一种检测强直性脊柱炎易感性的试剂的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，属于生物【技术领域】。一种检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，为序列表SEQ?ID?No.1所示核苷酸序列。本发明的优点是：首次阐明了AGER基因多态性位点与强制性脊柱炎的相关性，提供了一种预测强制性脊柱炎易感性的方法和检测试剂，该方法可用于强制性脊柱炎的辅助诊断和新药研发。
【专利说明】一种检测强直性脊柱炎易感性的试剂
【技术领域】
[0001]本发明涉及一种检测强直性脊柱炎易感性的试剂，更具体的说是通过测定与AS相关基因AGER的多态性预测受试者对于强直性脊柱炎的易感性，该方法可用于疾病的辅助诊断、治疗和新药开发，属于生物【技术领域】。
【背景技术】
[0002]强直性脊柱炎(Ankylosing spondylitis, AS)是一种自身免疫性疾病，多发于16-40岁的青壮年，男女患病比例约为4~10:1。病变常首先发生于骶髂关节，少数重症患者表现为整个脊柱强直。此外，部分患者伴有不同程度的髋关节、眼、肺、心血管、肾等脊柱外病变。AS在白种人群中的发病率约为1%~3%，我国AS患病率约为0.2-0.6%，其中60%以上的患者伴有髋关节受累，致使20%以上AS患者残疾，炎症主要累及关节囊、肌腱和韧带的骨附着点，导致局部关节粘连强直，活动受限。临床上至今尚缺乏可明显缓解和控制疾病发展的药物。AS属多基因疾病，具有明显的遗传倾向，虽然通常认为遗传与免疫因素在AS发病中起主导作用，但确切的病因与发病机制仍不清楚。
[0003]目前进行AS遗传病因研究，多采用SNP作为基因组标志的关联分析方法，是有效的，已得到证明。SNP是指染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的频率需>1%，SNPs是双等位基因标记，这种单碱基变化中有70.1%为同型碱基之间的转换:如G/A或T/C，29.1%为发生在嘌呤和嘧啶之间的颠换。C (胞嘧啶)是人类基因组中最易发生变化的位点，因为大多数是甲基化胞嘧啶，能够自发脱氨基转换为T (胸腺嘧啶)，SNP包含了已知多态性的80-90%，是最常见的遗传变异。
[0004]由于生存的选择压力导致SNP在单一基因和整个基因组中的分布呈不均匀性。SNPs在基因非编码区的数量是编码区的4倍，总数可达3百万个。SNP以其密度高(平均每Ikb就有I个)、代表性强(位于基因内部的SNP可能直接影响蛋白质结构或表达水平)、遗传稳定性好(同微卫星多态性比较而言)、易于自动化分析(因SNP在人群中多为双等位基因标记，可简单以“+ / 一或1/0”直接分型)等特点成为很好的遗传标志。
[0005]1973年，Brewerton等首先发现了与AS强相关的人类白细胞抗原_B27(HLA_B27 )。随着研究的进展，与AS相关的其他易感基因如肿瘤坏死因子-α (TNF-α )、白介素-1(IL-1)陆续被识别。
[0006]晚期糖化终产物受体(advancedglycosylation end product-specificreceptor,AGER)基因位于6q21.3，全长28933870bp，含有11个外显子，其编码产物是一种细胞膜表面受体，该基因定位于人类白细胞抗原III区域，与免疫反应及自身性免疫疾病发生发展等密切相关。
[0007]目前尚无任何关于AGER基因与AS相关联的研究结果。
【发明内容】
[0008]本发明的主要目的是提供一种强直性脊柱炎易感性基因的方法。[0009]本发明的第二个目的是提供一种检测强直性脊柱炎易感性基因的试剂，包括PCR引物和含有该引物的试剂盒。
[0010]为实现上述目的，本发明采用以下技术方案:
[0011]一种检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，为序列表SEQ ID N0.1所示核苷酸序列。该核酸序列为AGER基因的第8内含子区部分片段，其+206位即是变异位点，以字母“R”标示出，该位点位于AGER基因+879位，即Chr6: g.32149745G>A。图1为AGER基因结构及其多态性变异位点的示意图，包含有11个外显子，Chr6:g.32149745G>A位点标在AGER基因图中第8内含子区的相应位置。
[0012]所述单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的基因型为GG时，受试者的易感性最低；携带A等位基因，受试者的易感性升高。
