本申请要求2016年10月20日提交的标题为“可分泌变体免疫调节蛋白和工程化细胞疗法(secretablevariantimmunomodulatoryproteinsandengineeredcelltherapy)”的美国临时申请案第62/410,827号、2017年3月22日提交的标题为“可分泌变体免疫调节蛋白和工程化细胞疗法(secretablevariantimmunomodulatoryproteinsandengineeredcelltherapy)”的美国临时申请案第62/475,210号和2017年7月27日提交的标题为“可分泌变体免疫调节蛋白和工程化细胞疗法(secretablevariantimmunomodulatoryproteinsandengineeredcelltherapy)”的美国临时申请案第62/537,921号的优先权，上述申请案各自的内容均通过引用以其全文并入。通过引用序列表并入本申请是与电子格式的序列表一起提交申请的。序列表以2017年10月19日创建的名为761612001440seqlist.txt的文件提供，其大小为3,524,332字节。将在电子格式的序列表中的信息通过引用以其全文并入。本公开文本提供了免疫调节蛋白、编码此类免疫调节蛋白的核酸、经工程化以表达所述免疫调节蛋白的细胞和含有编码所述免疫调节蛋白的核酸的感染因子。在一些实施方案中，所述免疫调节蛋白是可分泌的。在一些实施方案中，所述免疫调节蛋白是表面表达的跨膜蛋白。所述免疫调节蛋白、工程化细胞和感染原提供了用于多种免疫和肿瘤病症的治疗效用。提供了用于制备和使用此类蛋白质的组合物和方法。
背景技术：
：：通过介入由抗原呈递细胞(apc)或靶细胞与淋巴细胞在所述抗原呈递细胞或靶细胞与淋巴细胞之间形成的免疫突触(is)中发生的过程来调节免疫应答在医学上越来越受关注。目前，用于增强或阻抑免疫应答的生物制品通常限制于免疫球蛋白(例如，抗pd-1mab)或可溶性受体(例如，fc-ctla4)。在一些情况下，可溶性受体具有多种缺陷。虽然可用于拮抗蛋白质之间的相互作用，但可溶性受体通常缺少激动此类相互作用的能力。已证实抗体在这方面较少受限，并且激动性和拮抗性抗体二者的例子为本领域中已知。然而，可溶性受体和抗体二者都缺少对于is中的功能关键的重要属性。从机理而言，is中的细胞表面蛋白可以涉及多个蛋白质靶与其所结合的单一蛋白质的配合的且通常同时的相互作用。is相互作用的发生与两个细胞的接合密切相关，并且这种结构中的单一蛋白质可与同一细胞上的蛋白质(顺式)以及相关细胞上的蛋白质(反式)很可能同时地相互作用。虽然已知一些可调节is的药剂，但仍需要改进的治疗剂。提供了满足这种需求的实施方案。技术实现要素：在一个方面中，提供了免疫调节蛋白，其包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；免疫调节蛋白不包含跨膜结构域；并且免疫调节蛋白不与半衰期延长部分缀合。在一些实施方案中，半衰期延长部分是多聚化结构域。在一些实施方案中，半衰期延长部分是fc结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白还包含信号肽。在一些实施方案中，信号肽是来自相应野生型igsf成员的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非-天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是来自免疫球蛋白抗体分子的信号肽(例如，igg-κ信号肽)、il-2信号肽或cd33信号肽或已知或已描述的其他信号肽。示例性信号肽陈述于seqidno：413-430中的任一个中。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体在哺乳动物细胞上表达。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或淋巴细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是t细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合增加哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，免疫调节蛋白的特异性结合减弱哺乳动物细胞的免疫活性。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。在一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是人类igsf结构域。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域与seqidno：1-27和408中任一个中所述的氨基酸序列中所含的野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白与选自seqidno：28-54和410中任一个的氨基酸序列或与其含有igsf结构域的特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是b7家族的成员。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是cd80、cd86或icosl的结构域。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体是在t细胞上表达的刺激性受体，并且与野生型igsf结构域对刺激性受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与刺激性受体的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与刺激性受体(例如从细胞分泌时)的结合增加t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与刺激性受体(例如从细胞分泌时)的结合降低t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，刺激性受体是cd28、icos或cd226。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，其具有增加的与icos和cd28中至少一个的结合亲和性。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是icos。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80igsf结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对ctla-4的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合或展现降低的与ctla-4的结合亲和性。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体是在t细胞上表达的抑制性受体，并且与野生型igsf结构域对抑制剂受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与抑制剂受体的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与抑制性受体(例如从细胞分泌时)的结合增加t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与抑制剂受体(例如从细胞分泌时)的结合降低t细胞的免疫活性。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，抑制性受体包含itim信号传导结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-l1的亲和性修饰的igsf或pd-l2的亲和性修饰的igsf。在一些实施方案中，抑制性受体是tigit，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是cd112或cd155的亲和性修饰的igsf。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的结构域特异性地结合至至少两个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，第一细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体；并且第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体，其中抑制性受体在t细胞上表达。在一些实施方案中，亲和性修饰的结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8：或抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，抑制性配体是pd-l1，并且抑制性受体是pd-1。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与ctla-4的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155igsf结构域或亲和性修饰的cd112igsf结构域，并且至少一种细胞表面同源结合配偶体是cd226、tigit或cd112r。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对cd226的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与cd226的结合亲和性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对tigit或cd112r的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域保持或展现增加的与tigit或cd112r的结合。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至作为肿瘤特异性抗原的细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，肿瘤特异性抗原是b7-h6。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的nkp30igsf结构域。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域包含第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域与第二亲和性修饰的igsf结构域是不同的。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含相同野生型igsf结构域中的一个或多个不同的氨基酸取代。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含不同野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，野生型igsf结构域来自作为抑制性受体的配体的igsf成员，其中所述抑制性受体包含itim信号传导结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-l1或pd-l2的亲和性修饰的igsf。在一些实施方案中，抑制性受体是tigit，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是cd112或cd155的亲和性修饰的igsf。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于十个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于五个氨基酸取代。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，一个或多个亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，免疫调节蛋白还包含一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域。在免疫调节蛋白的一些实施方案中，免疫调节蛋白已经或者能够从工程化细胞分泌。在一些实施方案中，工程化细胞是免疫细胞。在一些实施方案中，工程化细胞是原代细胞。在另一方面中，提供了编码免疫调节蛋白的重组核酸。在一些实施方案中，核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。在一些实施方案中，启动子是组成型活性启动子。在一些实施方案中，启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中，启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。在一些实施方案中，启动子包含nfat的结合位点或nf-κb的结合位点。在另一方面中，提供了包含所述核酸的重组表达载体。在另一方面中，提供了重组表达载体，其包含在分泌信号序列的可操作控制下的编码免疫调节蛋白的核酸，其中：免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；并且所编码的免疫调节蛋白在从细胞表达时分泌。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不与半衰期延长部分缀合。在一些实施方案中，半衰期延长部分是多聚化结构域。在一些实施方案中，半衰期延长部分是fc结构域。在一些实施方案中，分泌信号序列编码分泌性信号肽。在一些实施方案中，信号肽是来自相应野生型igsf成员的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非-天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是igg-κ信号肽、il-2信号肽或cd33信号肽或已知或已描述的其他信号肽。示例性信号肽陈述于seqidno：413-430中的任一个中。在表达载体的一些实施方案中，核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。在一些实施方案中，启动子是组成型活性启动子。在一些实施方案中，启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中，启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。在一些实施方案中，启动子包含nfat的结合位点或nf-κb的结合位点。在表达载体的一些实施方案中，载体是病毒载体。在一些实施方案中，病毒载体是逆转录病毒载体。在一些实施方案中，病毒载体是慢病毒载体或γ逆转录病毒载体。在表达载体的一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。在表达载体的一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体在哺乳动物细胞上表达。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或淋巴细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是t细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。在表达载体的一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合增加哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，免疫调节蛋白的特异性结合减弱哺乳动物细胞的免疫活性。在表达载体的一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。在一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是人类igsf结构域。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域与seqidno：1-27和408中任一个中所述的氨基酸序列中所含的野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白与选自seqidno：28-54和410中任一个的氨基酸序列具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是b7家族的成员。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是cd80、cd86或icosl的结构域。在表达载体的一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体，并且与野生型igsf结构域对刺激性受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与刺激性受体的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与刺激性受体(例如在从含有表达载体的细胞表达时)的结合增加t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与刺激性受体(例如在从含有表达载体的细胞表达时)的结合降低t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，刺激性受体是cd28、icos或cd226。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，其具有增加的与icos和cd28中至少一个的结合亲和性。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是icos。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80igsf结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对ctla-4的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合或展现降低的与ctla-4的结合亲和性。在表达载体的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。在表达载体的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的结构域特异性地结合至至少两个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，第一细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体；并且第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体，其中抑制性受体在t细胞上表达。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8；或抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista。在表达载体的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与ctla-4的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合。在一些实施方案中，抑制性配体是pd-l1，并且抑制性受体是pd-1。在一些实施方案中，抑制性配体是pd-l2并且抑制性受体是pd-1。在表达载体的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155igsf结构域或亲和性修饰的cd112igsf结构域，并且至少一种细胞表面同源结合配偶体是cd226、tigit或cd112r。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对cd226的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与cd226的结合亲和性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对tigit或cd112r的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域保持或展现增加的与tigit(具有ig和itim结构域的t细胞免疫受体)或cd112r的结合。在表达载体的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至作为肿瘤特异性抗原的细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，肿瘤特异性抗原是b7-h6。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的nkp30igsf结构域。在表达载体的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域包含第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域与第二亲和性修饰的igsf结构域是不同的。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含相同野生型igsf结构域中的一个或多个不同的氨基酸取代。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含不同野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在表达载体的一些实施方案中，野生型igsf结构域来自作为抑制性受体的配体的igsf成员，其中所述抑制性受体包含itim信号传导结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-l1或pd-l2的亲和性修饰的igsf。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对跨表面同源结合配偶体的结合亲和性，借此所述增加的结合亲和性竞争性地抑制跨表面同源结合配偶体与抑制性受体的结合。在表达载体的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于十个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于五个氨基酸取代。在表达载体的一些实施方案中，一个或多个亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。在表达载体的一些实施方案中，免疫调节蛋白还包含一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域。在另一方面中，提供了工程化细胞，其包含上述核酸或上述表达载体中的任何一种或多种。在另一方面中，提供了工程化细胞，其包含任何一种或多种免疫调节蛋白。在另一方面中，提供了工程化细胞，其分泌任何一种或多种免疫调节蛋白。在一些实施方案中，工程化细胞是免疫细胞。在另一方面中，提供了工程化免疫细胞，其包含编码免疫调节蛋白的核酸分子，其中免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；并且工程化细胞表达并分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不与半衰期延长部分缀合。在一些实施方案中，半衰期延长部分是多聚化结构域。在一些实施方案中，半衰期延长部分是fc结构域。在工程化细胞的一些实施方案中，核酸分子包含与编码免疫调节蛋白的序列可操作地连接的编码分泌性信号肽的序列。在一些实施方案中，信号肽是来自相应野生型igsf成员的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非-天然信号序列。在一些实施方案中，信号肽是igg-κ信号肽、il-2信号肽或cd33信号肽或本领域中已知的任何其他信号肽。示例性信号肽陈述于seqidno：413-430中的任一个中。在工程化细胞的一些实施方案中，核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。在一些实施方案中，启动子是组成型活性启动子。在一些实施方案中，启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中，启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。在一些实施方案中，启动子包含nfat的结合位点或nf-κb的结合位点。在一些实施方案中，免疫调节蛋白是在使工程化细胞与诱导剂接触后或在诱导t细胞激活信号传导后由工程化细胞表达和分泌，所述t细胞激活信号传导任选地在抗原与工程化细胞表达的嵌合抗原受体(car)或工程化t细胞受体(tcr)结合后被诱导。在一些实施方案中，细胞是淋巴细胞。在一些实施方案中，淋巴细胞是t细胞、b细胞或nk细胞。在一些实施方案中，所述细胞是t细胞。在一些实施方案中，t细胞是cd4+或cd8+。在一些实施方案中，细胞是抗原呈递细胞。在一些实施方案中，细胞是从受试者获得的原代细胞。在一些实施方案中，受试者是人类受试者。在工程化细胞的一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。在一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体在哺乳动物细胞上表达。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或淋巴细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是t细胞。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。在工程化细胞的一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合增加哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，免疫调节蛋白的特异性结合减弱哺乳动物细胞的免疫活性。在工程化细胞的一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。在一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。在一些实施方案中，野生型igsf结构域是人类igsf结构域。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域与seqidno：1-27和408中任一个中所述的氨基酸序列中所含的野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白与选自seqidno：28-54和410中任一个的氨基酸序列具有至少90％的序列同一性。在工程化细胞的一些实施方案中，至少一种细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体，并且与野生型igsf结构域对刺激性受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与刺激性受体的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与刺激性受体(例如在从细胞分泌时)的结合增加t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与刺激性受体(例如在从细胞分泌时)的结合降低t细胞的免疫活性。在一些实施方案中，刺激性受体是cd28、icos或cd226。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，其具有增加的与icos和cd28中至少一个的结合亲和性。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是icos。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80igsf结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对ctla-4的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合或展现降低的与ctla-4的结合亲和性。在工程化细胞的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。在工程化细胞的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的结构域特异性地结合至至少两个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，第一细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体；并且第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体，其中抑制性受体在t细胞上表达。在一些实施方案中，亲和性修饰的结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8；或抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80结构域，并且刺激性受体是cd28。在一些实施方案中，抑制性配体是pd-l1，并且抑制性受体是pd-1。在一些实施方案中，抑制性配体是pd-l2并且抑制性受体是pd-1。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域相比，亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与ctla-4的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合。在工程化细胞的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155igsf结构域或亲和性修饰的cd112igsf结构域，并且至少一种细胞表面同源结合配偶体是cd226、tigit或cd112r。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对cd226的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与cd226的结合亲和性。在一些实施方案中，与野生型igsf结构域对tigit或cd112r的结合亲和性相比，亲和性修饰的igsf结构域保持或展现增加的与tigit(具有ig和itim结构域的t细胞免疫受体)或cd112r的结合。在工程化细胞的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至作为肿瘤特异性抗原的细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，肿瘤特异性抗原是b7-h6。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的nkp30igsf结构域。在工程化细胞的一些实施方案中，至少一个亲和性修饰的igsf结构域包含第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域与第二亲和性修饰的igsf结构域是不同的。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含相同野生型igsf结构域中的一个或多个不同氨基酸取代。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含不同野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在工程化细胞的一些实施方案中，野生型igsf结构域来自作为抑制性受体的配体的igsf成员，其中所述抑制性受体包含itim信号传导结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-l1或pd-l2的亲和性修饰的igsf。在一些实施方案中，抑制性受体是tigit，并且亲和性修饰的igsf结构域是cd155或cd112的亲和性修饰的igsf结构域。在工程化细胞的一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于10个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于五个氨基酸取代。在工程化细胞的一些实施方案中，一个或多个亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。在工程化细胞的一些实施方案中，免疫调节蛋白还包含一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，工程化细胞还包含嵌合抗原受体(car)或工程化t细胞受体(tcr)。在另一方面中，提供了药物组合物，其包含上述工程化细胞和药学上可接受的载体。在一些实施方案中，药物组合物是无菌的。在另一方面中，提供了将免疫调节蛋白引入受试者中的方法，其包括将所提供的工程化细胞或含有所述工程化细胞的药物组合物中的任一个给予受试者。在另一方面中，提供了调节受试者的免疫应答的方法，其包括将所提供的工程化细胞或含有任一所提供工程化细胞的药物组合物中的任一个给予受试者。在一些实施方案中，调节免疫应答治疗受试者的疾病或障碍。在一些实施方案中，经调节的免疫应答有所增加。在一些实施方案中，疾病或障碍是肿瘤。在一些实施方案中，疾病或障碍是癌症。在一些实施方案中，疾病或障碍是黑色素瘤、肺癌、膀胱癌或血液恶性肿瘤。在一些实施方案中，经调节的免疫应答有所下降。在一些实施方案中，疾病或障碍是炎症性疾病或病症。在一些实施方案中，疾病或病症是克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、多发性硬化症、哮喘、类风湿性关节炎或银屑病。在所述方法的一些实施方案中，受试者是人类。在一些实施方案中，细胞是受试者的自体细胞。在一些实施方案中，细胞是受试者的同种异体细胞。在一些实施方案中，工程化细胞表达并分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，免疫调节蛋白由工程化细胞组成型表达。在一些实施方案中，免疫调节蛋白在使工程化细胞与诱导剂接触后由工程化细胞表达和分泌。在一些实施方案中，免疫调节蛋白在t细胞激活信号传导后由工程化细胞表达和分泌。在一些实施方案中，工程化细胞表达嵌合抗原受体(car)或工程化t细胞受体(tcr)，并且在car或tcr结合抗原后诱导t细胞激活信号传导。还提供如所述的任何感染原，其含有编码可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白的核酸分子。提供感染原，其含有编码跨膜免疫调节蛋白(tip)的核酸分子，所述跨膜免疫调节蛋白含有包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域的胞外结构域，所述至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；以及跨膜结构域。在一些实施方案中，与参考野生型igsf结构域相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。在任何此类实施方案中的一些中，野生型igsf结构域来自选自以下各项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族或杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。在一些实施方案中，野生型igsf结构域来自选自以下各项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。在任何此类实施方案中的一些中，野生型igsf结构域是人类igsf成员。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白与选自seqidno：381-407和409中任一个的氨基酸序列或与其含有亲和性修饰的igsf结构域和跨膜结构域的连续部分具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白是嵌合受体，其中胞内结构域并非来自包含野生型igsf结构域的野生型igsf成员的胞内结构域。在一些情况下，胞内结构域包含至少一个包含itam(基于免疫受体酪氨酸的激活基序)的信号传导结构域。在一些情况下，胞内结构域包含cd3-ζ信号传导结构域。在一些方面中，胞内结构域还包含以下各项中的至少一项：cd28共刺激结构域、icos信号传导结构域、ox40信号传导结构域和41bb信号传导结构域。在任何此类实施方案中的一些中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于十个氨基酸取代或不多于五个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是或包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。在任何此类实施方案中的一些中，跨膜结构域是来自相应野生型igsf成员的天然跨膜结构域。在一些情况下，跨膜结构域并非来自相应野生型igsf成员的天然跨膜结构域。在一些例子中，跨膜蛋白是衍生自cd8的跨膜蛋白。在任何此类实施方案的一些中，感染原是细菌或病毒。在一些情况下，病毒是溶瘤病毒。在一些方面中，溶瘤病毒是腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒、单纯疱疹病毒、水疱性口炎病毒、呼肠孤病毒、新城疫病毒、细小病毒、麻疹病毒、水疱性口炎病毒(vsv)、柯萨奇病毒或牛痘病毒。在一些情况下，病毒特异性地靶向树突细胞(dc)和/或是噬树突细胞的。在一些实施方案中，病毒是慢病毒载体，其用经修饰的辛德比斯病毒包膜产物假型化。在任何此类实施方案的一些中，感染原还含有编码另一基因产物的核酸分子，所述另一基因产物导致靶细胞死亡或可增加或增强免疫应答。在一些情况下，另一基因产物选自抗癌剂、抗转移剂、抗血管生成剂、免疫调节分子、免疫检查点抑制剂、抗体、细胞因子、生长因子、抗原、细胞毒性基因产物、促凋亡基因产物、抗凋亡基因产物、细胞基质降解基因、用于组织再生或将人类体细胞重编程为多能性的基因。附图说明图1a描绘了在未经标记的重组人类pd-l1-his、人类ctla-4-his或人类-pd-l2-fc融合蛋白的存在下，生物素化重组cd28-fc融合蛋白(rcd28.fc)与固定的cd80变体a91gecd-fc融合分子的结合的竞争结合测定的结果。图1b描绘了在未经标记的重组人类rcd28.fc、人类ctla-4.fc或人类pd-l2.fc的存在下，生物素化重组人类pd-l1-his单体蛋白与固定的cd80变体a91gecd-fc融合分子的结合的竞争结合测定的结果。图2a和2b分别描绘了在经转导cd19cart细胞和经转导hek-293细胞的上清液中对pd-l2sip的检测。图3a描绘了对经示例性所测试变体pd-l2sip转导的t细胞的增殖研究。图3b描绘了经示例性所测试变体pd-l2sip转导的t细胞释放的上清液中ifn-γ的水平，如在再刺激后第5天通过elisa所测量。图3c描绘了在用靶细胞刺激后经car和示例性变体pd-l2sip或野生型pd-l2sip共转导的t细胞的增殖。图4a描绘了分泌的免疫调节蛋白(sip)，其中变体igsf结构域(vigd)是从细胞(例如第一t细胞，例如cart细胞)分泌。在示例性实施方案中，分泌的vigd的同源结合配偶体是激活型受体，其可在第一细胞(例如，t细胞)上和/或在第二细胞(例如，t细胞；内源性的或工程化的，如cart细胞)上表达。在sip与其同源结合配偶体结合后，经由激活型受体的信号传导被阻断。在所有情况下，vigd可以是单独的v结构域(igv)、v结构域(igv)与c结构域(igc)的组合(包括整个细胞外结构域(ecd))或igsf超家族成员的ig结构域的任何组合。图4b描绘了分泌的免疫调节蛋白(sip)，其中变体igsf结构域(vigd)是从细胞(例如第一t细胞，例如cart细胞)分泌。在示例性实施方案中，分泌的vigd的同源结合配偶体是抑制性受体，其可在第一细胞(例如，cart细胞)上和/或在第二细胞(例如，t细胞；内源或工程化，例如cart细胞)上表达。在sip与其同源结合配偶体结合后，sip拮抗或阻断通过抑制性受体的负信号传导，由此产生激活的t细胞，或阻断效应t细胞。在所有情况下，vigd可以是单独的v结构域(igv)、v结构域(igv)与c结构域(igc)的组合(包括整个细胞外结构域(ecd))或igsf超家族成员的ig结构域的任何组合。图5描绘了对经示例性所测试变体pd-l1sip转导的t细胞的增殖研究。图6描绘了对经转导hek-293细胞的上清液中的sip(包括变体或野生型pd-l1和pd-l2sips)检测的基于细胞的测定的结果。具体实施方式本文提供了在细胞中表达时可分泌的可分泌免疫调节蛋白、编码所述可分泌免疫调节蛋白的核酸和载体以及经工程化以表达和分泌所述免疫调节蛋白的细胞(例如免疫细胞或感染原)。免疫调节蛋白含有亲和性修饰的igsf结构域，所述结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不包括跨膜结构域和/或半衰期延长部分。所提供的实施方案尤其是细胞，例如免疫细胞(例如，t细胞)，其经工程化以表达和分泌免疫调节蛋白，例如通过工程化细胞以包括编码免疫调节蛋白的表达载体来实现。在一些实施方案中，表达载体编码的免疫调节蛋白在分泌信号序列的可操作控制下，使得在细胞表达免疫调节蛋白时，免疫调节蛋白由工程化细胞分泌。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的表达在启动子的可操作控制下。启动子可以是例如诱导型启动子。在一些实施方案中，诱导型启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。在一些实施方案中，工程化细胞(例如，t细胞)还经工程化以在其表面上表达抗原受体，例如t细胞受体(tcr)或嵌合抗原受体(car)，所述抗原受体含有能够或者确实在抗原结合后诱导或介导t细胞信号传导的细胞内信号传导结构域。在一些方面中，细胞内信号传导结构域包含免疫受体酪氨酸基激活基序(itam)。因此，在一些实施方案中，工程化免疫细胞仅响应免疫细胞的激活才表达并分泌免疫调节蛋白，在一些方面中，包括响应工程化抗原受体对抗原的识别。本文还提供了将免疫调节蛋白引入受试者的方法，所述方法包括将工程化细胞或感染原(或包含工程化细胞或感染原的药物组合物)给予至受试者体内。在另一方面中，提供了调节受试者的免疫应答的方法，所述方法包括将工程化细胞(或包含工程化细胞或感染原的药物组合物)给予至受试者体内。在另一方面中，提供了治疗有需要的受试者(例如患有疾病、例如癌症的受试者)的方法，所述方法包括将有效量的工程化细胞或感染原(或包含工程化细胞或感染原的药物组合物)给予至受试者体内。