Satt373,SAG1048，Satt680，P10615A-1,SAT-330-DB，P13069A-1，SAT一275-DB，Satt339,Satt487，Satt420，Satt581和Sattl53。典型地，标志物组包含大约1094-大约IOOX在选定的地理区域中表现为相关的标志物。通常，该组包含大约大约90X的相关的标志物。通常，该组包含大多数相关的标志物。在一些实施方案中，该组包含基本上所有的在特定的地理区域中表现为相关的标志物。附图简述图1A-E:表明标志物位置的遣传图谦的示意图。图2:表明与爱荷华的产率相关的标志物基因座的位置的遗传图谱。发明详述本发明提供了与对大豆产率重要的基因座相关的大豆标志物。采用为所有目的而全文引入的美国专利申请号5,437,697中描述的方法，进行一系列的杂交偏倚分析，以鉴定遗传标志物，该标志物确定对产率重要的大豆基因组的区域。每个分析鉴定了受到在北美的7个不同的大豆生长区域中的一个生长区域中的选择的影响的基因座。对于每个地理区域，通过有经验的大豆育种者选择38一86个代表性原种品系的"原种群体"。对每个原种品系评估最多达309个分子标志物，以便在跨大豆基因组的309个不同的基因座中的每一个基因座确定其等位基因的基因型。除了确定这些原种品系的标志物基因型，用上述309个遗传标志物对每个代表性的原种品系的最相关的叶祖先进行基因型分析。"叶祖先"是前面的亲代未知的祖先，代表每个原种品系的谦系中的终点。育种偏倚分析使用原种品系和叶祖先之间的计算机模拟和已知详系结构来确定原种群体内每个标志物等位基因的"预期的"频率，假定没有由于选择导致的偏倚。预期的频率仅仅是平均频率，预计由于随机孟德尔分离规则，特定的等位基因将以该频率存在于原种群体中。该模拟使用了每个原种品系的实际详系，以确定在模拟的遣传过程中每个等位基因必须采用的遣传途径。例如，对于谦系内的任何二倍体双亲杂交，该模拟假定特定亲代基因传递到该杂交的特定后代的机会为50-50。通过了解特定原种品系的祖先的基因型和谦系，可以通过谱系结构模拟每种等位基因的遣传，以根据纯粹的随机过程确定等位基因出现在原种品系中的频率。但是，植物育种不是随机过程；育种者有目的地选择在特定的地理区域提供适应和高谷粒产率的特征。通过实施多轮的遗传操作和选择对于给定区域的最佳基因型，育种者使基因库向提供该地区的最佳谷粒产率的等位基因"偏倚"。采用该逻辑，明显比随机模拟预期更经常遗传的任何等位基罔，必须存在于直接或间接导致高谷粒产率的基因组区域(染色体区段)。在用育种偏倚分析鉴定了对产率重要的大豆基因组区域后，可以在育种程序内的大豆品系和亚系中鉴定与产率增加相关的特定标志物等位基因。由于染色体区段的有利的等位基因形式与遣传标志物连锁并且由其限定，随后可以用基于基因型的准确选择替代仅仅基于表型的无效选择。最终的结杲是朝着在产率方面具有有利的基因座形式的基因型进展，该基因座形式固定在原种基因库中.定义在详细描述本发明之前，应该理解，本发明不限于特定的生物系统，如大豆品系或试剂，如特定标志物，当然其可以改变。也应该理解，此处使用的该术语仅仅是出于描述特定实施方案的目的，并不意欲起限定作用.如说明书和所附权利要求中使用的单数形式"一个"、"一种"和"该"，包括了复数形式，除非内容明确教导了相反的意思。术语"多个"用于表示"两个或多个".因此，例如，"标志物"包括单个标志物以及多个标志物，如两个或更多标志物等.除非有其它定义，此处使用的所有技术和科学术语具有本发明所属
技术领域：
的普通技术人员通常所理解的相同含义。此处描述了示例性方法和材料，但是，与此处描述的方法相似或等同的任何方法和材料，如与此处描述的标志物物理和遣传性连锁的類外或替代的标志物也可以用于实施本发明.在描述和要求保护本发明时，将根据下文的定义使用以下术语，术语"种质"表示个体、一组个体或代表其基因型、品种、物种或培养物或遣传物质的克隆。在该公开内容的上下文中，术语"产率"表示每单位面积的具有商业意义的特定植物产物的产量。例如，大豆的产率通常是以每个季节每英亩种子的蒲式耳数或每公顷种子的公吨数而测量的。产率受到遗传和环境因素的影响，"农业"、"农业性状"和"农业性能"是指特定植物品种的导致生长季节过程中产率的性状(和作为基础的遗传元件)。各个农业性状包括出苗活力、长叶活力、胁迫耐受、疾病抗性、除草剂抗性、长枝、开花、结实、种子密度、形成群丛的能力、脱粒能力等.因此，产率是所有农业性状的最终积累。术语"遗传元件"或"基因"表示MA的具有功能意义的可遗传序列，即，基因组序列。术语"基因"可用于表示，例如基因组序列编码的cDNA和/或mRNA，以及表示该基因组序列。"基因座"表示特定基因所存在的物种的基因组中特定的染色体位置。术语"定量性状基因座"或"QTL"表示一种基因座，其具有至少两种不同地影响表型性状在至少一种遗传背景，如，在至少一个育种群体或后代样品中表达的至少两个等位基因。术语"染色体区段"表示位于单个染色体中的基因组DNA的连续线性跨度。位于单个染色体区段上的遗传元件或基因是物理上连锁的。在本发明的上下文中，位于染色体区段内的遣传元件也是遗传连锁的，通常在小于或等于10厘摩(CM)的遣传重组距离内。也就是说，在单个染色体区段内的两个遣传元件在减数分裂过程中以小于或等于大约IOX的頻率彼此进行重组，"等位基因"表示位于特定基因座的两个或多个不同的DM序列中的一个。在一个特定的基因座的例子中一一编码生长习惯的基因位于该基因座---个等位基因是例如编码决定性的生长习惯的特定DNA序列，而另一个等位基因是编码非决定性生长习惯的不同的DNA序列。"有利的等位基因"是在特定基因座的等位基因，其赋予或导致农业上需要的表型，如产率增加。标志物的有利的等位基因是与连锁的基因座上的有利的等位基因相关的等位基因，其赋予或导致农业上需要的表型，如产率增加。染色体区段的有利的等位基因形式是包括导致优越农业性能的DNA序列的染色体区段，该DNA序列物理上位于染色体区段上的一个或多个基因座，"等位基因频率"是指等位基因出现在个体、品系或品系群体内的基因座上的频率(比例或百分比)。例如，关于等位基因"A"，基因型"AA,，，"Aa，"或"aa"分别具有1.0，0.5或0.0的等位基因频率。可以通过计算来自该品系的个体样品的等位基因频率的平均值，估计等位基因频率。类似地，可以通过计算组成群体的品系的等位基因频率的平均值，计算品系群体内的等位基因频率。对于具有有限数目的个体或品系的群体，等位基因频率可以表示为含有该等位基因的个体或品系的计数。"遣传标志物"是可以用于监测与标志物遣传连锁的基因座上的49等位基因分离的定性(分散)遗传的表型。遣传标志物包括可见的性状，如花的颜色；酶变体，如同工酶和分子标志物，如单序列重复(SSRs)、单核苷酸多态性(SNPs)，如等位基因特异性杂交(ASH)标志物、限制性片段长度多态性(RFLPs)或随机扩增的多态性DNA(RAPDs)等。因此，"标志物等位基因"或者"标志物基因座的等位基因"是标志物基因座上的多个多态性核苷酸序列之一。"共显性标志物"揭示了在基因座上的每个等位基因(每个二倍体个体有两个)的存在，如SSR，SNP(如ASH)，RFLP，AFLP标志物。"显性标志物"揭示了每个基因座仅仅存在一个等位基因，如RAPD标志物。显性标志物表型(如MA条带)的存在表示一个等位基因以纯合或杂合状况存在。显性标志物表型的缺乏(如缺乏DNA条带)仅仅表明存在其它未确定的等位基因。在个体主要是纯合的并且基因座主要是二态的群体中，显性和共显性标志物具有相同的价值。随着群体内的个体变得更杂合，并成为多等位基因时，共显性标志物变得比显性标志物具有更多的基因型信息。标志物的"组"表示用于通常的目的，如鉴定产率增加的大豆植物的标志物的集合或组，或由其来源的数据。通常，将数据储存在电子介质上。尽管该组的每个成员都表现出具有关于所指定目的的用途，选自包括一些，但不是全部标志物的组以及亚组的各个标志物也能够有效达到指定目的。"遗传图谱"是特定物种内一个或多个染色体(或连锁基团)上的基因座之间的遣传连锁关系的描述，通常绘制为示意图或图表形式。"作图"是通过使用遣传标志物、标志物分离的群体和重组频率的标准遣传原則而确定基因座的连锁关系的过程。"图谦位置"是遗传图谦上相对于连锁的遣传标志物所指定的位置，其中指定的标志物可以在特定物种中找到，"基因型"是在一个或多个基因座上个体(或个体组)的遗传构成。基因型是由个体从亲代遣传的一个或多个已知基因座的等位基因所确定的。"单倍型"是在多个基因座上的个体的基因型。通常，由单倍型描述的基因座是物理和遗传连锁的，即位于相同的染色体区段上。如果个体在特定的基因座仅具有一个类型的等位基因，则个体是"纯合的"(如在基因座具有两个拷贝的相同等位基因的二倍体个体)。如果在特定的基因座仅具有一个以上的等位基因类型，则个体是"杂合的"(如具有两个不同等位基因中的每一等位基因的一个拷贝的个体)。术语"同质性"表示一组的成员在一个或多个特定基因座具有相同的基因型，相反，术语"异质性"用于表示组内的个体在一个或多个特定基因座的基因型不同。"品系"或"林"是一组具有相同亲本的个体，它们通常在某种程度上近交，并且在大多数基因座通常是纯合的和同质的。"原种品系"或"原种株"是遣传学上优越的品系，它来自多轮的育种和对优越农业性能的选择。可以获得很多原种品系，并且是大豆育种领域的技术人员公知的。"原种群体"是原种品系的一种分类，可以将其用于在特定作物物种，如大豆的农业上优越的基因型方面代表现有技术的状况。类似地，"原种种质"或种质的原种林是遣传学上优越的种质，通常来自和/或能够产生具有优越农业性能的植物，例如大豆的现有或新开发的原种品系。相反，"外来种质"是来源于不属于现有的原种大豆品系或种质林的大豆的种质。在两种大豆植林或种质林之间的杂交中，由于与其杂交的原种种质的世系，外来种质是不相关的.最常见地，外来种质不来源于任何已知的大豆原种品系，而是经过选择以便将新的遗传元件(新的等位基因)导入育种程序。"祖先品系"是用作用于开发原种品系的基因来源的亲代。"祖先群体"是一组祖先，它们导致了用于开发原种品系的大量遗传变异，"后代"是祖先的后代，可以通过许多代的育种从它们的祖先分离。例如，原种品系是它们的祖先的后代。"谦系结构"限定了后代和产生该后代的每个祖先之间的关系，谦系结构可以跨一代或多代，描述了后代及其亲代、亲代的亲代、以及亲代的亲代的亲代等之间的关系。术语"亚系"表示与来自相同祖先的其它相似近交亚组遗传学上不同的后代的近交亚组。通常，"亚系"来源于以下方法将选定的处于F3-F5代的各个大豆植物的种子近交，直到残余的分离基因座"固定"或在大多数或所有基因座是纯合的。商业上的大豆品种(或品系)通常是通过将单个F3-F5植物的自授粉的后代与两个遗传学上不同的亲本之间的控制的杂交分离("bulking")而制备。尽管品种通常表现为统一的，来源于选定的植物(如F8)的自授粉品种最终成为纯合植物的混合物，所述植物在任何在最初选择的F3-F5植物中是杂合的基因座上的基因型可以是不同的。在本发明的上下文中，基于在一个或多个特定标志物基因座的DNA水平上的定性多态性而彼此区分的基于标志物的亚系，是通过对来源于各个自授粉后W的.沐子样品进行基因型分析而得到的，所述自授粉后代来源于选定的F3-F5植物。种子样品可以直接作为种子或作为从所述种子样品生长的植抹而进行基因型分析，任选地，在特定基因座具有共同基因型的种子被分离，提供在鉴定的对产率增加重要的基因座上遣传学同质的亚系，"近等基因"品系表示除了在一个或少量基闺座(如在丄、2或大约5-大约IO个指定的基因座)外，彼此遣传学上相似的品系。这些品系可以按照对基于标志物的亚系的描述，或基于任何可以作为有效遗传标志物的定性性状的差异而生产。近等基因品系之间的相似性百分比是最初杂交的亲代和进行自授粉的世代之间的相似性的函数。特定近交系的成员之间的相关性随着每一轮近交平均增加50X，这是由于每一轮近交增加50i的纯合性a可以用跨基因组的遗传标志物更精确确定相似性百分比.在某些情况下，近等基因品系在一个确定的基因座上彼此不同。"越亲分离"是导致个体的表型(如农业性能)比每个亲本更极端的遣传模式。例如，对于农业性能，越亲分离得到产率比最好的亲本更高或比最差的亲本更低的后代，需要的越亲分离是这样的情况，其中后代比每个亲本都好.也可以在与每个亲本的有利等位基因数目相比，个体遣传的有利等位基因的数目方面测量越亲分离。"靶分离体"是来自特定杂交的后代，所迷杂交仅仅包括在杂交中分离的每个确定的基因座上的有利的等位基因。因此，靶分离体具有最佳的可能的基因型，这种基因型可以来自在已知基因座上的基因型不同的亲本之间的杂交，"靶基因型"表示在已知影响特定性状或表型，如农业性能的所有染色体区段或基因座上含有有利的等位基因形式的个体。至于农业性能，靶基因型是来自亲本之间的杂交的靶分离体，所述亲本在所有确定的影响农业性能的基因座上的有利等位基因方面是互补的。"研究"或"遣传研究"或"遣传标志物研究"是使用遗传标志物，在任何数目的确定的基因座确定和记录个体或品系(如祖先和原种品系)的基因型的方法。术语"与…相关"或"相关的"在本发明的上下文中指核酸(如遣传标志物)和表型时，表示在连锁相不平衡中的核酸和表型性状。术语"连锁相不平衡"或"连锁不平衡"表示基因座的非随机分离。这暗示所述基因座沿染色体的长度处于足够的物理邻近程度，因此它们倾向于以比随机频率更高的頻率一起分离。术语"遣传连锁的"表示在相同的染色体上物理上足够彼此邻近(包括遣传标志物基因座)以便它们具有小于0.5的重组频率的基因座。当提到两个遣传元件，如导致产率和邻近标志物的遣传元件之间的关系，"偶联"相连锁表示一种状态，其中在产率基因座上的"有利"等位基因作为各自的连锁标志物基因座的"有利"等位基因在相同的染色体链上物理相关.在偶联相，两个有利等位基因由遣传了该染色体链的后代一起遗传.在"排斥"相连锁中，在产率基因座上的"有利"等位基因与邻近标志物基因座上的"不利"等位基因物理连接，并且两个"有利"等位基因不一起遣传(即，两个基因座是彼此"异相的").术语"物理连锁的"用于表示两个基因座，如两个标志物基因座、一个标志物基因座和一个导致表型变异的基因座，物理存在于相同的染色体上。通常，两个基因座紧密邻近，使得同源染色体对之间的重组不以高频率在两个基因座之间发生。也就是说，两个物理连锁的基因座之间的重组通常以低于约IOX的频率、有利地以低于约54、更有利低以低于2X或更低或1X或更低的频率发生。因此，位于相同染色体并且相隔使得两个基因座之间以低于IOX的频率发生重组的距离的两个基因座被称作彼此"邻近"。"标志物辅助的选择"或"MAS"是指用遣传标志物在育种群体的成员中选择所需表型的实践。术语"杂种植物"是指得自遗传上不同的个体之间的杂交的植物。在本发明上下文中的术语"杂交的"或"杂交"表示配子的融合，如在植物的情况下，是通过授粉产生后代(即细胞、种子或植物)。该术语包括有性杂交(一种植物与另一种植物授粉)，并且在植物的情况下，包括自交(自授粉，即，当花粉和胚珠来自相同的植物时)。"随机交配"是群体内的个体的交配，交配的方式确保任何两个个体交配的相等的概率，而无论基因型是什么。"非随机交配"是从随机交配的任何偏离，其中个体之间的特定杂交以比其它个体更高的频率发生。术语"渐渗现象"表示基因座的所需等位基因从一个遗传背景到另一个遣传背景的传递。例如，指定基因座上的所需等位基因的渐渗可以通过相同物种的两个亲本之间的有性杂交传递到至少一个后代，其中至少一个亲本的基因组中具有所需的等位基因。或者，例如，通过两个供体基因组之间，如融合的原生质体中的重组，可以发生等位基因的传递，其中至少一个供体原生质体在其基因组中具有所需的等位基因。所需的等位基因可以是，例如，标志物或QTL或转基因的选定的等位基因。术语"核酸"、"多核苷酸"、"多核苷酸序列"和"核酸序列"是指单链或双链脱氣核糖核苷酸或核糖核苷酸聚合物或其嵌合体。如此处所使用的，该术语可以额外或替代地包括具有天然核苷酸的必要性质的天然核苷酸的类似物，它们以类似于天然核苷酸(如肽核酸)的方式与单链核酸杂交。除非指出其它的意思，本发明的特定核酸序列除明确指出的序列，还任选包括互补序列.术语"同源的"表示通过天然或人工方法来自于共同祖先基因的核酸序列(如，是相同基因家族的成员)，因此，典型地，具有序列相似性。典型地，同源核苷酸具有足够的序列同一性，使得序列之一或其互补序列能够在选择性杂交条件下与另一种序列杂交。术语"选择性杂交"包括在严格的杂交条件下，核酸序列与指定的核苷酸靶序列相对于其与非靶核酸序列，以可检测到的更大程度(如背景的至少2倍)杂交，并且基本排除非靶序列。选择性杂交的序列彼此具有大约至少80X的序列同一性，优选至少904的序列同一性，最优选95%,97%，99X或10094的序列同一性。与参照核酸具有至少某种程度的同源性的核酸可以是独特的，或者与参照序列或其互补序列相同。术语"分离的"表示部分或基本上不含在天然存在的环境中正常伴随或相互作用的成分的物质，如核酸或蛋白。分离的物质任选包含不与其天然环境如细胞中存在的物质一起存在的物质。此外，如果物质在其天然环境，如细胞中，该物质置于细胞中的特定位置(如基因组或亚细胞细胞器)，所述位置不是该环境中存在的物质的天然位置。例如，如果天然存在的核酸(如启动子)是通过非天然存在的方式被导入不是该核酸天然的基因组的基因座，所述天然存在的核酸(如启动子)被认为是分离的。如此处定义的"分离的"核酸，也被称作"异源"核酸。当提及分子物质，如核酸或蛋白时，术语"重组的"表示该物质(如核酸或蛋白)已经通过人类干涉而进行了合成(非天然)改变。这种产生合成材料的改变可以在天然环境或状态内的或从天然环境或状态除去的物质上进行，例如，如果天然存在的核酸通过人类干涉，例如在其来源的细胞上进行的人类干涉而改变或从被改变的DNA转录，那么该核酸被认为是重组核酸。当以经典的遣传意义使用术语"重组的"时，它表示具有由于天然有性重组导致的多种可能的基因重排之一的个体。例如，"重组近交系"或"RILs"仅仅是来自不同亲本的特异性杂交的多种近交后代，术语"重组的"所使用的方式根据其使用的环境而自明.当提及异源或分离的核酸时，术语"导入"表示将核酸掺入真核或原核细胞，其中核酸可以掺入细胞的基因组(如染色体、质粒、质体或线粒体DNA)，转化为自主的复制子，或瞬时表达(如转染的mRNA)。该术语包括如下核酸导入方式，如"转染"、"转化"和"转导"。术语"宿主细胞"表示含有异源核酸，如栽体，并且支持核酸的复制和/或表达的细胞。宿主细胞可以是原核细胞，如大肠杆菌，或真核细胞，如酵母、昆虫、两栖动物、或哺乳动物细胞。在本发明的上下文中，真核宿主细胞最常见是大豆细胞，术语"转基因"植物(或动物)是指在基因组中包含异源多核苷酸的植物(或动物)。一般地，异源多核苷酸在基因组内稳定整合，以便将多核普酸传递到后续世代.异源多核苷酸可以单独或作为重组表达盒的一部分整合到基因组中。"转基因"在此用于表示由于异源核酸的存在，其基因型被改变的任何细胞、细胞系、组织或部分或生物体，包括那些最初进行了如此改变的转基因生物体或细胞，以及通过杂交或无性繁殖从最初的转基因生物体或细胞生产的那些。此处使用的术语"转基因"并不包括通过常规育种方法(即杂交)或通过天然存在的事件进行的基因组改变(染色体或染色体外)，所述天然存在的亊件如随机异花受精、用非重组核酸进行病毒感染、用非重组核酸进行细菌转化、用非重组核酸进行转座，或自发突变。制备转基因生物体的方法的实例描述于下文，并且包括电穿孔、微量注射、土壤杆菌介导的转化、生物轰击方法、植物中的技术等。术语"植物"包括以下任意物质完整的植林、植物器官(如叶、茎、根等)、组织、种子、植物细胞和/或其后代。类似地，此处使用的"植物细胞"包括，但不限于种子、悬浮培养物、胚、分生组织区、愈伤组织、叶、根、枝、配子体、孢子体、花粉和微孢子。此外，术语"植物"包括植物基因组构的一部分或全部的代表。导言本发明解决了农业领域的需要，以便更有效开发具有优越农业性能的大豆植物。通过大豆的产率增加而测量的优越农业性能，是各种因素，如出苗活力、环境胁迫抗性、害虫抗性、昆虫抗性、疾病抗性、从土壤开采营养物的能力、开花能力、光合能力和将光合产物运送到谷粒的能力等的函数。如此处所公开的，通过分析美国和加拿大的多个地理区域中的多个大豆育种程序(其中的一些具有超过70年的历史)，鉴定了与优越农业性能相关的基因座。具有优越农业性能(相对于它们的亲代和在这些相同的育种程序中开发的同胞)表现出包含在本发明的染色体区段中的特定等位基因形式(或者"等位基因")的统计学显著的保留.这种髙度显著的统计学关联证明了这些染色体区段中的基因座与一些遣传元件连锁(遗传和物理)，所述遣传元件与参与在现代农业实践的范围中确定大豆产率的多种性状相关。统一地，与所述性状相应的有利特性被描述性地称作"优越农业性能"，并且导致产率增加.结果，位于这些染色体区段内的分子标志物可以用于确定(和鉴定)具有优越农业性能的大豆植物，并且用于标志物辅助的选择("MAS")和标志物辅助的育种策略(或者称作"分子育种")以产生具有优越农业性能的大豆植物。此外，可以分离包含与优越农业性能的表型相关的遣传元件的染色体区段，并且转化到大豆或其它单子叶或双子叶植物物种中。用于鉴定这些染色体区段的方法被称作"育种偏倚"，该方法公开于Sebastian等的美国专利号5，437，697，在此为所有目的而全文引入简言之，通过比较现代原种品系的基因型与它们的祖先的基因型，鉴定了受到农业性能选择的影响的基因座(如包含导致优越农业性能的遗传元件的标志物和染色体区段)。由于已知驯化的大豆具有相当窄的基因库，并且被选择至相当严格的标准，相对少量的原种品系就足够鉴定与优越农业性能相关的相关染色体区域。用于每个地理区域的原种品系的身份描述于表l。根据原种品系的选择，鉴定了相关的祖先群体，如育种者最常用于开发原种群体的祖先。获得了追踪每个原种品系及其已知的最早祖先之间的关系的谦系，并且将每个祖先的遗传贡献转化为比例或百分比表示法，假定每个亲本基因组的平均50X传递到每个后代，这是由于与另一个亲本的双向杂交。通过将谱系追踪回到不再有分支点，可以鉴定已知的最早祖先，并且计算它们对每个原种品系的贡献。对包含在遣传研究中的每个原种品系进行通常是计算机化形式的计算。一旦选择了合适的原种和祖先品系，通过使用遣传标志物确定每个品系的基因型。遣传标志物包括任何定性表型，该表型可以用作特定基因座的基因型的直接量度。标志物包括可见性状，如花的颜色，酶变体，如同工酶和分子标志物，可以通过多种方式对其进行检測，所述方式如单序列重复(SSRs)、单核苷酸多态性(SNPs)、等位基因特异性杂交(ASH)、限制性片段长度多态性(RFLPs)、扩增的可变序列、单链构象多态性(SSCP)、扩增的片段长度多态性(AFLP)和随机扩增的多态性DNA(RAPDs)。不论用哪些遣传标志物监测基因型，最终结果得到每个原种和祖先品系的标志物基因型.每个品系的基因型仅仅表示在遣传标志物确定的任何数量的基因座，该品系具有哪个等位基因。一旦确定了祖先和原种品系的基因型，用统计学分析确定对优越农业性能的选择是否对某些基因座上的等位基因有利。要计算的第一个统计量是采用选择对等位基因频率没有影响的假设，发现原种群体内每个等位基因的概率。原种群体内的预期的等位基因频率作为与所观察到的等位基因频率的比较的基础，原种群体内预期的等位基因频率是每个祖先的基因型和代表原种群体的原种品系的谦系的函数。在随机交配群体中，后代中的等位基因频率应该与祖先中的等位基因频率相似，除非育种和选择对特定等位基因有利。但是，由于很多作物(包括大豆)的育种不是通过随机交配进行的，可以利用每个后代(如原种品系)的谦系计算从祖先遗传特定等位基因的概率。在非随机交配群体中，通过计算在任何数量的后代(谦系可能显著不同)中遣传等位基因的各个概率的平均值而获得预期的等位基因频率。通过比较所观察到的原种群体中特定等位基因的频率与遗传该等位基因的平均概率(即，比较所观察到的计数与预期的计数)，可以确定哪些基因座受到了用于农业性状的历史选择的影响。有利的等位基因鉴定为比预期更高頻率遣传的那些(即选择对其有利)。不利的等位基因是比预期更低叛率遣传的那些(即选择对其不利)。然后利用如详细描述于U.S.P.N.5,437,697的统计学检验，确定观察到的和预期的等位基因频率之间的差异的显著性.根据这些方法，鉴定了与不同的生长环境中的优越农业性能相关的预期等位基因频率显著偏离的基因座和等位基因.用这些基因座确定和鉴定并且选择具有优越农业性能的大豆。例如，此处公开的标志物被用于1)鉴定例如相对于目前存在的或亲代大豆品系具有优越和/或改进的农业性能的大豆种质；2)鉴定产生优越越亲分离物的亲代；3)从在导致优越农业性能的基因座(如QTL基因座)上分离的杂交物中选择优越的品系；4)选择将产生最佳杂种的亲本；5)纯化异质品系，即，通过仅仅选择包括有利等位基因的个体，所述有利等位基因位于品系内仍然分离的基因座上；6)选择和维持需要的异质性；7)维持通过多年选择而组装的多个基因座上的有利等位基因，同时在其它基因座上掺入来自新种质的外来等位基因；8)检验在证明对驯化重要的基因座上的外来等位基因取代的作用，如，在以下情况中外来等位基因在通过育种偏倚鉴定的基因座上提供更好的农业性能；9)任何以下的过程，其中重要的是按先后顺序区分基因组中哪些基因座对农业适应性而言比随机基因座更重要。与大豆中的优越农业性能相关的标志物和等位基因一方面，本发明提供了与大豆中的优越农业性能相关的标志物基因座。预期每个鉴定的标志物与导致优越农业性能的遣传元件，如定量性状基因座或QTL位于紧密的物理和遗传邻近状态。如果特定标志物不与重要的QTL邻近，反复选择的长时间(对于大豆是70多年)将提供许多在标志物和QTL之间杂交的机会。这将导致标志物等位基因和QTL等位基因之间的解离，从而导致"连锁平衡"以及标志物与产率之间的关系的估计值，即L0D或概率评分在统计学上不显著。育种偏倚不检测连锁不良的标志物，即远离重要基因座的标志物，即使标志物和导致产率的遣传元件(如QTL)位于相同的染色体上。此外，由于对数千种不同的环境进行取样以检测每轮选择中的性能，提供对多种环境的适应性的等位基因是最容易鉴定的。仅仅在少数环境条件下有利的等位基因因为在不同的环境中选择而不会在频率上持续增加，并且因此将不会由育种偏倚分析而检测。此外，由公共和私人研究所共有的原种大豆种质之间的窄基因库和高相关性(Delanneyetal，1983,CropScience23:944-949M吏得基因库同质，并且使得标志物-QTL关联更可靠。总之，通过育种偏倚分析的大量数据的组合，确保了对产率具有显著贡献的QTL邻近于此处公开的标志物。因此，此处公开的每种标志物确定了与导致优越农业性能的遣传元件，如QTL相关的标志物。本领域技术人员将意识到，对于每个包括与产率相关的QTL的每个染色体区段，通过使用与负责考虑的表型的实际QTL基因座尽可能近的遣传标志物，使得对QTL的鉴定和/或选择最优化。因此，"完美的"标志物将位于遣传元件内或是QTL自身，并且相应于负责优越表型的DNA多态性。也就是说，标志物多态性是作为产率改进的基础的突变。但是，由于用于大豆的大多数可获得的标志物由功能未知的RFLPs、SSRs、RAFDs和SNPs组成，很可能来自这些目前可获得的标志物的特定标志物已经是"完美的"。然而，此处描述的标志物构成了一组工具，用于检测包括与产率相关的QTL的重要染色体区段.这些标志物足够接近于它们各自的连锁QTL以检测在超过70年的反复产率选择过程中等位基因频率的统计学显著的偏移(由于选择)，因此，可用于鉴定需要的种质的目的和用于MAS。此外，这些标志物可用于鉴定额外的标志物，如包括感兴趣的QTL基因内的"完美的"标志物。表3-12公开了示例性的分子，它们限定了作为本发明的实施方案的染色体区段。表3-l2的每一个都提供了通过育种偏倚鉴定的标志物基因座和有利的等位基因，它们在通过地理区域区分的指定生长环境中相关。表3-12中提供的示例性的标志物鉴定了包括对大豆产率重要的遗传元件(基因)的染色体区段。本发明的染色体区段是染色体的连续长度，由指定的交换频率或距离本发明的分子标志物的图详距离(厘摩或CM)界定。本发明的染色体区段是通过与已知与优越农业性能相关的标志物基因座的最多大约10i的交换频率，即距离最多IOCM而界定的，所述标志物基因座如Sattl65;Satt042;Satt364;Satt454;Satt526;S"t300jSatt591jSattl55jSatt385jSatt511jP12390B-1;Satt327;Satt329;Satt508;P10635A-1;Satt409;Satt228;Satt429;Satt509;Sattl97;SCT—026;Satt415;Satt583;Satt430;P12198A-1;P8584A-1;Satt359;P10648A-1;P10641A-1;Sattl68;Satt556;Satt272;Satt020;Satt534;P10638B-2;Satt399;Satt361;P10639A-1;Sattl90;Satt338;Satt227;Satt457;Satt557;Satt319;Satt460;Satt307;SCT』28;Satt433;Satt357;Satt321;Satt267;Satt295;Satt203;Satt507;SAT—110;P10620A-1;Sattl29;Sattl47;Satt216;P10621B-2;Satt558;Satt266;Satt282;Satt537;Satt506;P13072A-1;Satt582;Satt389;Satt461;Satt514;Satt464;Satt543;P13074A-1;P10624A-1;Satt573;Satt598;Satt204;Satt263;Satt491;Satt602;Sattl51，'Satt355jSatt452jSattl46jSattl93jSatt569jSatt343;Satt586;Satt423;Satt348;Satt595;P10782A-1;P3436A-1;Satt334;Satt510;SatU44;Satt522;P9026A-1;P10646A-1;P5219A-1;P7659A-2;Satt570;Satt356;Sattl30;Sattll5;Satt594;Satt533;Satt303;Satt352;Satt566;Sattl99;Satt503;Satt517;Sattl91;SAT-117;Satt353;Satt442;Satt279;Satt314jSattl81jSatt367jSattl27jSatt270jSatt440jP10640A-1;Satt249;SCT-065;Satt596;Satt280;Satt406;Satt380jSattl83jSatt529jSatt431jSatt242jSattl02jSatt2化P10618A-1;Satt523;Satt398;Satt497;Sattl66;Satt448;Satt373;Satt513;P12394A-1;Satt590;Satt220;Satt536;Sattl75;P10615A-1;Satt250;Satt346;Satt336;P13069A-1;P5467A-1;Satt584;SAT一084;Satt387;Satt339;P12396A-1;Satt487jSatt259jSatt347jSatt420jSatt576jSatt550jSatt262jSatt473;Satt477;Satt581;P11070A-1;Sattl53;Satt243;P8230A-1;P10623A-1;P10632A-1;P12391A-1;P12392A-1;P13560A-1;P13561A-1;p2481A-l;SAC1677;Satt040;Sattl09;Sattlll;Sattl76;Satt219;Satt299;和Satt512。