鉴定高粱株高的方法及所用SNP标记SbPH10及其应用

本发明涉及分子生物中鉴定高粱株高的方法及所用snp标记sbph10及其应用。

背景技术：

1、株高是作物形态学调查基本指标,也是影响高粱生物产量的重要因素，一般高粱株高越高，其生物产量也越高，大多数高秆品种的产量都高于矮秆品种的产量。因此，选育含有高秆单倍型的高粱亲本系及杂交种，从而通过调控高粱株高来提高高粱生物量，可有效促进高粱产业发展。

2、利用与目标性状连锁的分子标记进行标记辅助选择是在遗传育种中十分有效的方法。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性(snp)标记具有遗传稳定、数量多、分布广且易于检测等特点，适合于数量庞大的检测分析。

3、饲草高粱、甜高粱、生物质高粱等需要选育生物量大的高粱品种，选育含有高秆等位变异的高粱品种成为提高高粱生物量的有效途径之一。研究调控高粱株高的基因，获得与株高基因紧密连锁的分子标记，对高粱株高主效基因位点进行定位和检测，有效调控高粱的株高类型，选育预期株高类型的高粱新品种，对提高高粱产量具有极其重大的意义。

技术实现思路

1、本发明解决的技术问题是鉴定或辅助鉴定高粱株高。

2、为了解决上述问题，本发明提供了鉴定或辅助鉴定高粱株高的方法。

3、所述方法包括检测待测高粱中snp1和snp2这两个snp的基因型，根据待测高粱的所述基因型鉴定或辅助鉴定高粱株高：

4、所述基因型为ttaa的高粱株高高于或候选高于所述基因型为tttt和所述基因型为cctt的高粱株高，所述基因型为tttt的高粱株高高于或候选高于所述基因型为cctt的高粱株高；所述ttaa是所述snp1的基因型为tt且所述snp2的基因型为aa两个snp组合基因型，所述基因型tttt是所述snp1的基因型为tt且所述snp2的基因型为tt的两个snp组合基因型，所述基因型cctt是所述snp1的基因型为cc且所述snp2的基因型为tt两个snp组合基因型；所述snp1的基因型为tt是序列表中seq id no.1的第2010位核苷酸为t的纯合型；所述snp1的基因型为cc是序列表中seq id no.1的第2010位核苷酸为c的纯合型；所述snp2的基因型为tt是序列表中seq id no.1的第952位核苷酸为t的纯合型；所述snp2的基因型为aa是序列表中seq id no.1的第952位核苷酸为a的纯合型；

5、所述snp1是高粱基因组的一个单核苷酸多态性位点，为序列表中seq id no.1的第2010位核苷酸，其为t或c；所述snp2是高粱基因组的一个单核苷酸多态性位点，为序列表中seq id no.1的第952位核苷酸，其为a或t。

6、作为一种实施方案，所述鉴定或辅助鉴定高粱株高方法可包括如下步骤：

7、(1)以待测高粱的基因组dna为模板，采用引物组f1和引物组f2进行kasp；

8、引物组f1可包括引物f1-a、引物f1-b和引物f1-c；所述引物组合f2可包括引物f2-a、引物f2-b和引物f2-c；

9、所述引物f1-a可为核苷酸序列是序列表中序列2的单链dna分子；

10、所述引物f1-b可为核苷酸序列是序列表中序列3的单链dna分子；

11、所述引物f1-c可为核苷酸序列是序列表中序列4的单链dna分子；

12、所述引物f2-a可为核苷酸序列是序列表中序列5的单链dna分子；

13、所述引物f2-a可为核苷酸序列是序列表中序列6的单链dna分子；

14、所述引物f2-a可为核苷酸序列是序列表中序列7的单链dna分子。

15、(2)完成步骤(1)后，进行荧光检测，确定待测高粱的所述snp1和所述snp2位点的基因型；

16、(3)根据基因型结果进行鉴定或辅助鉴定高粱株高：所述snp1和所述snp2这两个snp位点的基因型为基因型ttaa的待测高粱(如高粱自交系)的株高高于或候选高于所述基因型tttt的待测高粱株高(如高粱自交系)；所述基因型tttt的待测高粱(如高粱自交系)的株高高于或候选高于所述基因型cctt的待测高粱株高(如高粱自交系)。