[0013]一组检测强直性脊柱炎易感性的引物，能扩增得到所述的检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列。
[0014]所述引物的核苷酸序列分别为序列表SEQ ID N0.2和序列表SEQ ID N0.3所示。
[0015]一种强直性脊柱炎易感性基因的检测方法，包括如下步骤:
[0016](1)抽提样品的基因组DNA，扩增AGER基因的第8内含子区包括单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的部分片段；
[0017](2)检测步骤(1)产物中单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的基因型，基因型为GG时，受试者的易感性最低；携带A等位基因，受试者的易感性升高。
[0018]所述步骤(1)中的核苷酸片段为序列表SEQ ID N0.1所示的核苷酸序列，单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A位于该核苷酸序列的+206位。
[0019]所述扩增AGER基因的第8内含子区包括单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的部分片段，使用的一组引物的核苷酸序列分别为序列表SEQ IDN0.2 和 SEQ ID N0.3 所示。
[0020]本发明提供了一种检测强直性脊柱炎易感基因的试剂盒，其中含有本发明特异性扩增AGER基因的第8内含子区包括单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的引物对和用于PCR扩增检测的试剂盒的常规组件、试剂、缓冲液等，本领域技术人员熟知这些常规组件和检测方法。本发明试剂盒中的全部组分、含量、来源和使用方法如下:
[0021]一种预测强直性脊柱炎的试剂盒，供10人份检测应用，由以下试剂组成:
[0022]30 μ LlO X PCR 缓冲液(购自 Pharmacia)；
[0023]5 μ LlOmM dNTP 混合液(购自 Pharmacia)；
[0024]5 μ L Taq DNA 聚合酶(2unit/ μ L)(购自 Takara)；
[0025]2.5μ L Fl引物，为SEQ ID N0.2所示的核苷酸序列，浓度为IOpmol/μ L ；
[0026]2.5μ L Rl引物，为SEQ ID N0.3所示的核苷酸序列，浓度为IOpmol/μ L ；
[0027]235 μ L 纯水。
[0028]使用方法:
[0029](1)PCR扩增:通过PCR扩增AGER基因的第8内含子区部分片段，制备混合液:10XPCR 反应缓冲液 3μ L，10mM/L dNTP0.5 μ L，TaqDNA 聚合酶 0.5 μ L，10pM/L Fl 引物0.5 μ L, 10pM/L Rl引物0.5 μ L，基因组DNA2 μ L，加纯水至30 μ L。PCR反应条件为95°C预变性5min，95°C变性30s，65。。退火30s，72。。延伸25s，总共35个循环，72°C总延伸2min。PCR前于每一体系中加入20 μ L的石蜡油，以防止液体挥发。
[0030](2)基因型判定:将PCR产物直接测序，根据荧光信号的差异判定基因型。
[0031]AGER基因第8内含子区单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A在制备诊断或治疗强直性脊柱炎的试剂或药物中的用途。
[0032]本发明的测定方法测定了来源于人的基因组DNA，样品来源无限制，如:体液(血液、腹水及尿液等)、组织细胞(如肝组织)等。通过提取和纯化这些样品可制备基因组DNA。调整基因组DNA的浓度，使其尽可能的一致。以基因组DNA为模板，可扩增出含AGER基因突变位点的核酸片段，以获取测定的大量样本。这种通过扩增含AGER基因变异点的DNA片段获得的样品，特别适于用作测定材料。
[0033]在进行基因辅助诊断时，本发明优先适用于测定根据AGER基因突变类型(例如第8内含子区单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A突变)存在的辅助诊断试剂，辅助诊断试剂包括作为必要成分的特定试剂，其对应于用于测定rs4714476基因突变类型的方法。按采用的测定方法来选择适当的特定试剂，如DNA片段和/或用于PCR扩增步骤的引物。
