一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法与流程

本发明涉及肿瘤基因检测技术领域，特别涉及一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法。

背景技术：

肿瘤精准诊断飞速发展，目前已进入分子病理时代。鉴于ngs技术具有高通量、高灵敏性、多基因平行检测等优点，该技术已被广泛应用于肿瘤基因检测，但基于该技术的肿瘤基因检测报告内容通常较长，少则几十页多则上百页。目前常见的出报告方式主要有三种：根据分析结果手动粘贴出具报告、根据分析结果自动化生成pdf版报告、根据分析结果自动化生成html报告。

而上述三种常见的出报告方式在应用过程中往往存在以下缺陷:1.手动出报告需要首先根据癌种类型选择不同的报告模板，然后将患者基本信息、分析结果手动粘贴至相应位置，用药指导及解析需要根据现有数据库的搜索结果进行手动填写。整个过程需要关注的细节非常繁多，既要保证所选模板正确，又要保证分析结果粘贴无误，此外变异信息和用药指导、临床提示等也要一一对应。整个出报告过程效率低下且容易引入人为错误；2.与手动出报告相比，根据分析结果自动化生成pdf报告可以省去很多人工粘贴及人工搜索时间，但也存在相应的弊端。因为一份完整的肿瘤基因检测报告，除了包含相对固定的分析结果外，还包括人工个性化解读部分，如果想把个性化解读部分加入报告，就需要对自动化产生的报告进行微调，而pdf版却不易编辑，限制了报告微调；3.html版报告是另一种自动化报告展示方式，同样存在不易编辑的问题，每次微调报告需要对代码进行修改。且html形式的报告对浏览器的依赖度较高，不同浏览器可能不能很好地兼容，会导致报告显示异常。此外，html报告并不太符合临床医生的使用习惯，他们更习惯于pdf版报告。

技术实现要素：

本发明的主要目的在于提供一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法，可以有效解决背景技术中的问题。

为实现上述目的，本发明采取的技术方案为：

一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法，包括执行命令，所述执行命令用于对复杂信息进行处理，且复杂信息处理过程包括报告模板加载、数据库加载、患者信息加载和分析结果加载，所述执行命令内容为：python3auto_get_report.py-mtemplate.docx-dmutationdatabase.xls-tdrug_target.xls-idrug_ing.xls-ssamplesheet.xls-presultspathway，报告生成包括以下步骤：

步骤一、输入参数：auto_get_report.py输入参数，整个自动化分析系统的主程序自动调用该程序，并自动传入该程序所需参数；

步骤二、读取患者信息：程序读取患者信息表，获取样本名称、患者姓名、性别、年龄、样本类型、检测项目、癌种类型、收样日期、送检单位等信息；

步骤三、选择报告模板：程序根据步骤二患者信息表中每个患者的癌种类型及检测项目选择性载入对应的报告模板；

步骤四、读取突变数据库：程序读取突变数据库，并对突变数据库进行解析，构建字典，记录不同癌种中不同基因不同变异的用药信息及临床提示等信息；

步骤五、读取靶向药物数据库：程序读取靶向药物数据库，构建字典，记录每种药物对应的作用靶点及已获fda批准的适应症等信息；

步骤六、读取在研药物数据库：程序读取在研药物数据库，构建字典，记录每种药物的作用靶点及相应的简介信息；

步骤七、读取结果文件：程序读取结果文件所在路径，根据癌种类型及panel类型读取路径下的相应结果文件；

步骤八、输出报告：程序根据输入文件进行复杂处理，自动生成含有患者姓名的肿瘤基因检测报告。

优选的，所述报告模板加载为根据不同癌种和不同panel加载不同的报告模板，且该模板已设置好页眉、页脚、水印、公司logo、图表色彩、签名、报告公章、附录和参考文献等初始信息。

优选的，所述数据库加载包括突变数据库加载、在研药物数据库加载和靶向药物数据库加载。

优选的，所述患者信息加载包括患者姓名、性别、年龄、送检编号、样本名称、样本类型、临床信息、送检单位、检测项目和检测方法信息。

优选的，所述分析结果加载包括体细胞突变分析结果文件、胚系突变结果文件、化疗相关结果文件、放疗相关结果文件、微卫星不稳定结果文件、阵痛相关结果文件、热点突变结果文件和1p/19q结果文件。

优选的，所述步骤四中突变数据库包括基因名称、蛋白质变异信息、hgvs注释信息、具体突变信息、靶向药物、靶向药物、在研药物、临床提示和癌种信息。

优选的，所述步骤六中在研药物数据库包含药物名称、药物靶点和药物简介信息。

优选的，所述步骤五中靶向药物数据库包括药物英文名称、药物中文名称、药物靶点和已获fda批准的适应症信息。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

1、本发明中，通过一条执行命令，即可根据癌种信息和panel信息出具不同类型的报告，操作使用简单。

2、本发明中，通过执行一条命令，大约几十秒种，然后自动化出报告，与传统的手工出一份报告需要几十分钟至几个小时的时间相比，大大提高了报告生成效率，该报告生成方法可在短时间内批量生成word版报告，省去了大量的人力物力成本。

3、本发明中，生成的自动化报告为word版，可随时进行编辑和微调，解决了pdf版不易编辑和微调的问题。

4.本发明中，由于事先制定了报告模板，所以出具的报告风格一致，可以很好地避免人为原因导致的漏填、错填、签名或公章大小及位置不一致等情况，实现了肿瘤检测报告的高度统一。