17、上述方法在高粱育种中的应用。

18、为了解决上述问题，本发明还提供了下述应用。

19、所述应用为p1或p2；

20、所述p1为检测snp1和snp2这两个snp的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定高粱株高，或，制备鉴定或辅助鉴定高粱株高产品，或，高粱育种或制备高粱育种产品中的应用，所述snp1是高粱基因组的一个snp，为序列表中seq id no.1的第2010位核苷酸，其为t或c；所述snp2是高粱基因组的一个snp，为序列表中seq id no.1的第952位核苷酸，其为a或t。

21、本技术中，所述物质可为通过下述至少一种方法确定所述qgl1b.1位点的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片。其中，snp芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白dna结合反应的芯片，及基于荧光分子dna结合反应的芯片。

22、所述物质可为产品。所述检测物质可包括检测上述单核苷酸多态性的试剂、试剂盒和仪器。具体的说，为检测上述单核苷酸多态性进行核酸体外扩增所需的引物和其他试剂和仪器。

23、所述seq id no.1为sbph10的基因的基因组序列，其包括内含子序列。在实际检测过程中snp1和snp2的多态性可通过检测由snp1和snp2的多态性引起的sbph10基因转录的mrna、sbph10 mrna反转录的cdna的核苷酸多态性或sbph10蛋白质氨基酸的多态性来检测分析。

24、本技术中，所述snp1的基因型可为基因型tt或基因型cc，snp1的基因型tt是snp1为t的纯合型；snp1的基因型cc是snp1为c的纯合型合型。

25、所述snp2的基因型可为基因型aa或基因型tt，snp2的基因型aa是snp2为a的纯合型；snp2的基因型tt是snp2为t的纯合型合型。

26、以高粱基因组(btx623(v3.1)为参考基因组，snp1位于高粱自交系btx623第4号染色体上第53903434位。

27、以高粱基因组(btx623(v3.1)为参考基因组，snp2位于高粱自交系btx623第4号染色体上第53902376位。

28、为了解决上述问题，本发明还提供了鉴定或辅助鉴定高粱株高的产品。

29、所述产品含有上述检测高粱基因组snp1和snp2这两个snp的多态性或基因型的物质，所述物质为下述任一种：

30、d1)含有特异性扩增所述两个snp的体外核酸扩增引物；

31、d2)含有d1)所述体外核酸扩增引物的体外核酸扩增试剂；

32、d3)含有d1)所述体外核酸扩增引物或d2)所述体外核酸扩增试剂的试剂盒：

33、所述体外核酸扩增引物包括引物组引物组f1-1、引物组f1-2、引物组f2-1和/或引物组f2-2组；

34、所述引物组f-1为f-1-1或f-1-2：

35、f1-1-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.2的第22-50位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

36、f1-1-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.2的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

37、所述引物组f1-2为f1-2-1或f1-2-2：

38、f1-2-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.3的第22-48位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

39、f1-2-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.3的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

40、所述引物组f2-1为f2-1-1或f2-1-2：

41、f1-2-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.5的第22-51位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

42、f1-2-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.5的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

43、所述引物组f2-2为f2-2-1或f2-2-2：

44、f1-2-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.6的第22-50位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

45、f1-2-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.6的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物。

46、上述的方法、上述的应用或上述的产品中，所述高粱为高粱纯系或自交系。

47、上述的方法、上述的应用或上述的产品中，所述育种的目的包括培育或选育低株高或高株高的高粱。

48、上述的方法、上述的应用或上述的产品中或上述的应用或方法中，所述检测snp1和snp2这两个snp的多态性或基因型的物质，或所述检测单倍型的物质，为如下d1)、d2)、d3)或d4)：

49、d1)含有特异性扩增snp1和snp2位点的体外核酸扩增引物；

50、d2)含有d1)所述体外核酸扩增引物的体外核酸扩增试剂；

51、d3)含有d1)所述体外核酸扩增引物或d2)所述体外核酸扩增试剂的试剂盒；

52、d4)含有d1)所述体外核酸扩增引物、d2)所述体外核酸扩增试剂或d3)所述试剂盒的检测仪器。

53、所述体外核酸扩增技术可为聚合酶链式反应(pcr)、链替代扩增(sda)、连接酶链式反应(lcr)和依赖核酸序列的扩增(nasba)、滚环核酸扩增(rca)、环介导等温扩增(lamp)、依赖解旋酶的等温扩增技术(hda)或qβ复制技术。

54、本技术以聚合酶链式反应(pcr)为扩增手段，进行多态性检测。

55、d1)中所述特异性扩增可通过扩增产物的有无或者通过扩增产物的有无再结合探针等辅助试剂来检测snp1和snp2多态性位点的核苷酸序列。

56、上述应用、方法和产品中，所述体外核酸扩增引物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如32p；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(dig)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测。