工程化细胞可以是细胞群体，例如细胞培养物或多个单独工程化的细胞。在一些实施方案中，将所提供的工程化细胞给予受试者，并且响应诱导信号(例如，免疫细胞激活或给予诱导剂)，给予受试者的工程化细胞表达并分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，工程化细胞组成型表达并分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，工程化细胞定位至患病细胞或病灶，例如存在于肿瘤微环境中的细胞(例如，肿瘤细胞)，在一些方面中，这是由工程化细胞表达的工程化抗原受体对抗原的识别来介导，由此将所分泌的免疫调节蛋白靶向疾病或病灶位点(例如肿瘤微环境)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的同源结合配偶体是免疫细胞表达的细胞表面蛋白，所述免疫细胞与一种或多种其他免疫受体(例如，在淋巴细胞上)接合以诱导抑制性或激活信号。例如，淋巴细胞上的某些受体与其细胞表面同源结合配偶体相互作用以在抗原呈递细胞(apc)或靶细胞与淋巴细胞之间形成免疫突触(is)，可提供可调节免疫系统的共刺激或抑制性信号。在一些方面中，本文中所提供的免疫调节蛋白(其可由工程化细胞表达和分泌)可改变细胞表面蛋白配体与其受体的相互作用以调节免疫细胞(例如t细胞)活性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白与配体(同源结合配偶体)的结合调节(例如，诱导、增强或阻抑)免疫调节蛋白特异性地结合的细胞的免疫学免疫应答。在一些实施方案中，如所提供(例如由工程化细胞分泌)的可分泌免疫调节蛋白阻抑(例如抑制或拮抗)其同源结合配偶体。在一些实施方案中，在正常生理条件下，t细胞介导的免疫应答通过t细胞受体(tcr)的抗原识别来起始，并且通过共刺激和抑制性信号(即，免疫检查点蛋白)的平衡来调节。免疫系统依靠免疫检查点来预防自身免疫(即自身耐受)并防止组织在免疫应答期间(例如在针对病原体感染的攻击期间)收到过度损伤。然而，在一些情况下，这些免疫调节蛋白可在包括肿瘤在内的疾病和病症中失调，这是一种逃避免疫系统的机制。因此，在一些方面中，改变免疫细胞活性(例如t细胞活性)的免疫疗法可治疗其中免疫应答失调的某些疾病和病症。寻求调节is中的相互作用的治疗方法可受益于以对时间顺序和空间定向敏感的方式同时结合多个is靶的能力。当前的治疗方法无法实现这个目标。野生型受体和配体具有对同源结合配偶体的低亲和性，此可排除其作为可溶治疗剂的应用。另外，在一些方面中，可溶性受体和抗体通常一次仅结合单一靶蛋白和/或竞争性结合至其靶(例如，一次结合至不多于一个靶种类)，并且因此缺少同时结合多个靶的能力。并且虽然双特异性抗体以及包含双重抗原结合区域的模态可同时结合至多于一个靶分子，但这些模态的典型三维构型通常妨碍其以与其时间和空间需求一致的方式介入在is中发生的关键过程。需要全新类别的治疗分子，其具有抗体的特异性和亲和性，但还维持is中需要的大小、体积和空间定向约束。另外，所述治疗剂将能够非竞争性以及竞争性地结合至其靶。具有这些性质的分子将因此具有整合至is处的多蛋白复合物中并生成所需结合构型和所得生物活性的能力中的新颖功能。为此，新出现的免疫-肿瘤学治疗方案需要安全地打破肿瘤诱导的t细胞耐受性。当前最先进的免疫治疗剂阻断pd-1或ctla4，其为已知限制t细胞效应子功能的b7/cd28家族的关键抑制性分子。虽然针对所述单一靶的拮抗性抗体作用于破坏免疫突触检查点信号传导复合物，但其无法同时激活t细胞。相反，双特异性抗体方法激活t细胞，但无法同时阻断调节诱导信号的抑制性配体。为了解决这些缺点，提供可调节免疫细胞活性的免疫疗法，例如细胞疗法。在一些实施方案中，所提供的免疫疗法可增强免疫细胞信号传导，例如t细胞激活信号传导，和/或可阻断抑制性调节，这在一些情况下可同时进行。在一些实施方案中，所提供的免疫疗法涉及免疫突触的免疫球蛋白超家族(igsf)组分，已知所述组分具有t细胞激活和阻断抑制性配体中的双重作用。在一些方面中，从免疫系统配体(例如人类免疫系统配体自身)工程化的基于igsf的细胞疗法更可能以抗体或下一代双特异性试剂无法实现的方式，保持其正常装配至免疫突触的关键路径中的能力，并维持正常相互作用和调节功能。这是由于抗体相对大的尺寸以及其并非免疫突触的天然组分的事实所致。人类免疫系统配体的这些独特特征和经工程化以表达所述配体的亲和性修饰的变体的细胞，使得有希望提供新的免疫治疗功效和安全性水平。在特定方面中，所提供的工程化细胞提供可分泌免疫调节平台，其使用亲和性修饰的天然免疫配体生成免疫疗法生物制品，所述生物制品在多种肿瘤学和免疫学适应证的治疗中以可调亲和性结合至其一种或多种同源免疫受体。本说明书中提及的所有出版物(包括专利，专利申请、科学文章和数据库)出于所有目的通过引用其全文并入本文，其程度如同具体地和单独地指出每个单独的出版物(包括专利、专利申请、科学文章或数据库)通过引用并入。如果本文所述的定义与通过引用并入本文的专利、申请、公开申请和其他出版物中阐述的定义相反或不一致，则本文所述的定义优先于通过引用并入本文的定义。这里使用的章节标题仅用于组织目的，而不应解释为限制所描述的主题。i.定义除非另外定义，否则本文使用的所有领域术语、符号和其他技术和科学术语或用辞旨在具有与所要求保护的主题所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。在一些情况下，为了清楚和/或为了便于参考而在本文中定义具有通常理解的含义的术语，并且本文中包含的此类定义不应被解释为表示与本领域通常理解的实质性差异。除非在特殊情况中另有限制，否则在本说明书中通篇使用的术语定义如下。除非另外定义，本文所用的全部技术术语和科学术语、缩略词和缩写具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同意义。除非另有指示，否则用于化学和生物化学名称的缩写和符号符合iupac-iub命名法。除非另有说明，否则所有数值范围都包括定义所述范围的值以及中间的所有整数值。除非上下文明确另有指示，否则如在本说明书和所附权利要求书中所用，单数形式“一个(a)”、“一种(an)”和“所述”包括复数指示物。如在免疫球蛋白超家族结构域的情况中使用的术语“亲和性修饰的”意指哺乳动物免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，其具有改变的氨基酸序列(相对于相应野生型亲代或未经修饰igsf结构域)，使得与亲代野生型或未经修饰的(即，非亲和性修饰的)igsf控制结构域相比，其对其至少一种同源结合配偶体(可替代地“反结构”)具有增加的或降低的结合亲和性或亲合力。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域可含有野生型或未经修饰的igsf结构域中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个或更多氨基酸差异(例如氨基酸取代)。结合亲和性或亲合力的增加或降低可使用例如流式细胞术的熟知结合测定来确定。larsen等人，americanjournaloftransplantation，第5卷：443-453(2005)。还参见linsley等人，immunity，1：7930801(1994)。蛋白质对其一个或多个同源结合配偶体的结合亲和性或亲合力的增加达到以下值：比野生型igsf结构域对照高至少10％，并且在一些实施方案中，比野生型igsf结构域对照值高至少20％、30％、40％、50％、100％、200％、300％、500％、1000％、5000％或10000％。蛋白质对其至少一种同源结合配偶体的结合亲和性或亲合力的降低达到以下值：不大于对照的90％但不小于野生型igsf结构域对照值的10％，并且在一些实施方案中，不大于野生型igsf结构域对照值的80％、70％、60％、50％、40％、30％或20％但不小于所述对照值的10％。通过氨基酸残基的取代、添加或缺失，改变亲和性修饰的蛋白质的一级氨基酸序列。术语“亲和性修饰的igsf结构域”不被视为对通过其产生亲和性修饰的igsf结构域的任何特定其实组合物或方法强加任何条件。因此，本发明的亲和性修饰的igsf结构域并不限于随后通过任何特定的亲和性修饰过程转化为亲和性修饰的igsf结构域的野生型igsf结构域。亲和性修饰的igsf结构域多肽可例如从野生型哺乳动物igsf结构域序列信息开始生成，随后在电脑中针对与其同源结合配偶体的结合建模，并且最后以重组或化学方式合成以产生相关的亲和性修饰的igsf结构域组合物。在仅一个替代性例子中，亲和性修饰的igsf结构域可通过野生型igsf结构域的定点诱变来产生。因此，亲和性修饰的igsf结构域表示产物，并且不一定是通过任何给定方法产生的产物。可采用多种技术，包括重组方法、化学合成或其组合。如本文所用的术语“同种异体的”意指从一种生物体取出并随后输注或过继转移至相同物种的遗传上不同的生物体中的细胞或组织。如本文所用的术语“自体的”意指从生物体中取出并且之后输注或过继转移的同一生物体中的细胞或组织。自体细胞或组织可通过例如重组dna方法改变，使得其在遗传上不再与从所述生物体取出的天然细胞或天然组织相同。例如，天然自体t细胞可通过重组dna技术经遗传工程化以变为表达免疫调节蛋白(其可从工程化细胞分泌)和/或嵌合抗原受体(car)的自体工程化细胞，其在一些情况下涉及工程化t细胞或til(肿瘤浸润性淋巴细胞)。随后可将工程化细胞输注至从其分离天然t细胞的患者中。在一些实施方案中，所述生物体是人类或鼠类。如本文所用术语“结合亲和性”和“结合亲合力”分别意指在特异性结合条件下蛋白质对其同源结合配偶体(即，其反结构)的特异性结合亲和性和特异性结合亲合力。在生物化学动力学中，亲合力是指例如igsf结构域与其同源结合配偶体(即，其反结构)之间的个别非共价结合相互作用的多种亲和性的累积强度。因此，亲合力不同于亲和性，亲和性描述单一相互作用的强度。亲和性修饰的igsf结构域对其同源结合配偶体的结合亲和性的增加或减弱是相对于未经修饰的igsf结构域(例如，天然或野生型igsf结构域)的结合亲和性来确定。确定结合亲和性或亲合力的方法是本领域已知的。参见例如larsen等人，americanjoumaloftransplantation，第5卷：443-453(2005)。如本文所用术语“细胞表面反结构”(可替代地“同源细胞表面结合配偶体”)是在哺乳动物细胞上表达的反结构(可替代地是同源结合配偶体)。通常，细胞表面同源结合配偶体是跨膜蛋白。在一些实施方案中，细胞表面同源结合配偶体是受体。如本文所用的术语“嵌合抗原受体”或“car”是指在哺乳动物细胞上表达的人工(即人造)跨膜蛋白，其包含至少胞外结构域、跨膜和胞内结构域。任选地，car蛋白包括“间隔区”，其将胞外结构域与跨膜结构域共价连接。间隔区通常是通过肽键连接胞外结构域与跨膜结构域的多肽。car通常在哺乳动物淋巴细胞上表达。在一些实施方案中，car在哺乳动物细胞上表达，例如t细胞或肿瘤浸润淋巴细胞(til)。在t细胞上表达的car在本文中称作cart细胞或“car-t”。在一些实施方案中，car-t是t辅助细胞、细胞毒性t细胞、天然杀伤t细胞、记忆t细胞、调节性t细胞或γδt细胞。当在临床上用于例如过继性细胞转移中时，对患者肿瘤具有抗原结合特异性的car通常经工程化以在从患者获得的天然淋巴细胞上表达。然后将表达car的工程化淋巴细胞输注回患者体内。因此，淋巴细胞通常是自体t细胞，但在本发明范围内包括同种异体t细胞。car的胞外结构域包含抗原结合区域，例如在生理条件下与抗原(例如肿瘤特异性抗原)特异性地结合的抗体或其抗原结合片段(例如，scfv)。在特异性结合后，事件的生物化学链(即，信号转导)导致调节在其上表达car的细胞的免疫活性。因此，例如，在car-t的抗原结合区域与其抗原特异性结合后，可导致t细胞活性的免疫活性的变化，如细胞毒性、增殖或细胞因子产生的变化所反映。在一些实施方案中，car激活后的信号转导是由cd3-ζ链(“cd3-z”)来实现，其参与天然哺乳动物t细胞中的信号转导。car还可包含多个信号传导结构域，例如cd28、icos、41bb或ox40，以进一步调节性t细胞的免疫调节反应。cd3-z包含称为基于免疫受体酪氨酸的激活基序(itam)的保守基序，所述保守基序参与t细胞受体信号转导。关于蛋白质(例如igsf结构域或亲和性修饰的igsf结构域)的术语“同源结合配偶体”或“反结构”是指至少一种分子(通常天然哺乳动物蛋白)，参考蛋白在特异性地结合条件下与所述分子特异性地结合。在一些方面中，亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至相应天然或野生型igsf结构域的同源结合配偶体，但亲和性有所增加或降低。在特异性地结合条件下识别并特异性地结合其同源受体的配体种类是所述受体的反结构或同源结合配偶体的例子。天然配体在特异性地结合条件下识别并特异性地结合的受体是所述配体的同源结合配偶体的例子。反之，天然配体是受体的同源结合配偶体。例如，icosl特异性地结合至cd28和icos，并且因此这些蛋白质是icosl的同源结合配偶体。在另一例子中，肿瘤特异性抗原和其特异性地结合的亲和性修饰的igsf结构域彼此互为同源结合配偶体。在本发明中，“细胞表面分子种类”是在形成免疫突触的细胞(例如哺乳动物细胞，例如免疫细胞)上由所述细胞表达的免疫突触(is)的配体的同源结合配偶体。如本文所用的术语“竞争性结合”意指，蛋白质能特异性地结合至至少两个同源结合配偶体，但一个同源结合配偶体的所述特异性地结合抑制(例如阻止或妨碍)第二同源结合配偶体的同时结合。因此，在一些情况下，蛋白质不可能同时结合两个同源结合配偶体。通常，竞争性结合物含有相同或重叠的用于结合的结合位点，但这不是必需的。在一些实施方案中，由于第二同源结合配偶体的特异性结合，竞争性结合引起对蛋白质与其一种同源结合配偶体的特异性结合的可测量的抑制(部分或完全)。已知多种方法可对竞争性结合进行定量，例如elisa(酶联免疫吸附测定)或forte-biooctet实验系统。如本文所用的术语“保守氨基酸取代”意指氨基酸取代，其中氨基酸残基经另一氨基酸残基取代，所述另一氨基酸残基具有化学性质(例如电荷或疏水性)相似的侧链r基。具有化学性质相似的侧链的氨基酸基团的例子包括1)脂肪族侧链：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸；2)脂肪族-羟基侧链：丝氨酸和苏氨酸；3)含酰胺的侧链：天冬酰胺和谷氨酰胺；4)芳香族侧链：苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸；5)碱性侧链：赖氨酸、精氨酸和组氨酸；6)酸性侧链：天冬氨酸和谷氨酸；以及7)含硫侧链：半胱氨酸和甲硫氨酸。保守氨基酸取代基团为：缬氨酸-亮氨酸-异亮氨酸、苯丙氨酸-酪氨酸、赖氨酸-精氨酸、丙氨酸-缬氨酸、谷氨酸盐-天冬氨酸盐和天冬酰胺-谷氨酰胺。关于蛋白质位置的术语“对应于”，例如以下叙述：核苷酸或氨基酸位置“对应于”所公开序列中的核苷酸或氨基酸位置，例如序列表中所述，是指在与所公开序列对齐后，基于结构序列比对或使用标准比对算法(例如gap算法)鉴别的核苷酸或氨基酸位置。通过比对序列，本领域技术人员可例如使用保守和相同的氨基酸残基作为指导来鉴别相应残基。术语“细胞因子”包括例如但不限于白介素、干扰素(ifn)、趋化因子、造血生长因子、肿瘤坏死因子(tnf)和转化生长因子。通常，这些是小分子量蛋白，其调节免疫系统细胞的成熟、激活、增殖和分化。术语“衍生物”或“衍生的”是指通过直接或间接共价连接免疫调节蛋白而对其进行的修饰，以在保持或增强其治疗益处的同时改变诸如半衰期、生物利用度、免疫原性、溶解性、毒性、效力或功效等特征。衍生物可通过糖基化、聚乙二醇化、脂化或fc融合来制造。在一些实施方案中，免疫调节蛋白未经衍生。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不与半衰期延长部分(例如fc结构域)缀合。如本文所用，“结构域”(通常是3个或更多个，一般5或7个或更多氨基酸，例如10至200个氨基酸残基)是指分子(例如蛋白质或编码核酸)的一部分，其在结构上和/或功能上与所述分子的其他部分不同，并且是可鉴别的。例如，结构域包括多肽链的那些部分，所述部分可在由一个或多个结构基序构成的蛋白质内形成独立折叠的结构和/或借助功能活性(例如结合活性)而被识别。蛋白质可具有一个或多于一个独特结构域。例如，结构域可依据一级序列或结构与相关家族成员的同源性(例如与基序的同源性)来鉴别、定义或区分。在另一个例子中，结构域可以通过其功能来区分，例如与生物分子(例如同源结合配偶体)相互作用的能力。结构域可独立地展现生物学功能或活性，使得结构域可独立地或与另一份子融合后发挥活性，例如结合。结构域可以是线性氨基酸序列或非线性氨基酸序列。多种多肽含有多个结构域。所述结构域是已知的，并且可由本领域技术人员来鉴别。对于本文中的示例，提供定义，但应理解，通过名称识别特定结构域在本领域技术范围内。如果需要，可采用适当软件来鉴别结构域。应理解，提及用于描述igsf结构域的结构域组织的氨基酸，包括提及作为seqidno陈述的具体序列，是用于说明性目的，并不欲限制所提供实施方案的范围。应理解，多肽和其结构域的描述是在理论上基于与相似分子的同源性分析和比对而导出的。因此，确切基因座可变，并且每一蛋白质不一定相同。因此，具体igsf结构域(例如具体igv结构域或igc结构域)可以是长出或短出若干个氨基酸(一个、两个、三个或四个)。如本文所用术语“胞外结构域”、“细胞外结构域”或“ecd”是指膜蛋白(例如跨膜蛋白)中位于囊泡膜外(例如，细胞外空间)的区域。胞外结构域通常与特异性配体或特异性细胞表面受体相互作用，例如通过特异性地结合至配体或细胞表面受体的结合结构域来相互作用。术语“有效量”或“治疗有效量”是指本发明治疗组合物(例如含有工程化细胞的组合物)在单独(即，作为单一疗法)或与其他治疗剂组合地离体(通过与来自患者的细胞接触)或在体内(通过给予至患者体内，例如通过过继转移来给予)给予时，对疾病进展(例如通过改善或消除症状)和/或病因产生统计学显著的抑制的量和/或浓度。治疗免疫系统疾病或障碍的有效量可以是减轻、减少或缓解与所述疾病或障碍相关的至少一种症状或生物反应或效应、阻止所述疾病或障碍进展或改进患者的身体机能的量。在细胞疗法的情况下，有效量是给予患者的细胞的有效剂量或数目。在一些实施方案中，患者是人类患者。如本文所用的术语“胞内结构域”是指在一些膜蛋白(例如跨膜蛋白)中发现的区域，其延伸至由细胞表面膜界定的内部空间中。在哺乳动物细胞中，胞内结构域是膜蛋白的细胞质区域。在细胞中，胞内结构域与细胞内成分相互作用，并且可在信号转导中发挥作用，并且因此在一些情况下可以是细胞内信号传导结构域。细胞跨膜蛋白的胞内结构域可替代地称为细胞质结构域，其在一些情况下可以是细胞质信号传导结构域。如本文所用术语“增强的”或“增加的”在增加哺乳动物淋巴细胞的免疫活性的情况下意指增加淋巴细胞的一种或多种活性。增加的活性可以是增加的细胞存活、细胞增殖、细胞因子产生或t细胞的细胞毒性中的一种或多种，如增加统计学上显著的量。在一些实施方案中，提及增加的免疫活性意指增加干扰素γ(ifn-γ)产生，如增加统计学上显著的量。评价淋巴细胞活性的方法为本领域中已知，包括如本文所述的任何测定。在一些实施方案中，增强可以是大于非零对照值至少10％、20％、30％、40％、50％、75％、100％、200％、300％、400％或500％的增加。如本文所用的术语“工程化细胞”是指已通过人为介入(例如通过重组dna方法或病毒转导)进行遗传修饰的哺乳动物细胞。在一些实施方案中，工程化细胞是免疫细胞，例如淋巴细胞(例如，t细胞、b细胞、nk细胞)或抗原呈递细胞(例如，树突细胞)。所述细胞可以是来自患者的原代细胞或可以是细胞系。在一些实施方案中，工程化细胞能表达并分泌如本文所述的免疫调节蛋白。在一些实施方案中，工程化细胞还表达或含有工程化t细胞受体(tcr)或嵌合抗原受体(car)。如本文所用术语“工程化t细胞”是指已通过人类介入(例如通过重组dna方法)进行遗传修饰的t细胞，例如t辅助细胞、细胞毒性t细胞(可替代地，细胞毒性t淋巴细胞或ctl)、天然杀伤t细胞、调节性t细胞、记忆t细胞或γδt细胞。在一些实施方案中，工程化t-细胞能表达并分泌如本文所述的免疫调节蛋白。术语“工程化t细胞受体”或“工程化tcr”是指经工程化以用所需亲和性特异性地结合至经选择、克隆和/或随后引入t细胞群体中的主要组织相容性复合物(mhc)/肽靶抗原的t细胞受体(tcr)，其通常用于过继性免疫疗法。与工程化tcr相反，car经工程化以非mhc依赖性方式结合靶抗原。“表达于”细胞上的蛋白质在本文中用于指由细胞表达的蛋白质，并且其中蛋白质的至少一部分存在于细胞表面上。在细胞上表达的蛋白质包括跨膜蛋白或细胞表面受体。在一些实施方案中，蛋白质缀合至小分子部分，例如药物或可检测标记。术语“半衰期延长部分”是指多肽融合物或化学缀合物的部分，与未与所述部分如此缀合的蛋白质的半衰期相比，所述部分延长了在哺乳动物血清中循环的蛋白质的半衰期。在一些实施方案中，半衰期延长大于或大于约1.2倍、1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5.0倍或6.0倍。在一些实施方案中，与不含半衰期延长部分的蛋白质相比，在体内给予后，半衰期延长超过6小时、超过12小时、超过24小时、超过48小时、超过72小时、超过96小时或超过1周。半衰期是指蛋白质丧失其浓度、量或活性的一半所耗时间长度。半衰期可例如通过使用elisa测定或活性测定来确定。示例性半衰期延长部分包括fc结构域、多聚化结构域、聚乙二醇(peg)、羟乙基淀粉(hes)、xten(延伸的重组肽；参见，wo2013130683)、人血清白蛋白(hsa)、牛血清白蛋白(bsa)、脂质(酰化)和聚-pro-ala-ser(pas)和聚谷氨酸(谷氨酰胺化)。术语“宿主细胞”是指可用于表达由重组表达载体编码的蛋白质的任何细胞。宿主细胞可以是原核生物，例如大肠杆菌(e.coli)，或其可以是真核生物，例如，单细胞真核生物(例如，酵母或其他真菌)、植物细胞(例如，烟草或番茄植物细胞)、动物细胞(例如，人类细胞、猴细胞、仓鼠细胞、大鼠细胞、小鼠细胞或昆虫细胞)或杂交瘤。宿主细胞的例子包括中国仓鼠卵巢(cho)细胞或其衍生物，例如在无血清培养基中生长的veggiecho和相关细胞系，或缺乏dhfr的cho株系dx-b11。如本文所用术语“免疫突触(immunologicalsynapse)”或“免疫突触(immunesynapse)”(缩写为“is”)意指表达mhci(主要组织相容性复合物)或mhcii的哺乳动物细胞(例如抗原呈递细胞或肿瘤细胞)与哺乳动物淋巴细胞(例如效应t细胞或天然杀伤(nk)细胞之间的界面。如本文所用术语“免疫球蛋白”(缩写为“ig”)与术语“抗体”(缩写为“ab”)同义，并且是指哺乳动物免疫球蛋白，包括5个人类类别中的任一类别：iga(其包括子类iga1和iga2)、igd、ige、igg(其包括子类igg1、igg2、igg3和igg4)和igm。所述术语还包括小于全长的、完全或部分合成的(例如，重组或化学合成)或天然产生的免疫球蛋白，例如抗原结合片段(fab)、含有vh和vl的可变片段(fv)、含有在一条链中连接在一起的vh和vl的单链可变片段(scfv)，以及其他抗体v区片段，例如fab′、f(ab)2、f(ab′)2、dsfv双链抗体、fc和fd多肽片段。同双特异性和异双特异性的双特异性抗体包括在所述术语的含义内。免疫球蛋白分子的fc(可结晶片段)区域或结构域(也称为fc多肽)主要对应于免疫球蛋白重链的恒定区，并且负责多种功能，包括一种或多种抗体的效应子功能。免疫球蛋白fc融合物(“fc融合物”)是包含可操作地连接至免疫球蛋白的fc区的一个或多个多肽(或一个或多个小分子)的分子。fc融合物可包含例如抗体的fc区(在一些情况下，其促进效应子功能和药代动力学)和野生型或亲和性修饰的免疫球蛋白超家族结构域的igsf结构域(“igsf”)，或其他蛋白质或其片段。在一些实施方案中，fc是变体fc，其展现降低(例如降低大于30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)的活性以促进效应子功能。igsf结构域介导同源结合配偶体的识别(与抗体的抗体可变区对抗原的识别相当)。免疫球蛋白fc区可与一个或多个多肽或小分子(融合配偶体)间接或直接相连。多种接头为本领域中已知并且可用于将fc连接至融合配偶体以生成fc融合物。fc融合蛋白可包含直接或间接共价连接至至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫球蛋白fc区。相同种类的fc融合物可二聚化以形成fc融合物同二聚体，或使用不同种类形成fc融合物异二聚体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不与fc结构域或其任何部分缀合。如本文所用的术语“免疫球蛋白超家族”或“igsf”意指参与细胞的识别、结合或粘附过程的细胞表面蛋白和可溶蛋白的组。基于与免疫球蛋白(即抗体)共有的结构特征将分子归类为此超家族的成员；其都具有称为免疫球蛋白结构域或折叠的结构域。igsf的成员包括免疫系统的细胞表面抗原受体、共受体和共刺激分子、参与将抗原呈递至淋巴细胞的分子、细胞粘附分子、某些细胞因子受体和细胞内肌肉蛋白。其一般与免疫系统中的作用相关。免疫突触中的蛋白质通常是igsf的成员。igsf也可基于例如功能的共有性质分类为“亚家族”。所述亚家族通常由4至30个igsf成员组成。如本文所用术语“igsf结构域”或“免疫球蛋白结构域”或“ig结构域”是指igsf蛋白的结构性结构域。ig结构域是根据免疫球蛋白分子来命名。其含有约70-110个氨基酸并根据其大小和功能来归类。ig结构域具有特征性ig折叠，其具有由两条反平行β链形成的夹心样结构。夹心结构内侧上的疏水性氨基酸之间的相互作用以及b链和f链中的半胱氨酸残基之间形成的高保守二硫键稳定ig折叠。ig结构域的一端具有称为互补决定区的区段，其对于抗体对其配体的特异性是重要的。ig样结构域可以分类(为多个类别)为：igv、igc1、igc2或igi。大多数ig结构域是可变的(igv)或恒定的(igc)。具有9个β链的igv结构域通常长于具有7个β链的igc结构域。一些igsf成员的ig结构域的氨基酸序列与igv结构域相似，而大小与igc结构域相似。这些ig结构域称为igc2结构域，而标准igc结构域称为igc1结构域。t细胞受体(tcr)链含有细胞外部分中的两个ig结构域、n末端的一个igv结构域和与细胞膜邻近的一个igc1结构域。如本文所用的术语“igsf种类”意指具有相同或基本相同的一级氨基酸序列的igsf成员蛋白质的系综。每一哺乳动物免疫球蛋白超家族(igsf)成员定义属于所述igsf成员的所有igsf种类的唯一身份。因此，每个igsf家族成员相对于其他igsf家族成员是唯一的，并且因此特定igsf家族成员的每一种类相对于另一igsf家族成员的种类是唯一的。然而，由于翻译后修饰(例如糖基化、磷酸化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化和脂化)中的差异，属于相同igsf种类的分子之间可能存在变异。另外，单一igsf种类内由于基因多态性所致的微小序列差异构成单一igsf种类内的另一变异形式，如由于例如蛋白水解裂解所致的igsf种类的野生型截短形式。“细胞表面igsf种类”是在细胞(通常是哺乳动物细胞)的表面上表达的igsf种类。如本文所用术语“免疫活性”在哺乳动物淋巴细胞情况下是指一种或多种细胞存活、细胞增殖、细胞因子产生(例如，干扰素-γ)或t细胞的细胞毒性活性。测定工程化细胞的免疫活性(包括评估免疫调节蛋白的活性)的方法为本领域中已知并且包括但不限于在抗原刺激后扩增t细胞、在再刺激不存在下维持t细胞扩增的能力和在适当动物模型中的抗癌活性。测定还包括评价细胞毒性的测定，包括标准51cr释放测定(参见例如milone等人，(2009)moleculartherapy17：1453-1464)或流式细胞毒性测定，或基于阻抗的细胞毒性测定(peper等人(2014)journalofimmunologicalmethods，405：192-198)。可将评价工程化细胞的免疫活性的测定与对照未工程化细胞或与活性已知的含有一种或多种其他工程化重组受体(例如，抗原受体)的细胞相比较。“免疫调节蛋白”或“免疫调节多肽”是调节免疫活性的蛋白质。“调节(modulation)”或“调节(modulating)”免疫应答意指增强或阻抑免疫活性。免疫调节蛋白可以是单一多肽链或通过例如链间二硫键相互共价键结的至少两条多肽链的多聚体(二聚体或更高级多聚体)。因此，单体、二聚和更高级多聚蛋白在所定义术语的范围内。多聚蛋白可以是同多聚(具有相同多肽链)或异多聚(具有不同多肽链)。可分泌免疫调节蛋白为免疫调节蛋白类型。如本文所用的术语“增加”意指增加统计学上显著的量。增加可以是比非零对照值大至少5％、10％、20％、30％、40％、50％、75％、100％或更大。如本文所用的术语“淋巴细胞”意指哺乳动物免疫系统中自细胞的三种亚型中的任何一种。其包括天然杀伤细胞(nk细胞)(其在细胞介导的细胞毒性先天免疫中起作用)、t细胞(用于细胞介导的细胞毒性适应性免疫)和b细胞(用于体液、抗体驱动的适应性免疫)。t细胞包括t辅助细胞、细胞毒性t细胞、天然杀伤t细胞、记忆t细胞、调节性t细胞或γδt细胞。先天淋巴样细胞(ilc)也包括在淋巴细胞的定义中。“抑制性反结构”或“抑制性同源结合配偶体”是细胞膜蛋白，通常为受体，其在单独激活型受体附近近端结合时导致激活型受体介导的激活信号传导级联和表型的频率、持续时间、量值或强度的减弱。抑制性受体的例子包括pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3和vsig8。术语“刺激性反结构”或“刺激性同源结合配偶体”是细胞膜蛋白，通常为受体，其在激活并由此诱导信号转导时导致由所述受体介导的表型的频率、持续时间或强度增加。刺激性受体的例子包括cd28、icos和cd226。如本文所用的术语“淋巴细胞”意指哺乳动物免疫系统中自细胞的三种亚型中的任何一种。其包括天然杀伤细胞(nk细胞)(其在细胞介导的细胞毒性先天免疫中起作用)、t细胞(用于细胞介导的细胞毒性适应性免疫)和b细胞(用于体液、抗体驱动的适应性免疫)。t细胞包括：t辅助细胞、细胞毒性t细胞、天然杀伤t细胞、记忆t细胞、调节性t细胞或γδt细胞。先天淋巴样细胞(ilc)也包括在淋巴细胞的定义中。术语“哺乳动物”、“受试者”或“患者”明确包括提及以下各项中的至少一种：人类、黑猩猩、罗猴、食蟹猴、犬、猫、小鼠或大鼠。如本文所用的术语“膜蛋白”意指在生理条件下直接或间接地附接至脂质双层的蛋白质。形成膜的脂质双层可以是生物膜，例如真核(例如哺乳动物)细胞膜或人工(即人造)膜，例如在脂质体上发现的膜。膜蛋白附接至脂质双层可借助共价附接或借助非共价相互作用(例如疏水或静电相互作用)来实现。膜蛋白可以是膜内在蛋白或外周膜蛋白。是外周膜蛋白的膜蛋白非共价附接至脂质双层或非共价附接至膜内在蛋白。外周膜蛋白形成与脂质双层的临时附接，使得在哺乳动物的生理条件范围内，外周膜蛋白可与脂质双层缔合和/或解离。与外周膜蛋白相反，膜内在蛋白与膜的脂质双层形成基本永久性的附接，使得在哺乳动物的生理条件范围内，膜内在蛋白不从其与脂质双层的附接中解离。膜蛋白可借助脂质双层的一层形成与膜的附接(单面)，或借助膜的两层附接(多面)。仅与一个脂质双层相互作用的膜内在蛋白是“内在单面蛋白”。与两个脂质双层相互作用的膜内在蛋白是“内在多面蛋白”，可替代地在本文中称为“跨膜蛋白”。如本文所用术语“调节(modulating)”或“调节(modulate)”在免疫应答(例如哺乳动物免疫应答)情况中是指现有或潜在免疫应答的任何改变(例如增加或降低)，所述免疫应答是由于给予免疫调节蛋白或由于给予表达免疫调节蛋白(例如本发明的可分泌免疫调节蛋白)的工程化细胞而发生。所述调节包括对免疫细胞的免疫活性的任何诱导、或程度或范围的改变、或阻抑。免疫细胞包括b细胞、t细胞、nk(自然杀伤)细胞、nkt细胞、专职性抗原呈递细胞(apc)和非专职性抗原呈递细胞，以及炎性细胞(嗜中性粒细胞、巨噬细胞、单核细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞)。调节包括赋予现有免疫应答、发展中的免疫应答、潜在免疫应答或诱导、调节、影响或响应免疫应答的能力的任何变化。调节包括作为免疫应答的一部分的免疫细胞中基因、蛋白质和/或其他分子的表达和/或功能的任何改变。免疫应答的调节或免疫活性的调节包括例如以下各项：免疫细胞的消除、缺失或隔离；可调节其他细胞(例如自体反应性淋巴细胞、抗原呈递细胞或炎症细胞)的功能性能力的免疫细胞的增殖、诱导、存活或生成；免疫细胞中无反应状态的诱导(即，无反应性)；增强或阻抑免疫细胞的活性或功能，包括但不限于改变这些细胞表达的蛋白质的模式。例子包括某些类别分子的改变的产量和/或分泌，所述分子例如细胞因子、趋化因子、穿孔蛋白、粒酶、生长因子、转录因子、激酶、共刺激分子、或其他细胞表面受体或这些调节事件的任一组合。调节可例如通过相对于经野生型igsf蛋白工程化的细胞，工程化细胞的免疫活性的改变来评价，例如工程化细胞的细胞毒性活性的改变或工程化细胞细胞因子分泌的改变。如本文所用的术语“分子种类”意指具有相同或基本相同的一级氨基酸序列的蛋白质的系综。每一哺乳动物免疫球蛋白超家族(igsf)成员定义相同或基本相同的分子种类的集合。因此，例如，人类cd80是igsf成员并且每一人类cd80分子是cd80的种类。具有相同分子种类的分子之间的变异可由于翻译后修饰(例如糖基化、磷酸化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化和脂化)中的差异而发生。另外，单一分子种类内由于基因多态性所致的微小序列差异构成单一分子种类内的另一种变异形式，如由于例如蛋白水解裂解所致的单一分子种类的野生型截短形式。“细胞表面分子种类”是在哺乳动物细胞上表达的分子种类。将两个或更多个不同种类的蛋白质称为彼此呈“顺式”或“顺式构型”，其中每一种类仅存在于形成is的两个哺乳动物细胞的一个细胞上或仅存在于另一(但不是两个)细胞上。将两个不同种类的蛋白质称为彼此呈“反式”或“反式构型”，其中第一种类仅存在于形成is的两个哺乳动物细胞的一个细胞上，并且第二种类仅存在于形成is的两个哺乳动物细胞的第二个细胞上。在形成is的两个哺乳动物细胞上存在的两个不同种类的蛋白质在这些细胞上同时呈顺式和反式构型。如本文所用的术语“非竞争性结合”意指蛋白质同时特异性地结合至至少两个同源结合配偶体的能力。在一些实施方案中，结合发生在特异性结合条件下。因此，所述蛋白质能同时结合至至少两种不同同源结合配偶体，但结合相互作用无需相同的持续时间，使得在一些情况下，所述蛋白质仅特异性结合至所述同源结合配偶体之一。在一些实施方案中，同时结合使得一种同源结合配偶体的结合不会显著抑制与第二种同源结合配偶体的同时结合。在一些实施方案中，非竞争性结合意指，将第二同源结合配偶体与其在蛋白质上的结合位点结合不会代替第一同源结合配偶体与其在蛋白质上的结合位点的结合。评价非竞争性结合的方法为本领域所熟知，例如perezdelalastra等人，immunology，1999年4月：96(4)：663-670中描述的方法。在一些情况下，在非竞争性相互作用中，第一同源结合配偶体在与第二同源结合配偶体的相互作用位点不重叠的相互作用位点处特异性地结合，使得第二同源结合配偶体的结合不直接干扰第一同源结合配偶体的结合。因此，第二同源结合配偶体的结合对同源结合配偶体的结合的任何影响是通过除了直接干扰第一同源结合配偶体的结合以外的机制来实现。例如，在酶-底物相互作用的情况下，非竞争性抑制剂与酶的活性位点以外的位点结合。非竞争性结合涵盖非竞争性结合相互作用，其中第二同源结合配偶体在与第一同源结合配偶体的结合不重叠的相互作用位点处特异性地结合，但仅在第一相互作用位点被第一同源结合配偶体占据时才与第二相互作用位点结合。术语“核酸”与“多核苷酸”可互换使用，是指呈单链或双链形式的核酸残基(例如，脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)的聚合物。除非明确限制，否则所述术语涵盖含有天然核苷酸的已知类似物的核酸，并且所述类似物具有与所述天然核苷酸类似的结合特性，并且以与天然存在的核苷酸类似的方式代谢。除非另有指示，否则特定核酸序列还暗示涵盖其保守修饰的变体(例如，简并密码子取代)和互补核苷酸序列以及明确指示的序列。具体地，简并密码子取代可通过生成其中一个或多个所选(或所有)密码子的第三位置经混合碱基和/或脱氧肌苷残基取代的序列来实现。术语核酸或多核苷酸涵盖基因编码的cdna或mrna。术语“药物组合物”是指适用于哺乳动物受试者(通常为人类)中的医药用途的组合物。药物组合物通常包含有效量的活性剂(例如，免疫调节蛋白或表达和/或分泌本发明免疫调节蛋白的工程化细胞)和载体、赋形剂或稀释剂。载体、赋形剂或稀释剂通常分别是药学上可接受的载体、赋形剂或稀释剂。术语“多肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用并且是指通过肽键连接的两个或更多个氨基酸的分子链。所述术语并非是指具体长度的产物。因此，“肽”和“寡肽”包括于多肽的定义内。所述术语包括多肽的翻译后修饰，例如糖基化、乙酰化、磷酸化等。所述术语还包括其中包括一个或多个氨基酸类似物或非经典或非天然氨基酸的分子，如可合成或使用已知的蛋白质工程化技术重组表达的。另外，蛋白质可通过熟知的有机化学技术如本文所述来衍生。如本文所用的术语“原代t细胞测定”是指测量干扰素-γ(“ifn-γ”)表达的体外测定。多种所述原代t细胞测定是本领域已知的，例如实施例6中所述。在优选实施方案中，所用测定是抗cd3共固定化测定。在此测定中，原代t细胞是通过用或不用其他重组蛋白固定的抗cd3刺激。在通常24-72小时的时间点收获培养上清液。在另一实施方案中，所用测定是混合淋巴细胞反应(mlr)。在此测定中，原代t细胞是用同种异体apc模拟。在通常24-72小时的时间点收获培养上清液。通过标准elisa技术在培养上清液中测量人类ifn-γ水平。商业试剂盒可从供应商获得，并且根据制造商的推荐进行所述测定。如应用于核酸(例如编码可分泌免疫调节蛋白)或蛋白质(例如，免疫调节蛋白)的术语“经纯化”通常表示如通过本领域中熟知的分析技术所确定基本上不含其他组分的核酸或多肽(例如，经纯化多肽或多核苷酸在电泳凝胶、色谱洗脱物和/或经历密度梯度离心的介质中形成离散区带)。例如，在电泳凝胶中产生基本上一个区带的核酸或多肽“经纯化”。经纯化核酸或蛋白质是至少约50％纯的，通常至少约75％、80％、85％、90％、95％、96％、99％或更高纯度(例如，重量百分比或基于摩尔的百分比)。术语“重组”指示，材料(例如，核酸或多肽)已通过人为介入发生人工(即非天然)改变。可以对在其自然环境或状态内的材料进行改变或从其自然环境或状态取出的材料进行改变。例如，“重组核酸”是通过例如在克隆、亲和性修饰、dna改组或其他熟知的分子生物学程序期间重组核酸来制备的核酸。“重组dna分子”包括借助所述分子生物学技术接合在一起的dna区段。如本文所用术语“重组蛋白”或“重组多肽”是指使用重组dna分子表达的蛋白质分子(例如，免疫调节蛋白)。“重组宿主细胞”是含有和/或表达重组核酸或以其他方式通过遗传工程化改变的细胞，例如通过向细胞中引入编码重组蛋白(例如本文所提供的免疫调节蛋白)的核酸分子来改变。真核生物中的转录控制信号包含“启动子”和“增强子”元件。启动子和增强子由dna序列的短阵列组成，所述dna序列与参与转录的细胞蛋白特异性相互作用。已经从多种真核来源分离了启动子和增强子元件，所述真核来源包括酵母、昆虫和哺乳动物细胞和病毒中的基因(类似的控制元件，即启动子，也见于原核生物中)。特定启动子和增强子的选择取决于用于表达所关注蛋白质的细胞类型。如本文所用的术语“可操作组合”、“以可操作顺序”和“可操作地连接”是指核酸序列以产生能够指导给定基因的转录和/或所需蛋白质分子的合成的核酸分子的方式或定向来连接核酸序列。所述术语还是指以使得产生和/或转运功能蛋白的方式连接氨基酸序列。如本文所用术语“重组表达载体”是指含有所需编码序列(例如，编码免疫调节蛋白)和在特定细胞中表达可操作地连接的编码序列所需的适当核酸序列的dna分子。在原核生物中表达所需的核酸序列包括启动子、任选地操纵子序列、核糖体结合位点和可能的其他序列。已知真核细胞利用启动子、增强子以及终止和多腺苷酸化信号。分泌性信号肽序列也可任选地由重组表达载体编码，所述重组表达载体可操作地连接至编码序列，使得重组宿主细胞可分泌所表达的蛋白质，从而在需要时更容易地从细胞分离融合蛋白。所述术语包括作为自复制核酸结构的载体以及并入宿主细胞的基因组中的载体，将所述载体引入所述宿主细胞中。所述载体尤其是病毒载体，如慢病毒载体。术语“选择性”是指与对另一种底物(例如主题蛋白质的不同同源结合配偶体)的特异性结合相比，主题蛋白质或多肽对一种底物(例如一种同源结合配偶体)的特异性结合的偏好。选择性可反映为主题蛋白质和第一底物(例如第一同源结合配偶体)的结合活性(例如结合亲和性)(例如kd1)与相同主题蛋白质和第二同源结合配偶体的结合活性(例如结合亲和性)(例如，kd2)的比率。如本文所用的术语“序列同一性”分别是指在核苷酸或氨基酸水平上的基因或蛋白质之间的序列同一性。“序列同一性”是在氨基酸水平上的蛋白质之间的同一性的量度和在核苷酸水平上的核酸之间的同一性的量度。蛋白质序列同一性可通过比较在比对序列时每个序列中给定位置的氨基酸序列来确定。类似地，核酸序列同一性可通过比较在比对序列时每个序列中给定位置的核苷酸序列来确定。比对序列以供比较的方法为本领域所熟知，所述方法包括gap、bestfit、blast、fasta和tfasta。blast算法计算序列同一性百分比并对两个序列之间的相似性进行统计分析。用于进行blast分析的软件可通过国家生物技术信息中心(nationalcenterforbiotechnologyinformation，ncbi)网站公开获得。如本文所用的关于蛋白质的术语“可溶的”意指，蛋白质不是膜蛋白。通常，可溶蛋白仅含有igsf家族成员受体的细胞外结构域或其含有一个或多个igsf结构域或其特异性结合片段的部分。如本文所用术语“种类”在核酸序列或多肽序列的情况下是指所述序列的相同集合。与全长种类在氨基末端或羧基末端相差(或编码差异)不多于1、2或3个氨基酸残基的轻度截短的序列被视为属于单一种类。所述微观不均一性是制造蛋白质的常见特征。如本文所用术语“特异性地结合”意指蛋白质在特异性地结合条件下结合至靶蛋白使得其亲和性或亲合力大至相同蛋白质与足够统计尺寸的随机肽或多肽的集合的平均亲和性或亲合力的至少10倍，且任选地50、100、250或500倍，或甚至至少1000倍的能力。特异性地结合的蛋白质不需要仅结合至单一靶分子(例如，其同源结合配偶体)，而是由于靶与非靶(例如，旁系同源物或直系同源物)之间的结构构象的相似性，可特异性地结合至非靶分子。本领域技术人员将认识到，与不同动物物种中具有相同功能的分子(即直系同源物)或与具有与靶分子基本相似的表位的非靶分子(例如，旁系同源物)的特异性结合是可能的，并且不会减弱相对于独特非靶的统计学上有效的集合(例如随机多肽)确定的结合特异性。因此，由于交叉反应性，本发明的亲和性修饰的多肽可特异性地结合至多于一种不同种类的靶分子。通常，所述脱靶特异性结合是通过降低对不需要的靶的亲和性或亲合力来减轻。可使用固相elisa免疫测定或biacore测量来确定两种蛋白质之间的特异性结合。通常，两种结合蛋白之间的相互作用具有小于约1x10-5m、并且通常低至约1x10-12m的解离常数(kd)。在本公开文本的某些方面中，两种结合蛋白之间的相互作用具有小于约1x10-6m、1x10-7m、1x10-8m、1x10-9m、1x10-10m或1x10-11m的解离常数。如本文所用的关于成熟(即，不存在信号肽)野生型igsf结构域的术语“特异性地结合片段”或“片段”意指短于全长成熟igsf结构域并且在体外和/或在体内特异性地结合至野生型igsf结构域的天然同源结合配偶体的多肽。在一些实施方案中，特异性结合片段为全长成熟野生型序列的序列长度的至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％。特异性结合片段的序列可经改变以形成本发明的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，特异性结合片段调节淋巴细胞的免疫活性。如本文所用术语“阻抑”或“减弱”或“降低”意指减少统计上显著的量。在一些实施方案中，阻抑可以是至少10％，并且多达20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的减少。