一种鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性的方法及其应用

本发明涉及生物，具体涉及一种鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性的方法及其应用。

背景技术：

1、温度是影响植物生存和生长发育的基本环境因子之一，是严重限制植物分布区域及影响生物产量的重要因素。低温导致水果产量下降、品质变劣，严重时甚至导致植株死亡，损失严重。

2、葡萄是我国重要的经济作物，一般在平均极端最低温度低于-15℃，就有可能发生不同程度的冻害，严重制约了葡萄产业的发展。所以冻害是限制葡萄生产的重要因素之一，冻害发生后需要一年多才能恢复，从而使生产者损失严重。因此鉴定葡萄的抗寒性对于葡萄的抗寒性评价，选育抗寒品种具有重要的现实意义，同时可为葡萄抗寒栽培措施的制定提供理论依据。

技术实现思路

1、本发明要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性、筛选或辅助筛选抗寒葡萄品种。

2、为了解决上述技术问题，本发明首先提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质的新用途。

3、本发明提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性中的应用。

4、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性的产品中的应用。

5、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在筛选或辅助筛选抗寒葡萄品种中的应用。

6、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在制备筛选或辅助筛选抗寒葡萄品种的产品中的应用。

7、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在葡萄品种改良中的应用。

8、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在制备葡萄品种改良的产品中的应用。

9、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在葡萄育种中的应用。

10、本发明还提供了检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质在制备葡萄育种的产品中的应用。

11、上述任一所述应用中，所述检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质可为通过下述至少一种方法确定葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸所示的snp位点的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片。其中，snp芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白dna结合反应的芯片，及基于荧光分子dna结合反应的芯片。

12、进一步的，所述检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质可为如下c1)-c4)任一种：

13、c1)含有扩增包括葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸所示的snp位点在内的葡萄基因组dna片段的引物对；

14、c2)含有所述引物对的pcr试剂；

15、c3)含有c1)所述引物对或c2)所述pcr试剂的试剂盒；

16、c4)含有c1)所述引物对或c2)所述pcr试剂的芯片。

17、再进一步的，所述引物对可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如32p；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(dig)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。

18、更进一步的，所述引物对由序列表中序列2所示的单链dna和序列表中序列3所示的单链dna组成。

19、为了解决上述技术问题，本发明还提供了如下a1)-a3)任一种方法：

20、a1)一种鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性的方法，包括如下步骤：检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸的基因型是g/g还是a/g，根据所述基因型确定葡萄的抗寒性：a/g基因型的葡萄的抗寒性高于或候选高于g/g基因型的葡萄；

21、a2)一种筛选或辅助筛选抗寒葡萄品种的方法，包括选择a/g基因型的葡萄品种的步骤；

22、a3)一种葡萄品种改良的方法，包括将按照a2)所述方法筛选得到的抗寒葡萄品种作为育种材料进行育种的步骤；

23、所述g/g基因型为葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸均为g的纯合体；

24、所述a/g基因型为葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸为a和g的杂合体。

25、上述任一所述方法，所述a/g基因型的葡萄的抗寒性高于或候选高于g/g基因型的葡萄具体体现为所述a/g基因型的葡萄的冰点值(lte值)低于所述g/g基因型的葡萄。

26、上述任一所述方法在葡萄育种中的应用也属于本发明的保护范围。

27、上述任一所述方法中，所述检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸的基因型是g/g还是a/g可通过上述任一所述的检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质实现。

28、为了解决上述技术问题，本发明最后还提供了具有如下b1)-b4)中至少一种功能的产品，其包括上述任一所述的检测葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸基因型的物质；

29、b1)鉴定或辅助鉴定葡萄抗寒性；

30、b2)筛选或辅助筛选抗寒葡萄品种；

31、b3)葡萄品种改良；

32、b4)葡萄育种。

33、上述葡萄基因组中第3号染色体上第2,746,835位脱氧核糖核苷酸所示的snp位点在定位与葡萄抗寒紧密连锁的基因中的应用也属于本发明的保护范围。

34、上述任一所述应用或产品或方法中，所述葡萄基因组的参考版本号为pn4002412x.v2。

35、上述任一所述应用或产品或方法中，所述葡萄可为本技术领域常见的任一种葡萄种质资源、品种、品系或单株。所述种质资源具体可为北红、es.7-11-49、北馨、北红、新北醇、克瑞森无核、京紫晶、长野紫、佳丽酿或美人指。所述单株具体可为以北红为母本，以es.7-11-49为父本进行杂交得到的f1代。

36、本发明具有如下优点：

37、1、本发明利用基于葡萄200k芯片的gwas的分析，鉴定到了一个与葡萄抗寒性相关的snp位点，该位点可以用于葡萄抗寒材料的分子标记辅助育种，为葡萄的分子标记育种奠定了基础。且由于分子标记在辅助育种体系中具有简便、快速、高通量的优势，因而本发明所提供的snp位点在抗寒葡萄品种培育中具有较好的应用价值。

38、2、由于分子标记对于最终功能基因定位具有十分重要意义，鉴定该基因的结构有助于帮助理解该基因的进化与生物学功能，因而使得本技术具有十分重要的应用价值，对于葡萄新品种培育也具有十分重要的保护意义。