[0034]本发明的优点是:本发明首次阐明了 AGER基因多态性位点与强制性脊柱炎的相关性，提供了一种预测强制性脊柱炎易感性的方法和检测试剂，该方法可用于强制性脊柱炎的辅助诊断和新药研发。
[0035]下面结合附图和【具体实施方式】对本发明作进一步叙述，以便公众对
【发明内容】
有更深入的了解，并非对本发明的限制，凡依照本发明公开内容所做的任何本领域的等同替换，均属于本发明的保护范围。
【专利附图】
【附图说明】
[0036]图1为AGER基因结构及其多态`性变异位点的示意图
[0037]图2为AGER基因变异位点的测序图
【具体实施方式】
[0038]用于下列实施例中表示试剂的英文缩写如下:
[0039]10XPCR 缓冲液:10mM Tris-HCI (pH=8.3), 500mM 氯化钾(KCl)，IOmM 氯化镁(MgCl2)70.01%(W/V)白明胶
[0040]dNTP:脱氧核苷三磷酸
[0041]EDTA:乙二胺四乙酸二钠
[0042]TE: IOmM Tris-HCl (pH=7.5)，ImM EDTA (pH=8.0)
[0043]实施例1:血液样本收集和基因组DNA的提取:
[0044]—.病例入选:
[0045]按纽约1984年的修订诊断标准入选病例,共选取来自吉林地区无血缘关系的AS患者72例(年龄:14-44岁，平均24岁)，同地区的健康对照志愿者111例(年龄:39-72岁，平均46岁)。所有受检者均为汉族且签署书面知情同意书，这项研究得到卫生部北京医院，卫生部老年医学研究所伦理审核委员会的认可，符合《世界医学协会赫尔辛基宣言》:人体医学研究的伦理原则。[0046]二.根据下列方法，制备人基因组DNA。
[0047]1.在已标号的1.5mLEP管中加1000 μ L红细胞裂解液，后加入400 μ LEDTA抗凝血(抗凝血加入前颠倒混匀3-5次)，颠倒混匀，室温静置10分钟；
[0048]2.13000rpm离心30秒后，除去上清液；
[0049]3.在所得沉淀中加480 μ L核酸裂解液，弹击管壁，充分混匀后加入20 μ L蛋白酶K (用裂核液稀释20倍稀释蛋白酶K)，颠倒混匀，65°C孵箱10分钟，(期间不时上下混匀，确保无凝块);
[0050]4.拿出后降至室温，加300μ L蛋白沉淀液，充分颠倒混匀，静置10分钟，13000rpm离心2分钟；
[0051]5.将上清液移至新EP管中，加入670 μ L预冷的异丙醇，充分颠倒混匀(10次以上)，可见线状DNA逐渐形成小团块，13000rpm离心2分钟；
[0052]6.弃上清液并确保沉淀留在EP管中，加入670 μ L70%乙醇，上下颠倒混匀，13000rpm离心2分钟；
[0053]7.弃上清，使管内乙醇挥发干净；
[0054]8.加入TE溶液(400 μ L)，充分溶解，对提取的基因组DNA进行浓度和纯度的分析，吸取部分DNA溶液作 为工作液，浓度校正至20ng/ μ L，置于4°C备用，剩余基因组DNA置_20°C冰箱保存。
[0055]实施例2SNP的识别鉴定
[0056]本发明采用PCR-测序分析法对AGER基因的第8内含子区的+879位点，SPChr6:g.32149745G>A (其等位基因为G/A)的基因型进行检测。
[0057]一.PCR-HRM弓丨物的确定
[0058]从Genebank中查取 Chr6:g.32149745G>A 附近的 DNA碱基序列(SEQ ID N0.l)，引物设计在01igo7.0软件下完成。目的片段定位在AGER基因第8内含子区，全长342bp，确定了正义链Fl (+34bp-+295bp)与反义链Rl (+15bp-+309bp)，特异性引物序列如下:
[0059]Fl:5’ -CAATCTATGCCTCCTGGGTTCAAG-3’ (SEQ ID N0.2)
[0060]Rl:5，-GCCAAGAGAGCAGCCAAGCCT-3，(SEQ ID N0.3)
[0061 ] 二.PCR反应体系及反应条件
[0062]通过PCR扩增AGER基因第8内含子区部分片段，PCR反应体系为:10XPCR反应缓冲液 3 μ L，10mM/LdNTP0.5 μ L, TaqDNA 聚合酶 0.5 μ L, 10pM/L 上游引物 0.5 μ L, 10pM/L 下游引物0.5 μ L，基因组DNAl μ L，加去离子水至30 μ L。PCR时于每一体系中加入20 μ L石蜡油，防止液体挥发。PCR反应条件为95°C预变性5min，95°C变性30s，65°C退火30s，72°C延伸25s，总共35个循环，72°C总延伸2min。
[0063]三.测序判定基因型