如本文所用，关于合成核酸分子或合成基因或合成肽的“合成的”是指通过重组方法和/或通过化学合成方法产生的核酸分子或多肽分子。如本文所用的术语“跨膜蛋白”意指基本或完全跨越脂质双层的膜蛋白，所述脂质双层例如在生物膜(例如哺乳动物细胞)中或在人工构建体(例如脂质体)中发现的那些脂质双层。跨膜蛋白包含跨膜结构域(“跨膜结构域”)，所述跨膜蛋白通过所述跨膜结构域整合至脂质双层中，并且所述整合通过所述跨膜结构域在生理条件下是热力学稳定的。跨膜结构域通常可通过任何数目的市售生物信息学软件应用，基于其相对于与水性环境(例如胞质溶胶、细胞外液)相互作用的蛋白质区域提高的疏水性，从其氨基酸序列来预测。跨膜结构域通常为跨越膜的疏水性α螺旋。跨膜蛋白可一次或多次穿过脂质双层的两层。如本文所用术语疾病或障碍的“治疗(treating)”、“治疗(treatment)”或“疗法”意指通过给予单独的或与如本文所述另一化合物组合的免疫调节蛋白或表达本发明跨膜免疫调节蛋白的工程化细胞来减慢、停止或逆转疾病或障碍的进展，如通过临床或诊断症状的减少、停止或消除来证实。“治疗(treating)”、“治疗(treatment)”或“疗法”还意指急性或慢性疾病或障碍中症状严重性的降低，或如例如在复发型或缓解型自身免疫疾病病程的情况下复发率的降低，或在自身免疫疾病的炎症性方面的情况下炎症的减少。如本文在癌症情况下所用，术语癌症的“治疗”或“抑制(inhibit)”、“抑制(inhibiting)”或“抑制(inhibition)”是指以下各项中的至少一种：肿瘤生长速率的统计上显著的降低、肿瘤停止生长，或肿瘤的大小、质量、代谢活动或体积的减少，如通过标准准则所测量，所述标准准则例如但不限于实体肿瘤的反应评估准则(recist)或无进展存活(pfs)或总存活(os)的统计上显著的增加。如在本发明情况下所用的疾病或障碍的“预防(preventing)”、“预防(prophylaxis)”或“预防(prevention)”是指给予单独的或与另一化合物组合的免疫调节蛋白或表达本发明免疫调节蛋白的工程化细胞，以防止疾病或障碍或疾病或障碍的一些或所有症状出现或发作，或减少疾病或障碍发作的可能性。如本文所用术语“肿瘤特异性抗原”或“tsa”是指主要存在于哺乳动物受试者的肿瘤细胞上但通常在哺乳动物受试者的正常细胞上无发现的抗原。在一些情况下，肿瘤特异性抗原是igsf成员的反结构或同源结合配偶体。肿瘤特异性抗原不一定是肿瘤细胞所独有，但特定哺乳动物中具有肿瘤特异性抗原的细胞的百分比足够高，或肿瘤表面上肿瘤特异性抗原的水平足够高，使得其可被抗肿瘤治疗剂所靶向并向哺乳动物提供针对肿瘤效应的预防或治疗。在一些实施方案中，在来自具有肿瘤的哺乳动物的细胞的随机统计样品中，展示tsa的细胞的至少50％是癌性的。在其他实施方案中，展示tsa的细胞的至少60％、70％、80％、85％、90％、95％或99％是癌性的。如本文所用术语“野生型”或“天然(natural)”或“天然(native)”是结合例如核酸分子、蛋白质、igsf成员、宿主细胞等生物材料使用，是指在自然界中发现并且未通过人类介入修饰的那些材料。ii.含有亲和性修饰的结构域的免疫调节蛋白在一些实施方案中，与野生型哺乳动物igsf成员的igsf结构域相比，包括可分泌免疫调节蛋白(sip)或跨膜免疫调节蛋白(tip)在内的免疫调节蛋白包括至少一个亲和性修饰的igsf结构域。野生型哺乳动物igsf成员不包括抗体(即，免疫球蛋白)，例如那些哺乳动物抗体或可具有哺乳动物来源的抗体。因此，本发明涉及是非免疫球蛋白(即，非抗体)igsf结构域的igsf结构域。并非免疫球蛋白(即抗体)的野生型哺乳动物igsf家族成员为本领域中已知，其核酸和氨基酸序列也为本领域已知。所有非免疫球蛋白哺乳动物igsf家族成员的野生型igsf结构域的亲和性修饰的igsf结构域都包括在本发明的范围内。在一些实施方案中，如在其多个实施方案中所提供的免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的哺乳动物igsf结构域，例如至少一个亲和性修饰的非免疫球蛋白哺乳动物igsf结构域。在一些实施方案中，非免疫球蛋白igsf家族成员和其中存在的相应igsf结构域是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类来源。在一些实施方案中，igsf家族成员是来自至少或确切地一个、两个、三个、四个、五个或更多个igsf亚家族的成员，例如：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族或杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。在一些实施方案中，至少一个igsf结构域衍生自igsf蛋白，所述igsf蛋白是以下各项中的任一种：cd80(b7-1)、cd86(b7-2)、cd274(pd-l1、b7-h1)、pdcd1lg2(pd-l2、cd273)、icoslg(b7rp1、cd275、icosl、b7-h2)、cd276(b7-h3)、vtcn1(b7-h4)、cd28、ctla4、pdcd1(pd-1)、icos、btla(cd272)、cd4、cd8a(cd8-α)、cd8b(cd8-β)、lag3、havcr2(tim-3)、ceacam1、tigit、pvr(cd155)、pvrl2(cd112)、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r1(cd200r)、ncr3(nkp30)、vista、vsig3和vsig8。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有至少一个亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，与是哺乳动物igsf成员的非免疫球蛋白igsf家族成员的相应igsf结构域相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的。在一些实施方案中，哺乳动物igsf成员是igsf成员之一或包含来自如表1中所指示的igsf成员之一的igsf结构域，包括其任何哺乳动物直系同源物。直系同源物是通过物种形成从共同的祖先基因进化的不同种类的基因。通常，直系同源物在进化过程中保持相同功能。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的igv或igc结构域，包括igc1或igc2结构域。在一些实施方案中，本发明的免疫调节蛋白包含野生型哺乳动物非免疫球蛋白(即，非抗体)igsf家族成员的细胞外结构域的序列，但其中所述免疫调节蛋白中的至少一个igsf结构域是亲和性修饰的。仅举例来说，在一些实施方案中，野生型哺乳动物非免疫球蛋白igsf家族成员包含第一igsf结构域和第二igsf结构域，并且免疫调节蛋白包含野生型igsf家族成员的第一igsf结构域和第二igsf结构域，但至少第一igsf结构域或第二igsf结构域是亲和性修饰的。包含野生型哺乳动物免疫球蛋白(即，非抗体)igsf家族成员的细胞外结构域序列，但其中至少一个igsf结构域的亲和性修饰的免疫调节蛋白可被称为“i型”免疫调节蛋白。存在于igsf家族内的其他结构域可以是亲和性修饰的，例如至少两个、三个、四个或五个igsf结构域，并且在一些实施方案中，确切地两个、三个、四个或五个igsf结构域。在本发明免疫调节蛋白一些实施方案中，哺乳动物igsf成员将为如表1中所指示的igsf成员之一，包括其任何哺乳动物直系同源物。表1的第一栏提供了所述特定igsf成员的名称，以及任选地一些可能的异名的名称。第二栏提供uniprotkb数据库的蛋白质标识符，uniprotkb数据库是可通过因特网在uniprot.org访问的可公开获得的数据库。universalproteinresource(uniprot)是蛋白质序列和注释数据的综合性资源。uniprot数据库包括uniprotknowledgebase(uniprotkb)。uniprot是欧洲生物信息研究所(embl-ebi)、sib瑞士生物信息研究所和蛋白质信息资源(pir)之间的合作项目，并且主要由美国国立卫生研究院(nih)的资助支持。第三栏提供所指示igsf结构域所在的区域。所述区域被规定为一个范围，其中结构域包括界定所述范围的残基。第3栏还指示所规定igsf区域的igsf结构域类别。第4栏提供所指示其他结构域所在的区域(信号肽，s；细胞外结构域，e；跨膜结构域，t；细胞质结构域，c)。第5栏指示一些列出的igsf成员，igsf成员的一些同源细胞表面结合配偶体。通常，所提供实施方案的免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域是人类或鼠类的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有至少一个亲和性修饰的结构域和至少一个非亲和性修饰的igsf结构域(例如，未经修饰或野生型igsf结构域)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有至少两个亲和性修饰的结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有多个非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域，例如1、2、3、4、5或6个非亲和性修饰的igsf和/或亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含在野生型igsf家族成员中未发现的亲和性修饰的和/或非亲和性修饰的igsf结构域序列的组合(“非野生型组合”)和/或布置(“非野生型布置”或“非野生型排列”)(“ii型”免疫调节蛋白)。非亲和性修饰的(例如，野生型)或亲和性已经修饰的igsf结构域的序列可以是哺乳动物来源，例如来自小鼠、大鼠、食蟹猴或人类来源或其组合。在一些实施方案中，非亲和性修饰的结构域的序列是表1中所述的任一igsf结构域。存于ii型免疫调节蛋白的这些实施方案中的所述非亲和性修饰的或亲和性修饰的igsf结构域(非野生型组合或非野生型布置)的数目为至少2、3、4或5个，并且在一些实施方案中，确切地2、3、4或5个igsf结构域。在一些实施方案中，至少两个亲和性修饰的igsf结构域是相同的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是不相同(即，不同)的igsf结构域。不相同的亲和性修饰的igsf结构域在特异性地结合条件下特异性地结合不同同源结合配偶体，并且不论其设计来源的野生型igsf结构域是否相同，都是“不相同的”。因此，例如，本发明免疫调节蛋白中至少两个不相同的igsf结构域的组合可包含至少一个其来源来自一个igsf家族成员并且为所述igsf家族成员所独有的igsf结构域序列，以及至少一个其来源来自另一igsf家族成员的第二igsf结构域序列，其中免疫调节蛋白的igsf结构域呈亲和性修饰的形式。然而，在替代性实施方案中，两个不相同的igsf结构域源自相同的igsf结构域序列，但亲和性以不同方式经修饰，使得其特异性地结合至不同同源结合配偶体。在一些实施方案中，存于本发明免疫调节蛋白中的不相同的亲和性修饰的igsf结构域的数目为至少2、3、4或5个，并且在一些实施方案中，确切地为2、3、4或5个不相同的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，不相同的igsf结构域是来自表1中所指示的至少两个igsf成员的组合，并且在一些实施方案中，来自表1的至少三个或四个igsf成员。在其他实施方案中，本文所提供的免疫调节蛋白包含至少两个来自单一igsf成员但呈非野生型布置的igsf结构域。非野生型布置或排列的一个说明性例子是本发明的免疫调节蛋白，其相对于在野生型哺乳动物igsf家族成员中发现的那些igsf结构域序列，包含非野生型顺序的亲和性修饰的igsf结构域序列，所述野生型哺乳动物igsf家族成员的igsf结构域序列用作亲和性修饰的igsf结构域的来源。前述实施方案中的哺乳动物野生型igsf成员明确包括表1中列出的那些。因此，在一个例子中，如果野生型家族成员包含靠近蛋白质n末端的igc1结构域和远离n末端的igv结构域，那么本文所提供的免疫调节蛋白虽然呈亲和性修饰的形式，仍可包含靠近n末端的igv和远离n末端的igc1。亲和性修饰的igsf结构域的非野生型组合和非野生型布置二者在免疫调节蛋白中的存在也在本发明的范围内。免疫调节蛋白多肽链中的多个亲和性修饰的igsf结构域无需彼此直接共价连接。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸残基的介入跨度间接地将亲和性修饰的igsf结构域彼此共价键结。所述“肽接头”可以是单一氨基酸残基或更大长度。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域可以是亲和性修饰的以特异性地结合至单一(例如，1)或多个(例如，2、3、4或更多)在哺乳动物细胞上表达的反结构(也称为“同源结合配偶体”)。通常，同源结合配偶体是亲和性已经修饰的野生型igsf结构域的天然同源结合配偶体。在一些实施方案中，同源结合配偶体是igsf成员。在一些实施方案中，同源结合配偶体是非igsf家族成员。例如，在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域(例如btla，b淋巴细胞和t淋巴细胞减弱)的同源结合配偶体是非igsf成员同源结合配偶体hvem(疱疹病毒侵入介体)。btla-hvem复合物负向调节性t细胞免疫应答。存于免疫调节蛋白中的每一igsf结构域可以是亲和性修饰的，以独立地增加或减弱对其所结合的单一或多个同源结合配偶体中的每一个的特异性结合亲和性或亲合力。通过这种方法，将与多个同源结合配偶体中的每一个的特异性结合独立地调谐至特定的亲和性或亲合力。在一些实施方案中，igsf结构域的同源结合配偶体是野生型igsf结构域的至少一种、并且有时至少两种或三种反结构(同源结合配偶体)，例如表1中列出的那些。igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列是通过用至少一个取代、添加或缺失改变其序列来进行亲和性修饰。序列的改变可发生在同源结合配偶体的结合位点或别构位点。在一些实施方案中，编码igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的核酸是通过特殊的并且预定的核苷酸位点的取代、添加、缺失或其组合进行亲和性修饰，以产生编码本发明免疫调节蛋白的核酸。在一些对比实施方案中，编码igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的核酸是通过在核酸内的随机位点的取代、添加、缺失或其组合进行亲和性修饰。在一些实施方案中，采用两种方法(预定和随机)的组合。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域的设计是在电脑中进行。在一些实施方案中，相对于含有免疫球蛋白超家族(igsf)结构域的野生型或未经修饰的多肽或其部分，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域含有一个或多个氨基酸取代(可替代地，“突变”或“替代”)。在一些实施方案中，igsf结构域是igv结构域或igc结构域或igv结构域或igc结构域的特异性结合片段。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含亲和性修饰的igsf结构域，所述igsf结构域含有igv结构域或igc结构域或其特异性结合片段，其中至少一个氨基酸取代在igv结构域或igc结构域或其特异性结合片段中。在一些实施方案中，由于改变的结合活性或亲和性，igv结构域或igc结构域是亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列经不多于总计1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸取代、添加、缺失或其组合进行亲和性修饰。在一些实施方案中，igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列经至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸取代、添加、缺失或其组合进行亲和性修饰。在一些实施方案中，igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列经介于1个(或2、3、4、5、6、7、8或9个)与10个(或9、8、7、6、5、4、3或2个)之间的氨基酸取代、添加、缺失或其组合进行亲和性修饰。在一些实施方案中，igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列经不多于总计1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸取代进行亲和性修饰。在一些实施方案中，igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列经至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸取代进行亲和性修饰。在一些实施方案中，igsf结构域(例如哺乳动物igsf结构域)的序列经介于1个(或2、3、4、5、6、7、8或9个)与10个(或9、8、7、6、5、4、3或2个)之间的氨基酸取代进行亲和性修饰。在一些实施方案中，取代是保守取代。在一些实施方案中，取代是非保守的。在一些实施方案中，取代是保守取代与非保守取代的组合。在一些实施方案中，序列中的修饰是在igsf结构域对其同源结合配偶体的结合位点处进行。在一些实施方案中，野生型或未经修饰的igsf结构域是哺乳动物igsf结构域。在一些实施方案中，野生型或未经修饰的igsf结构域可以是igsf结构域，其包括但不限于人类、小鼠、食蟹猴或大鼠的igsf结构域。在一些实施方案中，野生型或未经修饰的igsf结构域是人类igsf结构域。在一些实施方案中，野生型或未经修饰的igsf结构域是或者包含igsf家族成员的细胞外结构域或其含有igsf结构域(例如，igv结构域或igc结构域)的部分。在一些情况下，未经修饰或野生型igsf结构域的细胞外结构域可包含多于一个igsf结构域，例如igv结构域和igc结构域。然而，亲和性修饰的igsf结构域无需同时包含igv结构域和igc结构域。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域包含igv结构域或其特异性结合片段或基本上由其组成。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域包含igc结构域或其特异性结合片段或基本上由其组成。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域包含igv结构域或其特异性结合片段以及igc结构域或其特异性结合片段。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域的一个或多个氨基酸取代可位于任何一个或多个igsf多肽结构域中。例如，在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代位于igsf多肽的细胞外结构域中。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代位于igv结构域或igv结构域的特异性结合片段中。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代位于igc结构域或igc结构域的特异性结合片段中。在一些实施方案中，野生型或未经修饰的igsf结构域是igsf结构域或其特异性结合片段，其含于seqidno：1-27和408的任一个中所述的氨基酸序列中，或含于展现与seqidno：1-27和408的任一个至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列中。在一些实施方案中，igsf结构域是含于其中的igv结构域或igc结构域或其特异性结合片段。表1标识含于seqidno：1-27和408的每一序列中的igsf结构域。在一些实施方案中，未经修饰或野生型igsf结构域包含igsf成员(例如哺乳动物igsf成员)的细胞外结构域(ecd)或包含igsf结构域(例如，igv结构域或igc结构域)的部分。在一些实施方案中，未经修饰或野生型igsf结构域包含(i)seqidno：28-54和410的任一个中所述的氨基酸序列，(ii)与seqidno：28-54和410的任一个具有至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％序列同一性的氨基酸序列，或(iii)是(i)或(ii)的包含igv结构域或igc结构域的特异性结合片段。在一些实施方案中，本发明免疫调节蛋白的至少一个igsf结构域(例如至少一个哺乳动物igsf结构域)的序列独立地经亲和性修饰，以与含于野生型或未经修饰的igsf蛋白(例如但不限于表1中作为seqidno：1-27和408公开的那些)中的相应野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少99％、98％、97％、96％、95％、94％、93％、92％、91％、90％、89％、88％、87％、86％、85％或80％的序列同一性。在一些实施方案中，本文所提供的免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域是含于野生型或未经修饰的igsf蛋白(例如但不限于表1中在seqidno：1-27和408中公开的那些)中的野生型或未经修饰的igsf结构域的特异性结合片段。在一些实施方案中，特异性结合片段可具有至少50个氨基酸，例如至少60、70、80、90、100或110个氨基酸的氨基酸长度。在一些实施方案中，igv结构域的特异性结合片段含有为野生型或未经修饰的igv结构域的长度的至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％的氨基酸序列。在一些实施方案中，igc结构域的特异性结合片段包含为野生型或未经修饰的igc结构域的长度的至少约85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％的氨基酸序列。在一些实施方案中，特异性结合片段调节免疫活性。在更具体的实施方案中，igsf结构域的特异性结合片段增加免疫活性。在替代性实施方案中，特异性结合片段降低免疫活性。在一些实施方案中，为了确定两个核酸序列或两个氨基酸的同一性百分比，出于最佳对比目的比对所述序列(例如，可在第一氨基酸或核酸序列的序列中引入空位，以实现与第二氨基酸或核酸序列的最佳比对)。然后比较在相应氨基酸位置或核苷酸位置的氨基酸残基或核苷酸。在第一序列中的位置由与第二序列中的相应位置相同的氨基酸残基或核苷酸占据时，那么分子在所述位置一致。两个序列之间的同一性百分比是是所述序列共有的同一性位置数的函数(即，同一性％＝同一性位置数/位置总数(例如，重叠位置)x100)。在一个实施方案中，两个序列具有相同长度。可手动比对序列并计数一致的核酸或氨基酸数目。可替代地，用于确定同一性百分比的两个序列的比对可使用数学算法来完成。所述算法并入了nblast和xblast程序中。blast核苷酸搜索可用nblast程序来进行，得分＝100，字长＝12，以获得与本发明核酸分子同源的核苷酸序列。blast蛋白质搜索可用xblast程序来进行，得分＝50，字长＝3，以获得与本发明蛋白质分子同源的氨基酸序列。为了获得用于比较目的的空位化比对，可利用空位化blast。可替代地，可使用psi-blast来进行迭代搜索，其检测分子之间的远距离关系。在利用nblast、xblast和空位化blast程序时，可使用相应程序的缺省参数，例如在ncbi网站可获得的那些参数。可替代地，可在例如通过blast程序在ncbi数据库中比对序列后计算序列同一性。通常，关于例如“评分矩阵”和“空位罚分”的缺省设定可用于比对。在本发明情况下，可采用blastn和psiblastncbi缺省设定。设计或产生免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域的方式并不限于任何特定方法。然而，在一些实施方案中，从野生型igsf遗传材料对野生型igsf结构域进行诱变(位点特异性、随机或其组合)，并根据实施例中公开的方法针对改变的结合进行筛选。诱变核酸的方法为本领域技术人员已知。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是利用可在任一数目的可公开获得的数据库获得的蛋白质或核酸序列从头合成的，并且随后加以筛选。国家生物技术信息中心提供所述信息，并且其网站可通过互联网公开访问，如前所述的uniprotkb数据库也是如此。在一些实施方案中，存于本文提供的免疫调节蛋白中的至少一个非亲和性修饰的igsf结构域和/或一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至在形成免疫突触(is)的哺乳动物细胞上表达的至少一个细胞表面分子种类。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白可包含多个非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域，例如1、2、3、4、5或6个非亲和性修饰的igsf和/或亲和性修饰的igsf结构域。这些非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域中的一个或多个可独立地特异性地结合至一个或两个形成is的哺乳动物细胞。通常，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合的细胞表面分子种类将为亲和性已经修饰的野生型igsf家族成员或野生型igsf结构域的同源结合配偶体。在一些实施方案中，细胞表面分子种类是哺乳动物igsf成员。在一些实施方案中，细胞表面分子种类是人类igsf成员。在一些实施方案中，细胞表面分子种类将为如表1中所指示的细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，细胞表面分子种类将为哺乳动物细胞(例如人类细胞)的细胞表面上的病毒蛋白，例如脊髓灰质炎病毒蛋白。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白的至少一个非亲和性修饰的和/或亲和性修饰的igsf结构域结合至存于形成is的哺乳动物细胞上的至少两个或三个细胞表面分子种类。免疫调节蛋白的非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合的细胞表面分子种类可仅在形成is的两个哺乳动物细胞的一个或另一个细胞上(即呈顺式构型)，或者可替代地，所述细胞表面分子种类可存于所述两个细胞上。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至至少两个细胞表面分子种类，其中一个分子种类存于形成is的两个哺乳动物细胞的一个细胞上，并且另一分子种类存于形成is的两个哺乳动物细胞的第二个细胞上。在此类实施方案中，细胞表面分子种类不一定仅存于形成is的两个哺乳动物细胞的一个或另一个细胞上(即，呈反式构型)，但在一些实施方案中，其是如此。因此，本文提供的实施方案包括那些其中每一细胞表面分子种类仅在形成is的哺乳动物细胞的一个或另一个细胞上(顺式构型)的实施方案，以及那些其中每一亲和性修饰的igsf结合的细胞表面分子种类存于形成is的两个哺乳动物细胞上(即，顺式和反式构型)的实施方案。技术人员将认识到，抗原呈递细胞(apc)和肿瘤细胞与淋巴细胞形成免疫突触。因此，在一些实施方案中，免疫调节蛋白的至少一个非亲和性修饰的igsf结构域和/或至少一个亲和性修饰的igsf结构域仅特异性地结合至存于癌细胞上的细胞表面分子种类，其中所述癌细胞与淋巴细胞结合形成is。在其他实施方案中，免疫调节蛋白的至少一个非亲和性修饰的igsf结构域和/或至少一个亲和性修饰的igsf结构域仅特异性地结合至存于淋巴细胞上的细胞表面分子种类，其中所述淋巴细胞与apc或肿瘤细胞结合形成is。在一些实施方案中，非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域结合至存于形成is的靶细胞(或apc)和淋巴细胞二者上的细胞表面分子种类。本发明的实施方案包括那些其中本文提供的免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的实施方案，所述igsf结构域具有与野生型或未经修饰的igsf结构域(例如，哺乳动物igsf结构域)不同的氨基酸序列，使得亲和性修饰的igsf结构域在特异性结合条件下与其至少一种同源结合配偶体的结合亲和性(或亲合力，如果在多聚或其他相关结构中)相对于未改变的野生型或未经修饰的igsf结构域对照有所增加或降低。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域对同源结合配偶体的结合亲和性与野生型或未经修饰的igsf对照序列不同，如通过例如固相elisa免疫测定、流式细胞术或biacore测定所确定。在一些实施方案中，相对于野生型或未经修饰的igsf结构域，亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对一种或多种同源结合配偶体的结合亲和性。在一些实施方案中，相对于野生型或未经修饰的igsf结构域，亲和性修饰的igsf结构域具有降低的对一种或多种同源结合配偶体的结合亲和性。在一些实施方案中，同源结合配偶体可以是哺乳动物蛋白，例如人类蛋白或鼠类蛋白。对每一种同源结合配偶体的结合亲和性是独立的；也就是说，在一些实施方案中，相对于野生型或未经修饰的多肽，亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对一种、两种或三种不同同源结合配偶体的结合亲和性，以及降低的对一种、两种或三种不同同源结合配偶体的结合亲和性。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的结构域，其中相对于野生型或未经修饰的对照igsf结构域，亲和性修饰的igsf结构域的结合亲和性或亲合力增加至少10％、20％、30％、40％、50％、100％、200％、300％、400％、500％、1000％、5000％或10,000％。在一些实施方案中，相对于野生型或未经修饰的igsf结构域而言，结合亲和性增加大于1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍或50倍。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的结构域，其中相对于野生型或未经修饰的对照igsf结构域，亲和性修饰的igsf结构域的结合亲和性或亲合力降低至少10％，并且多达20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或多达90％。在一些实施方案中，结合亲和性相对于野生型或未经修饰的igsf结构域的降低大于1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍或50倍。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的结构域，其中与野生型或未经修饰的对照igsf结构域相比，亲和性修饰的igsf结构域对特定同源结合配偶体的选择性有所增加。在一些实施方案中，选择性表示为特定同源结合配偶体的结合与一种或多种其他同源结合配偶体相比的比率。在一些实施方案中，结合特定同源结合配偶体的选择性比率大于或大于约1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍或50倍。在一些实施方案中，相对于野生型或未经修饰的对照igsf结构域，亲和性修饰的igsf结构域的选择性增加至少10％、20％、30％、40％、50％、100％、200％、300％、400％、500％、1000％、5000％或10,000％。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的结构域，其中其对同源结合配偶体的特异性结合亲和性可小于或小于约1x10-5m、1x10-6m、1x10-7m、1x10-8m、1x10-9m、1x10-10m或1x10-11m或1x10-12m。在一些实施方案中，所提供的免疫调节蛋白包含至少两个igsf结构域，其中至少一个igsf结构域是亲和性修饰的，而在一些实施方案中，两个igsf结构域是亲和性修饰的，并且其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对其同源结合配偶体的亲和性(或亲合力)，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有降低的对其同源结合配偶体的亲和性(或亲合力)。在功能上，并且不论与其同源结合配偶体的特异性结合是否增加或降低，包含一个或多个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白发挥作用以在适当测定控制下，相对于表达野生型亲代分子的工程化免疫细胞，增强或阻抑工程化免疫细胞(例如淋巴细胞或抗原呈递细胞)的免疫活性。在一些实施方案中，包含至少两个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白是其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域激动激活型受体并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域发挥作用以拮抗抑制性受体的免疫调节蛋白。在一些实施方案中，例如在细胞毒性活性测定、评价细胞的细胞因子的测定或细胞增殖测定中，免疫活性的增强可以是大于非零对照值至少10％、20％、30％、40％、50％、75％、100％、200％、300％、400％或500％的增加。在一些实施方案中，免疫活性的阻抑可以是至少10％，并且多达20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的减少。在一些实施方案中，本发明免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域可竞争性地特异性地结合至其同源结合配偶体。在其他实施方案中，本发明的亲和性修饰的igsf结构域非竞争性地特异性地结合至其同源结合配偶体。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白含有igsf结构域，所述igsf结构域原本结合至多个细胞表面分子种类，但亲和性经修饰，使得其基本上不再特异性地结合至其同源细胞表面分子种类之一。因此，在这些实施方案中，与其同源细胞表面分子种类之一的特异性结合降低至不超过野生型水平的90％的特异性结合，例如不超过80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％或更低。在一些实施方案中，与其同源细胞表面分子种类之一的特异性结合降低至不超过野生型水平10％的特异性结合，并且通常不超过7％、5％、3％、1％，或无法检测的或统计学上显著的特异性结合。在一些实施方案中，哺乳动物igsf结构域上的特异性结合位点关于至少一个细胞表面分子种类失活或基本上失活。因此，例如，如果野生型igsf结构域特异性地结合至确切地两个细胞表面分子种类，那么在一些实施方案中，其是亲和性修饰的以特异性地结合至确切地一个细胞表面分子种类。并且，如果野生型igsf结构域特异性地结合至确切地三个细胞表面分子种类，那么在一些实施方案中，其是亲和性修饰的以特异性地结合至确切地两个细胞表面分子种类。亲和性经修饰以基本上不再特异性地结合至其同源细胞表面分子种类之一的igsf结构域可以是原本竞争性或非竞争性地特异性地结合至其细胞表面分子种类的igsf结构域。说明性例子涉及天然cd80(b7-1)，其特异性地结合同源结合配偶体：cd28、pd-l1和ctla4。在一些实施方案中，cd80可经igsf亲和性修饰以增加或减弱其与cd28和/或pd-l1的特异性地结合，但不以任何生理上显著的程度特异性地结合至ctla4。亲和性经修饰以基本上不再特异性地结合至其细胞表面同源结合配偶体之一的igsf结构域可以是原本竞争性或非竞争性地特异性地结合至其同源结合配偶体的igsf结构域。然而技术人员应了解，如果例如野生型igsf结构域的结合位点并非精确地同延而只是重叠，使得一个同源结合配偶体的特异性结合抑制另一同源结合配偶体的结合，并且两个竞争性结合位点是不同的，那么竞争性结合至两个同源结合配偶体的野生型igsf结构域可关于确切地其中之一失活。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白的非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域可竞争性地特异性地结合至其同源细胞表面分子种类。在其他实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白的一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域和/或一个或多个亲和性修饰的igsf结构域非竞争性地特异性地结合至其同源细胞表面分子种类。存于本文提供的免疫调节蛋白中的任何数目的非亲和性修饰的igsf结构域和/或亲和性修饰的igsf结构域可竞争性或非竞争性地特异性地结合。在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白包含至少两个非亲和性修饰的igsf结构域，或至少一个非亲和性修饰的igsf结构域和至少一个亲和性修饰的igsf结构域，或至少两个亲和性修饰的igsf结构域，其中一个igsf结构域竞争性地特异性地结合至其同源细胞表面分子种类，并且第二igsf结构域非竞争性地结合至其同源细胞表面分子种类。更通常地，本文提供的免疫调节蛋白可包含1、2、3、4、5或6个竞争性或1、2、3、4、5或6个非竞争性结合的非亲和性修饰的igsf和/或亲和性修饰的igsf结构域或其任一组合。因此，本文提供的免疫调节蛋白可分别具有以下数目的非竞争性和竞争性结合igsf结构域：0和1、0和2、0和3、0和4、1和0、1和1、1和2、1和3、2和0、2和1、2和2、2和3、3和0、3和1、3和2、3和3、4和0、4和1以及4和2。在其中免疫调节蛋白含有多个igsf结构域的一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白的多个非亲和性修饰的和/或亲和性修饰的igsf结构域无需彼此直接共价连接。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸残基的介入跨度间接地将非亲和性修饰的和/或亲和性修饰的igsf结构域彼此共价键结。所述连接可通过n末端至c末端残基实现。在一些实施方案中，所述连接可通过并非位于亲和性未经修饰或亲和性修饰的igsf结构域的n末端或c末端的氨基酸残基的侧链来进行。因此，连接可通过末端或内部氨基酸残基或其组合来进行。连接亲和性未经修饰和/或亲和性修饰的igsf结构域的“肽接头”可以是单一氨基酸残基或更大长度。在一些实施方案中，肽接头的长度为至少一个氨基酸残基但不超过20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个氨基酸残基。在一些实施方案中，接头为三个丙氨酸(aaa)。在一些实施方案中，接头为(以单字母氨基酸代码)：ggggs(“4gs”；seqidno：1870)或4gs接头的多聚体，例如2、3、4或5个4gs接头的重复，例如seqidno：229(2xggggs)或seqidno：228(3xggggs)中所述。在一些实施方案中，接头(以单字母氨基酸代码)为gsggggs(seqidno：1869)。iii.示例性亲和性修饰的结构域和免疫调节蛋白在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有在野生型或未经修饰的igsf蛋白的igsf结构域中具有一个或多个氨基酸取代的亲和性修饰的igsf结构域，例如上表1中所述。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代在igv结构域或其特异性结合片段中。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代在igc结构域或其特异性结合片段中。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代在igv结构域或其特异性结合片段中，并且一个或多个氨基酸取代中的一些在igc结构域或其特异性结合片段中。野生型或未经修饰的igsf结构域序列不一定必须用作生成本文所述变体igsf结构域多肽的起始组合物。因此，术语“修饰”、例如“取代”的使用并非暗示本实施方案受限于制备变体igsf蛋白的特定方法。变体igsf多肽可例如通过从头肽合成来制备，因此在改变密码子以编码修饰(例如取代)的意义上，不一定需要修饰，例如“取代”。这个原则也扩展到术语氨基酸残基的“添加”和“缺失”，其同样不暗示特定制备方法。设计或产生变体igsf多肽的方式不受限于任何特定方法。然而，在一些实施方案中，编码野生型或未经修饰的igsf多肽的核酸从野生型或未经修饰的遗传材料经诱变处理，并针对所需特异性结合亲和性和/或ifn-γ表达的诱导或其他功能活性进行筛选。在一些实施方案中，变体igsf多肽是利用可在任何数目的可公开获得的数据库获得的蛋白质或核酸序列从头合成，随后进行筛选。国家生物技术信息中心提供所述信息，并且其网站可通过互联网公开访问，如前所述的uniprotkb数据库也是如此。除非另外陈述，否则如本公开文本通篇所指示，一个或多个氨基酸取代是依据对应于表1中所述未经修饰的ecd序列的位置编号的氨基酸位置编号命名。例如通过比对参考序列来鉴别修饰(例如氨基酸取代)在亲和性修饰的igsf结构域(包括其含有igsf结构域(例如，igv)的部分)中的相应位置是技术人员熟练掌握的。在本公开文本通篇的修饰列表中，氨基酸位置在中间指示，相应的未经修饰(例如野生型)的氨基酸列示于编号之前，并且所鉴别的变体氨基酸取代列示于编号之后。如果修饰是位置的缺失，那么指示“del”，并且如果修饰是在位置的插入，那么指示“ins”。在一些情况下，插入与在中间指示的氨基酸位置一起列示，且相应的未经修饰(例如，野生型)的氨基酸列示于编号之前和之后，并且所鉴别的变体氨基酸插入列示于未经修饰(例如，野生型)的氨基酸之后。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域具有多达1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸取代。取代可在igv结构域或igc结构域中。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域具有在igv结构域或其特异性结合片段中的多达1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域具有在igc结构域或其特异性结合片段中的多达1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与野生型或未经修饰的igsf结构域或其特异性结合片段(例如含于seqidno：1-27和408的任一个中所述的igsf蛋白中的igsf结构域)具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有至少一个亲和性修饰的igsf结构域，其含有在b7igsf家族成员的野生型或未经修饰的igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，b7igsf家族成员是cd80、cd86或icos配体(icosl)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域与cd80、cd86或icos配体(icosl)的野生型或未经修饰的igsf结构域或其特异性结合片段(例如含于seqidno：1、2或5的任一个中所述的igsf蛋白中的igsf结构域(例如，igv或igc))具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。