导致产率的遗传元件可以位于由这些分子标志物限定的染色体区段的任何部分。例如，编码导致产率改进的功能的基因可以位于染色体区段内，距离是小于1CM(该距离导致的重组少于有丝分裂亊件的IX)或大约1CM-IOCM之间的任何距离，如大约2CM,3CM,4CM，5CM,6CM,7CM,8CM或9CM的值，或大约OCM-大约IOCM之间的值。因此，染色体区段定义为从指定标志物的任意方向延伸最多IOCM的连续染色体长度，并且包括与标志物基因座以不超过IOX的频率进行交换的染色体部分。在很多情况下，感兴趣的染色体区段，实际上是延伸小于10CM的连续长度，即以低于10X,，如9X，8X,7X,6X,5X，454，3、2、15i或更低，或其间的任何值的频率与标志物进行交换的染色体长度，或者，可以用物理距离确定前述染色体区段，其中对于1(一)CM的图详距离或1X(百分之一)交换频率，采用1(一)Mbp(—百万碱基对)的转换因子。大豆中的实际转换因子是大约100Kbp至接近lMbp,取决于染色体区域.因此，在本发明的上下文中应该理解任意但合理的转换因子是1Mbp。例如，通过育种偏倚分析，表明此处列举的标志物基因座的示例性有利等位基因与导致多种大豆品系的产率改进的遣传元件相关。本领域技术人员将理解，这是一种经验的关联，并且将特定的标志物基因座(及其指定的有利等位基因)用于鉴定具有导致产率的遣传元件的相应染色体区段。但是，由于标志物基因座不是必要或甚至不是典型地与导致产率增加的遣传元件相同，在一定百分比的杂交中，将在列举的有利等位基因和导致产率的遗传元件之间发生遣传重组.这并不否定遗传元件或鉴定标志物基因座和示例性有利等位基因的重要性。可以检测任意的所述重组事件，并且随后可以用确定与有利遣传元件处于偶联连锁相的等位基因进行标志物辅助的选择，如实施例4:在近等基因亚系中分离产率(在检测与近等基因亚系中的产率相关的残留表型的上下文中)和实施例5:用随机杂交证实等位基因中的更详细讨论.在本发明的上下文中，不论目的是确定大豆的基因型还是用于标志物辅助的选择(MAS)，确定了多个染色体区段的等位基因形式。在大多数情况下，需要确定大群体的等位基因形式，如已知导致特定地理区域中产率的所有染色体区段。但是，在某些情况下，特别是当已知亲本共有特定的有利等位基因时，可以使用一个亚组的染色体区段，减少时间和花费，而不丧失效力。因此，在本发明的上下文中，通常例如通过确定在表3-12中指出的标志物基因座的等位基因形式而评估至少10、典型地至少10X-大约905i的相关染色体区段。通常，确定至少大约25X，常见至少大约50X，经常至少大约75X或更多的等位基因形式。例如，至少大约80X，85X，90S,95X,97X，99i。因此，通常需要确定大多数基因座上的表现出与特定地理区域或生长环境中的农业性能相关的等位基因。在一个有利的实施方案中，确定一组标志物的等位基因形式，所述标志物确定一组基本由表现为与特定区域中的农业性能相关的标志物组成的染色体区段。如果一组标志物在用于标志物辅助的选择时，包含阻止产率降低的表型或阻止选择效率降低的足够数目的标志物，則该组标志物被认为基本由在特定区域中相关的标志物组成.典型地，该组将包括至少大约90、959i，97%，98、994或更多标志物。也就是说，将省略表现出在特定区域中相关的标志物中的不超过10X，如，不被确定的相关标志物的等位基因形式不超过5X，3、2X或IX。典型地，证明评估的标志物基因座与优越农学性能相关，显著性超过95、通常选择在感兴趣的地理区域内表现出超过994的显著性的标志物基因。如果需要，可以确定相同染色体区段内的多个标志物基因座的等位基因形式.通常，确定代表染色体区段的单个标志物的等位基因形式。鉴定残留的多态性通过育种偏倚鉴定的标志物基因座与导致大豆中的产率增加的遗传元件相关。尽管根据育种偏倚分析发现标志物基因座的特定等位基因与产率增加统计学上相关，但一个或多个标志物基因座上的等位基因通常不固定在原种品系内，或不固定在来源于从种质的原种林选择的祖代大豆的后代中。实际上，所述残留的多态性提供了有价值的遗传变异，从中能够选择改进的亚系。通过从表现为与导致产率的遗传元件相关的基因座组中鉴定特定的标志物基因座，可以改进选择的效力。为此，评估来源于原种祖代的后代群体中具有一个或多个分离等位基因的标志物基因座，以鉴定后代群体中的与产率增加相关的特定等位基因。证实后代群体中的有利等位基因的示例性方法的详细说明在实施例4和5中提供。靶种质的定义和鉴定本发明的标志物基因座可以用作导致产率改进的基因座的替代物，以确定理论上最优的或"靶"大豆基因型。因此，可以使用通过育种偏倚鉴定的、并且证实与特定环境或地理范围中的产率增加相关的标志物基因座的等位基因来确定或鉴定具有优越农业性能的大豆植物。尽管现存的原种品系包括多个标志物基因座上的有利等位基因(并且相应于导致产率的功能性基因座)，现有的原种品系还不能掺入导致理想的大豆基因型的所有遣传元件。实际上，在本发明的标志物之前，不可能预测在产率方面的理想大豆基因型(或确定靶基因型)。因此，本发明的一个特征是确定对于优越农业性能的靶大豆基因型。根据本发明的标志物确定的染色体区段的有利等位基因形式的数目增加，即，比现有原种品系更接近靶大豆基因型的任何大豆植物，构成了本发明的一个特征。此处描述的标志物和方法提供了用于鉴定和开发大豆植物的手段，所述大豆植物具有优越农业性能的靶大豆基因型和相对于现有原种品系或相对于产生大豆植物基因组的任一亲本具有增加数目的有利等位基因形式的基因组。因此，本发明的方法可以用于制备组合物，所述组合物包括完整植物、植物器官、种子和分离的遣传组分，例如，包括基因组的整个一套染色体或其亚组，如具有增加数目的导致产率的遗传元件的各个染色体或染色体片段(所有这些在此统一用术语"大豆植物基因组"描述)。用于分开和分离基因组或各个染色体的方法是本领域公知的，包括，例如流式细胞术和脉冲场凝胶电泳。大豆植物基因组的复制物也包含在术语大豆植物基因组的含义内。复制物与起始的大豆植物基因组相同或基本相同(即，来自相同祖细胞的有丝分裂的突变体)。例如，可以通过酵母或细菌人工染色体或任意核酸栽体或复制方法，如PCR(聚合酶链反应)制备复制物。本发明的大豆植物基罔组可以来自各个大豆植物。此处使用的术语"植物"包括完整植林、植物器官(如叶、茎、根等)、种子、悬浮培养物、胚、分生组织区、愈伤组织、叶、根、枝、配子体、孢子体、花粉和微孢子。标志物辅助的选择和育种育种程序的最终目的是将尽可能多的有利等位基因组合到遗传上优于(在一个或多个农业性状方面)其祖先的种质的原种品种中。此处提供的标志物鉴定染色体区段，即基因组区域和等位基因(等位基因形式)，对产率进行的长期选择对所述染色体区段和等位基因有利。因此，这些标志物可以用于对具有优越农业性状的大豆植物进行的标志物辅助的选择.例如，对于在靶基因座补充有利等位基因的亲本之间的杂交，可以选择包括比任一亲本更有利的等位基因的后代.预测所述后代在表型上优于任一亲本，如表2所示。采用本发明的标志物的标志物辅助的选择(MAS)和它们所鉴定的染色体区段可以用于大豆育种程序的范围中，以增加产率改进的效力。对于大量样品的感兴趣的性状，如产率的表型筛选可能是昂责并且耗时的.此外，单独的表型筛选通常是不可靠的，这是由于上位性的作用和对表型的非遣传(如环境)贡献。MAS提供了大田评估的优点，可以在一年的任何时间进行，不用考虑生长季或发育阶段。此外.MAS促进了在分开的区域或在不同的奈件下生长的生物的评估。需要培育产率增加的大豆植物的具有常规技术的育种者，能够采用例如此处提供的示例性标志物或位于通过表3-12提供的标志物鉴定的染色体区段上的连锁标志物，应用此处描述的MAS方法，以得到具有优越农业性能的大豆品系。用遣传标志物等位基因鉴定在一个或多个基因座含有需要的基因型的植物和预期可以将需要的基因型与需要的表型一起传递给其后代的植物，所述遣传标志物等位基因如表3-12提供的示例性标志物、连锁标志物、QTL，所述标志物鉴定包括对产率重要的遣传元件的染色体区段。可以将标志物等位基因(或QTL等位基因)用于鉴定在一个基因座或几个不连锁或连锁的基因座(如单倍型)含有需要的基因型的植物，和预期可以将需要的基因型与需要的表型一起传递给其后代的植物。类似地，通过鉴定缺乏需要的等位基因的植物，可以鉴定具有不需要的表型的植物，如产率差的植物，并且例如从随后的杂交中除去。应该理解，为了MAS的目的，术语标志物可以包括标志物和QTL基因座这两者，因为这两者都可以用于鉴定具有需要的表型的植物，例如，MAS可以用于开发具有优越农业性能的大豆品系或林和大豆种质，这是通过鉴定证明重要，如包括导致产率的遗传元件的染色体区段的有利等位基因形式而完成的。确定感兴趣的染色体区段的标志物的有利等位基因，如表3-12列举的Satt684，Sattl65,Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt385,Satt225，Satt236,Satt511，P12390B-1，Satt480，Satt632-TB,Satt233，Satt327,Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429，Satt426，Satt509，SAT—261，Sattl97，Satt519，Satt597，SCT-026,Satt415，Satt583,Satt430，P12198A-1，P8584A-1,Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68,Satt556，Satt272，Satt020，Satt066,Satt534，P10638B-2，Satt399,Satt361，P10639A-1,Satt661-TB,Sattl90，SAT—311—DB，Satt338,Satt227，Satt640-TB，Satt422,Satt457，Satt457，Satt557，Satt319，SAT-142-DB，Satt460,P13073A-1，Satt307，SCT-028，Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203,Satt507，SAT-llO，P10620A-1，Sattl29,Sattl47，Satt216，SAT—351,P10621B-2，Satt701，Satt634,Satt558，Satt266，Satt282，Satt537，Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582,Satt389,Satt461,Satt311,Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413，Satt672，P13074A-1，P10624A-1，Satt573，Satt598,Satt204,Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452，SAT—273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1,P10598A-1，Satt334，Satt510,Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522，P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2,Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91,SAT—117,Satt353，Satt442,Satt279，Satt314，Sattl42，Sattl81,Satt367,Sattl27，SCTT012，Satt270,Satt292,Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223，SAC1699,SCT—065，Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544,Satt617，Satt240，P10618A-1，Satt475,Sattl96，SAT-301,Satt523，Satt418，Satt418，Satt398，Satt497,Satt284,Sattl66，Sat"48,S"t373,Satt513,P12394A-1,Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048,Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680,P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT—330-DB,P13069A-1，P5467A-1,P5467A-2，Satt584，SAT一084，P3050A-2，SAT-275-DB,Satt387,Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257,Satt358,P12396A-1，Satt487,Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53，Satt243，P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1,P13561A-1，P13561A-1，P2481A-1，S60021-TB，S60048-TB，S60076-TB，S60148-TB,S60149-TB，S60201-TB,S60243-TB，S60326-TB,S60338-TB，S60350-TB，S60361-TB，S60422-TB,S60440-TB，S60446-TB，S60505-TB，S60513-TB,S60519-TB,S60536-TB,S60552-TB,S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB,S60812-TB,SAC1677,SAC1724，SAG1055，Satt040，Sattl08，Sattl09，Sattlll，Sattl76，Sattl76,Satt219,Satt299和Satt512是在大豆植物的基因组样品中检测的。例如，在设计用于生产在美国中部生长区域(如，由爱荷华的生长条件示例)的产率增加的大豆的育种程序中，可以从以下标志物组选择标志物Satt642，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526,Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt511，P12390B-1，Satt632-TB,Satt429,SAT-261,Sattl97，P10641A-1,Satt556，Satt534,P10638B-2，Satt399.Satt361,P10639A-1，Satt661-TB,Sattl90,SAT—311-DB，Satt338,Satt640-TB，Satt557，Satt319，SAT—142-DB，Satt460，Satt433，Satt357,Satt321，Satt295，Satt203，Satt507，Sattl29,Sattl47，SAT一351，P10621B-2，Satt558，Satt701,Satt634,Satt582,Satt389,Satt464，Satt662，Satt672，Satt573,Satt598，Satt263，Satt602,Sattl51,SAT画273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Sattl76，Satt343，Satt586，Satt040，Satt595,P10782A-1，Satt334,Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Satt533，Sattl99，Satt517，Sattl91，SAT-117,Satt279,Sattl81，Sattl27,Satt270,Satt292,SAG1223,SAC1699，SAT_065,Satt596,Satt406,Satt380，Sattl83，Satt529，Satt242，Satt617，Satt240，SAT-301，Satt418，Satt398，Satt497，Sattl66,Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1,SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt346，Satt336，SAT-330-DB,P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2,SAT—084,SAT-275-DB,Satt660，Satt339，P12396A-1,Satt358，Satt487，Satt259，Satt420，Satt576，Satt633，Satt477,Satt581，Sattl53，Satt243,P10793A-1，P12391A-1，P12392A-1，P13560A-1，P13561A-1，S60021-TB，S60048-TB，S60076-TB,S60148-TB,S60149-TB,S60201-TB，S60243-TB，S60326-TB，S60338-TB,S60350-TB,S60361-TB，S60422-TB，S60440-TB，S60446-TB,S60505-TB,S60513-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724,SAG1055，Satt040，Sattlll,Sattl76，Satt219andSatt299，如Satt684，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt632-TB,Satt429，SAT-一261，P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Satt399,Satt361，Satt661-TB，Sattl90，SAT一311-DB，Satt338，Satt640-TB，Satt557,Satt319,SAT-142-DB，Satt321，Satt203，Sattl29,Sattl47，SAT一351，P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt582，Satt389,Satt464，Satt662，Satt672，Satt573,Satt598,Satt263,Sattl51，SAT-273-DB,Sattl46,Sattl93，Satt569，Satt343,Satt586，Satt040，Satt595，Satt334，Sattl44,Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99，Satt517，Sattl91，Sat—117,Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223,SAC1699，Sat_065，Satt596,Satt406，Satt380,Sattl83,Satt529,Satt242，Satt617,Satt240，SAT-301,Satt418，Satt398，S"t497，Sattl66,Satt448,Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048，Satt536，Sattl75,Satt677，Satt680,67P10615A-1，Satt551，SAT_330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，SAT一084，SAT-275-DB，Satt660，Satt339,Satt358，Satt487，Satt487，Satt420，Satt576，Satt633,Satt581,Sattl53，Satt243，P10793A-1，S60048-TB，S60076-TB，S60243-TB，S60326-TB,S60422-TB，S60440-TB，S60519-TB，S60536-TB，P13561A-1，S60149-TB，S60350-TB,S60505-TB，S60585-TB，S60021-TB，S60201-TB，S6036卜TB，S60513-TB，S60630-TB，P13560A-1，S60148-TB,S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055,Sattlll，Satt219和Satt299。以下示例性标志物代表用于在每个染色体区进行中部区域的产率选择最佳标志物Satt684,Satt526，Satt591，Satt385，Satt632-TB，Satt429，SAT--261,P10641A-1，Satt556，P10638B-2,Sattl90,SAT—311-DB，Satt338,Satt640-TB,Satt557,SAT-142-DB，Satt321,Satt203，Sattl29,SAT—351,Satt701,Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598，Satt343，Satt595，Satt334，Sattl44，Satt522,Satt570,Satt356，Sattl99,Sat—117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292,SAG1223,Sat_065,Satt529，Satt242,Satt617,SAT—301，Satt398，Satt497，Sattl66，Satt373，SAG1048，Satt680，P10615A-1，SAT-330-DB，P13069A-1,SAT-275-DB,Satt339，Satt487，Satt420，Satt581和Sattl53。根据所需生长区域，实施者判断下，标志物的比较表可以汇编自表3-12。如此鉴定的大豆植物可以用于植物育种程序中，以开发产率改进的品系。类似地，可以用染色体区段的有利(或相反地，不利)等位基因形式的检测对大豆植物诿系中的等位基因系列进行追踪，以确保所需的一套等位基因包含在得到的大豆植物中或从得到的大豆植物排除。在确定了所需的表型和多态性染色体基因座，如标志物基因座或QTL—起分离后(即，确定处于连锁不平衡)，选择相应于需要的表型的等位基因。简言之，在来自所选择的植物的生物样品中检测相应于标志物核酸的核酸。该检测可以采用探针核酸与标志物杂交的形式，如使用等位基因特异性杂交、MA分析、RNA分析、原位杂交、引物杂交然后是包括标志物的产物的PCR扩增，等。此处描述了检测标志物的多种程序，如在标题为"标志物基因座的检测"的部分中描述。在证实了生物样品中特定标志物的存在(或缺乏)后，选择植物，并任选杂交以产生后代植物。当对群体进行针对影响一个或多个性状，如参与对单一疾病的抗性的多个基因座，或各自参与对不同疾病的抗性的多个基因座的分离时，MAS与表型筛选相比的效力甚至变得更大，因为所有的基因座可以在实验室中从DNA的单个样品一起加工。因此，促进了在育种过程中每个性状的标志物信息的使用。可以理解，可以选择本发明标志物阳性的植物，并且根据与特定育种程序相关的任何育种方案进行杂交。因此，通过将选定的植物与基于相同标志物或不同标志物，如与优越农业性能相关的不同标志物，或不同的感兴趣表型，如对特定疾病的抗体而选择的一种或多种额外的植物杂交，可以从选定的植物产生后代。或者，选定的植物可以与一个或两个亲本回交。回交通常是为了将来自亲本，如包含外来种质的供体亲本的一个或一些基因座渐渗到回归(通常是原种)亲本的原本需要的遣传背景。进行越多轮的回交，回归亲本对得到的品种的遣传贡献越大.选定的亲本也可以远交，例如，与其谦系中不存在的植物或品系远交。所述植物可以从先进行一轮分析的群体选择，或者可以从头导入育种程序。所需标志物阳性的植物也可以自交以产生具有相同基因型的真育种品系，在某些情况下，即使标志物足够邻近于QTL以检测育种偏倚，标志物可能不足够邻近以进行可靠的MAS。如果所述标志物距离感兴趣的QTL足够远，在标志物和QTL之间也可能存在交换，导致起初在与有利QTL等位基因的偶联中连锁的标志物等位基因之间的排斥相连锁(在原种群体中).随时间进展，标志物基因座和连锁的QTL基因座可以达到"连锁平衡"，这将阻止使用该标志物对有利的QTL等位基因进行可靠选择。对于高度可遣传的性状，任何特定亲本中标志物和QTL之间的连锁相可以通过MAS和随后的表型鉴定而确定.但是，可遗传性低的性状(如产率)的连锁相确定要困难得多。实际上，即使采用高度重复的大田试验，单个基因座对产率的影响可能是非常难以测量的。此外，如杲产率基因是高度可遣传的，对该性状的连续选择将迅速"固定"所有有利的等位基因，并且生产过程将早已达到了平台。从在大豆中连续进行稳定生产过程开始，还没有发现达到了"产率平台"(Spechtetal.，1999，CropScience39:1560-1570)。因此，大豆中的主要产率基因座上的很多有利等位基因还没有在原种群体内固定。存留的问題是，存在的标志物是否仍与QTL基因座处于原始连锁相。幸运的是，此处公开的育种偏倚的结果可以用于以以下几种方式解决产率基因标志物的"不完美"的问题a)在MAS前在特异性杂交中的连锁相和QTL作用确定，b)用側翼标志物预测哪些标志物仍然在偶联中连锁，和c)交替的MAS和表型选择循环。特异性杂交中的连锁相和QTL作用确定由于原种大豆品系是高度相关的，相对少的原种品系组含有在整个原种群体内存在的大多数有利等位基因.因此，可以确定在鉴定为对产率重要的基因座上的标志物和QTL等位基因之间的连锁相，以进一步增加大豆育种程序范围中的MAS的效力。在少量大田区域中评估来自亲本的后代的产率，所述两个亲本都是高产率的，并且对很多靶标志物基因座是多态性的。采用正交比较，一次一个基因座，可以进行关于标志物等位基因和表型之间的相关性的预测。例如，如果对在10个靶基因座分离的杂交的40个随机纯合后代进行大田试验，平均20个后代将对一个亲本等位基因是纯合的，并且20个将对另一个亲本等位基因是纯合的.然后可以合并针对含有相同标志物等位基因的品系的重复的产率数据，并且确定该组的产率是否与含有替代标志物等位基因的品系的产率有统计学差异。如果这样，那么该标志物应该可以有效用于在该杂交中进行选择。然后分别对10个分离标志物中的每一个进行该比较，以确定IO个标志物的哪一组应该可以有效用于在该杂交中进行选择。任选地，可以用側翼标志物预测哪些标志物在偶联中连锁。通过比较与原种品系和祖先中的靶标志物连锁的側翼标志物的基因型，可以预测在多轮的选择中最保守的单倍型。如果在耙标志物和导致产率的遗传元件之间发生了重组，使得需要的遗传元件和连锁的靶标志物基因座不再处于偶联连锁相，则可以用側翼标志物鉴定具有优越农业性能的后代。此外，可以交替进行MAS和表型选择以确保在偶联相中的等位基因得到检测。将通过育种偏倚鉴定的标志物用于上述MAS(有或没有在特异性杂交中的连锁相确定的优点)，并且在选定的后代中进行重复的产率检验。如果对足够的重复和环境进行取样，可以获得产率表型的合理测量.证实具有高产率的后代可以在下一轮的MAS选择中用作亲代。通过根据该方法筛选相关的群体，该群体将向着固定有利QTL等位基因的方向移动，即使有利的等位基因不总是与QTL等位基因偶联。或者，可以在近等基因品系中检测此处描述的标志物等位基因上的残留多态性，并且可以证实反应于产率增加的标志物等位基因。有利等位基因的渐渗特定基因更有效回交到原种品系在本
