用于检测多个器官的移植受体中的供体源性游离DNA的方法与流程

文档序号:35911347发布日期:2023-10-29 14:31阅读:65来源:国知局


背景技术:

1、快速检测移植物损伤和/或排斥对于多个器官的移植受体来说仍然是一个挑战,无论是同时多器官移植还是顺序移植。传统的基于活检的测试是侵入性的且成本高昂,并且可能导致移植损伤和/或排斥的晚期诊断。因此,需要一种针对多个器官的移植受体的非侵入性移植排斥测试,其比传统的基于活检的测试更灵敏、更特异。


技术实现思路

1、本发明涉及对dna进行扩增和测序的方法,该方法包括:从已接受一个或多个器官的移植的移植受体的血液、血浆、血清或尿液样品中提取游离dna,该移植包括多个器官的同时移植或顺序移植,其中经提取的游离dna包括供体源性游离dna和受体源性游离dna;使用200个至50,000个引物对在单个反应体积中的200个至50,000个靶基因座处进行靶向扩增,其中该靶基因座包括多态性基因座和非多态性基因座;通过高通量测序对扩增产物进行测序以获得测序读段,并基于该测序读段对供体源性游离dna的量和总游离dna的量进行定量;以及确定该供体源性游离dna的量或其函数是否超过指示移植排斥或移植物损伤的临界阈值。



技术特征:

1.一种对dna进行扩增和测序的方法,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述移植受体是人受试者。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其中所述移植受体已接受选自胰腺、肾、肝、心脏、肠、胸腺和子宫的多个移植器官。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述一个或多个移植器官来自相同的移植供体。

5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述一个或多个移植器官来自不同的移植供体。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所述移植受体已接受多于一个器官的同时移植。

7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所述移植受体已接受多于一个器官的顺序移植。

8.根据权利要求6所述的方法,其中所述移植受体已接受肾和胰腺的同时移植(spk)。

9.根据权利要求6所述的方法,其中所述移植受体已接受肾和肝的同时移植、肾和心脏的同时移植、肾和肺的同时移植、胰腺和肝的同时移植、或心脏和肺的同时移植。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法,其中所述临界阈值是供体源性游离dna占总游离dna的百分比。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法,其中所述临界阈值是供体源性游离dna的拷贝数或其函数。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法,其中所述临界阈值是供体源性游离dna的量的集合。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法,其中所述临界阈值是供体源性游离dna的设定浓度。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法,其中所述靶向扩增包括pcr,并且所述200个至50,000个引物对包括正向和反向pcr引物。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法,其中所述靶向扩增包括使用1,000个至10,000个引物对在单个反应体积中的1,000个至10,000个靶基因座处进行靶向扩增以获得扩增产物。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述靶基因座包含单核苷酸多态性(snp)。

17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法,其进一步包括在进行高通量测序之前将标签附着至所述扩增产物,其中所述标签包含测序兼容的衔接子。

18.根据权利要求1至17中任一项所述的方法,其进一步包括在进行靶向扩增之前将标签附着至所述经提取的游离dna,其中所述标签包含用于扩增的衔接子。

19.根据权利要求17或18所述的方法,其中所述标签包含样品特异性条形码,并且其中所述方法进一步包括在高通量测序之前汇集来自多个样品的扩增产物,并在所述高通量测序期间在单次运行中对扩增产物池一起进行测序。

20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法,其进一步包括对同一移植受体纵向重复步骤(a)至(d),以及确定所述移植受体中的所述供体源性游离dna的量或其函数的纵向变化。

21.根据权利要求20所述的方法,其进一步包括基于所述移植受体中的所述供体源性游离dna的量或其函数的所述纵向变化来调节免疫抑制疗法。

22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法,其中所述方法是在先前不了解供体基因型的情况下进行的。


技术总结
本公开提供了对DNA进行扩增和测序的方法,所述方法包括:从已接受一个或多个器官的移植的移植受体的血液、血浆、血清或尿液样品中提取游离DNA,所述移植包括多个器官的同时移植或顺序移植,其中经提取的游离DNA包括供体源性游离DNA和受体源性游离DNA;使用200个至50,000个引物对在单个反应体积中的200个至50,000个靶基因座处进行靶向扩增,其中所述靶基因座包括多态性基因座和非多态性基因座;通过高通量测序对扩增产物进行测序以获得测序读段,并基于所述测序读段对供体源性游离DNA的量和总游离DNA的量进行定量;以及确定所述供体源性游离DNA的量或其函数是否超过指示移植排斥或移植物损伤的临界阈值。

技术研发人员:Z·德姆科,E·艾哈迈德,R·斯文纳顿,P·范胡梅伦
受保护的技术使用者:纳特拉公司
技术研发日:
技术公布日:2024/1/15
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