57、所述引物f1-1组为检测snp1多态性位点为t的体外核酸扩增引物，可为f1-1-1或f1-1-2：f1-1-1由核苷酸序列是序列表中seq id no.2的第22-50位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna(名称为通用引物f1-c)组成的引物组合物；

58、f1-1-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.2的单链dna(第1-21位为fam标签序列，名称为f1-a)和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

59、所述引物f1-2组为检测snp1多态性位点为c的体外核酸扩增引物，可为f1-2-1或f1-2-2：f1-2-1由核苷酸序列是序列表中seq id no.3的第22-48位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna(名称为通用引物f1-c)组成的引物组合物；

60、f1-1-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.3的单链dna(第1-21位为fam标签序列，名称为f1-b)和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

61、所述引物f2-1组为检测snp2多态性位点为t的体外核酸扩增引物，可为f2-1-1或f2-1-2：f2-1-1由核苷酸序列是序列表中seq id no.5的第22-51位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna(名称为通用引物f2-c)组成的引物组合物；

62、f2-1-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.5的单链dna(第1-21位为fam标签序列，名称为f2-a)和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

63、所述引物f2-2组为检测snp2多态性位点为a的体外核酸扩增引物，可为f2-2-1或f2-2-2：f2-2-1由核苷酸序列是序列表中seq id no.6的第22-50位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna(名称为通用引物f2-c)组成的引物组合物；

64、f2-1-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.6的单链dna(第1-21位为fam标签序列，名称为f2-b)和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物。

65、所述snp1可为高粱自交系btx623第4号染色体上第53903434位，snp2可为高粱自交系btx623第4号染色体上第53902376位。

66、上述应用、产品及方法中，所述高粱可为纯系或高粱自交系。

67、上述应用和方法中，所述产品可为试剂或试剂盒或系统，所述系统可包括试剂或试剂盒、仪器和分析软件的组合产品，如由pcr引物、parms master mix试剂、酶标仪和在线软件snp decoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)组成的产品，由pcr引物、parms master mix试剂、在线软件snp decoder和荧光定量pcr仪组成的组合产品。所述产品可包括上述检测高粱基因组中snp1和snp2位点的多态性或基因型的物质。

68、上述述的应用或方法中，所述体外核酸扩增引物包括引物组引物组f1-1、引物组f1-2、引物组f2-1和/或引物组f2-2组：

69、所述引物组f-1为f-1-1或f-1-2：

70、f1-1-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.2的第22-50位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

71、f1-1-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.2的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

72、所述引物组f1-2为f1-2-1或f1-2-2：

73、f1-2-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.3的第22-48位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

74、f1-2-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.3的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.4的单链dna组成的引物组合物；

75、所述引物组f2-1为f2-1-1或f2-1-2：

76、f1-2-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.5的第22-51位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

77、f1-2-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.5的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

78、所述引物组f2-2为f2-2-1或f2-2-2：

79、f1-2-1、由核苷酸序列是序列表中seq id no.6的第22-50位的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物；

80、f1-2-2、由核苷酸序列是序列表中seq id no.6的单链dna和核苷酸序列是序列表中seq id no.7的单链dna组成的引物组合物。

81、为了解决上述问题，本发明还提供了高粱育种的方法。

82、所述方法包括检测高粱的基因型，选择基因型为上述ttaa的高粱作为亲本进行育种。

83、为了解决上述问题，本发明还提供了高粱育种的方法。

84、所述方法包括检测高粱的基因型，选择基因型为上述cctt的高粱作为亲本进行育种。

85、本发明提供了两种高粱育种的方法，分别为m1和m2：

86、m1、高粱育种的方法，所述方法包括检测高粱的基因型，选择基因型为所述ttaa的高粱作为亲本进行育种。

87、m1中的所述高粱育种的包括选育高株高的高粱。所述方法可包括将所述亲本与基因型为非ttaa的另一亲本进行杂交，所述高株高的高粱的株高高于所述另一亲本。

88、m2、高粱育种的方法，所述方法包括检测高粱的基因型，选择基因型为所述cctt的高粱作为亲本进行育种。

89、m2中的所述高粱育种的包括选育高株低的高粱。所述方法可包括将所述亲本与基因型为非cctt的另一亲本进行杂交，所述低株高的高粱的株高低于所述另一亲本。

90、所述植物为纯合植株。

91、所述植物育种的方法可为将所有染色体上的序列1区域的2010位核苷酸和952位核苷酸均进行替换得到纯合植株。或先将一条染色体上的序列1区域的进行替换再通过有性繁殖进行纯合筛选获得纯合植株。