cd80的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表2和表3中。在一些实施方案中，cd80的亲和性修饰的igsf结构域展现对cd28增加的结合亲和性或增加的结合选择性。在一些实施方案中，cd80的亲和性修饰的igsf结构域展现对ctla-4增加的结合亲和性或增加的结合选择性。icosl的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表4中。在一些实施方案中，icosl的亲和性修饰的igsf结构域展现对cd28或icos增加的结合亲和性或增加的结合选择性。cd86的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表5中。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域在一些具有较高结合亲和性或选择性的情况下，结合至抑制性受体。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域含有结合至抑制性受体的igsf家族成员的野生型或未经修饰的igsf结构域(例如，igv)中的一个或多个氨基酸修饰(例如，取代、缺失或添加)。示例性的所述抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3或btla。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有至少一个亲和性修饰的igsf结构域，其含有脊髓灰质炎病毒受体igsf家族成员的野生型或未经修饰的igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，脊髓灰质炎病毒igsf家族成员是cd155(pvr)或cd122(prr--2)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域与cd155或cd112的野生型或未经修饰的igsf结构域或其特异性结合片段(例如含于seqidno：20或21的任一个中所述的igsf蛋白中的igsf结构域(例如，igv或igc))具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。cd155的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表6中。cd112的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表7中。在一些实施方案中，cd155或cd122的亲和性修饰的igsf结构域展现对tigit增加的结合亲和性或增加的结合选择性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有至少一个亲和性修饰的igsf结构域，其含有pd-l1或pd-l2的野生型或未经修饰的igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域与pd-l1或pd-l2的野生型或未经修饰的igsf结构域或其特异性结合片段(例如含于seqidno：3或4中所述的igsf蛋白中的igsf结构域(例如，igv或igc))具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。pd-l1的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表8中。pd-l2的示例性亲和性修饰的igsf结构域陈述于表9中。在一些实施方案中，pd-l1或pd-l2的亲和性修饰的igsf结构域展现对pd-1增加的结合亲和性或增加的结合选择性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有亲和性修饰的igsf结构域，其含有nkp30家族成员的野生型或未经修饰的igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与nkp30家族成员的野生型或未经修饰的igsf结构域或其特异性结合片段(例如含于seqidno：27中所述的igsf蛋白中的igsf结构域(例如，igc))具有至少约85％、86％、86％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。表10提供示例性亲和性修饰的nkp30igsf结构域。iv.可分泌免疫调节蛋白和工程化细胞本文提供免疫调节蛋白，例如上述任何免疫调节蛋白，其可由工程化细胞表达并分泌。可分泌免疫调节蛋白(sip)和表达并分泌所述可分泌免疫调节蛋白的工程化细胞可通过调节患有疾病或障碍的哺乳动物的免疫活性而具有治疗效用，在所述疾病或障碍中，调节免疫系统反应是有益的。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域可包括ig超家族成员的亲和性修饰的igsf结构域，例如本文所述的任一种。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域在b7蛋白质家族的igsf家族成员中。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域在结合抑制性受体的igsf家族成员中。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域包含igsf结构域中的任何一个或多个氨基酸取代，例如表2-10中任一表格中所述的任何一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不与半衰期延长部分(例如fc结构域或多聚化结构域)缀合。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含信号肽，例如抗体信号肽或其他有效信号序列，以得到细胞外部的结构域。在免疫调节蛋白包含信号肽并由工程化细胞表达时，所述信号肽引起工程化细胞分泌免疫调节蛋白。通常，信号肽或信号肽的一部分在分泌时从免疫调节蛋白裂解。免疫调节蛋白可由核酸(其可以是表达载体的一部分)编码。在一些实施方案中，免疫调节蛋白是由细胞(例如免疫细胞，例如原代免疫细胞)表达和分泌。a.信号肽在一些实施方案中，本文提供的免疫调节蛋白还包含信号肽。在一些实施方案中，本文提供编码免疫调节蛋白的核酸分子，所述核酸分子可操作连接至编码信号肽的分泌序列。信号肽是免疫调节蛋白n末端上的序列，其发出从细胞分泌免疫调节蛋白的信号。在一些实施方案中，信号肽的长度为约5至约40个氨基酸(例如长度为约5至约7、约7至约10、约10至约15、约15至约20、约20至约25或约25至约30、约30至约35或约35至约40个氨基酸)。在一些实施方案中，信号肽是来自相应野生型igsf家族成员的天然信号肽。例如，在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含来自野生型igsf家族成员的野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，以及来自野生型igsf家族成员的信号肽。来自igsf家族成员的示例性信号肽标识于表1中。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽。例如，在一些实施方案中，非天然信号肽是来自相应野生型igsf家族成员的突变体天然信号肽，并且可包括一个或多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多个)取代、插入或缺失。在一些实施方案中，非天然信号肽是来自与野生型igsf家族成员相同的igsf家族的家族成员的信号肽或其突变体。在一些实施方案中，非天然信号肽是来自与野生型igsf家族成员不同的igsf家族的igsf家族成员的信号肽或其突变体。在一些实施方案中，信号肽是来自非igsf蛋白家族的信号肽或其突变体，例如来自免疫球蛋白(例如igg重链或igg-κ轻链)、细胞因子(例如白介素-2(il-2)或cd33)、血清白蛋白(例如，hsa或白蛋白)、人类天青杀素前蛋白信号序列、荧光素酶、胰蛋白酶原(例如，胰凝乳蛋白酶原或胰蛋白酶原)的信号肽或能从细胞有效分泌蛋白质的其他信号肽。示例性信号肽包括表11中所述的任一种。在一些实施方案中，免疫调节蛋白在表达时包含信号肽，并且信号肽(或其部分)在分泌时从免疫调节蛋白裂解。b.核酸分子和表达载体本文提供经分离或重组的核酸，统称为“核酸”，其编码本发明免疫调节多肽的多个所提供实施方案中的任一种。在一个方面中，提供编码免疫调节蛋白的核酸，所述免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，由核酸分子编码的免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。在一些实施方案中，由核酸分子编码的免疫调节蛋白不包含半衰期延长部分(例如fc结构域或多聚化结构域)。在一些实施方案中，由核酸分子编码的免疫调节蛋白包含信号肽。在一些实施方案中，核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。本文所提供的核酸(包括下文所述的所有核酸)可用于免疫调节蛋白的重组表达，包括用于工程化细胞。本文提供的核酸可呈rna形式或呈dna形式，并且包括mrna、crna、重组或合成rna和dna，以及cdna。本发明核酸通常是dna分子，并且通常是双链dna分子。然而，还提供了包含本发明的任何核苷酸序列的单链dna、单链rna、双链rna和杂合dna/rna核酸或其组合。本文还提供可用于工程化细胞以表达本发明免疫调节蛋白的表达载体。在一个方面中，提供重组表达载体，其包含在分泌信号序列的可操作控制下的编码免疫调节蛋白的核酸，其中所述免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，所编码免疫调节蛋白在从细胞表达时分泌。在一些实施方案中，由核酸分子编码的免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。在一些实施方案中，由核酸分子编码的免疫调节蛋白不包含半衰期延长部分(例如fc结构域或多聚化结构域)。在一些实施方案中，由核酸分子编码的免疫调节蛋白包含信号肽。可使用重组dna和克隆技术将本文提供的编码免疫调节多肽的核酸引入细胞中。为此，制备编码免疫调节多肽的重组dna分子。制备所述dna分子的方法为本领域所熟知。例如，可使用适宜的限制性酶从dna切除肽的编码序列。可替代地，可使用化学合成技术、例如亚磷酰胺法来合成dna分子。此外，可以使用这些技术的组合。在一些情况下，重组或合成核酸可通过聚合酶链式反应(pcr)来生成。在一些实施方案中，可生成编码一个或多个亲和性修饰的igsf结构域以及(在一些实施方案中)信号肽的dna插入物。如本领域技术人员已知的，可将此dna插入物克隆至适当的转导/转染载体中。还提供含有核酸分子的表达载体。在一些实施方案中，表达载体能在适当细胞中在适于表达蛋白质的条件下表达免疫调节蛋白。在一些方面中，核酸分子或表达载体包含与适当表达控制序列可操作连接的编码免疫调节蛋白的dna分子。在将dna分子插入载体中之前或之后影响此操作性连接的方法众所周知。表达控制序列包括启动子、激活子、增强子、操纵子、核糖体结合位点、起始信号、终止信号、加帽信号、多腺苷酸化信号和涉及转录或翻译控制的其他信号。在一些实施方案中，本发明核酸还包含编码分泌性或信号肽的核苷酸序列，其可操作地连接至编码免疫调节蛋白的核酸，由此容许分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的表达受启动子控制，以增强控制或调节表达。启动子可操作地连接至编码免疫调节蛋白的核酸分子的部分。在一些实施方案中，启动子是组成型活性启动子(例如组织特异性组成型活性启动子或其他组成型启动子)。在一些实施方案中，启动子是诱导型启动子，其可响应于诱导剂(例如t细胞激活信号)。在一些实施方案中，组成型启动子可操作地连接至编码免疫调节蛋白的核酸分子。示例性的组成型启动子包括猴空泡病毒40(sv40)启动子、巨细胞病毒(cmv)启动子、泛素c(ubc)启动子和ef-1α(ef1a)启动子。在一些实施方案中，组成型启动子是组织特异性的。例如，在一些实施方案中，启动子容许免疫调节蛋白在具体组织(例如免疫细胞、淋巴细胞或t细胞)中组成型表达。示例性组织特异性启动子描述于美国专利第5,998,205号中，包括例如甲胎蛋白、df3、酪氨酸酶、cea、表面活性蛋白和erbb2启动子。在一些实施方案中，诱导型启动子可操作地连接至编码免疫调节蛋白的核酸分子，使得所述核酸的表达可通过控制适当转录诱导物的存在或不存在来控制。例如，启动子可以是经调节启动子和转录因子表达系统，例如已公开的四环素调节系统或其他可调节系统(参见例如已公开国际pct申请案第wo01/30843号)，以容许所编码多肽的调节表达。示例性可调节启动子系统是例如可从clontech(帕洛阿尔托，加利福尼亚州)获得的tet-on(和tet-off)系统。此启动子系统容许通过四环素或四环素衍生物(例如多西环素)控制的转基因的经调节表达。其他可调节启动子系统是已知的(参见例如公开的美国申请案第2002-0168714号，标题为“regulationofgeneexpressionusingsingle-chain，monomeric，liganddependentpolypeptideswitches”，其描述含有配体结合结构域和转录调节结构域(例如来自激素受体的那些结构域)的基因开关)。在一些实施方案中，启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。仅举例来说，在一些实施方案中，工程化的t细胞包含编码免疫调节蛋白的表达载体和可操作地连接以控制所述免疫调节蛋白的表达的启动子。工程化的t细胞可例如通过经工程化t细胞受体(tcr)或嵌合抗原反应器(car)信号传导而被激活，并且由此通过反应性启动子触发免疫调节蛋白的表达和分泌。在一些实施方案中，诱导型启动子与编码免疫调节蛋白的核酸分子可操作地连接，使得免疫调节蛋白响应于已激活t细胞的核因子(nfat)或已激活b细胞的核因子κ-轻链增强子(nf-κb)而表达。例如，在一些实施方案中，诱导型启动子包含nfat或nf-κb的结合位点。例如，在一些实施方案中，启动子是nfat或nf-κb启动子或其功能变体。因此，在一些实施方案中，核酸使得可能控制免疫调节蛋白的表达，同时也减小或消除免疫调节蛋白的毒性。特定地，包含本发明核酸的工程化免疫细胞仅在所述细胞(例如，由所述细胞表达的t细胞受体(tcr)或嵌合抗原受体(car))受到抗原的特异性刺激和/或所述细胞(例如，所述细胞的钙信号传导路径)受到例如佛波醇肉豆蔻酸酯乙酸酯(pma)/离子霉素的非特异性刺激时，才表达并分泌免疫调节蛋白。因此，可控制免疫调节蛋白的表达和分泌以仅在需要的时间和位置进行(例如，在引发传染病的因子的存在下、在癌症中或在肿瘤位点)，其可降低或避免不需要的免疫调节蛋白相互作用。在一些实施方案中，编码本文所述免疫调节蛋白的核酸包含编码nfat启动子、nf-κb启动子或其功能变体的适宜核苷酸序列。如本文所用的“nfat启动子”意指与最小启动子连接的一个或多个nfat反应元件。“nf-κb启动子”是指与最小启动子连接的一个或多个nf-κb反应元件。在一些实施方案中，基因的最小启动子是人类il-2启动子或cmv启动子。nfat反应元件可包含例如nfat1、nfat2、nfat3和/或nfat4反应元件。nfat启动子、nf-κb启动子或其功能变体可包含任何数量的结合基序，例如，至少两个、至少三个、至少四个、至少五个或至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个或多达十二个结合基序。在一些实施方案中，使用其上具有dna分子的所得表达载体来转化(例如转导)适当细胞。可以使用本领域公知的方法进行引入。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些方法，包括通过病毒(例如逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔。在一些实施方案中，表达载体是病毒载体。在一些实施方案中，通过慢病毒或逆转录病毒转导方法将核酸转移至细胞中。c.示例性免疫调节蛋白和编码核酸分子本文提供根据上述说明的免疫调节蛋白(例如可分泌免疫调节蛋白)，其包含展现与seqidno：28-54和410的任一个或与其含有igsf结构域(例如，igv结构域或igc结构域)的特异性结合片段至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的氨基酸序列，并且其含有至少一个如所述的亲和性修饰的igsf结构域，在igsf结构域中含有一个或多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白(例如可分泌免疫调节蛋白)包含氨基酸序列，所述氨基酸序列包含igv结构域或其含于seqidno：28-54和410的任一个(参见例如表1)中所述的氨基酸序列内的具体片段，但其中含有一个或多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)，使得igv结构域展现与含于seqidno：28-54和410的任一个中的相应igv结构域至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白还包含如所述的信号肽。在一些实施方案中，信号肽是相应的野生型igsf成员(参见例如表1)的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽，例如如例如表11所述的任何信号肽。本文还提供编码免疫调节蛋白的核酸分子，其包含编码如下氨基酸序列的核苷酸序列，所述氨基酸序列展现与seqidno：28-54和410的任一个或与其含有igsf结构域(例如，igv结构域或igc结构域)的特异性结合片段至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性，并且含有至少一个如所述的亲和性修饰的igsf结构域，所述igsf结构域含有一个或多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白(例如可分泌免疫调节蛋白)包含编码如下氨基酸序列的核苷酸序列，所述氨基酸序列包含igv结构域或其含于seqidno：28-54和410的任一个(参见例如表1)中所述的氨基酸序列内的具体片段，但其中含有一个或多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)，使得igv结构域展现与含于seqidno：28-54和410的任一个中的相应igv结构域至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。在一些实施方案中，核酸分子还包含编码信号肽的核苷酸序列。在一些实施方案中，信号肽是相应的野生型igsf成员(参见例如表1)的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽，例如如例如表11所述的任何信号肽。在一些实施方案中，免疫调节蛋白具有表2-10中任一表格中所述ecd或igv的seqidno的任一序列中所述的氨基酸序列，或展现与表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列的至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％并且含有所列举氨基酸修饰(例如，氨基酸取代)的氨基酸序列。在一些实施方案中，免疫调节蛋白还包含如所述的信号肽。在一些实施方案中，信号肽是相应的野生型igsf成员(参见例如表1)的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽，例如如例如表11所述的任何信号肽。在一些实施方案中，核酸分子编码免疫调节蛋白，所述免疫调节蛋白具有表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列中所述的氨基酸序列，或展现与表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列的至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％并且含有所列举氨基酸修饰(例如，氨基酸取代)的氨基酸序列。在一些实施方案中，核酸分子还包含编码信号肽的核苷酸序列。在一些实施方案中，信号肽是相应的野生型igsf成员(参见例如表1)的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽，例如如例如表11所述的任何信号肽。v.跨膜免疫调节蛋白本文提供是跨膜蛋白的免疫调节蛋白(“跨膜免疫调节蛋白”)。跨膜免疫调节蛋白和表达所述跨膜免疫调节蛋白的工程化细胞通常通过调节患有疾病或障碍的哺乳动物的免疫活性而具有治疗效用，在所述疾病或障碍中调节免疫系统反应是有益的。本发明的跨膜免疫调节蛋白包含胞外结构域、跨膜结构域和在一些实施方案中的胞内结构域，例如细胞质信号传导结构域。a.胞外结构域在一些实施方案中，所提供的跨膜免疫调节蛋白包括胞外结构域，与野生型哺乳动物igsf成员的igsf结构域相比，所述胞外结构域包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域可包括ig超家族成员的亲和性修饰的igsf结构域，例如本文所述的任一种。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域在b7蛋白质家族的igsf家族成员中。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域在结合抑制性受体的igsf家族成员中。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域包含本文所述igsf结构域中的任何一个或多个氨基酸取代，例如表2-10的任一表格中所述的任何一个或多个氨基酸取代。b.跨膜结构域本文提供的跨膜免疫调节蛋白还包含连接至胞外结构域的跨膜结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域产生用于在细胞上进行细胞表面表达的经编码蛋白质。在一些实施方案中，跨膜结构域直接连接至胞外结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域通过一个或多个接头或间隔区间接连接至胞外结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域主要含有疏水氨基酸残基，例如亮氨酸和缬氨酸。在一些实施方案中，全长跨膜锚定结构域可用于确保，tip将在工程化细胞(例如工程化t细胞)的表面上表达。方便地，这可来自亲和性修饰的特定天然蛋白质(例如，cd80或icosl或其他天然igsf蛋白)，并且以与天然igsf蛋白(例如，cd80或icosl)类似的方式与第一膜近端结构域的序列简单融合。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白包含相应野生型或未经修饰的igsf成员的跨膜结构域，例如含于seqidno：1-27和408的任一个(参见表1)中所述氨基酸序列中的跨膜结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域是非天然跨膜结构域，其并非野生型igsf成员的跨膜结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域衍生自另一非igsf家族成员多肽的跨膜结构域，所述多肽是膜结合蛋白或是跨膜蛋白。在一些实施方案中，可使用来自t细胞上的另一蛋白质的跨膜锚定结构域。在一些实施方案中，跨膜结构域衍生自cd8。在一些实施方案中，跨膜结构域还可包含cd8的细胞外部分用作间隔区结构域。示例性cd8衍生的跨膜结构域陈述于seqidno：1574或其含有cd8跨膜结构域的部分中。在一些实施方案中，跨膜结构域是合成跨膜结构域。c.胞内结构域在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白还包含与跨膜结构域连接的胞内结构域，如细胞质信号传导结构域。在一些实施方案中，细胞质信号传导结构域诱导细胞信号传导。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白的胞内结构域包含相应野生型或未经修饰的多肽的细胞质结构域，例如含于seqidno：1-27和408的任一个(参见表1)中所述的氨基酸序列中的细胞质结构域。在一些实施方案中，提供了car相关的跨膜免疫调节蛋白，其中跨膜免疫调节蛋白的胞内结构域包含细胞质信号传导结构域，所述细胞质信号传导结构域包含至少一个含itam(基于免疫受体酪氨酸的激活基序)的信号传导结构域。itam是在多个参与免疫细胞中的信号转导的蛋白质信号传导结构域中发现的保守基序，包括在参与t细胞受体信号转导的cd3-ζ链(“cd3-z”)中发现的保守基序。在一些实施方案中，胞内结构域包含cd3-ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，cd3-ζ信号传导结构域包含seqidno：1575中陈述的氨基酸序列，或展现与seqidno：1575的至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％并保持t细胞信号传导的活性的氨基酸序列。在一些实施方案中，car相关跨膜免疫调节蛋白的胞内结构域还可包含共刺激信号传导结构域，以进一步调节性t细胞的免疫调节反应。在一些实施方案中，共刺激信号传导结构域是cd28、icos、41bb或ox40。在一些实施方案中，所提供的car相关跨膜免疫调节蛋白具有car的特征，以在亲和性修饰的igsf结构域与同源结合配偶体或反结构结合后刺激t细胞信号传导。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域与其反结构的特异性结合可导致t细胞活性的免疫活性的变化，如通过细胞毒性、增殖或细胞因子产生的变化所反映。在一些实施方案中，car相关跨膜免疫调节蛋白包含经工程化以特异性地结合至所需反结构的抗原结合区域。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合其天然反结构。在一些实施方案中，反结构是igsf家族成员。在一些实施方案中，提供car相关跨膜免疫调节蛋白，其特异性地结合至肿瘤特异性igsf反结构。在一些实施方案中，抗原结合区域(胞外结构域)是亲和性修饰的igsf结构域nkp30。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合肿瘤特异性抗原nkp30配体b7-h6(参见levin等人，thejournalofimmunology，2009，182，134.20)。在此类实施方案的例子中，胞内结构域包含至少一个itam(免疫受体酪氨酸基激活基序)，其含有信号传导结构域，例如cd3-ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，胞内结构域还可包含以下各项中的至少一种：cd28共刺激结构域、ox40信号传导结构域和41bb信号传导结构域。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白不含能够介导细胞质信号传导的胞内结构域。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白缺少野生型或未经修饰的多肽的信号转导机制，并且因此自身不诱导细胞信号传导。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白缺少细胞内(细胞质)结构域或相应野生型或未经修饰的多肽的细胞内结构域的一部分，例如含于seqidno：1-27和408的任一个(参见表1)中所述的氨基酸序列中的细胞质信号传导结构域。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白不含itim(基于免疫受体酪氨酸的抑制基序)，例如含于某些抑制性受体(包括igsf家族的抑制性受体(例如pd-1或tigit))中的itim。因此，在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白仅含有胞外结构域和跨膜结构域，例如如所述的任何结构域。d.核酸分子和载体本文提供经分离或重组的核酸，统称为“核酸”，其编码本发明跨膜免疫调节多肽的多个所提供实施方案的任一实施方案。本文所提供的核酸(包括下文所述的所有核酸)可用于重组表达跨膜免疫调节蛋白，包括用于工程化细胞。本文提供的核酸可呈rna形式或呈dna形式，并且包括mrna、crna、重组或合成rna和dna，以及edna。本发明核酸通常是dna分子，并且通常是双链dna分子。然而，还提供了包含本发明的任何核苷酸序列的单链dna、单链rna、双链rna和杂合dna/rna核酸或其组合。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白的表达受启动子至增强子控制，以控制或调节表达，例如本文针对替代性可分泌免疫调节蛋白所述。启动子可操作地连接至编码免疫调节蛋白的核酸分子的部分。在一些实施方案中，启动子是组成型活性启动子(例如组织特异性组成型活性启动子或其他组成型启动子)。在一些实施方案中，启动子是诱导型启动子，其可响应于诱导剂(例如t细胞激活信号)。可采用用于组成型或诱导型地增强、控制或调节表达的任何启动子或元件，包括本文所述的任一种。在特定方面中，启动子是例如通过经工程化t细胞受体(tcr)或嵌合抗原受体(car)的信号传导响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件的启动子。示例性的所述启动子是如所述的含有nfat或nf-κb的结合位点的那些启动子。例如，在一些实施方案中，启动子是nfat或nf-κb启动子或其功能变体。本文还提供可用于工程化细胞以表达本发明的跨膜免疫调节蛋白的表达载体。使用重组dna技术可将本文提供的免疫调节多肽引入细胞中。为此，制备编码跨膜免疫调节多肽的重组dna分子。制备所述dna分子的方法为本领域所熟知。例如，可使用适宜的限制性酶从dna切除肽的编码序列。可替代地，可使用化学合成技术、例如亚磷酰胺法来合成dna分子。此外，可以使用这些技术的组合。在一些情况下，重组或合成核酸可通过聚合酶链式反应(pcr)来生成。在一些实施方案中，可生成全长dna插入物，其包含可选胞内结构域(即，细胞质结构域)、跨膜锚定结构域、可选间隔区结构域、可选表位标签以及最后一个或多个细胞外亲和性修饰的igsf结构域。可将这个dna插入物克隆至如本领域技术人员已知的适当t细胞转导/转染载体中。还提供含有核酸分子的载体。在一些实施方案中，表达载体能在适当细胞中在适于表达蛋白质的条件下表达跨膜免疫调节蛋白。在一些方面中，表达载体包含编码跨膜免疫调节蛋白的dna分子，所述跨膜免疫调节蛋白可操作地连接至适当表达控制序列。在将dna分子插入载体中之前或之后影响此操作性连接的方法众所周知。表达控制序列包括启动子、激活子、增强子、操纵子、核糖体结合位点、起始信号、终止信号、加帽信号、多腺苷酸化信号和涉及转录或翻译控制的其他信号。在一些实施方案中，本发明核酸还包含编码分泌性或信号肽的核苷酸序列，所述分泌性或信号肽可操作地连接至编码跨膜免疫调节蛋白的核酸。在一些实施方案中，使用其上具有dna分子的所得表达载体来转化(例如转导)适当细胞。可以使用本领域公知的方法进行引入。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的那些方法，包括通过病毒(例如逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔。在一些实施方案中，表达载体是病毒载体。在一些实施方案中，通过慢病毒或逆转录病毒转导方法将核酸转移至细胞中。e.示例性跨膜免疫调节蛋白和编码核酸分子本文提供根据上文说明的跨膜免疫调节蛋白，其包含展现与seqidno：381-407和409的任一个或与其含有胞外结构域的部分至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的氨基酸序列，所述胞外结构域包含至少一个如所述的亲和性修饰的igsf结构域和跨膜结构域。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白具有胞外结构域，所述胞外结构域含有表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列所述的氨基酸序列，或展现与表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列的至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％并且含有所列举的氨基酸修饰(例如，氨基酸取代)的氨基酸序列。在一些实施方案中，所编码的免疫调节蛋白含有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白还可包含如所述的细胞质结构域，例如如表1中所述seqidno：381-407和409中任一个的细胞质结构域。在一些实施方案中，跨膜免疫调节蛋白还可包含信号肽。在一些实施方案中，信号肽是相应的野生型igsf成员(参见例如表1)的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽，例如如例如表11所述的任何信号肽。本文还提供编码跨膜免疫调节蛋白的核酸分子，其包含编码如下氨基酸序列的核苷酸序列，所述氨基酸序列展现与seqidno：381-407和409中任一个或与其含有胞外结构域的部分至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性，所述胞外结构域包含至少一个如所述的亲和性修饰的igsf结构域、跨膜结构域和任选地细胞质结构域。在一些实施方案中，核酸编码免疫调节蛋白，所述免疫调节蛋白具有表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列中所述的氨基酸序列，或展现与表2-10的任一表格中所述ecd或igv的seqidno中的任一序列的至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％并且含有所列举的氨基酸修饰(例如，氨基酸取代)的氨基酸序列。在一些实施方案中，所编码的免疫调节蛋白含有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个氨基酸修饰(例如氨基酸取代)。在一些实施方案中，核酸分子还可包含编码信号肽的核苷酸序列。在一些实施方案中，信号肽是相应的野生型igsf成员(参见例如表1)的天然信号肽。在一些实施方案中，信号肽是非天然信号肽，例如如例如表11所述的任何信号肽。vi.工程化细胞本文提供工程化细胞，其包含免疫调节蛋白或编码如本文所述的免疫调节蛋白的核酸(例如表达载体)。在一些实施方案中，工程化细胞含有可分泌免疫调节蛋白或编码可分泌免疫调节蛋白的核酸分子，例如如所述的任一种。在一些实施方案中，工程化细胞表达并分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，工程化细胞表达免疫调节蛋白并且可以或能够在适合于分泌蛋白质的条件下从细胞分泌免疫调节蛋白。在一个方面中，提供工程化免疫细胞，其包含编码免疫调节蛋白的核酸分子，其中免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸修饰(例如，取代)，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；并且工程化细胞经配置以表达并分泌免疫调节蛋白。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。在一些实施方案中，免疫调节蛋白不与半衰期延长部分(例如多聚化结构域或fc结构域)缀合。在一些实施方案中，核酸分子包含与编码免疫调节蛋白的序列可操作地连接的编码分泌性信号肽的序列。在一些实施方案中，工程化细胞含有跨膜免疫调节蛋白或编码跨膜免疫调节蛋白的核酸分子，例如如所述的任一种。在一些实施方案中，工程化细胞在其表面上表达免疫调节蛋白。在一些实施方案中，工程化细胞是免疫细胞，例如淋巴细胞(例如，肿瘤浸润性淋巴细胞(til)、t细胞或nk细胞)或髓样细胞。在一些实施方案中，工程化细胞是抗原呈递细胞(apc)。在一些实施方案中，工程化细胞是工程化哺乳动物t细胞或工程化哺乳动物抗原呈递细胞(apc)。在一些实施方案中，工程化免疫细胞或apc是人类或鼠类细胞。在一些实施方案中，工程化t细胞包括但不限于t辅助细胞、细胞毒性t细胞(可替代地，细胞毒性t淋巴细胞或ctl)、天然杀伤t细胞、调节性t细胞、记忆t细胞或γδt细胞。在一些实施方案中，工程化t细胞是cd4+或cd8+。除了mhc信号以外，工程化t细胞还需要共刺激性信号，在一些实施方案中，所述共刺激性信号是由如本文所讨论的免疫调节蛋白提供。在一些实施方案中，工程化apc包括例如表达mhcii的apc，例如巨噬细胞、b细胞和树突细胞以及人工apc(aapc)，包括细胞和非细胞(例如可生物降解的聚合物微粒)aapc。人工apc(aapc)是可以与apc类似的方式作用的apc的合成形式，其将抗原呈递至t细胞以及将其激活。抗原呈递是由mhc(i类或ii类)进行。在一些方面中，在工程化apc中，例如在aapc中，在一些实施方案中，加载至mhc上的抗原是肿瘤特异性抗原或肿瘤相关抗原。加载至mhc上的抗原由t细胞的t细胞受体(tcr)识别，在一些情况下，所述t细胞可表达由本文提供的免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域识别的一种或多种同源结合配偶体或其他分子。在一些实施方案中，细胞aapc可经工程化以含有用于过继性细胞疗法中的sip或tip和tcr激动剂。在一些实施方案中，细胞aapc可经工程化以含有sip或tip和tcr激动剂，所述激动剂用于例如在给予前的人类t细胞的离体扩增，例如用于再引入至患者体内。在一些方面中，aapc可包括至少一种抗cd3抗体克隆(例如okt3和/或ucht1)的表达。在一些方面中，aapc可失活(例如，经辐照)。在一些实施方案中，sip或tip可包括展现对t细胞上的同源结合配偶体的结合亲和性的任何变体或亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，将本文所提供的免疫调节蛋白(例如跨膜免疫调节蛋白或可分泌免疫调节蛋白)共表达或工程化至表达抗原结合受体(例如重组受体，例如嵌合抗原受体(car)或t细胞受体(tcr))的细胞中。在一些实施方案中，工程化细胞(例如工程化t细胞)识别与癌症、炎症和自身免疫障碍或病毒感染相关的所需抗原。在具体实施方案中，抗原结合受体含有特异性地结合肿瘤特异性抗原或肿瘤相关抗原的抗原结合部分。在一些实施方案中，工程化t细胞是car(嵌合抗原受体)t细胞，其含有特异性地结合至抗原(例如肿瘤特异性抗原或肿瘤相关抗原)的抗原结合结构域(例如scfv)。在另一实施方案中，工程化t细胞具有tcr，包括重组或工程化tcr。在一些实施方案中，tcr可以是天然tcr。本领域技术人员将认识到，通常天然哺乳动物t细胞受体包含参与抗原特异性识别和结合的α链和β链(或γ链和δ链)。在一些实施方案中，tcr是经修饰的工程化tcr。在一些实施方案中，工程化t细胞的tcr特异性地结合至由apc呈递的肿瘤相关或肿瘤特异性抗原。因此，在一些实施方案中，免疫调节蛋白是在工程化t细胞受体细胞或/和工程化嵌合抗原受体细胞中表达和分泌。在此类实施方案中，工程化细胞共表达免疫调节蛋白和car或tcr。在一些实施方案中，sip蛋白是在工程化t细胞受体细胞或工程化嵌合抗原受体细胞中表达。在此类实施方案中，工程化细胞共表达sip和car或tcr。嵌合抗原受体(car)是重组受体，其包括抗原-结合结构域(胞外结构域)、跨膜结构域和细胞内信号传导区(胞内结构域)，所述细胞内信号传导区能在结合抗原后诱导或介导激活信号至t细胞。在一些例子中，car表达细胞经工程化以表达细胞外单链可变片段(scfv)，所述细胞外单链可变片段具有对连接至细胞内信号传导部分的特定肿瘤抗原的特异性，所述细胞内信号传导部分包含激活结构域和在一些情况下的共刺激结构域。共刺激结构域可衍生自例如cd28、ox-40、4-1bb/cd137、诱导型t细胞共刺激物(icos)。激活结构域可衍生自例如cd3，例如cd3ζ、ε、δ、γ等。在某些实施方案中，car设计为具有两个、三个、四个或更多个共刺激结构域。carscfv可经设计以靶向在与疾病或病症相关的细胞上表达的抗原，例如肿瘤抗原，例如cd19，其为由b细胞谱系中的细胞表达的跨膜蛋白，所述b细胞谱系包括所有正常b细胞和b细胞恶性病，包括但不限于nhl、cll和非t细胞all。car+t细胞疗法和构建体的例子描述于美国专利公开案第2013/0287748号、第2014/0227237号、第2014/0099309号和第2014/0050708号中，并且这些参考案是全文通过引用并入。在一些方面中，抗原-结合结构域是抗体或其抗原结合片段，例如单链片段(scfv)。在一些实施方案中，抗原是在肿瘤或癌细胞上表达。抗原的例子是cd19。car的例子是抗cd19car，例如含有seqidno：1576或seqidno：1577所述抗cd19scfv的car。在一些实施方案中，car还包含间隔区、跨膜结构域和包含itam信号传导结构域(例如cd3ζ信号传导结构域)的细胞内信号传导结构域或区域。在一些实施方案中，car还包含共刺激信号传导结构域。在一些实施方案中，间隔区和跨膜结构域是衍生自cd8的铰链和跨膜结构域，例如具有seqidno：1574、1578、2158中所述的示例性序列，或展现与seqidno：1574、1578、2158至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，胞内结构域包含cd3-ζ信号传导结构域。在一些实施方案中，cd3-ζ信号传导结构域包含seqidno：1575中所述的氨基酸序列或展现与seqidno：1575至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高的序列同一性并保持t细胞信号传导活性的氨基酸序列。在一些实施方案中，car的胞内结构域还可包含共刺激信号传导结构域或区域以进一步调节性t细胞的免疫调节反应。在一些实施方案中，共刺激信号传导结构域是cd28、icosl、41bb或ox40。在一些实施方案中，共刺激信号传导结构域衍生自cd28或4-1bb并且包含seqidno：1579-1582的任一个中所述的氨基酸序列或展现与seqidno：1579-1582至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高的序列同一性并保持t细胞共刺激信号传导活性的氨基酸序列。在一些实施方案中，编码car的构建体还编码通过自裂解肽序列从car分离的第二蛋白质，例如标志物，例如可检测蛋白质。在一些实施方案中，自裂解肽序列是f2a、t2a、e2a或p2a自裂解肽。t2a自裂解肽的示例性序列陈述于seqidno：2165、2169、2177的任一个或展现与seqidno：2165、2169、2177的任一个至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高序列同一性的氨基酸序列中。