一种DNA芯片及其在玉米品种鉴定和育种中的应用的制作方法

本发明涉及一种DNA芯片及其在玉米品种鉴定和育种中的应用。
背景技术：
：近十年来，随着测序技术的发展和成本的降低，DNA芯片在植物育种中得到了广泛应用。作为重要的粮食和饲料作物，玉米具有丰富的遗传多样性，其单核苷酸位点遍及整个染色体组，非常适合用作芯片开发。当前，虽然已经有多款玉米芯片问世，但是这些芯片都存在着一些不足，从而限制了其在分子育种中的应用。这些不足主要体现在：(1)基因组覆盖率低、芯片位点分布不均衡；(2)芯片设计偏向于温带玉米，不适合热带玉米群体；(3)优良的稀有等位基因被淘汰；(4)以玉米自交系B73为参考基因组，造成玉米基因组多样性信息缺失。技术实现要素：本发明的目的是提供一种DNA芯片及其在玉米品种鉴定和育种中的应用。本发明提供了一种固定有特异探针的DNA芯片；所述特异探针为用于检测1000个SNP的探针；所述1000个SNP位点如表5的第一列、第二列和第三列所示。所述特异探针由如下1000条探针组成：序列表的序列1所示的单链DNA分子至序列表的序列1000所示的单链DNA分子。所述DNA芯片为AXIOM基因芯片。本发明还保护所述DNA芯片的应用，为如下(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)或(h)：(a)进行玉米种质资源鉴定；(b)进行玉米亲缘分析；(c)进行玉米聚类分析；(d)鉴别或鉴定玉米品种；(e)玉米分子育种；(f)构建玉米DNA指纹数据库；(g)检测玉米品种真实性；(h)玉米种质资源遗传分析(如类群划分、遗传结构分析或遗传多样性分析)。本发明还保护一种构建玉米DNA指纹数据库的方法(简称方法甲)，包括如下步骤：(g1)分别提取用于构建玉米DNA指纹数据库的所有玉米品种的基因组DNA；(g2)利用以上任一所述的DNA芯片对每个所述玉米品种的基因组DNA进行所述1000个SNP位点的检测，从而获得所有所述玉米品种在所述1000个SNP位点上的基因型数据，即构成玉米DNA指纹数据库。本发明还保护一种用于构建玉米DNA指纹数据库的试剂盒，含有以上任一所述的DNA芯片及记载有方法甲的说明书。本发明还保护一种对玉米种质资源进行类群划分的方法(简称方法乙)，包括如下步骤：(p1)分别提取待进行类群划分的所有玉米品种的基因组DNA；(p2)利用以上任一所述的DNA芯片对所有所述玉米品种的基因组DNA分别进行所述1000个SNP位点的检测，从而获得所有所述玉米品种在所述1000个SNP位点上的基因型数据；(p3)根据步骤(p2)所得的基因型数据，进行聚类分析，从而将所有所述玉米品种划分为不同类群。本发明还保护一种用于对玉米种质资源进行类群划分的试剂盒，含有以上任一所述的DNA芯片及记载有方法乙的说明书。针对当前多款玉米芯片中存在的问题，本发明提供的DNA芯片包含了热带玉米所特有的位点，具有更高的基因组覆盖率，更低的位点缺失率和杂合率。此外，一些与玉米重要农艺性状和划分玉米杂种优势群相关位点的加入，使得这款芯片非常适合应用于种质资源指纹图谱分析、杂种优势群划分以及分子育种中的分子标记辅助选择。附图说明图1为温热带玉米群体中SNP位点差异分析；(A)Maize50K中温热带玉米最小等位基因频率分布；(B)玉米55k芯片中温热带玉米最小等位基因频率分布；(C)温热带玉米的标记多态性信息；(D)温热带玉米群体中SNP的频率差异图2为593份玉米自交系的群体结构(K＝2to8)图3为593份玉米自交系的亲缘关系图图4为1000个SNP位点的平均差异位点率。图5为八个玉米自交系的1000个SNP位点的基因型的检测结果进行聚类分析后的结果。图6为593份玉米自交系1000个SNP位点的基因型的检测结果进行聚类分析后的结果。具体实施方式以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。实施例3中，采用affymetrix公司的“ReagentKit”并按说明书进行操作，通过步骤一制备的特异DNA芯片(AXIOM基因芯片)检测待测样本的基因组DNA，得到待测样本基于各个SNP位点的基因型。实施例1、55k芯片的发现过程、应用方法和应用效果一、55k芯片中所有SNP位点的产生过程(1)筛选欧洲600KMaizeGenotypingArray中的所有位点，得到均匀分布在整个基因组的30133个SNP位点。(2)通过计算得到MaizeSNP50BeadChip中缺失率小于5％的10768个位点，其中包含在温热带玉米群体中均具有较高多态性的4049个SNP位点。(3)选取玉米368份自交系转录组测序数据中的9395个SNP位点。(4)加入451个与玉米重要农艺性状相关位点。(5)来自于非B73参考基因组的4067个位点。(6)734具有自主知识产权的用于划分玉米杂种优势群的特异位点。(7)132个与转基因事件相关位点。经过运算，这些位点的假阳性率均小于5％；同时根据LD值，去除了同一单倍体型中相邻的SNP，以避免相邻位点所造成的冗余。二、55k芯片用于玉米分子育种芯片的优点(1)拥有自主知识产权的1000个杂种优势群特异性标记，使其可以用于种质资源指纹图谱分析、杂种优势群的划分和特定杂种优势群自交系的选择。(2)本芯片保留了部分稀有等位基因，使芯片特别适合于玉米种质资源的精细比较和知识产权保护。