一种基因调控网络的降维建模方法及系统

文档序号:37544234发布日期:2024-04-08 13:46阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种基因调控网络的降维建模方法,其特征在于,所述方法包含以下步骤:

2.根据权利要求1所述的一种基因调控网络的降维建模方法,其特征在于,所述方法的具体实现过程为:

3.如权利要求1或2所述的一种基因调控网络的降维建模方法,其特征在于,步骤s1所述的数据融合方法包含如下步骤:

4.根据权利要求1所述的一种基因调控网络的降维建模方法,其特征在于,常数b用于表示偏置量,是构建的网络需要学习的参数。

5.根据权利要求1或2所述的一种基因调控网络的降维建模方法,其特征在于,所述特征提取网络为:采用resnet网络进行特征提取,resnet网络为resnet50网络。

6.根据权利要求5所述的一种基因调控网络的降维建模方法,其特征在于,进行聚类采用的网络为daegc、sdcn或agc或三者的融合;通过特征提取网络提取基因组测序数据,得到特征向量;将上下游基因先验知识通过编码网络进行编码;将得到的基因组测序特征向量与先验知识编码进行数据融合,该数据融合方法将先验知识融合进基因组测序特征以提升基因关联信息、聚类精度。

7.一种基因调控网络的降维建模系统,其特征在于:该系统具有与上述权利要求1-6任一项权利要求的步骤对应的程序模块,运行时执行上述的一种基因调控网络的降维建模方法中的步骤。

8.一种计算机可读存储介质,其特征在于:所述计算机可读存储介质存储有计算机程序,所述计算机程序配置为由处理器调用时实现权利要求1-6中任一项所述的一种基因调控网络的降维建模方法的步骤。

9.一种权利要求1所述的一种基因调控网络的降维建模方法的应用,其特征在于,将所述的基因调控网络的降维建模方法用于大基因组建模。

10.根据权利要求9所述的一种基因调控网络的降维建模方法的应用,其特征在于,大型基因组(genome size)通常指基因组大小超过5gb,多集中在裸子植物、两栖动物、爬行动物类;具有超高的重复序列,还兼具大量的杂合区域。


技术总结
一种基因调控网络的降维建模方法及系统,属于基因调控网络构建技术、涉及数字医疗及人工智能等领域。本发明为了有效解决建模过程中精度与计算量之间的矛盾,在保证建模精度的条件下实现计算量的指数级降低而提出的。技术要点:首先将基因组测序数据与基因上下游先验知识进行数据融合,用于提升基因聚类的精准性,利用聚类网络对基因进行聚类,通过基因序列与先验知识对基因组进行预划分,将各基因划分到不同的小样本分支分别进行基因调控网络建模,以降低每次建模所需的计算量。然后构建各小样本分支的基因调控网络微分方程模型,最后对各分支调控网络进行整合,汇总成为该基因组基因调控网络。本发明适用于大基因组建模过程。

技术研发人员:谢怡宁,杨国军,王孝东,冷欣
受保护的技术使用者:东北林业大学
技术研发日:
技术公布日:2024/4/7
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