一种影响猪脂肪沉积性状的 snp 及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术辅助遗传改良领域，特别涉及一种影响猪脂肪沉积性状的 SNP0
【背景技术】
[0002] 脂肪沉积性状是猪生产和育种中最为重要的经济性状指标之一。猪皮下脂肪的含 量，如背膘厚度，主要决定胴体品质；而肌内脂肪含量（MF)主要影响猪肉的嫩度、多汁性 及加工后的风味等肉质特征。猪脂肪沉积受到品种（遗传）和环境两大因素的影响。总 体而言，中国地方猪品种往往具有较强的脂肪沉积能力，表现在猪胴体脂肪含量高、肌内脂 肪含量多，但生长速度缓慢、饲料转化效率低；而国外引进品种由于受到长时间的选育，已 经成功降低了背膘厚度，提高了胴体瘦肉率，但猪肉品质有所下降，比如肌内脂肪含量偏低 (〈1.5%)，且易产生劣质的PSE肉（肉色苍白、松软、渗水）。因此，不论国外引进品种还是 中国地方品种，其脂肪沉积性状仍亟需改良。
[0003] 猪脂肪沉积性状属数量性状，受多基因控制。目前，国内外研宄小组在猪不同 染色体上定位了大量影响猪脂肪沉积相关性状的数量性状位点（QTL ;详见猪QTL数据库 PigQTLdb，http://www. animalgenome. org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)。其中，猪 X 号染 色体（SSCX)近着丝粒区域存在一主效QTL，它可显著影响猪脂肪沉积、胴体和肉质等性状 (Mammalian Genome，2007，18:l-4;BMC genetics, 2013, 14:46)。该 QTL 效应曾在多个以西 方商业猪种和中国地方品种太湖猪（包括二花脸、梅山和楓泾猪）为祖代建立的资源家系 中被重复验证。
[0004] 背膘厚（皮下组织脂肪含量）和肌内脂肪含量是两个具有中等以上强度相关的脂 肪沉积性状，单纯从表型上难以将两者分别进行选择。如果能够鉴别这些基因位点，并辨别 出它们影响相关表型程度之间的差异性，则可开发出用于某一表型特异性选择的分子标记 及相应检测技术，准确改良该表型；比如，瘦肉型猪育种目标之一就是希望采用标记辅助选 择技术，在保持背膘厚不变的前提下，适当提高肌内脂肪含量。然而，目前尚缺少有育种价 值的与脂肪沉积相关的分子标记，更缺少能针对不同脂肪沉积性状选择的分子标记，这是 当前畜牧学、遗传学及育种学研宄的热点和难点之一。
[0005] 因此，开发和利用与上述两种脂肪沉积性状有特异性关联的分子标记进行选种， 可克服基于表型选择的局限性，以准确改良猪的指定部位的脂肪沉积性状。
【发明内容】
[0006] 本研宄前期通过白色杜洛克X二花脸资源家系全基因组扫描和连锁分析，将影 响猪脂肪沉积性状的QTL定位于X染色体上微卫星标记SW2456和SW1522之间，并在区域 内搜寻到ACSL4、SERPINA7 (TBG)、IRS4等几个重要的位置候选基因。在此基础上，本发明采 用DNA测序后的比较分析和PCR-RFLP相结合的方法，对猪的QTL置信区间内的基因进行了 单核苷酸多态位点（SNPs)筛选，最终在IRS4基因外显子区域筛选到与猪脂肪沉积性状相 关SNPs，并在白色杜洛克X二花脸资源家系F2群体、苏太猪（杜洛克和二花脸杂交18代 以上的培育品种）中分析该基因多态性与多个表型的相关性，鉴别出特异地与猪不同脂肪 沉积性状相关联的分子标记，为今后猪育种的标记辅助选择提供新的检测方法。
[0007] 因此，本发明之一提供了一种猪的SNP标记，所述SNP标记为10. 2版本国际猪基 因组的X号染色体上的从5'端起的第104772170位点的核苷酸，所述核苷酸对应于SEQ ID NO: 1上的从5'端起的第93位点的核苷酸，同时其也对应于SEQ ID NO:2上的从5'端起的 第93位点的核苷酸，或对应于SEQ ID NO:3上的从5'端起的第93位点的核苷酸，且该位 点的所述核苷酸为Y1;和/或
[0008] 所述SNP标记位于10. 2版本国际猪基因组的X号染色体上的从5'端起的第 104772205位点的核苷酸，所述核苷酸对应于SEQ ID NO: 1上的从5'端起的第128位点的 核苷酸，同时其也对应于SEQ ID NO: 2上的从5'端起的第128位点的核苷酸，或对应于SEQ ID NO:3上的从5'端起的第128位点的核苷酸，且该位点的所述核苷酸为Y2;
[0009] 其中，所述Y1、Y2独立地选自T或C。
