一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用

本发明属于分子标记，尤其涉及一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用。

背景技术：

1、印度南瓜属于葫芦科（cucurbitaceae）南瓜属（ cucurbita）一年生蔓生草本植物，在世界范围内被广泛种植，是我国重要的瓜类作物之一。南瓜属作物生长势强，经常会产生侧枝，南瓜属植物的侧枝性状主要体现在主蔓（主茎）各节位侧枝数上，按照主蔓上的侧枝数可分为多侧枝、少侧枝和无侧枝。过多的侧枝不仅改变植株营养分配状态，增加田间整枝劳动量，在一定程度上会降低主蔓的座果率，同时，较多较长的侧枝还会增加枝条密度，导致通风不良，极易发生病害。少或无侧枝类型是南瓜育种的主要目标，少或无侧枝南瓜适于密植栽培，减少田间整枝劳动力，可提高单位面积产量。在黄瓜、西瓜和甜瓜等葫芦科作物中，相继报道了少侧枝或无侧枝等相关的紧密连锁标记和图位克隆基因，但印度南瓜（ cucurbita maxima）的育种起步晚，与侧枝标记开发与定位等相关的报道较少。因此，进行印度南瓜侧枝数量相关紧密连锁标记的开发适合于密植栽培和简约化栽培的要求，且对于构建分子辅助选择育种体系、种质资源的改良、新品种选育等具有重要的意义。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用。

2、为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

3、本发明提供了一种与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记为indel258或indel266，

4、所述分子标记位于印度南瓜第1号染色体上。

5、优选的，所述与印度南瓜侧枝数量相关的基因为 cmalb1.1基因。

6、本发明还提供了扩增所述的分子标记的引物对，扩增分子标记indel258的引物对如seq id no:13和seq id no:14所示；扩增分子标记indel266的引物对如seq id no:15和seq id no:16所示。

7、本发明还提供了一种印度南瓜侧枝数量性状的鉴定方法，包括如下步骤：

8、1）待测印度南瓜基因组dna的提取；

9、2）以步骤1）中所提取基因组dna为模板，利用所述的分子标记的引物对进行pcr扩增，对pcr扩增产物进行电泳检测和/或测序；

10、3）根据步骤2）的电泳条带和/或测序结果进行判定。

11、优选的，步骤3）中所述判定的标准为：

12、对于分子标记indel258，pcr扩增得到seq id no.29所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；pcr扩增得到seq id no.30所示的条带或者既得到seq id no.29所示的条带又得到seq id no.30所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；

13、所述seq id no.29所示的条带的长度为233bp；

14、所述seq id no.30所示的条带的长度为213bp；

15、对于分子标记indel266，pcr扩增得到seq id no.31所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；pcr扩增得到seq id no.32所示的条带或者既得到seq id no.31所示的条带又得到seq id no.32所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；

16、所述seq id no.31所示的条带的长度为212bp；

17、所述seq id no.31所示的条带的长度为202bp。

18、本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在印度南瓜育种中的应用。

19、本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在鉴定或辅助鉴定印度南瓜主蔓侧枝数量性状中的应用。

20、本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在定位控制印度南瓜侧枝数量的相关基因中的应用。

21、本发明还提供了一种用于鉴定印度南瓜侧枝数量的试剂盒，包括所述的引物对中任意一对或两对。

22、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

23、（1）本发明获得了两个与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记indel258或indel266，标记indel258和基因的遗传距离为0.9 cm，标记indel266和基因的遗传距离为0.4 cm，利用这一结果，可为最终实现与印度南瓜侧枝数量相关基因 cmalb1.1的克隆奠定基础，进而为揭示侧枝形成的调控机制提供新的基因资源和理论依据，有利于南瓜侧枝性状的精准育种。

24、（2）以标记indel258和indel266进行性状准确度的鉴定，f2群体509株中基因型和表型的吻合度为89.55％，有利于实现精准育种。

25、（3）使用与侧枝数量（多/少）性状紧密连锁的分子标记在苗期进行筛选，有助于加速育种效率，节省成本。

26、（4）本发明的侧枝数量（多/少）性状紧密连锁的分子标记具有易于检测、扩增产物稳定、特异性高的特点，可简便、快速地应用于印度南瓜育种实践及品种鉴定。

技术特征：

1.一种与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记为indel258或indel266，

2.根据权利要求1所述的与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述与印度南瓜侧枝数量相关的基因为cmalb1.1基因。

3.扩增权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，扩增分子标记indel258的引物对如seq id no:13和seq id no:14所示；扩增分子标记indel266的引物对如seq id no:15和seq id no:16所示。

4.一种印度南瓜侧枝数量性状的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤3）中所述判定的标准为：

6.权利要求1或2所述的分子标记或权利要求3所述的引物对在印度南瓜育种中的应用。

7.权利要求1或2所述的分子标记或权利要求3所述的引物对在鉴定或辅助鉴定印度南瓜主蔓侧枝数量性状中的应用。

8.权利要求1或2所述的分子标记或权利要求3所述的引物对在定位控制印度南瓜侧枝数量的相关基因中的应用。

9.一种用于鉴定印度南瓜侧枝数量的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的引物对中任意一对或两对。

技术总结
本发明提供了一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用，属于分子标记技术领域。本发明与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记InDel258和/或InDel266位于印度南瓜第1号染色体上，并提供了扩增分子标记InDel258和InDel266的引物对。本发明以标记InDel258和Indel266进行性状准确度的鉴定，F<subgt;2</subgt;群体509株中基因型和表型的吻合度为89.55％，有利于实现精准育种。本发明的侧枝数量（多/少）性状紧密连锁的分子标记具有易于检测、扩增产物稳定、特异性高的特点，可简便、快速地应用于印度南瓜育种实践及品种鉴定。

技术研发人员：屈淑平,王超杰,王云莉,徐文龙
受保护的技术使用者：东北农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/2/6