5.本发明中，程序自动识别癌种信息和panel信息，根据不同癌种、不同panel出具不同类型的检测报告，一步到位，不经过转换，直接生成想要的word版报告。

附图说明

图1为本发明一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法的流程图。

具体实施方式

为使本发明实现的技术手段、创作特征、达成目的与功效易于明白了解，下面结合具体实施方式，进一步阐述本发明。

在本发明的描述中，需要说明的是，术语“上”、“下”、“内”、“外”“前端”、“后端”、“两端”、“一端”、“另一端”等指示的方位或位置关系为基于附图所示的方位或位置关系，仅是为了便于描述本发明和简化描述，而不是指示或暗示所指的装置或元件必须具有特定的方位、以特定的方位构造和操作，因此不能理解为对本发明的限制。此外，术语“第一”、“第二”仅用于描述目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性。

在本发明的描述中，需要说明的是，除非另有明确的规定和限定，术语“安装”、“设置有”、“连接”等，应做广义理解，例如“连接”，可以是固定连接，也可以是可拆卸连接，或一体地连接；可以是机械连接，也可以是电连接；可以是直接相连，也可以通过中间媒介间接相连，可以是两个元件内部的连通。对于本领域的普通技术人员而言，可以具体情况理解上述术语在本发明中的具体含义。

如图1所示，一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法，包括执行命令，执行命令用于对复杂信息进行处理，且复杂信息处理过程包括报告模板加载、数据库加载、患者信息加载和分析结果加载，执行命令内容为：python3auto_get_report.py-mtemplate.docx-dmutationdatabase.xls-tdrug_target.xls-idrug_ing.xls-ssamplesheet.xls-presultspathway，报告生成包括以下步骤：

步骤一、输入参数：auto_get_report.py输入参数，整个自动化分析系统的主程序自动调用该程序，并自动传入该程序所需参数；

步骤二、读取患者信息：程序读取患者信息表，获取样本名称、患者姓名、性别、年龄、样本类型、检测项目、癌种类型、收样日期、送检单位等信息；

步骤三、选择报告模板：程序根据步骤二患者信息表中每个患者的癌种类型及检测项目选择性载入对应的报告模板；

步骤四、读取突变数据库：程序读取突变数据库，并对突变数据库进行解析，构建字典，记录不同癌种中不同基因不同变异的用药信息及临床提示等信息；

步骤五、读取靶向药物数据库：程序读取靶向药物数据库，构建字典，记录每种药物对应的作用靶点及已获fda批准的适应症等信息；

步骤六、读取在研药物数据库：程序读取在研药物数据库，构建字典，记录每种药物的作用靶点及相应的简介信息；

步骤七、读取结果文件：程序读取结果文件所在路径，根据癌种类型及panel类型读取路径下的相应结果文件；

步骤八、输出报告：程序根据输入文件进行复杂处理，自动生成含有患者姓名的肿瘤基因检测报告；为了实现对不同模板的选择载入，报告模板加载为根据不同癌种和不同panel加载不同的报告模板，且该模板已设置好页眉、页脚、水印、公司logo、图表色彩、签名、报告公章、附录和参考文献等初始信息；为了对检测生成的报告提供依据，数据库加载包括突变数据库加载、在研药物数据库加载和靶向药物数据库加载；患者信息加载包括患者姓名、性别、年龄、送检编号、样本名称、样本类型、临床信息、送检单位、检测项目和检测方法信息，可自动实现对患者信息的记录；为了对报告结果进行呈现，分析结果加载包括体细胞突变分析结果文件、胚系突变结果文件、化疗相关结果文件、放疗相关结果文件、微卫星不稳定结果文件、阵痛相关结果文件、热点突变结果文件和1p/19q结果文件；步骤四中突变数据库包括基因名称、蛋白质变异信息、hgvs注释信息、具体突变信息、靶向药物、靶向药物、在研药物、临床提示和癌种信息；步骤六中在研药物数据库包含药物名称、药物靶点和药物简介信息；步骤五中靶向药物数据库包括药物英文名称、药物中文名称、药物靶点和已获fda批准的适应症信息。

需要说明的是，本发明为一种肿瘤基因检测自动化报告生成方法，首先auto_get_report.py输入参数，整个自动化分析系统的主程序自动调用该程序，并自动传入该程序所需参数；然后程序读取患者信息表，获取样本名称、患者姓名、性别、年龄、样本类型、检测项目、癌种类型、收样日期、送检单位等信息；程序根据读取的患者信息表中每个患者的癌种类型及检测项目选择性载入对应的报告模板；程序读取突变数据库，并对突变数据库进行解析，构建字典，记录不同癌种中不同基因不同变异的用药信息及临床提示等信息；程序读取靶向药物数据库，构建字典，记录每种药物对应的作用靶点及已获fda批准的适应症等信息；程序读取在研药物数据库，构建字典，记录每种药物的作用靶点及相应的简介信息；程序读取结果文件所在路径，根据癌种类型及panel类型读取路径下的相应结果文件；程序根据输入文件进行复杂处理，自动生成含有患者姓名的肿瘤基因检测报告，从而获取完整的word版检测报告，该报告生成方法既可以实现自动化生成基因检测报告，又可以对报告进行微调，还可以在样本量大的情况下进行批量生产，智能、高效且灵活。

以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下，本发明还会有各种变化和改进，这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内。本发明要求保护范围由所附的权利要求书及其等效物界定。