发明内容中的MAS的一个应用是用"产率基因"标志物增加渐渗或回交的效力。在来自供体源的特定基因与原种遣传背景的典型标志物辅助的回交中，在回交后代中选择供体性状，然后用标志物重建尽可能多的原种背景的基因组.在本发明之前，用于鉴定原种背景的标志物的功能是未知的，并且可以选择常用的许多标志物的实际上不导致高产率的原种基因组的部分。类似地，在本发明之前，导致产率的主要基因座在很大程度上是未知的，因此选择回归亲本的整个原种基因组，希望包括它舍有的所有有利等位基因.但是，通过育种偏倚鉴定的标志物可以用于仅仅鉴定在产率方面最重要的原种基因组的部分。这些标志物可以用于将回交集中于原种基因组的最重要部分。需要的标志物越少，迅速再获得原种表型的概率越高.因此，本发明的标志物和方法可以用于指导具有与优越农业性能相关的染色体区段的所需一套(即，组)等位基因形式的大豆品种的标志物辅助的选择或育种。所公开的等位基因的每一种都能够通过渐渗，即，通过传递育种的方法(或通过转化而导入，或这两者)导入大豆品系，以生产具有优越农业性能的大豆植物.与可以导入或存在于本发明的大豆植物中的优越农业性能相关的等位基因的数目从1到这里公开的等位基因数目，其中每个整数在此引入如同特意提到。表l中提供了包括相关染色体区段的有利等位基因形式的至少一个(典型地，几个或多个)的示例性大豆品系。不意欲限制本发明，这些包括原种大豆品系90A07，90B11,90B31,90B43,90B72,90B73,91B01,91B12,91B33,91B52，91B53,91B64,91B91,91B92,92B05,7192B12,92B23,92B38,92B63,92B74,92B75,92B84,92B95,93B01,93B11,93B15,93B25,93B26,93B41,93B45,93B46,93B66,93B67,93B72,93B82,93B84，93B85,93B86,93B87,94B01,94B23,94B24,94B53,94B54,94B73,95B32,95B33,95B34,95B53,95B95,95B96,95B97,96B21,96B51,97B52,97B61,A1395,A2835,A2943,A3127,A3242,A3431,A4009,A4138,A4415,A4595,A4715,A5403,A5560,A5843,A5885,A5979，A5980，A6297,BEDFORD,CM428,CXI05，CX232,CX253,CX289,CX394C,CX469C，D00566D362,ESSEX,EX04C00,EX06A00,EX10F01,EX13P01,EX13Q01，EX15N01，EX16國,EX16P01,Emm,EX22Z01,M39E00,FORREST,G3362,flS93-4118，HUTCHESON，JIM,KORADA,M015733,M0400644-02，M0413735-ll-52,M0501577-27-23，MO505469-61-89，MP39009,P1677,P9007,P9008,P9041,P9042,P9061,P9062,P9063,P9071,P9092,P9132,P9141,P9151,P9163,P9182,P9203,P9233,P9244,P9273,P9281，P9305，P9306，P9321,P9341,P9392，P9395，P9481,P9482,P9492，P9521,P9552,P9561,P9584,P9591,P9592,P9594,P9631,P9641,PHARAOH,RA451,R01154R002,S0066,S03W4，S0880,S1550,S1990,S19T9，S20F8，S22C3，S24L2,S25J5，S32Z3，S33N1，S38T8，S3911,S4260，S42H1，S43B5,S5960,S6189,S6262,ST0653,ST1073,ST1090,ST1970,ST2250,ST2488,ST2660,ST2688,ST2870，ST3171，ST3380，ST3630,ST3870,ST3883,TRACY,TRAIIX，X9916，YB03E00,XB03F01,XB07E01,XBIODOI，XB15M01，XB20M01,XB22R01，XB25W01,XB31C01，XB33B，XB34F01，XB35D，XB35W00,XB38A01，XB41M01,XB42J00，XB42M01,XB48H01，XB54K01,XB55J01，XB58P99,XB63D00，XB67A00,YB03G01，YB08D01,YB09F01，YB09G01，YBIOEOI，YBllDOl，YB14H01,YB15K99，YB21F01，YB21G01,YB22S00,YB22V01，YB22W01，YB22X01,YB24Z01,YB25R99，YB25X00，YB25Y01,YB25Z01，YB27X01,YB27Y01，YB28N01，YB29H01,YB29J01,YB30J01,YB30N01,YB30P01,YB31E01,YB32K01，YB33K01，YB34H01,YB35C01,YB36V00,YB39M01,YB40M01，YB楊Ol，YB41Q01,YB48L01，YB52J00,YB53E00,YB54H00，YB54J00，YB54L00，YB55H00，YB56E00，YB60N01和YOUNG。这些品系和由其来源的后代，以及多个額外的原种品系，被通常用作育种材料以开发新品系，所述新品系中涉及产率的染色体区段的有利等位基因形式的数目增加。本发明也延伸到制备后代大豆植物的方法以及这些后代大豆植物本身。该方法包括将第一种亲本大豆植物与第二种大豆植物杂交，并且在植物生长条件下生长雌性大豆植物，以产生大豆植物后代。杂交和生长大豆植物的方法在本领域技术人员的能力之内可以测定所述大豆植物后代中的与优越农业性能相关的等位基因，从而选择需要的后代。所述后代植物或种子可以商业出售用于大豆生产、用于食物、加工以获得需要的大豆组分或进一步在随后的育种循环中使用。第一种或第二种大豆植物的至少一种是本发明的大豆植物，它包括本发明的至少一种等位基因形式，以便后代能够遣传所述等位基因。方便地，第一种或第二种大豆植物品系可以是表1的原种品系之一，或者是所述品系的衍生物(即，该品系的详系中的后代)，或这些原种品系的任何亲属(如衍生自这些原种品系的祖先的任何原种品系)，它们保留了与优越农业性能相关的相同等位基因形式。但是，本领域技术人员很容易意识到，在表征之后，基本上任何大豆原种品系都可以使用.通常，本发明的方法用于至少一种相关的大豆植物，如来自受试大豆植物谦系中的祖先或后代品系的那些，以便可以追踪所需等位基因的遗传。分离进行本发明方法的大豆植物的世代数一般是1-20，通常l-5，典型是l、2或3个分离世代，非常常见的是，大豆植物的直系后代或亲代将进行本发明的方法(即，l个分离世代)。掺入"外来"种质同时保持历史过程遣传多样性对于任何育种程序中的长期遣传获得是重要的。当所有的有利等位基因固定在原种群体内时，具有有限多样性的遗传获得量将最终达到平台.将多样性掺入原种库而不失去已经进行的遗传获得并且投资尽可能小，是一个挑战。育种偏倚结果指示了从原始祖先选择和随时间保留了哪些基因组区域和哪些有利等位基因，促进了将来自外来种质源(与原种基因库不相关的亲代)的有利变异的掺入，希望发现目前不存在于种质基因库中的有利等位基因。例如，本发明的标志物可以用于在涉及原种x外来大豆品系的杂交中的MAS，这是通过对分离后代进行MAS并且保留通过几十年的选择"固定"的主要产率等位基因，并且将基因组的其余部分提供给外源的贡献。这将是比原种等位基因的常规选择或MAS选择有效得多的系统，以前我们没有获得关于其的信息。如果供体亲本也在原种靶基因座具有多态性等位基因，育种者也可以放松回交选择强度，以便允许这些基因座上的变异漏过。这提供了一个机会，用于观察外来品系是否具有甚至比原种靶基因座上的原种基因库中的成分更有利的成分。本发明的方法也解决了常规回交的另一个限制即，由于回归亲本是通过增加的回交循环而重建的，来自供体亲本的潜在有利的等位基因与不利等位基因一起从供体亲本排除。通过选择性重建通过育种偏倚而显示重要的基因座上的回归亲本的基因型，可以将有利等位基因在其它的基因座上从供体亲本导入.这允许供体亲本在不作为原种"靶基因型"的部分的基因座上贡献外来的有利等位基因。这增加了越亲分离的机会，同时仍然保留回归亲本的基因组的最关键部分。如果供体亲本也在原种靶基因座具有多态性等位基因，育种者也可以放松回交选择强度，以便允许这些基因座上的变异漏过并且在原种基因库的代表性基因组的范闺内检验。标志物基因座的检测表3-12提供了一组标志物和与不同生长环境下的多种地理区域中的优越农业性能相关的有利等位基因。每个标志物鉴定包括一个或多个遣传元件，如影响大豆产率的基因的染色体区段。本领域技术人员能够理解，此处提供和讨论的标志物仅仅是示例性的，可以基于在染色体上与此处提供的标志物的遣传连锁和/或物理邻近而鉴定多种其它的连锁的标志物。因此，此处描述的本发明的组合物和方法不意欲仅仅限于表3-12中提供的标志物，还包括与其连锁的其它标志物。此外，尽管此处公开了示例性标志物基因座的有利等位基因，本领域技术人员容易理解，与此处描述的标志物等位基因连锁的其它基因座的有利等位基因可以不经过过多的实验而得以确定，并且用于本发明的组合物和方法中。因此，与此处描述的标志物连锁，并且位于通过本发明的标志物鉴定的染色体区段的任何标志物基因座，也可以用于鉴定该染色体区段，并且用于确定大豆植物的基因型，或选择与优越农业性能相关的染色体区段的有利等位基因形式。尽管编码蛋白的特定DNA序列通常在各物种中是非常保守的，非编码性DNA区域或编码缺乏关键功能的蛋白或蛋白部分的DM区域容易积累突变，因此，在相同物种的成员之间是可变的。所述区域提供了许多分子遣传标志物的基础。标志物鉴定了基因组中的改变，所述改变可以是插入、缺失、点突变、重组事件或可转座元件的存在和序列。在感兴趣的植物物种，包括大豆中表征了许多分子或遗传标志物，并且是本领域技术人员公知的。例如，大豆的遗传标志物的集合可以从LinkageGenetics(151West2200South,SuiteC,SaltUkeCity,Utah84119，801-975-1188)由公众获得。可以通过本领域确立的许多方法(如等位基因特异性杂交(ASH)或用于检测单核苷酸多态性(SNP)、扩增的片段长度多态性(AFLP)、扩增的可变序列、随机扩增的多态性DNA(RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)、自我維持的序列复制、单序列重复(SSR)、单链构象多态性(SSCP)、和同工酶标志物的其它方法)检测分子标志物。尽管表3-12提供的示例性标志物是SSR或SNP(ASH)标志物，可以在本发明的范围中使用上述任一标志物类型，以鉴定包含导致优越农业性能的遗传元件的染色体区段。大多数遣传标志物的检测依赖于核酸的一种或多种特性。例如，用于检测遗传标志物的一些技术利用了探针核酸与相应于遗传标志物的核酸的杂交.杂交形式包括，但不限于溶液相、固相、混合相或原位杂交分析.在检测的最早的标志物中，通过将探针与限制性消化的基因组DNA杂交而检测限制性片段长度多态性(RFLP)，所述探针通常是待检测核酸的亚片段(或相应于亚片段的合成寡核苷酸)。选择限制酶，以便在不同的个体中提供至少两种可选(或多态性)长度的限制性片段，并且在品系之间通常是不同的。确定产生每个杂交的信息性片段的(一种或多种)限制酶，是本发明公知的简单程序。在合适的基质(如琼脂糖)中通过长度进行分离并且转移到膜(如硝酸纤维素膜、尼龙膜)之后，在导致探针与靶的平衡结合的条件下将标记的探针与靶杂交，然后通过洗涤除去过量的探针。可以克隆和/或合成标志物基因座的核酸探针。适于与核酸探针一起使用的可检测标记包括任意可以通过光详、放射性同位素、光化学、生物化学、免疫化学、电学、光学或化学手段检测的组合物。有用的标记包括用于用标记的链亲和素偶联物染色的生物素、磁珠、焚光染料、酶和比色标记.其它标记包括与荧光团、化学发光剂和酶标记的抗体结合的配体。进行了标记的标志物是容易获得的，例如通过将标记的PCR引物用于标志物基因座。然后采用，最典型通过放射自显影或其它相似检测技术(如荧光摄影、液体闪烁计数等)检测杂交的探针。特异性杂交方案的例子是本领域中可广泛获得的，参见，如Berger，Sambrook，Ausubel，在标题为"普通分子生物学参考文献"的部分中引用)。更具体地关于本发明的某些示例性标志物，等位基因特异性杂交(ASH)技术是基于短链的寡核苷酸探针与完全互补的单链靶核酸的稳定退火.检测是通过与探针连接的同位素或非同位素标记而进行的。对于每一个多态性，设计两个或多个不同的ASH探针，它们除了在包含单核苷酸多态性(SNP)的标志物的多态性核苷酸之外，具有相同的DNA序列。每个探针将与一个等位基因序列具有精确的同源性，以便探针的范围可以区分所有已知的替代等位基因序列。每个探针与靶DNA杂交.采用合适的探针设计和杂交条件，探针和靶DNA之间的单械基错配将阻止杂交。以此方式，仅有一个替代探针将与对于一个等位基因是纯合或杂合的靶样品杂交。对两个等位基因是纯合或杂合的样品将与两个替代探针杂交。ASH标志物被用作显性标志物，其中仅仅通过一个探针，从杂交或缺乏杂交而确定仅仅一个等位基因的存在或缺乏。可以从缺乏杂交推知替代等位基因。ASH探针和靶分子任选是MA或DNA;靶分子是超过与探针互补的序列的任意长度的核苷酸；探针设计为与DNA靶的任意链杂交；探针的大小不同，以符合多种严格杂交条件，等等。PCR允许ASH的靶序列在相对小的体积中从低浓度的核酸扩增。否则，用限制性内切核酸酶消化来自基因组DNA的靶序列，并且通过凝胶电泳分离大小.杂交通常由结合于膜表面的靶序列发生，如美国专利5，468，613的描述，ASH探针序列可以与膜结合.在一个实施方案中，通过以下步骤获得ASH数据用PCR从基因组DNA扩增核酸片段(扩增子)，以点印迹形式将扩增子靶DNA转移到膜，将标记的寡核苷酸探针与扩增子靶杂交，并且通过放射自显影观察杂交点.此处提供的其它示例性分子标志物是单序列重复(SSR)。SSR标志物利用基罔组内的高水平二、三或四核苷酸串联重复。据报道，二核苷酸重复在人基因组中发生多达50000次，n的范围是10-60或更多(Jacobetal.(1991)Cell67:213,Di跳leotiderepeatshavealsobeenfoundinhigherplants(ConditandHubbel1(1991)Genome34:66)。简言之，通过将引物与側翼于SSR序列的植物基因组的保守区杂交而产生SSR数据。然后用PCR扩增引物间的二核苷酸重复。然后对扩增的序列进行电泳，以确定大小，因此确定二、三或四核苷酸重复的数目。扩增的可变序列称作植物基因组的扩增序列，如微卫星序列所述植物基因组在相同的物种成员之间具有高度的核酸残基可变性，所有生物具有可变的基因组序列，每个生物(克隆出外)具有不同的可变序列组。一旦被鉴定，可以用于特定可变序列的存在预测表型性状。优选地，本发明的DNA作为用側翼于DNA的可变序列的引物进行扩增的模板。扩增可变序列，然后测序。随机扩增的多态性DNA(RAPD)标志物是在低严格条件下，采用任意序列的单个短引物，通过PCR扩增的基因组序列。在低严格条件下扩增时，一些PCR产物(其中的一些在个体间具有不同的长度(和序列))从贯穿基因组的随机位点产生。与扩增的可变序列不同，不需要以前的序列信息来鉴定RAPD标志物。体外扩增技术是本领域公知的。足够指导技术人员使用所述体外方法，包括聚合醉链反应(PCR)、连接醃链反应(LCR)、QP-复制酶扩增和其它MA聚合酶介导的技术(如NASBA)的技术的例子，可参见Berger，Sambrook和Ausubel，以及Mullisetal.(1987)U.S.PatentNo.4，683，202;PCRProtocols,AGuidetoMethodsandApplications(Innisetal.,eds.)AcademicPressInc.,SanDiegoAcademicPressInc.SanDiego,CA(1990)(Innis)5Arnheim&Levinson(October1，1990)C&EN36-47;TheJournalOfNIHResearch(1991)3,81-94;(Kwohetal.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86,1173;Guatellietal.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87，1874;Lomelletal.(1989)J.Clin.Che迈35,1826;Landegrenetal"(1988)Science241，1077—1080'.Van77Brunt(1990)Biotechnology8，291-294;WuandWallace,(1989)Gene4，560;Barringeretal.(1990)Gene89，117,和Sook磁anandMalek(1995)Biotechnology13:563-564。体外克隆扩增的核酸的改进方法描述于Wallaceetal.，U.S.Pat.No.5，426，039。通过PCR扩增大核酸的改进的方法概括于Chengetal.(1994)Nature369:684以及其中的参考文献，其中制备了最多40kb的PCR扩增子。本领域技术人员能够理解，采用逆转录酶和聚合酶，基本上任何RNA都可以转化为适于限制酶消化、PCR扩增和测序的双链DNA。参见，Ausubel，Sambrook和Berger。用作引物，如用于扩增反应和用作核酸序列探针的寡核苷酸通常是根据Beaucage和Caruthers(1981)TetrahedronLett.22:1859描述的固相亚礴酰胺三酯方法化学合成的，或可以简单地商购。或者，可以用自我维持的序列复制鉴定遣传标志物。自我维持的序列复制是指用靶核酸序列扩增核酸的方法，所述靶核酸序列是在基本等温条件下通过使用参与逆转录病毒复制的三种酶活性(1)逆转录酶，(2)RnaseH和(3)aDNA依赖性RNA聚合醃(Guatellietal.(1990)ProcNatlAcadSciUSA87:1874)在体外以指数形式复制的。通过以cDNA中间体模拟RNA复制的逆转录病毒策略，该反应积累了原始把的cDNA和RNA拷贝.扩增的限制性片段多态性或扩增的片段长度多态性(AFLP)也可以用作遣传标志物(Vosetal.(1995)NuclAcidsRes23:4407。术语"扩增的限制性片段多态性"是指选定的限制性片段，该片段是在切割之前或之后通过限制性核酸内切酶扩增的。扩增步骤使得特定限制性片段的检测更容易。AFLP使得能够检测大量多态性标志物，并且已经用于对植物进行遣传作图(Beckeretal.(1995)MolGenGenet249:65;和Meksemetal.(1995)MolGenGenet249:74。单核苷酸多态性(SNP)是由共有的序列组成的标志物，所述共有的序列在单个核苷酸的基础上区分。典型地，通过包含SNP的扩增子在例如丙烯酰胺凝胶上的示差迁移模式而检测该不同。在所述情况下，标志物也可以称作单链构象多态性或SSCP。但是，不排除其它的检测方式，如杂交，如ASH或RFLP分析。或者，将同工酶标志物用作遣传标志物。同工酶是酶的多种形式，它们彼此之间的氨基酸序列不同，因此核酸序列不同。某些同工酶是含有略微不同的亚基的多聚物酶。其它同工酶是多聚物或单体，但是在氨基酸序列中的不同位点从酶原切出。可以在蛋白水平表征和分析同工酶，或者，可以确定在核酸水平不同的同工酶。在所述情况下，此处描述的任何基于核酸的方法可以用于分析同工酶标志物。在替代的实施方案中，可以用计算机辅助的(insilico)方法来检测标志物基因座。例如，可以将包含标志物的核酸的序列储存在计算机中.可以采用例如在容易获得的程序，如BLAST中提供的合适的核酸检索算法，鉴定需要的标志物基因座序列或其同源物。集成系统/计算机辅助的方法在某些实施方案中，本发明包括"集成系统"，其中包括储存或传输计算机可读数据的装置，所述数据代表或指定通过本发明的方法确定的等位基因形式.计算机可读介质包括高速緩冲存储器、主群组和存储器以及用于储存计算机代码的其它电子数据存储装置.也可以将代表由本发明的方法确定的等位基因形式的数振在记录在传输介质中的计算机数据信号中，在网络，如局域网或广域网或其组合中进行电子传输。本发明范围中的术语"集成系统"表示一种系统，其中输入计算机的数据相应于计算机外的物理目标或过程，如标志物等位基因，而在计算机内部的过程，导致输入的信号物理转化为不同的输出信号。也就是说，将输入的数据，如特定标志物等位基罔的扩增转化为输出数据，如染色体区段的等位基因形式的鉴定。计算机内的过程是一组指令，或"程序"，通过该程序，集成系统识别阳性扩增或杂交信号，并且归于各个样品的基因型。其它程序将各个样品的身份与表型值或标志物等位基因进行关联，如通过统计学方法。此外，存在许多程序，如用于计算的C/C++程序，用于GUI界面的Delphi和/或Java程序，和用于制图表的工具(如MicrosoftExcel和/或SigmaPlot)。在本发明的集成系统中其它有用的軟件工具包括统计软件包如SAS，Genstat,Matlab，Mathematica和S-Plus，以及遣传建模软件包如QU-GENE。此外，其它的编程语言，如Fortran等，也适用于本发明的集成系统.例如，赋予来自原种品系之间的杂交的后代群体的标志物等位基因值被记录在计算机可读的介质中，从而建立相应于等位基因形式的数据库，其中后代群体的每个成员采用独特的标识符.不论是客户建立的还是商购的(如购自Oracle或Sybase)任何适于在计算机可读介质中记录数据的文件或文件夹，都可以接受为本发明范围内的数据库。关于一种或多种分子标志物，如ASH，SSR，RFLP，RAPD，AFLP,SNP，同工酶标志物或此处描述的其它标志物的基因型的数据，都相似地记录在计算机可存取的数据库中。任选地，用自动化操作用于确定标志物基因型的分析的一个或多个方面的集成系统获得标志物数据。在所述系统中，相应于分子标志物的基因型的输入数据从设备，如阵列、扫描仪、CCD或其它检测设备直接分程传送到中央处理器可以存取的计算机可读介质中的文件.然后由计算设备执行编码本发明的统计模型的一组指令(包含在一个或多个程序中)，以鉴定产率数据和标志物基因型之间的相关性.典型地，集成系统也包括用于例如选择文件、找回数据等的用户输入设备，如鍵盘、鼠标、触摸屏等，和用于检查或回收统计分析结果的输出设备(如显示器、打印机等)。因此，一方面，本发明提供了包含计算机或计算机可读介质的集成系统，所述介质包含文件和/或数据库组，其中至少一个数据组相应于遣传标志物的基因型。该系统也包含允许用户选择性查找一个或多个数据库的用户界面.此外，可以将标准文本操作软件，如文字处理软件(如MicrosoftWord或CorelWordPerfect)和数据库或电子制表软件(如电子制表软件，如MicrosoftExcel,CorelQuattroProTM或数据库程序，如MicrosoftAccess丁M或Paradox)与用户界面(如标准操作系统，如Windows,Macintosh,Unix或Linux系统中的GUI)结合使用，以操作字符串。本发明也提供了前述用于掺入样品操作的集成系统。将溶液(如，植物细胞提取物)从来源转移到目的地，如从微量滴定板转移到阵列基质的自动液体控制电枢，任选与数字计算机(或集成系统中的其它计算机)可操作性连接。用于将数据榆入数字计算机以控制由自动液体控制电枢进行的高通量液体转移，并且任选控制由电柩向固体支持物的转移，是集成系统的共同特征。用于本发明的分子标志物分析的集成系统典型地包括具有以下成分的数字计算机一个或多个高通量液体控制软件、图像分析软件、数据译码軟件、与数字计算机可操作性连接的、用于将溶液从来源转移到目的地的自动液体控制电枢、和用于将数据输入数字计算机以控制由自动液体控制电柩进行的高通量液体转移的输入设备(如计算机键盘)，以及任选地，用于将例如来自与数字计算机可操作性连接的固体支持物上的表达产物杂交的标记过的探针的标记信号进行数字化的图像扫描仪，该困像扫描仪连接了图像分析软件，以提供例如与排成阵列的样品核酸群体杂交时的示差核酸探针标记强度的测量值，其中由数据译码软件解释探针标记强度测量值，以显示标记过的探针是否与标志物杂交，以及杂交的程度。然后将如此得到的数据与样品身份进行关联，以确定具有遣传标志物的特定基因型的植物的身份，例如，以促进具有涉及农业性能的染色体区段的有利等位基因形式的大豆植物的标志物辅助的选择。在此处的任意实施方案中，例如，任选通过将困像数字化和/或在计算机上存储和分析困像，进一步处理光学困像，如通过照相机或其它记录设备(如二极管和数据存储设备)观察到的(和任选记录的)杂交模式.多种可商购的外围设备和软件可以用于对数字化的视频或数字化的光学困像进行数字化、存储和分析，例如，使用PC(Intelx86或奔腾芯片相容的基于DOS,0S2TMWINDOWS,WINDOWSN1"tm或WIND0WS95的机器)，MACINTOSH,基于LINUX的计算机，或基于UNIX的计算机(如SUNTM工作站)。其它标志物和与产率相关的QTL的鉴定从本发明的染色体区段分离的核酸，如相应于其它标志物基因座的核酸，相应于导致优越农业性能的遣传元件的核酸，在本发明的范围内.例如，在很少的情况下，本发明的标志物和等位基因不太适用于MAS，但是，标志物可以用于鉴定其它的连锁标志物，所述标志物例如与感兴趣的QTL更接近，或在感兴趣的QTL中。根据此处公开的标志物，可以通过用多个连锁标志物对相关染色体区段进行饱和而获得MAS效力的改进，可以对区域内的所有标志物重复育种偏倚分析，以鉴定具有最高统计学显著性的那些。可以用区域内的所有标志物实施MAS,然后进行表型鉴定(即，产率)，以确定哪些标志物是最有效的。可以用多种方式鉴定其它的标志物。例如，可以通过评估已经作图到感兴趣的基因组区域的公共或私人可获得的标志物，包括已知编81码至少理论上很可能与产率相关的蛋白的候选标志物，可以鉴定其它的标志物。或者，可以评估未作图的标志物，以通过独立的作图研究确定哪些标志物作图到相同的基因组区域。可以通过分离导致优越农业性能的遗传元件，如产生影响产率的表达产物的编码区，获得理论上最优的标志物，可以通过将标志物锚定到物理DNA困谦上，然后进行上游和下游加工以鉴定编码序列，即通过"位置基因克隆"而鉴定作为优越农业性能基础的QTL。位置基因克隆使用遣传标志物(如表3-12提供的标志物)的物理邻近性来鉴定包含目的核酸，如导致优越农业性能的QTL的克隆的染色体片段，与本发明的标志物连锁的核酸的克隆具有多种用途，包括作为額外的遣传标志物以确定本发明的染色体区段，并用于标志物辅助的选择(MAS),邻近于开放读框(0RF)的标志物可以与DNA克隆杂交，由此鉴定一种克隆，与导致产率的性状相关的0RF位于其上。如果标志物更远，通过连续多轮筛选和分离一起包含连续的DNA序列，即"毗连群"的克隆，鉴定包含开放读框的片段.足够指导本领域技术人员分离与连锁的标志物相关的克隆的方案参见例如，下文标题为"普通分子生物学参考文献"的部分，通过例如用一种或多种限制酶消化染色体DNA，或通过在聚合酶链反应(PCR)或扩增反应中扩增染色体区域等公知的方法，可以制备分离的染色体片段.典型地，将消化或扩增的片段连接到适于扩增的栽体，如质粒、粘粒、噬菌体、人工染色体等，并任选表达插入的片段。所述染色体片段可以用在例如其它品系或物种中鉴定同源核酸，和/或可以用于制备具有与农业性能相关的所需表型性质的转基因植物。分离，例如通过上文概括的位置克隆方法克隆包含导致产率增加的核酸的染色体区段。染色体区段可以含有与所需表型性状相关的一种或多种0RFs，并且可以在一个或多个单独的栽体上克隆，例如，取决于染色体间隔的大小。应该理解，本领域中有多种栽体可以用于分离和复制本发明的核酸.例如，质粒、粘粒和噬菌体栽体是本领域公知的，并且足以用于很多应用(如，在涉及插入小于l-大约20千碱基(kb)的核酸的应用中)。在某些应用中，有利的是制备或克隆大核酸以鉴定与特定标志物更远连锁的核酸，或分离连锁于此处鉴定的标志物的超过10-20kb的核酸，例如最多达几百千碱基或更多的核酸，如两个连锁的标志物之间的整个间隔，即，最多达并且包括一个或多个厘摩(CM)。在所述情况下，很多能够容纳大核酸的栽体是本领域可获得的，这些包括，酵母人工染色体(YACs)、细菌人工染色体(BACs)、植物人工染色体(PACs)等。对于作为人工染色体的YACs，BACs,PACs和MACs的概括介绍，参见，例如MonacoandLarin(1994)TrendsBiotechnol12:280。此外，用于体外扩增与遗传标志物连锁的大核酸的方法是广泛可获得的(如Chengetal.(1994)Nature369:684，及其中的参考文献)。可以从商业上建立或获得克隆系统，参见，例如Stratagene(LaJolla，CA).载体、启动子和表达系统本发明包括掺入了一个或多个此处描述的核酸序列的重组构建体。所述构建体包括栽体，例如，质粒、粘粒、噬菌体、病毒、细菌人工染色体(BAC)、酵母人工染色体等，其中以正向或反向方向插入了一个或多个感兴趣的多核苷酸序列(如导致产率的标志物或遗传元件).例如，插入的核酸可以包含染色体序列或cDNA，其中含有与产率相关的至少一个遣传元件或开放读框("ORF")的所有或部分。在优选实施方案中，构建体进一步包含调节序列，包括，例如，与序列可操作性连接的启动子。大量合适的栽体和启动子是本领域技术人员公知的，并且是商业上可获得的.如所需要的，本发明的多核苷酸，如根据此处描述的方法鉴定的导致优越农业性能的遣传元件，可以包含在任意适于制备有义或反义RNA和任选制备多肽表达产物的栽体中。所述栽体包括染色体、非染色体和合成DNA序列，如SV40的衍生物；细菌质粒；噬菌体DNA;杆状病毒；酵母质粒；来源于质粒和噬菌体DNA的组合的栽体；病毒DM,如牛痘病毒、腺病毒、禽痘病毒、假狂犬病病毒、腺病毒、腺伴随病毒、逆转录病毒和许多其它的病毒。可以使用任何能够将遣传物质导入细胞，并且如果需要复制，能够在相关的宿主中复制的栽体。在表达栽体或表达盒中，感兴趣的多核苷酸序列物理安排与合适的指导mRNA合成的转录控制序列(启动子和任选一个或多个增强子)处于邻近状态和一定的方向。也就是说，感兴趣的多核苷酸序列与合适的转录控制序列"可操作性连接"。所述启动子的实例包括LTR或SV40启动子、大肠杆菌lac或trp启动子、噬菌体入PL启动子和已知控制原核或真核细胞或其病毒中的基因表达的其它启动子。表达栽体也包含用于翻译起始的核糖体结合位点和转录终止子。载体任选包含用于扩增表达的合适序列。此外，表达载体任选包含一个或多个选择标记基因，以提供用于选择转化的宿主细胞的表型性状，如用于真核细胞培养的二氢叶酸还原酶或新霉素抗性，或者例如大肠杆菌中的四环素或氨节青霉素抗性。其它表达元件当需要由包含本发明的多核苷酸序列的核酸编码的多肽的翻译时，其它翻译特异性起始信号可以改进翻译的效力.这些信号可以包括，例如，ATG起始密码子和邻近的序列。在某些情况下，例如，将全长cDNA分子或包括掺入了例如QTL或与QTL或QTL标志物相关的ORF的编码序列、翻译起始密码子和相关的序列元件的染色体区段与感兴趣的多核苷酸序列一起插入合适的表达栽体中.在所述情况下，通常不需要其它的翻译控制信号。但是，当仅仅插入多肽编码序列或其部分时，必须提供外源翻译控制信号，包括ATG起始密码子，此外，起始密码子必须在正确的读框中，以确保感兴趣的多核苷酸序列的转录。外源转录元件和起始密码子可以是多种来源，所述来源可以是天然和合成的。可以通过引入适于使用的细胞系统的增强子而增强表达的效力(ScharfDetal.(1994)ResultsProblCellDiffer20:125-62;Bittneretal.(1987)MethodsinEnzymol153:516-544)。制备转基因植物和细胞本发明也涉及用相应于导致优越农业性能的遗传元件的核酸和根据本发明的方法鉴定的其它基因转化的宿主细胞和生物。例如，所述核酸包括染色体区段、ORFs和/或cDNAs或相应于包含在所鉴定的染色体区段或ORF中的序列或子序列。此外，本发明提供了通过重组核酸(和表达)技术生产相应于所述遗传元件的多肽。用本发明的栽体(即，掺入了导致产率增加的遣传元件，或其它根据本发明的方法并且按照上文所述鉴定的其它核酸的载体)对宿主细胞进行遗传工程化(即，转导、转染或转化)，其中本发明的栽体是例如克隆载体或表达栽体，除了上述成分之外，所述栽体包括，例如土壤杆菌、病毒(如84植物病毒)、棵露的多核苷酸、或偶联的多核苷酸。通过多种标准方法将栽体导入植物组织、培养的植物细胞或植物原生质体，所述方法包括电穿孔(Frometal.(1985)Proc*NatLAcad.Sci.USA82;5824)、用病毒栽体，如花椰菜花叶病毒(CaMV)感染(Hohnetal.(1982)MolecularBiologyofPlantTumors(AcademicPress,NewYork,pp.549-560;HowellU.S.PatentNo.4,407,956)、通过具有在小珠或粒子的基质中或表面上的核酸的小粒子进行高速轰击穿透(Kleinetal.(1987)Nature327:70)、使用花粉作为栽体(WO85/01856)、或使用携带T-DNA质粒的根癌土壤杆菌或发根病土壤杆菌，所述质粒中克隆了DNA片段。在根癌土壤杆菌感染时，将T-DNA质粒传递到植物细胞，并且将一部分稳定整合到植物基因组中(Horschetal.(1984)Science233:496;Fraleyetal.(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.USA80:4803)。将本发明的核酸导入宿主细胞的方法对本发明不是关鍵的。因此，可以使用提供将核酸有效导入细胞或原生质体的任何方法，例如，包括但不限于上面的例子。