[0064]PCR产物经8%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，凝胶成像系统观察合格后送华大基因测序部进行测序验证。图2为AGER基因变异位点的测序图。
[0065]实施例3基因SNP与强制性脊柱炎(AS)的相关性
[0066]—.统计方法:
[0067]运用Hardy-Weinberg平衡检验研究样本的群体代表性。利用SPSS11.0软件中Pearson卡方检验计算AGER基因Chr6:g.32149745G>A位点的等位基因、基因型在AS病例组与正常对照组间的分布频率，AS的患病风险OR值及其95%CI可信区间，以P〈0.05为差异显著性标准。
[0068]二.结果:
[0069]位于染色体6p21.3区域的AGER基因上Chr6:g.32149745G>A位点的基因型和等位基因频率在病例与对照组间的分布详见表1。
[0070]表1:AGER(Chr6:g.32149745G>A)位点的基因型和等位基因频率在病例对照组间的分布
【权利要求】
1.一种检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，其特征在于:为序列表SEQ ID N0.1所示核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，其特征在于:所述核苷酸序列为AGER基因第8内含子区包含单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的核苷酸片段。
3.根据权利要求2所述的检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，其特征在于:所述单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的基因型为GG时，受试者的易感性最低；携带A等位基因，受试者的易感性升高。
4.一组检测强直性脊柱炎易感性的引物，其特征在于:能扩增得到权利要求1所述的检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列。
5.根据权利要求4所述的一组检测强直性脊柱炎易感性的引物，其特征在于:所述引物的核苷酸序列分别为序列表SEQ ID N0.2和序列表SEQ ID N0.3所示。
6.一种强直性脊柱炎易感性基因的检测方法，其特征在于:包括如下步骤: (1)抽提样品的基因组DNA，扩增AGER基因的第8内含子区包括单核苷酸多态性位点Chr6: g.32149745G>A 的部分片段； (2)检测步骤(1)产物中单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的基因型，基因型为GG时，受 试者的易感性最低；携带A等位基因，受试者的易感性升高。
7.根据权利要求6所述的强直性脊柱炎易感性基因的检测方法，其特征在于:所述步骤(1)中的核苷酸片段为序列表SEQ ID N0.1所示的核苷酸序列，单核苷酸多态性位点Chr6: g.32149745G>A位于该核苷酸序列的+206位。
8.根据权利要求6所述的强直性脊柱炎易感性基因的检测方法，其特征在于:所述扩增AGER基因的第8内含子区包括单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A的部分片段，使用的一组引物的核苷酸序列分别为序列表SEQ ID N0.2和SEQ ID N0.3所示。
9.一种检测强直性脊柱炎易感基因的试剂盒，其特征在于由以下试剂组成:
30 μ LlO X PCR 缓冲液； 5 μ LlOmM dNTP 混合液；
5 μ L Taq DNA 聚合酶，2unit/ μ L ； 2.5μ L Fl引物，为SEQ ID N0.2所示的核苷酸序列，浓度为IOpmol/μ L ； 2.5μ L Rl引物，为SEQ ID N0.3所示的核苷酸序列，浓度为IOpmol/μ L ； 235 μ L纯水。
10.AGER基因第8内含子区单核苷酸多态性位点Chr6:g.32149745G>A在制备诊断或治疗强直性脊柱炎的试剂或药物中的用途。
【文档编号】C12N15/11GK103882110SQ201310712770
【公开日】2014年6月25日 申请日期:2013年12月20日 优先权日:2013年12月20日
【发明者】杨泽, 朱小泉, 杨帆, 孙亮, 史晓红, 唐雷, 原慧萍, 张玉荣, 赵承孝, 赵帆, 王娜娜, 惠娟, 张政 申请人:卫生部北京医院