在一些实施方案中，t2a是由seqidno：2176中所述的核苷酸序列或展现与seqidno：2176中任一个至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高序列同一性的序列编码。p2a自裂解肽的示例性序列陈述于seqidno：2178或展现与seqidno：2178至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高序列同一性的氨基酸序列中。在一些实施方案中，标志物是可检测蛋白质，例如荧光蛋白，例如绿色荧光蛋白(gfp)或蓝色荧光蛋白(bfp)。荧光蛋白标志物的示例性序列陈述于seqidno：2164、2170、2179、2180或展现与seqidno：2164或2170至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高序列同一性的氨基酸序列中。在一些实施方案中，car具有陈述于seqidno：2166、2171、2172、2173、2159、2160、2162或2163的任一个中的氨基酸序列或展现与seqidno：2166、2171、2172、2173、2159、2160、2162或2163中任一个至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，car是由seqidno：2175或2161中所述的核苷酸序列编码或是展现与seqidno：2175或2161中的任一序列至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高序列同一性的氨基酸序列。在另一实施方案中，工程化t细胞具有tcr，包括重组或工程化tcr。在一些实施方案中，tcr可以是天然tcr。本领域技术人员将认识到，通常天然哺乳动物t细胞受体包含参与抗原特异性识别和结合的α链和β链(或γ链和δ链)。在一些实施方案中，tcr是经修饰的工程化tcr。在一些实施方案中，工程化t细胞的tcr特异性地结合至由apc呈递的肿瘤相关或肿瘤特异性抗原。在一些实施方案中，通过多种策略(例如用于重组宿主细胞的那些策略)将编码免疫调节蛋白(例如跨膜免疫调节多肽或可分泌免疫调节多肽)的核酸并入工程化细胞(例如工程化t细胞或工程化apc)中。将dna构建体引入原代t细胞中的多种方法是本领域已知的。在一些实施方案中，采用病毒转导或质粒电穿孔。在典型实施方案中，编码免疫调节蛋白的核酸分子或表达载体包含引起从细胞分泌所表达的免疫调节蛋白的信号肽。在一些实施方案中，将编码本发明免疫调节蛋白的核酸亚克隆至病毒载体(例如逆转录病毒载体)中，其容许在宿主哺乳动物细胞中表达。可将表达载体引入哺乳动物宿主细胞中，并且在宿主细胞培养条件下，表达并分泌免疫调节蛋白。在示例性例子中，原代t细胞可经离体纯化(cd4细胞或cd8细胞或二者)，并用由多种tcr/cd28激动剂(例如抗cd3/抗cd28涂布的珠粒)组成的激活方案进行刺激。在2或3天的激活过程后，可通过本领域标准的慢病毒或逆转录病毒转导方案或质粒电穿孔策略将编码本发明免疫调节蛋白的dna载体稳定引入原代t细胞中。可通过例如使用与天然亲代分子和亲和性修饰的变体交叉反应的抗表位标签或抗体监测细胞的免疫调节蛋白表达和分泌。在免疫调节蛋白表达和分泌后，可通过多种方式测定工程化t细胞的改进的功能。可验证工程化car或tcr共表达以显示，工程化t细胞的这个部分不受免疫调节构建体的表达和分泌的显著影响。一旦被验证，可使用标准体外细胞毒性、增殖或细胞因子测定来评价工程化细胞的功能。示例性标准终点是培养上清液中肿瘤系的溶解百分比、工程化t细胞的增殖或ifn-γ蛋白表达。可选择相对于对照构建体导致统计学上显著增加的肿瘤系溶解、增加的工程化t细胞增殖或增加的ifn-γ表达的工程化构建体。另外，未经工程化的细胞(例如天然原代或内源t细胞)也可并入相同体外测定中，以测量工程化细胞(例如工程化t细胞)表达并分泌的免疫调节蛋白构建体调节旁观天然t-细胞中的活性(在一些情况下，包括激活并生成效应子功能)的能力。可在内源t细胞上监测例如cd69、cd44或cd62l的激活标志物的增加的表达，并且增加的增殖和/或细胞因子产生可指示由工程化t细胞表达并分泌的免疫调节蛋白的所需活性。在一些实施方案中，可使用类似测定来比较仅含有car或tcr的工程化t细胞与含有car或tcr以及表达和分泌免疫调节蛋白的那些工程化t细胞的功能。通常，这些体外测定是通过将各种比率的工程化t细胞和含有同源car或tcr抗原的“肿瘤”细胞系一起平铺于培养物中来进行。标准终点是培养上清液中肿瘤系的溶解百分比、工程化t细胞的增殖或ifn-γ的产生。可选择相对于单独的相同tcr或car构建体，导致统计学上显著增加的肿瘤系溶解、增加的工程化t细胞增殖或增加的ifn-γ产生的工程化细胞。可在免疫受损的小鼠(如nsg种系，其缺少小鼠t、nk和b细胞)中分析工程化人类t细胞。其中car或tcr结合异种移植物上的靶同源结合配偶体并且与含有亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白(其也经分泌)共表达的工程化人类t细胞可在体内以与异种移植物相比不同的细胞数和比率过继转移。例如，可通过生物发光或离体通过流式细胞术监测含有荧光素酶/gfp载体的cd19+白血病肿瘤系的移植物植入。在常见实施方案中，将异种移植物引入鼠类模型中，然后在几天后引入工程化t细胞。可针对相对于仅含有car或tcr的工程化t细胞增加的存活、肿瘤清除或扩增的工程化t细胞数目，测定表达并分泌免疫调节蛋白的工程化t细胞。如在体外测定中，可将内源性天然(即，未工程化)人类t细胞共过继转移，以寻求在所述群体中的成功表位扩展，从而得到更好的存活或肿瘤清除。a.示例性功能活性和特征在一些方面中，工程化细胞，例如工程化淋巴细胞(例如，肿瘤浸润性淋巴细胞、t细胞或nk细胞)或髓样细胞(例如，抗原呈递细胞)，展现一种或多种所需特征或活性。在一些实施方案中，在细胞上或从细胞表达时，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至至少一个在哺乳动物细胞上表达的同源结合配偶体。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是自体或同种异体小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。在一些方面中，哺乳动物细胞可包括例如抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或t细胞的实施方案。在一些实施方案中，肿瘤细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类肿瘤细胞。免疫调节蛋白看包含一个或多个(例如，2、3或4个)亲和性修饰的igsf结构域。因此，在一些实施方案中，免疫调节蛋白结合至不多于一个哺乳动物细胞上的同源结合配偶体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个哺乳动物细胞上的同源结合配偶体。可替代地，在一些实施方案中，免疫调节蛋白特异性地结合至至少2、3或4个，或确切地2、3或4个在哺乳动物细胞上表达的同源结合配偶体。在一些实施方案中，免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。含有一个或多个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白与哺乳动物细胞上的同源结合配偶体的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。亲和性修饰的igsf结构域和哺乳动物细胞同源结合配偶体以及其之间的特异性结合可以是呈顺式布置(即，在同一细胞上特异性结合)或呈反式布置(即，在不同细胞上特异性结合)或同时呈顺式和反式布置的特异性结合。细胞的免疫活性可有所增加，如通过例如增加的细胞存活、细胞增殖、细胞因子产生或t细胞的细胞毒性所证实。在替代性实施方案中，细胞的免疫活性有所减弱，如通过细胞存活、细胞增殖、细胞因子产生或t细胞的细胞毒性的降低所证实。在一些实施方案中，存于免疫调节蛋白中的至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至至少一种在哺乳动物细胞上表达的细胞表面同源结合配偶体，并且其中需要免疫活性的调节。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合的同源结合配偶体是野生型igsf家族成员或亲和性已经修饰的野生型igsf结构域的天然同源结合配偶体。在一些实施方案中，特异性结合增加和/或减弱表达同源结合配偶体的哺乳动物细胞的活性，亲和性修饰的igsf结构域展现改进的与所述哺乳动物细胞的结合。因此，通过增加特异性结合亲和性，所提供的免疫调节蛋白可增加或减弱哺乳动物细胞的免疫活性。在一些实施方案中，特异性结合调节(例如增加)含有免疫调节蛋白的工程化细胞的免疫活性。在一些实施方案中，在哺乳动物细胞上表达的同源结合配偶体是哺乳动物igsf成员。在一些实施方案中，哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、淋巴细胞或肿瘤细胞。在一些实施方案中，淋巴细胞是肿瘤浸润性淋巴细胞(til)、工程化或天然t细胞或工程化或天然nk细胞。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域的同源结合配偶体是天然人类igsf成员。在一些实施方案中，同源结合配偶体是如表1中所指示的“细胞表面同源结合配偶体”。在一些实施方案中，在由免疫细胞(例如，淋巴细胞，例如t细胞)表达和分泌时包含亲和性修饰的igsf的免疫调节蛋白可特异性地结合至少一个在第二免疫细胞(例如淋巴细胞，例如t细胞)上表达的同源结合配偶体。第二免疫细胞(例如第二t细胞)上的同源结合配偶体可以是抑制性同源结合配偶体或刺激性同源结合配偶体。示例性同源结合配偶体包括细胞表面受体或配体。抑制性受体/配体的例子包括pd-1/pd-l1、pd-l2、ctla-4/b7-1/b7-2、btla/hvem、lag3/mhcii类、tigit/pvr、tim-3/ceacam-1/gal9和vsig8/vista。刺激性受体/配体的例子包括cd28/b7-1/b7-2、icos/icosl和cd226/pvr。在特定实施方案中，免疫调节蛋白是由t细胞表达和分泌，并且包含特异性地结合至在t细胞上表达的同源结合配偶体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，第一和第二t细胞是单独的t细胞，并且在此实施方案中，免疫调节蛋白和同源结合配偶体相互呈反式。在一些实施方案中，免疫调节蛋白和同源结合配偶体是在同一t细胞(其中分泌免疫调节蛋白)上表达并且彼此呈顺式。在一些实施方案中，至少一种t细胞是天然t细胞或工程化t细胞。在一些实施方案中，工程化t细胞是嵌合抗原受体(car)t细胞或t细胞受体(tcr)工程化t细胞。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含对细胞表面受体具有增加的亲和性的亲和性修饰的igsf结构域以刺激受体信号转导的增加。在一些实施方案中，如果例如受体是刺激性受体用于介导那些效应的，那么刺激受体信号传导的增加可增加所述细胞的免疫活性。在一些情况下，其中刺激受体信号传导的细胞的炎症性活性有所增加。在一些实施方案中，免疫调节蛋白增加刺激性受体的活性。在所述例子中，免疫调节蛋白的igsf结构域可以是亲和性修饰的以增加与哺乳动物细胞上的天然同源结合配偶体的特异性结合亲和性，所述天然同源结合配偶体在一些情况下是刺激性受体。在一些实施方案中，刺激性受体是在t细胞上表达。在某些实施方案中，例如由工程化细胞(例如，第一t细胞)表达和分泌的免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域以增加的亲和性(相对于作为对照的非亲和性修饰的igsf结构域)特异性地结合至在t细胞(例如，第二t细胞)上表达的刺激性同源结合配偶体。在某些实施方案中，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至在t细胞(例如，第二t细胞)上表达的刺激性同源结合配偶体并增加t细胞的免疫调节活性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域以增加的亲和性结合至t细胞(例如，第二t细胞)上的刺激性同源结合配偶体并增加t细胞的免疫调节活性。在一些实施方案中，刺激性受体为cd28、icos或cd226，以及含有亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白，所述免疫调节蛋白展现与含有野生型igsf结构域的蛋白质相比增加的与cd28、icos或cd226之一的结合亲和性。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是cd80(b7-1)的亲和性修饰的结构域。在一些实施方案中，本发明免疫调节蛋白的亲和性修饰的cd80(b7-1)igsf结构域是在第一t细胞上表达，并且亲和性经修饰以用增加的亲和性结合至第二t细胞上的刺激性同源结合配偶体cd28。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是icosl的亲和性修饰的结构域。在具体实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosl(诱导型共刺激物配体)结构域，并且刺激性同源结合配偶体是以下各项中的至少一种：icos(诱导型共刺激物)或cd28。在一些实施方案中，icosl结构域是亲和性修饰的以特异性地结合至icos和cd28二者。在一些实施方案中，icosl是亲和性修饰的以特异性地结合至icos或cd28，但并不同时特异性地结合二者。在一些实施方案中，与icos或cd28之一的结合亲和性有所增加，同时与另一者的结合亲和性有所减弱。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155，并且激活同源配体是cd226。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd112，并且激活同源配体是cd226。在本发明的一些方法中，免疫调节蛋白减弱抑制性受体的活性。在一些情况下，免疫调节蛋白与同源细胞表面分子的增加的结合亲和性导致抑制哺乳动物细胞上的天然同源结合配偶体之间的特异性结合。对所述天然同源结合配偶体的较强亲和性(相对于天然igsf成员的竞争亲和性)减弱天然分子与其同源结合配偶体的特异性结合亲和性。本领域技术人员将认识到，在一些实施方案中，如果例如受体是用于引起那些细胞效应的抑制性受体，那么拮抗抑制性受体信号传导可减弱所述细胞的免疫活性。在一些实施方案中，来自cd155/tigit、cd112/tigit、cd80/ctla-4、icosl/ctla-4的抑制性受体与其配体之间的一种或多种活性。pd-l1/pd-1或pd-：2/pd-1被免疫调节蛋白阻断。因此，在一些实施方案中，免疫调节蛋白可用于刺激不表达和分泌免疫调节蛋白的细胞(即，反式细胞)，同时减弱对表达和分泌免疫调节蛋白的细胞(顺式细胞)的抑制。例如，在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域，并且在一些情况下至少两个亲和性修饰的结构域，其导致增加的与至少两个细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。在一些实施方案中，第一同源结合配偶体是刺激性受体并且第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体。在一些实施方案中，亲和性修饰的结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。在一些实施方案中，刺激性受体和抑制性受体可独立地在免疫细胞(例如t细胞或抗原呈递细胞)上表达。在一些实施方案中，刺激性受体在淋巴细胞(例如t细胞)上表达。在一些实施方案中，刺激性受体是cd28、icos或cd226和/或刺激性受体的配体是icosl。在一些实施方案中，抑制性受体在工程化细胞(例如工程化t细胞)上表达。在一些实施方案中，抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8和/或抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、cd112、cd155、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista(参见例如表1)。在一些实施方案中，抑制性同源结合配偶体是pd-l1或pd-l2。在一些实施方案中，免疫调节蛋白可用于减弱对表达并分泌免疫调节蛋白的细胞、例如表达并分泌免疫调节蛋白的t细胞的抑制。例如，由t细胞(例如，第一t细胞)表达和分泌的免疫调节蛋白可包含亲和性修饰的igsf结构域，所述igsf结构域抑制第二t细胞上的同源结合配偶体之间的特异性结合。在一些实施方案中，抑制性受体的配体是亲和性修饰的，并且在从工程化细胞分泌时，拮抗或抑制其抑制性受体。在一些实施方案中，抑制性受体的亲和性修饰的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr(例如，cd112或cd155)、ceacam-1、gal9或vista(参见例如表1)。在一些实施方案中，是抑制性受体的配体的亲和性修饰的结构域保持或展现对另一受体(例如刺激性受体)的增加的结合。例如，亲和性修饰的结构域可以是亲和性修饰的cd155或cd112以展现降低的与cd226的结合，但保持或展现增加的与tigit以及在一些情况下cd112r的结合。在此类实施方案中，亲和性修饰的cd155或cd112可在从细胞表达并分泌时拮抗tigit。在一些情况下，此实施方案可独立地使用，或结合实施方案使用，在所结合的实施方案中，本发明的亲和性修饰的igsf结构域是由第一t细胞表达并分泌，并且特异性地结合至少一个在第二t细胞上表达的刺激性同源结合配偶体，并且增加第二t细胞中的免疫活性。通过这种机制，通过第一t细胞上表达的免疫调节蛋白与第二细胞上的刺激性同源结合配偶体的特异性结合，在第二t细胞中产生增加的免疫调节反应；并且通过第一t细胞上表达的亲和性修饰的igsf结构域的特异性结合减弱第一t细胞的免疫调节活性来抑制第二t细胞，所述特异性结合抑制第二t细胞上的同源结合配偶体和第一t细胞上表达的抑制性同源结合配偶体以及其之间的特异性结合。用于此实施方案和前述实施方案中的t细胞通常为鼠类或人类t细胞，但可采用其他哺乳动物t细胞。通常，使用细胞毒性t细胞(ctl)。如先前所述，在一些实施方案中，本发明的免疫调节蛋白是在第一t细胞上表达并且包含特异性地结合至第二t细胞上的刺激性同源结合配偶体(例如，刺激性受体)的亲和性修饰的igsf结构域，同时还抑制第二t细胞上的天然同源结合配偶体(例如，抑制性配体)与其在第一t细胞上的抑制性天然同源结合配偶体(例如，抑制性受体)之间的特异性地结合。对第二t细胞上的同源结合配偶体与第一t细胞上的同源结合配偶体之间的特异性结合的抑制可通过亲和性修饰的igsf结构域与两个天然同源结合配偶体中的至少一个竞争性结合，使得干扰其相互结合来实现。通常，igsf结构域的亲和性经修饰，以使得与其同源结合配偶体的结合亲和性高于天然同源结合配偶体对彼此具有的结合亲和性。在这种设计的一些实施方案中，免疫调节蛋白可包含亲和性修饰的igsf结构域，所述igsf结构域结合至抑制性和刺激性同源结合配偶体二者。因此，在这个实施方案中，亲和性修饰的igsf具有双重结合能力。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含结合第一t细胞上的同源结合配偶体的第一亲和性修饰的igsf结构域以及抑制第一和第二t细胞上的同源结合配偶体以及其之间的特异性结合的第二亲和性修饰的igsf结构域。在另一实施方案中，结合至第一t细胞上的刺激性同源结合配偶体的亲和性修饰的igsf结构域是在第一免疫调节蛋白上，并且抑制第一和第二t细胞上的同源结合配偶体以及其之间的特异性结合的亲和性修饰的igsf结构域是在第二免疫调节蛋白上。在这个实施方案中，第一和第二免疫调节蛋白是不同多肽链。在一些实施方案中，第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域是相同的亲和性修饰的igsf结构域。例如，在具体实施方案中，icosl(诱导型共刺激物配体)igsf结构域(例如，亲和性修饰的igv结构域)的亲和性经修饰以用增加的亲和性结合至icos和cd28二者。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域(例如，亲和性修饰的igv结构域)，其具有增加的与icos和cd28二者的亲和性，或降低的与icos和cd28中的一个或两个的亲和性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白导致抑制天然同源结合配偶体以及其之间的特异性结合。在一些实施方案中，这可通过对一个或两个天然同源结合配偶体具有更高亲和性的亲和性修饰的igsf结构域来实现，由此竞争性地抑制这些同源结合配偶体以及其之间的特异性结合。在一些实施方案中，免疫调节蛋白包含亲和性修饰的igsf结构域，其是亲和性修饰的cd155igsf结构域，具有增加的对cd226的亲和性以及减弱的对tigit(具有ig和itim结构域的t细胞免疫受体)的亲和性。在一些实施方案中，免疫调节蛋白(例如，在第一t细胞上表达)包含亲和性修饰的cd80(b7-1)igsf结构域，所述igsf结构域的亲和性经修饰以用增加的亲和性结合至刺激性同源结合配偶体cd28(例如，在第二t细胞上)。另外，在这个实施方案中，亲和性修饰的cd80(b7-1)igsf结构域可用增加的亲和性结合至pd-l1(例如，在第二t细胞上表达)并抑制与其同源结合配偶体pd-1(例如，在第一t细胞上表达)的特异性结合。在任一前述实施方案的另一附加中，亲和性修饰的cd80(b7-1)igsf结构域可以是亲和性修饰的，使得其不与ctla-4显著特异性地结合或以减弱的亲和性结合，并因此使得其与刺激性同源结合配偶体cd28的特异性地结合不受ctla-4显著抑制。在一些实施方案中，免疫调节蛋白用作诱饵同源结合配偶体以抑制天然同源结合配偶体以及其之间的特异性结合，至少一个所述天然同源结合配偶体包含igsf家族成员。在一些情况下，包含亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白与一个天然同源结合配偶体的特异性结合抑制天然同源结合配偶体(例如，天然受体和配体对)以及其之间的相互特异性结合。因此，在一些实施方案中，免疫调节蛋白可借助竞争性或非竞争性结合减弱特异性结合。在一些实施方案中，天然同源结合配偶体是细胞表面受体，其可以是刺激性受体或抑制性受体。其中同源结合配偶体的亲和性修饰的igsf结构域的特异性结合增加或减弱t细胞的免疫活性的实施方案包括在本发明的范围内。在一些实施方案中，天然同源结合配偶体是抑制性同源结合配偶体，其用于在由其天然同源结合配偶体特异性结合时减弱免疫活性。例如，在抗原呈递细胞(apc)或哺乳动物肿瘤细胞上表达的天然细胞表面同源结合配偶体可特异性地结合nk细胞或淋巴细胞(例如t细胞)上的天然抑制性同源结合配偶体。与抑制性同源结合配偶体的特异性结合用于减弱其上表达抑制性同源结合配偶体的nk细胞或淋巴细胞的免疫调节活性。在一些实施方案中，抑制性同源结合配偶体是抑制性受体。在一些实施方案中，抑制性同源结合配偶体是含有itim(基于免疫受体酪氨酸的抑制基序)的抑制性同源结合配偶体。itim基序发现于免疫系统的多种抑制性受体的胞内结构域中(cellsignal，16(4)：435-456，2004)。在一些实施方案中，亲和性修饰的igsf结构域是野生型抑制性受体igsf结构域的亲和性修饰的形式，其导致免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域对其天然同源结合配偶体的亲和性高于野生型抑制性受体对天然同源结合配偶体的亲和性。因此，在这些实施方案中，免疫调节蛋白可通过免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域与其天然igsf结构域的同源结合配偶体的特异性结合(例如免疫调节蛋白的亲和性修饰的igsf结构域与含有itim的抑制性受体的特异性结合)减弱itim基序受体的抑制性反应。作为例子，含有itim的同源结合配偶体是pd-1。通常，pd-1是特异性结合至抑制性配体pd-1的抑制性受体。在pd-l1与pd-1特异性结合后，pd-1通过来自itim结构域的信号转导来参与抑制t细胞激活。在一些实施方案中，抑制性受体同源结合配偶体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8。在一些实施方案中，免疫调节蛋白含有亲和性修饰的igsf结构域，所述igsf结构域是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3或btla的亲和性修饰的igsf结构域，其以高于野生型抑制性受体的亲和性结合至抑制性受体的天然抑制性配体(示例性抑制性受体的配体结合配偶体参见表1)。在一些实施方案中，免疫调节蛋白可包含亲和性修饰的pd-1igsf结构域，所述igsf结构域以高于野生型pd-1的亲和性结合至pd-l1。特异性结合可通过竞争性或非竞争性结合来实现，并且是本发明的具体实施方案。亲和性修饰的igsf结构域和同源结合配偶体(即抑制性受体，例如pd-1)以及其之间的竞争性结合抑制其与其天然配体同源结合配偶体(例如，pd-l1)的结合。在一些实施方案中，这个实施方案的免疫调节蛋白基本上缺少野生型抑制性受体的信号转导机制，并因此不会自身诱导抑制性反应。vii.感染原还提供感染原，其含有编码本文所述的任何含有亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的核酸，所述免疫调节蛋白包括可分泌或跨膜免疫调节蛋白。在一些实施方案中，所述感染原可将编码本文所述免疫调节多肽的核酸递送至受试者的靶细胞中，例如受试者的免疫细胞和/或抗原呈递细胞(apc)或肿瘤细胞。还提供含于所述感染原中的核酸，和/或用于生成或修饰所述感染原的核酸，例如载体和/或质粒，以及含有所述感染原的组合物。在一些实施方案中，感染原是微生物(microorganism或microbe)。在一些实施方案中，感染原是病毒或细菌。在一些实施方案中，感染原是病毒。在一些实施方案中，感染原是细菌。在一些实施方案中，所述感染原可递送编码本文所述的任何免疫调节蛋白的核酸序列，所述免疫调节蛋白包括可分泌或跨膜免疫调节蛋白。因此，在一些实施方案中，可使被感染原感染或接触的受试者的细胞在细胞表面上表达或分泌免疫调节多肽。在一些实施方案中，感染原还可将一种或多种其他治疗剂或编码其他治疗剂的核酸递送至受试者体内的细胞和/或环境。在一些实施方案中，可通过感染原递送的其他治疗剂包括细胞因子或其他免疫调节分子。在一些实施方案中，感染原(例如病毒或细菌)含有编码本文所述任何免疫调节蛋白(包括可分泌或跨膜免疫调节蛋白)的核酸序列，并且由于受试者的细胞的接触和/或感染，所述细胞表达所述感染原中所含核酸序列编码的所述免疫调节蛋白(包括可分泌或跨膜免疫调节蛋白)。在一些实施方案中，可将感染原给予受试者。在一些实施方案中，可使感染原与来自受试者的细胞离体接触。在一些实施方案中，免疫调节蛋白是由被感染原感染的细胞表达的跨膜免疫调节蛋白并且是表面表达。在一些实施方案中，免疫调节蛋白是由被感染原感染的细胞表达的可分泌免疫调节蛋白并且是从所述细胞表达并分泌。跨膜免疫调节蛋白或分泌的免疫调节蛋白可以是本文所述的任何免疫调节蛋白。在一些实施方案中，受试者中被感染原靶向的细胞包括肿瘤细胞、免疫细胞和/或抗原呈递细胞(apc)。在一些实施方案中，感染原靶向肿瘤微环境(tme)中的细胞。在一些实施方案中，感染原将编码免疫调节蛋白(包括可分泌或跨膜免疫调节蛋白)的核酸递送至适当细胞(例如，apc，例如在其细胞表面上展示肽/mhc复合物的细胞，例如树突细胞)或组织(例如，淋巴组织)，其将诱导和/或放大所需效应，例如免疫调节和/或特定细胞介导的免疫应答，例如cd4和/或cd8t细胞反应，所述cd8t细胞反应可包括细胞毒性t细胞(ctl)反应。在一些实施方案中，感染原靶向apc，如树突细胞(dc)。在一些实施方案中，通过本文所述的感染原递送的核酸分子包括在特定靶细胞中表达编码变体免疫调节多肽的可操作地连接的编码序列所需的适当核酸序列，例如调节元件，例如启动子。在一些实施方案中，含有编码免疫调节多肽的核酸序列的感染原也可含有编码一种或多种其他基因产物(例如细胞因子、前药转化酶、细胞毒素和/或可检测基因产物)的核酸序列。例如，在一些实施方案中，感染原是溶瘤病毒并且所述病毒可包括编码其他治疗性基因产物的核酸序列(参见例如kim等人，(2009)natrevcancer9：64-71；garcia-aragoncillo等人，(2010)curropinmolther12：403-411；参见美国专利第7,588,767号、第7,588,771号、第7,662,398号和第7,754,221号，以及美国专利公开案第2007/0202572号、第2007/0212727号、第2010/0062016号、第2009/0098529号、第2009/0053244号、第2009/0155287号、第2009/0117034号、第2010/0233078号、第2009/0162288号、第2010/0196325号、第2009/0136917号和第201i/0064650号。在一些实施方案中，其他基因产物可以是可导致靶细胞(例如，肿瘤细胞)死亡的治疗性基因产物，或可放大或加强或调节免疫应答的基因产物(例如，细胞因子)。示例性基因产物还包括抗癌剂、抗转移剂、抗血管生成剂、免疫调节分子、免疫检查点抑制剂、抗体、细胞因子、生长因子、抗原、细胞毒性基因产物、促凋亡基因产物、抗凋亡基因产物、细胞基质降解基因、用于组织再生和将人类体细胞重编程为多能性的基因，以及本文描述或本领域技术人员已知的其他基因。在一些实施方案中，其他基因产物是粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)。a.病毒在一些实施方案中，感染原是病毒。在一些实施方案中，感染原是溶瘤病毒，或靶向特定细胞(例如免疫细胞)的病毒。在一些实施方案中，感染原靶向受试者中的肿瘤细胞和/或癌细胞。在一些实施方案中，感染原靶向免疫细胞或抗原呈递细胞(apc)。在一些实施方案中，感染原是溶瘤病毒。溶瘤病毒是在肿瘤细胞中积累并在肿瘤细胞中复制的病毒。由于在所述细胞中复制，以及任选地递送编码本文所述免疫调节多肽的核酸，肿瘤细胞发生溶解，并且肿瘤缩小并且可被消除。溶瘤病毒还可具有宽的宿主和细胞类型范围。例如，溶瘤病毒可在免疫豁免的细胞或免疫豁免的组织中积累，包括肿瘤和/或转移灶，并且还包括受伤组织和细胞，由此容许在宽范围的细胞类型中递送并表达编码本文所述免疫调节多肽的核酸。溶瘤病毒还可以肿瘤细胞特异性方式复制，导致肿瘤细胞溶解和有效肿瘤消退。示例性溶瘤病毒包括腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒、单纯疱疹病毒、水疱性口炎病毒、呼肠孤病毒、新城疫病毒、细小病毒、麻疹病毒、水疱性口炎病毒(vsv)、柯萨奇病毒和牛痘病毒。在一些实施方案中，溶瘤病毒可特异性地定殖实体瘤，同时不感染其他器官，并且可用作感染原以将编码本文所述免疫调节多肽的核酸递送至所述实体瘤。用于递送编码本文所述的变体icosl多肽或免疫调节多肽的核酸的溶瘤病毒可以是本领域技术人员已知的任何溶瘤病毒，并且包括例如水疱性口炎病毒，参见例如美国专利第7,731,974号、第7,153,510号、第6,653,103号和美国专利公开案第2010/0178684号、第2010/0172877号、第2010/0113567号、第2007/0098743号、第20050260601号、第20050220818号和欧洲专利第1385466号、第1606411号和第1520175号；单纯疱疹病毒，参见例如美国专利第7,897,146号、第7,731,952号、第7,550,296号、第7,537,924号、第6,723,316号、第6,428,968号和美国专利公开案第2014/0154216号、第2011/0177032号、第2011/0158948号、第2010/0092515号、第2009/0274728号、第2009/0285860号、第2009/0215147号、第2009/0010889号、第2007/0110720号、第2006/0039894号、第2004/0009604号、第2004/0063094号，国际专利公开案第wo2007/052029号、第wo1999/038955号；逆转录病毒，参见例如美国专利第6,689,871号、第6,635,472号、第5,851,529号、第5,716,826号、第5,716,613号和美国专利公开案第20110212530号；牛痘病毒，参见例如2016/0339066；以及腺相关病毒，参见例如美国专利第8,007,780号、第7,968,340号、第7,943,374号、第7,906,111号、第7,927,585号、第7,811,814号、第7,662,627号、第7,241,447号、第7,238,526号、第7,172,893号、第7,033,826号、第7,001,765号、第6,897,045号和第6,632,670号。溶瘤病毒还包括已经遗传改变以减弱其毒力、改进其安全性特征、增强其肿瘤特异性的病毒，并且其还已配备有其他基因，例如细胞毒素、细胞因子、前药转化酶，以改进所述病毒的整体功效(参见例如kim等人，(2009)natrevcancer9：64-71；garcia-aragoncillo等人，(2010)curropinmolther12：403-411；参见美国专利第7,588,767号、第7,588,771号、第7,662,398号和第7,754,221号，和美国专利公开案第2007/0202572号、第2007/0212727号、第2010/0062016号、第2009/0098529号、第2009/0053244号、第2009/0155287号、第2009/0117034号、第2010/0233078号、第2009/0162288号、第2010/0196325号、第2009/0136917号和第2011/0064650号)。在一些实施方案中，溶瘤病毒可以是已经修饰使得其在癌性细胞中选择性复制，并且因此是溶瘤的那些溶瘤病毒。例如，溶瘤病毒是腺病毒，其已经工程化以具有针对肿瘤疗法以及也作为基因疗法载体的改变的向性。所述溶瘤病毒的例子为onyx-015、h101和ad5δcr(hallden和portella(2012)expertopinthertargets，16：945-58)以及tnferade(mcloughlin等人(2005)ann.surg.oncol.，12：825-30)，或条件复制型腺病毒在一些实施方案中，感染原是经修饰单纯疱疹病毒。在一些实施方案中，感染原是talimogenelaherparepvec(也称为t-vec、imlygic或oncovexgm-csf)的经修饰形式，其经修饰以含有编码本文所述任何免疫调节多肽的核酸。在一些实施方案中，感染原是例如描述于wo2007/052029、wo1999/038955、us2004/0063094、us2014/0154216中的经修饰单纯疱疹病毒或其变体。在一些实施方案中，感染原是靶向被给予病毒的受试者的特定细胞类型的病毒，例如靶向免疫细胞或抗原呈递细胞(apc)的病毒。树突细胞(dc)是起始和控制免疫应答必需的apc。dc可捕获并加工抗原，从外周移行至淋巴器官，并以主要组织相容性复合物(mhc)限制的方式将抗原呈递至静息t细胞。在一些实施方案中，感染原是可特异性靶向dc以递送编码用于在dc中表达的免疫调节多肽的核酸的病毒。在一些实施方案中，所述病毒是慢病毒或其变体或衍生物，例如整合缺陷型慢病毒载体。在一些实施方案中，所述病毒是慢病毒，其经假型化以有效结合并高效感染能表达细胞表面标志物树突细胞特异性细胞间粘附分子-3-捕捉非整联蛋白(dc-sign)的细胞，例如dc。在一些实施方案中，所述病毒是经辛德比斯病毒e2糖蛋白假型化的慢病毒或其经修饰形式，例如wo2013/149167中描述的那些慢病毒。在一些实施方案中，所述病毒容许将所关注序列(例如，编码本文所述任何免疫调节多肽的核酸)递送和表达至dc。在一些实施方案中，所述病毒包括描述于wo2008/011636、us201i/0064763、tareen等人(2014)mol.ther.，22：575-587中的那些病毒或其变体。噬树突细胞载体平台的示例是zvextm。b.细菌在一些实施方案中，感染原是细菌。例如，在一些实施方案中，细菌可将编码本文所述任何免疫调节多肽的核酸递送至受试者的靶细胞，例如肿瘤细胞、免疫细胞、抗原呈递细胞和/或吞噬细胞。在一些实施方案中，细菌可优先靶向受试者体内的特殊环境，例如肿瘤微环境(tme)，以表达和/或分泌免疫调节多肽，和/或靶向所述环境中的特殊细胞以表达变体免疫调节多肽。在一些实施方案中，细菌通过细菌介导的将质粒dna转移至哺乳动物细胞将核酸递送至细胞(也称为“细胞转染”)。例如，在一些实施方案中，通过整个细菌进入靶细胞来实现遗传物质的递送。在一些实施方案中，自发或诱导的细菌溶解可导致质粒的释放，以用于随后的真核细胞表达。在一些实施方案中，细菌可以将核酸递送至非吞噬哺乳动物细胞(例如，肿瘤细胞)和/或递送至吞噬细胞，例如某些免疫细胞和/或apc。在一些实施方案中，通过细菌递送的核酸可以转移至受试者中的细胞的细胞核中以用于表达。在一些实施方案中，核酸还包括在特定宿主细胞中表达可操作地连接的编码变体免疫调节多肽的序列所需的适当核酸序列，例如调节元件，例如启动子或增强子。在一些实施方案中，是细菌的感染原可递送呈rna形式的编码免疫调节蛋白的核酸，例如预先制备的能翻译的rna，其被递送至靶细胞的细胞质以供通过靶细胞的机构进行翻译。在一些实施方案中，细菌可复制并溶解靶细胞，例如，肿瘤细胞。在一些实施方案中，细菌可含有和/或释放靶细胞的细胞质中的核酸序列和/或基因产物，由此杀死靶细胞，例如肿瘤细胞。在一些实施方案中，感染原是可在受试者的特定环境(例如肿瘤微环境(tme))中特异性复制的细菌。例如，在一些实施方案中，细菌可在缺氧或低氧微环境中特异性复制。在一些实施方案中，存在于特定环境中的条件或因子，例如在tme中由细胞产生的天冬氨酸盐、丝氨酸、柠檬酸盐、核糖或半乳糖，可充当化学吸引剂以将细菌吸引到所述环境中。在一些实施方案中，细菌可在所述环境(例如，tme)中表达和/或分泌本文所述的免疫调节蛋白。在一些实施方案中，感染原是以下细菌：利斯特菌属(listeriasp.)、二裂菌属(bifidobacteriumsp.)、埃希氏菌属(escherichiasp.)、梭菌属(clostridiumsp.)、沙门菌属(salmonellasp.)、志贺菌属(shigellasp.)、弧菌属(vibriosp.)或耶尔森菌属(yersiniasp.)。在一些实施方案中，细菌选自以下各项中的一种或多种：单核细胞增生利斯特菌(listeriamonocytogenes)、鼠伤寒沙门菌(salmonellatyphimurium)、猪霍乱沙门菌(salmonellacholeraesuis)、大肠杆菌(escherichiacoli)、霍乱弧菌(vibriocholera)、产气荚膜梭菌(clostridiumperfringens)、酪酸梭菌(clostridiumbutyricum)、诺维梭菌(clostridiumnovyi)、丙酮丁醇梭菌(clostridiumacetobutylicum)、婴儿双岐杆菌(bifidobacteriuminfantis)、长双歧杆菌(bifidobacteriumlongum)和青春双岐杆菌(bifidobacteriumadolescentis)。在一些实施方案中，细菌是工程化细菌。在一些实施方案中，细菌是工程化细菌，例如以下参考文献中所述的那些工程化细菌：seow和wood(2009)moleculartherapy17(5)：767-777；baban等人(2010)bioengineeredbugs1：6，385-394；patyar等人(2010)jbiomedsci17：21；tangney等人(2010)bioengineeredbugs1：4，284-287；vanpijkeren等人(2010)humgenether.21(4)：405-416；wo2012/149364；wo2014/198002；us9103831；us9453227；us2014/0186401；us2004/0146488；us2011/0293705；us2015/0359909和ep3020816。细菌可经修饰以递送本文所提供的编码任何免疫调节多肽、缀合物和/或融合物的核酸序列，和/或在受试者中表达所述免疫调节多肽。viii.组合物、方法和治疗性应用本文提供涉及本文所述的所提供免疫调节蛋白、工程化细胞和感染原的组合物和方法，用于调节哺乳动物细胞的免疫活性。组合物可结合方法用于例如在免疫治疗方法中调节免疫活性，以治疗例如哺乳动物癌症或在其他实施方案中，治疗自身免疫障碍。在一些实施方案中，所述方法包括使本发明的免疫调节蛋白(其可由工程化细胞分泌)与哺乳动物细胞在允许亲和性修饰的igsf结构域的特异性结合以及哺乳动物细胞的免疫活性的调节的条件下接触。所述方法可离体或在体内应用。在一些实施方案中，调节免疫活性的方法是通过由经工程化或感染以表达并分泌免疫调节蛋白的免疫细胞(例如淋巴细胞，例如，t细胞或til，或nk细胞)表达并分泌本发明的免疫调节蛋白来实现。在一些实施方案中，调节免疫活性的方法是通过由经工程化或感染以在其表面上表达跨膜免疫调节蛋白的免疫细胞(例如淋巴细胞，例如，t细胞或til，或nk细胞)表达和表面表达本发明的免疫调节蛋白来实现。在一些实施方案中，肿瘤细胞可例如经溶瘤病毒感染，以在肿瘤环境中表达免疫细胞的可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白调节。在一些实施方案中，使表达和分泌免疫调节蛋白的细胞与哺乳动物细胞(例如apc、第二淋巴细胞或肿瘤细胞)在允许亲和性修饰的igsf结构域与哺乳动物细胞上的同源结合配偶体特异性结合的条件下接触，使得可调节哺乳动物细胞中的免疫活性。在一些实施方案中，所述方法是通过将过继性细胞转移的表达和分泌免疫调节蛋白的工程化细胞(例如，t细胞)输注回患者体内来实施。在一些实施方案中，所述方法是通过在其表面上表达跨膜免疫调节蛋白的工程化细胞(例如，t细胞)的过继性细胞转移来实施。本文提供向有需要的受试者(例如患有疾病或障碍的受试者)给予有效量的经配置以表达并分泌或表面表达免疫调节蛋白的工程化细胞的方法。本文所述药物组合物可用于多种治疗性应用中，例如疾病的治疗。例如，在一些实施方案中，药物组合物用于治疗哺乳动物的炎症性或自身免疫障碍、癌症、器官移植、病毒感染和/或细菌感染。药物组合物可调节免疫应答以治疗疾病。例如，在一些实施方案中，药物组合物刺激免疫应答，其可用于例如治疗癌症、病毒感染或细菌感染。在一些实施方案中，药物组合物阻抑免疫应答，其可用于治疗炎症性或自身免疫障碍或器官移植。据信所提供的方法可用于多种应用中，包括但不限于例如用于治疗哺乳动物的多种免疫系统疾病或病症的预防性或治疗性方法中，在所述疾病或病症中免疫系统和免疫系统反应的调节或调控是有益的。例如，阻抑免疫应答在预防性和/或治疗性方法中可以是有益的，用于抑制受体对来自供体的组织、细胞或器官移植物的排斥。在治疗性情况中，哺乳动物受试者通常是患有免疫系统疾病或病症的受试者，并且实施给予以防止疾病或病症的进一步进展。经工程化以表达并分泌本发明的免疫调节蛋白的细胞组合物和相关方法可用于免疫疗法应用中。在一些实施方案中，从哺乳动物(例如小鼠或人类)分离的细胞可经工程化以表达并分泌或表面表达免疫调节蛋白。在一些实施方案中，用作表达和分泌或表面表达免疫调节蛋白的宿主细胞的哺乳动物细胞是淋巴细胞，例如肿瘤浸润性淋巴细胞(til)、天然杀伤(nk)细胞或t细胞，例如cd8+细胞毒性t淋巴细胞或cd4+辅助t淋巴细胞。在一些实施方案中，细胞是自体细胞。在所提供方法的方面中，通常在生理条件下使工程化细胞与其中需要调节免疫活性的哺乳动物细胞接触。