(3)热带玉米特有SNP标记的加入，填补了现有玉米参考基因组的空缺，提供了玉米基因组多样性的无偏覆盖，使芯片适合于温热带玉米群体的全基因组关联分析和精细定位。(4)标记包含了影响玉米重要农艺性状的候选基因，使其非常适用于分子标记辅助的回交育种、基因累加、轮回选择和全基因组选择。(5)借助于昂飞平台芯片搁置寿命长，标记更换灵活的特点，本芯片保留了1-3k标记位点，为用户提供个性化服务，实现位点信息用户特有。个性化标记包括用于区分重要遗传和育种材料的特有标记，重要基因标记以及其他与专利技术和知识产权有关的标记。三、55k芯片的应用1、将从温带，热带和亚热带搜集到的具有广泛代表性的593份玉米自交系在实验室条件下发苗，并使用DNA提取试剂盒和CTAB法提取玉米基因组DNA，每个样品使用200ng基因组DNA进行测序。其中自交系H201,吉046,Ji495,K14和B73分别进行两次生物学重复。2、样品在博奥生物公司进行测序，所有的样品分布于三个384孔盘中，而三个盘的测序结果都通过了质检。样品通过率依次为96％,100％和99％。对探针质量进行检测时发现，使用自交系校正后，测序结果中PolyHighResolution(PHR)上升了15％(表1)。3、自交系H201,吉046,Ji495,K14和B73的两次生物学重复之间具有较高的一致性。对分别使用试剂盒和CTAB法提取DNA的样品进行T检验，发现这两种方法所得到的测序结果间不存在显著差异(表2)，这说明55k芯片对待测样品的DNA质量要求并不苛刻。经过计算，593份材料的平均位点缺失率为1.83％，平均位点杂合率为0.84％，缺失率和杂合率较低。4、对SNP位点进行注释发现(表3)，在所有55229个位点中，有22278个位点位于基因的外显子区域，19425个位点位于基因的内含子区域，SNP位点的基因区域覆盖率较高。5、分别计算温带和热带玉米自交系的标记多态性，最小等位基因频率和SNP位点频率(图1)，结果显示55k芯片设计的SNP位点在温热带群体中没有偏向性，适合对温热带玉米群体进行相关遗传研究。6、应用FASTSTRUCTURE对593份玉米自交系的群体结构和亲缘关系进行分析，结果发现，593份自交系可以明确分为8个杂种优势群，即旅大红骨(LRC)，塘四平头(SPT)，PB，PA，瑞德(Reid)，爱华马齿(Iodent)和兰卡斯特(Lancaster)群(图2和图3)。该分群结果与这些自交系的系谱以及前人的相关研究高度一致。我们从每个杂种优势群中各挑选6-10份典型自交系，计算不同杂种优势群之间的遗传距离(表4)，结果显示，相比于其他玉米芯片，55k芯片能够检测到更显著的群体间遗传差异。7、与目前广泛使用的MaizeSNP50BeadChip相比，55k芯片具有更低的位点缺失率和杂合率。同时55K芯片中包含更多的具有较小等位基因频率的热带玉米SNP位点。表1玉米55k芯片使用自交系矫正前后各类探针数目和百分比表2CTAB法和DNA提取试剂盒缺失位点数的t-测验表3玉米55k芯片中SNP位点的功能预测和注释效应类型位点总数％无220.01％3’端非编码区10,5296.41％5’端非编码区3,6672.23％基因下游位点43,56026.52％基因间区域23,31714.20％内含子位点19,42511.83％外显子位点22,27813.57％剪接受体位点1,0350.63％剪接供体位点8230.50％剪接位点4,2542.59％基因上游位点35,31921.51％表4不同杂种优势群间的遗传距离杂种优势群塘四平头旅大红骨兰卡斯特瑞德PBPA爱华马齿热带塘四平头0.219旅大红骨0.3690.253兰卡斯特0.3880.3680.193瑞德0.4030.3800.3910.238PB0.3810.3730.3700.3760.199PA0.3800.3640.3600.3330.3450.242爱华马齿0.3990.3810.3860.3680.3820.3750.181热带0.3680.3740.3960.3960.3570.3730.3870.314实施例2、1000个SNP位点的开发在进行玉米指纹图谱鉴定和种质资源评价时，综合考虑成本和位点所能提供的信息量，1-3kSNP位点最为适宜。本发明的发明人根据593份玉米自交系的测序结果，进一步挑选了整整1000个SNP用于简化指纹图谱鉴定和种质资源评价。为了尽可能地挑选在基因组均匀分布且多态性较好的标记，首先根据55229个SNP位点的测序结果，将其分为1000种类型。然后，根据玉米自交系B73的测序结果，将整个玉米基因组分为2000个遗传区域。接着基于“遗传算法”，随机挑选一组位点(根据1000种测序类型均匀挑选)，通过对随机挑选的位点进行不断替换，寻找能够包含更多遗传区域的最优位点组合。最终挑选到的一个包含1000个SNP的组合能够覆盖90％的遗传区域。利用593份玉米自交系的测序结果来检验1000个SNP位点与55229个位点在区分玉米材料遗传差异方面的效率，结果显示，相较于55229个位点(36％)，挑选出的1000个SNP具有更高的平均差异位点率(45％)，见图4。实施例3、用于检测1000个SNP位点的芯片的制作和应用一、芯片的制备1000个SNP位点的信息见表5。表5注：探针均为单链DNA分子。将序列1至序列1000所述的探针以阵列的方式分别固化在同一基片上，得到特异DNA芯片(AXIOM基因芯片)。