专利名称：一种染色体6q23区段多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明屈于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种染色体 6q23区段多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种炎性侵润关节及其周围结缔组织的系统性自身免疫疾病，也是一种具有复杂遗传模式的多基因遗传病。环境因素和遗传因素共同影响RA的发生、发展。目前，通过全基因组关联分析研究(genome wideassociations study，GWAS)表明，与RA相关的易感基因主要有位于6p21. 3的HLA(人类白细胞抗原)基因、位于1ρ23的 PTPN22(非受体蛋白酪氨酸磷酸酶2 基因、6q23位点、CTLA-4(细胞毒性淋巴细胞相关抗原4)基因、9q33-34位点(包括TRAFl和C5两个基因)、位于2号染色体的STAT4(信号转导和转录激活子4)基因等。0LIG3 (oligodendrocyte lineage transcription factor 3)和 TNFAIP3 (TNF-a-induced protein 3)基因邻近的 6q23 位点，TNFAIP3 的功能是通过下调核因子NF-κΒ浓度负调控其引起的炎症反应。6q23区段相关位点的突变将影响TNFAIP3基因产物的表达，从而影响RA的发生风险。本发明目标检测的染色体6q23区段突变位点，如表所示
权利要求
1.一种染色体6q23区段多态性检测液相芯片，其特征是，主要包括有A.针对染色体6q23区段的不同多态性位点分别设计的野生型和突变型特异性ASPE引物，每种ASPE弓丨物由5’端的tag序列和3’端的针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列分别选自针对G107A的SEQ ID NO. 15和SEQ ID NO. 16、针对 G301A 的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18、针对 G103A 的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20、针对 G219T 的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22、针对 T74C 的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ IDN0. 24、针对 T163C 的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26、针对 T135C 的 SEQ ID NO. 27 及 SEQID NO. 28 中的一对以上；所述tag序列选自SEQ ID NO. 1 SEQ ID NO. 14中的序列；B.分别包被有特异的anti-tag序列的微球，所述anti-tag序列能相应地与A中所选 tag序列互补配对，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42中的序列，所述 anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列，上述每种微球具有不同颜色编码；C.用于扩增具有G107A、G301A、G103A、G219T、T74C、和T135C中的一个以上多态性位点目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的染色体6q23区段多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物选自针对 G107A 的 SEQ ID NO. 43 和 SEQ ID NO. 44、针对 G301A 的 SEQ ID NO. 45 和 SEQ IDN0. 46、针对 G103A 的 SEQ ID NO. 47 和 SEQ ID NO. 48、针对 G219T 的 SEQ ID NO. 49 和 SEQ IDN0. 50、针对 T74C 的 SEQ ID NO. 51 和 SEQ ID NO. 52、针对 T163C 的 SEQ ID NO. 53 和 SEQ IDN0. 54、针对 T135C 的 SEQ ID NO. 55 和 SEQ ID NO. 56 中的一对以上。
3.根据权利要求1所述的染色体6q23区段多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE 引物选自针对G107A的由SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 15组成的序列及由SEQ ID NO. 2禾口 SEQ IDN0. 16组成的序列、针对G301A的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 17组成的序列及由 SEQ IDN0. 4 和 SEQ ID NO. 18 组成的序列、针对 G103A 的由 SEQ ID NO. 5 和 SEQ ID NO. 19 组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列、针对G219T的由SEQ ID NO. 7 和SEQ IDN0. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 22组成的序列、针对T74C的由SEQ IDN0. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 24组成的序列、针对T163C的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 26组成的序列、针对T135C的由SEQ ID NO. 13和SEQ ID NO. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 28组成的序列中的一对以上。
4.根据权利要求1所述的染色体6q23区段多态性检测液相芯片，其特征是，主要包括有A.特异性ASPE引物针对G107A的由SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 15组成的序列及由 SEQ IDN0. 2 和 SEQ ID NO. 16 组成的序列、针对 G301A 的由 SEQ ID NO. 3 和 SEQ ID NO. 17 组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 18组成的序列、针对G103A的由SEQ ID NO. 5 禾口 SEQ IDN0. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 20组成的序列、针对G219T的由SEQ IDN0. 7和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 22组成的序列、针对T74C的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 24组成的序列、针对T163C的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 12 和 SEQ ID NO. 26 组成的序列、和针对 T135C 的由 SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. 27 组成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 28组成的序列；B.分别包被有特异的anti-tag序列的微球，所述anti-tag序列能相应地与A中所选 tag序列互补配对，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.四 SEQ ID NO. 42中的序列，所述 anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；C.所述扩增引物为针对G107A的SEQID NO. 43和SEQ ID NO. 44、针对G301A的SEQ IDN0. 45 和 SEQ ID NO. 46、针对 G103A 的 SEQ ID NO. 47 和 SEQ ID NO. 48、针对 G219T 的 SEQID NO. 49 和 SEQ ID NO. 50、针对 T74C 的 SEQ ID NO. 51 和 SEQ ID NO. 52、针对 T163C 的 SEQID NO. 53 和 SEQ ID NO. 54、和针对 T135C 的 SEQ ID NO. 55 和 SEQ ID NO. 56。
5.根据权利要求1-4任一项所述的染色体6q23区段多态性检测液相芯片，其特征是， 所述间隔臂序列为5-10个T。
6.一种用于染色体6q23区段多态性检测的特异性引物，其特征在于，所述特异性引物序列为针对 G107A 的 SEQ ID NO. 15 和 SEQ ID NO. 16、针对 G301A 的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18、针对 G103A 的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20、针对 G219T 的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22、针对 T74C 的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24、针对 T163C 的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26、针对 T135C 的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28 中的一对以上。
全文摘要
本发明公开了一种染色体6q23区段多态性检测特异性引物和液相芯片，该液相芯片主要包括有由5’端的tag序列和3’端的针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成的特异性引物，所述特异性引物序列分别选自针对G107A的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16、针对G301A的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18、针对G103A的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20、针对G219T的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22、针对T74C的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24、针对T163C的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26、针对T135C的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28中的一对以上；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.14中的序列；微球，扩增引物。所制备的染色体6q23区段多态性检测液相芯片具有非常好的信号-噪声比，并且所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应。
文档编号C12N15/11GK102226219SQ201110153860
公开日2011年10月26日 申请日期2011年6月9日 优先权日2011年6月9日
发明者覃晓霞, 许嘉森, 郭元杰 申请人:广州益善生物技术有限公司