例如，哺乳动物细胞可以是鼠类或人类细胞，例如抗原呈递细胞或肿瘤细胞。在一些实施方案中，工程化细胞是自体细胞。在其他实施方案中，细胞是同种异体细胞。细胞可在体内或离体接触。在一些实施方案中，例如通过输注将工程化细胞给予受试者。因此，组合物和方法可用于过继性细胞转移免疫疗法中。在一些实施方案中，所述方法是通过给予药物组合物来实施，所述药物组合物含有感染原，所述感染原含有编码免疫调节蛋白(即可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白)的核酸分子。在一些实施方案中，药物组合物含有一定剂量的感染原，所述剂量适于给予适于治疗的受试者。在一些实施方案中，药物组合物含有单剂量量或多剂量量的感染原，所述感染原是病毒，所述剂量量介于或介于约1×105与约1×1012噬斑形成单位(pfu)之间，1×106与1×1010pfu之间，或1×107与1×1010pfu之间，每个范围均包括端点，例如至少或至少约或约1×106、1×107、1×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109pfu或约1×1010pfu。在一些实施方案中，药物组合物可含有以下病毒浓度：从或从约105至约1010pfu/ml，例如，5×106至5×109或1×107至1×109pfu/ml，例如至少或至少约或约106pfu/ml、107pfu/ml、108pfu/ml或109pfu/ml。在一些实施方案中，药物组合物含有单剂量量或多剂量量的感染原，所述感染原是细菌，所述剂量量介于或介于约1×103与约1×109菌落形成单位(cfu)之间，1×104与1×109cfu之间或1×105与1×107cfu之间，每个范围均包括端点，例如至少或至少约或约1×104、1×105、1×106、1×107、1×108或1×109cfu。在一些实施方案中，药物组合物可含有以下细菌浓度：从或从约103至约108cfu/ml，例如，5×105至5×107或1×106至1×107cfu/ml，例如至少或至少约或约105cfu/ml、106cfu/ml、107cfu/ml或108cfu/ml。在一些实施方案中，给予有效量的药物组合物以抑制、停止或逆转对本发明免疫调节蛋白调节免疫活性敏感的癌症的进展。在一些实施方案中，本发明方法用于治疗癌症的哺乳动物患者，例如淋巴瘤、淋巴样白血病、髓样白血病、宫颈癌、神经母细胞瘤或多发性骨髓瘤。可通过本发明方法治疗的其他癌症包括但不限于黑色素瘤、膀胱癌、血液学恶性病(白血病、淋巴瘤、骨髓瘤)、肝癌、脑癌、肾癌、乳腺癌、胰腺癌(腺癌)、结直肠癌、肺癌(小细胞肺癌和非小细胞肺癌)、脾脏癌症、胸腺或血细胞癌症(即，白血病)、前列腺癌、睾丸癌、卵巢癌、子宫癌、胃癌、或尤因肉瘤。人类癌细胞可在体内或离体处理。在人类患者的离体治疗中，含有癌细胞的组织或流体是在体外处理，并且之后将所述组织或流体再引入回患者体内。在一些实施方案中，通过将治疗组合物给予患者在人类患者体内治疗癌症。因此，本发明提供离体和体内方法来抑制、停止或逆转肿瘤的进展，或以其他方式导致无进展存活(即，在治疗期间和之后，患者在癌症不恶化的情况下带癌生存的时间长度)或总体存活(也称为“存活率”；即，研究或治疗组中，在经诊断患有癌症或进行癌症治疗后生存一段时间的人的百分比)相对于使用对照的治疗在统计学上显著增加。在一些实施方案中，本发明药物组合物还可作为单一疗法(即，作为单一药剂)、与至少一种化学治疗剂组合(即，组合疗法)、与癌症疫苗组合、与免疫检查点抑制剂组合和/或与放射疗法组合，用于抑制哺乳动物(特别是人类)癌细胞的生长。在本公开文本的一些方面中，免疫检查点抑制剂是纳武单抗、曲美木单抗、帕博利珠单抗、伊匹木单抗等。在一些实施方案中，所提供的组合物可减弱免疫应答，例如其中免疫调节蛋白包含抑制性配体的亲和性修饰的igsf结构域。在一些实施方案中，组合物可用于治疗自身免疫疾病。在一些实施方案中，将本发明治疗组合物给予患有免疫系统疾病(例如，自身免疫疾病)的受试者可导致阻抑或抑制所述免疫系统攻击或与其相关的生物反应。通过阻抑对健康身体组织的这种免疫系统攻击，可减少或缓解因针对健康组织的所述攻击所致或与所述攻击相关的所得物理症状(例如，疼痛、关节炎症、关节肿胀或压痛)，并且可减少、减缓或停止因免疫系统攻击所致或与所述攻击相关的生物和物理损伤。在预防性情况下，受试者可以是患有、易患或被认为呈现免疫系统疾病、障碍或病症的受试者，并且通常实施给予以防止疾病、障碍或病症进展，抑制或缓解与其相关的症状、体征或生物反应，防止可能由其造成的身体损伤，和/或维持或改善受试者的身体机能。在一些实施方案中，炎症性或自身免疫障碍是抗中性粒细胞细胞质抗体(anca)相关血管炎、血管炎、自身免疫性皮肤病、移植、风湿病、炎症性胃肠疾病、炎症性眼病、炎症性神经疾病、炎症性肺病、炎症性内分泌疾病或自身免疫性血液学疾病。在一些实施方案中，包含经工程化以表达并分泌免疫调节蛋白的细胞的药物组合物可用于治疗受试者的一种或多种其他免疫疾病或障碍。患者的免疫系统疾病或障碍可以是或包括例如但不限于：艾迪生病、过敏症、斑秃、阿尔茨海默氏病、抗中性粒细胞细胞质抗体(anca)相关血管炎、强直性脊柱炎、抗磷脂综合征(休斯综合征)、关节炎、哮喘、动脉粥样硬化、粥样硬化斑块、自身免疫疾病(例如，狼疮、ra、ms、格雷夫斯病等)、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病、自身免疫性淋巴细胞增生综合征、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性睾丸炎、无精子症、贝切特氏病、伯格氏病、大疱性类天疱疮、心肌病、心脏血管疾病、口炎性腹泻/腹腔病、慢性疲劳免疫功能障碍综合征(cfids)、慢性特发性多神经炎、慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经根性神经病(cipd)、慢性复发型多神经病(吉兰-巴雷综合征)、丘斯综合征(css)、瘢痕性类天疱疮、冷凝集素疾病(cad)、copd、crest综合征、克罗恩氏病、疱疹样皮炎、皮肌炎、糖尿病、盘状狼疮、湿疹、获得性大疱性表皮松解、特发性混合性冷球蛋白血症、埃文斯综合征、眼球突出、纤维肌痛、肺出血肾炎综合征、移植物相关疾病或障碍、格雷夫斯病、gvhd、桥本甲状腺炎、特发性肺纤维化、特发性血小板减少性紫癜(itp)、iga肾病、免疫增生性疾病或障碍(例如，银屑病)、炎症性肠病(ibd)、胰岛素依赖型糖尿病(iddm)、间质性肺病、青少年糖尿病、幼年型关节炎、幼年特发性关节炎(jia)、川畸病、兰伯特肌无力综合征、扁平苔癣、狼疮、狼疮性肾炎、淋巴细胞性垂体炎、梅尼埃病、米勒费希尔综合征/急性播散性脑脊髓神经根神经炎、混合性结缔组织病、多发性硬化症(ms)、肌风湿病、肌痛脑脊髓炎(me)、重症肌无力、眼炎、落叶型天疱疮、寻常天疱疮、比尔默贫血、结节性多动脉炎、多软骨炎、多腺性综合征(惠特克氏综合征)、风湿性多肌痛、多发性肌炎、原发性无丙种球蛋白血症、原发性胆汁性肝硬变/自身免疫性胆管病变、银屑病、银屑病关节炎、雷诺现象、莱特尔氏综合征/反应性关节炎、再狭窄、风湿热、风湿病、类风湿性关节炎、结节病、施密特氏综合征、硬皮病、合格伦综合征、实体器官移植排斥(肾脏、心脏、肝脏、肺等)、僵体综合征、系统性红斑狼疮(sle)、系统性硬皮病、大动脉炎、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、甲状腺炎、1型糖尿病、2型糖尿病、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、血管炎、白癜风、韦格纳肉芽肿病，以及预防或阻抑与受体受试者对供体组织、细胞、移植物或器官移植物的排斥相关的免疫应答。移植物相关疾病或障碍包括移植物抗宿主病(gvdh)，例如与骨髓移植相关，以及由器官、组织或细胞移植物移植(例如，组织或细胞同种异体移植物或异种移植物)排斥所致或与其相关的免疫障碍，包括例如皮肤、肌肉、神经元、胰岛、器官、肝脏实质细胞等。关于受体受试者中的供体组织、细胞、移植物或实体器官移植物，据信本文所公开的本发明治疗组合物可有效预防所述移植物在受体中的急性排斥和/或用于预防所述移植物在受体中的排斥的长期维持疗法(例如，在患有糖尿病的受试者受体中抑制对来自供体的产生胰岛素的胰岛细胞移植物的排斥)。在一些实施方案中，给予治疗量的药物组合物。通常，待给予的本发明组合物的精确量可由医师考虑年龄、体重、肿瘤大小、感染或转移的程度以及患者(受试者)的状况的个体差异后确定。可概括地说，包含如本文所述的工程化细胞(例如t细胞)的药物组合物可以104至109个细胞/kg体重、例如105至106个细胞/kg体重的剂量来给予，包括那些范围内的所有整数值。工程化细胞组合物(例如t细胞组合物)也可以这些剂量多次给予。所述细胞可通过使用免疫疗法中一般已知的输注技术来给予(参见例如rosenberg等人，neweng.j.ofmed.319：1676，1988)。特定患者的最佳剂量和治疗方案可由医学领域技术人员通过监测患者的疾病体征和相应调整治疗容易地确定。主题组合物的基于可以任何便捷方式来实施，包括通过气溶胶吸入、注射、摄入、输液、植入或移植来实施。本文所述组合物可皮下、真皮内、瘤内、结内、髓内、肌内、通过静脉内(i.v.)注射或腹膜内给予。在一个实施方案中，治疗组合物是通过真皮内或皮下注射给予患者。在另一实施方案中，治疗组合物是通过静脉内注射来给予。在一些情况下，可将细胞组合物直接注射至肿瘤、淋巴结或感染位点中。a.药物组合物提供药物组合物，其含有免疫调节蛋白、经配置以表达并分泌或表面表达所述免疫调节蛋白或感染原的工程化细胞。在一些实施方案中，药物组合物和配制物包括一种或多种可选的药学上可接受的载体或赋形剂。所述组合物可包含缓冲液，例如中性缓冲盐水、磷酸盐缓冲盐水等；碳水化合物，例如葡萄糖、甘露糖、蔗糖或葡聚糖、甘露醇；蛋白质；多肽或氨基酸，例如甘氨酸；抗氧化剂；螯合剂，例如edta或谷胱甘肽；佐剂(例如氢氧化铝)；和防腐剂。本发明组合物优选地经配制用于静脉内给予。本发明药物组合物可以适于待治疗(或预防)疾病的方式来给予。给予的量和频率将根据诸如以下的因素来确定：患者的状况，以及患者疾病的类型和严重程度，但适当剂量可通过临床试验来确定。所述配制物可例如呈适于静脉内输注的形式。药学上可接受的载体可以是药学上可接受的材料、组合物或媒剂，其参与将所关注细胞从身体的一个组织、器官或部分携带或运送至身体的另一组织、器官或部分。例如，载体可以是液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、溶剂或囊封材料或其一些组合。载体的每一组分是“药学上可接受的”，在于其必须与配制物中的其他成分相容。其还必须适于与其可能遇到的身体的任何组织、器官或部分接触，这意味着其不得带有毒性、刺激、过敏反应、免疫原性或显著重于其治疗益处的任何其他并发症的风险。在一些实施方案中，药物组合物是无菌的。在一些实施方案中，药物组合物不含或基本不含细菌或病毒。在一些实施方案中，药物组合物不含或基本不含除了本文所述的工程化细胞以外的细胞。治疗要采用的药物组合物的有效量将取决于例如治疗背景和目标。本领域技术人员将认识到，用于治疗的适当剂量水平将因此部分根据以下因素而变化：所递送的分子、结合剂分子所用于的适应症、给予途径，以及患者的大小(体重、体表或器官大小)和状况(年龄和大体健康情况)。因此，临床医师可滴定剂量并修改给予途径以获得最佳治疗效应。本发明药物组合物可非经肠、皮下或静脉内给予，或如本文其他地方所述来给予。本发明药物组合物可以治疗有效量每个月一次、两次、三次或四次、每周两次、两周一次(每两周)或两月一次(每两个月)给予。给予可持续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月或更长时间段(例如，一年、两年、三年、四年或更多年，包括受试者的一生)。对于任何组合物，治疗有效剂量可首先在细胞培养测定中或在动物模型(例如小鼠、大鼠、兔、犬、猪或猴)中估计。动物模型还可用于确定适当的浓度范围和给予途径。所述信息随后可用于确定在人类中的可用剂量和给予途径。确切剂量将根据与需要治疗的受试者相关的因素来确定。调整剂量和给予以提供足够水平的细胞组合物或维持所需效应。可考虑的因素包括疾病状态的严重程度、受试者的大体健康状况、受试者的年龄、体重和性别、给予时间和频率、一种或多种药物组合、反应敏感性以及对治疗的反应。适当剂量可通过使用适当的剂量反应数据来确定。可监测治疗效应的多种生物标志物或生理学标志物，包括t细胞激活或增殖、细胞因子合成或产生(例如，tnf-α、ifn-γ、il-2的产生)、多种激活标志物(例如，cd25、il-2受体)的诱导、炎症、关节肿胀或压痛、c反应蛋白的血清水平、抗胶原抗体产生和/或一种或多种t细胞依赖性抗体反应。已知多种方式用于确定给予本发明的治疗组合物是否通过以下方式充分调节免疫活性：消除、隔离或灭活介导或能介导不需要的免疫应答的免疫细胞；诱导、生成或开启介导或能介导保护性免疫应答的免疫细胞；改变免疫细胞的物理或功能性质；或这些效应的组合。测量免疫活性调节的例子包括但不限于检查免疫细胞群的存在或不存在(使用流式细胞术、免疫组织化学、组织学、电子显微镜检查、聚合酶链式反应(pcr))；测量免疫细胞的功能性能力，包括响应信号增殖或分裂的能力或抗性(例如在用抗cd3抗体、抗t细胞受体抗体、抗cd28抗体、钙离子载体、pma、加载肽或蛋白质抗原的抗原呈递细胞刺激后，使用t细胞增殖测定和基于3h-胸苷并入的肽扫描分析；b细胞增殖测定)；测量杀死或溶解其他细胞的能力(例如细胞毒性t细胞测定)；测量细胞因子、趋化因子、细胞表面分子、抗体和其他细胞产物(例如，通过流式细胞术、酶联免疫吸附测定、蛋白质印迹分析、蛋白质微阵列分析、免疫沉淀分析)；测量激活免疫细胞或免疫细胞内的信号传导路径的生物化学标志物(例如，对酪氨酸、丝氨酸或苏氨酸磷酸化、多肽裂解和蛋白质复合物的形成和解离的蛋白质印迹和免疫沉淀分析；蛋白质阵列分析；使用dna阵列或差减杂交的dna转录剖析)；通过细胞凋亡、坏死或其他机制测量细胞死亡(例如，膜联蛋白v染色、tunel测定、凝胶电泳以测量dna梯度化、组织学；荧光半胱天冬酶测定、半胱天冬酶底物的蛋白质印迹分析)；测量免疫细胞产生的基因、蛋白质和其他分子(例如，rna印迹分析、聚合酶链式反应、dna微阵列、蛋白质微阵列、双向凝胶电泳、蛋白质印迹分析、酶联免疫吸附测定、流式细胞术)；和测量临床症状或结果，例如涉及自身蛋白质或自身多肽的自身免疫、神经变性和其他疾病的改善(临床得分、对使用其他疗法的需要、功能状态、成像研究)，例如，在多发性硬化症情况下通过测量复发率或疾病严重程度(使用普通技术人员已知的临床得分)，在i型糖尿病情况中测量血糖，或在类风湿性关节炎情况中测量关节炎症。ix.示例性实施方案举例来说，所提供的实施方案尤其是：1.一种免疫调节蛋白，其包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中：所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；所述免疫调节蛋白不包含跨膜结构域；并且所述免疫调节蛋白不与半衰期延长部分缀合。2.实施方案1的免疫调节蛋白，其中所述半衰期延长部分是多聚化结构域。3.实施方案1或2的免疫调节蛋白，其中所述半衰期延长部分是fc结构域。4.实施方案1至3中任一项的免疫调节蛋白，其中所述免疫调节蛋白还包含信号肽。5.实施方案4的免疫调节蛋白，其中所述信号肽是来自相应野生型igsf成员的天然信号肽。6.实施方案4的免疫调节蛋白，其中所述信号肽是非-天然信号肽。7.实施方案4或6的免疫调节蛋白，其中所述信号肽是igg-κ信号肽、il-2信号肽或cd33信号肽。8.实施方案1至7中任一项的免疫调节蛋白，其中所述至少一种细胞表面同源结合配偶体在哺乳动物细胞上表达。9.实施方案8的免疫调节蛋白，其中所述哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或淋巴细胞。10.实施方案8或9的免疫调节蛋白，其中所述哺乳动物细胞是t细胞。11.实施方案8至10中任一项的免疫调节蛋白，其中所述哺乳动物细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。12.实施方案1至11中任一项的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域相比，所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。13.实施方案8至12中任一项的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。14.实施方案8至13中任一项的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合增加哺乳动物细胞的免疫活性。15.实施方案8至13中任一项的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域相比，免疫调节蛋白的特异性结合减弱哺乳动物细胞的免疫活性。16.实施方案1至15中任一项的免疫调节蛋白，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。17.实施方案1至16中任一项的免疫调节蛋白，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。18.实施方案1至17中任一项的免疫调节蛋白，其中所述野生型igsf结构域是人类igsf结构域。19.实施方案1至18中任一项的免疫调节蛋白，其中所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域与seqidno：1-27和408中任一个中所述的氨基酸序列中所含的野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。20.实施方案1至19中任一项的免疫调节蛋白，其中所述免疫调节蛋白与选自seqidno：28-54和410中任一个的氨基酸序列或与其含有igsf结构域的特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。21.实施方案1至20中任一项的免疫调节蛋白，其中所述野生型igsf结构域是b7家族的成员。22.实施方案1至21中任一项的免疫调节蛋白，其中所述野生型igsf结构域是cd80、cd86或icosl的结构域。23.实施方案1至22中任一项的免疫调节蛋白，其中所述至少一种细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体，并且与野生型igsf结构域对刺激性受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与刺激性受体的结合亲和性。24.实施方案23的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与所述刺激性受体的结合增加t细胞的免疫活性。25.实施方案23或24的免疫调节蛋白，其中所述刺激性受体是cd28、icos或cd226。26.实施方案23至25中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，其具有增加的与icos和cd28中至少一个的结合亲和性。27.实施方案23至26中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是icos。28.实施方案23至26中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是cd28。29.实施方案23至25中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80igsf结构域，并且刺激性受体是cd28。30.实施方案23至29中任一项的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域对ctla-4的结合亲和性相比，所述亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合或展现降低的与ctla-4的结合亲和性。31.实施方案1至30中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。32.实施方案1至31中任一项的免疫调节蛋白，其中所述免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。33.实施方案1至30中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的结构域特异性地结合至至少两个细胞表面同源结合配偶体。34.实施方案33的免疫调节蛋白，其中：所述第一细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体；并且所述第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体，其中所述抑制性受体在t细胞上表达。35.实施方案34的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。36.实施方案34或实施方案35的免疫调节蛋白，其中：所述抑制性受体为pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8；或所述抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista。37.实施方案34至36中任一项的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80结构域，并且刺激性受体是cd28。38.实施方案37的免疫调节蛋白，其中所述抑制性配体是pd-l1，并且抑制性受体是pd-1。39.实施方案37或实施方案38的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域相比，所述亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与ctla-4的结合亲和性。40.实施方案37至39中任一项的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合。41.实施方案1至20中任一项的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155igsf结构域或亲和性修饰的cd112igsf结构域，并且至少一种细胞表面同源结合配偶体是cd226、tigit或cd112r。42.实施方案41的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域对cd226的结合亲和性相比，所述亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与cd226的结合亲和性，并且任选地，与野生型igsf结构域的结合亲和性相比，保持或展现增加的与tigit(具有ig和itim结构域的t细胞免疫受体)或cd112r的结合。43.实施方案1至20中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至作为肿瘤特异性抗原的细胞表面同源结合配偶体。44.实施方案43的免疫调节蛋白，其中所述肿瘤特异性抗原是b7-h6。45.实施方案43或44的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的nkp30igsf结构域。46.实施方案1至45中任一项的免疫调节蛋白，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域包含第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域。47.实施方案46的免疫调节蛋白，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域是不同的。48.实施方案46或47的免疫调节蛋白，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含相同野生型igsf结构域中的一个或多个不同氨基酸取代。49.实施方案46或47的免疫调节蛋白，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含不同野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。50.实施方案1至20中任一项的免疫调节蛋白，其中所述野生型igsf结构域来自作为抑制性受体的配体的igsf成员，所述抑制性受体包含itim信号传导结构域。51.实施方案50的免疫调节蛋白，其中：所述抑制性受体为pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3或btla，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的配体的亲和性修饰的igsf结构域；或抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。52.实施方案50或51的免疫调节蛋白，其中所述抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-1的亲和性修饰的igsf。53.实施方案50至52中任一项的免疫调节蛋白，其中与野生型igsf结构域相比，所述亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对跨表面同源结合配偶体的结合亲和性，借此所述增加的结合亲和性竞争性地抑制跨表面同源结合配偶体与抑制性受体的结合。54.实施方案1至53中任一项的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于10个氨基酸取代。55.实施方案1至54中任一项的免疫调节蛋白，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于5个氨基酸取代。56.实施方案1至55中任一项的免疫调节蛋白，其中所述一个或多个亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。57.实施方案1至56中任一项的免疫调节蛋白，其中所述免疫调节蛋白还包含一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域。58.实施方案1至56中任一项的免疫调节蛋白，其中所述免疫调节蛋白已从工程化细胞分泌。59.实施方案58的免疫调节蛋白，其中所述工程化细胞是免疫细胞。60.实施方案58或59的免疫调节蛋白，其中所述工程化细胞是原代细胞。61.一种重组核酸，其编码实施方案1至60中任一项的免疫调节蛋白。62.实施方案61的重组核酸，其中所述核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。63.实施方案62的重组核酸，其中所述启动子是组成型活性启动子。64.实施方案62的重组核酸，其中所述启动子是诱导型启动子。65.实施方案64的重组核酸，其中所述启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。66.实施方案64或65的重组核酸，其中所述启动子包含nfat的结合位点或nf-κb的结合位点。67.一种重组表达载体，其包含实施方案61至66中任一项的核酸。68.一种重组表达载体，其包含在分泌信号序列的可操作控制下的编码免疫调节蛋白的核酸，其中：所述免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；并且所编码的免疫调节蛋白在从细胞表达时被分泌。69.实施方案68的表达载体，其中所述免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。70.实施方案68或69的表达载体，其中所述免疫调节蛋白不与半衰期延长部分缀合。71.实施方案68至70中任一项的表达载体，其中所述半衰期延长部分是多聚化结构域。72.实施方案68至71中任一项的表达载体，其中所述半衰期延长部分是fc结构域。73.实施方案68至72中任一项的表达载体，其中所述分泌信号序列编码分泌性信号肽。74.实施方案73的表达载体，其中所述信号肽是来自相应野生型igsf成员的天然信号肽。75.实施方案73的表达载体，其中所述信号肽是非-天然信号肽。76.实施方案73或75的表达载体，其中所述信号肽是igg-κ信号肽、il-2信号肽或cd33信号肽。77.实施方案68至76中任一项的表达载体，其中所述核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。78.实施方案77的表达载体，其中所述启动子是组成型活性启动子。79.实施方案77的表达载体，其中所述启动子是诱导型启动子。80.实施方案79的表达载体，其中所述启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。81.实施方案79或80的表达载体，其中所述启动子包含nfat的结合位点或nf-κb的结合位点。82.实施方案68至81中任一项的表达载体，其中所述载体是病毒载体。83.实施方案82的表达载体，其中所述病毒载体是逆转录病毒载体。84.实施方案82或83的表达载体，其中所述病毒载体是慢病毒载体或γ逆转录病毒载体。85.实施方案68至84中任一项的表达载体，其中与野生型igsf结构域相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。86.实施方案68至85中任一项的表达载体，其中所述至少一种细胞表面同源结合配偶体在哺乳动物细胞上表达。87.实施方案86的表达载体，其中所述哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或淋巴细胞。88.实施方案86或87的表达载体，其中所述哺乳动物细胞是t细胞。89.实施方案86至88中任一项的表达载体，其中所述哺乳动物细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。90.实施方案86至89中任一项的表达载体，其中与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。91.实施方案86至90中任一项的表达载体，其中与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合增加哺乳动物细胞的免疫活性。92.实施方案86至910中任一项的表达载体，其中与野生型igsf结构域相比，免疫调节蛋白的特异性结合减弱哺乳动物细胞的免疫活性。93.实施方案68至92中任一项的表达载体，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。94.实施方案68至93中任一项的表达载体，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。95.实施方案68至94中任一项的表达载体，其中所述野生型igsf结构域是人类igsf结构域。96.实施方案68至95中任一项的表达载体，其中所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域与seqidno：1-27和408中任一个中所述的氨基酸序列中所含的野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。97.实施方案68至96中任一项的表达载体，其中所述免疫调节蛋白与选自seqidno：28-54和410中任一个的氨基酸序列具有至少90％的序列同一性。98.实施方案68至97中任一项的表达载体，其中所述野生型igsf结构域是b7家族的成员。99.实施方案68至98中任一项的表达载体，其中所述野生型igsf结构域是cd80、cd86或icosl的结构域。100.实施方案68至99中任一项的表达载体，其中所述至少一种细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体，并且与野生型igsf结构域对刺激性受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与刺激性受体的结合亲和性。101.实施方案100的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与所述刺激性受体的结合增加t细胞的免疫活性。102.实施方案100或101的表达载体，其中所述刺激性受体是cd28、icos或cd226。103.实施方案100至102中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，其具有增加的与icos和cd28中至少一个的结合亲和性。104.实施方案100至103中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是icos。105.实施方案100至103中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是cd28。106.实施方案100至102中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80igsf结构域，并且刺激性受体是cd28。107.实施方案100至106中任一项的表达载体，其中与野生型igsf结构域对ctla-4的结合亲和性相比，所述亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合或展现降低的与ctla-4的结合亲和性。108.实施方案68至107中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。109.实施方案68至108中任一项的表达载体，其中所述免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。110.实施方案68至107中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的结构域特异性地结合至至少两个细胞表面同源结合配偶体。111.实施方案110的表达载体，其中：所述第一细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体；并且所述第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体，其中所述抑制性受体在t细胞上表达。112.实施方案111的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。113.实施方案111或112的表达载体，其中：所述抑制性受体为pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8；或所述抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista。114.实施方案111至113中任一项的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80结构域，并且刺激性受体是cd28。115.实施方案114的表达载体，其中所述抑制性配体是pd-l1，并且抑制性受体是pd-1。116.实施方案114或115的表达载体，其中与野生型igsf结构域相比，所述亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与ctla-4的结合亲和性。117.实施方案114至116中任一项的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合。118.实施方案68至97中任一项的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155igsf结构域或亲和性修饰的cd112igsf结构域，并且至少一种细胞表面同源结合配偶体是cd226、tigit或cd112r。119.实施方案118的表达载体，其中与野生型igsf结构域对cd226的结合亲和性相比，所述亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与cd226的结合亲和性，并且任选地，与野生型igsf结构域的结合亲和性相比，保持或展现增加的与tigit(具有ig和itim结构域的t细胞免疫受体)或cd112r的结合。120.实施方案68至97中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至作为肿瘤特异性抗原的细胞表面同源结合配偶体。121.实施方案120的表达载体，其中所述肿瘤特异性抗原是b7-h6。122.实施方案120或121的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的nkp30igsf结构域。123.实施方案68至122中任一项的表达载体，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域包含第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域。124.实施方案123的表达载体，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域是不同的。125.实施方案123或124的表达载体，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含相同野生型igsf结构域中的一个或多个不同氨基酸取代。126.实施方案123或124的表达载体，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含不同野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。127.实施方案68至97中任一项的表达载体，其中所述野生型igsf结构域来自作为抑制性受体的配体的igsf成员，所述抑制性受体包含itim信号传导结构域。128.实施方案127的表达载体，其中：所述抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3或btla，并且所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的亲和性修饰的igsf结构域；或所述抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。129.实施方案127或128的表达载体，其中所述抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-1的亲和性修饰的igsf。130.实施方案127至129中任一项的表达载体，其中与野生型igsf结构域相比，亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对跨表面同源结合配偶体的结合亲和性，借此所述增加的结合亲和性竞争性地抑制跨表面同源结合配偶体与抑制性受体的结合。131.实施方案68至130中任一项的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于10个氨基酸取代。132.实施方案68至131中任一项的表达载体，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于5个氨基酸取代。133.实施方案68至132中任一项的表达载体，其中所述一个或多个亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。134.实施方案68至133中任一项的表达载体，其中所述免疫调节蛋白还包含一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域。135.一种工程化细胞，其包含实施方案61至66中任一项的核酸或实施方案67至134中任一项的表达载体。136.一种工程化细胞，其包含实施方案1至60中任一项的免疫调节蛋白。137.一种工程化细胞，其分泌实施方案1至60中任一项的免疫调节蛋白。138.实施方案135至137中任一项的工程化细胞，其中所述细胞是免疫细胞。139.一种工程化免疫细胞，其包含编码免疫调节蛋白的核酸分子，其中：所述免疫调节蛋白包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；并且所述工程化细胞表达并分泌所述免疫调节蛋白。140.实施方案139的工程化免疫细胞，其中所述免疫调节蛋白不包含跨膜结构域。141.实施方案139或140的工程化免疫细胞，其中所述免疫调节蛋白不与半衰期延长部分缀合。142.实施方案141的工程化免疫细胞，其中所述半衰期延长部分是多聚化结构域。143.实施方案141或142的工程化免疫细胞，其中所述半衰期延长部分是fc结构域。144.实施方案139至143中任一项的工程化免疫细胞，其中所述核酸分子包含与编码免疫调节蛋白的序列可操作地连接的编码分泌性信号肽的序列。145.实施方案144的工程化免疫细胞，其中所述信号肽是来自相应野生型igsf成员的天然信号肽。146.实施方案144的工程化免疫细胞，其中所述信号肽是非-天然信号序列。147.实施方案144或146的工程化免疫细胞，其中所述信号肽是igg-κ信号肽、il-2信号肽或cd33信号肽。148.实施方案139至148中任一项的工程化免疫细胞，其中所述核酸分子还包含至少一个可操作地连接以控制免疫调节蛋白的表达的启动子。149.实施方案148的工程化免疫细胞，其中所述启动子是组成型活性启动子。150.实施方案148的工程化免疫细胞，其中所述启动子是诱导型启动子。151.实施方案148或150的工程化免疫细胞，其中所述启动子响应于对t细胞激活信号传导有响应的元件。152.实施方案148、150和151中任一项的工程化免疫细胞，其中所述启动子包含nfat的结合位点或nf-κb的结合位点。153.实施方案135至152的工程化细胞，其中所述免疫调节蛋白是在使工程化细胞与诱导剂接触后或在诱导t细胞激活信号传导后由工程化细胞表达和分泌，所述t细胞激活信号传导任选地在抗原与工程化细胞表达的嵌合抗原受体(car)或工程化t细胞受体(tcr)结合后诱导。154.实施方案135至153中任一项的工程化细胞，其中所述细胞是淋巴细胞。155.实施方案154的工程化细胞，其中所述淋巴细胞是t细胞、b细胞或nk细胞。156.实施方案135至155中任一项的工程化细胞，其中所述细胞是t细胞。157.实施方案156的工程化细胞，其中所述t细胞是cd4+或cd8+。158.实施方案135至154中任一项的工程化细胞，其中所述细胞是抗原呈递细胞。159.实施方案135至158中任一项的工程化细胞，其中所述细胞是从受试者获得的原代细胞。160.实施方案159的工程化细胞，其中所述受试者是人类受试者。161.实施方案135至160中任一项的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域相比，所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。162.实施方案135至161中任一项的工程化细胞，其中所述至少一种细胞表面同源结合配偶体在哺乳动物细胞上表达。163.实施方案162的工程化细胞，其中所述哺乳动物细胞是抗原呈递细胞(apc)、肿瘤细胞或淋巴细胞。164.实施方案162或163的工程化细胞，其中所述哺乳动物细胞是t细胞。165.实施方案162至164中任一项的工程化细胞，其中所述哺乳动物细胞是小鼠、大鼠、食蟹猴或人类细胞。166.实施方案162至165中任一项的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合调节哺乳动物细胞的免疫活性。167.