二、芯片的应用待测样本分别为：593份玉米自交系(其中八个玉米自交系为：玉米自交系H201、玉米自交系吉046、玉米自交系Ji495、玉米自交系K14、玉米自交系B73、玉米自交系CML202、玉米自交系CML338和玉米自交系CML127)。玉米自交系H201、玉米自交系吉046、玉米自交系Ji495、玉米自交系K14、玉米自交系B73，均为本领域技术人员公知的温带玉米。玉米自交系CML202、玉米自交系CML338、玉米自交系CML127，均为本领域技术人员公知的热带玉米。提及“玉米自交系吉046”的文献：刘文国、王绍萍、赵万庆、马英杰、周旭东等，高产、多抗玉米杂交种吉单88的选育，农业科技通讯，2008(4)。提及“玉米自交系H201”、“玉米自交系Ji495”、“玉米自交系K14”和“玉米自交系B73”的文献：ChuanxiaoXie,ShihuangZhang_,MinshunLi,XinhaiLi,ZhuanfangHao,LiBai,DeguiZhang,YehongLiang；InferringGenomeAncestryandEstimatingMolecularRelatednessAmong187ChineseMaizeInbredLines；JournalofGeneticsandGenomics；August2007,34(8):738_748。提及“玉米自交系CML202”的文献：WelzHG,SchechertA,PernetA,etal.AgeneforresistancetothemaizestreakvirusintheAfricanCIMMYTmaizeinbredlineCML202[J].MolecularBreeding,1998,4(2):147-154.。提及“玉米自交系CML338”和“玉米自交系CML127”的文献：CimmytI.MaizeinbredlinesreleasedbyCIMMYT:acompilationof497CIMMYTmaizelines(CMLs)-CML1-CML497[J].Maize,2005.。593份玉米自交系分别为：178、196、207、273、374、407、412、434、465、502、653、803、807、835、904、1538、3189、6523、8001、8107、31778、78004、78010、0802、2002F17、2002F22、200B、20V-18、29MIBZ2、2FACC、3H-2、4676、48-2、485、4F1、4N506、5022(B)、5213、53选3、5公、6103、622016-ZCN-2、634-11511、65232宽、698-1、698-3、6F629、706辐、7379-2、7537-1、7595-2、78371A、78551S、792、812、8129、832、83IBI3、888-9、8902、89-1、9046、912、矮金525、阿西10、B103、B105、B112、B113、B123、B125、B234、B47、B73、B84、B93、Benm130、BJ005、BИP44、C416、C5RIL11、C5RIL3、C5RILP1、C649、C8605-2、CA091、CA112、CA156、CA335、CA339、CA375、材11-8、CAL70、川1073-7、长3、长3154、昌7-2、承351、冲72、川273、川29母本、川321、慈溪白糯、CKL05018、CL-P10201＝P102C6S2(B)-34-2-BB、CLA156、CLA161、CLA18、CL-G1837＝G18SeqC2-F141-2-2-1-1-1-2-##-2-B*4、CL-G1839＝G18SeqC3-17-1-1-2-2-B*5、CLQRCYQ14、CLYN231、CLYN247、CML103、CML114、CML115、CML116、CML118、CML122、CML127、CML130、CML133、CML134、CML135、CML139、CML154、CML161、CML162、CML163、CML166、CML169、CML170、CML171、CML172、CML191、CML192、CML202、CML206、CML223、CML226、CML282、CML283、CML287、CML290、CML292、CML304、CML31、CML312SR、CML312SRQ＝[[(CLQ-RCWQ83xCML312SR)xCML312SR]xCML312SR)]-15-1-BBB、CML319、CML32、CML322、CML323、CML325、CML326、CML330、CML338、CML342＝LPSEQC3-H1-2-2-3-2-1-#-#-B-B、CML360、CML361、CML364、CML389、CML40、CML408、CML411、CML415、CML418、CML423、CML426、CML428、CML430、CML431、CML468、CML470、CML473、CML479、CML486、CML493、CML504、CML68、CML80、CML84、CML85、CML94、CML96、CML99、CN165(B)、CN962、CP619F、CR1HT、CS405、CS608、CWFS8、CWMS9、CXS100、CXS109、CXS110、CXS111、CXS135、CXS137、CXS138、CXS144