。可使用任 何常规核酸杂交或扩增方法在样品中鉴定来自转基因事件的DNA的存在。核酸分子或其片 段能够在某些情况下与其他核酸分子特异性杂交。如本文中使用的，如果两个核酸分子能 够形成反平行双链核酸结构，则称该两个核酸分子能够彼此特异性杂交。如果两个核酸分 子呈现完全互补性，则称一个核酸分子为另一个核酸分子的"互补物"。如本文中使用的，当 一个分子的每一个核苷酸与另一个分子的核苷酸互补时，称这些分子呈现"完全互补性"。 呈现完全互补性的分子通常会以足够的稳定性彼此杂交以允许其在常规的"高严格"条件 下保持退火到彼此之上。常规的高严格条件由Sambrook等人（1989)描述。
[0080] 如果两个分子可以以足够的稳定性彼此杂交以允许其在至少常规的"低严格"条 件下保持退火到彼此之上，则称其为呈现"最小互补性。常规的低严格条件由Sambrook等 人（1989)描述。为了使核酸分子充当引物或探针，仅需其在序列上呈现最小互补性，以便 能够在采用的特定溶剂和盐浓度下形成稳定的双链结构。
[0081] 术语"严格条件"或"严格性条件"是关于核酸探针与靶核酸（即，与特定的目的 核酸序列）通过Sambrook等人，1989在9. 52-9. 55处讨论的具体杂交步骤而杂交的功能限 定。还参见Sambrook等人，1989,9. 47-9. 52 和 9. 56-9. 58〇
[0082] 取决于考虑到的应用，可使用探针或引物的多核苷酸序列简并性或严格条件的不 同条件，以获得对于靶序列杂交的不同程度的选择性。对于需要高选择性的应用，通常会为 一种多核苷酸序列与第二种多核苷酸序列的杂交采用相对严格的条件，例如，会选择相对 低盐和/或高温度的条件，诸如由约0. 02M至约0. 15MNaCl在约50°C至约70°C的温度提 供的条件。严格条件，例如，可涉及用高严格性洗涤缓冲液（〇. 2XSSC，0. 1%SDS，65°C)洗 涤杂交滤膜至少两次。促进DNA杂交的适当严格性条件对于本领域技术人员是已知的，例 如在约45°C的6. 0X氯化钠/柠檬酸钠（SSC)，接着在50°C用2.OXSSC洗涤。例如，洗涤 步骤中的盐浓度可选自在50°C的约2.OXSSC的低严格性至在50°C的约0. 2XSSC的高严 格性。另外，洗涤步骤中的温度可从在室温约22°C的低严格性条件增加至在约65°C的高严 格性条件。温度和盐均可变化，或可将温度或盐浓度之一维持恒定，同时改变另一个变量。 这样的选择性条件容许探针和模板或靶链之间很少的错配（如果有的话）。通过杂交检测 DNA序列对于本领域技术人员是熟知的，且美国专利号4, 965, 188和5, 176, 995的教导是杂 交分析方法的例子。
[0083] 本发明的实施方案的核酸会在高严格性条件下特异性杂交于本文中例示或提出 的一种或多种引物（或扩增子或其他序列），包括其互补物和片段。在本发明的一个方面， 本发明的实施方案的标记核酸分子具有如本文中在例示序列之一中提出的核酸序列，或其 互补物和/或片段。
[0084] 在本发明的另一个方面，本发明的实施方案的标记核酸分子与这样的核酸序列共 享80%至100%或90%至100%的序列同一性。在本发明的的实施方案的另外的方面，本 发明的标记核酸分子与这样的序列共享95%至100%的序列同一性。这样的序列可用作植 物育种方法中的标记以鉴定遗传杂交的后代。探针与靶DNA分子的杂交可通过本领域技术 人员已知的任何多种方法来检测，其可包括但不限于荧光标记、放射性标记、基于抗体的标 记、以及化学发光标记。
[0085] 对于使用特定扩增引物对扩增靶核酸序列（例如，通过PCR)，"严格条件"为允许 引物对仅杂交于具有相应野生型序列（或其互补物）的引物会与之结合并优选产生独特扩 增产物即扩增子的靶核酸序列的条件。
[0086] 术语"特异于（靶序列）"表明探针或引物在严格杂交条件下仅与包含所述靶序列 的样品中的靶序列杂交。
[0087] 如本文中使用的，"扩增的DNA"或"扩增子"是指作为核酸模板一部分的靶核酸 序列的核酸扩增产物。例如，为了确定从有性杂交获得的棉花植物是否含有来自本发明的 实施方案的棉花植物的转基因事件基因组DNA，可使用引物对使从棉花植物组织样品提取 的DNA经历核酸扩增方法以产生对于所述事件DNA的存在具有诊断性的扩增子，所述引物 对包括来源于所述植物基因组中邻近插入的异源DNA插入位点的侧翼序列的引物、以及源 于插入的异源DNA的第二引物。所述扩增子的长度和具有的序列使其对于所述事件具有 诊断性。所述扩增子的长度的范围可以为引物对的合并长度加上一个核苷酸碱基对，和/ 或引物对的合并长度加上约 2, 3,4, 5,6, 7,8,9,10,11，12,13,14,15,16,17,18,19, 20, 21， 22, 23,24, 25,26,27,28,29, 30,31，32,33,34, 35,36,37,38, 39,40,41，42,43,44, 45,46， 47, 48,49,50,51，52,53,54, 55,56, 57,58,59,60,61，62,63, 64, 65,66,67,68,69,70,71， 72, 73,74, 75,76,77,78,79, 80,81，82,83,84, 85,86,87,88, 89,90,91，92,93,94, 95,96， 97,98,99,100,101，102,103,104,105,106,107,108,109,110,111，112,113,114,115,116， 