PE样本」作为本发明用W实施生物样本前处理程序 之态样，并据之列举实验例与对照例。 阳化5] 本发明适用于各种自动化核酸萃取平台（设备）之生物样本前处理程序，例如前 述采用管柱吸附方法、磁珠萃取方法等自动化核酸萃取平台；然而，为利于简洁示意与说明 本发明之实施效果，W下说明之实验例与对照例所提及之人工操作方法是采用市售之试剂 套组（MagCore曝GenomicDNATissueKit)配合市售之自动化核酸萃取设备（IVbgCorc思 AutomatedNucleicAcidExtractor)进行操作，其原理与操作细节均已详尽掲露于产品 说明内，是本领域技术人员可轻易明瞭及依循操作，故不再于此详述，合先叙明。
[0056]参见图8,是先前技术W传统人工操作固态样本前处理之流程示意图。简言之，将 固态样本50置入微量离屯、管500后，W移液管80汲取试剂90并加入微量离屯、管500中， 将固态样本50与试剂90充分混合，先W56°C加热1小时后再W90°C加热1小时，促使生 物组织裂解释出。其中，由于试剂90之成分含有油相溶液（或有机溶液）与水相溶液，经 前述加热与裂解程序后产生分层，下层为水层901，上层为有机层902。接着，W移液管80 吸取下层之水相层液将水层901移出，即取得粗萃取液90Γ，此粗萃取液901'是用于后续 核酸萃取程序。此传统方法人工操作时，移液管80W选用设有滤塞801的移液管80为佳， w避免人工操作所衍生的交叉污染问题。
[0057] 参见图9,是先前技术W传统人工操作FFPE样本52前处理之流程示意图。针对 FFPE样本52,由于现采用之试剂套组已具备良好的裂解FFPE样本之效果，其操作流程大致 上同于前述处理固态样本之50。简言之，将FF阳样本52置入微量离屯、管500中，W移液管 80汲取试剂92并加入微量离屯、管500中，将FFPE样本52与试剂92充分混合，先W56°C 加热1小时后再W90°C加热1小时，使FFPE样本52中所含有之石蜡融解同时暴露并裂解 其中之生物组织检体，如图9中裂解检体521、裂解检体522、裂解检体523所示。接着，完 成加热裂解的步骤后，裂解检体521、522、523经由充分裂解，形成粗萃取液92'与残留之检 体碎屑524,其中，此粗萃取液92'是用于后续核酸萃取程序，惟在使用上仍需要W离屯、手 段去除检体碎屑524之干扰。
[0058] 由此可见，上述传统方法须于执行自动化核酸萃取之前，由人工操作生物样本前 处理之程序，难W避免操作繁复与人工操作衍生的诸多问题，因此，本发明现提出了一有效 之解决方案。
[0059] 参见图10,是W本发明之生物样本处理装置100,配合自动化核酸萃取设备进行 全自动化操作FFPE样本56前处理之流程示意图；此外为简洁说明，图10仅简单示意自动 化操作装置与生物样本处理装置100接触的接口部份，故并未显示整个自动化操作装置。
[0060] 现同样WFFPE样本56之前处理为例：首先，将FFPE样本56置入管柱内，由托座 60托持FF阳样本56,之后将盖体组装至管柱完成生物样本处理装置100,继而装设至自动 化核酸萃取设备（例如：型号MagCore?系列设备）进行自动化操作。载有FFPE样本56之 生物样本处理装置100深入储液容器70中，由管柱1030的第二开口 33处汲取试剂96 (例 如：裂解液、细胞裂解液），使试剂96通过托座60上之通孔与FFPE样本56混合；接着，按 默认的流速、吸放频率与试剂体积，驱动试剂96于流道内往复流通，达成充分混合试剂96 与FFPE样本56的效果；同时，按预先设定之溫控加热程序，使试剂96与FFPE样本56之 混合物于混合时同步均匀受热，促进裂解效果，使FFPE样本56所含之生物组织检体释出， 如裂解检体561、562、563所示。FFPE样本56经由前处理程序之充分的混合与裂解后，释 出所含之核酸564至粗萃取液96'中，此时即可由自动化核酸萃取设备直接取得粗萃取液 96'供后续核酸萃取使用。而针对不同类型（体积、生物组织种类等）的FFPE样本与各项 需求，用户可预先弹性调整加热程序与试剂吸放程序之排程，W进一步提高前处理之效能。
[0061] 请参见W下实验例与对照例之叙述，进一步呈现本发明所达成之效果。