、CXS145、CXS151、CXS159、CXS161、CXS168、CXS169、CXS181、CXS183、CXS184、CXS194、CXS2、CXS26、CXS34、CXS36、CXS4、CXS41、CXS43、CXS46、CXS50、CXS51、CXS54、CXS57、CXS6、CXS62、CXS66、CXS69、CXS70、CXS72、CXS77、CXS85、CXS87、CY9169、00SADVEA-#-28-1-2-1-1-1-2-3、CZL0619、CZL068、D185、D387、丹1324、丹3130、丹340、丹360、丹598、丹988、丹黄25、DH34、D黄212、DO620Y、东10、东237、东46、东91、((DRB-F2-60-1-1-1-B/OFP39)-B)-2-1-1-2、[G16SeqC1F47-2-1-2-1-BBBB-B-xP84c1F27-4-1-6-B-5-B]F23-2-1-2-3xP43C9-1-1-1-1-1-BBBB-1-xP84c1F26-2-2-6-B-3-B]-2-1-B/CML395]-1-1、[MBRC6BcF395-1-B-#-2-2-B-B-B-B-B/CML312SR]-1-1、[S99siWQ]-124-2-B-B-B-B、DTPWC9-F104-5-4-1-1-B-B-B、DTPYC9-F143-5-4-1-2-B-B-B、DTPYC9-F46-3-4-1-1-B-B-B、DTPYC9-F46-1-2-1-2-B-B、DTPYC9-F143-1-6-1-B-B、DTPYC9-F13-2-1-1-2-B-B、[CML444/CML395//DTPWC8F31-1-1-2-2-BB]-4-2-2-2-2-BB-B、DTPWC9-F2-3-2-1-B-B-B、CIMCALI8843/S9243-BB-#-B-5-1-BB-2-3-1、独321、多黄29、E28、E8501、ES40、FBHJ、FBLA、辐746、GR1HT、关17、关花、H10、H152、H16、H201、H3、H66、H84、海9-21、旱21、旱23、HS121R1、HS154R10、HS1612R15、黄428-3、黄C、获唐黄、获唐黄17、HZ85、黄早4、IBB14、IBB15、ICI193、[(P86S.F*P.S.P.A.AxP.S.P.A.A.TL91A44-3-1-18-2P-2-1-1-3-1)xA.I.R.L.TL91A2(3)-1-4-2-2TL-1-1-B]-3-2-3-1-B、INTA-191-2-1-2-B*8-B-B-B、IRF252、IRF310、J001、J002、金黄55、金黄59、金黄63、金黄73、金黄76、金黄96B、金黄96C、吉046、吉1037、冀35、吉412、吉444、吉465、吉495、吉63、吉81162、吉818、吉853、吉992、吉A-034、交51、京7、京7黄、冀研01-3-2-2-1-5-1、K10、K12、K14、K22、L102、L135、LaPostaSeqC7-F12-2-1-1-1-B-B-B、LaPostaSeqC7-F180-1-1-2-2-B-B-B、LaPostaSeqC7-F180-3-1-1-1-B-B-B、LaPostaSeqC7-F64-2-4-1-1-B-B-B、LaPostaSeqC7-F64-2-6-1-2-B-B-B、LaPostaSeqC7-F86-1-1-1-1-B-B-B、辽白371、LH119、LH128、LH145、LH146Ht、LH162、LH166、LH184、LH190、LH192、LH193、LH196、LH202、LH204、LH216、LH220Ht、LH61、LH74、LI55、辽138、辽184、辽2345、辽3053、辽5114、辽526、辽540、辽6082、辽68、辽孤001、LIBC4、临系11、龙系2、LPSC7、鲁2548、旅九宽、Lx54-8、Lx69-12、LX9801、M0113、M14、MBNA、MBSJ、Mo17、N528-1(1284)、南21-3、南五、NL001、O610、OH43、OQ101、OS602-2、P1、P138、P402c2F2-695-2-BB-2-B*4-1-B、P501SRc0-F2-47-3-1-1-B-B-B-B、P590C7BlancosF57-1-3-1-B-B-B、P591c4F55-2-2-2-B-B-B、P591c41y2GENF3-1-1-2-B-B-B、PA276、PAZM6053、PH6WC、PHG29、PHG47、PHG50、PHG71、PHG72、PHH93、PHJ40、PHJ89、PHJ90、PHK05、PHK29、PHK76、PHM49、PHN29、PHN47、PHN73、PHP02、PHP55、PHP76、PHR30、PHR47、PHT10、PHV78、PHW30、PHW43、PHW65、PHW86、PHZ51、PI10、PI36、品1P6Co、Q-11-43、Q1261、Q-13-151、Q-1-68、Q-2-11、Q-5-49、Q-9-188、齐205、齐310、齐318、齐319、晴795、R08、R09、R15、RDOM330、红玉米、RO450W、RP125、S37、S7913、SH15、沈118、沈135、沈136、沈137、沈3336、沈5003、S黄105、S黄