[0010] 本发明之二提供了一种核酸序列，所述核酸序列为包括如上所述的SNP标记的核 酸序列，所述核酸序列选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一种。举例来说，所述 核酸序列只要包括所述的SNP标记，不论其长度是多少bp，例如其长度可以是10bp、15bp、 20bp、30bp、50bp、80bp、IOObp、120bp、150bp、180bp、200bp、250bp、300bp、400bp、500bp、 600bp、700bp、800bp、1000bp、1200bp、1500bp、2000bp 等等，均是本发明所要求保护的核酸 序列，但所述核苷酸序列并不限于所列举的长度。另外，所述SNP标记一般位于所选定的 所述的核酸序列的中心位置或比较靠近中心的位置，例如，在20bp的选定片段中，所述SNP 一般在这个20bp的DNA片段中的第7-14位中的一个位置；在1500bp的DNA片段中，所 述SNP所处的位置的选择余地大大增大，其可以是在第100-1400位中的一个位置，优选在 300-1200位中的一个位置，更优选在500-700位中的一个位置，这样设计的目的是有利于 更加准确的检测所述的SNP标记；但是，在检测技术特别灵敏和/或特异性非常强的情况 下，所述SNP标记也可以靠近所选定的核酸序列的两端中的一端，甚至是位于第一位或者 末位。另外，由于上述的两个SNP位点在核酸序列中间隔34bp，因此，当所设计的核苷酸序 列小于或等于35bp时，仅能用于检测其中一个SNP位点。由于所述SNP位于外显子区，而 IRS4基因的外显子又位于X染色体上，因此，一般来说，所述核酸序列在为DNA序列时，该核 酸序列是从X染色体中截取的一段DNA序列。值得注意的是，IRS4基因非常特殊，该基因 仅存在外显子，而不存在内含子，因此，其DNA序列就是其编码序列，也就是说，IRS4基因在 转录后不需要剪切而直接构成成熟的mRNA分子。
[0011] 在一个【具体实施方式】中，所述核酸序列选自SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2和SEQ ID NO:3中的至少一种。
[0012] 在一个具体的实施方式中，SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:3的核酸序 列可以共用一对引物，它们的上游引物各自独立的选自SEQ ID N0:13,下游引物各自独立 的选自 SEQ ID NO: 14。
[0013] 本发明之三提供了一种猪的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中 的种猪的所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择：
[0014] 在所述种猪核心群中选择在所述第104772170位点为CC和TC基因型的种猪个 体，淘汰在该位点为TT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因 C的频率，从而增 加后代猪的肌内的脂肪沉积量；优选在所述种猪核心群中选择在所述第104772170位点为 CC基因型的种猪个体，淘汰在该位点为TT和TC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等 位基因 C的频率，从而增加后代猪的肌内的脂肪沉积量；特别优选在所述种猪核心群中选 择公猪个体，且所述公猪个体在所述第104772170位点为CC基因型，以逐代提高该位点的 等位基因 C的频率，从而增加后代猪的肌内的脂肪沉积量。
[0015] 在所述种猪核心群中选择在所述第104772170位点为TT和TC基因型的种猪个 体，淘汰在该位点为CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因 T的频率，从而降 低后代猪的肌内的脂肪沉积量；优选在核心群中选择在所述第104772170位点为TT基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为CC和TC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因 T 的频率，从而降低后代猪的肌内的脂肪沉积量；特别优选在核心群中选择公猪个体，且所述 公猪个体在所述第104772170位点为TT基因型，以逐代提高该位点的等位基因 T的频率， 从而降低后代猪的肌内的脂肪沉积量。
[0016] 在所述种猪核心群中选择在所述第104772205位点为CC和TC基因型的种猪个 体，淘汰在该位点为TT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因 C的频率，从 而使后代猪获得相应的性状，所述性状包括增加皮下组