117,118,119,120,121，122,123,124,125,126,127,128,129,130,131，132,133,134,135， 136,137,138,139,140,141，142,143,144,145,146,147,148,149,150,151，152,153,154， 155,156,157,158,159,160,161，162,163,164,165,166,167,168,169,170,171，172,173， 174,175,176,177,178,179,180,181，182,183,184,185,186,187,188,189,190,191，192， 193,194,195,196,197,198,199,200,201，202,203,204,205,206,207,208,209,210,211， 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221，222, 223, 224, 225,226,227,228,229,230， 231，232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241，242, 243,244, 245,246,247,248,249， 250, 251，252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261，262,263,264, 265,266,267,268， 269, 270, 271，272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281，282,283,284, 285,286,287， 288, 289, 290, 291，292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300,301，302,303,304, 305,306， 307, 308, 309, 310, 311，312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319,320,321，322,323,324, 325， 326,327,328,329,330,331，332,333,334,335,336,337,338,339,340,341，342,343,344， 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351，352, 353, 354, 355, 356, 357,358,359,360,361，362,363， 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371，372, 373, 374, 375, 376,377,378,379,380,381，382， 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391，392, 393, 394, 395,396,397,398,399,400,401， 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 410, 411，412, 413, 414,415,416,417,418,419,420， 421，422,423,424,425,426,427,428,429,430,431，432,433,434,435,436,437,438,439， 440, 441，442, 443, 444, 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451，452,453,454,455,456,457,458， 459, 460, 461，462, 463, 464, 465, 466, 467, 468, 469, 470, 471，472,473,474,475,476,477， 478, 479, 480, 481，482, 483, 484, 485, 486, 487, 488, 489, 490,491，492,493,494,495,496， 497,498,499,或500, 750,1000,1250,1500,1750, 2000个或更多个核苷酸碱基对（加上或 减去任何上述列出的增量）。或者，引物对可来源于在插入DNA两侧上的侧翼序列，从而产 生包括整个插入核苷酸序列的扩增子。来源于植物基因组序列的一个引物对成员可位于距 插入DNA序列一定距离处。该距离的范围可为一个核苷酸碱基对至约两万个核苷酸碱基 对。术语"扩增子"的使用明确排除可在DNA热扩增反应中形成的引物二聚体。
[0088] 可通过任何本领域中已知的各种核酸扩增方法，包括聚合酶链式反应（PCR)来实 现核酸扩增。多种扩增方法在本领域是已知的，并描述于美国专利号4, 683, 195和美国专 利号4, 683, 202等。开发了PCR扩增方法以扩增高达22kb的基因组DNA。这些方法以及本 领域已知的其他DNA扩增方法可用于本发明的实施方案的实践。通过使用来源于本文中提 供的序列的引物来扩增这样的序列，接着对PCR扩增子或克隆的DNA进行标准DNA测序，可 以验证（如果需要的