92、为了解决上述问题，本发明还提供了dna分子。

93、所述dna分子的核苷酸序列是序列表中的seq id no.1、seq id no.1的923-996位、seq id no.1的924-996位、seq id no.1的1982-2067位或seq id no.1的1984-2067位。

94、植物基因组中序列1区域第2010位核苷酸为c且第952位核苷酸为t、第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为t或第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为a对应不同株高在下任一中的应用：

95、(1)调控高粱株高；

96、(2)制备调控高粱株高的产品；

97、(3)高粱育种；

98、(4)制备高粱株高育种产品；

99、(5)检测高粱株高相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；

100、(6)鉴定或辅助鉴定高粱株高的产品。

101、所述植物基因组中序列1区域的第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为a的植物株高高于或候选高于所述目的植物基因组中序列1区域的第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为t的植物，所述植物基因组中序列1区域的第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为t的植物株高高于或候选高于所述目的植物基因组中序列1区域的第2010位核苷酸为c且第952位核苷酸为t的植物。

102、所述植物为纯合植株。

103、所述高粱可为下述中的至少一种作为亲本得到的杂交后代：

104、高粱107、高粱128、高粱131、高粱132、高粱136、高粱137、高粱139、高粱154、高粱157、高粱159、高粱163、高粱164、高粱175、高粱176、高粱181、高粱183、高粱192、高粱2001、高粱2008、高粱2013、高粱2016、高粱2019、高粱2021、高粱2027、高粱2029、高粱2030、高粱2031、高粱2036、高粱2038、高粱2042、高粱2043、高粱2054、高粱2059、高粱2061、高粱2068、高粱2069、高粱206、高粱2070、高粱2075、高粱2076、高粱2082、高粱2086、高粱243、高粱252、高粱257、高粱260、高粱264、高粱279、高粱286、高粱348、高粱34、高粱351、高粱353、高粱354、高粱355、高粱359、高粱363、高粱364、高粱370、高粱374、高粱377、高粱382、高粱386、高粱395、高粱400、高粱43、高粱4、高粱51、高粱59、高粱61、高粱62、高粱64、高粱67、高粱70、高粱73、高粱8、高粱gw102、高粱gw59、高粱j100、高粱j101、高粱j136、高粱j146、高粱j150、高粱j158、高粱j159、高粱j20、高粱j27、高粱j40、高粱j44、高粱j49、高粱j50、高粱j54、高粱j57、高粱j5、高粱j67、高粱j77、高粱j81、高粱j93、高粱j97、高粱j99、高粱mhmd、高粱sl105、高粱sl129、高粱sl12、高粱sl130、高粱sl135、高粱sl136、高粱sl141、高粱sl37、高粱sl43、高粱sl47、高粱sl62、高粱tu14、高粱wsc105、高粱wsc10、高粱wsc18、高粱wsc19、高粱wsc2、高粱wsc34、高粱wsc38、高粱wsc46、高粱wsc56、高粱wsc5、高粱wsc68、高粱wsc94、高粱108、高粱122、高粱135、高粱144、高粱147、高粱14、高粱167、高粱16、高粱170、高粱174、高粱190、高粱197、高粱2002、高粱2005、高粱2007、高粱2010、高粱2012、高粱2018、高粱2023、高粱2026、高粱2037、高粱2052、高粱2062、高粱2071、高粱2081、高粱2088、高粱20、高粱24、高粱251、高粱263、高粱30、高粱31、高粱357、高粱36、高粱37、高粱392、高粱394、高粱396、高粱40、高粱41、高粱53、高粱54、高粱56、高粱5、高粱6、高粱79、高粱7、高粱80、高粱81、高粱88、高粱89、高粱91、高粱92、高粱98、高粱j130、高粱j142、高粱tu5、高粱wsc100、高粱wsc102、高粱wsc106、高粱wsc29、高粱wsc50、高粱wsc59、高粱wsc75、高粱wsc81、高粱wsc86、高粱wsc97、高粱wsc98、高粱194、高粱2065、高粱2067、高粱2074、高粱2078、高粱2080、高粱256、高粱261、高粱281、高粱346、高粱384、高粱48、高粱j25、高粱j89。

105、所述杂交后代可为f2代及其以上世代，如f2代，bc1f2等。

106、上述应用、方法和产品中，所述物质可为通过下述至少一种方法确定所述snp的多态性或基因型所需的试剂和/或试剂盒和/或仪器：体外核酸扩增、dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片。其中，snp芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白dna结合反应的芯片，及基于荧光分子dna结合反应的芯片。