[0062] 实验例1; 本实验例采用固态生物样本为采检所用之棉棒。事先将棉棒沾取定量血液（20μ1、 15μ1、10μ1、5μ1)，再将沾血棉棒分别置入本发明之生物样本处理装置中，旋紧盖体后， 直接装设至自动化磁珠萃取设备（型号：Μ巧CorcK:Super;RBCbioscience)后，自动化进 行生物样本之前处理程序W及核酸萃取程序，各固态生物样本最终可取得60μ1之核酸产 物。 W63] 对照例1: 本对照例采用固态生物样本为采检所用之棉棒。事先将棉棒沾取定量血液（20μ1、 15μ1、10μ1、5μ1)，再将沾血棉棒放入微量离屯、管中，由人工加入裂解液及蛋白酶Κ，将微 量离屯、管置于加热器上W55°C持续加热30minW取得裂解产物（lysate)，即完成前处理程 序；接着，将裂解产物w人工操作转移至自动化磁珠萃取设备所使用之反应槽中，后续w磁 珠萃取方法分离萃取核酸产物。本实施例是将前处理完之溶液直接应用至自动化磁珠萃取 设备（型号：Μ巧Cores'Super,RBCbioscience)进行自动化核酸萃取程序，各固态生物样 本最终可取得60μ1之核酸产物。 W64] 根据上述实验例1与对照例1所得之核酸产物，进一步W聚合酶连锁反应（W下 简称PCR)方法，扩增稳定表现基因「甘油醒3-憐酸脱氨酶」（Glyceraldehyde3-phosphate dehy化ogenase;W下简称GADPH)的DM,确认其浓度与质量是否适用于后续分析，相关结 果如图11所示。参见图11，实验例1之核酸产物PCR检测结果1化显示，沾血量20μ1之 电泳结果Α1、沾血量15μ1之电泳结果Α2、沾血量10μ1之电泳结果A3、沾血量5μ1之电 泳结果Α4均显示了明显而清晰的PCR产物，表示无论血液检体含量多寡，其扩增效果均良 好，同时反映经由实验例1之方法所取得之核酸质量理想，适用于后续的基因检测。反观对 照例1之核酸产物PCR检测结果11a，沾血量20μ1之电泳结果Ml、沾血量15μ1之电泳结 果M2、沾血量10μ1之电泳结果M3、沾血量5μ1之电泳结果Μ4,显示其PCR产物之亮度稍 弱，且PCR产物量不稳定，尤其沾血量15μ1之电泳结果M2化及沾血量5μ1之电泳结果Μ4 的产物量明显较少，反映出生物样本前处理程序可能不尽理想所导致的结果。 阳0化]实验例2: 本实验例采用固态生物样本为FFPE样本，并进一步依据FFPE样本的体积区分为大型、 中型、小型样本。需说明者，由于此实验例旨在验证不同前处理方式是否会影响不同体积之 FFPE样本之核酸萃取效果，故不对于体积大小加W具体定义，惟执行时，仍遵循实验例2与 对照例2大型、中型、小型样本体积相同之原则，W利比较。此外，由于大型FFPE样本可能 为长条状，为加速前处理效能，可将FF阳样本同样地弯折成数等份（每段《0. 5CM为较佳） 后再置入生物样本处理装置中。
[0066] 分别将大型、中型、小型样本置入本发明之生物样本处理装置中，加入裂解液试 剂。此裂解液试剂是由400μ1石蜡溶剂、180μ1裂解溶液（1%SDS;30mMTris-Hcl;10mM 邸ΤΑ)与20μ1蛋白酶Κ(proteinaseΚ)混合而成。于旋紧盖体后，直接装设至自动化磁珠 萃取设备（型号：Μ巧Core某Super;RBCbioscience);同时开始于56Γ环境下加热并进 行吸吐混合1小时，接着在90°C环境下加热并吸吐混合1小时，之后将混合液吸取至生物样 本处理装置中于室溫下静置10分钟，可观察到混合液开始产生分层现象；将下层之水层中 之粗萃取液约190μ1移入新的试管槽后，残留组织则留在生物样本处理装置中。接着，加 入200μ1缓冲液AUBufferAL)至水相层液，并加W混合均匀，供后续核酸萃取程序使用。 本实验例是W管柱吸附法（层析管柱分离方法）进行核酸分离：加入200μ1100%化0H至 粗萃取液中混合均匀后，将所有液体加入层析管柱中，W层析管柱分离方法进行核酸分离， 是采用QIAGEN核酸纯化套组（QIAGEN;QIAampDNAFFPETissueKit;Cat.No. 56404)之 层析管柱；其操作步骤是依循其产品使用说明，故不在此详述，最终步骤是W60μ1ATE缓 冲液分别冲提并取得大型、中型、小型样本之核酸产物。
[0067] 对照例2: 分别将大型、中型、小型样本置入微量离屯、管中，加入裂解液试剂。此裂解液试剂是由 400μ1 石蜡溶剂、180μ1 裂解溶液（1%SDS;30mMTris-Hcl;10mM邸TA)与 20μ1 蛋白酶 K(p;roteinaseΚ)混合而成。于加W震荡混合10秒钟，取得混合液。接着，W人工对前述 各混合液进行加热，是于56°C环境下加热1小时之后，于室溫下稍加静置，同时可将加热器 升溫至90°C，待加热器溫度完成，于90°C环境下加热1小时；过程中适度加W小幅震荡混合 促进裂解