可以在为适于例如激活启动子或选择转化体的活性而改进的常规营养培养基中培养工程化的宿主细胞.这些细胞可以任选培养成为转基因植物.从培养的原生质体再生植物的方法描述于Evansetal.(1983)"ProtoplastIsolationandCulture,"HandbookofPlantCellCultures1，124-176(MacMi1lanPublishingCo.，NewYork;Davey(1983)lecentDevelopmentsintheCultureandRegenerationofPlantProtoplasts,"Protoplasts,pp.12—29，(Birkhauser，Basel);Dale(1983)"ProtoplastCultureandPlantRegenerationofCerealsandOtherRecalcitrantCrops，，，Protoplastspp.31—41,(Birkhauser,Basel);Binding(1985)"RegenerationofPlants*"PlantProtoplasts,pp,21-73，(CRCPress,BocaRaton，)。本发明还涉及生产用核酸，例如本发明的克隆的QTL转导的转基因生物，其可以是细菌、酵母、真菌或植物.可以在上文所列举并且在下文中简要概括的参考文献中找到与细菌、单细胞真核生物和细胞培养物相关的技术的完整讨论。可以获得一些将靶核酸导入细菌细胞的公知方法，可以将其中的任意方法用于本发明。这些包括将接受细胞与含有DNA的细菌原生质体融合、用含有DNA的脂质体处理细胞、电穿孔、粒子轰击(biolistics)、碳纤维送递和用病毒栽体感染(下文进一步讨论)等。可以用细菌细胞扩增含有本发明的DNA构建体的多个质粒。细菌生长至对数期，并且可以通过本领域公知的多种方法分离细菌内的质粒(参见，例如Sambrook)。此外，可以商购多种试剂盒，并且可以根据制造商的说明使用，以便从细菌(和其它细胞)纯化质粒。为了它们的合适使用，应该遵循制造商的说明(例如，参见EasyPrepTM，FlexiPrepTM，都来自PharmaciaBiotech;StrataCleanTM，来自Stratagenej和QIAprepTM，来自Qiagen)'然后进一步操作分离和纯化的质粒，以生产用于转染植物细胞或掺入根癌土壤杆菌相关栽体以感染植物的其它质粒，典型的栽体包含转录和翻译终止子、转录和翻译起始序列和用于调节特定靶核酸表达的启动子。所述栽体任选包含基因表达盒，其中含有至少一个独立的终止子序列、允许表达盒在真核生物或原核生物或这两者中复制的序列(如穿梭栽体)，和用于原核和真核系统这两者的选择标记，栽体适于在原核生物、真核生物或这两者中复制和整合。参见Gili迈anftSmith(1979)Gene8:81;Robertsetal.(1987)Nature328:731;Schneideretal.(1995)ProteinExpr.Purif.6435:10jAusubel,Sambrook，Berger(均见上文).用于克隆的细菌和噬菌体的目录由例如ATCC提供，例如ATCC出版的TheATCCCatalogueofBacteriaandBacteriophage(1992)Ghernaetal.(eds)。用于测序、克隆和分子生物学的其它方面的其它基本程序和作为基础的理论考虑，参见Watsonetal.(1992)RecombinantDNA,SecondEdition,ScientificAmericanBooks,NY。将核酸转化到植物中本发明的实施方案涉及生产转基因植物，所述转基因植物包含克隆的核酸，如染色体区段、分离的0RFs和与通过与本发明的标志物的邻近而鉴定的遣传元件相关的cDNA。用核酸转化植物细胞的技术一般是可获得的，并且可以通过使用编码或相应于染色体区段、子序列，如0RFs等的核酸而针对本发明进行调整'除Berger，Ausubel和Sambrook(下文)以外，植物细胞克隆、培养和再生的有用的普通参考文献包括Jones(ed)(1995)PlantGeneTransferandExpressionProtocols—MethodsinMolecularBiology,Volume49HumanaPressTowataNJjPayneetal.(1992)PlantCellandTissueCultureinLiquidSystemsJohnWiley&Sons,Inc.NewYork,NY(Payne);和GamborgandPhillips(eds)(1995)PlantCell,TissueandOrganCulture;FundamentalMethodsSpringerLabManual,Springer-Verlag(BerlinHeidelbergNewYork)(Gamborg)。多种细胞培养基描述于AtlasandParks(eds)TheHandbookofMicrobiologicalMedia(1993)CRCPress,BocaRaton,FL(Atlas).用于植物细胞培养的其它信息可以在可获得的商业文献中找到，如Sigma-Aldrich，Inc(StLouis,M0)(Sigma-LSRCCC)的LifeScienceResearchCellCultureCatalogue(1998)和例如，也是来自于Sigma-Aldrich，Inc(StLouis，M0)(Sigma-PCCS)的PlantCultureCatalogue及其增刊(1997)。关于植物细胞培养的其它详细内容参见Croy，(ed.)(1993)PlantMolecularBiologyBiosScientificPublishers,Oxford,U.K。通过多种常规技术，将本发明的核酸构建体，如质粒、粘粒、人工染色体、DNA和RNA多核苷酸导入培养的植物细胞或植物的器官。当表达序列时，任选将序列与转录和翻译起始调节序列组合，所述调节序列在转化植物的目标组织中指导从外源DNA转录和翻译序列。可以根据本领域技术人员公知的多种技术中的任意一种，将分离的核酸导入植物。用于转化多种高等植物物种的技术是公知的，并且描述于技术、科学和专利文献中。例如，参见Weisingetal.(1988)Aim.Rev.Genet-22:421-477,采用植物细胞原生质体的电穿孔和微量注射等技术，可以将例如质粒、粘粒、棵DNA或多种偶联的DNA多核苷酸(如聚赖氨酸偶联的DNA、肽偶联的DNA、脂质体偶联的DNA等)或人工染色体直接导入植物细胞的基因组DNA，或者可以采用轰击方法，如DNA粒子轰击，将DNA构建体直接导入植物细胞。用于注射例如细胞、胚、愈伤组织和原生质体的微量注射技术，是本领域公知的，并且详细描述于科学和专利文献中。例如，许多方法描述于Jones(ed)(1995)PlantGeneTransferandExpressionProtocols—MethodsinMolecularBiology,Volume49HumanaPressTowataNJ，以及此处指出的和文献中可获得的其它参考文献。例如，Paszkowski，etal.，EMB0J.3:2717(1984)中描述了采用聚乙二醇沉淀导入DNA构建体。电穿孔技术描述于Fromm，etal.，Proc.Nat，l.Acad.Sci.USA82:5824(1985)。轰击转化技术描述于Klein,etal.,Nature327:70-73(1987)。其它细节参见Jones(1995)和GamborgandPhillips(1995),上文，以及美国专利No.5，990，387。或者，并且在某些情况下，优选地，用土壤杆菌介导的转化生产转基因植物。土壤杆菌介导的转化技术，包括disarming和使用二元栽体，也在科学文献中有详细描述。例如，参见，Horsch，etal.(1984)Science233:496;和Fraleyetal.(1984)Proc.Nat'LAcad.Sci.80:4803，并且最近综述于HansenandChilton(1998)CurrentTopicsinMicrobiology240:22和Das(1998)SubcellularBiochemistry29:PlantMicrobeInteractionspp343-363。DNA构建体可以与合适的T-DNA側翼区组合，并且导入常规的根癌土壤杆菌宿主栽体。当细胞受到根癌土壤杆菌感染时，该细菌的毒力功能将指导构建体和邻近的标志物插入植物细胞DNA。参见美国专利No.5,591,616。尽管土壤杆菌主要用于双子叶植物，也可以用土壤杆菌转化某些单子叶植物。例如，玉米的土壤杆菌转化描述于美国专利No.5,550,318.其它转染或转化方法包括(l)发根病土壤杆菌介导的转化(参见，例如LichtensteinandFuller(1987)In:GeneticEngineering,vol.6，PWJRigby,Ed.，London,AcademicPress;和Lichtenstein;C.P.，andDraper(1985)In:DNACloning,Vol.II，D.M.Glover,Ed.，Oxford,IRIPress;1988年4月7日>^开的WO88/02405，描述了使用发根病土壤杆菌A4菌抹及其Ri质粒以及根癌土壤杆菌栽体pARC8或pARC16，(2)脂质体介导的DNA摄取(参见，例如Freemanetal.(1984)PlantCellPhysiol.25:1353)，(3)涡旋法(参见，例如Kindle(1990)Proc.Natl.Acad,Sci,,(USA)87:1228。也可以按照Zhouetal.(1983)MethodsinEnzymology，101:433;D,Hess(1987)InternRev.Cytol.107r367;Luoetal.(1988)PlantMol.Biol.Reporter6:165的描述，通过将DNA直接转移到花粉中而将DNA导入植物中。可以按照Penaetal.(1987)Nature325:274的描述，通过将DNA注射到植物的生殖器官中，获得多肽编码基因的表达。也可以按照Neuhausetal.(1987)Theor.Appl.Genet.75:30;和Benbroofcetal.(1986)在ProceedingsBioExpoButterworth，Stoneham,Mass"pp.27-54中的描述，将DNA直接注射到不成熟胚的细胞中，并且对脱水的胚再水化。此外，可以用作栽体的多种植物病毒是本领域公知的，包括花椰菜花叶病毒(CaMV)、双生病毒、雀麦草花叶病毒和烟草花叶病毒。转基因植物的再生可以培养通过上述任意转化技术得到的转化的植物细胞，以再生具有转化的基因型并因此具有需要的表型的完整植林。所述再生技术依赖于组织培养生长培养基中的某些植物激素，通常依赖于与所需的核苷酸序列一起导入的杀生物剂和/或除草剂标志物。从培养的原生质体再生植物，描述于Evansetal.(1983)ProtoplastsIsolationandCulture,HandbookofPlantCellCulturepp.124-176，MacmillianPublishingCompany,NewYork;和Binding(1985)RegenerationofPlants,PlantProtoplastspp.21-73，CRCPress,BocaRaton.也可以从植物愈伤组织、外植体、体细胞胚(Dandekaretal.(1989)J.TissueCult.Meth.12:145;McGranahan，etal.(1990)PlantCellRep.8:512)、器官、或其部分获得再生。所述再生技术概括性描述于Kleeetal.(1987).,Ann.Rev,ofPlantPhys.38:467-486,其它细节参见Payne(1992和Jones(1995)(均在上文提到)和WeissbachandWeissbach，eds.(1988)MethodsforPlantMolecularBiologyAcademicPress,Inc.,SanDiego,CA。这种再生和生长方法包括选择转化的细胞和枝条、使转化的枝条生根和在土壤中生长小苗的步緣。这些方法适用于本发明，以生产具有QTLs和根据本发明的方法分离的其它基因的转基因植物。此夕卜，可以通过Horschetal.(1985)Science227:1229-1231描述的方法完成植物的再生，所述植物含有本发明的通过土壤杆菌导入叶外植体的细胞中的多核苷酸，在该程序中，按照Fraleyetal.(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.)80:4803的描述，在选择剂存在性，并且在诱导被转化的植物物种中枝条再生的培养基中生89长转化体。该程序通常在2-4周内产生枝条，然后将这些转化的枝条转移到合适的诱导根的培养基中，所述培养基含有选择剂和抗生素，以阻止细菌生长。本发明的转基因植物可以是可育的或不育的。在构建本发明的重组表达盒时，任选使用指导核酸在再生的植物的任意或所有组织中表达的植物启动子片段，所述表达盒包含，例如，与标志物或导致产率的遣传构建体相关的ORF。组成型启动子的例子包括花椰菜花叶病毒(CaMV)35S转录起始区、来源于根癌土壤杆菌的T-DNA的l'-或2'-启动子，以及来自本领域技术人员公知的多种植物基因的其它转录起始区，或者，植物启动子可以在特定组织中(组织特异性启动子)或可以在更精确的环境控制下(诱导型启动子)指导本发明的多核苷酸的表达。在发育控制下的组织特异性启动子的例子包括仅仅在某些组织，如果实、种子或花中启动表达的启动子。指导在植物细胞中的转录的任意启动子都可以是合适的。启动子可以是组成型或诱导型。除了上文指出的启动子，在植物中起作用的细菌来源的启动子包括章鱼碱合酶启动子、胭脂碱合酶启动子和来源于天然Ti质粒的其它启动子，参见，Herrara-Estrellaetal…(1983),Nature,303:209。病毒启动子包括花椰菜花叶病毒的35S和19SRNA启动子。参见，Odelletal..(1985)Nature,313:810,其它植物启动子包括核嗣糖-1，3-二裤酸羧化酶小亚基启动子和菜豆碱启动子。也可以使用E8基因和其它基因的启动子序列。E8启动子的分离和序列在DeikmanandFischer(1988)EMBOJ.7:3315中有详细描述。目前正在使用许多其它启动子，并且可以与外源DNA序列偶联，以指导核酸的表达.如果需要多肽，包括由QTL或其它核酸编码的那些，则典型地包括编码区3，末端的聚腺苷酸化区。聚腺苷酸化区可以来源于天然基因，来自多种其它植物基因或来自于例如T-DNA。包含来自编码本发明的表达产物和转基因的基因的序列(如启动子或编码区)的栽体典型地包含核酸子序列，即赋予植物细胞上的可选择或可筛选表型的标志物基因。例如，标志物可以编码杀生物剂耐受性，特别是抗生素耐受性，如对卡那霉素、G"8、博莱審素、潮霉素的耐受性或除草剂耐受性，如对Chlorosluforon或phosphinothricin(除草剂bialaphos或Basta中的活性成分)的耐受性。参见，例如PadgetteetaL(1996)In:Herbicide—ResistantCrops(Duke，ed.)，pp53-84,CRCLewisPublishers,BocaRaton("Padgette,1996")。例如可以通过将编码合适的来自其它生物，如微生物的除草剂代谢酶的基因工程化到作物中，可以赋予作物对特定除草剂的选择性.参见，例如Vasil(1996)In:Herbicide-ResistantCrops(Duke,ed.)，pp85-91，CRCLewisPublishers,BocaRaton)("Vasil",1996)。本领域技术人员将意识到，在重组表达盒稳定掺入转基因植物并且证实可操作后，可以通过有性杂交将其导入其它植物。取决于要杂交的物种，可以使用任意标准育种技术.在无性繁殖的作物中，可以通过采用切割或通过组织培养技术繁殖成熟的转基因植物，以生产多个相同的植物.选择需要的转基因，获得新的品种，并且进行无性繁殖，以便进行商业使用.在种子繁殖的作物中，成熟的转基因植物可以自交，以生产纯合的近交植物。近交植物产生含有新导入的异源核酸的种子，可以生长这些种子，以生产产生选定的表型的植物，从再生的植物获得各个部分，如花、种子、叶、枝、果实等，前提是这些部分包含含有本发明的分离核酸的细胞.再生植物的后代和变体以及突变体也包括在本发明的范围内，前体是这些部分包含导入的核酸序列。可以通过例如标准免疫印迹和DNA检测技术，筛选表达本发明的多核苷酸的转基因植物中本发明核酸的传递，最初可以确定RM水平上的表达，以鉴定和定量表达阳性的植物。可以使用用于RNA分析的标准技术，并且包括使用设计用于仅仅扩增异源RNA模板的寡核苷酸引物的PCR扩增分析和使用异源核酸特异性探针的溶液杂交分析，然后可以使用本发明的特异性反应性抗体，通过蛋白免疫印迹分析，分析RNA阳性植物中的蛋白表达。此外，可以分別用异源核酸特异性多核香酸探针和抗体，根据标准方案进行原位杂交和免疫细胞化学，以便将表达的位点定位在转基因组织中。一般地，通常筛选许多转基因品系中的掺入的核酸，以便鉴定和选择具有最合适的表达谱的植物。优选的实施方案是对添加的异源核酸纯合的转基因植物；即含有两个添加的核酸序列的转基因植物，一个基因位于染色体对的每个染色体上的相同基因座。可以通过将含有单个添加的异源核酸的杂合转基因植物进行有性交配(自交)而获得杂合转基因植物，使产生的一些种子发芽，并且分析得到植物中本发明的多核苷酸相对于对照植物(即天然的非转基因植物)的表达改变。也考虑与亲代植物的回交和与非转基因植物的远交。普通分子生物学参考文献在本发明的内容中，如分子标志物和/或其它基因座的鉴定、监测和/或克隆中，根据公知的分子生物学技术操作核酸和/或蛋白。许多这样的程序的详细方案描述于，例如Ausubeletal.CurrentProtocolsinMolecularBiology(supplementedthrough2000)JohnWiley&Sons,NewYork("Ausubel");Sambrooketal.MolecularCloning—ALaboratoryManual(2ndEd.)，Vol.1-3，ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarbor,NewYork,1989("Sambrook")，和BergerandKimmelGuidetoMolecularCloningTechniques,MethodsinEnzymologyvolume152AcademicPress,Inc-，SanDiego，CA("Berger，，)。除了上述参考文献外，用于体外扩增技术，如聚合酶链反应(PCR)、连接醃链反应(LCR)、QP-复制酶扩增和例如用于扩增本发明的cDNA探针的其它RNA聚合酶介导的技术(如NASBA)的方案，可参见Mullisetal.(1987)U.S.PatentNo.4,683,202;PCRProtocolsAGuidetoMethodsandApplications(Innisetal.eds)AcademicPressInc.SanDiego，CA(1990)("Innis，，)；ArnheimandLevinson(1990)C&EN36;TheJournalOfNIHResearch(1991)3:81;Kwohetal.(1989)ProcNatlAcadSciUSA86,1173;Guatellietal.(1990)ProcNatlAcadSciUSA87:1874;Lomelletal-(1989)JClinChem35:1826;Landegrenetal.(1988)Science241:1077;VanBrunt(1990)Biotechnology8:291;WuandWallace(1989)Gene4:560;Barringeretal.(1990)G6H689:117，和SooknananandMalek(1995)Biotechnology13:563。用于克隆本发明的核酸的其它方法，包括Wallaceetal.U.S.Pat.No.5，426，039。改进的通过PCR扩增大核酸的方法概括于Chengetal.(1994)Nature369:684及其中的参者文献。本发明的某些多核苷酸，如寡核苷酸，可以用涉及基于单核苷酸和/或三核苷酸的亚碑酰胺偶联化学的多种固相策略合成。例如，可以通过连续添加活化的羊体和/或三体到延长中的多核苷酸链，合成核酸序列。参见，例如Caruthers,M.H.etal.(1992)MethEnzymol211:3。为了合成需要的序列，基本上任何核酸都可以从多种商业来源定购，例如TheMidlandCertifiedReagentCompany(mcrc@oligos.com)，TheGreatAmericanGeneCompany(www.genco.com)，ExpressGen，Inc.(www.expressgen.com)，OperonTechnologies,Inc.(www,operon.com)和许多其它来源。类似地，可以获得核酸和蛋白微阵列的商业来源，并且包括，例如Affymetrix，SantaClara,CA(http://www,affymetrix.com/);和Incyte，PaloAlto，CA(网址是incyte.com);以及CiphergenBiosciences,Fremont,CA(网址是ciphergen.com)。高通童筛选在本发明的一方面，通过髙通量筛选，确定遣传标志物等位基因。高通量筛选涉及提供遣传标志物的文库，如SSR引物、ASH引物和探针、RFLPs、AFLPs、同工醉、特异性等位基因和可变序列，包括SSR、RAPD等.然后用所述文库筛选植物基因组，以制备每个考虑的植物的"指紋"。在某些情况下，在感兴趣的区域产生包含标志物的亚部分的部分指紋。一旦鉴定了本发明的遣传标志物等位基因，通过基于本发明方法的统计学关联，确定一个或几个标志物基因座和需要的表型性状之间的对应性.可以通过多种形式进行高通量筛选。可以以96、324或1524孔形式进行杂交，或在基质中或在硅芯片上或以其它形式进行杂交。已经开发了许多公知的自动系统用于高通量筛选，特別是以96孔形式。这些系统包括自动化的工作站，如TakedaChemicalIndustries,LTD.(Osaka,Japan)开发的自动化合成仪和许多使用自动臂的自动系统(ZymateII，ZymarkCorporation,Hopkinton，MA.;ORCATM，BeckmanCoulter,FullertonCA)。任意上述设备都适用于本发明。使得这些设备能够按照此处的讨论进行操作的性质和对其改进的实施(如果有)，对相关领域技术人员是显而易见的。此外，高通量筛选系统自身是可商购的(参见，例如ZymarkCorp.，93Hopkinton,MA;AirTechnicalIndustries,Mentor,OH;Beck迈anInstruments,Inc.Fullerton，CA;PrecisionSystems,Inc.,Natick，MA,etc.),这些系统通常对整个程序进行自动化，包括所有的样品和试剂吸取、液体分散、定时温育和最终读取适于分析的检测器中的微量滴定板或膜。这些可构造的系统提供了高通量和迅速的起始以及高度的灵活性和定制.所述系统的制造商给在高通量应用中使用它们的产品提供了详细的方案.在本发明的一个变化形式中，固相阵列适于多个多态性核苷酸的迅速特异性检测。典型地，核酸探针与固体支持物连接，并且使靶核酸与探针杂交。典型地，可以用荧光团对探针、或靶、或这两者进行标记。如果对把进行标记，通过检测结合的荧光而评估杂交。如果标记了探针，典型地用结合的核酸淬灭标记而检测杂交。如果标记了探针和靶，通过监測由两个结合的标志物的邻近而导致的颜色变化而进行杂交的检测，在一个实施方案中，在固体支持物上合成探针的阵列.采用芯片掩蔽技术和光保护化学，可以制备核酸探针的有序阵列。这些阵列被称作例如"DNA芯片"或非常大规模的固定化聚合物阵列(VLSIPSTM阵列)，它们可以包括位于面积为大约1cm2至几cm'的基质上的数百万个确定的探针区域。在另一种实施方案中，用毛细电泳分析多态性.当多态性是基于大小，例如SSR和AFLP时，该技术是以最佳状态工作，该技术详细描述于美国专利Nos.5，534,123和5，728,282。简言之，用分离基质填充毛细电泳管。这些分离基质含有幾乙基纤维素、脲和任选的甲酰胺.将SSR和AFLP样品加样于毛细管并且进行电泳。由于毛细电泳需要小量的样品和分离基质，运行时间非常短。通过此处描述的技术确定核酸样品中存在的核苷酸的分子大小和数目.在高通量形式中，将很多毛细管置于毛细电泳仪中。将样品加样到管中，并且自发运行样品的电泳，参见，MathiesandHuang，(1992)Nature359:167。实施例可以理解，此处描述的实施例和实施方案仅仅是用于说明的目的，本领域技术人员可以根据其进行多种修改和改变，这些包括在本申请的精神和范围，以及所附权利要求的范围内。实施例1:育种偏倚数据的概括-针对地理区域的有利等位基因形式表3-9列举了导致不同地理区域和生长环境中的优越农业性能的染色体区段的有利等位基因形式。在表中，*表示95X的显著性水平，而"表示99X的显著性水平。UM表示未作图的基因座。关于SSR和ASH标志物和等位基因的详细内容提供于附录1-IV.根据以下参考点确定地理区域。中部区域DesMoines，爱荷华周围的美国中西部的中部。加拿大区域Chatham,Ontario周围的加拿大东部，北部区域RedwoodFalls,MN周围的美国中西部的北部。伊利诺伊区域Champaign,IL周围的伊利诺伊的北部和中部。东部区域围绕Napoleon，Ohio的美国中西部的东部。中南区域闺绕Hamil，IL的美国中南部。南部区域围绕Memphis，TN的美国南部。实施例2:用于适应类似于在美国爱荷华(中部区域)的环境的有利的大豆等位基因和"靶基因型"进行三个独立的育种偏倚分析，以鉴定有利的等位基因，所述等位基因提供了对美国爱荷华的典型地理区域的适应。第一个分析使用适于爱荷华的41个原种品系作为"原种群体"，第二个分析包括71个原种品系的更大样品(表l，中部区域)，在2003生长季后进行的第三个分析采用了86个原种品系(表l，中部区域2003)。在所有的情况下，选择原种品系作为在爱荷华具有良好产率的原种品系和/或用于开发适于爱荷华的原种品系的良好亲代的代表性样品.在可以获得多个原种品系标志物数据后进行所述连续分析，并因此被认为是更严格的。尽管如此，第一个分析的结果是非常相似的，并且证明即使用较小的数据组，育种偏倚方法也是可用的。此处，由于育种品系的较大样品量，报道了第二(A)和第三(B)个分析的结果.在US5，437,697中描述的模拟每个标志物基因座上的等位基因从祖先流入原种品系的计算机程序被用于确定预期仅仅是偶然遗传每个遗传标志物等位基因的原种品系的百分比。通过进行模拟过程的多次迭代(在此情况下是10000次迭代)，获得了随机结果变异的统计学测量值。模拟的原种群体中每个等位基因的平均频率(来自所述10000次迭代)在此被称作每个标志物等位基因的"预期频率"(EXP),然后将预期的频率与"观察到的频率"(0BS)进行比较，所述0BS简单地是原种群体内实际含有特定等位基因的品系数除以所检验的原种品系总数的计数。通过比较观察到的结果与模拟过程的结果，可以确定观察到的结果仅仅是偶然的频率，如果所观察到的结果仅仅预期在或更少的情况下是由于偶然(即，L0D评分为1.3或更低)，则观察到的结果不仅仅是由于偶然这一假设是安全的。在此情况下，对谷粒产率的选择必然是朝着考虑的基因座上的一个或多个等位基因的有偏倚的选择.以比预期更高的頻率存在的等位基因因此被标为"有利等位基因"，而以比预期更低的频率存在的等位基因被标为"不利等位基因".有利等位基因是直接或间接导致更高谷粒产率的那些。爱荷华(A)分析的统计学显著结果示于表IO.由于在分析中仅仅对主要的祖先进行了基因型分析，偶尔地，在原种品系中检测的等位基因不总是存在于祖先群体中。这导致了不常见的高L0D评分，因为祖先群体中的等位基因頻率假定为0。以下也是合理的，即假定上个世纪中大豆育种者遇到的广泛环境中等位基因通常被认为"有利"之前，有利等位基因的頻率应当增加了一定的阈值百分比。出于这些原因，L0D评分大于或等于1.3(95X置信)并且观察到频率比预期高至少25X的等位基因被认为是"有利的"，并且从实际和统计学角度是"显著的".满足这些标准，加上LOD评分等于或大于2.0(9954置信)的等位基因，被认为是"有利的"和"高度显著的"。L0D评分大于1.3，但在上个世纪中频率没有增加至少25X的等位基因，被认为是统计学显著的，但是不足以被认为一般在大多数环境中是有利的。术语"L0D"评分是指原种群体中观察到的等位基因频率可能是仅仅由于偶然的概率的负反对数(以IO为底)。更具体地，L0D评分是一种测量值，它测量了产生至少与大豆品系的实际原种群体中观察到的一样极端的等位基因频率的育种偏倚模拟的轮数。"有利"等位基因的LOD评分公式是-1.0xloglO(f),其中f-(原种群体中观察到的等位基因频率比模拟的等位基因频率高的模拟轮数)除以(模拟的总轮数).例如，L0D评分〉1.30，类似于原种群体中观察到的等位基因仅仅是由于偶然的概率〈0.05;LOD评分>2.00，类似于原种群体中观察到的等位基因仅仅是由于偶然的概率<0.01;LOD评分>3.00，类似于原种群体中观察到的等位基因仅仅是由于偶然的概率<0.001;LOD评分>4.00，类似于原种群体中观察到的等位基因仅仅是由于偶然的概率〈0.0001;由于仅仅进行了10000轮模拟，最大的LOD评分没有超过4.00。根据爱荷华分析，在超过309个遗传标志物基因座上的1540个等位基因中，总共94个等位基因表现出根据上述定义是有利的LOD评分为至少1.30(95X置信)，并且等位基因频率比随机遗传预期的频率高至少25X。由于这些有利等位基因中的一些是紧密连锁的(即，根据独立作困研究，距离少于10CM)，并不是所有这94个等位基因都能够判断独特的QTL。因此，根据以下假设将标志物分到基因组区域，即，相同染色体上距离大约IOCM或更远的标志物可能可以判断不同的QTL基因座，除了列出跨基因组的有利等位基因，表10指出了具有最佳统计评分的有利等位基因和/或在每个预订的基因组区域中的大多数标志物数据。也可以根据哪个标志物在实验室中表现最佳，选择用于每个区域的"最佳"标志物等位基因。在大多数情况下，具有最高LOD评分和预期与观察到的等位基因频率之间的最高差异X的标志物被认为在其基因组区域中是"最佳"标志物。例如，在染色体C1上，存在4个标志物，作图于位置95.8-99.0——Satt399，Satt361，P10639A-1和Sattl90.它们彼此距离都在10CM内，并因此被分配到相同的基因组区域#29。在这4个标志物中，标志物Satt399和Sattl90具有最高的可能的LOD评分，当进行10000次迭代的模拟时，L0D评分为4.0.这表明，即使在进行了10000次迭代后，甚至没有1次迭代中模拟产生的结果比实际的原种品系中观察到的结杲更极端。