107、上文所述应用及方法中，可选择高粱自交系作为亲本进行育种。

108、上文所述高粱株高具体可为高粱成熟期的株高。

109、所述育种的目的包括培育或选育低株高或高株高的高粱。

110、上述应用和方法中，所述pcr引物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如32p；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(dig)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。

111、上述应用和方法中，所述产品可为试剂或试剂盒或系统，所述系统可包括试剂或试剂盒、仪器和分析软件的组合产品，如由pcr引物、parms master mix试剂、酶标仪和在线软件snp decoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)组成的产品，由pcr引物、parms master mix试剂、在线软件snp decoder和荧光定量pcr仪组成的组合产品。所述产品可包括上述检测高粱基因组中snp1和/或snp2位点的多态性或基因型的物质。

112、有益效果

113、本发明通过对207个高粱种类分析发现鉴定高粱株高的方法及所用snp标记sbph10及其应用。该单倍型组合包括2个snp位点，分别为snp1和snp2，其中snp1对应于高粱自交系btx623第4号染色体上第53903434位(btx623(v3.1)高粱基因组序列信息)，其核苷酸为t或c，该位点位于启动子区2010位置，具体地snp1为序列1的第2010位核苷酸，其为t或c。snp2对应于高粱自交系btx623第4号染色体上第53902376位，其核苷酸为t或a，该位点位于启动子区952位置，具体地snp2为序列1的第952位核苷酸，其为t或a。

114、单倍型sbph10-hap2(ta)所对应的纯合基因型高粱的株高显著高于单倍型sbph1o-hap1(tt)和单倍型sbph10-hap3(ct)所对应的纯合基因型高粱株高，单倍型sbph1o-hap1(tt)所对应的纯合基因型高粱显著高于单倍型sbph10-hap3(ct)所对应的纯合基因型高粱。单倍型sbph10-hap2(ta)对应的纯合基因型高粱的基因型是ttaa，基因型ttaa是snp1基因型为tt且snp2基因型为aa的两个snp组合基因型；单倍型sbph10-hap1(tt)对应的纯合基因型高粱的基因型是tttt，基因型tttt是snp1基因型为tt且snp2基因型为tt的两个snp组合基因型；单倍型sbph10-hap3(ct)对应的纯合基因型高粱的基因型是cctt，基因型cctt是snp1基因型为cc且snp2基因型为tt的两个snp组合基因型；snp1基因型为tt且snp2基因型为aa是序列1第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为a的纯合型，snp1基因型为tt且snp2基因型为tt是序列1第2010位核苷酸为t且第952位核苷酸为t的纯合型，snp1基因型为cc且snp2基因型为tt是序列1第2010位核苷酸为c且第952位核苷酸为t的纯合型。

115、并根据上述snp设计了kasp检测引物：特异性引物f1-a(seq id no.2)：5’-gaaggtgaccaagttcatgctttaacgaatggatatgccaaatttgtttt-3’特异性引物f1-b(seq id no.3)：5’-gaaggtcggagtcaacggattaacgaatggatatgccaaatttgtttc-3’通用引物f1-c(seq idno.4)：5’-tagtaattgggacggaccgcaagtt-3’鉴定snp2位点多态性的引物组f2如下：特异性引物f2-a(seq id no.5)：5’-gaaggtgaccaagttcatgctttaaacaaacaaaacaaaagagttgctgat-3’特异性引物f2-b(seq id no.6)：5’-gaaggtcggagtcaacggatttaaacaaacaaaacaaaagagttgctgaa-3’通用引物f2-c(seq id no.7):5’-gaactaaacaaggtcttagtctatgtcttt-3’

116、上述序列seq id no.2与seq id no.4所示的单链dna分子扩增序列表seq idno.1中snp1位点为t的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到模板中与fam序列结合的荧光基团的荧光信号；上述序列seq id no.3与seq id no.4所示的单链dna分子扩增序列表seq idno.1中snp1位点为c的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到模板中与hex序列结合的荧光基团的荧光信号。上述序列seq id no.5与seq id no.7所示的单链dna分子扩增序列表seq id no.1中snp2位点为t的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到模板中与fam序列结合的荧光基团的荧光信号；上述序列seq id no.6与seq id no.7所示的单链dna分子扩增序列表seq id no.1中snp2位点为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到模板中与hex序列结合的荧光基团的荧光信号。