一组用于评估肺癌预后的基因及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及肺癌的预后领域，主要是评估患者肺癌术后复发转移或死亡的风险级 另IJ。更具体而言，涉及一组用于评估肺癌预后的基因及其应用。
【背景技术】
[0002] 肺癌在我国乃至全球范围内是最常见的恶性肿瘤之一，发病率和死亡率居 恶性肿瘤的第一位（Jemal A, et al. Cancer statistics. CA Cancer J Clin. 2010 ; 60(5) :277-300.)。肺癌包括小细胞肺癌、腺癌、鳞癌等多种病理类型，其中腺癌是最为常 见的肺癌类型，其特点为容易出现术后远处转移，恶性程度高、预后差。尽管多年来从分子 水平认识肺癌的发生发展为肺癌的治疗和预防创造了条件，各种新的诊治方法和药物层出 不穷，但是肺癌的治疗效果并没有取得同步提高，其总的五年生存率仅在10%左右。在目 前的临床实际工作中，大部分临床医师对肺癌治疗是基于临床分期、患者的功能状态、病理 分型、药物不良反应的评价等临床因素来制定肺癌个体化治疗，是基于循证医学基础上的 规范化治疗。组织病理学诊断是肿瘤诊断的金标准和临床治疗的基础。肺癌的组织病理 学分型和临床分期是目前肺癌的临床预后指标。然而即使同为非小细胞肺癌，甚至?m分 期相同的肺腺癌（TNM分期系统是目前国际上最为通用的肿瘤分期系统。首先由法国人 Pierre Denoix于1943年至1952年间提出，后来美国癌症联合委员会（AJCC，American Joint Committee on Cancer)和国际抗癌联盟（UICC，Union for International Cancer Control)逐步开始建立国际性的分期标准，并于1968年正式出版了第I版《恶性肿瘤INM 分类法》手册。目前已经成为临床医生和医学科学工作者对于恶性肿瘤进行分期的标准方 法），采用同样的治疗方案却会产生截然不同的治疗效果。事实上，由于肺癌是一类分子水 平上高度异质性的疾病，组织学形态相同的肿瘤，其分子遗传学改变不尽一致，从而导致了 肺癌治疗反应和预后的差别，因此对其进行分子分型是肺癌个体化治疗的必然要求。目前 大多数的分子分型是基于新鲜组织的全基因表达谱，而新鲜组织在临床上的获取及保存还 存在着一定的问题，相比之下石蜡组织更易于获取及保存，因此石蜡组织的基因表达谱分 析更适合今后的临床应用。NanoString nCounter system数字式单分子基因表达谱分析系 统在分析石蜡样本表达谱分析领域非常有优势。该平台是直接对基因表达进行多重计数的 全新数字式技术，利用分子条形码和单分子成像来检测及统计每一个反应体系中特定转录 本的数量，表现出极高的灵敏度、精确度和重复性。分子分型对于预测肿瘤进展或复发转 移风险，预测肿瘤预后，指导肿瘤治疗方式具有重要的临床意义。
【发明内容】
[0003] 本发明要解决的技术问题是提供一组用于肺癌预后的基因及其应用，能够评估患 者肺癌术后复发转移或死亡的风险级别，有助于提高结肺癌患者术后的生存率。
[0004] 为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：
[0005] 在本发明的一方面，提供一组用于评估肺癌预后的基因，包括SEQ ID No. 5~SEQ ID No. 8所示核苷酸序列的基因。
[0006] 在本发明的另一方面，提供一组用于评估肺癌预后的基因在制备用于肺癌预后的 基因芯片中的应用，所述基因芯片包括固相载体和探针，所述探针与待测SEQ ID No. 5~ SEQ ID No. 8所示基因序列和/或其互补序列进行杂交。
[0007] 所述探针包括下列三组核苷酸序列之一：
[0008] (I)SEQ ID No. 1 ~SEQ ID No. 4 所示序列；
[0009] (2) SEQ ID No. 1~SEQ ID No. 4所示序列中每条序列的互补链；