4.0的LOD评分仅仅是在这些基因座获得的结果是由于偶然的概率(1/10000)的反对数。由此，可以确定这两个基因座中的哪一个是用于鉴定该区域中的有利等位基因的最佳标志物。在此情况下，Sattl90被选为该区域中的最佳标志物，因为该结果是基于来自65个原种品系的数据，而另一个标志物的结果是基于来自61个原种品系的数据。尽管对此标志物总共进行了71个原种品系的基因型分析，6个原种品系丢失了该基因座的数据，97一旦鉴定了需要的标志物并且确定了该标志物的有利等位基因，然后可以将实验室中该有利等位基因的选择用于MAS，以鉴定具有有利等位基因的植物。可以在多个基因座同时进行MAS过程，以选择含有最大数目的跨基因组的有利等位基因的植物。选择所基于的基因组范围的有利等位基因组，在此称作"靶基因型"。表ll显示了满足"显著"标准的每个基因组区域的最佳基因座的基因组范围的靶基因型一—即，L0D评分为至少1.3，并且等位基因频率比所预期的仅仅偶然的频率增加至少25、总共57个有利等位基因，每个代表通过在不同基因组区域中选择而获益的内容，符合这些标准，以便以L0D1.3产生乾基因型(表ll,*)。如果将统计学截止值升高到LOD为2.0，靶基因型集中于30个有利等位基因(表11，**)。为了MAS的目的，首先需要选择具有最高统计学显著性的有利等位基因。因此，用于育种目的的逻辑途径将是首先在分离后代中选择30个基因座靶基因型。一旦将这些基因座针对有利等位基因进行了固定，57基因座的靶基因型中的其它27个基因座可以是选择的焦点，如果不限制来源，可以用所有57个基因座进行工作。也可以根据基因座的用于选择目的的统计学显著性而对其加权.在2003生长季后，进行了额外的分析(B)，将原种亲代品系的数目从71增加至86，并且评估了额外的265个SSR标志物。用于该分析的原种品系列于表l。显著有利的等位基因列于表12。由于用更多的原种品系确定群体，并且由于获得了针对以前使用的标志物的以前没有的数据，观察到了在分析B中标志物的统计学LOD评分与前面的分析A相比的一些差异.在该扩展的分析中证实了几乎所有的以前所鉴定的标志物，并且发现相同基因组区域中的一些新标志物具有更高的LOD评分.因此，这些新的标志物也被认为可用于确定靶基因型，并且对大豆种质中的有利等位基因进行鉴定和示踪。靶基因型实际上是一种共有标志物基因型，由于选择的结果，原种品系朝着其移动。由于现在通过特异性标志物和特异性有利等位基因确定该基因型，可以通过基因型实施选择，而不是通过基于表型的低效和緩慢的过程。共有基因型的分辨率仅仅是由基因组覆盖率限定的，该覆盖率是由可以用于MAS的遣传标志物提供的。实施例3:有利等位基因在大豆品种A3127中的状态给出以下实施例，以说明在前面的实施例中鉴定的有利等位基因如何在大豆育种史中集中到最有名的越亲分离物中。大多数新的大豆品种是对任一亲本在产率方面的小改进。每轮育种的产率过程(5-6年)通常比任一亲本好几个百分点.但是，在二十世纪80年代早期，开发了称作A3127的品种，该品种比任一亲本好得多(比任一亲本好大约10X)。实际上，A3127可能是所有大豆育种者都熟悉的少数品系之一，因为在它的时期(二十世纪80年代早期)，它因为是产率最高的品种而著名。在商业化之前，证明A3127比它的两个亲本Williams和Essex具有高得多的产率'A3127非常著名，因此它成为大豆育种史中最常使用的品种.由于A3127适于爱荷华，我们在针对爱荷华地理区鉴定的30个优选的"产率基因"基因座上的Williams,Essex和A3127标志物谦。我发现Williams和Essex在30个所述基因座的23个基因座不同(表13)。在23个分离的基因座中，Williams提供了13个有利等位基因，Essex提供了另外10个有利等位基因。如果这些确实是主要产率基因座，可以预计，A3127将比其任一亲本具有显著更多的有利等位基因。令人惊讶的是，A3127具有所有23个有利等位基因。所述分离体仅仅预期在多于八百万后代中的1个中偶然发生(0.523)，除非这些基因座确实可以判断产率，并且A3127确实是独特的分离物.因此，A3127的标志物基因型与这30个标志物基因座能够判断产率的假设一致。实施例4:在近等基因亚系中分离产率典型地，现代大豆品种来自选自部分近交(通常F3)群体的单个植物，所述群体产生自遗传上不同的亲本的受控交配。然后通过随后从选定的F3植物的自授粉后代合并(或"膨胀")种子而倍增新的品种。对于最初F3植物中的任何杂合的基因座，得到的近交品系最终将成为在所述基因座的两种杂合子的混合物。对于商业目的，针对从明显可见(例如，花的颜色、种脐颜色、成熟程度和高度可遗传的并且通过一个或一些基因控制的其它可见性状)但通常携带对肉眼不明显的残留遣传变异的性状而纯化大豆品种。可以用遣传标志物检测导致该变异的基因座，该基因座在所谓的"纯品系"中仍然分离。由于育种偏倚分析鉴定了哪个标志物基因座受到了种子产率选择的影响，这些标志物是鉴定最初的杂合品种中可以翻译为种子产率改进的遣传差异的理想工具。这些标志物可以用于将最初的杂合品种分离到在特定遗传基因座不同的"近等基因"亚系中。例如，对选自品种的各个自授粉后代的种子的样品进行基因型分析，合并在一个或多个鉴定的标志物基因座上具有共同的等位基因的种子，以生产亚系。所述亚系在遗传上彼此不同。在"盲法"亚系分析(即，未通过标志物数据辅助的亚系分析)中，不能保证产生的亚系是遣传学独特的。通过将很多植物的种子与同质标志物基因型合并，可以在一个世代中获得足够的用于有对照的重复试验的种子。这比以一些方式进行盲法亚系分析要优选。首先，在没有标志物的条件下尝试遣传同质性的唯一途径是合并单一植物的种子，该植物可以在遣传学上与其它羊一植物的种子区分或者不可以区分。其次，单一植物在一个环境中可能仅仅给短行产率试验提供足够的种子。因此，盲法亚系分析要求增加种子的后续世代，以获得用于可靠的产率比较所必须的高度重复的产率试验的足够种子。第三，即使用盲法亚系分析观察到了表型的不同，没有获得将来使用的基因组信息。通过在有对照的实验中比较所述基于标志物的亚系的大田性能，可以确定特定的遣传背景中每个等位基因(如果对标志物进行作图，则是相应的基因组区域)的表型作用(如产率方面)。这对性状，如产率特别有用，其中基因与基因和基因与环境的相互作用在表型中起了显著作用，如果一个亚系的性能明显优于另一个亚系，可以繁殖更好的亚系，并且作为原始品种的改进形式推广。由于基于基因型(如定性DNA多态性)并且然后通过表型差异证实的选择比单独基于表型的选择(即，盲法亚系分析)更可靠，盲亚系中的表型改进不太可能是可遣传的，并且不太可能在随后的世代中重复.相反，基于标志物的亚系分析不仅提供了有用的基因组信息，也改进了选定的性状的可遣传性和可重复性。因此，基于标志物的"亚系分析"可以是用于产物开发和确定特定遗传背景中各个基因座的表型作用的有力的工具。根据该方法，证明了通过育种偏倚鉴定的遣传标志物是在原种品系中选择残留产率获得的有效工具.当用遣传标志物对原种品系进行基因型分析时，对来自每个原种的8个随机植物进行常规取样和合并。100如果原种品系是在特定基罔座的两个杂合子的50:50混合物，在>995的时间中，随机8植物样品将检测两个等位基因。采用该取样程序，在分析的平均大约4X的标志物中检测到了商业大豆品系内的分离(如，当分析每个染色体区域的"最佳"标志物基因座时)。在以下示例性试验中，检验了六个原种品系。发现其中的两个原种品系((91B91和92M70)在两个标志物基因座上的每一个基因座发生分离，而其它4个原种品系(92B05,93B01,93M80和93M90)在一个标志物基因座上发生分离，如表14所示。为了开发亚系，用在原始品系中分离的标志物对上述每个原种品系的各个植物的叶组织进行基因型分析。然后合并相同标志物基因型的各个纯合植物的后代种子，以获得每个亚系的足够的种子，以进行重复的产率试验。用于建立每个亚系的植物数目如表15所示。为了确定相对种子产率，将来源于相同原种品系的亚系种植在5-14个位置的裂区大田设计中，将每个位置视作各个重复。选择的位置覆盖在美国中西部检验的品系的合适成熟区的大豆生长区域。将来自特定原种品系的亚系随机分配到每个主要区的裂区中。每个裂区由特定亚系的两个12英尺长的行组成，每个行隔开30英寸。在成熟时测量种子产率，并且转化为每英亩的蒲耳式数(l蒲耳式-60磅)。在6个等基因品系(isoline)试验中的3个试验中检测了等基因品系间的显著产率差异，由于上述检测的等基因品系来源于相似基因型的很多植物的合并，可以合理地假定，在另一个独立基因座上残留分离的可能性被随机化，并且不是等基因品系间产率差异的来源.显著产率差异的量级(亚系间的5.4-6.2X，或比原始混合的品种高2.7-3.IX)与产率改进具有相似的量级，所述产率改进典型地可以使用更费力的育种程序获得。在没有产率基因标志物辅助下开发的新大豆品种可容易地要求数百到数千产率区以鉴定比其最佳亲代好2-M的新品种。可以用该方法鉴定具有非常有限来源的相似量级的产率获得(2个等基因品系x14个重复"每个试验28个区)。此夕卜，通过将选择基于表现出历史育种偏倚的基因座上的实际遗传差异，显著增加了以下观点的可信性，即检测到的差异是具有遗传基础的(与环境或实验误差相反)。此外，这些结果证实了上位性的作用、基因与环境的相互作用和/或通过育种偏倚鉴定的标志物等位基因与作为产率改进的基础的遗传元件间的重组，这些作用虽然普遍，但不损害改进的大豆品种的选择，特别是如果在鉴定残留变异和选择合适亚系时加以注意。例如，用Satt591从两个不同的原种品系(93B01和93M90)选择亚系。单独的育种偏倚分析表明Satt591等位基因3随时间被育种者认为是有利的。在93B01的情况下，等位基因3是有利等位基因，因为它是产率更好的亚系的基因型。相反，在93M90的情况下，标志物等位基因l是有利等位基因。例如，尽管育种偏倚分析鉴定了与在多种生长环境中的大多数遣传背景中的有利遣传无件连锁的标志物基因座，上位性和其它非附加的相互作用影响了在特定群体中或对特定环境是"有利的"等位基因。此外，导致在疾病流行时的更高相对产率的疾病抗性基因，已经被记录在缺乏疾病压力时导致更低的产率。标志物基因座和连锁的导致产率改进的遣传元件之间的重组也可以降低标志物辅助的效力。已经被接受并且证明的遣传原則是，两个遣传基因座，如标志物基因座和定重性状基因座之间的交换频率，是两个基因座之间的遣传距离的函数。避免所述相反转的唯一途径是开发用于判断负责QTL控制的表型差异的DNA多态性的"完美的"标志物，也就是说，仅仅可以通过克隆QTL并且鉴定偶然决定表型差异的突变而消除重组，开发完美的标志物是可能的，但不是轻易的工作，它需要对周围的基因组区域进行DNA测序，并且需要费力的序列-表型关联以结论性地确定哪个DNA多态性总是与需要的表型相关。这是一个昂贵且费时的过程，可以采用本发明的方法和标志物基因座达到其大部分益处，而不花费和延迟与采用育种偏倚鉴定的标志物基因座相关的每个显著产率QTL的克隆.通过采用本发明的方法周期性证实标志物和表型关联，育种者仍然可以取得连锁的(但不是完美的)标志物的益处.育种偏倚是用于鉴定进行了定向选择的基因组区域的有效方法。如果标志物足够邻近于(通常在大约10CM内)在特定祖先内的重要QTL,最初在与有利QTL等位基因偶联中连锁的标志物等位基因将保持在偶联相一段时间，该时间足够在标准育种程序下进行选择，以检测该选择在包括标志物的基因组区域中发生。这样，此处列举的标志物基因座与导致产率增加的QTL相关，并且作为QTL的替代物。尽管在特定基因库的成员之间进行了重复的重组循环，标志物基因座和QTL之间的遣传交换将倾向于积累并且最终导致标志物等位基因和QTL之间的"连锁平衡"状态，采用此处描述的近等基因亚系程序进行的周期性重新评估，可以确保尽管有重组的可能，但选择可以针对与需要的QTL等位基因处于连锁相的等位基因而进行。上述亚系实验表明，基于标志物的亚系分析，是用于纯化和改进原种大豆品系的有效方法.如果特定品系或群体中分离的标志物的数目很少，非叠加的作用和连锁相(偶联或排斥)不导致问题，因为对所有可能的重组体进行大田试验和鉴定具有最佳表型的那些，是比较便宜的。实施例5:用随机杂交证实等位基因为了增加用例如此处列举的标志物基因座进行的标志物辅助的产率改进选择的效率，可以证实随产率分离的标志物基因座的等位基因.在通过育种偏倚鉴定了标志物基因座之后，在特定地理区或生长环境中产率最高的原种亲本之间进行有限数目的杂交。优选地，亲本应当在鉴定的标志物基因座上尽可能多态.通过原种杂交从这些原种得到的后代(Fl)近交以产生大群体(例如，约200-5000，典型地，至少约1000)F3衍生的品系，如果需要，也可以进行与更晚世代的近交以增加品系之间的遣传变异。"受试者品系"的一个亚组随机地选自来源于每次杂交的近交品系.例如，可以选择大约10-500个品系.典型地，随机选择大约50-IOO个近交品系，产生了足以进行可靠的产率试验的种子。将来自每个近交品系的一些(即，至少5-12，例如8个)植物在发现该品系的原种亲本中分离的标志物基因座上进行基因型分析，以确定该品系是否进行了相关标志物的分离或固定(纯合)。可以在保持种子活力的条件下储存其余的品系("残余群体")。如果需要，可以选择其它的品系对证明处于偶联连锁相的等位基因的存在进行检测或基因型分析。对于每次杂交，进行了每个受试者品系的重复的产率试验。该试验在足够充分对感兴趣的地理区域进行取样和得到表型的可靠测量的环境中重复。通过比较具有第一个等位基因的品系的平均产率和具有替代等位基因的品系的平均产率，确定对于每次杂交内的每个标志物基因座对产率的作用。如果产率的差异不显著，可以在该杂交中去除所述标志物。相反，如果产率的差异是显著的，证实"有利"等位基因并且将该基因座用于随后的标志物辅助的产率选择。对有利等位基因的证实，也使得能够通过原种杂交鉴定包括跨特定原种中的所有分离基因座的有利等位基因的"靶基因型".如上文所指出的，可以用证实的标志物的亚组筛选整个残余群体，以鉴定具有最高数目的有利等位基因的分离物。典型地，将选择最接近靶基因型的至少5X的残余品系，但可以在育种者的判断下引入其它的品系。然后可以在高度重复的产率试验中评估选定的品系，以鉴定在多种环境和生长条件下，哪些杂交比任一原种亲本表现更好。尽管出于清楚和理解的目的，上文所述的本发明是以一些细节进行描述的，本领域技术人员阅读该公开内容后可以明确，可以对形式和细节进行多种改变，而不离开本发明的真实范闺.例如，此处描述的所有技术和仪器可以以各种组合形式使用.在此为所有目的在本申请中全文引入所有公开文献、专利、专利申请、和/或其它文献，其程度如同为所有目的全文引入每个单独的公开文献、专利、专利申请、和/或其它文献。表l:地理区域中的原种大豆品系<table>tableseeoriginaldocumentpage105</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table>表3:有利等位基因形式中部区域<table>tableseeoriginaldocumentpage108</column></row><table>表4:有利等位基因形式加拿大<table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table>表5:有利等位基因形式北部区域<table>tableseeoriginaldocumentpage110</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table>表7:有利等位基因形式东部区域<table>tableseeoriginaldocumentpage112</column></row><table>表8:有利等位基因形式中南部区域<table>tableseeoriginaldocumentpage113</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage114</column></row><table>表10:有利等位基因爱荷华(A)"XT9.119.119.127.127.12158730.0S的t042Satt364Satt454Satt526SoU300Satt591Sattl55SaK5UP123卯B-最佳最佳最佳;U83,703.22—"155"0.130.050.050.060.08<U30.18(U40.320'750.720.740,790.77o.狄0.620.670.690,72"90.700.640.4467A2184.0最佳4.000.020,630.615339,0Sa"i97最佳!说0.220.640.4148B245.0最佳3,220340.940-6070B2110.9Satt534最佳"70,49O，的0'406182120.0最佳1.910-940.33709S.SSatt3994.000.080.89O,Sl61卯JSa柳3.05(U50.800必诉.o3^220-90.860.6663Cl99.0SatU知最佳4.000力5仏790.73Cl173.D最佳550,710,4663C2140.9SaU557最佳0.581.000.4270C2Satt319"00,741.000.2667C2Satt4601.430.630.970,3444C21705Satt433最佳0.150.480.3461C2Satt357最佳O.诉0,97CU966Dla54.7Satt321最佳0.190,690.5066柳Satt295最佳1力70.700邻0.2850ITma幼.3Satt507最佳137030,630.431ST最佳1890.93(511.460.690.970.286239.8Satt558最佳1.760,290.5256D266.92.890,280,2750D293.8Sa咖9最佳2.460-050.53(U96355D2120.4最佳3.400.050.670,6215"62诉.OSatt5731-720."0,91(U5626298.0最佳2.280,3S0,920.546662l幅U80,070,530465962101,0U6(U20.4362102.21.780.050.440.4060"5T0.0Sattl462.890.200.86幼540,0"5Fs说m3.700.840,74620.8664Satt5诉3.160'l50.71诉641,7德o.的0.8571641.7Satt343最佳4,000,090.S90.8066641.94加0.090.840,75556467Si拳3:0.090,8185.0157.8165.8P10782A"Sattl44Sitt522~"Satt356最佳3.161.481.420.270.450.040邻0.900.320.970-730.640*450.270.2867染色,T位基因基因組区域位置基因座显著LOD性爱荷华EXP爰荷华OBS爱荷华&荷华#ELI爱荷华组中佳物因域t志基区的标115<table>tableseeoriginaldocumentpage116</column></row><table>表ll:在每个基因组区域中的"最佳"标志物基因座上的显著等位基因<table>tableseeoriginaldocumentpage117</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage118</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage119</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage120</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table>95%显著性水平**99%显著性水平tLOD大于2.0,頻率增加少于25、<table>tableseeoriginaldocumentpage122</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table>表15<table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage126</image><table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage128</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage130</image><table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage0</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage135</image><table>tableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage137</image><table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table><formula>formulaseeoriginaldocumentpage139</formula><table>tableseeoriginaldocumentpage140</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage141</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage142</image><table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table>23页标志物等位基因大小范闺bpSatt5461Satt5462Satt5463Satt5464Satt5465Satt5481Satt5482Satt5483Satt5484Satt5485Satt548.6Satt5487Satt5491Satt5492Satt5493Satt5494Satt5495Satt5496Satt5497Satt5501Satt5502Satt5503Satt5504Satt5505Satt5506Satt5507Satt5508Satt5511Satt5512332.22333.26341.33342.06344.12344,85355.29356.49358.械358.66352.27352.77359.73361.17362J7364.12365.63366.41348.57348.97351.34351.54368.83368.93225.08225.33233.92234.80240.10240.38243.05243.23245.94246加249.00250.00255.38255.88223.78224.73226.66227.46241.76242.85244.72245.71229.84230.24220.91221.36232.80233.35238.96239.16230.S0231.57'236.85237.63标志物等位基因大小范闺bp.Satt5583235.38236.66Satt5584238.68239.70Satt5586233.05233.42Satt558"7241.86242.45Satt5588245.21245.41Satt5601231.06231.97Satt5602237.11238.91Satt5603243.15244.52Satt5604246.20247.40Satt560276.80277.67Satt5606286.02286.83Satt5607273.70274.30Satt5608271.25271.56Satt5609283.06283.41Satt56010250.10250.21Satt56011253.13253.24Satt5631166.45167.82Satt5632169.65170.82Satt5633236.85237.83Satt5634173.53174.49Satt563181.49182.95Satt5636212.36213.47Satt5638160.42160.99Satt5639164.34164.54Satt56310206.30207.41Satt56311185.15185.55Satt56312209.63209.83Satt5651299.47300.33Satt5652302.62304.63标志物等位基因大小范围bpSatt551Satt552Satt552Satt552Satt552Satt552Satt555Satt555Satt555Satt555Satt556Satt556Satt556Satt556Satt556Satt556Satt556Satt556Satt556Satt556Satt557Satt557Satt557Satt557Satt557Satt557Satt557Satt558Satt558242.75243.73160.66161.67175.66176.68181.73182.80184.98185.75169.80170.62249.45250.30271.56272.75274.87275.78277.96278.68135.95136.83148.62149.94151.96152.78184.68186.12197.30197.99155.32155.84164.34164.82168.22168.69176.93177.90188.45188.65201.89202.90204.90205.卯211.20212.01214.17214.97220.29221.36208.42208.93193.45193.75220.38221.46229.54230.55200480028903.5转s也^117/1335x3123451234123456789o1123456712<table>tableseeoriginaldocumentpage145</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage146</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage147</image><table>tableseeoriginaldocumentpage148</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage149</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage150</image><table>tableseeoriginaldocumentpage151</column></row><table><formula>formulaseeoriginaldocumentpage152</formula><image>imageseeoriginaldocumentpage153</image><table>tableseeoriginaldocumentpage154</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage155</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage156</column></row><table>附录III<table>tableseeoriginaldocumentpage157</column></row><table><image>imageseeoriginaldocumentpage158</image><table>tableseeoriginaldocumentpage159</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage160</column></row><table>权利要求1.鉴定产率增加的大豆品系的方法，该方法包括在祖代大豆的多个后代中的每一个的基因组中确定多个染色体区段的至少一个等位基因形式，所述多个染色体区段中的每一个都包含导致产率增加的遗传元件，并且每一个都包含或邻近于选自由以下标志物组成的标志物组的标志物基因座Satt684，Satt165，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Satt155，Satt385，Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1，Satt480，Satt632-TB，Satt233，Satt327，Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429，Satt426，Satt509，SAT_261，Satt197，Satt519，Satt597，SCT_026，Satt415，Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Satt168，Satt556，Satt272，Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Satt190，SAT_311-DB，Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422，Satt457，Satt457，Satt557，Satt319，SAT_142-DB，Satt460，P13073A-1，Satt307，SCT_028，Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT_110，P10620A-1，Satt129，Satt147，Satt216，SAT_351，P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，Satt282，Satt537，Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Satt186，Satt413，Satt672，P13074A-1，P10624A-1，Satt573，Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Satt151，Satt355，Satt452，SAT_273-DB，Satt146，Satt193，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Satt144，Satt522，Satt522，P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Satt130，Satt115，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Satt199，Satt503，Satt517，Satt191，SAT_117，Satt353，Satt442，Satt279，Satt314，Satt142，Satt181，Satt367，Satt127，SCTT012，Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223，SAC1699，SCT_065，Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Satt183，Satt529，Satt431，Satt242，Satt102，Satt441，Satt544，Satt617，Satt240，P10618A-1，Satt475，Satt196，SAT_301，Satt523，Satt418，Satt418，Satt398，Satt497，Satt284，Satt166，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048，Satt536，Satt175，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT_330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT_084，P3050A-2，SAT_275-DB，Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Satt153，Satt243，P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P13561A-1，P13561A-1，P2481A-1，S60021-TB，S60048-TB，S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB，S60243-TB，S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB，S60361-TB，S60422-TB，S60440-TB，S60446-TB，S60505-TB，S60513-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055，Satt040，Satt108，Satt109，Satt111，Satt176，Satt176，Satt219，Satt299和Satt512；由此鉴定产率增加的亚系。