一种影响猪脂肪沉积性状的snp及其应用_2

文档序号:8247188阅读:来源:国知局
织中的脂肪沉积量,增加后腿重, 减少眼肌面积,以及减少瘦肉率中的至少一种;优选在所述种猪核心群中选择在所述第 104772205位点为CC基因型的种猪个体,淘汰在该位点为TT和TC基因型的种猪个体,以逐 代提高该位点的等位基因 C的频率,从而使后代猪获得相应的性状,所述性状包括增加皮 下组织中的脂肪沉积量,增加后腿重,减少眼肌面积,以及减少瘦肉率中的至少一种;特别 优选在所述种猪核心群中选择公猪个体,且所述公猪个体在所述第104772205位点为CC基 因型,以逐代提高该位点的等位基因 C的频率,从而使后代猪获得相应的性状,所述性状包 括增加皮下组织中的脂肪沉积量,增加后腿重,减少眼肌面积,以及减少瘦肉率中的至少一 种。大量的科学研宄显示,猪的眼肌面积与猪的瘦肉率具有非常强的正相关性,也就是说, 当猪的眼肌面积减少时,猪的瘦肉率也会同时减少;当猪的眼肌面积增加时,猪的瘦肉率也 会同时增加。
[0017] 在所述种猪核心群中选择在所述第104772205位点为TT和TC基因型的种猪个 体,淘汰在该位点为CC基因型的种猪个体,以逐代提高该位点的等位基因 T的频率,从 而使后代猪获得相应的性状,所述性状包括降低皮下组织中的脂肪沉积量,降低后腿重, 增加眼肌面积,以及增加瘦肉率中的至少一种;优选在所述种猪核心群中选择在所述第 104772205位点为TT基因型的种猪个体,淘汰在该位点为CC和TC基因型的种猪个体,以逐 代提高该位点的等位基因 T的频率,从而使后代猪获得相应的性状,所述性状包括降低皮 下组织中的脂肪沉积量,降低后腿重,增加眼肌面积,以及增加瘦肉率中的至少一种;特别 优选在所述种猪核心群中选择公猪个体,且所述公猪个体在所述第104772205位点为TT基 因型,以逐代提高该位点的等位基因 T的频率,从而使后代猪获得相应的性状,所述性状包 括降低皮下组织中的脂肪沉积量,降低后腿重,增加眼肌面积,以及增加瘦肉率中的至少一 种。
[0018] 在所述种猪核心群中选择在所述第104772170位点为C,在第104772205位点 为C的单倍型的种猪个体,和在所述第104772170位点为T,在第104772205位点为C的 单倍型的种猪个体,淘汰在所述第104772170位点为T,在第104772205位点为T的单倍 型的种猪个体,以增加后代猪的肌内的脂肪沉积量;优选在所述种猪核心群中选择在所 述第104772170位点为C,在第104772205位点为C的单倍型的种猪个体,淘汰在所述第 104772170位点为Τ,在第104772205位点为C的单倍型的种猪个体,和在所述第104772170 位点为Τ,在第104772205位点为T的单倍型的种猪个体,以增加后代猪的肌内的脂肪沉积 量;特别优选在所述种猪核心群中选择公猪个体,且所述公猪个体为在所述第104772170 位点是C,在第104772205位点是C的单倍型,以增加后代猪的肌内的脂肪沉积量。
[0019] 在所述种猪核心群中选择在所述第104772170位点为Τ,在第104772205位点 为T的单倍型的种猪个体,和在所述第104772170位点为Τ,在第104772205位点为C的 单倍型的种猪个体,淘汰在所述第104772170位点为C,在第104772205位点为C的单倍 型的种猪个体,以降低后代猪的皮下组织中的脂肪沉积量;优选在所述种猪核心群中选 择在所述第104772170位点为Τ,在第104772205位点为T的单倍型的种猪个体,淘汰在 所述第104772170位点为Τ,在第104772205位点为C的单倍型的种猪个体,和在所述第 104772170位点为C,在第104772205位点为C的单倍型的种猪个体,以降低后代猪的皮下 组织中的脂肪沉积量;特别优选所述种猪核心群中选择公猪个体,且所述公猪个体为在所 述第104772170位点是Τ,在第104772205位点是T的单倍型,以降低后代猪的皮下组织中 的脂肪沉积量。