[0010] (3)与SEQ ID No. 1~SEQ ID No. 4所示的序列中每条序列有至少70%同源性的 序列。
[0011] 优选的，所述探针包括SEQ ID No. 1~SEQ ID No. 4所示序列。
[0012] 在本发明的另一方面，提供一组用于评估肺癌预后的基因在制备用于肺癌预后的 试剂盒中的应用，所述试剂盒包含：与SEQ ID No. 5~SEQ ID No. 8中至少一个基因序列进 行杂交的探针。
[0013] 所述探针包括下列三组核苷酸序列之一：
[0014] (I)SEQ ID No. 1 ~SEQ ID No. 4 所示序列；
[0015] (2) SEQ ID No. 1~SEQ ID No. 4所示序列中每条序列的互补链；
[0016] (3)与SEQ ID No. 1~SEQ ID No. 4所示的序列中每条序列有至少70%同源性的 序列。
[0017] 优选的，所述探针包括SEQ ID No. 1~SEQ ID No. 4所示序列。
[0018] 在本发明的另一方面，提供一组用于肺癌预后的探针，所述探针是SEQ ID No. 1~ SEQ ID No. 4所示序列。
[0019] 本发明通过多基因计算模型预测肺癌患者术后复发转移危险度和生存期的检测 方法，主要包括以下步骤：
[0020] (1)收集肺癌患者的手术切除癌组织石蜡标本；
[0021] (2)提取石蜡组织的RNA ;
[0022] (3) RNA质量控制：用Alignent2100生物分析仪检测抽提的总RNA的质量；
[0023] (4)通过定制的NanoString nCounter system40基因的表达谱芯片检测，发现4 个探针在非复发转移组和复发转移组样本中存在差异表达（所述探针为SEQ ID No. 1~ SEQ ID No. 4所示序列）；
[0024] (5)计算上述4个探针的基因表达权重，对患者术后预后进行评价；预测预后危险 度计算公式如下：C为权重值的常数，C = -4. 26 ;B为每个基因的权重系数；X为每个基因 在四分类方法中的赋值；y = 〇+(Β1*ΧΡ··Β4*Χ4)，P = EXP(yV((l+EXP(y))。根据计算的P 值来预测肺癌病人的预后：P〈〇. 26非复发转移，生存期长，患者属于低风险人群；P>0. 26复 发转移，生存期短，患者属于高风险人群。所述探针的表达计算所得概率越大，该患者术后 的预后越差。
[0025] 为解决上述技术问题，本发明人等针对全基因组表达谱筛选出的肺癌预后相关基 因反复进行研宄，通过定制的Nanostring 40基因芯片（见表1)检测得到的4个基因模型， 用于评估肺癌患者的术后预后情况。模型的建立包括以下步骤：采集肺癌患者的手术切除 石蜡标本；抽提石蜡组织RNA ;检测223例肺癌石蜡组织的Nanostring 40基因芯片，通过 统计分析得出在死亡组和生存组样本中存在差异表达的该4个特异性探针，以用于预测术 后复发转移或死亡风险；通过计算公式得出每个探针的表达权重，进而评估该患者的预后。 本发明还公开了由上述探针组成的探针组，以及包含该探针组的计算过程及公式。本发明 通过对肿瘤石蜡组织的Nanostring 40基因芯片的检测，通过对4个差异探针的联合分析， 来快速评估患者肺癌术后复发转移或死亡的风险级别，从而可以在术后及早筛查出复发转 移或死亡风险较高的肺癌患者，并对其进行积极的辅助治疗，以提高结肺癌患者术后的生 存率，延长患者的生存时间。
【附图说明】
[0026] 图1是本发明实施例中训练组无病生存和总生存曲线图；其中，图1㈧为训练组 无病生存曲线图；图I(B)为训练组总生存曲线图；
[0027] 图2是本发明实施例中验证组无病生存和总生存曲线图；其中，图2(A)为验证组 无病生存曲线图；图2(B)为验证组总生存曲线图；
[0028] 图3是本发明实施例中训练组早期（I期）病人无病生存和总生存曲线图；其中， 图3(A)为