2.权利要求l的方法，包括确定大约1054-大约1009i包含或邻近于选自下组的标志物的染色体区段的等位基因形式Satt684,Sattl65,Satt042,Satt364,Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55,Satt385，Satt385,Satt225，Satt236,Satt511,P12390B-1，Satt480，Satt632-TB,Satt233,Satt327,Satt329,Satt508,P10635A-1，Satt409,Satt228，Satt429,Satt426，Satt509，SAT—261,Sattl97，Satt519，Satt597，SCT—026，Satt415，Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272，Satt020,Satt066，Satt534,P10638B-2,Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB,Sattl90，SAT-311-DB，Satt338,Satt227，Satt640-TB,Satt422，Satt457，Satt457，Satt557,Satt319，SAT—142-DB,Satt460,P13073A-1，Satt307，SCT-028,Satt433，S"t357，Satt321，Satt267,Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT-llO，P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT—351，P10621B-2，Satt701,Satt634，Satt558，Satt266,Satt282，Satt537,Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662,Satt543，Sattl86,Satt413，Satt672，P13074A-1,P10624A-1，Satt573，Satt598,Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，S"t355，Satt452，SAT—273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1，P10598A—1,Satt334，Satt510，Satt510,Sattl44，Satt522，Satt522，P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570,Satt356，Sattl30,Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566,Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91,SAT一117，Satt353，Satt442，Satt279,Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27,SCTT012,Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1,Satt249,SAG1223，SAC1699,SCT一065，Satt596,Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544，Satt617，Satt240，P10618A—1，Satt475,Sattl96,SAT-301,Satt523，Satt418,Satt418，Satt398，Satt497,Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373,Satt513,P12394A-1，Satt590,Satt567，Satt220，SAG1048,Satt536，Sattl75,Satt677,Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT一330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584,SAT—084,P3050A-2，SAT—275-DB,Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358,P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259,Satt347，Satt420，Satt576,Satt550,Satt633，Satt262，Satt473,Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53,Satt243，P8230A-1,P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1,P13560A-1，P13561A-1，P13561A-1，P2481A-1,S60021-TB，S60048-TB,S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB,S60243-TB，S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB,S60361-TB,S60422-TB,S60440-TB,S60446-TB,S60505-TB，S60513-TB，S60519-TB,S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055，Satt040，Sattl08,Sattl09，Sattlll，Sattl76，Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512，3.权利要求l的方法，包括确定包含或邻近于选自下组的标志物的大多数染色体区段的每一个的等位基因形式Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55,Satt385,Satt385,Satt225，Satt236，Satt511,P12390B-1，Satt480，Satt632-TB,Satt233,Satt327，Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429,Satt426，Satt509,SAT-261,Sattl97，Satt519，Satt597，SCT—026,Satt415，Satt583，Satt430,P12198A-1,P8584A-1，Satt359,P10648A-1,P12105A-1，P10641A-1，Sattl68,Satt556，Satt272,Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399,Satt361,P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90，SAT-311-DB，Satt338，Satt227,Satt640-TB，Satt422,Satt457，Satt457,Satt557，Satt319，SAT-142-DB，Satt460,P13073A-1，Satt307，SCT—028,Satt433，Satt357，Satt321,Satt267，Satt383,Satt295，Sa"203，Satt507,SAT-llO，P10620A-1，Sattl29，Sattl47,Satt216，SAT_351，P10621B-2,Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，Satt282，Satt537，Satt506，Satt546,P13072A-1，Satt582，Satt389,Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413，Satt672，P13074A-1，P10624A-1，Satt573,Satt598,Satt204,Satt263，Satt491,Satt602，Sattl51，Satt355,Satt452，SAT—273-DB,Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586,Satt040，Satt423，Satt348,Satt595，P10782A-1，P3436A-1,P10598A-1,Satt334，Satt510,Satt510，Sattl44,Satt522，Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl3Q，Sattl15,Satt594，Satt533，Satt303，Satt352,Satt566,Sattl99,Satt503，Satt517，Sattl91，SAT—117,Satt353，Satt442,Satt279，Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012,Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1,Satt249，SAG1223，SAC1699,SCT_065，Satt596，Satt280，Satt406，Satt380,Sattl83，Satt529，S"t431，S"t242，S"tl02，Satt441，Satt544，Satt617，S"t240，P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT—301,Satt523,Satt418，Satt418，Satt398，Satt497，Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt590，Satt567,Satt220,SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250,Satt346，Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2,Satt584,SAT—084,P3050A-2,SAT—275-DB,Satt387,Satt549,Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550,Satt633，Satt262，Satt473,Satt477，Satt581,P11070A-1，Sattl53，Satt243，P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1,P12391A-1，P13560A-1，P1356U-1，P13561A-1，P2481A-1，S60021-TB，S60048-TB,S60076-TB,S60148-TB,S60149-TB，S60201-TB，S60243-TB,S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB,S60361-TB，S60422-TB，S60440-TB,S60446-TB，S60505-TB，S60513-TB,S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677,SAC1724，SAG1055，Satt040，Sattl08，Sattl09，Sattlll,Sattl76,Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512,4.权利要求l的方法，包括确定包含或邻近于基本由以下标志物组成的标志物组的染色体区段的等位基因形式Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364,Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt385，Satt225，Satt236,Satt511,P12390B-1，Satt480,Satt632-TB，Satt233，Satt327,Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429,Satt426，Satt509，SAT-261，Sattl97,Satt519，Satt597，SCT—026,Satt415，Satt583，Satt430,P12198A-1，P8584A-1,Satt359，P10648A-1,P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556,Satt272,Satt020，Satt066,Satt534，P10638B-2，Satt399,Satt361,P10639A-1,Satt661-TB，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338，Satt227，Satt640—TB,Satt422，Satt457，Satt457，Satt557，Satt319，SAT-142-DB，Satt460,P13073A-1，Satt307，SCT-028，Satt433,Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507,SAT—110,P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT一351，P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，S"t282，Satt537,Satt506Satt546，P13072A-1，Satt582,Satt389，Satt461，Satt311,Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413，Satt672P13074A-1，P10624A-1，Satt573，Satt598,Satt204,Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452，SAT—273-DB，Sattl46，Sattl93,Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423:Satt348，Satt595,P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522，P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566,Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91，SAT-117，Satt353，Satt442，Satt279，Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27,SCTT012,Satt270，Satt292，Satt440,P10640A-1,Satt249，SAG1223,SAC1699，SCT—065,Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02,Satt441，Satt544，Satt617，Satt240，P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT-301,Satt523,Satt418，Satt418，Satt398，Satt497,Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt59fl，Satt567,Satt220,SAG1048,Satt536，Sattl75，Satt677,Satt680,P10615A-1,Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT-330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2,Satt584,SAT-084,P3050A-2，SAT一275-DB,Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550，Satt633，S"t262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53,Satt243,P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1,P13560A-1，P13561A-1，P13561A-1，P2481A-1，S60021-TB，S60048-TB，S60076-TB，S60148-TB,S60149-TB,S60201-TB,S60243-TB,S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB，S60361-TB,S60422-TB,S60440-TB，S60446-TB,S60505-TB，S60513-TB,S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055，Satt040，Sattl08,Sattl09,Sattlll，Sattl76，Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512。5.权利要求l的方法，包括确定至少一个染色体区段的有利等位基因形式，其中通过以下步骤确定至少一个染色体区段的有利等位基因形式a)鉴定选自祖代大豆的后代的多个亚系中的组的至少一个多态性标志物基因座；b)评估后代的至少两个亚系中的产率，所述后代的亚系具有至少一个标志物基因座上的不同等位基因形式；和c)鉴定相对于祖代大豆产率增加的后代的亚系。6.鉴定产率增加的大豆亚系的方法，该方法包括在祖代大豆的后代的基因组中确定在祖代大豆的多个后代中分离的一个或多个标志物基因座的至少一个等位基因，所述分离的标志物基因座的每一个均包含第一等位基因和第二等位基因，所述第一等位基因与相对于祖代大豆的多个后代的平均产率而言的产率增加相关，所述笫二等位基因不与所述产率增加相关，其中所述一个或多个标志物基因座选自Satt684,Sattl65，Satt042，Satt364,Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt385,Satt225，Satt236，Satt511,P12390B-1，Satt480，Satt632-TB，Satt233，Satt327,Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409,Satt228,Satt429，Satt426，Satt509，SAT—261，Sattl97,Satt519，Satt597，SCT-026,Satt415，Satt583，Satt430，P12198A-1,P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556,Satt272,Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90,SAT—311-DB，Satt338,Satt227，Satt640-TB，Satt422，Satt457，Satt457，Satt557，Satt319,SAT-142-DB，Satt460，P13073A-1,Satt307,SCT-028，Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203,Satt507，SAT一llO，P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216,SAT-351,P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，Satt282，Satt537,Satt506,Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413,Satt672,P13074A-1,P10624A-1,Satt573,Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452，SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569,Satt343,Satt586，Satt040，Satt423，Satt348,Satt595,P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522,Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30,Sattl15,Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91,SAT—117，Satt353，Satt442，Satt279，Satt314，Sattl42，S"tl81，Satt367，Sattl27,SCTT012，Satt270，Satt292,Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223,SAC1699,SCT一065,Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544，Satt617,Satt240，P10618A-1,Satt475，Sattl96,SAT_301，Satt523,Satt418，Satt418，Satt398，Satt497,Satt284,Sattl66，Satt448,Satt373,Satt513，P12394A-1,Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048，Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1,Satt551,Satt250,Satt346,Satt336，SAT-330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT一084，P3050A-2，SAT_275-DB，Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576，Satt550,Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1,Sattl53，Satt243，P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1,P10793A-1,P12391A-1，P13560A-1，P2481A-1，S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB,S60585-TB，P13561A-1，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB，S60536-TB，S60812-TB,P13561A-1，S60148-TB,S60338-TB，S60446-TB,S60552-TB，S60021-TB,S6020卜TB，S60361-TB，S60513-TB，S60630—TB，S60048-TB,S60243-TB，S60422-TB，S60519-TB,S60728—TB，SAC1677，SAC1724,SAG1055，Satt040，Sattl08,Sattl09，Sattlll,Sattl76,Sattl76，Satt219,Satt299和Satt512'7.权利要求6的方法，其中与产率增加相关的第一等位基因和不与产率增加相关的第二等位基因是通过以下步稞确定的a)鉴定选自该组的至少一个多态性标志物基因座，所述多态性标志物基因座包含至少两个在祖代大豆的后代的多个亚系中分离的等位基因；b)评估后代的至少两个亚系中的产率，所述后代的亚系具有至少一个多态性标志物基因座上的不同等位基因；和c)鉴定相对于多个亚系的平均产率而言产率增加的后代的亚系。8.权利要求1或6的方法，其中后代的至少两个亚系是近等基因亚系.9.权利要求1或6的方法，其中后代的至少两个亚系是随机亚系。10.权利要求1或6的方法，其中通过祖代大豆的自交获得多个后代.11.权利要求1或6的方法，其中通过将第一种祖代大豆和第二种祖代大豆杂交而获得多个后代。12.权利要求ll的方法，其中将包含原种种质林的第一种祖代大豆与包含不同的原种种质林的笫二种祖代大豆杂交，以产生大豆植物群体，从中选择后代。13.权利要求ll的方法，其中将包含原种种质抹的第一种祖代大豆与包含外来种质株的第二种祖代大豆杂交，以产生大豆植物群体，从中选择后代。14.权利要求12或13的方法，其中原种种质株选自90A07,90B11,90B31,90B43,90B72,90B73,91B01,91B12,91B33,91B52,91B53,91B64,91B91,91B92,92B05,92B12,92B23,92B38,92B52,92B63,92B74,92B75,92B84,92B95,92M30,92M31,92M70,92M71,92M72,92M80,92M91,93B01,93B09,93B11,93B15,93B25,93B26,93B36,93B41,93B45,93B46,93B66,93B67,93B68,93B72,93B82,93B84,93B85,93B86,93B87,93M10,93M30,93M40,93M50,93M60,93M80,93M90,93M92,93M93,94B01,94B23,94B24,94B53,94B54,94B73,95B32,95B33,95B34,95B53,95B95,95B96,95B97,96B21,96B51,97B52,97B61,A1395,A2722,A2835,A2943,A3127，A3237,A3242,A3322,A3431,A4009,A4138,A4415,A4595,A4715,A5403,A5560,A5843,A5885,A5979，A5980,A6297,BEDFORD,CM428,CX105,CX232,CX253,CX289,CX394C，CX469C，D00566D362,ESSEX,EX04C00，EX06A00，EXIOFOI，EX13P01,EX13Q01，EX15N01，EX16N00,EX16P01,EX22Y01，EX22Z01，EX23B03，EX34T03，EX35F03，EX36Y01,EX39E00,EX40T03,EX44V03，FORREST,G3362,HS93-4118,HUTCHESON，JIM，KORADA,M015733,M0400644-02,M0413735-ll-52，MO501577-27-23,M0505469-61-89,MP39009,P1677,P9007,P9008，P9041，P9042,P9061，P9062，P9063，P9071，P9092，P9132，P9141，P9151，P9163，P9182,P9203,P9233，P9244，P9273,P9281,P9305,P9306,P9321,P9341,P9392,P9395,P9481,P9482，P9492，P9521,P9552,P9561,P9584,P9591,P9592,P9594,P9631,P9641,PHARAOH,RA451,R01154R002,S0066,S03W4，S0880,S1550,S1990,S19T9，S20F8，S22C3,S24L2,S25J5，S32Z3，S33N1，S38T8，S3911,S4260,S42H1，S43B5，S5960，S6189，S6262,ST0653,ST1073,ST1090,ST1570,ST1690，ST1970,ST2250，ST2488,ST2660,ST2686,ST2688，ST2788，ST2870，ST3171,ST3380,ST3630,ST3660,ST3870，ST3883，TRACY，TRAIIX,X9916,YB03E00,XB03F01,XB07B01,XBIODOI，XB15M01,XB19U04,XB20M01，XB22C04，XB22R01,XB23W03,XB23Y02，XB25E02,XB25L04，XB25X04，XB25W01，XB26L04，XB27P04,XB29A04，XB29D01，XB29K04，XB29L04，XB30E04，XB31C01,XB31R04,XB33B，XB34D04，XB34F01，XB35D，XB35L04,XB35W00，XB38A01，XB41M01，XB42J00，XB42M01，XB48H01，XB54K01,XB55J01，XB58P99，XB63D00，XB67A00,YB03G01，YB08D01,YB09F01，YB09G01，YB10E01,YBllDOl，YB14H01,YB15K99，YB21F01,YB21G01,YB22S00，YB22V01，YB22W01,YB22X01,YB24Z01,YB25R03，YB25R99,YB25X00，YB25Y01，YB25Z01，YB27L03,YB27S00，YB27X01,YB27Y01,YB28A03，YB28N01，YB29H01，YB29J01，YB29T04，YB30J01,YB30N01，YB30P01，YB31E01，YB32K01，YB33K01,YB34H01，YB34R03，YB34S03，YB35C01，YB36E03,YB36V00,YB38E03,YB38G03，YB39M01,YB39V03,YB40M01，YB40N01，YB41Q01，YB48L01，YB52J00，YB53E00，YB54麵，YB54J00,YB54L00,YB55H00，YB56E00，YB60N01和YO獄。