一种与油茶种仁含油率相关的SNP分子标记及其应用

本发明涉及生物，属于油茶分子生物学及遗传育种，一种油茶亚油酸含量筛选的多态性位点分子标记，同时还涉及该分子标记在油茶高品质育种中的应用。

背景技术：

1、油茶（camellia oleifera abel.）是我国最主要的经济树种之一，与油棕、油橄榄和椰子并称为世界四大木本食用油料树种。据初步统计，截至2011年，全国已选育出的油茶新品种共有365个，其中通过国家审定的油茶良种有73个，省级油茶良种292个。品种繁多、良莠不齐，优良品种经过长期嫁接繁殖逐步退化等问题给油茶产业的发展带来了严重的消极影响。因此，不断优中选优，继续培育丰产、稳定的优良新品种，对生产实践具有重要的意义。长期以来，我国油茶育种技术落后，进展缓慢，如何开发新的油茶高效育种技术，加快油茶良种选育的进程，培育高产、优质以及抗病虫害的优良品种，成为油茶产业发展的核心问题。

2、油茶籽油具有很大的药用价值。明代医药学家李时珍在《本草纲目》中记载：“茶籽，苦寒香毒，主治喘急咳嗽，去痰垢”。《纲目拾遗》中记载；“茶油可润肠祛毒”；《农政全书》中巧载： “茶油可以疗痔疮，退湿热”。因油茶巧油营养成分既可内服又可外用，被《纲目拾遗》收录为药用油。油茶籽油也是一种优质保健食用油，其应用空间极为广阔，享有“长寿油”、“美容油”、“油中之王”等美誉。刘海燕等在2015年对贵州铜仁油茶农家品种和优良无性系的研究中发现，供试的5个品种不饱和脂肪酸含量均在90%以上，油酸含量均在80%以上，其中，‘xlc15’和‘xlj2’和采种较早的农家品种的种仁含油率均达到50%以上；周莉君等在2017年四川省境内12株野生油茶的调查和研究中发现，不同油茶的产量和种仁含油率存在差异，种仁含油率为37.04%-45.06%；而孟婷等在玉屏38个油茶优良无性系种仁含油率研究中发现，这些品种种仁含油率普遍在40%以上，最高可达56%；何之龙等2020年对湖南省主要油茶种质资源进行了遗传多样性调查，结果显示油茶种仁含油率平均为44.54%，最高达57.58%，变异系数为14.63%，遗传变异丰富。油茶种仁的油脂合成是一个复杂的合成代谢过程，油茶种仁的含油率和油脂品质与其本身具有的优良基因有关。总体来看，油茶种籽中种仁含油率在35%-60%之间，不同品系油茶之间的种仁含油率存在一定的差异，因此选育种仁含油率高的油茶优良品系对于高产油油茶品种的选育十分必要，但是传统的含油率检测需要在苗木生长至成林，产量品质相对稳定后进行，难以做到在苗木幼林阶段进行早期的高效鉴别。

3、目前，分子标记辅助选择已被广泛应用于油茶育种，常用的辅助育种分子标记分为rflp、rapd、ssr、aflp、caps或dcaps，这些标记的使用需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，检测过程中使用的核酸染料会对环境造成污染，并且产物有时会发生非特异性扩增，人为无法做出准确的判断，导致检测效率降低。

技术实现思路

1、本发明旨在克服现有技术的不足，提供一种与油茶种仁含油率相关的snp分子标记及其应用。

2、为了达到上述目的，本发明提供的技术方案为：

3、所述与油茶种仁含油率相关的snp分子标记是油茶基因组中的cas900043位点。

4、油茶基因组中的cas900043位点可以作为snp分子标记应用于检测油茶种仁含油率。

5、油茶基因组中的cas900043位点还可以作为snp分子标记用于制备检测油茶种仁含油率的试剂盒。

6、优选地，所述试剂盒中含有根据油茶基因组中cas900043位点前后50bp侧翼序列设计的引物，包括2条特异性引物和1条通用引物，所述2条特异性引物的5’端分别连接kasp反应试剂特定的荧光序列。

7、更优选地，所述特异性引物为：

8、primer x：

9、5’- gaaggtgaccaagttcatgctttgggtgataacgttcatggagtac -3’（seq id no.1）；

10、primer y：

11、5’- gaaggtcggagtcaacggattttgggtgataacgttcatggagtag -3’ （seq id no.2）；

12、primer c：

13、5’- caaagaagctatgggatatcgtagga -3’ （seq id no.3）。

14、上述的试剂盒可以单独开发成产品。

15、另外，本发明所述油茶基因组中的cas900043位点还可以作为分子标记用于油茶高品质育种。

16、下面对本发明作进一步说明：

17、本发明在对201份油茶种质资源进行基因组重测序的基础上，结合全基因组snp基因型和油茶种质资源种仁含油率数据进行了全基因组关联分析（gwas），定位到与油茶种仁含油率相关联的snp位点cas900043。提取油茶基因组中该snp位点前后50bp侧翼序列，利用batchprimer3引物设计软件进行引物设计。为测试该snp标记的可行性，我们选取40份油茶种质资源进行标记检测验证。经验证，标记cas900043分型结果完全符合预期。本发明的与油茶种仁含油率相关的snp标记cas900043可用于油茶种质材料的种仁含油率的早期检测和筛选。。

18、本发明提供了一个与油茶种仁含油率极显著关联的分子标记，结合kasp检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的进行油茶种仁含油率早期鉴别，加快品种选育进程。

1.一种与油茶种仁含油率相关的snp分子标记，其特征在于，所述与油茶种仁含油率相关的snp分子标记是油茶基因组中的cas900043位点。

2.油茶基因组中的cas900043位点作为snp分子标记在检测油茶种仁含油率中的应用。

3.油茶基因组中的cas900043位点作为snp分子标记在制备检测油茶种仁含油率试剂盒中的应用。

4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂盒中含有根据油茶基因组中cas900043位点前后50bp侧翼序列设计的引物，包括2条特异性引物和1条通用引物，所述2条特异性引物的5’端分别连接kasp反应试剂特定的荧光序列。

5.如权利要求4所述的应用，其特征在于，所述特异性引物为：

6.一种检测油茶种仁含油率的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中含有根据油茶基因组中cas900043位点前后50bp侧翼序列设计的引物，包括2条特异性引物和1条通用引物，所述2条特异性引物的5’端分别连接kasp反应试剂特定的荧光序列。

7.如权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述特异性引物为：

8.油茶基因组中的cas900043位点作为分子标记在油茶高品质育种中的应用。