一种与控制美洲南瓜无壳基因相关的分子标记及其应用

本发明涉及分子标记，尤其涉及一种与控制美洲南瓜无壳基因相关的分子标记及其应用。

背景技术：

1、美洲南瓜（ cucurbita pepo）属于葫芦科（cucurbitaceae）南瓜属（ cucurbita）一年生蔓性草本植物，起源于南美洲，种质资源丰富，具有很高的营养价值、药用价值和栽培价值，种植广泛。南瓜种子中不仅含有大量的脂肪、不饱和脂肪酸以及蛋白质，而且还含有人体必需8种氨基酸、丰富的矿物质和维生素，对人体十分有益。无壳南瓜作为籽用南瓜重要的商品性状，因其种皮退化，种仁裸露，出仁率高，可以直接加工或食用，已经成为具有独特性状的籽用南瓜资源，在生产中大面积种植，具有较高的经济价值。

2、研究美洲南瓜无壳性状有利于创制满足市场需求的籽用南瓜新品种提供基因资源与理论基础。因此，对于葫芦科作物来说，美洲南瓜种皮的有无一直是育种家和种植者在育种以及栽培过程中的重点关注性状。目前，有关美洲南瓜无壳基因定位及相关分子标记开发的研究较少。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与控制美洲南瓜无壳基因相关的分子标记及其应用。本发明的分子标记与控制美洲南瓜无壳基因 cpnac43紧密连锁，可以在植株苗期对其基因型进行直接选择，加快育种的进程，并为解析南瓜种皮形成的调控机制提供新的基因资源和理论依据，有利于美洲南瓜无壳种子的精准育种。

2、为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

3、本发明提供了一种与控制美洲南瓜无壳基因 cpnac43紧密连锁的分子标记，所述分子标记为 cpnac43-01，所述 cpnac43-01由dna片段1和dna片段2组成；

4、所述dna片段1的核苷酸序列如seq id no.1所示；

5、所述dna片段2的核苷酸序列如seq id no.2所示。

6、优选的，所述dna片段1与无壳基因 cpnac43连锁，所述dna片段2与有壳基因 cpnac43连锁。

7、本发明还提供了一种上述分子标记在检测美洲南瓜籽壳有无中的应用。

8、本发明还提供了一种用于检测上述分子标记的引物对，所述引物对包括上游引物和下游引物；

9、所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示；

10、所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。

11、本发明还提供了一种上述引物对在检测美洲南瓜籽壳有无中的应用。

12、本发明还提供了一种上述引物对在扩增上述分子标记中的应用。

13、本发明还提供了一种利用上述引物对扩增上述分子标记的方法，所述方法包括如下扩增程序：92~96℃ 3.5~4.5 min；92~96℃ 28~32 s；62~66℃ 28~32 s；70~74℃ 38~42s，33~37个循环；70~74℃ 4.5~5.5 min，降温至2~6℃。

14、本发明还提供了一种利用上述引物对检测上述分子标记的方法，所述方法包括如下步骤：

15、（1）提取待测美洲南瓜材料的全基因组dna；

16、（2）利用上述引物对进行pcr扩增；

17、（3）观察扩增的结果，具有有壳表型的单株通过pcr扩增产生227 bp单一特征条带；具有无壳表型的纯合单株产生241 bp的单一特征条带；具有有壳表型但该位点为杂合基因型时，pcr扩增获得227 bp和241 bp的两条特征条带。

18、本发明提供了一种与控制美洲南瓜无壳基因相关的分子标记及其应用。所述分子标记为 cpnac43-01，所述 cpnac43-01由dna片段1和dna片段2组成；所述dna片段1与无壳基因 cpnac43连锁，所述dna片段2与有壳基因 cpnac43连锁。

19、本发明具有如下的有益效果：

20、本发明的分子标记与控制美洲南瓜无壳基因紧密连锁，可以在植株苗期对其基因型进行直接选择，加快育种的进程，并为解析南瓜种皮性状的调控机制提供新的基因资源和理论依据，有利于南瓜无壳种子的精准育种。

技术特征：

1.一种与控制美洲南瓜无壳基因cpnac43紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记为cpnac43-01，所述cpnac43-01由dna片段1和dna片段2组成；

2.一种权利要求1所述分子标记在检测美洲南瓜籽壳有无中的应用。

3.一种用于检测权利要求1所述分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括上游引物和下游引物；

4.一种权利要求3所述引物对在检测美洲南瓜籽壳有无中的应用。

5.一种权利要求3所述引物对在扩增权利要求1所述分子标记中的应用。

6.一种利用权利要求3所述引物对扩增权利要求1所述分子标记的方法，其特征在于，所述方法包括如下扩增程序：92~96℃ 3.5~4.5 min；92~96℃ 28~32 s；62~66℃ 28~32 s；70~74℃ 38~42 s，33~37个循环；70~74℃ 4.5~5.5 min，降温至2~6℃。

7.一种利用权利要求3所述引物对检测权利要求1所述分子标记的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

技术总结
本发明提供了一种与控制美洲南瓜无壳基因相关的分子标记及其应用，属于分子标记技术领域。本发明中与控制美洲南瓜无壳基因Cpnac43紧密连锁的分子标记为Cpnac43‑01，所述Cpnac43‑01由DNA片段1和DNA片段2组成；所述DNA片段1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述DNA片段2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明的分子标记与控制美洲南瓜无壳基因Cpnac43紧密连锁，可以在植株苗期对其基因型进行直接选择，加快育种的进程，并为解析南瓜种皮形成的调控机制提供新的基因资源和理论依据，有利于美洲南瓜无壳种子的精准育种。

技术研发人员：屈淑平,王超杰,张珂,王云莉,徐文龙
受保护的技术使用者：东北农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/2/6