15.权利要求1或6的方法，其中标志物基因座组包含由以下标志物组成的标志物组的大约10X-大约10094:Satt642,Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385,Satt511，P12390B-1，Satt632-TB，Satt429，SAT一261，Sattl97，P10641A-1，Satt556，Satt534，P10638B-2,Satt399.Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90，SAT懇311-DB，Satt338，Satt640-TB,Satt557,Satt319,SAT一142-DB,Satt460，Satt433，Satt357，Satt321,Satt295，Satt203，Satt507，Sattl29，Sattl47，SAT-351,P10621B-2，Satt558，Satt701，Satt634，Satt582，Satt389，Satt464，Satt662，Satt672，Satt573,Satt598，Satt263，Satt602，Sattl51，SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Sattl76，Satt343，Satt586，Satt040,Satt595,P10782A-1，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Satt533,Sattl99，Satt517，Sattl91，SAT_117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223，SAC1699,SAT-065,Satt596，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt242，Satt617，Satt240，SAT-301，Satt418,Satt398，Satt497，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048,Satt536，Sattl75,Satt677，Satt680，P10615A-1,Satt551，Satt346,Satt336,SAT-330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，SAT—084,SAT-275-DB,Satt660,Satt339，P12396A-1,Satt358，Satt487，Satt259,Satt420，Satt576,Satt633,Satt477，Satt581，Sattl53,Satt243，P10793A-1，P12391A-1，P12392A-1，P13560A-1，P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB，S60446-TB,S60552-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677,SAC1724，SAG1055,Satt040，Sattlll，Sattl76，Satt219和Satt299。16.权利要求1或6的方法，其中标志物基因座组包含由以下标志物组成的标志物组的大约1054-大约100X:Satt684，Satt042，S60048-TB，S60243-TB，S60422-TB,S60519-TB，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB，S60536-TB，S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585-TB，S60021-TB，S60201-TB，S60361-TB，S60513-TB,S60630-TB,Satt364，Satt454,Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385,Satt632-TB，Satt429,SAT-—261,P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Satt399，Satt361，Satt66卜TB,Sattl90，SAT一311-DB，Satt338,Satt640-TB，Satt557,Satt319，SAT-142-DB，Satt321，Satt203,Sattl29，Sattl47，SAT—351,P10621B-2，Satt701，Satt634,Satt582，Satt389，Satt464，Satt662，Satt672，Satt573，Satt598，Satt263,Sattl51，SAT-273-DB，Sattl46,Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt595，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99，Satt517，Sattl91，Sat—117,Satt279,Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292,SAG1223，SAC1699，Sat_065,Satt596，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt242,Satt617，Satt240，SAT-301，Satt418，Satt398，Satt497，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1,SAG1048,Satt536，Sattl75，Satt677,Satt680，P10615A-1,Satt551,SAT一330-DB，P13069A-1,P5467A-1，P5467A-2，SAT.084,SAT一275-DB，Satt660，Satt339，Satt358，Satt487，Satt487，Satt420，Satt576，Satt633，Satt581，Sattl53，Satt243，P10793A-1,P13560A-1，P13561A-1，S60021-TB，S60048-TB,S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB，S60243-TB,S60326-TB，S60338-TB,S60350-TB,S60361-TB，S60422-TB，S60440-TB,S60446-TB，S60505-TB，S60513-TB，S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724，SAG1055,Sattlll，Satt219和Satt299,17.权利要求1或6的方法，其中标志物基因座组包含由以下标志物组成的标志物组的大约大约Satt684,Satt526，Satt591，Satt385，Satt632-TB，Satt429,SAT-一261，P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338,Satt640-TB，Satt557，SAT—142-DB，Satt321，Satt203，Sattl29,SAT-351，Satt701，Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598,Satt343，Satt595，Satt334，Sattl44,Satt522,Satt570，Satt356，Sattl99，Sat—117,Satt279,Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223，Sat—065,Satt529,Satt242，Satt617，SAT—301,Satt398,Satt497,Sattl66,Satt373,SAG1048,Satt680,P10615A-1，SAT—330-DB,P13069A-1，SAT-275-DB，Satt339，Satt487，Satt420，Satt581和Sattl53。18.权利要求1或6的方法，其中标志物基因座组基本由以下标志物组成Satt684，Satt526，Satt591,Satt385，Satt632-TB，Satt429，SAT-一261，P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Sattl90，SAT-311-DB，Satt338，Satt640-TB，Satt557，SAT—142-DB,Satt321，Satt203，Sattl29，SAT-351，Satt701，Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598，Satt343，Satt595,Satt334,Sattl44，Satt522,Satt570,Satt356，Sattl99，Sat—117，Satt279,Sattl81,Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223，Sat-065,Satt529，Satt242，Satt617，SAT—301,Satt398，Satt497，Sattl66，Satt373,SAG1048，Satt680，P10615A-1，SAT-330-DB，P13069A-1，SAT—275-DB，Satt339，Satt487，Satt420，Satt581和Sattl53。19.权利要求1或6的方法，其中标志物基因座组包含由以下标志物组成的标志物组的大约大约100、Satt526，Satt591，Satt429，SAT-—261，P10641A-1，Sattl90，Satt557，SAT—142-DB,Sattl29，SAT-351，Satt464，Satt343，Satt595，Satt570，Sattl81，Sattl27，Satt270,SAG1223，Sat-065，Satt529，Satt242，Satt398，Sattl66，Satt373,SAG1048,Satt680，SAT—330-DB,P13069A-1，Satt339，Satt487，Satt581和Sattl53。20.权利要求1或6的方法，其中标志物基因座组基本由以下标志物组成Satt526，Satt591，Satt429,SAT-墨261,P10641A-1,Sattl90，Satt557，SAT一142-DB，Sattl29，SAT—351，Satt464,Satt343，Satt595,Satt570，Sattl81，Sattl27,Satt270，SAG1223，Sat—065，Satt529,Satt242,Satt398,Sattl66，Satt373,SAG1048,Satt680，SAT—330-DB，P13069A-1，Satt339,Satt487，Satt581和Sattl53。21.权利要求1或6的方法，进一步包括将代表确定的等位基因形式的数据电子传输或电子储存在计算机可读介质中。22.权利要求1或6的方法，进一步包括选择鉴定的大豆亚系的至少一种植物，23.权利要求22的方法，其中选择的大豆植物包括完整植林、植物器官、植物种子、植物细胞或植物组织培养物.24.权利要求22的方法，其中选择的大豆植物或其后代与第二种大豆植物杂交，所述第二种大豆植物缺乏标志物基因座的确定的等位基因或多个染色体区段的确定的等位基因形式。25.权利要求24的方法，其中第二种大豆植物包含原种种质林。26.权利要求24的方法，其中第二种大豆植物包含外来种质。27.权利要求1或6的方法，其中在第一种大豆植物基因组和至少一个第二种大豆植物基因组中确定多个标志物基因座中的每一个的等位基因形式，其中所述第一种大豆植物包括亲代大豆植物，所述至少一个第二种大豆植物至少包括笫一种大豆植物的至少一个后代。28.由权利要求1或6的方法生产的产率增加的大豆亚系.29.植物器官、植物细胞或植物组织培养物，其来自权利要求28的大豆亚系的植物。30.用于鉴定产率增加的大豆植物的标志物组，该标志物组包含由以下标志物组成的标志物基因座组的大约-大约100X:Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364,Satt454，Satt526，Satt300,Satt591，Sattl55,Satt385，Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1，Satt480,Satt632-TB,Satt233,Satt327，Satt329,Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429，Satt426，Satt509，SAT—261，Sattl97,Satt519，Satt597,SCT-026,Satt415，Satt583,Satt430,P12198A-1，P8584A-1，Satt359，P10648A-1,P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272，Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361,P10639A-1，Satt661-TB,Sattl90，SAT-311-DB,Satt338,Satt227，Satt640—TB,Satt422，Satt457,Satt457，Satt557,Satt319，SAT-142-DB，Satt460,P13073A-1,Satt307，SCT-028,Satt433,Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203,Satt507，SAT一llO，P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT-351,P10621B-2,Satt701，Satt634，Satt558，Satt266,Satt282，Satt537，Satt506，Satt546，P13072A-1,Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464,Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413，Satt672，P"074A-1，P10624A-1,Satt573，Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452,SAT-273-DB，Sattl46,Sattl93,Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522，P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2,Satt570，Satt356，Sattl30,Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91，SAT-117,Satt353，Satt442，Satt279，Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012,Satt270，Satt292，Satt440，P106楊-l，Satt249，SAG1223,SAC1699，SCT-065,Satt596,Satt280，Satt406,Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02,Satt441，Satt544,Satt617，Satt240，P10618A-1,Satt475，Sattl96，SAT-301,Satt523,Satt418，Satt418,Satt398，Satt497,Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt590,Satt567，Satt220，SAG1048,Satt536,Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1,P5467A-2,Satt584，SAT一084，P3050A-2，SAT—275-DB,Satt387，Satt549,Satt660,Satt339，Satt255,Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347,Satt420，Satt576，Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581,P11070A-1，Sattl53，Satt243,P8230A-1,P10623A-1，P10632A-1,P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P2481A-1,S60149-TB,S60350-TB，S60505-TB,S60585-TB，SAC1677,SAC1724,SAG1055,Satt040，Sattl08，Sattl09，Sattlll，Sattl76,Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512。31.用于鉴定产率增加的大豆植物的标志物组，该标志物组包含P13561A-1，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB,S60536-TB，S60812-TB，P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB,S60446-TB，S60552-TB,S60021-TB，S60201-TB，S60361-TB，S60513-TB，S60630-TB,S60048-TB，S60243-TB，S60422-TB，S60519-TB，S60728-TB，以下标志物的大多数Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364,Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55,Satt385，Satt385Satt225，Satt236，Satt511，P12390B—1，Satt480,Satt632-TB，Satt233,Satt327，Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429,Satt426，Satt509，SAT—261,Sattl97,Satt519:Satt597,SCT一026,Satt415，Satt583,Satt430，P12198A-1，P8584A-1，Satt359,P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272，Satt020，Satt066,Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt66卜TB,Sattl90,SAT—311-DB，Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422，Satt457,Satt457，Satt557，Satt319,SAT—142-DB，Satt460，P13073A-1，Satt307，SCT—028，Satt433，Satt357,Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT一llO，P10620A-1,Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT_351,P10621B-2,Satt701，Satt634,Satt558，Satt266,Satt282，Satt537，Satt506，Satt546,P13072A-1，Satt582,Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86，Satt413，Satt672,P13074A-1，P10624A-1，Satt573,Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355，Satt452，SAT—273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1,P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522,Satt522,P9026A-1,P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570,Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594,Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，S"t503，Satt517，Sattl91，SAT一117，Satt353，Satt442,Satt279，Satt314,Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27，SCTT012，Satt270,Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223,SAC1699，SCT-065,Satt596，Satt280，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431,Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544，Satt617，Satt240,P10618A-1,Satt475，Sattl96，SAT_301，Satt523，Satt418,Satt418，Satt398,Satt497，Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A—1，Satt590,Satt567,Satt220，SAG1048，Satt536,Sattl75，Satt677,Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250,Satt346，Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT—084，P3050A-2，SAT—275-DB，Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257,Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259，Satt347，Satt420,Satt576，Satt550,Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53,Satt243，P8230A-1，P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P13561A-1，P13561A-1，P2481A-1，S60021-TB,S60048-TB,S60076-TB，S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB，S60243-TB,S60326-TB，S60338-TB，S60350-TB，S60361-TB,S60422-TB,S60440-TB,S60446-TB,S60505-TB，S60513-TB,S60519-TB，S60536-TB，S60552-TB，S60585-TB，S60630-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677，SAC1724,SAG1055，Satt040，Sattl08，Sattl09,Sattlll，Sattl76,Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512。32.用于鉴定产率增加的大豆植物的标志物组，该标志物组基本由以下标志物组成Satt684,Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55,Satt385，Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1，Satt480，Satt632-TB，Satt233，Satt327，Satt329，Satt508，P10635A-1，Satt409,Satt228，Satt429，Satt426，Satt509，SAT—261，Sattl97，Satt519，Satt597,SCT—026，Satt415，Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A-1，Satt359,P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1,Sattl68,Satt556,Satt272,Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2,Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt661-TB,Sattl90,SAT—311-DB，Satt338，Satt227，Satt640-TB，Satt422,Satt457，Satt457，Satt557，Satt319,SAT-142-DB,Satt460，P13073A-1，Satt307，SCT—028,Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT—110,P10620A-1,Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT—351，P10621B—2，Satt701，Satt634,Satt558,Satt266,Satt282，Satt537,Satt506，Satt546,P13072A-1，Satt582，Satt389,Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543,Sattl86，Satt413,Satt672,P13074A-1，P10624A-1，Satt573,Satt598，Satt204，Satt263,Satt491,Satt602，Sattl51,Satt355，Satt452，SAT-273-DB，Sattl46,Sattl93，Satt569，Satt343，Satt586,Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510,Sattl44，Satt522，Satt522，P9026A-1,P10646A-1，P5219A-1，P7659A-2，Satt570,Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt5"，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91,SAT—117,Satt353，Satt442，Satt279,Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367,Sattl27，SCTT012,Satt270,Satt292，Satt440，P10640A-1,Satt249，SAG1223,SAC1699,SCT—065，Satt596,Satt280,Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441,Satt544，Satt617，Satt240，P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT—301，Satt523，Satt418，Satt418,Satt398，Satt497，Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048,Satt536，Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250,Satt346，Satt336,SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1,P5467A-2,Satt584，SAT—084，P3050A-2，SAT—275-DB，Satt387,Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487,Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576,Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53，Satt243，P8230A-1，P10623A-1,P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P2481A-1，S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB,S60585-TB，SAC1724,SAG1055,Satt040，Sattl08,Sattl09，Sattlll，Sattl76,Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512。