实施方案162至166中任一项的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域相比，包含至少一个亲和性修饰的igsf结构域的免疫调节蛋白的特异性结合增加哺乳动物细胞的免疫活性。168.实施方案162至166中任一项的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域相比，免疫调节蛋白的特异性结合减弱哺乳动物细胞的免疫活性。169.实施方案135至168中任一项的工程化细胞，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。170.实施方案135至169中任一项的工程化细胞，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvri2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r、nkp30、vista、vsig3和vsig8。171.实施方案135至170中任一项的工程化细胞，其中所述野生型igsf结构域是人类igsf结构域。172.实施方案135至171中任一项的工程化细胞，其中所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域与seqidno：1-27和408中任一个中所述的氨基酸序列中所含的野生型igsf结构域或其特异性结合片段具有至少90％的序列同一性。173.实施方案135至172中任一项的工程化细胞，其中所述免疫调节蛋白与选自seqidno：28-54和410中任一个的氨基酸序列具有至少90％的序列同一性。174.实施方案135至173中任一项的工程化细胞，其中所述至少一种细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体，并且与野生型igsf结构域对刺激性受体的结合亲和性相比，至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与刺激性受体的结合亲和性。175.实施方案174的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与所述刺激性受体的结合增加t细胞的免疫活性。176.实施方案174或175的工程化细胞，其中所述刺激性受体是cd28、icos或cd226。177.实施方案174至176中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，其具有增加的与icos和cd28中至少一个的结合亲和性。178.实施方案174至177中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是icos。179.实施方案174至177中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的icosligsf结构域，并且刺激性受体是cd28。180.实施方案174至176中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80igsf结构域，并且刺激性受体是cd28。181.实施方案174至180中任一项的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域对ctla-4的结合亲和性相比，所述亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合或展现降低的与ctla-4的结合亲和性。182.实施方案135至181中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。183.实施方案135至182中任一项的工程化细胞，其中所述免疫调节蛋白特异性地结合至不多于一个细胞表面同源结合配偶体。184.实施方案135至181中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的结构域特异性地结合至至少两个细胞表面同源结合配偶体。185.实施方案184的工程化细胞，其中：所述第一细胞表面同源结合配偶体是t细胞上表达的刺激性受体；并且所述第二细胞表面同源结合配偶体是抑制性受体的抑制性配体，其中所述抑制性受体在t细胞上表达。186.实施方案185的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的结构域与抑制性配体的结合竞争性地抑制抑制性配体与抑制性受体的结合。187.实施方案185或186的工程化细胞，其中：所述抑制性受体是pd-1、ctla-4、lag-3、tigit、cd96、cd112r、btla、cd160、tim-3、vsig3或vsig8；或所述抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、hvem、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista。188.实施方案185至187中任一项的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd80结构域，并且刺激性受体是cd28。189.实施方案188的工程化细胞，其中所述抑制性配体是pd-l1，并且抑制性受体是pd-1。190.实施方案188或189的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域相比，所述亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与ctla-4的结合亲和性。191.实施方案188至190中任一项的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域不与ctla-4显著特异性地结合。192.实施方案135至173中任一项的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的cd155igsf结构域或亲和性修饰的cd112igsf结构域，并且至少一种细胞表面同源结合配偶体是cd226、tigit或cd112r。193.实施方案192的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域对cd226的结合亲和性相比，所述亲和性修饰的igsf结构域展现降低的与cd226的结合亲和性，并且任选地，与野生型igsf结构域的结合亲和性相比，保持或展现增加的与tigit(具有ig和itim结构域的t细胞免疫受体)或cd112r的结合。194.实施方案135至173中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合至作为肿瘤特异性抗原的细胞表面同源结合配偶体。195.实施方案194的工程化细胞，其中所述肿瘤特异性抗原是b7-h6。196.实施方案194或195的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是亲和性修饰的nkp30igsf结构域。197.实施方案135至173中任一项的工程化细胞，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域包含第一亲和性修饰的igsf结构域和第二亲和性修饰的igsf结构域。198.实施方案197的工程化细胞，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域是不同的。199.实施方案197或198的工程化细胞，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含相同野生型igsf结构域中的一个或多个不同氨基酸取代。200.实施方案197或198的工程化细胞，其中所述第一亲和性修饰的igsf结构域和所述第二亲和性修饰的igsf结构域各自包含不同野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代。201.实施方案135至173中任一项的工程化细胞，其中所述野生型igsf结构域来自作为抑制性受体的配体的igsf成员，所述抑制性受体包含itim信号传导结构域。202.实施方案201的工程化细胞，其中：所述抑制性受体为pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3或btla，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域分别是pd-1、ctla-4、lag3、tigit、tim-3、btla、vsig3或vsig8的配体的亲和性修饰的igsf结构域；或所述抑制性受体的配体是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista，并且所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域分另是pd-l1、pd-l2、b7-1、b7-2、mhcii类、pvr、ceacam-1、gal9或vista的配体的亲和性修饰的igsf结构域。203.实施方案201或202的工程化细胞，其中所述抑制性受体是pd-1，并且至少一个亲和性修饰的igsf结构域是pd-1的亲和性修饰的igsf。204.实施方案201至203中任一项的工程化细胞，其中与野生型igsf结构域相比，所述亲和性修饰的igsf结构域具有增加的对跨表面同源结合配偶体的结合亲和性，借此所述增加的结合亲和性竞争性地抑制跨表面同源结合配偶体与抑制性受体的结合。205.实施方案135至204中任一项的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于10个氨基酸取代。206.实施方案135至205中任一项的工程化细胞，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于5个氨基酸取代。207.实施方案135至206中任一项的工程化细胞，其中所述一个或多个亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。208.实施方案135至207中任一项的工程化细胞，其中所述免疫调节蛋白还包含一个或多个非亲和性修饰的igsf结构域。209.实施方案135至208中任一项的工程化细胞，其还包含嵌合抗原受体(car)或工程化t细胞受体(tcr)。210.一种药物组合物，其包含实施方案135至209中任一项的细胞或实施方案230至252中任一项的感染原以及药学上可接受的载体。211.实施方案210的药物组合物，其是无菌的。212.一种将免疫调节蛋白引入受试者中的方法，其包括向所述受试者给予实施方案135至209中任一项的工程化细胞、实施方案230至252中任一项的感染原或实施方案210或211的药物组合物。213.一种调节受试者的免疫应答的方法，其包括向所述受试者给予实施方案135至209中任一项的细胞、实施方案230至252中任一项的感染原或实施方案210或211的药物组合物。214.实施方案213的方法，其中调节免疫应答治疗受试者的疾病或障碍。215.实施方案213或214的方法，其中所述经调节的免疫应答有所增加。216.实施方案214或215的方法，其中所述疾病或障碍是肿瘤。217.实施方案214至216中任一项的方法，其中所述疾病或障碍是癌症。218.实施方案214至217中任一项的方法，其中所述疾病或障碍是黑色素瘤、肺癌、膀胱癌或血液恶性肿瘤。219.实施方案213或214的方法，其中所述经调节的免疫应答有所下降。220.实施方案214或219的方法，其中所述疾病或障碍是炎症性疾病或病症。221.实施方案214、219和220中任一项的方法，其中所述疾病或病症是克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、多发性硬化症、哮喘、类风湿性关节炎或银屑病。222.实施方案212至221中任一项的方法，其中所述受试者是人类。223.实施方案212至222中任一项的方法，其中所述细胞是受试者的自体细胞。224.实施方案212至222中任一项的方法，其中所述细胞是受试者的同种异体细胞。225.实施方案212至224中任一项的方法，其中所述工程化细胞表达并分泌免疫调节蛋白。226.实施方案212至225中任一项的方法，其中所述免疫调节蛋白由工程化细胞组成型表达。227.实施方案212至225中任一项的方法，其中所述免疫调节蛋白在使工程化细胞与诱导剂接触后由工程化细胞表达和分泌。228.实施方案212至227中任一项的方法，其中所述免疫调节蛋白在t细胞激活信号传导后由工程化细胞表达和分泌。229.实施方案228的方法，其中所述工程化细胞表达嵌合抗原受体(car)或工程化t细胞受体(tcr)，并且在car或tcr结合抗原后诱导t细胞激活信号传导。230.一种感染原，其包含编码实施方案1至60中任一项的免疫调节蛋白的核酸分子、实施方案61至66中任一项的核酸分子或实施方案67至134中任一项的表达载体。231.一种感染原，其包含编码跨膜免疫调节蛋白(tip)的核酸分子，所述跨膜免疫调节蛋白(tip)包含：(i)胞外结构域，其包含至少一个非免疫球蛋白亲和性修饰的免疫球蛋白超家族(igsf)结构域，所述免疫球蛋白超家族结构域包含野生型igsf结构域中的一个或多个氨基酸取代，其中至少一个亲和性修饰的igsf结构域特异性地结合野生型igsf结构域的至少一个细胞表面同源结合配偶体；和(ii)跨膜结构域。232.实施方案231的感染原，其中与参考野生型igsf结构域相比，所述至少一个亲和性修饰的igsf结构域具有增加的与至少一种细胞表面同源结合配偶体的结合亲和性。233.实施方案231或实施方案232的感染原，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下各项的家族的igsf家族成员：信号调节蛋白(sirp)家族、髓细胞触发受体样蛋白(treml)家族、癌胚抗原相关细胞粘附分子(ceacam)家族、唾液酸结合ig样凝集素(siglec)家族、嗜乳脂蛋白家族、b7家族、cd28家族、含有v集和免疫球蛋白结构域的蛋白(vsig)家族、v集跨膜结构域(vstm)家族、主要组织相容性复合物(mhc)家族、信号传导淋巴细胞激活分子(slam)家族、白细胞免疫球蛋白样受体(lir)、结合素(nec)家族、结合素样(necl)家族、脊髓灰质炎病毒受体相关(pvr)家族、天然细胞毒性触发受体(ncr)家族、t细胞免疫球蛋白和粘蛋白(tim)家族或杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)家族。234.实施方案231至233中任一项的感染原，其中所述野生型igsf结构域来自选自以下各项的igsf成员：cd80、cd86、pd-l1、pd-l2、icos配体、b7-h3、b7-h4、cd28、ctla4、pd-1、icos、btla、cd4、cd8-α、cd8-β、lag3、tim-3、ceacam1、tigit、pvr、pvrl2、cd226、cd2、cd160、cd200、cd200r或nkp30。235.实施方案231至234中任一项的感染原，其中所述野生型igsf结构域是人类igsf成员。236.实施方案231至235中任一项的感染原，其中所述跨膜免疫调节蛋白与选自seqidno：381-407和409中任一个的氨基酸序列或与其含有亲和性修饰的igsf结构域和跨膜结构域的连续部分具有至少90％的序列同一性。237.实施方案231至236中任一项的感染原，其中所述跨膜免疫调节蛋白是嵌合受体，其中所述胞内结构域并非来自包含所述野生型igsf结构域的野生型igsf成员的胞内结构域。238.实施方案237的感染原，其中所述胞内结构域包含至少一个含有itam(免疫受体酪氨酸基激活基序)的信号传导结构域。239.实施方案238的感染原，其中所述胞内结构域包含cd3-ζ信号传导结构域。240.实施方案238或实施方案239的感染原，其中所述胞内结构域还包含以下各项中的至少一个：cd28共刺激结构域、icos信号传导结构域、ox40信号传导结构域和41bb信号传导结构域。241.实施方案231至240中任一项的感染原，其中所述亲和性修饰的igsf结构域与野生型igsf结构域相差不多于10个氨基酸取代或不多于5个氨基酸取代。242.实施方案231至241中任一项的感染原，其中所述亲和性修饰的igsf结构域是或者包含亲和性修饰的igv结构域、亲和性修饰的igc1结构域或亲和性修饰的igc2结构域，或是其包含所述一个或多个氨基酸取代的特异性结合片段。243.实施方案231至242中任一项的感染原，其中所述跨膜结构域是来自相应野生型igsf成员的天然跨膜结构域。244.实施方案231至243中任一项的感染原，其中所述跨膜结构域并非来自相应野生型igsf成员的天然跨膜结构域。245.实施方案244的感染原，其中所述跨膜蛋白是衍生自cd8的跨膜蛋白。246.实施方案230至245中任一项的感染原，其中所述感染原是细菌或病毒。247.实施方案246的感染原，其中所述病毒是溶瘤病毒。248.实施方案247的感染原，其中所述溶瘤病毒是腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒、单纯疱疹病毒、水疱性口炎病毒、呼肠孤病毒、新城疫病毒、细小病毒、麻疹病毒、水疱性口炎病毒(vsv)、柯萨奇病毒或牛痘病毒。249.实施方案246的感染原，其中所述病毒特异性地靶向树突细胞(dc)和/或是噬树突细胞的。250.实施方案249的感染原，其中所述病毒是慢病毒载体，其用经修饰的辛德比斯病毒包膜产物假型化。251.实施方案230至250中任一项的感染原，其还包含编码另一基因产物的核酸分子，所述另一基因产物导致靶细胞死亡或可放大或增强免疫应答。252.实施方案251的感染原，其中所述另一基因产物选自抗癌剂、抗转移剂、抗血管生成剂、免疫调节分子、免疫检查点抑制剂、抗体、细胞因子、生长因子、抗原、细胞毒性基因产物、促凋亡基因产物、抗凋亡基因产物、细胞基质降解基因、用于组织再生或将人类体细胞重编程为多能性的基因。x.实施例以下实施例被包括在内仅用于说明目的，并不旨在限制本发明的范围。实施例1至12描述示例性亲和性修饰的cd80(b7-1)、cd86(b7-2)、icosl和nkp30免疫调节蛋白的设计、产生和筛选，所述免疫调节蛋白是免疫突触(is)的组分，在免疫激活和抑制二者中具有已证实的双重作用。这些实施例证实，igsf结构域的亲和性修饰产生可用于增加和降低免疫活性的蛋白质。这个工作还描述那些成对融合(即，经堆叠)以形成ii型免疫调节蛋白来实现免疫调节活性的结构域的不同组合。实施例还描述含有所述亲和性修饰的免疫调节蛋白的示例性可分泌免疫调节蛋白的生成。实施例1igsf结构域的突变体dna构建体的生成实施例1描述用于作为酵母展示文库在酵母表面上翻译和表达的人类cd80、cd86、icosl和nkp30igsf结构域的突变体dna构建体的生成。以下实施例例示呈fc融合物形式的示例性igsf蛋白的亲和性修饰的结构域的结合和活性；预期所述亲和性修饰的结构域与如所述的可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白连接。a.简并文库对于靶向靶蛋白的具体残基用于以简并密码子完全或部分随机化的文库，例如编码多种氨基酸取代的具体混合碱基集，细胞外结构域(ecd)的人类cd80(seqidno：28)、icosl(seqidno：32)和nkp30(seqidno：54)的编码dna是作为长度长达80个碱基对(bp)的重叠寡核苷酸的集合从integrateddnatechnologies(coralville，ia)订购。为了生成每一ecd的不同变体的文库，寡核苷酸在所需氨基酸位置含有所需简并密码子。使用url：rosettadesign.med.unc.edu/swiftlib/url的算法生成简并密码子。通常，待突变位置和简并密码子选自晶体结构(cd80、nkp30)或同源性模型(icosl)，或使用所关注的靶-配体对来鉴别配体接触残基以及在蛋白质相互作用界面处的残基。使用可在url：spdbv.vital-it.ch)获得的结构查看器进行此分析。例如，结合至ctla4的cd80的晶体结构可在url：www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do？structureid＝1i8l公开获得，并且靶向文库是基于cd80：：ctla4界面来设计用于选择对ctla4的经改进结合物。然而，用配体cd28和pd-l1无法获得cd80结构，因此也使用相同文库来选择cd28(结合与ctla4相同的cd80上的区域)和pd-l1(不了解pd-l1是否结合与ctla4相同的位点)的结合物。文库设计中的下一步骤是比对人类、小鼠、大鼠和猴cd80、icosl或nkp30序列，以鉴别保守残基。基于此分析，用简并密码子使保守靶残基突变，所述简并密码子仅指定保守氨基酸变化以及野生型残基。非保守残基更积极地突变，但也包括野生型残基。布置也编码野生型残基的简并密码子以避免靶蛋白的过度诱变。出于相同原因，一次仅靶向最多20个位置用于诱变。这些残基是接触残基与非接触界面残基的组合。将寡核苷酸溶解在无菌水中，以等摩尔比混合，加热至95℃保持5分钟，并缓慢冷却至室温以供退火。然后使用分别退火至ecd的起点和终点的ecd特异性寡核苷酸引物来生成pcr产物。然后使用与pbyds03克隆载体(lifetechnologiesusa)的经修饰形式在bamhi和kpni克隆位点外并且包括所述克隆位点重叠40-50bp的ecd特异性寡核苷酸来扩增来自前一步骤的100ngpcr产物，以生成对于每一电穿孔总计至少12μgdna。两次pcr都是使用onetaq2xpcr主混合物(newenglandbiolabs，美国)通过聚合酶链反应(pcr)进行。使用pcr纯化试剂盒(qiagen，德国)纯化第二-pcr产物，并将其重悬于无菌去离子水中。为了准备文库插入，用bamhi和kpni限制性酶(newenglandbiolabs，美国)消化载体pbyds03的经修饰酵母展示形式，并且将大的载体片段凝胶纯化且溶解于无菌去离子水中。用于下一步骤的电穿孔就绪的dna是通过将用于每一电穿孔的12μg文库dna与4μg线性化载体在50μl总体积的无菌去离子水中混合来生成。生成靶向文库的替代性方式是用含有简并密码子的寡核苷酸实施靶ecd的定点诱变(multisite试剂盒，agilent，美国)。使用这种方法生成仅靶向用于诱变的dna的具体延伸段的子文库。在这些情况下，在继续进行选择步骤之前混合子文库。通常，文库大小在10x107至10x108个克隆范围内，但子文库仅在10x104至10x105范围内。生成cd80、icosl、cd86和nkp30的大型文库和子文库。生成cd80、icosl和nkp30的子文库。b.随机文库还构建随机文库以鉴别cd80(seqidno：28)、cd86(seqidno：29)、icosl(seqidno：32)和nkp30(seqidno：54)的ecd的变体。在经修饰酵母展示载体pbyds03的bamhi与kpni限制性位点之间克隆编码野生型ecd的dna，并且在一些情况下，使用相同的限制性酶来释放dna。随后用genemorphii试剂盒(agilent，美国)对所释放的dna或未消化的质粒进行诱变，以生成每个文库变体平均3至5个氨基酸变化。然后通过两步式pcr扩增经诱变dna，并如上文针对靶向文库所述进行进一步加工。实施例2将dna文库引入酵母中实施例2描述将cd80、cd86、icosl和nkp30dna文库引入酵母中。为了将简并随机文库dna引入酵母中，制备酵母株系bj5464(atcc.org；atcc编号208288)的电穿孔感受态细胞并在genepulserii(biorad，美国)上用来自基本上如所述的上述步骤的电穿孔就绪的dna进行电穿孔(colby，d.w.等人2004methodsenzymology388，348-358)。唯一不同的是，使经转化细胞在非诱导型最小选择性scd-leu培养基中生长，以适应由经修饰质粒pbyds03携带的leu2选择性标志物。文库大小是通过以下方式来确定：将刚回收的细胞的连续稀释物平铺于scd-leu琼脂板上，之后从来自平铺的单一集落数推知文库大小，所述平铺生成至少50个集落/板。使剩余的电穿孔培养物生长至饱和，并将来自此培养物的细胞再次传代培养至相同的培养基中，以使未转化细胞的比例降至最低。为了维持文库多样性，使用所含细胞比所计算文库大小多至少10倍的接种物进行此传代培养步骤。将来自第二饱和培养的细胞重悬于含有无菌25％(重量/体积)甘油的新鲜培养基中至10x1010/ml的密度，并且在-80℃下冷冻并储存(冷冻文库原液)。1升scd-leu培养基是由14.7克二水合柠檬酸钠、4.29克一水合柠檬酸、20克葡萄糖、6.7克difco牌酵母氮源和1.6克不含亮氨酸的酵母合成营养缺陷型(drop-out)培养基补充剂组成。在使用前将培养基使用0.2μm真空过滤装置过滤灭菌。文库大小是通过以下方式来确定：将刚回收的细胞的稀释液平铺于scd-leu琼脂板上，然后从来自平铺的单一集落数推知文库大小，所述平铺生成至少50个集落/板。为了从含有两个或更多个不同文库克隆的细胞分离质粒，从过夜scd-leu培养物中取出对应于文库大小10倍数目的细胞，并将其以1/100传代培养至新鲜scd-leu培养基中并生长过夜。将来自此过夜培养的细胞重悬于无菌25％(重量/体积)甘油中至10e10/ml的密度，并且在-80℃下冷冻和储存(冷冻文库原液)。实施例3酵母选择实施例3描述对表达cd80、cd86、icosl和nkp30的亲和性修饰的变体的酵母的选择。将等于文库大小至少10倍数目的细胞从个别文库原液解冻，在非诱导型scd-leu培养基中悬浮至0.1x10e6个细胞/ml，并生长过夜。第二天，将等于文库大小10倍数目的细胞以2000rpm离心2分钟，并在诱导型scdg-leu培养基中重悬至0.5x10e6个细胞/ml。1升scdg-leu诱导培养基是由溶于水中的5.4克na2hpo4、8.56克nah2po4*h2o、20克半乳糖、2.0克葡萄糖、6.7克difco酵母氮源和1.6克不含亮氨酸的酵母合成营养缺陷型培养基补充剂组成，并通过0.22μm滤膜装置灭菌。使培养物在20℃下生长两天，以诱导文库蛋白质在酵母细胞表面上表达。用磁珠加工细胞以减少非结合物并富集所有具有结合其外源重组反结构蛋白(同源结合配偶体)的能力的cd80、cd86、icosl或nkp30变体。例如，针对cd28、ctla-4、pd-l1中的每一个选择展示靶向或随机cd80文库的酵母。针对icos选择icosl文库，并且针对b7-h6选择cd28和nkp30文库。在这之后使用外源同源结合配偶体蛋白染色进行2至3轮荧光激活细胞分选(facs)，以富集展示改进结合物的酵母细胞部分。通过流式细胞术进行的磁珠富集和选择基本上如以下文献中所述：keithd.miller，1noahb.pefaur，2和cheryll.baird1currentprotocolsincytometry4.7.1-4.7.30，2008年7月。对于cd80、cd86、icosl和nkp30文库，靶配体蛋白来源于r&dsystems(usa)，如下：人类rcd28.fc(即，重组cd28-fc融合蛋白)、rpdl1.fc、rctla4.fc、ricos.fc和rb7h6.fc。磁性抗生蛋白链菌素珠粒是从美国的新英格兰生物实验室(newenglandbiolabs)获得。对于同源结合配偶体蛋白的生物素化，使用生物素化试剂盒(目录号21955，lifetechnologies，美国)。对于双色流式细胞术分选，使用bectondickinsonfacsariaii分选仪。用经alexafluor488(lifetechnologies，美国)标记的抗血凝素标签抗体监测cd80、cd86、icosl或nkp30展示水平。用pe缀合的人类ig特异性山羊fab(jacksonimmunoresearch，美国)检测配体结合fc融合蛋白rcd28.fc、rctla4.fc、rpdl1.fc、ricos.fc或rb7-h6.fc。使用前向散射(fsc)/侧向散射(ssc)参数屏蔽双联体酵母，并且分选门是基于在fl2中检测到的较高配体结合，其在fl1中具有更有限的ha标签表达结合。针对较高特异性结合亲和性测定来自流式细胞术分选的酵母输出。对分选输出酵母进行扩增和重诱导，以表达其编码的特定igsf亲和性修饰的结构域变体。然后可通过流式细胞术将此群体与亲代野生型酵母株系或任何其他所选输出(例如珠粒输出酵母群体)进行比较。对于icosl，通过用抗ha(血凝素)标签表达和抗人类fc二级对每一群体进行双重染色，针对每一ricos.fc、rcd28.fc和rctla4.fc的结合，比较第二分选输出(f2)与亲代icosl酵母，以检测配体结合。在选择icosl酵母变体用于与icos结合的情况下，在用5.6nmricos.fc染色时，f2分选输出得到997的平均荧光强度(mfi)值，而在用相同浓度的ricos.fc染色时，测得亲代icosl株系mfi为397。这表示在此f2选择的克隆库中平均结合改善大约三倍，并且预测来自所述库的个别克隆在个别测试时将具有显著更佳的经改善mfi/亲和性。在选择icosl酵母变体用于与cd28结合的情况下，在用100nmrcd28.fc染色时，f2分选输出得到640的mfi值，而在用相同浓度的rcd28.fc染色时，测得亲代icosl株系mfi为29(改善22倍)。在选择icosl酵母变体用于与ctla4结合的情况下，在用100nmrctla4.fc染色时，f2分选输出得到949的mfi值，而在用相同浓度的rctla4.fc染色时，测得亲代icosl株系mfi为29(改善32倍)。在针对与b7-h6的结合选择的nkp30酵母变体的情况中，在用16.6nmrb7h6.fc染色时，f2分选输出得到533的mfi值，而在用相同浓度的rb7h6.fc染色时，测得亲代nkp30株系mfi为90(改善6倍)。在所鉴别的nkp30变体中，关于nkp30细胞外结构域中对应于seqidno：54中所述位置的位置，存在含有突变l30v/a60v/s64p/s86g的变体。在所鉴别的cd86变体中，关于cd86细胞外结构域中对应于seqidno：29中所述位置的位置，存在含有突变q35h/h90l/q102h的变体。重要的是，与野生型株系相比，在用fl1上的抗ha标签抗体测量时，上述所有f2输出的mfi都未增加，并且有时降低，这表明增加的结合并不随着所选变体在酵母表面上的表达增加而变化，并且所验证的门控策略仅选择具有高配体结合的中至低表达子。实施例4重格式化作为fc融合物并且呈多种免疫调节蛋白类型的选择输出实施例4描述选择输出的重格式化，所述选择输出作为与fc分子(变体ecd-fc融合分子)融合的含有cd80或icosl的亲和性修饰的(变体)细胞外结构域(ecd)的免疫调节蛋白。使来自最终流式细胞术cd80和icosl分选的输出细胞在scd-leu培养基中生长至最终密度。使用酵母质粒dna分离试剂盒(zymoresearch，美国)分离来自每一输出的质粒dna。对于fc融合物，使用适于克隆至所选fc融合载体中的具有添加的限制性位点的pcr引物，从质粒dna制剂对突变体靶ecd的编码dna进行分批扩增。在限制性消化后，将pcr产物连接至适当的fc融合载体，之后如供应商所指导，化学转化至株系大肠杆菌株系xl1blue大肠杆菌(agilent，美国)或neb5α(newenglandbiolabs，美国)中。fc融合载体的示例为pfuse-higg1-fc2(invivogen，美国)。将转化反应的稀释液平铺于含有100μg/ml羧苄西林(teknova，美国)的lb琼脂上以生成单一集落。随后使来自每一转化的多达96个集落在96孔板中生长至饱和，在37℃下在lb肉汤(teknova目录号l8112)中过夜，并且提交来自每个孔的小等份试样用于ecd插入物的dna测序，以鉴别所有克隆中的一个或多个突变。使用由服务提供商(genewiz；southplainfield，新泽西)提供的方案来实施用于dna测序的样品制备。在移除用于dna测序的样品后，然后将甘油添加至剩余培养物中，使最终甘油含量为25％，并将板在-20℃下储存以备将来用作主板(见下文)。可替代地，通过使用一次性96孔复制器(vwr，美国)从已生长液体培养物影印培养至固体琼脂板来生成用于dna测序的样品。将这些板孵育过夜以生成生长斑，并将板按genewiz的规定提交给genewiz。在从genewiz生成的dna测序数据的分析鉴别所关注克隆后，从主板回收所关注克隆，并在5ml含有100μg/ml羧苄西林(teknova，美国)的液体lb肉汤中个别生长至密度，随后使用标准试剂盒(例如pureyield试剂盒(promega))使用2ml每一培养物制备每一克隆的约10μg微小制备质粒dna。鉴别所关注克隆通常涉及以下步骤。首先，从genewiz网站下载dna序列数据文件。然后手动组织管理所有序列，使得其在ecd编码区的起点开始。然后使用可在url：www.ebi.ac.uk/tools/st/emboss_transeq/获得的适宜程序分批翻译经组织管理的序列。然后使用可在url：multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html获得的适宜程序比对经翻译序列。可替代地，使用ugene软件(http：//ugene.net)加工经测序的genewiz以生成比对。然后使用以下准则鉴别所关注克隆：1.)相同克隆在比对中出现至少两次，和2.)突变在比对中出现至少两次，并且优选地出现在不同克隆中。满足这些准则中的至少一项的克隆是最可能由于改善的结合而通过我们的分选程序被富集的克隆。所述方法生成具有至少一个亲和性修饰的结构域的含有cd80或icosl的ecd的免疫调节蛋白，其中生成编码dna以编码设计如下的蛋白质：信号肽，之后是变体(突变体)ecd，之后是3个丙氨酸的接头(aaa)，之后是含有突变n297g(n82g，关于seqidno：226中所述的野生型人类igg1fc)的seqidno：2084中经所述的人类igg1fc。人类igg1fc还含有突变r292c和v302c(对应于r77c和v87c，关于seqidno：226中所述的野生型人类igg1fc)。由于构建体不包括可与半胱氨酸形成共价键的任何抗体轻链，人类igg1fc还含有依照eu编号在位置220将半胱氨酸残基替代为丝氨酸残基(c220s)(对应于位置5(c5s)，关于位置5(c5s)，与seqidno：226中所述的野生型或未经修饰的fc相比)。另外，下文实施例8描述作为堆叠构建体生成的其他免疫调节蛋白，其含有至少两个来自连接在一起并融合至fc的所鉴别变体cd80、cd86、icosl和nkp30分子的不同的亲和性修饰的结构域。实施例5fc融合物的表达和纯化实施例5描述含有如上文实施例中所述的变体ecdcd80、cd86、icosl和nkp30的fc融合蛋白的高通量表达和纯化。重组变体fc融合蛋白是使用expi293表达系统(invitrogen，美国)从悬浮适应的人类胚肾(hek)293细胞产生。将4μg来自前一步骤的每一质粒dna添加至200μlopti-mem(invitrogen，美国)中，同时将10.8μlexpifectamine单独添加至另外200μlopti-mem中。在5分钟后，将200μl质粒dna与200μlexpifectamine混合，并且进一步再孵育20分钟，之后将此混合物添加至细胞。将一千万个expi293细胞分配至无菌10ml锥形底24深孔生长板(thomsoninstrumentcompany，美国)的单独孔中的3.4ml体积的expi293培养基(invitrogen，美国)中。将板在设定为95％湿度和8％co2的哺乳动物细胞培养孵育器中以120rpm振荡5天。在孵育5天后，使细胞沉淀并保留培养上清液。使用高通量96孔蛋白质a纯化试剂盒，使用制造商的方案(目录号45202，lifetechnologies，美国)，从上清液纯化蛋白质。使用zeba96孔旋转脱盐板(目录号89807，lifetechnologies，美国)，使用制造商的方案，将所得洗脱部分缓冲液交换至pbs中。使用通过nanodrop仪器(thermofisherscientific，美国)测量的280nm吸光度对经纯化蛋白质进行定量，并通过在变性和还原性条件下在nupage预制聚丙烯酰胺凝胶(lifetechnologies，美国)上加载5μg蛋白质，并且随后进行凝胶电泳来评价蛋白质纯度。使用标准考马斯染色使蛋白质在凝胶中可视化。实施例6评价含有亲和性成熟的igsf结构域的分子的结合和活性a.结合至细胞表面表达的同源结合配偶体这个实施例描述对来自上文实施例的经纯化蛋白质的fc融合物结合研究，以评价cd80和icosl结构域变体免疫调节蛋白对同源结合配偶体的特异性和亲和性。为了产生表达同源结合配偶体的细胞，在pcdna3.1表达载体(lifetechnologies)中设计用于人类cd28、ctla4、pd-l1、icos和b7-h6中每一个的全长哺乳动物表面表达构建体，并且所述构建体来源于genscript(usa)。使用上述expi293f瞬时转染系统(lifetechnologies，美国)实施结合研究。确定实验所需的细胞数，并使用制造商建议的方案进行适当的30ml规模的转染。对于cd28、ctla-4、pd-l1、icos、b7-h6或模拟物30ml转染中的每一个，将7千5百万个expi293f细胞与30μg表达构建体dna和1.5ml经稀释expifectamine293试剂一起孵育48小时，此时收获细胞用于染色。对于通过流式细胞术染色，将200,000个适当瞬时转染或阴性对照的细胞平铺于96孔圆底板中。将细胞旋转沉降并重悬于染色缓冲液(pbs(磷酸盐缓冲盐水)、1％bsa(牛血清白蛋白)和0.1％叠氮化钠)中20分钟以阻断非特异性结合。然后，将细胞再次离心并重悬于含有100nm至1nm变体免疫调节蛋白的染色缓冲液中，这取决于50μl中每种候选cd80变体fc、icosl变体fc或堆叠的igsf变体fc融合蛋白的实验。在冰上进行初级染色45分钟，之后在染色缓冲液中将细胞洗涤两次。将pe缀合的抗人类fc(jacksonimmunoresearch，美国)以1∶150稀释于50μl染色缓冲液中，并添加至细胞并在冰上再孵育30分钟。将二级抗体洗出两次，将细胞固定于4％甲醛/pbs中，并在facscan流式细胞仪(bectondickinson，美国)上分析样品。使用cellquestpro软件(bectondickinson，美国)计算每种转染子和阴性亲代系的平均荧光强度(mfi)。b.生物活性表征这个实施例还描述在人类原代t细胞体外测定中的fc融合变体蛋白生物活性表征。1.混合淋巴细胞反应(mlr)在人类混合淋巴细胞反应(mlr)中测试可溶ricosl.fc或rcd80.fc生物活性。通过用500u/mlril-4(r&dsystems，美国)和250u/mlrgm-csf(r&dsystems，美国)在离体15培养基(lonza，switzerland)中将从pbmc(bentechbio，美国)分离的单核细胞在体外培养7天，生成人类原代树突细胞(dc)。将10,000个成熟dc和100,000个纯化同种异体cd4+t细胞(bentechbio，美国)与icosl变体融合蛋白、cd80变体fc融合蛋白或对照一起在96孔圆底板中在200ul最终体积的离体15培养基中共培养。在第5天，使用人类ifn-γduosetelisa试剂盒(r&dsystems，美国)分析培养上清液中的ifn-γ分泌。通过vmaxelisa微量读板器(moleculardevices，美国)测量光密度，并针对ifn-γduo-set试剂盒(r&dsystems，美国)中包括的经滴定rifn-γ标准品进行定量。2.抗cd3共固定化测定在抗cd3共固定化测定中确定icosl融合变体和cd80fc融合变体的共刺激生物活性。将1nm或4nm小鼠抗人类cd3(okt3，biolegends，美国)稀释于含有1nm至80nmricosl.fc或rcd80.fc变体蛋白的pbs中。将此混合物添加至组织培养物处理的平底96孔板(corbing，美国)中过夜，以促进刺激蛋白附着至板的孔。第二天，将未结合的蛋白质从板洗除，并将100,000个经纯化人类全t细胞(bentechbio，us)或人类t细胞克隆bc3(astartebiologics，美国)添加至每孔中200μl最终体积的离体15培养基(lonza，switzerland)中。将细胞培养3天，然后收获培养物上清液，并如上文所提及用duosetelisa试剂盒(r&dsystems，美国)测量人类ifn-γ水平。c.结果示例性测试变体的结合和活性研究的结果显示于表12-15中。特定地，表12指示在针对相应同源结构cd28的亲和性成熟筛选中选择的cd80的ecd中的示例性igsf结构域氨基酸取代(替代)。表13指示在针对相应同源结构pd-l1的亲和性成熟筛选中选择的cd80的ecd中的示例性igsf结构域氨基酸取代(替代)。表14指示针对相应同源结构icos和cd28的亲和性成熟筛选中选择的icosl的ecd中的示例性igsf结构域氨基酸取代(替代)。对于每一表格，示例性氨基酸取代是依照对应于相应参考未修饰ecd序列的氨基酸位置编号来命名，如下所述。例如，表12和13中的参考未修饰ecd序列是seqidno：28中所述的未修饰cd80ecd序列，并且表14中的参考未修饰ecd序列是未修饰icoslecd序列(seqidno：32)。氨基酸位置指示于中间，相应的未修饰(例如野生型)氨基酸列示于所述编号之前，并且所鉴别的变体氨基酸取代列示于所述编号之后。第2栏陈述每一变体ecd-fc融合分子的变体ecd的seqidno标识符。还显示如通过每一变体fc融合分子与经工程化以表达同源结合配偶体配体的细胞的结合的平均荧光强度(mfi)值测量的结合活性，以及所述mfi相比于不含一个或多个氨基酸取代的相应未修饰ecd-fc融合分子与相同细胞表达的同源结合配偶体配体的结合的比率。还基于培养上清液中ifn-γ的计算水平(pg/ml)显示变体fc融合分子调节性t细胞活性的功能活性，所述ifn-γ的计算水平是用以下方式生成：i)与抗cd3共固定的所指示变体ecd-fc融合分子，或ii)mlr测定中的所指示变体ecd-fc融合分子。所述表格还描绘在两种功能测定中每一变体ecd-fc产生的ifn-γ相比于相应未修饰ecd-fc的比率。如所示，所述选择导致鉴别多种cd80或icosligsf结构域变体，其亲和性经修饰以展现增加的对至少一种并且在一些情况下多于一种同源结合配偶体配体的结合。另外，结果显示，变体分子的亲和性修饰还展现增加和降低免疫活性(取决于分子的形式)的经改善活性。例如，与不含一个或多个氨基酸替代的未修饰(例如野生型)ecd-fc分子相比，配体的共固定化可能提供与细胞的多价相互作用，以聚集或增加亲合力以有利于激动剂活性以及增加t细胞激活。然而，在分子作为溶液中的二价fc分子提供时，与不含一个或多个氨基酸替代的未修饰(例如野生型)ecd-fv分子相比，相同igsf结构域变体展现降低t细胞激活的拮抗剂活性。*：使用346pg/mlwticosl的ifn-γ计算的亲代比率实施例7配体结合竞争测定如实施例6中所示，若干个cd80变体分子展现与cd28和pd-l1中的一个或两个的改进的结合。为了进一步评价cd80对配体cd28和pd-l1的结合活性，这个实施例描述配体竞争测定评价示例性cd80变体结合cd28和pd-l1二者的非竞争性。基于elisa的结合测定经设定并入板结合的cd80变体a91gecd-fc，以评价cd80同时结合cd28和pd-l1的能力。将maxisorp96孔elisa板(nunc，美国)用pbs中的100nm人类重组cd80变体a91gecd-fc融合蛋白涂布过夜。第二天洗除未结合的蛋白质，并将板用1％牛血清白蛋白(millipore，美国)/pbs在室温下封闭1小时。用pbs/0.05％tween将此封闭试剂洗除三次，其包括每次洗涤在平台振荡器上孵育两分钟。在竞争测定的一个臂中，将cd80与cd28一起孵育，并且之后评价结合cd28的cd80在其他已知cd80同源结合配偶体pd-l1或ctla-4或阴性对照配体pd-l2存在下的竞争性结合。具体地，将生物素化重组人类cd28fc融合蛋白(rcd28.fc；r&dsystems)滴定至孔中，在10nm开始，以1∶2稀释度在25μl体积中经8个点稀释。在添加生物素化rcd28.fc后，立即将未经标记的竞争性结合物、重组人类pd-l1单体his标记蛋白、重组人类ctla-4单体his标记蛋白或阴性对照人类重组pd-l2fc融合蛋白(r&dsystems)分别以2000/1000/500nm在25μl体积中添加至孔中，最终体积为50μl。