741、S黄M9、四144、四273、四279、四287、四387、四419、四444、四533、四F1、四路糯、四至四、绥系605、绥系707、特70、天涯4、铁7922、铁9010、((DRB-F2-60-1-1-1-B/OFP39)-B)-2-1-1、(CML226/D888//CML226/CATETO)F2-B-3-1-B-2、(CUBA/GUADC1F27-4-3-3-B-1-Bx[KILIMAST94A]-30/MSV-03-2-10-B-2-B-B)-160-1-B-3-B、(P147-F2-108-S7/CML323)-F2-B-8-1-3、[(CML395/CML444)-B-4-1-3-1-B/CML395//DTPWC8F31-1-1-2-2]-5-1-2-2-BB-B-B-B、[(SML*SMQPM)*(MTL*SMQPM)]F1S6-1-25-BB-1-B、[[MSRXPOOL9]C1F2-176-4-7-X-1-B/CML206]-5-2-3-1-BBBBB-B-B-B、[CML159/[CML159/[MSRXPOOL9]C1F2-205-1(OSU23i)-5-3-X-X-1-BB]F2-3sx]-8-1-1-BB-1-B、[CML198/LPSC3H144-1-2-2-2-2-#-BB]-1-4-1-1-4-B*4-B-B-B、[CML199/[EV7992#/EV8449-SR]C1F2-334-1(OSU8i)-6-3-Sn]-B-23-2-2-B*4-B-B-B、[CML312/[TUXPSEQ]C1F2/P49-SR]F2-45-3-2-1-BB//INTA-F2-192-2-1-1-1-BBBB]-1-5-1-1-1-BBB-B-B-B、[CML312/CML445//[TUXPSEQ]C1F2/P49-SR]F2-45-3-2-1-BBB]-1-2-1-1-2-BBB-B-B-B、[CML389/CML176]-B-29-2-2-B*5、[CML395/CML440//[LPSC3H144-1-2-2-2-4-#-BB/SC/ZM605#b-19-2-X]-1-2-X-1-1-BB]-1-2-1-1-B]-3-2-1-1-BBB-B-B-B、[CML444/CML395//DTPWC8F31-1-1-2-2-BB]-4-2-2-1-1-BB-B-B-B、[CML444/CML395//DTPWC8F31-1-1-2-2-BB]-4-2-2-1-2-BB-B-B-B、[CML444/ZSR923S4BULK-2-2-X-X-X-X-1-BB]-1-1-1-2/CML441]-1-1-1-2-BBB-B-B-B、[DTPWC8F31-4-2-1-6/CML444//ZM521B-66-4-1-1-1-BB]-3-2-1-B-B-B、[Ent320:92SEW2-77/[DMRESR-W]EarlySel-#I-2-4-B/CML386]-B-11-3-B-2-#-B*4、[LZ956441/LZ966205]-B-3-4-4-B-5-BBBBB-B-B-B、[MSRXPOOL9]C1F2-205-1(OSU23i)-5-3-X-X-1-B//EV7992/EV8449...-3-2-2-1-BBBBB-B-B-B、02SADVL2B-#-16-2-1-B-B-B、761BB2BCox751B-B-1-1-B-B-B-B-B-B、CML311/MBRC3BCF23-1-2-1-B-B-B、CML311/MBRC3BCF3-1-1-1-B-B-B、CML311/MBRC3BCF3-1-1-2-B-B、CML311/MBRC3BCF35-2-2-1-B-B、CML311/MBRC3BCF43-2-1-1-B-B-B、CML311/MBRC3BCF65-1-2-2-B-B-B、CML311/MBRC3BCF95-2-2-1-B-B-B、CML380xMBR/MDRC3BCF21-1-1-2-B-B-B-B-3-1-B-B-B、CML384xMBR/MDRC3BCF58-2-1-3-B-B-B-B-3-1-B-B-B、CML445/CML144//CML159//POOL15QPMSR-B-36-B-B、CML445/CML144//CML159//POOL15QPMSR-B-55-B-B、Cuba/GuadC3F53-3-1-1-B-B-B、Cuba/GuadC3F125-2-2-1-B-B-B、DTPYC9-F46-3-9-1-1-B-BTL-07B6614-42、ECA-MOROSR(BC1)F2-7-ECAVEE7/PL15QPMC7SRC1F2//POOL15QPMSR-B-4-B-B、GLS101HGA-B-4-1-B、MAS[206/312]-215-1-4-1-BBBB-B-B-B、MBRC5BCF4-1-2-2-B-1-2-B、MBRC5BCF8-1-1-1-B-2-2-B、MBRC6BCF234-1-B-#-1-1-B-B-B-B-B、MBR/MDRC3BCF1-1-1-1-B-3-2-B、U8112、Va22、Va35、VL0510821、VL0512442、VL0512452、VL0512464、VL05128、VL05353、VL054178、VL05483、VL055、VL0556、VL05561、VL0558、VL05610、VL05614、VL057903、VL058014、VL062784、VL062785、VL06382、VL06384、W24、W8304、WF9、汶黄31413、WIL900、武314、X178、系14、西502、新自218、XZY342-1、XZY357-1、XZY364-1、CCM454、XZY481-1、XZY504-1、Y7、y75、Y8G、Y-9-141、掖478、掖52106、英64、豫12、豫自87-1、豫综BC15-2、早49、早8-3(1263)、中黄204、Zhao835、郑22、郑28、郑29、郑30、郑35、中106、中17、中451、中黄64、中黄68、中苗28、中自01、中自03、自330、综31。