33.用于鉴定产率增加的大豆植物的标志物组，该标志物组包含P13561A-1，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB,S60536-TB，S60812-TB，P13561A-1,S60148-TB，S60338-TB,S60446-TB，S60552—TB，S60021-TB，S60201-TB,S60361-TB，S60513-TB，S60630-TB，S60048-TB，S60243-TB，S60422-TB,S60519-TB，S60728-TB，由以下标志物组成的标志物基因座组的大约10X-大约100X:Satt642，Satt042，Satt364，Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385,Satt511，P12390B-1,Satt632-TB,Satt429,SAT一261，Sattl97，P10641A-1，Satt556,Satt534，P10638B-2，Satt399.Satt361，P10639A-1，Satt661-TB，Sattl90，SAT—311-DB，Satt338,Satt640-TB,Satt557，Satt319，SAT-142-DB，Satt460，Satt433，Satt357，Satt321，Satt295，Satt203，Satt507,Sattl29，Sattl47，SAT—351,P10621B-2，Satt558，Satt701，Satt634，Satt582,Satt389,Satt464,Satt662,Satt672,Satt573，Satt598，Satt263，Satt602，Sattl51,SAT-273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569,Sattl76，Satt343，Satt586,Satt040，Satt595，P10782A-1，Satt334，Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356,Satt533，Sattl99，Satt517,Sattl91，SAT一117，Satt279，Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223，SAC1699，SAT-065,Satt596，Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt242，Satt617，Satt240，SAT-301，Satt418，Satt398，Satt497，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513，P12394A-1，SAG1048，Satt536,Sattl75，Satt677,Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt346，Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，SAT—084,SAT—275-DB，Satt660，Satt339，P12396A-1，Satt358，Satt487,Satt259，Satt420，Satt576,Satt633，Satt477，Satt581,Sattl53，Satt243，P10793A-1，P12391A-1，P12392A-1，P13560A-1,P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB，S60446-TB，S60552-TB，S60728-TB，S60812-TB，SAC1677,SAC1724，SAG1055，Satt040，Sattlll,Sattl76，Satt219和Satt299,34.用于鉴定产率增加的大豆植物的标志物组，该标志物组包含由以下标志物组成的标志物基因座组的大约10X-大约100V.Satt684，Satt042,Satt364,Satt454，Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt632-TB，Satt429，SAT-一261，P10641A-1，Satt556,S60048-TB，S60243-TB，S60422-TB，S60519-TB,S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB，S60536—TB,S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585-TB，S60021-TB,S60201-TB，S60361-TB，S60513-TB，S60630-TB，Satt701,Satt573,Sattl93,Sattl44，Sat-117，SAC1699,Satt242，Sattl66，Satt536，P10638B-2，Satt399，Satt361,Satt661-TB,Sattl90，SAT_311-DB,Satt338,Satt640-TB，Satt557，Satt319，SAT-142-DB，Satt321，Satt203,Sattl29，Sattl47，SAT—351,P10621B-2，Satt634，Satt582，Satt389，Satt464，Satt662，Satt672,Satt598，Satt263，Sattl51，SAT-273-DB，Sattl46，Satt569，Satt343，Satt586，Satt040，Satt595，Satt334,Satt522,Satt570，Satt356，Sattl99，Satt517，Sattl91，Satt279,Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292,SAG1223，Sat_065，Satt596,Satt406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt617，Satt240,SAT-301，Satt418，Satt398，Satt497,Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1，SAG1048，Sattl75，Satt677,Satt680，P10615A-1，Satt551,SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2,SAT-084，SAT—275-DB，Satt660，Satt339，Satt358，Satt487，Satt487，Satt420，Satt576，Satt633，Satt581，Sattl53，Satt243,P10793A-1，P13560A-1,P13561A-1，S60021-TB,S60048-TB，S60076-TB,S60148-TB，S60149-TB，S60201-TB,S60243-TB，S60350-TB，S60505-TB，S60585-TB，S60812-TB,SAC1677，SAC1724，SAG1055，Sattlll,Satt219和Satt299。35.权利要求34的标志物组的亚组，该标志物基因座亚组包含由以下标志物组成的标志物组的大约10X-大约100X:Satt684，Satt526，Satt591，Satt385，Satt632-TB,Satt429,SAT—-261,P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Sattl90，SAT—31卜DB，Satt338，Satt640-TB，Satt557，SAT-142-DB，Satt321,Satt203，Sattl29，SAT_351,Satt701，Satt582，Satt389,Satt464，Satt672，Satt598，Satt343，Satt595，Satt334,Sattl44，Satt522，Satt570，Satt356，Sattl99，Sat—117，Satt279,Sattl81，Sattl27，Satt270，Satt292，SAG1223,Sat_065，Satt529,Satt242，Satt617，SAT—301，Satt398，Satt497，Sattl66,Satt373，SAG1048，Satt680，P10615A-1，S60326-TB，S60440-TB,S60536-TB,S60338-TB,S60446-TB,S60552-TB，S60361-TB，S60513-TB，S60630-TB，S60422-TB，S60519-TB，S60728—TB，SAT-330-DB,P13069A-1，SAT—275-DB，Satt339，Satt487,Satt420，Satt581和Sattl53。36.权利要求34的标志物组的亚组，该标志物基因座亚组基本由以下标志物组成Satt684，Satt526，Satt591，Satt385，Satt632-TB，Satt429，SAT--261,P10641A-1，Satt556，P10638B-2，Sattl90,SAT_311-DB，Satt338,Satt640-TB，Satt557，SAT—142-DB，Satt321，Satt203，Sattl29，SAT一351，Satt701，Satt582，Satt389，Satt464，Satt672，Satt598，Satt343，Satt595，Satt334，Sattl44,Satt522,Satt570，Satt356，Sattl99,Sat-117，Satt279，Sattl81,Sattl27，Satt270，Satt292,SAG1223,Sat—065，Satt529，Satt242，Satt617，SAT-301，Satt398,Satt497，Sattl66，Satt373，SAG1048,Satt680，P10615A-1，SAT-330—DB，P13069A-1，SAT—275-DB，Satt339,Satt487，Satt420,Satt581和Sattl53'37.权利要求34的标志物组的亚组，该标志物基因座亚组包含由以下标志物组成的标志物组的大约10X-大约100X:Satt526，Satt591，Satt429，SAT-—261,P10641A-1，Sattl90，Satt557，SAT-142-DB,Sattl29,SAT—351,Satt464，Satt343，Satt595，Satt570，Sattl81,Sattl27,Satt270，SAG1223，Sat-065，Satt529，Satt242，Satt398,Sattl66，Satt373，SAG1048,Satt680,SAT_330-DB，P13069A-1,Satt339，Satt487，Satt581和Satt153。38.权利要求34的标志物组的亚组，该标志物基因座亚组基本由以下标志物组成Satt526,Satt591,Satt429，SAT--261,P10641A-1,Sattl90，Satt557，SAT」42-DB，Sattl29，SAT一351，Satt464，Satt343，Satt595,Satt570，Sattl81，Sattl27，Satt270，SAG1223,Sat-065，Satt529，Satt242，Satt398，Sattl66,Satt373,SAG1048，Satt680，SAT一330-DB，P13069A-1，Satt339，Satt487，Satt581和Sattl53。39.包含以下成分的系统用于输入相应于大豆种质的基因型分析数据的数据输入设备；包含基因型分析数据的计算机可读介质，所述基因型分析数据相应于选自由以下标志物组成的组的多个标志物的等位基因形式Satt684，Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454,Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385,Satt385，Satt225，Satt236，S"t511P12390B-1，Satt480，Satt632-TB,Satt233，Satt327，Satt329,Satt508,P10635A-1，Satt409，Satt228，Satt429，Satt426,Satt509,SAT—261,Sattl97，Satt519，Satt597,SCT—026,Satt415Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A-1，Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272，Satt020，Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399,Satt361，P10639A-1，Satt661-TB,Sattl90，SAT—311-DB，Satt338，Satt227,Satt640-TB，Satt422，Satt457,Satt457，Satt557，Satt319，SAT—142-DB,Satt460,P13073A-1，Satt307，SCT—028，Satt433，Satt357，Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，S"t507:SAT—110，P10620A-1,Sattl29,Sattl47，Satt216,SAT—351,P10621B-2，Satt701，Satt634,Satt558,Satt266，Satt282，Satt537,Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311，Satt514，Satt464，Satt662，Satt543,Sattl86，Satt413,Satt672，P13074A-1，P10624A-1，Satt573，Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51,Satt355，Satt452，SAT—273-DB,Sattl46，Sattl93，Satt569，Satt343,Satt586，Satt040，Satt423，Satt348,Satt595,P10782A-1,P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510，Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522，P9026A-1，P10646A-1,P5219A-1，P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，S"tl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99，Satt503，Satt517，Sattl91,SAT—117，Satt353，Satt442，Satt279，Satt314，Sattl42，Sattl81，Satt367，Sattl27,SCTT012，Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223,SAC1699，SCT一065，Satt596，Satt280,Satt406,Satt380,Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544,Satt617，Satt240，P10618A-1,Satt475,Sattl96，SAT—301,Satt523，Satt418，Satt418,Satt398，Satt497，Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373,Satt513，P12394A-1,Satt590，Satt567,Satt220,SAG1048，Satt536，Sattl75,Satt677，Satt680,P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336,SAT—330-DB,P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT—084,P3050A-2，SAT—275-DB，Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358,P12396A-1，Satt487,Satt259，Satt259，Satt347，Satt420，Satt576,Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477,Satt581,P11070A-1，Sattl53，Satt243,P8230A-1，P10623A-1,P10632A-1,P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P2481A-1，S60149-TB，S60350-TB，S60505-TB,S60585-TB，P13561A-1，S60076-TB，S60326-TB，S60440-TB，S60536-TB，S60812-TB，P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB，S60446-TB,S60552-TB，S60021-TB，S60201-TB，S60361-TB,S60513-TB，S60630-TB,S60048-TB，S60243-TB,S60422-TB，S60519-TB，S60728-TB,SAC1677,SAC1724,SAG1055,Satt040,Sattl08,Sattl09，Sattlll，Sattl76，Sattl76，Satt219，Satt299和用于选挣包含染色体区段的多个有利等位基因形式的大豆种质的指令组，所述染色体区段包含或邻近于多个标志物；和提供选择结果的数据榆出设备.40.包含基因型分析数据的计算机可读介质，所述基因型分析数据相应于选自由以下标志物组成的组的多个标志物的等位基因形式Satt684,Sattl65，Satt042，Satt364，Satt454,Satt526，Satt300，Satt591，Sattl55，Satt385，Satt385，Satt225，Satt236，Satt511，P12390B-1，Satt480，Satt632-TB，Satt233，Satt327，Satt329,Satt508，P10635A-1,Satt409，Satt228,Satt429,Satt426，Satt509，SAT-261,Sattl97，Satt519，Satt597，SCT—026，Satt415,Satt583，Satt430，P12198A-1，P8584A-1,Satt359，P10648A-1，P12105A-1，P10641A-1，Sattl68，Satt556，Satt272，Satt020,Satt066，Satt534，P10638B-2，Satt399，Satt361，P10639A-1，Satt66卜TB，Sattl90，SAT一311-DB，Satt338，Satt227,Satt640-TB,Satt422，Satt457，Satt457，Satt557,Satt319,SAT—142-DB，Satt460，P13073A-1，Satt307,SCT—028,Satt433，Satt357,Satt321，Satt267，Satt383，Satt295，Satt203，Satt507，SAT—110，P10620A-1，Sattl29，Sattl47，Satt216，SAT-351,P10621B-2，Satt701，Satt634，Satt558，Satt266，Satt282,Satt537，Satt506，Satt546，P13072A-1，Satt582，Satt389，Satt461，Satt311,Satt514，Satt464，Satt662，Satt543，Sattl86,Satt413,Satt672，P13074A-1，P10624A-1，Satt573,Satt598，Satt204，Satt263，Satt491，Satt602，Sattl51，Satt355,Satt452，SAT—273-DB，Sattl46，Sattl93，Satt569,Satt343，Satt586，Satt040，Satt423，Satt348，Satt595，P10782A-1，P3436A-1，P10598A-1，Satt334，Satt510,Satt510，Sattl44，Satt522，Satt522,P9026A-1，P10646A-1，P5219A-1,P7659A-2，Satt570，Satt356，Sattl30，Sattl15，Satt594，Satt533，Satt303，Satt352，Satt566，Sattl99,Satt503，Satt517，Sattl91，SAT—117，Satt353，Satt442,Satt279，Satt314，Sattl42，Sattl81,Satt367，Sattl27，SCTT012,Satt270，Satt292，Satt440，P10640A-1，Satt249，SAG1223，SAC1699，SCT—065,Satt596，Satt280，Sa"406，Satt380，Sattl83，Satt529，Satt431，Satt242，Sattl02，Satt441，Satt544，Satt617，Satt240，P10618A-1，Satt475，Sattl96，SAT一301，Satt523，Satt418，Satt418，Satt398，Satt497,Satt284，Sattl66，Satt448，Satt373，Satt513,P12394A-1,Satt590，Satt567，Satt220，SAG1048，Satt536,Sattl75，Satt677，Satt680，P10615A-1，Satt551，Satt250，Satt346，Satt336，SAT—330-DB，P13069A-1，P5467A-1，P5467A-2，Satt584，SAT—084,3050A-2，SAT-275-DB,Satt387，Satt549，Satt660，Satt339，Satt255，Satt257，Satt358，P12396A-1，Satt487，Satt259，Satt259,Satt347，Satt420，Satt576，Satt550，Satt633，Satt262，Satt473，Satt477，Satt581，P11070A-1，Sattl53,Satt243，P8230A-1,P10623A-1，P10632A-1，P10793A-1，P12391A-1，P13560A-1，P2481A-1，S60149-TB,S60350-TB，S60505-TB，S60585—TB,P13561A-1，S60076-TB,S60326-TB,S60440-TB，S60536-TB，S60812-TB，P13561A-1，S60148-TB，S60338-TB,S60446-TB，S60552-TB，S60021-TB,S60201-TB，S60361-TB，S60513-TB，S60630—TB,S60048-TB,S60243-TB，S60422-TB，S60519-TB，S60728-TB，SAC1677,SAC1724，SAG1055,Satt040，Sattl08，Sattl09，Sattlll，Sattl76，Sattl76，Satt219，Satt299和Satt512;所述基因型分析数据获自包含选自下组的原种种质的至少一种大豆的一个或多个后代90A07,90B11,90B31,90B43,90B72,90B73,91B01,91B12,91B33,91B52,91B53,91B64,91B91,91B92,92B05,92B12,92B23,92B38,92B52,92B63,92B74,92B75,92B84,92B95,92M30,92M31,92M70,92M71,92M72,92M80,92M91,93B01,93B09,93B11,93B15,93B25,93B26,93B36,93B41,93B45,93B46,93B66,93B67,93B68,93B72,93B82,93B84,93B85,93B86,93B87,93M10,93M30,93M40,93M50,93M60,93M80,93M90,93M92,93M93,94B01,94B23,94B24,94B53,94B54,94B73,95B32,95B33,95B34,95B53,95B95,95B96,95B97,96B21,96B51,97B52,97B61,A1395,A2722,A2835,A2943,A3127，A3237，A3242，A3322,A3431，A4009,A4138,A4415,A4595,A4715，A5403，A5560,A5843,A5885,A5979,A5980,A6297，BEDFORD,CM428,CX105,CX232,CX253,CX289，CX394C，CX469C，D00566D362,ESSEX,EX04C00，EX06A00，EXIOFOI，EX13P01，EX13Q01,EX15N01,EX16N00,EX16P01,EX22Y01，EX22Z01EX23B03,EX34T03,EX35F03，EX36Y01，EX39E00，EX40T03,EX44V03FORREST,G3362,HS93-4118,HUTCHESON，JIM,KORADA,M015733,M0400644-02,M0413735—11-52，MO501577-27-23，M0505469-61-89，MP39009,P1677,P9007,P9008,P9041，P9042,P9061,P9062，P9063,P9071,P9092,P9132,P9141,P9151,P9163,P9182,P9203，P9233,P9244,P9273,P9281,P9305,P9306,P9321,P9341,P9392,P9395,P9481,P9482,P9492,P9521,P9552,P9561,P9584，P9591，P9592,P9594,P9631，P9641，PHARAOH,RA451，R01154R002，S0066,S03W4，S0880,S1550,S1990，S19T9，S20F8，S22C3，S2札2，S25J5，S32Z3，S33N1,S38T8,S3911,S4260,S42H1，S43B5，S5960,S6189,S6262，ST0653，ST1073，ST1090，ST1570,ST1690，ST1970，ST2250，ST2488,ST2660,ST2686,ST2688,ST2788,ST2870,ST3171,ST3380，ST3630，ST3660，ST3870，ST3883，TRACY，TRAIIX，X9916，YB03E00,XB03F01,XB07E01,XBIODOI，XB15M01，XB19U04，XB20M01，XB22C04，XB22R01,XB23W03，XB23Y02，XB25E02，XB25L04，XB25X04,XB25W01,XB26L04，XB27P04，XB29A04，XB29D01，XB29K04,XB29L04，XB30E04，XB31C01,XB31R04，XB33B,XB34D04,XB34F01，XB35D,XB35L04，XB35謂，XB38A01，XB41M01，XB42J00，XB42M01,XB48H01，XB54K01,XB55J01,XB58P99，XB63D00，XB67A00，YB03G01,YB08D01，YB09F01,YB09G01,YBIOEOI，YB11D01,YB14H01，YB15K99,YB21F01，YB21G01，YB22S00，YB22V01，YB22W01，YB22X01,YB24Z01,YB25R03，YB25R99,YB25X00，YB25Y01,YB25Z01，YB27L03，YB27S00,YB27X01，YB27Y01，YB28A03,YB28N01,YB29H01，YB29J01，YB29T04,YB30J01,YB30N01,YB30P01,YB31E01,YB32K01,YB33K01，YB34H01，YB34R03,YB34S03，YB35C01,YB36E03，YB36V00,YB38E03，YB38G03,YB39M01，YB39V03，YB標Ol,YB框Ol，YB41Q01，YB48L01,YB52J00,YB53E00,YB54H00，YB54J00，YB54L00，YB55H00，YB56E00，YB60N01和YOUNG。全文摘要本发明提供了包含与导致优越农业性能的遗传元件相关的标志物基因座的有利等位基因的组合物。也提供了与用于鉴定参与优越农业性能的遗传元件相关的标志物基因座的有利等位基因，以及使用所述标志物的方法。文档编号A01H5/00GK101437958SQ200480028903公开日2009年5月20日申请日期2004年7月27日优先权日2003年8月1日发明者S·塞巴斯蒂安申请人:先锋高级育种国际公司