[0020] 在本发明中,由于所述SNP标记位于猪的X染色体上,因而,它们影响猪的相关性 状的作用方式与位于常染色体上的SNP标记的作用方式存在一定的差异。例如,本领域的 技术人员周知,对于公猪和母猪来说,其具有的X染色体的数目是不一样的,在公猪中仅存 在一条X染色体,因此,在公猪中,当提及所述SNP标记在第104772170位点为TT基因型 时,其采用了 SNP标记位点位于常染色体时的表述方式,实际上所述SNP标记也可以表述为 T基因型,但是,后者的表述方式并不常见。而母猪中存在两条X染色体,即便如此,这两条 X染色体也不同于常染色体那样均处于活性状态,而是其中的一条X染色体被随机的灭活, 这样,虽然基因型在表述上与SNP标记位点位于常染色体时的表述方式相同,但其含义却 有不同之处,即在母猪中,仅有一条有活性的X染色体,而另一条灭活的X染色体对于该母 猪的表型不起作用。虽然灭活的X染色体对该母猪的表型不起作用,但是存在于所述灭活 的X染色体上的基因型会对该母猪产生的后代的基因型有着重要的影响。
[0021] 此外,常用的检测SNP的方法有:1)基于杂交方法,其至少分为a)利用ATn^tb) 杂交加荧光探针的方法;2)基于酶的方法,其至少分为a)DNA聚合酶法,例如利用DNA聚合 酶进行PCR扩增,b)连接酶法,c)限制性内切酶法,d)外切酶FEN法,e) RNase H法;3)电 泳法,其至少分为SSCP单链构象多态性和DGGE/TGGE变性梯度凝胶电泳;4)直接测序法。
[0022] 在一个具体的实施方式中,利用分析所述种猪的核酸序列来确定所述种猪的所述 的SNP标记,其中所述核酸序列选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一种。其中, 分析所述种猪的核酸序列的具体的方法包括PCR-RFLP和PCR-测序以及如上所述的检测 SNP的方法中的至少一种。
[0023] 在一个具体的实施方式中,所述核酸序列选自DNA序列,所述DNA序列位于猪的X 号染色体上。例如,所述核酸序列可以选自SEQ ID NO: 1。和/或,所述核酸序列选自cDNA 序列,例如选自SEQ ID N0:2。和/或,所述核酸序列选自RNA序列,例如选自SEQ ID N0:3。
[0024] 本发明之四提供了一种确定猪的脂肪沉积能力的方法,所述方法包括:确定猪的 所述的SNP标记,并根据所述SNP标记确定猪的脂肪沉积能力:
[0025] 在所述第104772170位点的基因型为TT型时,所述猪的脂肪沉积能力低于该位点 为CC或TC基因型的猪的脂肪沉积能力;优选所述脂肪沉积能力为肌内脂肪沉积能力;特 别优选所述猪为公猪,且所述脂肪沉积能力为肌内脂肪沉积能力;
[0026] 在所述第104772205位点的基因型为TT型时,所述猪的脂肪沉积能力和后腿重低 于该位点为CC或TC基因型的猪的脂肪沉积能力,所述猪的眼肌面积高于该位点为CC或TC 基因型的猪的眼肌面积;优选所述脂肪沉积能力为皮下组织中的脂肪沉积能力;特别优选 所述猪为公猪,且所述脂肪沉积能力为皮下组织中的脂肪沉积能力;
[0027] 在所述第104772170位点为T,在第104772205位点为T的单倍型时,所述猪的脂 肪沉积能力低于在所述第104772170位点为T,在第104772205位点为C的单倍型的猪的脂 肪沉积能力,或在所述第104772170位点为C,在第104772205位点为C的单倍型的猪的脂 肪沉积能力;优选所述脂肪沉积能力为皮下脂肪沉积能力;特别优选所述猪为公猪,且所 述脂肪沉积能力为皮下脂肪沉积能力。
[0028] 本发明之五提供了一种根据所述的SNP标记的应用。例如,可以是在种猪脂肪沉 积性状中的遗传改良的应用。
[0029] 本发明之六提供了一种与如上所述的包括所述SNP标记的核酸序列核酸序列能 够严谨杂交的核酸序列。该提供的核酸序列选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少 一种。在这里,可以举例来说明"如上所述的包括所述SNP标记的核酸序列",即所述核酸 序列可以选自DNA序列,其位于猪的X号染色体上,且包括所述的SNP标记的核酸序列。例 如,所述核酸序列可以选自SEQ ID NO: 1。和/或,所述核酸序列选自cDNA序列,例如选自 SEQ ID N0:2。和/或,所述核酸序列选自RNA序列,例如选自SEQ ID N0:3。本发明之六提 供的核酸序列能够用于种猪在脂肪沉积性状的遗传改良中的应用。
[0030] 在一个具体的实施方式中,所述核酸序列具有与SEQ ID N0:17的一致性在90%以 上,且其编码的蛋白质与如SEQ ID N0:4的蛋白质具有相同的功能,其中,SEQ ID N0:4的第 432位的氨基酸X为苯
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