具体步骤如下：1、提取待测样本的基因组DNA。2、取步骤1得到的基因组DNA，采用步骤一得到的特异DNA芯片检测待测样本基于各个SNP位点的基因型。八个玉米自交系的检测结果见表6。表6采用关联分析软件Tassel5.0(聚类方法：Neighbor_Joining)对八个玉米自交系的1000个SNP位点的基因型的检测结果进行分析，结果见图5。结果表明，采用步骤一得到的特异DNA芯片，可以将八个玉米自交系区分。按照相同的方法对593份玉米自交系的1000个SNP位点的基因型的检测结果进行分析，结果见图6。结果表明，采用步骤一得到的特异DNA芯片，可以将593份个玉米自交系区分。序列表<160>1000<201>1<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>1ACCGATACATTTAACGCTTCCATGAGGAGC30<201>2<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>2ATACGCATGAACACAGTCATTTCAGTAGAG30<201>3<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>3ATCCCCGTTCGTCCGAGCCACACAAACTGA30<201>4<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>4ACATCTCATCGTAATTAACACTAAACGATG30<201>5<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>5CCCCAAGTGTTGGTATGTGGTATCCCAAAG30<201>6<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>6ACTGAAATATCCAAATAGAGGAAAACCACA30<201>7<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>7CTTCGTCAGGTATAGCCTCTATATACTATA30<201>8<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>8GTATTCAAAATTGTTAAGAGATAAAAAATG30<201>9<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>9AGCAACAAATGAAAAATGATTCGCCAGTTC30<201>10<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>10AAGCTGTACCTCAAATATATATGGTTATCA30<201>11<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>11AAGAGGTGATGAATATCCAAGGAGGAGGAG30<201>12<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>12AAAGATTCGTGAGGATCTGTTGTGTCGACA30<201>13<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>13GATATCACAAACTACAAAGGAAGGTTGGAC30<201>14<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>14TGGCACTTTGGCAGGCATCGGTGCTTTTTT30<201>15<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>15ATTAATCCTATACGACTAGTAACAGTAGCT30<201>16<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>16AGTTACTATTGAAGGAGTAGCTTGGTAATG30<201>17<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>17CTAATTAGCAAATGTCACGTAAATCATGGT30<201>18<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>18ACATATTTTGAAGAATCTGGTTCCACTTGG30<201>19<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>19AGACATGAGGGCCAATGCTTAGATTGCAAA30<201>20<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>20CAAGGATAGAAACCGAGGTGGAAGAGGAAG30<201>21<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>21TCCAGCTTCAAAAGTTTTGTCAGATTGATG30<201>22<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>22ACCCTCCGAATGCTGAGTCGAAGTCAGCGA30<201>23<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>23AACAGGAACAAAGATCAACACATAAAACCA30<201>24<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>24TCACATATAAGTGAACTGACAACAGCTTCA30<201>25<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>25ATATCTGGCAATAGACCGATTTTGGATTTC30<201>26<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>26GTGTACCTGAAAGAATATAATCATCTTATT30<201>27<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>27ACACTGTACATTTGGAATGATATGAATGAG30<201>28<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>28TGCAGAAGAAAAACAGTGGGCTCCCTCGAG30<201>29<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>29GCAATTAAGCTCAATGCAAGGAGTTGACCT30<201>30<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>30TTTGACAAATTAGTGGTTCCAACTGTATTC30<201>31<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>31TTTTAAACAAACTATCTAGATGCCACTAAA30<201>32<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>32GCTTGCTCCTTTGAAATTTTACGGAGAGAA30<201>33<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>33GAAGGTTACCGGAAGAGACTCCCATGCTGT30<201>34<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>34TGAGTGATTGAAAAGTTTTGCCAGGTGCGT30<201>35<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>35ATGATTCACTCCCTGGCCGGCGATGTTTAC30<201>36<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>36AGCTTAGCTCATCGGAGTAATTCATGCTTA30<201>37<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>37GAGAGAAACTTCACTGATCAAGAGTTCCCT30<201>38<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>38TTTCATCAGAGCAAAATTTACCATTTGTAT30<201>39<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>39GTATTTATCAAGTAGTAACTGTATCAAGGC30<201>40<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>40ATGGCCAAGTGAGTAAAGCCTGCGGTAACG30<201>41<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>41CTGCCTGCCATACAGTGAAAGTAATACTCT30<201>42<211>30<212>DNA<213>人工序列<400>42GCAGT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