而言，更特别地，为就II型糖 尿病而言。
18. 根据权利要求14所述的方法，其特征在于，具有SEQIDNO:6-9, 11-12, 16-17, 19 -20, 22-23, 25-30, 33, 35, 37和48至少之一所示的多核苷酸序列的核苷酸的所述相对丰度 高于预设临界值，或具有SEQIDNO: 1-5, 10, 13-15, 18, 21，24, 31-32, 34, 36, 38-47和 49-50 至少之一所示的多核苷酸序列的核苷酸的所述相对丰度低于预设临界值，是糖尿病的指 示，更特别地，是II型糖尿病。
19. 根据权利要求14所述的方法，其特征在于，具有SEQIDNO: 1-5, 10, 13-15, 18, 21 ，24, 31-32, 34, 36, 38-47和49-50至少之一所示的多核苷酸序列的核苷酸的所述相对丰度 高于预设临界值，或具有SEQIDN0:6-9, 11-12, 16-17, 19-20, 22-23, 25-30, 33, 35, 37和48 至少之一所示的多核苷酸序列的核苷酸的所述相对丰度低于预设临界值，是健康对象的指 示，特别地，为就糖尿病而言，更特别地，为就II型糖尿病而言。
20. 根据权利要求14所述的方法，其特征在于，基于所述核苷酸的所述相对丰度，利用 下面公式进一步确定肠道健康指数：
其中， 八1是标志物i的相对丰度， N是在所选择的与异常状态相关的生物标志物中所有患者富集标志物的子集， M是在所选择的与异常状态相关的生物标志物中所有对照富集标志物的子集， |N|和|M|是两个子集的所述生物标志物数目，d代表Id是在病人组中计算的，以及 n代表In是在对照组中计算的。
21. -种检测对象异常状态的系统，包括： 核酸样本分离装置，适用于从所述对象中分离核酸样本； 测序装置，与所述核酸样本分离装置相连，并且适于对所述核酸样本进行测序，以便获 得测序结果； 比对装置，与所述测序装置相连，并且适于以这样的方式将测序结果与具有SEQID NO: 1-50所示多核苷酸序列的所述核苷酸进行比对，基于比对结果，确定是否存在具有SEQ IDNO: 1-50所示多核苷酸序列的所述核苷酸。
22. 根据权利要求21所述的系统，其特征在于，所述测序装置适于进行第二代测序方 法或第二代测序方法。
23. 根据权利要求21所述的系统，其特征在于，所述测序装置适于选自HiSeq2000、 S0LID、454和单分子测序装置的至少一种进行。
24. 根据权利要求21所述的系统，其特征在于，所述比对装置是S0AP2和MAQ的至少一 种。
25. -种检测对象异常状态的系统，包括： 核酸样本分离工具，适于从所述对象中分离核酸样本； 核酸测序工具，与所述核酸样本分离装置相连，并且适于对所述核酸样本测序，以便获 得测序结果；以及 比对工具，与所述核酸测序工具相连，并且适于这样的方式将所述测序结果与具有SEQ IDNO: 1-50所示多核苷酸序列的所述核苷酸进行比对，基于比对结果，确定是否存在具有 SEQIDNO: 1-50所示多核苷酸序列的所述核苷酸。
26. 根据权利要求25所述的系统，其特征在于，所述核酸测序工具适于进行第二代测 序方法或第三代测序方法。
27. 根据权利要求25所述的系统，其特征在于，所述测序工具适于选自Hiseq2000、 S0LID、454和单分子测序装置的至少一种进行。
28. 根据权利要求25所述的系统，其特征在于，所述比对装置是S0AP2和MAQ的至少一 种。
29. -种存储计算机指令的计算机可读介质，用于确定与所述异常状态相关的生物标 志物的所述相对丰度。
30. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，所述异常状态是糖尿病，任 选地，是II型糖尿病。
31. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，所述生物标记物是在所述 对象肠道微生物菌群中具有SEQIDNO: 1-50至少一所示多核苷酸序列的核苷酸。
32. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，存在具有SEQIDNO: 6-9, 1 1-12, 16-17, 19-20, 22-23, 25-30, 33, 35, 37和48至少之一所示的多核苷酸序列的核苷酸， 或不存在具有SEQIDNO: 1-5, 10, 13-15, 18, 21，24, 31-32, 34, 36, 38-47 和 49-50 至少之一 所示的多核苷酸序列的核苷酸，是糖尿病的指示，更特别地，是II型糖尿病。
33. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，存在具有SEQIDNO: 1-5, 1 0, 13-15, 18, 21，24, 31-32, 34, 36, 38-47和49-50至少之一所示的多核苷酸序列的核苷酸， 或不存在具有SEQIDN0:6-9, 11-12, 16-17, 19-20, 22-23, 25-30, 33, 35, 37 和 48 至少之一 所示的多核苷酸序列的核苷酸，是健康对象的指示，特别地，为就糖尿病而言，更特别地，为 就II型糖尿病而言。
34. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，具有SEQIDN0:6-9, 11-1 2, 16-17, 19-20, 22-23, 25-30, 33, 35, 37和48至少之一所示多核苷酸序列的核苷酸的所述 相对丰度高于预设临界值，具有SEQIDNO: 1-5, 10, 13-15, 18, 21，24, 31-32, 34, 36, 38-47 和49-50至少之一所示多核苷酸序列的核苷酸的所述相对丰度低于预设临界值，是糖尿病 的指示，更特别地，是II型糖尿病。
35. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，具有SEQIDNO: 1-5, 10, 1 3-15, 18, 21，24, 31-32, 34, 36, 38-47和49-50至少之一所示多核苷酸序列的核苷酸的所述 相对丰度高于预设临界值，或具有SEQIDN0:6-9, 11-12, 16-17, 19-20, 22-23, 25-30, 33, 3 5, 37和48至少之一所示多核苷酸序列的核苷酸的所述相对丰度低于预设临界值，是健康 对象的指示，特别地，为就糖尿病而言，更特别地，为就II型糖尿病而言。
36. 根据权利要求29所述的计算机可读介质，其特征在于，基于所述核苷酸的所述相 对丰度，利用下面公式进一步确定肠道健康指数：
其中， 八1是标志物i的相对丰度， N是在所选择的与异常状态相关的生物标志物中所有患者富集标志物子集， M是在所选择的与异常状态相关的生物标志物中所有对照富集标志物的子集， |N|和|M|是两个子集的生物标志物数目， d代表Id在病人组中计算的，以及 n代表In在对照组中计算的。
37. -种生物标志物作为靶标用于筛选治疗或预防异常状态的药物的用途，其中，所述 生物标志物为具有SEQIDNO: 1-50所示的多核苷酸序列的核苷酸，以及所述异常状态是糖 尿病，任选地，是II型糖尿病。
【专利摘要】本发明提出了糖尿病生物标志物及其应用。其中，糖尿病生物标志物为含有SEQ？IDNO:1-50所示多核苷酸序列的核酸。
【IPC分类】A61P5-50, C12N15-11, A61P5-48
【公开号】CN104583403
【申请号】CN201380040887
【发明人】李胜辉, 冯强, 揭著业, 张东亚, 覃俊杰, 王俊, 汪建, 杨焕明
【申请人】深圳华大基因研究院, 深圳华大基因科技有限公司
【公开日】2015年4月29日
【申请日】2013年6月5日