将这些蛋白质一起孵育1小时，然后重复如上所述的三个洗涤步骤。在洗涤后，将2.5ng/孔的hrp缀合的抗生蛋白链菌素(jacksonimmunoresearch，美国)稀释于1％bsa/pbs中，并添加至孔中以检测结合的生物素化rcd28.fc。在孵育1小时后，将孔再次如上所述洗涤三次。为了检测信号，在洗涤和孵育7分钟后将50μltmb底物(pierce，美国)添加至孔中，之后添加50ul2m硫酸停止溶液。在emaxplus酶标仪(moleculardevices，美国)上确定光密度。在prism(graphpad，美国)中绘制光密度值的图。结果陈述于图1a中。结果显示，生物素化rcd28.fc与cd80变体a91gecd-fc融合蛋白的结合随着rcd28.fc的滴定而降低。当在非竞争性对照蛋白rpdl2的存在下进行rcd28.fc结合时，cd80对cd28的结合(实心三角形)没有降低。相反，当与cd28.fc一起孵育时，竞争性对照蛋白rctla-4确实导致cd28对cd80的结合如所预期地降低(x线)。在重组pd-l1与cd28.fc一起孵育时，未观察到cd28与cd80结合的降低，这表明cd28和pd-l1针对cd80的表位是非竞争性的。通过在非生物素化rcd28.fc的存在下孵育生物素化pd-l1，确认用于cd28竞争测定中的重组pd-l1蛋白与cd80的结合(正方形)。还设定反向竞争，其中将cd80与pd-l1一起孵育，并且之后在其他已知cd80同源结合配偶体cd28或ctla-4或阴性对照配体pd-l2的存在下评价结合pd-l1的cd80的竞争性结合。具体地，所述测定是通过将生物素化重组人类pd-l1-his单体蛋白滴定至含有重组cd80变体的孔中来进行。由于此配体的结合较弱，在5000nm以类似1∶2稀释度经8个点在25μl中开始滴定。在使用rpd-l1-his检测结合时，以2.5nm终浓度在25μl中添加竞争性配体人类rcd28.fc、人类rctla-4.fc或人类rpd-l2.fc对照，总体积为50μl。随后的洗涤、检测和od测量与上述相同。结果陈述于图1b中。经滴定的pd-l1-his结合单独确认，pd-l1结合至固定在板上的cd80变体a91gecd-fc融合分子(正方形)。当在非竞争性对照蛋白rpdl2的存在下进行pd-l1-his结合时，pd-l1对cd80的结合没有降低(三角形)。在与pd-l1-his一起孵育时，即使ctla-4对cd28具有竞争性，cd28竞争性对照蛋白rctla-4未导致pd-l1对cd80的结合降低(x线)。此结果还表明，在cd28与pd-l1对cd80的结合之间缺少竞争。最后，在将pd-l1-his与cd28.fc一起孵育时，未观察到pd-l1与cd80结合降低，这表明cd28和pd-l1对cd80的表位是非竞争性的。因此，结果显示，ctla-4而非pd-l1或阴性对照pd-l2竞争cd28与cd80的结合(图1a)，并且cd28、ctla-4和pd-l2不竞争pd-l1与cd80的结合(图1b)。因此，这些结果表明，cd28和pd-l1是cd80的非竞争性结合物，并且可证实此非竞争性结合与在elisa中检测到哪种配体无关。实施例8含有不同亲和性修饰的结构域的堆叠分子的生成和评估使用针对一种或多种同源结合配偶体亲和性修饰的上述所选变体分子生成含有两个或更多个亲和性修饰的igsf结构域的“堆叠”分子(即，ii型免疫调节蛋白)。获得作为基因块的堆叠构建体(integrateddnatechnologies，coralville，ia)，所述基因块编码某种形式的堆叠，所述形式通过使用gibson组装试剂盒(newenglandbiolabs)的标准gibson组装使得其能与fc融合。如上文，这个实施例例示呈fc融合物形式的含有亲和性修饰的结构域的分子的结合和活性；预期含有两个或更多个亲和性修饰的结构域的所述堆叠分子与如所述的可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白连接。生成所有堆叠的编码核酸分子以编码如下设计的蛋白质：信号肽，之后是所关注第一变体igv，之后是由三个ggggs(g4s)基序构成的15个氨基酸的接头(seqidno：228)，之后是所关注第二igv，之后是两个ggggs接头(seqidno：229)，之后是三个丙氨酸(aaa)，之后是如上所述的人类igg1fc。为了最大化每一堆叠中igv结构域正确折叠的机会，第一igv之前是通常在野生型蛋白质中于此igv于信号肽之间出现的所有残基(前导序列)。类似地，在第一igv之后是在野生型蛋白质中通常将其与下一ig结构域(通常是igc结构域)连接的所有残基，或者如果不存在所述第二igv结构域，那么在第一igv之后是将其与跨膜结构域连接的残基(尾随序列)。将相同设计原理应用于第二igv结构域，但在两个igv结构域衍生自相同的亲代蛋白质(例如与另一cd80igv堆叠的cd80igv)时，两者之间的接头不重复。表15陈述示例性堆叠构建体的设计。表15中所示示例性堆叠分子含有如所指示的igv结构域和如上所述的其他前导序列或尾随序列。在所述表格中，以下组分按顺序存在：信号肽(sp；seqidno：225)、igv结构域1(igv1)、尾随序列1(ts1)、接头1(lr1；seqidno：228)、igv结构域2(igv2)、尾随序列2(ts2)、接头2(lr2；seqidno：230)和fc结构域(含有c5s/n82g氨基酸取代的seqidno：226)。在一些情况下，前导序列1(ls1)存在于信号肽与igv1之间，并且在一些情况下，前导序列2(ls2)存在于接头与igv2之间。含有来自含有至少一个亲和性经修饰igv结构域的cd80、cd86、icosl或nkp30的变体igv结构域的不同组合的变体igv-堆叠fc融合分子的高通量表达和纯化是如实施例5中所述来生成。还如实施例6中所述评价变体igv-堆叠fc融合分子与相应同源结合配偶体的结合和通过抗cd3共固定化测定的功能活性。例如，在如上文的类似固定化抗cd3测定中确定堆叠igsffc融合蛋白的共刺激生物活性。在这种情况下，将4nm抗cd3(okt3，biolegend，美国)与4nm至120nm人类rb7-h6.fc(r&dsystems，美国)或人类rpd-l1.fc(r&dsystems，美国)在组织培养处理的96孔板(coming，美国)上共固定过夜。第二天，用pbs洗除未结合的蛋白质，并将100,000个经纯化全t细胞添加至每孔中的100ul离体15培养基(lonza，瑞士)中。随后以在8nm至40nm范围内的浓度在100ul体积中添加经堆叠igsf结构域，总计200ul体积。将细胞培养3天，然后收获培养物上清液，并如上文所提及用duosetelisa试剂盒(r&dsystems，美国)测量人类ifn-γ水平。结果陈述于表16-20中。具体地，表16陈述含有nkp30igv结构域和icosligv结构域的变体igv-堆叠fc融合分子的结合和功能活性结果。表17陈述含有nkp30igv结构域和cd80或cd86igv结构域的变体igv-堆叠fv融合分子的结合和功能活性结果。表18陈述含有变体cd80igv结构域和cd80、cd86或icosligv结构域的变体igv-堆叠fc融合分子的结合和功能活性结果。表19陈述含有两个变体cd80igv结构域的变体igv-堆叠fc融合分子的结合和功能活性结果。表20陈述含有变体cd80或cd86igv结构域和变体icosligv结构域的变体igv-堆叠fc融合分子的结果。对于表16-20中的每一表格，第1栏指示经堆叠的亲和性修饰的或野生型(wt)结构域的结构组织和定向，所述结构域以氨基末端(n末端)结构域开始，之后是位于c末端人类igg1fc结构域之前的中间wt或亲和性修饰的结构域。第2栏陈述相应“堆叠”分子中所含每一igv结构域的序列的seqidno标识符。第3栏显示结合配偶体，针对所述结合配偶体选择来自第1栏的所指示亲和性修饰的堆叠结构域。还显示通过每一堆叠分子与经工程化以表达不同同源结合配偶体的细胞的结合的平均荧光强度(mfi)值测量的活性，以及所述mfi相比于含有不含一个或多个氨基酸取代的未修饰igv结构域的相应堆叠分子与相同细胞表达的同源结合配偶体的结合的比率。还基于如实施例6中所述用溶液中的所指示变体堆叠分子和与抗cd3共固定的适当配体生成的培养上清液中ifn-γ的计算水平(pg/ml)，显示变体堆叠分子调节性t细胞活性的功能活性。所述表格还描绘共固定化测定中每一变体堆叠分子产生的ifn-γ与相应未修饰堆叠分子相比的比率。如所示，结果显示，可能生成含有至少一个变体igsf结构域的堆叠分子，与含有相应未修饰(例如，野生型)igv结构域的相应堆叠分子相比，所述变体igsf结构域展现增加的对至少一个同源结合配偶体的结合的亲和性修饰的活性。在一些情况下，来自分子中一个变体igsf结构域或两个变体igsf结构域的组合的堆叠分子展现增加的对多于一个同源结合配偶体的结合。结果还显示，在一些情况下，igv结构域在堆叠分子中的顺序可改变结合活性的改进程度。在一些情况下，当在靶向共固定化测定中评价时，功能性t细胞活性也发生改变。实施例9cd155的亲和性修饰的igsf结构域变体的生成、选择和筛选cd155的亲和性修饰的igsf结构域变体基本上如上文实施例1至6中所述来生成，略有一些改变。例如，对于cd155变体的生成，在所生成的蛋白质中仅包括igv结构域，并且不包括ecd的其他两个结构域。所述实施例例示呈fc融合物形式的示例性亲和性修饰的结构域的结合和活性；预期所述亲和性修饰的结构域与如所述的可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白连接。为了通过用简并密码子完全或部分随机化生成靶向cd155的具体残基的文库，人类cd155的免疫球蛋白样v型(igv)结构域(seqidno：241)的编码dna是作为长度长达80个碱基对(bp)的重叠寡核苷酸集合从integrateddnatechnologies(coralville，ia)订购。通常，为了生成igv结构域的多样性变体的文库，寡核苷酸在所需氨基酸位置含有所需简并密码子。使用url：rosettadesign.med.unc.edu/swiftlib/url的算法生成简并密码子。通常，突变位置和简并密码子选自晶体结构信息(pdb：3udw)或同源性模型，所述模型是从含有所关注靶-配体对的此结构构建，以鉴别配体接触残基以及在蛋白质相互作用界面处的残基。例如，结合至tigit的cd155的晶体结构可针对蛋白质数据库代码3udw在url：www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do？structureid＝3udw公开获得。使用可在url：spdbv.vital-it.ch)获得的结构查看器进行此分析。基本上如实施例1中所述，使用寡核苷酸进行pcr扩增以生成文库dna插入物用于插入载体pbyds03的经修饰酵母展示形式中。可替代地，长度长达200bp的ultramers(integrateddnatechnologies)与巨大引物pcr(url：http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146891/pdf/253371.pdf)结合用于生成简并密码子的较大延伸段，所述较大延伸段不如使用多个小重叠引物容易并入。在使用巨大引物pcr生成全长产物后，使用含有40bp重叠区的dna引物对突变体igv结构域文库再次进行pcr扩增，所述引物具有经修饰pbyds03克隆变体用于同源重组至酵母中。基本上如实施例1中所述制备dna插入物文库用于文库插入，并且制备电穿孔就绪的dna。作为替代性方法，生成通过定点诱变至cd155的igv结构域的靶特异性残基生成的子文库或cd155的igv结构域的随机文库，以进一步鉴别cd155的igv结构域的变体，基本上如实施例1中所述。基本上如实施例2中所述将简并或随机文库dna插入酵母中。使用基本上描述于实施例3中的方法来选择表达cd155的亲和性修饰的变体的酵母。对于所述选择，采用以下靶配体蛋白：人类rtigit.fc(即，重组tigit-fc融合蛋白)和rcd226.fc。磁性蛋白a珠粒是从newenglandbiolabs(usa)获得。对于双色流式细胞术分选，使用bio-rads3e分选仪。用经alexafluor488(lifetechnologies，美国)表记得抗血凝素抗体监测cd155展示水平。用pe缀合的人类ig特异性山羊fab(jacksonimmunoresearch，美国)检测fc融合蛋白rtigit.fc或rcd226.fc的配体结合。使用前向散射(fsc)/侧向散射(ssc)参数屏蔽双联体酵母，并且分选门是基于在fl2中检测到的较高配体结合，其在fl1中具有更有限的标签表达结合。第二分选输出(f2)是基本上如实施例3中所述通过扩增和重诱导分选输出的表达来获得，所述分选输出已针对较高特异性结合亲和性经测定并且用于评价与亲代野生型酵母株系相比的结合。对于cd155，通过用抗ha(血凝素)标签表达和抗人类fc刺激抗体对每一群体进行双重染色，针对结合rtigit.fc或rcd226.fc比较第二facs输出(f2)与亲代cd155酵母，以检测配体结合。基本上如实施例4中所述将所选输出重格式化为融合至fc分子(变体igv结构域-fc融合分子)的含有cd155的亲和性修饰的(变体)免疫球蛋白样v型(igv)结构域的免疫调节蛋白，但仅包括igv结构域并且不包括完整ecd结构域。在用于cd155输出的一些替代性方法中，使用gibson组装主混合物(newenglandbiolabs)用在任一端上含有与fc融合载体重叠40bp的区域的引物对来自所述输出的dna进行pcr扩增以实施体外重组，其随后用于热休克转化至大肠杆菌株系neb5α中。fc融合载体的示例是pfuse-higg1-fc2(invivogen，美国)。在转化后，基本上如实施例4中所述制备样品用于dna测序。然后如实施例4中所述手动组织管理所述序列，但对其进行手动组织管理使得其在igv编码区的起点处开始。如实施例4中所述对经组织管理的序列进行分批翻译和比对。使用如实施例4中所述的准则鉴别所关注克隆。表21陈述所鉴别的变体cd155亲和性修饰的分子，包括每一变体中所含的氨基酸取代。所述方法生成含有cd155的亲和性修饰的igv结构域的免疫调节蛋白，其中生成编码dna以编码如下蛋白质：信号肽，之后是变体(突变体)igv结构域，之后是三个丙氨酸(aaa)的接头，之后是含有突变n297g(关于seqidno：226中所述野生型人类igg1fc为n82g)的人类igg1fc。人类igg1fc还含有依照eu编号的突变r292c和v302c(关于seqidno：226中所述野生型人类igg1fc，对应于r77c和v87c)。由于构建体不包括任何可与半胱氨酸形成共价键的抗体轻链，人类igg1fc还含有在依照eu编号的位置220将半胱氨酸残基替代为丝氨酸残基(c220s)(关于seqidno：226中所述野生型或未经修饰的fc，对应于位置5(c5s))。基本上如实施例5中所述表达并纯化重组变体cd155fc融合蛋白。基本上如实施例6中所述评价亲和性修饰的变体cd155fc融合蛋白的结合和活性，但生成表达全长人类cd226和tigit同源结合配偶体的细胞。通过流式细胞术用cd155fc变体对细胞进行染色，并且如实施例5中所述确定平均荧光强度(mfi)。对于生物活性表征，基本上如实施例5中所述在抗cd3共固定化测定中评价重组cd155fc变体。结合和活性研究的结果陈述于表21中。所述表格指示在关于针对相应同源结构tigit和cd226的亲和性-成熟的筛选中选择的cd155的igv结构域中的示例性igsf结构域氨基酸取代(替代)。示例性氨基酸取代是依照对应于seqidno：241(igv)中所述未修饰序列的位置的氨基酸位置编号来命名。氨基酸位置指示于中间，相应的未修饰(例如野生型)氨基酸列示于所述编号之前，并且所鉴别的变体氨基酸取代列示于所述编号之后。第2栏陈述每一变体ecd-fc融合分子的变体的seqidno标识符。还显示如通过每一变体fc融合分子与经工程化以表达同源结合配偶体的细胞的结合的平均荧光强度(mfi)值测量的结合活性，其作为所述mfi相比于不含一个或多个氨基酸取代的相应未修饰ecd-fc融合分子与相同细胞表达的同源结合配偶体的结合的比率。还基于培养上清液中ifn-γ的计算水平(pg/ml)显示变体fc融合分子调节性t细胞活性的功能活性，所述ifn-γ的计算水平是用与抗cd3共固定的所指示变体fc融合分子来生成，其作为在两个功能测定中每一变体cd155igv-fc产生的ifn-γ与相应未修饰cd155igv-fc相比的比率。实施例10cd112的亲和性修饰的igsf结构域变体的生成、选择和筛选基本上如上文实施例1至6中所述生成cd112的亲和性修饰的igsf结构域变体，略有一些修改。例如，对于cd112变体的生成，在所生成的蛋白质中仅包括igv结构域，并且不包括ecd的其他两个结构域。所述实施例例示呈fc融合物形式的示例性亲和性修饰的结构域的结合和活性；预期所述亲和性修饰的结构域与如所述的可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白连接。为了通过用简并密码子完全或部分随机化生成靶向cd155的具体残基的文库，人类cd112的免疫球蛋白样v型(igv)结构域(seqidno：286)的编码dna是作为长度长达80个碱基对(bp)的重叠寡核苷酸集合从integrateddnatechnologies(coralville，ia)订购。通常，为了生成igv结构域的多样性变体的文库，寡核苷酸在所需氨基酸位置含有所需简并密码子。使用url：rosettadesign.med.unc.edu/swiftlib/url的算法生成简并密码子。通常，突变位置和简并密码子选自晶体结构信息(pdb：3udw)或同源性模型，所述模型是从含有所关注靶-配体对的此结构构建，以鉴别配体接触残基以及在蛋白质相互作用界面处的残基。基本上如实施例1中所述，使用寡核苷酸进行pcr扩增以生成文库dna插入物用于插入载体pbyds03的经修饰酵母展示形式中。可替代地，长度长达200bp的ultramers(integrateddnatechnologies)与巨大引物pcr(url：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc146891/pdf/253371.pdf)结合用于生成简并密码子的较大延伸段，所述较大延伸段不如使用多个小重叠引物容易并入。在使用巨大引物pcr生成全长产物后，使用含有40bp重叠区的dna引物对突变体igv结构域文库再次进行pcr扩增，所述引物具有经修饰pbyds03克隆变体用于同源重组至酵母中。基本上如实施例1中所述制备dna插入物文库用于文库插入，并且制备电穿孔就绪的dna。作为替代性方法，生成通过定点诱变以靶向cd112的igv结构域的具体残基生成的子文库或cd112的igv结构域的随机文库，以进一步鉴别cd112的igv结构域的变体，基本上如实施例1中所述。基本上如实施例2中所述将简并或随机文库dna插入酵母中。使用基本上描述于实施例3中的方法选择表达cd112的亲和性修饰的变体的酵母。对于所述选择，采用以下靶配体蛋白：人类rtigit.fc(即，重组tigit-fc融合蛋白)、rcd226.fc和rcd112r.fc。磁性蛋白a珠粒是从newenglandbiolabs(usa)获得。对于双色流式细胞术分选，使用bio-rads3e分选仪。用经alexafluor488(lifetechnologies，美国)标记的抗血凝素抗体监测cd112展示水平。用pe缀合的人类ig特异性山羊fab(jacksonimmunoresearch，美国)检测fc融合蛋白rtigit.fc、rcd226.fc或rcd112r.fc的配体结合。使用前向散射(fsc)/侧向散射(ssc)参数屏蔽双联体酵母，并且分选门是基于在fl2中检测到的较高配体结合，其在fl1中具有更有限的标签表达结合。第二分选输出(f2)是基本上如实施例3中所述通过扩增和重诱导分选输出的表达来获得，所述分选输出已针对较高特异性结合亲和性经测定并且用于评价与亲代野生型酵母株系相比的结合。对于cd112，通过用抗ha(血凝素)标签表达和抗人类fc刺激抗体对每个群体进行双重染色，针对rtigit.fc、rcd226.fc和rcd112r中每一种的结合来比较第二facs输出(f2)与亲代cd112酵母，以检测配体结合。基本上如实施例4中所述将所选输出重格式化为融合至fc分子(变体igv结构域-fc融合分子)的含有cd112的亲和性修饰的(变体)免疫球蛋白样v型(igv)结构域的免疫调节蛋白，但仅包括igv结构域并且不包括完整ecd结构域。在用于cd112输出的一些替代性方法中，使用gibson组装主混合物(newenglandbiolabs)用在任一端上含有与fc融合载体重叠40bp的区域的引物对来自所述输出的dna进行pcr扩增以实施体外重组，其随后用于热休克转化至大肠杆菌株系neb5α中。fc融合载体的示例是pfuse-higg1-fc2(invivogen，美国)。在转化后，基本上如实施例4中所述制备样品用于dna测序。然后如实施例4中所述手动组织管理所述序列，但对其进行手动组织管理使得其在igv编码区的起点处开始。如实施例4中所述对经组织管理的序列进行分批翻译和比对。使用如实施例4中所述的准则鉴别所关注克隆。表22陈述所鉴别的变体cd112亲和性修饰的分子，包括每一变体中所含的氨基酸取代。所述方法生成含有cd112的亲和性修饰的igv结构域的免疫调节蛋白，其中生成编码dna以编码如下蛋白质：信号肽，之后是变体(突变体)igv结构域，之后是三个丙氨酸(aaa)的接头，之后是含有突变n297g(关于seqidno：226中所述的野生型人类igg1fc，n82g)的人类igg1fc。人类igg1fc还含有突变r292c和v302c(对应于r77c和v87c，关于seqidno：226中所述的野生型人类igg1fc)。由于构建体不包括可与半胱氨酸形成共价键的任何抗体轻链，与seqidno：226中所述的野生型或未经修饰的fc相比，人类igg1fc还含有在位置5将半胱氨酸残基替代为丝氨酸残基(c5s)。基本上如实施例5中所述表达并纯化重组变体cd112fc融合蛋白。基本上如实施例6中所述来评价亲和性修饰的变体cd112fc融合蛋白的结合和活性，但生成表达全长人类cd226、tigit和cd112r同源结合配偶体的细胞。通过流式细胞术用cd112fc变体对细胞进行染色，并且如实施例5中所述来确定平均荧光强度(mfi)。对于生物活性表征，基本上如实施例5中所述在抗cd3共固定化测定中评价重组cd112fc变体。结合和活性研究的结果陈述于表22中。所述表格指示在关于针对相应同源结构tigit、cd226和cd112r的亲和性-成熟的筛选中选择的cd112的igv结构域中的示例性igsf结构域氨基酸取代(替代)。示例性氨基酸取代是依照对应于seqidno：286中所述未修饰序列的位置的氨基酸位置编号来命名。氨基酸位置指示于中间，相应的未修饰(例如野生型)氨基酸列示于所述编号之前，并且所鉴别的变体氨基酸取代列示于所述编号之后。第2栏陈述每一变体igv-fc融合分子的变体ecd的seqidno标识符。还显示如通过每一变体fc融合分子与经工程化以表达同源结合配偶体配体的细胞的结合的平均荧光强度(mfi)值测量的结合活性，其作为所述mfi相比于不含一个或多个氨基酸取代的相应未修饰igv-fc融合分子与相同细胞表达的同源结合配偶体的结合的比率。还基于培养上清液中ifn-γ的计算水平(pg/ml)显示变体fc融合分子调节性t细胞活性的功能活性，所述ifn-γ的计算水平是用与抗cd3共固定的所指示变体fc融合分子生成，其作为两个功能测定中每一变体cd112igv-fc产生的ifn-γ与相应未修饰cd112igv-fc相比的比率。实施例11其他亲和性修饰的igsf结构域此实施例描述其他亲和性修饰的cd80、cd155、cd112、pd-l1、pd-l2、cd86(b7-2)免疫调节蛋白的设计、产生和筛选，所述免疫调节蛋白是免疫突触(is)的其他组分，在免疫激活和抑制二者中具有已证实的双重作用。还描述nkp30变体的生成和筛选。这些实施例证实，igsf结构域的亲和性修饰产生可用于增加和降低免疫活性的蛋白质。那些结构域的各种组合与变体亲和性修饰的cd80成对融合(即，经堆叠)以形成ii型免疫调节蛋白，以实现免疫调节活性。所述实施例例示呈fc融合物形式的示例性亲和性修饰的结构域的结合和活性；预期所述亲和性修饰的结构域与如所述的可分泌免疫调节蛋白或跨膜免疫调节蛋白连接。基本上如实施例1中所述生成用于作为酵母展示文库翻译和表达的编码人类cd80、cd155、cd112、pd-l1、pd-l2、cd86(b7-2)和nkp30的igv结构域变体的突变体dna构建体。基本上如实施例1中所述构建用于以简并密码子完全或部分随机化的靶向具体残基的靶文库和/或随机文库，以鉴别cd80的igv(seqidno：578)的变体、cd112的igv(seqidno：965)、cd155(seqidno：652)、pd-l1(seqidno：1332)和pd-l2的igv(seqidno：1393)的变体。还使用类似方法生成nkp30的igc样结构域(seqidno：1566)的文库。基本上如实施例2中所述将简并或随机文库dna引入酵母中以生成酵母文库。基本上如实施例3中所述使用所述文库选择表达cd80、cd155、cd112、pd-l1、pd-l2、cd86(b7-2)和nkp30的亲和性修饰的变体的酵母。基本上如实施例3中所述加工细胞以减少非结合物并富集能结合其外源重组反结构蛋白的cd80、cd155、cd112、pd-l1或pd-l2变体。对于cd80、cd86和nkp30文库，靶配体蛋白来源于r&dsystems(美国)，如下：人类rcd28.fc(即重组cd28-fc融合蛋白)、rpdl1.fc、rctla4.fc和rb7h6.fc。基本上如实施例3中所述进行双色流式细胞术。针对较高特异性结合亲和性测定来自流式细胞术分选的酵母输出。对分选输出酵母进行扩增和重诱导，以表达其编码的特定igsf亲和性修饰的结构域变体。然后可通过流式细胞术将此群体与亲代野生型酵母株系或任何其他所选输出(例如珠粒输出酵母群体)进行比较。在针对与b7-h6的结合选择的nkp30酵母变体的情况中，在用16.6nmrb7h6.fc染色时，f2分选输出得到533的mfi值，而在用相同浓度的rb7h6.fc染色时，测得亲代nkp30株系mfi为90(改善6倍)。在所鉴别的nkp30变体中，存在关于nkp30细胞外结构域中对应于seqidno：54中所述位置的位置，含有突变l30v/a60v/s64p/s86g的变体。对于表23a-e中提供的cd155变体，选择包括两次使用所需反结构tigit和cd96的正向选择，之后进行一次使用反结构cd226的负向选择，以远离cd226选择并改进变体cd155的结合特异性。选择是基本上如上文实施例3所述来进行，但改变反结构(tigit/cd96)的浓度和正向分选的选择严格性以优化先导鉴别。用于负向选择的cd226的浓度保持在100nm。对于表24a-b中提供的其他cd112变体，选择包括两次使用所需反结构tigit和cd112r的正向选择，之后进行一次使用反结构cd226的负向选择，以远离cd226选择并改进变体cd112的结合特异性。选择是基本上如上文实施例3中所述进行，但改变反结构(tigit/cd112r)的浓度和正向分选的选择严格性以优化先导鉴别。用于负向选择的cd226的浓度保持在100nm。对于表25和表26a-b中提供的pd-l1和pd-l2变体，针对pd-1选择酵母展示靶向或随机pd-l1或pd-l2文库。此后使用外源反结构蛋白染色进行两至三轮流式细胞术分选，以富集展示改善的结合物的酵母细胞部分。可替代地，对于pd-l1，用人类rcd80.fc(即，人类重组cd80fc融合蛋白，来自r&dsystems，美国)进行选择。基本上如上文针对pd-1所述实施选择。通过流式细胞术进行的磁珠富集和选择基本上如以下文献中所述：millerk.d.等人，currentprotocolsincytometry4.7.1-4.7.30，2008年7月。对于表27a-b中提供的cd80变体，cd80文库由使用所需反结构ctla4的正向选择和使用反结构cd28的负向选择组成。将示例性选择输出重格式化为免疫调节蛋白，所述免疫调节蛋白含有cd80的亲和性修饰的(变体)igv、cd155的变体igv、cd112的变体igv、pd-l1的变体igv、pd-l2的变体igv，其各自融合至fc分子(变体igv-fc融合分子)，基本上如实施例4中所述，并且基本上如实施例5中所述表达并纯化fc融合蛋白。在一些情况下，生成fc融合蛋白，其含有：亲和性修饰的igsf结构域，之后是gsggggs接头，之后是含有依照eu编号的突变l234a、l235e、g237a、e356d和m358l的人类igg1fc(seqidno：2153)。然后基本上如实施例6中所述评价示例性igsf结构域变体与细胞表达的反结构(同源结合配偶体)的结合。基本上如实施例6中所述产生表达同源结合配偶体的细胞，并且实施结合研究和流式细胞术。另外，基本上如实施例6中所述通过混合淋巴细胞反应(mlr)或抗cd3共固定化测定来表征fc融合变体蛋白的生物活性。如上文，对于每一表格，示例性氨基酸取代是依照对应于相应未修饰ecd的氨基酸位置编号来命名(参见表1)。氨基酸位置在中间指示，相应的未经修饰(例如野生型)的氨基酸列示于编号之前，并且所鉴别的变体氨基酸取代列示(或插入，通过命名)于编号之后。还显示如通过每一变体fc融合分子与经工程化以表达同源反结构配体的细胞的结合的平均荧光强度(mfi)值测量的结合活性，以及所述mfi相比于不含一个或多个氨基酸取代的相应未修饰fc融合分子与相同细胞表达的同源反结构配体的结合的比率。还基于培养上清液中ifn-γ的计算水平(pg/ml)显示pd-l2变体fc融合分子调节性t细胞活性的功能活性，所述ifn-γ的计算水平是用所指示变体fc融合分子在mlr测定中生成。表26b还描绘在mlr测定中每一变体igv-fc产生的ifn-γ与相应未修饰igv-fc相比的比率。如所示，所述选择导致鉴别多个cd80、cd155、cd112、pd-l1和pd-l2igsf结构域变体，所述igsf结构域变体的亲和性经修饰以展现增加的对至少一种同源反结构配体、并且在一些情况下多于一种同源反结构配体的结合。另外，结果显示，变体分子的亲和性修饰也展现改进的增加和降低免疫活性的活性。*在所指示位置的终止密码子实施例12分泌的免疫调节蛋白的生成为了生成pd-l2分泌免疫调节蛋白(sip)，从integrateddnatechnologies(coralville，美国)获得作为基因块的编码示例性sip的dna，随后通过gibson组装(newenglandbiolabsgibson组装试剂盒)克隆至prrl载体的经修饰形式中(dull等人，(1998)jvirol，72(11)：8463-8471)mnd启动子的下游限制性位点之间，以移除gfp。生成示例性sip构建体以编码seqidno：1571-1573中所述的包括信号肽的蛋白质。在这个示例性实施例中，生成所述构建体以另外包括标签部分。基因块按顺序具有以下结构：在第一限制性位点之前与prrl的39个碱基对重叠部分-第一限制性位点-gccgccacc(kozak)；编码seqidno：1393中所述pd-l2igv野生型氨基酸序列或seqidno：1535(h15q、v31m、s67l、q82r、v89d)、seqidno：1547(h15q、t47a、k65r、s67l、q82r、v89d)或seqidno：1561(h15q、t47a、s67l、r76g、q82r、v89d)中所述变体pd-l2igv的完整orf，在所有情况中还包括如seqidno：1567中所述的pd-l2信号肽miflllmlslelqlhqiaa；编码如seqidno：1568(glndifeaqkiewhe)中所述avitag的dna；编码如seqidno：1569(hhhhhh)中所述his标签的dna；taa终止密码子；第二限制性位点-在第二限制性位点以外与prrl的41个碱基对重叠部分。为了制备慢病毒载体，每个100mm培养皿平铺3x106个hek293细胞。在第二天，将4.5μgp-mix(3μgpax2和1.5μgpmd2g)添加至于5ml聚丙烯管中的6μg编码sip构建体的dna。将稀释剂缓冲液(10mmhepes/150mmnaclph7.05/1ltc级h20)添加至所述管以使总体积达到500μl。向稀释剂dna(pei∶总dna4∶1)中添加42μlpei(1μg/μl)并通过涡旋混合。将混合物在室温下孵育10分钟，并通过在不扰动粘附细胞的情况下从培养皿温和地抽吸培养基来制备细胞，然后用6mlopti-mem(1x)更换。然后将dna/pei混合物添加至培养基，并在37℃下孵育24小时。在24小时后，从培养皿抽吸培养基，并用10ml新鲜dmem培养基更换，随后在37℃下孵育。在48小时后使用附接至0.45μm过滤器pes的注射器收集病毒上清液以从培养物移除细胞和碎片(thermoscientificnalgene注射过滤器)。还基本上如所述制备单独的编码抗cd19car的慢病毒载体原液(含有抗cd19scfv、衍生自cd8的铰链和跨膜结构域以及cd3ζ信号传导结构域)。所用示例性抗cd19car陈述于seqidno：2160(由seqidno：2161中所述序列编码)，其含有seqidno：1576中所述的scfv、seqidno：1574中所述的cd8衍生的铰链和跨膜结构域，以及seqidno：1575中所述的cd3ζ。用编码pd-l2sip的病毒载体转导全t细胞。使t细胞解冻并用抗cd3/抗cd28珠粒(dynal)以1∶1比率激活。将t细胞(1x106个细胞)与1ml总慢病毒载体上清液混合，所述总慢病毒载体上清液含有等体积(各自0.5ml)的编码所指示pd-l2sip的慢病毒载体上清液和编码抗cd19car的慢病毒载体上清液。作为对照，仅用编码抗cd19car的慢病毒载体转导细胞，或用模拟载体对照转导细胞。转导是在10μg/ml聚凝胺和50iu/mlil-2的存在下进行。将细胞在30℃下以2500rpm旋转沉降60min。在24小时后，将3ml加有xvivo15的培养基和il2添加至每孔。每两天向细胞进给新鲜培养基和细胞因子。还在hek-293细胞上实施转导，将其以2x105个细胞用1ml编码所指示pd-l2sip的慢病毒上清液重悬浮。向细胞添加3mldmem培养基，并且每两天向细胞进给新鲜培养基。为了评级所分泌的sip的量，进行基于细胞的测定以评价可分泌变体pd-l2与pd-1的结合。在50μl从上文经转导细胞获得的含有pd-l2sip的培养上清液的存在下，每孔平铺约100,000个pd-1+jurkat细胞，并在4℃下孵育30分钟。为了生成标准曲线，将50μl相应变体pd-l2蛋白质以10μg/ml、3μg/ml、1μg/ml、0.3μg/ml、0.1μg/ml和0μg/ml添加至pd-1+jurkat细胞，并且也在4℃下孵育30分钟。洗涤细胞并添加50μl抗his-apc(1∶50)，并将其在4℃下孵育30分钟。通过流式细胞术检测表面结合的pd-l2蛋白，并且通过与标准曲线比较来确定sip在上清液样品中的浓度。如图2a和2b中所示，在经转导t细胞和经转导hek293细胞的上清液中检测到sip蛋白，但从来自模拟经转导细胞或未经sip转导的细胞的上清液样品中未检测到所述sip蛋白。实施例13对经pd-l2sip转导的全t细胞的增殖和生物活性的评价基本上如实施例12中所述用编码pd-l2sip的病毒载体转导全t细胞。使t细胞解冻并用抗cd3/抗cd28珠粒(dynal)以1∶1比率激活。将t细胞(1x106个细胞)与1ml总慢病毒载体上清液混合，所述总慢病毒载体上清液含有等体积(各自0.5ml)的编码所指示pd-l2sip的慢病毒载体上清液和编码抗cd19car的慢病毒载体上清液。作为对照，仅用编码抗cd19car的慢病毒载体转导细胞，或用模拟载体对照转导细胞。转导是在10μg/ml聚凝胺和50iu/mlil-2的存在下进行。将细胞在30℃下以2500rpm旋转沉降60min。在24小时后，将3ml加有xvivo15的培养基和il2添加至每孔。每两天向细胞进给新鲜培养基和细胞因子。在激活后14天时，将细胞用已经慢病毒载体转导的nalm6细胞重刺激，以提供pd-l1的表达(nalm6pdl1+)。用celltracefarred标记经转导t细胞，并且在第5天通过确定显示染料稀释的细胞的比例来测量增殖。经示例性所测试变体pd-l2sip转导的t细胞的增殖研究的结果显示于图3a中。在重刺激后第5天通过elisa测量释放至上清液中的ifn-γ水平。经示例性所测试变体pd-l2sip转导的t细胞的生物活性研究的结果显示于图3b中。关于pd-l2的igv中的氨基酸取代，关于对应于seqidno：31中所述未修饰(野生型)pd-l2ecd序列的位置的位置，鉴别经pd-l2变体sip转导的t细胞。如图3a和图3b中所示，观察到增加免疫活性的增殖和改进的活性。实施类似研究，但用抗cd19car和编码sip的慢病毒载体(变体pd-l2igv或野生型(wt)pd-l2igv)共转导t细胞。在如上所述用nalm6pdl1+细胞刺激经转导t细胞后，在第3天通过确定显示染料稀释的细胞的比例来测量t细胞的增殖。如图3c中所示，与仅表达car的t细胞的增殖相比，经变体pd-l2sip工程化的细胞改进增殖，并且所述改进的增殖还大于表达野生型pd-l2sip的t细胞的增殖。实施例14分泌的免疫调节蛋白的生成和对经pd-l1sip转导的全t细胞的增殖的评价为了生成pd-l1分泌免疫调节蛋白(sip)，从integrateddnatechnologies(coralville，美国)获得作为基因块的编码示例性sip的dna，随后通过gibson组装(newenglandbiolabsgibson组装试剂盒)克隆至prrl载体的经修饰形式中(dull等人，(1998)jvirol，72(11)：8463-8471)mnd启动子的下游限制性位点之间，以移除gfp。生成示例性pd-l1sip构建体以编码seqidno：2155-2156中所述的包括信号肽的蛋白质。在这个示例性实施例中，生成所述构建体以另外包括标签部分。基因块按顺序具有以下结构：在第一限制性位点之前与prrl的39个碱基对重叠部分-第一限制性位点-gccgccacc(kozak)；编码seqidno：1332中所述pd-l1igv野生型氨基酸序列或seqidno：1326中所述变体pd-l1igv(d43g/n45d/l56q/v58a/g101g-ins(g101gg)，在所有情况中还包括如seqidno：2157中所述信号肽mgstailalllavlqgvsa)的完整orf；编码如seqidno：2154(dykddddk)中所述flag标签的dna；编码如seqidno：1569(hhhhhh)中所述his标签的dna；taa终止密码子；第二限制性位点-在第二限制性位点以外与prrl的41个碱基对重叠部分。对于比较，还评价编码野生型pd-l1的sip。为了制备慢病毒载体，每个100mm培养皿平铺3x106个hek293细胞。在第二天，将4.5μgp-mix(3μgpax2和1.5μgpmd2g)添加至于5ml聚丙烯管中的6μg编码sip构建体的dna。将稀释剂缓冲液(10mmhepes/150mmnaclph7.05/1ltc级h20)添加至所述管以使总体积达到500μl。向稀释剂dna(pei∶总dna4∶1)中添加42μlpei(1μg/μl)并通过涡旋混合。将混合物在室温下孵育10分钟，并通过在不扰动粘附细胞的情况下从培养皿温和地抽吸培养基来制备细胞，然后用6mlopti-mem(1x)更换。然后将dna/pei混合物添加至培养基，并在37℃下孵育24小时。在24小时后，从培养皿抽吸培养基，并用10ml新鲜dmem培养基更换，随后在37℃下孵育。在48小时后使用附接至0.45μm过滤器pes的注射器收集病毒上清液以从培养物移除细胞和碎片(thermoscientificnalgene注射过滤器)。还基本上如所述制备单独的编码抗cd19car的慢病毒载体原液(含有抗cd19scfv、衍生自cd8的铰链和跨膜结构域以及cd3ζ信号传导结构域)。所用示例性抗cd19car陈述于seqidno：2160(由seqidno：2161中所述序列编码)，其含有seqidno：1576中所述的scfv、seqidno：1574中所述的cd8衍生的铰链和跨膜结构域，以及seqidno：1575中所述的cd3ζ。使t细胞解冻并用抗cd3/抗cd28珠粒(dynal)以1∶1比率激活。将t细胞(1x106个细胞)与1ml总慢病毒载体上清液混合，所述总慢病毒载体上清液含有等体积(各自0.5ml)的编码所指示pd-l1sip(d43g/n45d/l56q/v58a/g101gg或野生型)的慢病毒载体上清液和编码抗cd19car的慢病毒载体上清液。作为对照，仅用编码抗cd19car的慢病毒载体转导细胞，或用模拟载体对照转导细胞。转导是在10μg/ml聚凝胺和50iu/mlil-2的存在下进行。将细胞在30℃下以2500rpm旋转沉降60min。在24小时后，将3ml加有xvivo15的培养基和il2添加至每孔。每两天向细胞进给新鲜培养基和细胞因子。在激活后14天时，将细胞用已经慢病毒载体转导的nalm6细胞重刺激，以提供pd-l1的表达(nalm6pdl1+)。用celltracefarred标记经转导t细胞，并且在第3天通过确定显示染料稀释的细胞的比例来测量增殖。经示例性所测试变体pd-l1sip转导的t细胞的增殖研究的结果显示于图5中。实施例15经转导细胞上清液中对分泌的免疫调节蛋白的检测采用基于细胞的测定来检测sip在培养上清液中的存在。用编码示例性sip的慢病毒载体转导hek-293细胞，所述示例性sip为变体pd-l1igv(d43g/n45d/l56q/v58a/g101g-ins(g101gg)，陈述于seqidno：1326中)、野生型pd-l1igv(陈述于seqidno：1332中)、变体pd-l2igv(h15q/t47a/k65r/s67l/q82r/v89d，陈述于seqidno：1547中)或野生型pd-l2igv(陈述于seqidno：1393中)，如实施例12和14中所述。在转导后4天时，收集上清液。将约50μl以1∶2、1∶4、1∶8、1∶16、1∶32、1∶64、1∶128稀释的或纯净的上清液添加至96孔圆底板中的1x105个经转导以表达pd-1的k562细胞(k562pd-1+)，并在4℃下孵育30分钟。为了生成标准曲线，将稀释至10,000pg/ml、1,000pg/ml、100pg/ml、10pg/ml、1pg/ml和0.1pg/ml的pd-l2his标签蛋白也与k562pd-1+细胞一起在4℃下孵育30分钟。洗涤细胞并添加50μl抗his-apc(1∶50)，并将其在4℃下孵育30分钟。通过流式细胞术检测表面结合的pd-l2蛋白，并且通过与标准曲线比较来确定sip在上清液样品中的浓度。如图6中所示，在细胞上清液中检测到变体pd-l1和变体pd-l2sip，而没有检测到野生型蛋白质。使用上述基于细胞的测定来评价在与抗原表达靶细胞一起培养后，pd-l2sip在t细胞上清液中的存在。将t细胞用编码抗cd19car的慢病毒载体和编码变体pd-l2(h15q/t47a/k65r/s67l/q82r/v89d，陈述于seqidno：1547中)或野生型pd-l2igv(陈述于seqidno：1393中)的慢病毒载体激活并转导，如实施例9中所述。在激活后14天时，将经转导t细胞与表达cd19的nalm6pd-l1+细胞或raji细胞一起培养。在起始t细胞培养后第3天、第6天、第9天和第12天，如上所述收集上清液并检测pd-l2的存在。在用靶抗原表达细胞刺激后，使用此测定在上清液中检测到变体pd-l2sip，但没有检测到野生型pd-l2sip。这种结果可能是由于野生型pd-l2sip不具有足够高的亲和性以结合至k562/pd-1+细胞所致。与nalm6pd-l1细胞相比，在经raji细胞刺激的t细胞上清液中以显著较高的水平检测到变体pd-l2sip，并且在用raji细胞刺激后，在此研究的整个时间过程中维持上清液中变体pd-l2sip的水平。虽然本文已显示并描述本发明的优选实施方案，但对于本领域技术人员将显而易见，此类实施方案仅以举例方式来提供。在不背离本发明的情况下，本领域技术人员现将想到多种修改、改变和取代。应理解，在本发明的实践中可采用本文所述本发明的实施方案的多种备选方案。以下权利要求旨在界定本发明的范围，并且由此涵盖这些权利要求和其等效内容的范围内的方法和结构。当前第1页12当前第1页12